View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15029_low_6 (Length: 469)

Name: NF15029_low_6
Description: NF15029
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15029_low_6
NF15029_low_6
[»] chr8 (26 HSPs)
chr8 (100-216)||(32916032-32916148)
chr8 (1-88)||(32915332-32915419)
chr8 (313-394)||(41075693-41075774)
chr8 (313-400)||(2599530-2599617)
chr8 (313-394)||(31774729-31774810)
chr8 (311-399)||(45413632-45413720)
chr8 (400-453)||(32916140-32916193)
chr8 (311-399)||(28897995-28898083)
chr8 (216-398)||(43065904-43066085)
chr8 (215-400)||(14342185-14342372)
chr8 (329-394)||(16465724-16465789)
chr8 (319-398)||(27497174-27497252)
chr8 (329-391)||(8368483-8368545)
chr8 (311-400)||(10391399-10391488)
chr8 (320-397)||(11904855-11904932)
chr8 (216-297)||(4076768-4076849)
chr8 (255-368)||(45502693-45502806)
chr8 (246-399)||(1993668-1993822)
chr8 (246-300)||(5749058-5749112)
chr8 (10-64)||(24945367-24945421)
chr8 (336-397)||(31523631-31523692)
chr8 (333-397)||(12142083-12142147)
chr8 (308-396)||(35200559-35200647)
chr8 (349-400)||(4077093-4077144)
chr8 (320-365)||(10592010-10592055)
chr8 (330-398)||(44081068-44081136)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (216-399)||(51579581-51579763)
chr4 (216-399)||(24059134-24059315)
chr4 (246-399)||(5817409-5817562)
chr4 (308-396)||(51579323-51579411)
chr4 (246-398)||(25164500-25164652)
chr4 (246-400)||(45995924-45996077)
chr4 (215-399)||(17044003-17044186)
chr4 (246-400)||(37605720-37605874)
chr4 (311-394)||(41277220-41277303)
chr4 (215-400)||(55281207-55281392)
chr4 (314-399)||(20107110-20107196)
chr4 (311-400)||(42179231-42179320)
chr4 (311-400)||(50498209-50498298)
chr4 (325-397)||(48525328-48525400)
chr4 (213-399)||(43749092-43749280)
chr4 (334-398)||(32290215-32290279)
chr4 (246-297)||(39631039-39631090)
chr4 (350-399)||(39631271-39631320)
chr4 (320-399)||(22364564-22364643)
chr4 (325-400)||(25784016-25784091)
chr4 (334-396)||(3287087-3287149)
chr4 (246-292)||(3287186-3287232)
chr4 (246-400)||(32525051-32525205)
chr4 (352-400)||(9118622-9118670)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (246-399)||(47480043-47480194)
chr7 (216-399)||(46576241-46576424)
chr7 (311-397)||(42974472-42974558)
chr7 (215-399)||(33496499-33496683)
chr7 (246-399)||(38754926-38755077)
chr7 (329-399)||(31741043-31741113)
chr7 (311-392)||(11752604-11752685)
chr7 (312-393)||(13768379-13768460)
chr7 (329-397)||(28713679-28713747)
chr7 (246-297)||(30922739-30922790)
chr7 (329-399)||(48460659-48460729)
chr7 (329-397)||(38349571-38349639)
chr7 (249-292)||(48460759-48460802)
chr7 (5-70)||(43805405-43805470)
chr7 (340-400)||(51937-51997)
chr7 (311-351)||(42601711-42601751)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (213-400)||(13988246-13988433)
chr5 (215-399)||(36890377-36890560)
chr5 (313-400)||(15285328-15285415)
chr5 (329-400)||(35905993-35906064)
chr5 (216-297)||(11247294-11247375)
chr5 (325-368)||(6043035-6043078)
chr5 (353-400)||(8378343-8378390)
chr5 (320-397)||(12248275-12248352)
chr5 (320-397)||(43100311-43100388)
chr5 (247-396)||(1447777-1447926)
chr5 (329-397)||(33687649-33687717)
chr5 (246-297)||(20151476-20151527)
chr5 (330-400)||(20151383-20151453)
chr5 (334-399)||(11247192-11247257)
chr5 (311-351)||(35799190-35799230)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (246-396)||(38247801-38247951)
chr3 (311-398)||(23004757-23004844)
chr3 (212-399)||(48034803-48034991)
chr3 (6-64)||(9359428-9359486)
chr3 (247-400)||(50989202-50989355)
chr3 (247-400)||(51092334-51092487)
chr3 (349-400)||(9271109-9271160)
chr3 (315-399)||(8330690-8330774)
chr3 (329-397)||(36674631-36674699)
chr3 (246-398)||(12224033-12224184)
chr3 (329-399)||(8496706-8496776)
chr3 (329-395)||(33288136-33288202)
chr3 (315-368)||(40725878-40725931)
chr3 (329-393)||(39947269-39947333)
chr3 (315-395)||(46135531-46135611)
chr3 (219-292)||(8496814-8496887)
chr3 (349-400)||(29915091-29915142)
chr3 (349-400)||(29964244-29964295)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (246-399)||(14314015-14314168)
chr6 (215-400)||(9045832-9046016)
chr6 (313-400)||(23915971-23916058)
chr6 (246-400)||(34792680-34792834)
chr6 (311-393)||(12748217-12748299)
chr6 (311-393)||(29429590-29429672)
chr6 (349-399)||(9521949-9521999)
chr6 (246-396)||(1244585-1244735)
chr6 (349-398)||(16717991-16718040)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (212-398)||(13696960-13697146)
chr2 (246-399)||(40095263-40095416)
chr2 (311-400)||(33299978-33300067)
chr2 (246-399)||(17823579-17823732)
chr2 (313-400)||(3121609-3121696)
chr2 (212-396)||(36272656-36272840)
chr2 (213-400)||(32599244-32599431)
chr2 (311-399)||(14945830-14945918)
chr2 (311-397)||(40216411-40216497)
chr2 (311-400)||(24475795-24475884)
chr2 (329-398)||(42061343-42061412)
chr2 (212-297)||(14242519-14242604)
chr2 (325-400)||(25333143-25333218)
chr2 (18-64)||(41195215-41195261)
chr2 (246-400)||(4434621-4434773)
chr2 (355-400)||(23860302-23860347)
chr2 (328-400)||(14242626-14242698)
chr2 (216-297)||(33555361-33555442)
chr2 (329-399)||(5562936-5563006)
chr2 (352-400)||(33555498-33555546)
[»] chr1 (27 HSPs)
chr1 (246-392)||(19989246-19989390)
chr1 (313-400)||(46845752-46845839)
chr1 (214-399)||(27325624-27325810)
chr1 (313-400)||(526995-527082)
chr1 (3-70)||(2308149-2308216)
chr1 (216-400)||(2402924-2403108)
chr1 (311-397)||(33502618-33502704)
chr1 (216-399)||(1994953-1995135)
chr1 (311-400)||(39858346-39858435)
chr1 (329-397)||(7178223-7178291)
chr1 (247-399)||(44797497-44797648)
chr1 (329-399)||(6487728-6487798)
chr1 (311-397)||(26040972-26041058)
chr1 (331-400)||(40294845-40294914)
chr1 (212-297)||(40030888-40030973)
chr1 (311-398)||(13276558-13276645)
chr1 (311-396)||(15225085-15225170)
chr1 (311-400)||(49430558-49430647)
chr1 (246-399)||(1673369-1673522)
chr1 (311-397)||(47571657-47571743)
chr1 (246-399)||(32267494-32267647)
chr1 (329-395)||(29637322-29637388)
chr1 (311-393)||(29731194-29731276)
chr1 (349-399)||(40030838-40030888)
chr1 (311-396)||(40314095-40314180)
chr1 (246-295)||(15066049-15066099)
chr1 (320-393)||(48489455-48489528)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (246-400)||(10260-10414)
[»] scaffold0933 (2 HSPs)
scaffold0933 (246-292)||(3085-3131)
scaffold0933 (329-394)||(3165-3231)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (9-60)||(520164-520215)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 101; Significance: 7e-50; HSPs: 26)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 100 - 216
Target Start/End: Original strand, 32916032 - 32916148
Alignment:
Q  100 aagaggtgggggaaatggtggtggaaattaaggtattatcgtggaattgcaactattttgtttatggggttgttagtggcagcttattgtttttgaggtg 199  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32916032 aagaggtgggggaaatggtggaggatattaagttattatggtggaattgcaactattttgtttatggggttgttagtggcagcttattgtttttgaggtg 32916131  T
Q  200 cttggtgttccgtttta 216  Q
    |||||||||||||||||    
T  32916132 cttggtgttccgtttta 32916148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 88
Target Start/End: Original strand, 32915332 - 32915419
Alignment:
Q  1 gaaaaatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaaacctttcaaattatctacttcctc 88  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32915332 gaaaaatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaaacctttcaaattatctacttcctc 32915419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 313 - 394
Target Start/End: Original strand, 41075693 - 41075774
Alignment:
Q  313 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcac 394  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  41075693 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 41075774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 313 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 2599617 - 2599530
Alignment:
Q  313 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  2599617 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 2599530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 313 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 31774810 - 31774729
Alignment:
Q  313 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcac 394  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  31774810 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 31774729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 311 - 399
Target Start/End: Original strand, 45413632 - 45413720
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  45413632 tgtgtggggaccatatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 45413720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 400 - 453
Target Start/End: Original strand, 32916140 - 32916193
Alignment:
Q  400 tccgttttatatacagcgtcatttttgtattgtgttttcagttgtggctagttc 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32916140 tccgttttatatacagcgtcatttttgtattgtgttttcagttgtggctagttc 32916193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 311 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 28898083 - 28897995
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  28898083 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 28897995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 216 - 398
Target Start/End: Original strand, 43065904 - 43066085
Alignment:
Q  216 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 315  Q
    |||||||||||||||| |||||        |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || ||||     
T  43065904 aggataatgttttatgtacacatttttttccatacatacattgtaccattccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 43066003  T
Q  316 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 398  Q
    |||| ||| | | |||| ||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  43066004 ggga-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 43066085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 215 - 400
Target Start/End: Original strand, 14342185 - 14342372
Alignment:
Q  215 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt-aagnnnnnnngtatgt 313  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||        || | |    
T  14342185 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgaattttttttgtgtat 14342284  T
Q  314 gtgggaaccatatgaacacatgtc-acaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    | ||| |||| | | |||| |||| | |||||| | |||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  14342285 ggggggaccacaaggacacttgtcaaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 14342372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 329 - 394
Target Start/End: Original strand, 16465724 - 16465789
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcac 394  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  16465724 acacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 319 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 27497252 - 27497174
Alignment:
Q  319 aaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 398  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||    
T  27497252 aaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaagtggtct-tgtatcactact 27497174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 329 - 391
Target Start/End: Original strand, 8368483 - 8368545
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtat 391  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  8368483 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 400
Target Start/End: Original strand, 10391399 - 10391488
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || ||||  || ||||||||||| ||||||    
T  10391399 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggcacatgccacctaagatgatctatgtatcattactct 10391488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 320 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 11904932 - 11904855
Alignment:
Q  320 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || |||| ||||| |||||||||||||    
T  11904932 accacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 11904855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 216 - 297
Target Start/End: Original strand, 4076768 - 4076849
Alignment:
Q  216 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 297  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  4076768 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacatattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 4076849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 255 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 45502806 - 45502693
Alignment:
Q  255 attgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtg 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||        | ||| |||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  45502806 attgtaccactctatgtgagagtgtctaagaggcaataaatatgagtttttttttgtgtatggagaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatg 45502707  T
Q  355 tacaagtggtacat 368  Q
    ||||||||||||||    
T  45502706 tacaagtggtacat 45502693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 399
Target Start/End: Original strand, 1993668 - 1993822
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaa--ccatatgaacacatgtcacaatt 343  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||||| | |||||||||| |||| ||        |||||||||| |  ||| | | |||| ||||| ||||    
T  1993668 catacacacattgtaccatttcatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagttttttt-tatgtgtggggagaccacaaggacacttgtcaaaatt 1993766  T
Q  344 gtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    || | |||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  1993767 gtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 1993822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 300
Target Start/End: Original strand, 5749058 - 5749112
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaag 300  Q
    |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5749058 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtaag 5749112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 24945421 - 24945367
Alignment:
Q  10 aatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaa 64  Q
    ||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24945421 aatgatttctagcttgccaaattgaccaaatagttgcatgccaaataatccacaa 24945367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 336 - 397
Target Start/End: Original strand, 31523631 - 31523692
Alignment:
Q  336 tcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  31523631 tcacaattatatatagatgtacaagtgatacatgtcatctaagatggtctatctatcactac 31523692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 333 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 12142147 - 12142083
Alignment:
Q  333 atgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| || |||| ||||| |||||||||||||    
T  12142147 atgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 12142083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 308 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 35200647 - 35200559
Alignment:
Q  308 gtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 396  Q
    |||||||| || |||  ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||  || ||| || |||| ||||| ||||||||||||    
T  35200647 gtatgtgtagggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 349 - 400
Target Start/End: Original strand, 4077093 - 4077144
Alignment:
Q  349 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||    
T  4077093 tgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactactct 4077144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 320 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 10592055 - 10592010
Alignment:
Q  320 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggta 365  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  10592055 accacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggta 10592010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 330 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 44081136 - 44081068
Alignment:
Q  330 cacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 398  Q
    ||||||||||||||   | ||| ||||||| || |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  44081136 cacatgtcacaattacgtgtggatgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtgtatgtatcactact 44081068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 216 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 51579763 - 51579581
Alignment:
Q  216 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 315  Q
    |||||||||||||||| | ||||       ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||    
T  51579763 aggataatgttttatgtaaacactttctttcatacacacattgtaccaccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtgagtttttttgtatgtgt 51579664  T
Q  316 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||    
T  51579663 gggaatcacatggacacatgtcacaattgtatttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatcactactc 51579581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 216 - 399
Target Start/End: Original strand, 24059134 - 24059315
Alignment:
Q  216 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||  |        ||  ||||    
T  24059134 aggataatgttttatgtacacactttcttccatacacacattgtaccaccccatgtaagagtgtgtaagagacaataaatgatattttttttgt--gtgt 24059231  T
Q  316 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24059232 gggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 24059315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 246 - 399
Target Start/End: Original strand, 5817409 - 5817562
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| | |||||||| |||||||||||| | ||       || |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  5817409 catacacacattgtaccaccccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttggtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgt 5817508  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
     | ||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||    
T  5817509 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 5817562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 308 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 51579411 - 51579323
Alignment:
Q  308 gtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 396  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  51579411 gtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 246 - 398
Target Start/End: Original strand, 25164500 - 25164652
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || ||||  ||||||| | | |||| ||||| ||||||    
T  25164500 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggaggaaccacaaggacacttgtcaaaattgt 25164599  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 398  Q
     | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  25164600 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 25164652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 246 - 400
Target Start/End: Original strand, 45995924 - 45996077
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtggga-accatatgaacacatgtcacaattg 344  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       ||  |||||||| |||| | |||||| ||||| |||||    
T  45995924 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgt--gtgtgggagaccacaagaacacttgtcaaaattg 45996021  T
Q  345 tatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    | | ||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||    
T  45996022 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactct 45996077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 215 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 17044186 - 17044003
Alignment:
Q  215 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 314  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||  |        || ||||    
T  17044186 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgggactttttttgtgtgtg 17044087  T
Q  315 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
     |||||||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  17044086 -gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 17044003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 246 - 400
Target Start/End: Original strand, 37605720 - 37605874
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||| |        || |||| ||| |||| | | |||| ||||| ||||||    
T  37605720 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 37605819  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
     | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  37605820 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 37605874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 311 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 41277303 - 41277220
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcac 394  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  41277303 tgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcac 41277220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 215 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 55281392 - 55281207
Alignment:
Q  215 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 314  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||| |        || ||||    
T  55281392 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 55281293  T
Q  315 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
     ||| |||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  55281292 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 55281207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 314 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 20107196 - 20107110
Alignment:
Q  314 gtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatggg-tgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  20107196 gtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 20107110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 311 - 400
Target Start/End: Original strand, 42179231 - 42179320
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||  || |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  42179231 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcattactct 42179320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 311 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 50498298 - 50498209
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||   | |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  50498298 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcactactct 50498209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 325 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 48525400 - 48525328
Alignment:
Q  325 atgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||||    
T  48525400 atgaacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 48525328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 213 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 43749280 - 43749092
Alignment:
Q  213 tttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatg 312  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||       |||||| | |||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||| |||| ||       || ||    
T  43749280 tttaggataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccactccatgtaagagtgtgtgagggacaatatatgtgagcttttttgtgtg 43749181  T
Q  313 tgtgg--gaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||||  | |||| | | |||| ||||| |||| | | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  43749180 tgtggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 43749092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 334 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 32290279 - 32290215
Alignment:
Q  334 tgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 398  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||    
T  32290279 tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 32290215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 297
Target Start/End: Original strand, 39631039 - 39631090
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 297  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  39631039 catatacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 39631090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 350 - 399
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631320
Alignment:
Q  350 gggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39631320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 320 - 399
Target Start/End: Original strand, 22364564 - 22364643
Alignment:
Q  320 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||  || | |||||||||||||||    
T  22364564 accacatggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcactactc 22364643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 325 - 400
Target Start/End: Original strand, 25784016 - 25784091
Alignment:
Q  325 atgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||||| ||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| || ||||  || ||||||||||||||||||    
T  25784016 atgaatacatgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaagatgatctatgtatcactactct 25784091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 334 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 3287149 - 3287087
Alignment:
Q  334 tgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 396  Q
    ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  3287149 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 3287232 - 3287186
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaata 292  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  3287232 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagataata 3287186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 246 - 400
Target Start/End: Original strand, 32525051 - 32525205
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    ||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||| ||||||||  ||       || |||||| | | || ||  |||||| ||||||||||    
T  32525051 catacacacattgtatcaccccatatgagagtgtgtgagagataataaatgacagtttttgtgtgtgtgtgtggaacacatagacacatatcacaattgt 32525150  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
     | ||| |||| |||||||| ||| || ||||  |||||||||||||||||||||    
T  32525151 gtgtggatgtataagtggtatatgccacctaagatggtctatgtatcactactct 32525205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 352 - 400
Target Start/End: Original strand, 9118622 - 9118670
Alignment:
Q  352 gtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||||||| || |||| || |||||||||| ||||||||||||||||    
T  9118622 gtgtacaagttgtgcatgccacctaaagtggtttatgtatcactactct 9118670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 246 - 399
Target Start/End: Original strand, 47480043 - 47480194
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactct-atgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattg 344  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47480043 catacacacattgtaccacccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagtttttttgt--gtgtgggaaccatatggacacatgtcacaattg 47480140  T
Q  345 tatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
T  47480141 tat-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 47480194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 216 - 399
Target Start/End: Original strand, 46576241 - 46576424
Alignment:
Q  216 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 315  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| |        || ||||     
T  46576241 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 46576340  T
Q  316 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||||||| | | |||| ||| | |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  46576341 gggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 46576424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 311 - 397
Target Start/End: Original strand, 42974472 - 42974558
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||||    
T  42974472 tgtgtggggaccatatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 42974558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 215 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 33496683 - 33496499
Alignment:
Q  215 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 314  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| || | ||       || ||||    
T  33496683 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtg 33496584  T
Q  315 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
     ||| | || |   |||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||    
T  33496583 gggggatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatccctactc 33496499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 246 - 399
Target Start/End: Original strand, 38754926 - 38755077
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||       ||  ||||||| | || ||| |||||||||| |||| |    
T  38754926 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttttgt--gtgtggggatcacatggacacatgtcataattat 38755023  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
     ||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
T  38755024 gtatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 38755077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 329 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 31741113 - 31741043
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
T  31741113 acacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 31741043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 11752685 - 11752604
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatc 392  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||    
T  11752685 tgtgtggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 312 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 13768460 - 13768379
Alignment:
Q  312 gtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatca 393  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  13768460 gtgtaggaaccatatggacacatatcacaattatatgtaggtgtgcaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatca 13768379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 329 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 28713747 - 28713679
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || |||| ||||| |||||||||||||    
T  28713747 acacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 28713679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 297
Target Start/End: Original strand, 30922739 - 30922790
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 297  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  30922739 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 30922790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 329 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 48460729 - 48460659
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||| ||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  48460729 acacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 48460659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 397
Target Start/End: Original strand, 38349571 - 38349639
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || ||||  |||| |||||||||||||    
T  38349571 acacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactac 38349639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 249 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 48460802 - 48460759
Alignment:
Q  249 acacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaata 292  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  48460802 acacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaata 48460759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 5 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 43805470 - 43805405
Alignment:
Q  5 aatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaaaccttt 70  Q
    |||||||||||| ||| ||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  43805470 aatcaaatgatttctcacttgccagataccctaaagagttgcatgccaaataatccataaaccttt 43805405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 340 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 51997 - 51937
Alignment:
Q  340 aattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||||||| | ||||||| | ||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  51997 aattgtatatagatgtacaaatagtacataccacctaaggtggtctatgtatcactactct 51937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 311 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 42601751 - 42601711
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgg 351  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  42601751 tgtgtggggaccatatcaacaaatgtcacaattgtatatgg 42601711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 213 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 13988433 - 13988246
Alignment:
Q  213 tttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatg 312  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| |        || ||    
T  13988433 tttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtg 13988334  T
Q  313 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    || ||| |||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  13988333 tggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 13988246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 215 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 36890560 - 36890377
Alignment:
Q  215 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 314  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| |||| ||       || ||||    
T  36890560 taggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcgatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg 36890461  T
Q  315 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
     |||| ||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  36890460 gggga-ccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 36890377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 313 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 15285415 - 15285328
Alignment:
Q  313 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15285415 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactct 15285328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 329 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 35906064 - 35905993
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  35906064 acacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactct 35905993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 216 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 11247375 - 11247294
Alignment:
Q  216 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 297  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  11247375 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 11247294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 325 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 6043078 - 6043035
Alignment:
Q  325 atgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacat 368  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6043078 atgaacatatgtcacaattatatatgggtgtacaagtggtacat 6043035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 353 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 8378390 - 8378343
Alignment:
Q  353 tgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  8378390 tgtacaaatggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcaccactct 8378343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 320 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 12248352 - 12248275
Alignment:
Q  320 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| || |||| ||| | |||||||||||||    
T  12248352 accacatggacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactac 12248275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 320 - 397
Target Start/End: Original strand, 43100311 - 43100388
Alignment:
Q  320 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||  || ||||  |||| |||||||||||||    
T  43100311 accacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactac 43100388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 247 - 396
Target Start/End: Original strand, 1447777 - 1447926
Alignment:
Q  247 atacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgta 346  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||||| | ||        | ||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||     
T  1447777 atacacacgttgtaccatccaatgtgagagtgtatgagagacaataaatatgagtttttttttttgtgtgggaactacatggacatatgtcacaattgtg 1447876  T
Q  347 tatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 396  Q
      ||| |||| |||||||||||| || ||||||| |||||| ||| ||||    
T  1447877 cgtggatgtataagtggtacatgccacctaaagttgtctatatataacta 1447926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 329 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 33687717 - 33687649
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| || ||||  || | |||||||||||||    
T  33687717 acacatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 33687649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 246 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 20151527 - 20151476
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 297  Q
    |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20151527 catacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgt 20151476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 330 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 20151453 - 20151383
Alignment:
Q  330 cacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||||||||| |||| | | ||||||| ||||||||| |||  | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  20151453 cacatgtcataattatgtgtgggtgttcaagtggtatatgctacctaaagtggtctatgtatcattactct 20151383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 334 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 11247257 - 11247192
Alignment:
Q  334 tgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    ||||| |||||| | ||| ||||||||| ||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  11247257 tgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactactc 11247192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 311 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 35799230 - 35799190
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgg 351  Q
    |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  35799230 tgtgtgggaaccatatcaataaatgtcacaattgtatatgg 35799190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 246 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 38247951 - 38247801
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |        || |||| |||||||| | | |||| ||||| ||||||    
T  38247951 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgt 38247852  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 396  Q
     | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  38247851 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 311 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 23004844 - 23004757
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 398  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  23004844 tgtgtggggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 23004757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 212 - 399
Target Start/End: Original strand, 48034803 - 48034991
Alignment:
Q  212 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtat 311  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| || | ||       || |    
T  48034803 tttttggataatgttttatgtacacacttttttccatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgtgt 48034902  T
Q  312 gtgtggga-accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    ||| |||  |||| | | |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||    
T  48034903 gtgggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcaccactc 48034991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 64
Target Start/End: Original strand, 9359428 - 9359486
Alignment:
Q  6 atcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaa 64  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9359428 atcatatgattcctagcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaataatccacaa 9359486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 50989355 - 50989202
Alignment:
Q  247 atacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgta 346  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       |  | |  ||| |||| | | |||| ||||| ||||||     
T  50989355 atacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 50989256  T
Q  347 tatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  50989255 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 50989202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 247 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 51092487 - 51092334
Alignment:
Q  247 atacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgta 346  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       |  | |  ||| |||| | | |||| ||||| ||||||     
T  51092487 atacacacattataccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgcgtttagggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtg 51092388  T
Q  347 tatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  51092387 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 51092334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 349 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 9271160 - 9271109
Alignment:
Q  349 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9271160 tgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactct 9271109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 315 - 399
Target Start/End: Original strand, 8330690 - 8330774
Alignment:
Q  315 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||| |||| ||| ||| || |||||||||| | ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8330690 tggggaccacatggacatatatcacaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 8330774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 329 - 397
Target Start/End: Original strand, 36674631 - 36674699
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  36674631 acacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactac 36674699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 398
Target Start/End: Original strand, 12224033 - 12224184
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    ||||||||| ||||||||||  | |||||||||||| |||||||||| |||| ||       || |||| ||| |||| | | |||| ||||| ||||||    
T  12224033 catacacac-ttgtaccacttcaggtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttcttgtgtgtgaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 12224131  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 398  Q
     | ||||||||||| ||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||    
T  12224132 gtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 12224184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 329 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 8496776 - 8496706
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||    
T  8496776 acacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaatactc 8496706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 329 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 33288202 - 33288136
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcact 395  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||    
T  33288202 acacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcact 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 315 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 40725931 - 40725878
Alignment:
Q  315 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacat 368  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40725931 tggggaccatataaacacatgtaacaattgtatatggatgtacaagtggtacat 40725878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 393
Target Start/End: Original strand, 39947269 - 39947333
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatca 393  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||    
T  39947269 acacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctatatatca 39947333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 46135611 - 46135531
Alignment:
Q  315 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcact 395  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||| ||| |||  ||||||||||||||||    
T  46135611 tgggaaccatgcggacacatgtcacaattgtatgtaggtgtacaaatgatacatgccatttaagatggtctatgtatcact 46135531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 219 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 8496887 - 8496814
Alignment:
Q  219 ataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaata 292  Q
    ||||||||| ||||||||||       |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  8496887 ataatgtttcatgcacacactttttttcatacacacattctaccactccatgtgagagtatgtgagagacaata 8496814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 349 - 400
Target Start/End: Original strand, 29915091 - 29915142
Alignment:
Q  349 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  29915091 tgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactct 29915142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 349 - 400
Target Start/End: Original strand, 29964244 - 29964295
Alignment:
Q  349 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  29964244 tgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactct 29964295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 246 - 399
Target Start/End: Original strand, 14314015 - 14314168
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |        || |||| |||||||| | | |||| ||||| ||||||    
T  14314015 catacacacattgtaccactttatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgt 14314114  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
     | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  14314115 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14314168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 215 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 9046016 - 9045832
Alignment:
Q  215 taggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtg 314  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||       || ||||    
T  9046016 taggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttgtgtgtgtg 9045917  T
Q  315 tgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
     | | |||| | |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  9045916 -gaggaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 9045832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 313 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 23916058 - 23915971
Alignment:
Q  313 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  23916058 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactactct 23915971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 246 - 400
Target Start/End: Original strand, 34792680 - 34792834
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || |||   |  |||| | | |||| ||||| |||| |    
T  34792680 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttgtgtgtgtagagagaccacaaggacacttgtcaaaattat 34792779  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    || ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  34792780 atgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 34792834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 311 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 12748299 - 12748217
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatca 393  Q
    ||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||    
T  12748299 tgtgtaggaaccacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 311 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 29429672 - 29429590
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatca 393  Q
    |||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| || |||| |||||||    
T  29429672 tgtgaggggaccatgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatca 29429590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 349 - 399
Target Start/End: Original strand, 9521949 - 9521999
Alignment:
Q  349 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||| |||||||    
T  9521949 tgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtattactactc 9521999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 396
Target Start/End: Original strand, 1244585 - 1244735
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    |||||||||||||||| |||  || |||||||||   |||||||||| |||| ||       || |||| ||| |||| | | |||| || || ||||||    
T  1244585 catacacacattgtactacttcatatgagagtgttcgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgccaaaattgt 1244684  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 396  Q
     | ||| ||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||    
T  1244685 gtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 349 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 16718040 - 16717991
Alignment:
Q  349 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 398  Q
    ||||||||||||||||| ||| || |||| ||||| ||||||||||||||    
T  16718040 tgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 16717991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 212 - 398
Target Start/End: Original strand, 13696960 - 13697146
Alignment:
Q  212 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtat 311  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| |        || |    
T  13696960 tttttggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgt 13697059  T
Q  312 gtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 398  Q
    ||| |||||||| | | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  13697060 gtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 13697146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 246 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 40095416 - 40095263
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||       || |||| ||| |||| |   |||| ||||| ||||||    
T  40095416 catacatacactgtaccactctatgcgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttttgtgtgtggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgt 40095317  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40095316 atgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactactc 40095263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 311 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 33300067 - 33299978
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  33300067 tgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcactactct 33299978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 246 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 17823732 - 17823579
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || |||| ||| |||| | | |||| | ||| ||||||    
T  17823732 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggggaccacaaggacacttatcaaaattgt 17823633  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    || |||||||||||||| |||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  17823632 atgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactactc 17823579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 313 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 3121696 - 3121609
Alignment:
Q  313 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3121696 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactct 3121609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 212 - 396
Target Start/End: Original strand, 36272656 - 36272840
Alignment:
Q  212 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtat 311  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||       |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| |||| ||       || |    
T  36272656 tttttggataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttgtgt 36272755  T
Q  312 gtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 396  Q
    ||||||| |||| | | |||| ||||| |||||| | |||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  36272756 gtgtggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 213 - 400
Target Start/End: Original strand, 32599244 - 32599431
Alignment:
Q  213 tttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatg 312  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| |||| ||       || ||    
T  32599244 tttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttttgtgtg 32599343  T
Q  313 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||  || |||| | | |||| ||||| |||| | | ||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  32599344 tggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 32599431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 311 - 399
Target Start/End: Original strand, 14945830 - 14945918
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||||||| |||| || ||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  14945830 tgtgtggggaccaaataaacacatgttacatttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14945918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 311 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 40216497 - 40216411
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    ||||| || |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  40216497 tgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaaggtggtttatatatcactac 40216411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 400
Target Start/End: Original strand, 24475795 - 24475884
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||||| || | ||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||  || |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  24475795 tgtgtggggactacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactct 24475884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 398
Target Start/End: Original strand, 42061343 - 42061412
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 398  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||    
T  42061343 acacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacccaaagtgctctatgtatcactact 42061412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 212 - 297
Target Start/End: Original strand, 14242519 - 14242604
Alignment:
Q  212 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 297  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||| ||||| ||||    
T  14242519 ttttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtctgagaggcaatacatgt 14242604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 325 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 25333218 - 25333143
Alignment:
Q  325 atgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||||||||||||||||| ||| | | | |||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||| ||||||||    
T  25333218 atgaacacatgtcacaaatgtgtgttgatgtacaagtggtacatgcgatccaaggtggtctatgtataactactct 25333143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 64
Target Start/End: Original strand, 41195215 - 41195261
Alignment:
Q  18 ctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaa 64  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  41195215 ctcgcttgccaaataacccaaatagtagcatgccaaataatccacaa 41195261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 246 - 400
Target Start/End: Original strand, 4434621 - 4434773
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||| ||||| |||||||||||||||||         ||||| ||||  | | ||| |||||||||||||| ||    
T  4434621 catacacacattgtaccacctcatgtgagaatgtgtgagagacaataaatgtaaaaaaaaat-tatgtatggggtc-acatggacacatgtcacaatagt 4434718  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
     | |||  |||||||||||||||| ||  ||| ||||||||| ||||||||||||    
T  4434719 gtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactactct 4434773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 355 - 400
Target Start/End: Original strand, 23860302 - 23860347
Alignment:
Q  355 tacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  23860302 tacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 23860347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 328 - 400
Target Start/End: Original strand, 14242626 - 14242698
Alignment:
Q  328 aacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||||| ||||| |||||| | |||||||||| |||||||||  || ||||  |||||||||||||||||||||    
T  14242626 aacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactactct 14242698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 216 - 297
Target Start/End: Original strand, 33555361 - 33555442
Alignment:
Q  216 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 297  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||    
T  33555361 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgacagacaatacatgt 33555442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 329 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5563006 - 5562936
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||||||||| |||| ||||||  |||| || ||||||||| || ||||| | ||||||||||||||||||    
T  5563006 acacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactactc 5562936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 352 - 400
Target Start/End: Original strand, 33555498 - 33555546
Alignment:
Q  352 gtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  33555498 gtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactactct 33555546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 27)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 246 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 19989390 - 19989246
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactct-atgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattg 344  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||        ||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||    
T  19989390 catacacacattgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacacaaaatgtaagttttt---tatgtgtggaaaccacatggacacatgtcacacttg 19989294  T
Q  345 tatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatc 392  Q
    ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19989293 tatgtggatgtacaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatc 19989246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 313 - 400
Target Start/End: Original strand, 46845752 - 46845839
Alignment:
Q  313 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46845752 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactct 46845839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 214 - 399
Target Start/End: Original strand, 27325624 - 27325810
Alignment:
Q  214 ttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtga-gagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatg 312  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||| |        || ||    
T  27325624 ttaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtg 27325723  T
Q  313 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    || |||||||| | | |||| | ||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  27325724 tgggggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 27325810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 313 - 400
Target Start/End: Original strand, 526995 - 527082
Alignment:
Q  313 tgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  526995 tgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 527082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 3 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 2308216 - 2308149
Alignment:
Q  3 aaaatcaaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatccacaaaccttt 70  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2308216 aaaatcgaatggttcctcgcttgccaaatagcccatatagttgcatgccaaatgatccacaaaccttt 2308149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 216 - 400
Target Start/End: Original strand, 2402924 - 2403108
Alignment:
Q  216 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 315  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       |||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||| |||| ||        | ||||     
T  2402924 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccattccatgtgagagtgtgcgagagacaatacatgtgagtttttttttgtgtgg 2403023  T
Q  316 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||| |||| | |||||| | ||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  2403024 ggggaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactactct 2403108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 311 - 397
Target Start/End: Original strand, 33502618 - 33502704
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    |||||||  ||||| |||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33502618 tgtgtggagaccatgtgaacatatgtcacaattgcatgtaggtgtacaagtggtacatgtcatctaatgtggtctatgtatcactac 33502704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 216 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 1995135 - 1994953
Alignment:
Q  216 aggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgt 315  Q
    |||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || ||||     
T  1995135 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 1995036  T
Q  316 gggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
     ||| ||| |   |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  1995035 agga-ccacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 1994953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 311 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 39858435 - 39858346
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  39858435 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactct 39858346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 329 - 397
Target Start/End: Original strand, 7178223 - 7178291
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  7178223 acacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcactac 7178291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 247 - 399
Target Start/End: Original strand, 44797497 - 44797648
Alignment:
Q  247 atacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgta 346  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||| ||       || | || |||| ||| | | |||| | ||| ||||||     
T  44797497 atacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtttggggga-ccacaaggacacttatcaaaattgtg 44797595  T
Q  347 tatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    | ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  44797596 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 44797648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 329 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 6487798 - 6487728
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  6487798 acacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactactc 6487728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 311 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 26041058 - 26040972
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||| | |||||||||||    
T  26041058 tgtgtggggaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactac 26040972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 331 - 400
Target Start/End: Original strand, 40294845 - 40294914
Alignment:
Q  331 acatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  40294845 acatgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactactct 40294914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 212 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 40030973 - 40030888
Alignment:
Q  212 ttttaggataatgttttatgcacacacnnnnnnncatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgt 297  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  40030973 ttttaggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgt 40030888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 311 - 398
Target Start/End: Original strand, 13276558 - 13276645
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactact 398  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||    
T  13276558 tgtgtgggtaccacatggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactact 13276645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 396
Target Start/End: Original strand, 15225085 - 15225170
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 396  Q
    |||||||| ||||| || ||| |||||||||||| || |||||||| |||| ||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  15225085 tgtgtggggaccatgtggacatatgtcacaattgcatgtgggtgtataagttgtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 400
Target Start/End: Original strand, 49430558 - 49430647
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    |||||||  |||| ||| ||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||| |||||    
T  49430558 tgtgtggagaccagatggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaccactct 49430647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 246 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 1673522 - 1673369
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    |||||||||||||||||| |  |||| ||||||| | |||||||||| || | ||       ||||||  |||||||| | | |||| | ||| ||||||    
T  1673522 catacacacattgtaccatttcatgtaagagtgtatgagagacaatacatatgagtttttttgtatgtaggggaaccacaaggacacttatcaaaattgt 1673423  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
     | ||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||    
T  1673422 gtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 1673369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 311 - 397
Target Start/End: Original strand, 47571657 - 47571743
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactac 397  Q
    ||||| || |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||| |||| ||||| ||| |||||||||    
T  47571657 tgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactac 47571743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 246 - 399
Target Start/End: Original strand, 32267494 - 32267647
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||| |||| ||       |||||||   | |||| | | |||| ||||| ||||||    
T  32267494 catacacacattgtactactccatgtgagagtgtgtgagagccaatacatgtgagtttttttgtatgtggaaggaccacaaggacacttgtcaaaattgt 32267593  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
     | ||||||||||| | ||||||| ||  |||  ||||||||||||||||||||    
T  32267594 gtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactactc 32267647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 329 - 395
Target Start/End: Original strand, 29637322 - 29637388
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcact 395  Q
    |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||    
T  29637322 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 311 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 29731276 - 29731194
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatca 393  Q
    ||||| || |||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||| || |||| ||||| |||||||||    
T  29731276 tgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 349 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 40030888 - 40030838
Alignment:
Q  349 tgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactc 399  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||    
T  40030888 tgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactactc 40030838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 311 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 40314180 - 40314095
Alignment:
Q  311 tgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcacta 396  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||   | |||| ||||| ||||||||||||    
T  40314180 tgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcacta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 246 - 295
Target Start/End: Original strand, 15066049 - 15066099
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactct-atgtgagagtgtgtaagagacaataaat 295  Q
    |||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  15066049 catacatacaatgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacaataaat 15066099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 320 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 48489528 - 48489455
Alignment:
Q  320 accatatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatca 393  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| || |||| ||| | |||||||||    
T  48489528 accacatggacagatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatca 48489455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 246 - 400
Target Start/End: Original strand, 10260 - 10414
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagnnnnnnngtatgtgtgggaaccatatgaacacatgtcacaattgt 345  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||| ||       || |||| | | |||| | | |||| ||||| |||| |    
T  10260 catacacacattgtaccactccatgtgagagtatgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgagaggaccacaaggacacttgtcaaaattat 10359  T
Q  346 atatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtctatgtatcactactct 400  Q
    || ||  | ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  10360 atgtgaatatacaagtagtacatgtcacctaaggtggtctatgtattactactct 10414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 292
Target Start/End: Original strand, 3085 - 3131
Alignment:
Q  246 catacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtaagagacaata 292  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  3085 catacacacattgtaccactccatgtgagagtgtatgagagacaata 3131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 329 - 394
Target Start/End: Original strand, 3165 - 3231
Alignment:
Q  329 acacatgtcacaattgtatatgggtgtacaagtggtacatgtcatctaaagtggtc-tatgtatcac 394  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  3165 acacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcatctaagatggtcttatgtatcac 3231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 60
Target Start/End: Original strand, 520164 - 520215
Alignment:
Q  9 aaatgattcctcgcttgccaaatagcccaaatagttgcatgccaaatgatcc 60  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||    
T  520164 aaatgatttctcgcttgccaaattgaccaaatagttgcatcccaaataatcc 520215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University