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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15030_low_4 (Length: 382)
Name: NF15030_low_4
Description: NF15030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15030_low_4 |
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| [»] chr7 (1 HSPs) |
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| [»] chr6 (1 HSPs) |
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| [»] chr1 (2 HSPs) |
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| [»] chr5 (1 HSPs) |
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| [»] chr2 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 382
Target Start/End: Original strand, 35347961 - 35348325
Alignment:
| Q |
18 |
cttatattttaggatgacttgaaatatacgtatgtggttatgtacttcaactcaattgcctttcttagggtcttatgcaatttacactcatcaccaaatt |
117 |
Q |
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| T |
35347961 |
cttatattttaggatgacttgaaatatacgtatgtggttatgtacttcaactcaattgcctttcttagggtcttatgcaatttacactcatcaccaaatt |
35348060 |
T |
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| Q |
118 |
tatcagttatgtatattgactatgaattcnnnnnnntgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaa |
217 |
Q |
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| T |
35348061 |
tatcagttatgtatattgactatgaattcaaaaaaatgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaa |
35348160 |
T |
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| Q |
218 |
tagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtagtgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaa |
317 |
Q |
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| T |
35348161 |
tagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtagtgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaa |
35348260 |
T |
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| Q |
318 |
tattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatatatgatctgaatgtttagcttatgaatatt |
382 |
Q |
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| T |
35348261 |
tattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatatatgatctgaatatttagcttatgaatatt |
35348325 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 382
Target Start/End: Original strand, 2275019 - 2275383
Alignment:
| Q |
18 |
cttatattttaggatgacttgaaatatacgtatgtggttatgtacttcaactcaattgcctttcttagggtcttatgcaatttacactcatcaccaaatt |
117 |
Q |
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| T |
2275019 |
cttatattttaggatgacttgaaatatacgtatgtggttatgtacttcaactcaattgcctttcttagggtcttatgcaatttacactcatcaccaaatt |
2275118 |
T |
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| Q |
118 |
tatcagttatgtatattgactatgaattcnnnnnnntgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaa |
217 |
Q |
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| T |
2275119 |
tatcagttatgtatattgactatgaattcaaaaaaatgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaa |
2275218 |
T |
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| Q |
218 |
tagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtagtgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaa |
317 |
Q |
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| T |
2275219 |
tagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtagtgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaa |
2275318 |
T |
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| Q |
318 |
tattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatatatgatctgaatgtttagcttatgaatatt |
382 |
Q |
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| T |
2275319 |
tattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatatatgatctgaatatttagcttatgaatatt |
2275383 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 382
Target Start/End: Original strand, 4012353 - 4012717
Alignment:
| Q |
18 |
cttatattttaggatgacttgaaatatacgtatgtggttatgtacttcaactcaattgcctttcttagggtcttatgcaatttacactcatcaccaaatt |
117 |
Q |
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| T |
4012353 |
cttatattttaggatgacttgaaatatacgtatgtggttatgtacttcaactcaattgcctttcttagggtcttatgcaatttacactcatcaccaaatt |
4012452 |
T |
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| Q |
118 |
tatcagttatgtatattgactatgaattcnnnnnnntgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaa |
217 |
Q |
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| T |
4012453 |
tatcagttatgtatattgactatgaattcaaaaaaatgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaa |
4012552 |
T |
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| Q |
218 |
tagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtagtgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaa |
317 |
Q |
| |
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| T |
4012553 |
tagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtagtgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaa |
4012652 |
T |
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| Q |
318 |
tattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatatatgatctgaatgtttagcttatgaatatt |
382 |
Q |
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| T |
4012653 |
tattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatatatgatctgaatatttagcttatgaatatt |
4012717 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 18 - 380
Target Start/End: Original strand, 25879237 - 25879585
Alignment:
| Q |
18 |
cttatattttaggatgacttgaaatatacgtatgtggttatgtacttcaactcaattgcctttcttagggtcttatgcaatttacactcatcaccaaatt |
117 |
Q |
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| T |
25879237 |
cttatattttaggatgacttgatatatacatatgtggttatgtgcttcaactcaattgtctttcttagggtcttatgcaatttacactcatcaccaaatt |
25879336 |
T |
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| Q |
118 |
tatcagttatgtatattgactatgaattcnnnnnnntgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaa |
217 |
Q |
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| T |
25879337 |
tatcaggtatgtatattgactatgaa--------------ataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaa |
25879422 |
T |
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| Q |
218 |
tagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtagtgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaa |
317 |
Q |
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| T |
25879423 |
tagtgtcataacagagagtgaagtagtatacagtagtgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagcaagttgtattcttttgtgtaa |
25879522 |
T |
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| Q |
318 |
tattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatatatgatctgaatgtttagcttatgaata |
380 |
Q |
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| T |
25879523 |
tattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatatatgatctgaatgtttagcttatgaata |
25879585 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 382
Target Start/End: Original strand, 39346509 - 39346873
Alignment:
| Q |
18 |
cttatattttaggatgacttgaaatatacgtatgtggttatgtacttcaactcaattgcctttcttagggtcttatgcaatttacactcatcaccaaatt |
117 |
Q |
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| T |
39346509 |
cttatattttaggatgacttgaaatatacgtatgtggttatgtacttcaactcaattgcctttcttagggtcttatgcaatttacactcatcaccaaatt |
39346608 |
T |
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| Q |
118 |
tatcagttatgtatattgactatgaattcnnnnnnntgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaa |
217 |
Q |
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| T |
39346609 |
tatcaattatgtatattgactatgaattcaaaaaaatgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaa |
39346708 |
T |
|
| Q |
218 |
tagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtagtgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaa |
317 |
Q |
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| T |
39346709 |
tagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtagtgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaa |
39346808 |
T |
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| Q |
318 |
tattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatatatgatctgaatgtttagcttatgaatatt |
382 |
Q |
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| T |
39346809 |
tattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatatatgatctgaatatttagcttatgaatatt |
39346873 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 265; Significance: 1e-148; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 55 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 10790127 - 10789814
Alignment:
| Q |
55 |
ttatgtacttcaactcaattgcctttcttagggtcttatgcaatttacactcatcaccaaatttatcagttatgtatattgactatgaattcnnnnnnnt |
154 |
Q |
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|
| T |
10790127 |
ttatgtgcttcaactcaattgcctttcttagggtcttatgcaatttacactcatcaccaaatttatcaggtatgtatattgactatgaa----------- |
10790039 |
T |
|
| Q |
155 |
gaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtagt |
254 |
Q |
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|
| T |
10790038 |
---ataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtagt |
10789942 |
T |
|
| Q |
255 |
gattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatata |
354 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10789941 |
gattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagcaagttgtattcttttgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatata |
10789842 |
T |
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| Q |
355 |
tgatctgaatgtttagcttatgaatatt |
382 |
Q |
| |
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| T |
10789841 |
tgatctgaatgtttagcttatgaatatt |
10789814 |
T |
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