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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15033_low_3 (Length: 514)

Name: NF15033_low_3
Description: NF15033
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15033_low_3
NF15033_low_3
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (22-502)||(14294929-14295408)
chr1 (22-502)||(51130828-51131307)
chr1 (232-357)||(20453997-20454123)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (22-502)||(36314815-36315295)
chr5 (232-464)||(41860796-41861026)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (22-502)||(30600-31079)
[»] scaffold0184 (1 HSPs)
scaffold0184 (22-502)||(448-926)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (22-502)||(16495666-16496144)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (22-474)||(28194951-28195402)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 14295408 - 14294929
Alignment:
Q  22 attcttttggccaaaatagcagcaaatattcggtgctcatacatatgcacataatcctttagaaggatactcagtttatagcctatttgaaattagccac 121  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||     
T  14295408 attctttcggccaaaatagcagcaaatattcggtgctcatacatatgcacataatcctttagaagtatactcactttataacctatttgaaattagccaa 14295309  T
Q  122 gatacgtaaataattactagtgtagcaactctatccnnnnnnnctagtagtgtagcaacaattcataaataaaatactaaataaataaatgcatgattaa 221  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14295308 gacacgtaaataattactagtgtagcaactctatccaaaaaaactactaatgtagcaacaattcataaataaaacactaaataaataaatgcatgattaa 14295209  T
Q  222 atgtattagcatcattagcctgttaagcaatatatttctttctaaaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagatat 321  Q
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T  14295208 -tgtattagcatcattagcctgttaagcagtatatttctttctaaaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagaaat 14295110  T
Q  322 cacaacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggcgaacttttgaatcgtattcaaatttattagatagccgaaattaatttatcaaa 421  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14295109 cacgacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggtgaacttttgaatcgtattcaaaattattagatagccgaaattaatttatcaaa 14295010  T
Q  422 actaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataaaacaacttatatatttacgacttatatt 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14295009 actaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataaaacaacttatgtatttacgacttatatt 14294929  T

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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 502
Target Start/End: Original strand, 51130828 - 51131307
Alignment:
Q  22 attcttttggccaaaatagcagcaaatattcggtgctcatacatatgcacataatcctttagaaggatactcagtttatagcctatttgaaattagccac 121  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||     
T  51130828 attctttcggccaaaatagcagcaaatattcggtgctcatacatatgcacataatcctttagaagtatactcactttataacctatttgaaattagccaa 51130927  T
Q  122 gatacgtaaataattactagtgtagcaactctatccnnnnnnnctagtagtgtagcaacaattcataaataaaatactaaataaataaatgcatgattaa 221  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  51130928 gacacgtaaataattactagtgtagcaactctatccaaaaaaactactaatgtagcaacaattcataaataaaacactaaataaataaatgcatgattaa 51131027  T
Q  222 atgtattagcatcattagcctgttaagcaatatatttctttctaaaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagatat 321  Q
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T  51131028 -tgtattagcatcattagcctgttaagcagtatatttctttctaaaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagaaat 51131126  T
Q  322 cacaacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggcgaacttttgaatcgtattcaaatttattagatagccgaaattaatttatcaaa 421  Q
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T  51131127 cacgacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggtgaacttttgaattgtattcaaaattattagatagtcgaaattaatttatcaaa 51131226  T
Q  422 actaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataaaacaacttatatatttacgacttatatt 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  51131227 actaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataaaacaacttatgtatttacgacttatatt 51131307  T

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Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 232 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 20454123 - 20453997
Alignment:
Q  232 atcattagcctgttaagcaatatatttctttctaaaggtattagcatcagactac-gttagttaaaattaatgttttgtgaaactagatatcacaacaca 330  Q
    ||||||||| | ||||| | |||||||||||| |||| || ||||||||  |||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||    
T  20454123 atcattagcttcttaagtagtatatttctttcaaaagctaatagcatcatgctactgttagttaaaattaatcttctgtgaaactagataccacaaaaca 20454024  T
Q  331 aataaccaattagagatcagaaaagca 357  Q
      ||  ||| ||||||| |||||||||    
T  20454023 cgtattcaaatagagataagaaaagca 20453997  T

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Target: chr5 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 502
Target Start/End: Original strand, 36314815 - 36315295
Alignment:
Q  22 attcttttggccaaaatagcagcaaatattcggtgctcatacatatgcacataatcctttagaaggatactcagtttatagcctatttgaaattagccac 121  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||     
T  36314815 attctttcggccaaaatagcagcaaatattcggtgctcatacatatgcacataatcctttagaagtatactcactttataacctatttgaaattagccaa 36314914  T
Q  122 gatacgtaaataattactagtgtagcaactctatccnnnnnnn-ctagtagtgtagcaacaattcataaataaaatactaaataaataaatgcatgatta 220  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||        ||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36314915 gacacgtaaataattactagtgtagcaactctatccaaaaaaaactactaatgtagcaacaattcataaataaaacactaaataaataaatgcatgatta 36315014  T
Q  221 aatgtattagcatcattagcctgttaagcaatatatttctttctaaaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagata 320  Q
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T  36315015 a-tgtattagcatcattagcctgttaagcagtatatttctttctaaaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagaaa 36315113  T
Q  321 tcacaacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggcgaacttttgaatcgtattcaaatttattagatagccgaaattaatttatcaa 420  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36315114 tcacgacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggtgaacttttgaatcgtattcaaaattattagatagccgaaattaatttatcaa 36315213  T
Q  421 aactaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataaaacaacttatatatttacgacttatatt 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36315214 aactaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataaaacaacttatgtatttacgacttatatt 36315295  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 232 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 41861026 - 41860796
Alignment:
Q  232 atcattagcctgttaagcaatatatttctttctaaaggtattagcatcagactac-gttagttaaaattaatgttttgtgaaactagatatcacaacaca 330  Q
    ||||||||| | ||||| | |||||||||||| | ||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||| |||    
T  41861026 atcattagcttcttaagtagtatatttctttcaataggtaatagcatcatgctactgttagttaaaattaatcttctgtcaaactagataccacaaaaca 41860927  T
Q  331 aataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggcgaacttttgaatcgtattcaaatttattagatagccgaaattaatttatcaaaactagga-t 429  Q
     |||  ||| ||||||| |||||||||   ||||||| | |||| |||| | || |||||   |||||||| |  |||||||||||||||||  |||| |    
T  41860926 catattcaaatagagataagaaaagcattggtttcggag-acttctgaaccatagtcaaa---attagatacctcaaattaatttatcaaaataaggatt 41860831  T
Q  430 tcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatt 464  Q
    |  |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  41860830 tttataatatttctatgcagtatctctcccgaatt 41860796  T

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Target: scaffold0013 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 502
Target Start/End: Original strand, 30600 - 31079
Alignment:
Q  22 attcttttggccaaaatagcagcaaatattcggtgctcatacatatgcacataatcctttagaaggatactcagtttatagcctatttgaaattagccac 121  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  30600 attctttcggccaaaatagcagcaaatattcggtgctcatacatatgcacataatcctttagaagtatactaagtttataacctatttgaaattagccac 30699  T
Q  122 gatacgtaaataattactagtgtagcaactctatccnnnnnnnctagtagtgtagcaacaattcataaataaaatactaaataaataaatgcatgattaa 221  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||        || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30700 gacacgtaaataattactagtgtagcaactctatccaaaaaaaatactaatgtagcaacaattcataaataaaacactaaataaataaatgcatgattaa 30799  T
Q  222 atgtattagcatcattagcctgttaagcaatatatttctttctaaaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagatat 321  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||    
T  30800 -tgtattagcatcattagcctgttaagcaatatatttctttctacaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatattttgtgaaattagaaat 30898  T
Q  322 cacaacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggcgaacttttgaatcgtattcaaatttattagatagccgaaattaatttatcaaa 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30899 cacaacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccggtttcggtgaacttttgaatcgtattcaaaattattagatagctgaaattaatttatcaaa 30998  T
Q  422 actaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataaaacaacttatatatttacgacttatatt 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30999 actaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataaaacaacttatatatttacgacttatatt 31079  T

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Target: scaffold0184 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 926 - 448
Alignment:
Q  22 attcttttggccaaaatagcagcaaatattcggtgctcatacatatgcacataatcctttagaaggatactcagtttatagcctatttgaaattagccac 121  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||     
T  926 attctttcggccaaaatagcagcaaatattcgatgctcatacatatgcacataatcctttagaagtatactcactttataacctatttgaaattagccaa 827  T
Q  122 gatacgtaaataattactagtgtagcaactctatccnnnnnnnctagtagtgtagcaacaattcataaataaaatactaaataaataaatgcatgattaa 221  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  826 gacacgtaaataattactagtgtagcaaatctatccaaaaaa-ctactaatgtagcaacaattcataaataaaacactaaataaataaatgcatgattaa 728  T
Q  222 atgtattagcatcattagcctgttaagcaatatatttctttctaaaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagatat 321  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  727 -tgtattagcatcattagcctgttaagcagtatatttctttctaaaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagaaat 629  T
Q  322 cacaacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggcgaacttttgaatcgtattcaaatttattagatagccgaaattaatttatcaaa 421  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  628 cacgacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggtgaacttttgaatcgtattcaaaattattagatagccgaaattaatttatcaaa 529  T
Q  422 actaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataaaacaacttatatatttacgacttatatt 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  528 actaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataaaacaacttatgtatttacgacttatatt 448  T

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Target: chr7 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 502
Target Start/End: Original strand, 16495666 - 16496144
Alignment:
Q  22 attcttttggccaaaatagcagcaaatattcggtgctcatacatatgcacataatcctttagaaggatactcagtttatagcctatttgaaattagccac 121  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||     
T  16495666 attctttcggccaaaatagcagcaaatattcgatgctcatacatatgcacataatcctttagaagtatactcactttataacctatttgaaattagccaa 16495765  T
Q  122 gatacgtaaataattactagtgtagcaactctatccnnnnnnnctagtagtgtagcaacaattcataaataaaatactaaataaataaatgcatgattaa 221  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16495766 gacacgtaaataattactagtgtagcaaatctatccaaaaaa-ctactaatgtagcaacaattcataaataaaacactaaataaataaatgcatgattaa 16495864  T
Q  222 atgtattagcatcattagcctgttaagcaatatatttctttctaaaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagatat 321  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16495865 -tgtattagcatcattagcctgttaagcagtatatttctttctaaaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagaaat 16495963  T
Q  322 cacaacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggcgaacttttgaatcgtattcaaatttattagatagccgaaattaatttatcaaa 421  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16495964 cacgacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggtgaacttttgaatcgtattcaaaattattagatagccgaaattaatttatcaaa 16496063  T
Q  422 actaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataaaacaacttatatatttacgacttatatt 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16496064 actaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataaaacaacttatgtatttacgacttatatt 16496144  T

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Target: chr3 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 474
Target Start/End: Original strand, 28194951 - 28195402
Alignment:
Q  22 attcttttggccaaaatagcagcaaatattcggtgctcatacatatgcacataatcctttagaaggatactcagtttatagcctatttgaaattagccac 121  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28194951 attctttcggccaaaatagcagcaaatattcggtgctcatacatatgcatataatcctttagaagtatactcagtttataacctatttgaaattagccac 28195050  T
Q  122 gatacgtaaataattactagtgtagcaactctatccnnnnnnnctagtagtgtagcaacaattcataaataaaatactaaataaataaatgcatgattaa 221  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||        || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28195051 gacacgtaaataattactagtgtagcaactctatccaaaacaaatactagtgtagcaacaattcataaataaaacactaaataaataaatgcatgattaa 28195150  T
Q  222 atgtattagcatcattagcctgttaagcaatatatttctttctaaaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagatat 321  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28195151 -tgtattagcatcattagcctgttaagcaatatatttctttctacaggtattagcatcagactacgttagttaaaattaatgttttgtgaaactagaaat 28195249  T
Q  322 cacaacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccagtttcggcgaacttttgaatcgtattcaaatttattagatagccgaaattaatttatcaaa 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28195250 cacaacacaaataaccaattagagatcagaaaagcaccgctttcggtgaacttttgaatcgtattcaaaattattagatagccgaaattaatttatcaaa 28195349  T
Q  422 actaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataa 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28195350 actaggattcaataatattcctatgcagcatctctcccgaatttcaaatataa 28195402  T

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