View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15034_high_1 (Length: 859)

Name: NF15034_high_1
Description: NF15034
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15034_high_1
NF15034_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-844)||(49538455-49539289)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 800; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 800; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 844
Target Start/End: Original strand, 49538455 - 49539289
Alignment:
Q  9 gagtgaaaagaaaggatggagtagatgagaatgagtgtgaataagaaagacgggtggcaaaagggaaaatgtaaagtattgtgatatgcttgaaaatgtc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49538455 gagtgaaaagaaaggatggagtagatgagaatgagtgtgaataagaaagacgagtggcaaaagg-aaaatgtaaagtattgtgatatgcttgaaaatgtc 49538553  T
Q  109 aatgaagataagttttctattaatcttgttattttgaatgtgaagcttcattacatgcatgcaaagttatgttactttactaccctttttccttgtagtg 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49538554 aatgaagataagttttctattaatcttgttattttgaatgtgaagcttcattacatgcatgcaaagttatgttactttactaccctttttccttgtagtg 49538653  T
Q  209 gtctagattaaaaatgtatatgacttacattgtgactttactaggttactagtggaggatttgattatgcttagttaattgactagagcacactaataga 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49538654 gtctagattaaaaatgtatatgacttacattgtgaatatactaggttactagtggaggatttgattatgcttagttaattgactagagcacactaataga 49538753  T
Q  309 gccattacgaattgcaactctatttgttaacgatatgagacaacaaattctaaaagatccaagccgctgcctccaaccaaacaccaaaagcaaaatgaaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49538754 gccattacgaattgcaactctatttgttaacgatatgagacaacaaattctaaaagatccaagccgctgcctccaaccaaacaccaaaagcaaaatgaaa 49538853  T
Q  409 tcttaaaccaactcaagagttcccaataaattcatcaatagaatcacgacattacacttccttatccttcaatccaagtggcataaaataacacctaaac 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49538854 tcttaaaccaactcaagagttcccaataaattcatcaatagaatcacgacattacacttccttatccttcaatccaagtggcataaaataacacctaaac 49538953  T
Q  509 aagaccggtccaaaaggctagacagacaatttgctagttttacatatattttaaaaaatagtatcttaaactaaatctatttcatgtgtggatgtttcca 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49538954 aagaccggtccaaaaggctagacagacaatttgctagttttacatatattttaaaaaatagtatcttaaactaaatctatttcatgtgtggatgtttcca 49539053  T
Q  609 aattatcgcttaattcatattttaatttaaaatgacactaaaagttaataaactaattagagatatttttataagaaataaacaaagtattttagtagtt 708  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49539054 aattaccgcttaattaatattttaatttaaaatgacactaaaagttaataaactaattagagatatttttataagaaataaacaaagtattttagtaatt 49539153  T
Q  709 taaaaatgaacttctattaaggaagaattctttaaacaattattatattgactaataaaggtagtatttattttattttatgaaaggtcgttgaaaaata 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49539154 taaaaatgaacttctattaaggaagaattctttaaacaattattatattgattaataaaggtagtatttattttattttatgaaaggtcgttgaaaaata 49539253  T
Q  809 catttgtgtcgtatgtttaatgtgaatatgtcaggt 844  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49539254 catttgtgtcgtatgtttaatgtgaatatgtcaggt 49539289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University