View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15040_high_2 (Length: 716)

Name: NF15040_high_2
Description: NF15040
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15040_high_2
NF15040_high_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-699)||(34524132-34524812)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 518; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 518; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 34524812 - 34524132
Alignment:
Q  1 taaattgttgtcaagttagttgttacattattttcaaaatttgaattatagatcttaacgtgtcttagttcaccaaccaagttatctacgtgatataagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |    
T  34524812 taaattgttgtcaagttagttgttacattagtttcaaaatttgaattatagatcttaacgtgtcttagttcaccaaccgagttatctacgtgacataaat 34524713  T
Q  101 gaggtgatgttattaaaaacaacgtaggtgatgtgaaactaacaagtagatttgacatgttcatgttgcaccgtgcacaatttagagttgttcaagagtc 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34524712 gaggtgatgttattaaagacaacgtaggtgatgtgaaactaataagtaggtttgacatgttcatgttgcaccgtgcacaatttggagttgttcaagagtc 34524613  T
Q  201 gtttgatctaagtgcactaaaatgtagatattgattcacaattcatcatcaacgatgaatttacattctccaatgttataattcaacataagggaatgaa 300  Q
    |                    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34524612 g--------------------atgtagatattgattcacaattcatcatcaactatgaatttacattctccaatgttataattcaacataagggaatgaa 34524533  T
Q  301 ttatgttggtgatctc--atcattattcttgttggatccaa-caacttaaaaaagtgcaagtgaatttttaacggttaattcgccaatatattctagcat 397  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34524532 ttatgtcggtgatctctcatcattattcttgttggatccaaacaacttaaaaaagtgcaagtgagtttt-aacggttaattcgtcaatatattctagcat 34524434  T
Q  398 gcagaagagaatcaaaaaaccctaacgattcaatatgcgtacaaattaaagacccaacacaatagtaaattttaacggtgagatcacactctatcttaaa 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34524433 gcagaagagaatcaaaaaaccctaacgattcaatatgcgtataaattaaagacctaatacaatagtgaattttaacggtgagatcacactctgtcttaaa 34524334  T
Q  498 ccattttttagaggttcatattacatgcgcctactttaaacaacccctaatatattatttactaacaaccattgtcaatattttagtaactttgaactat 597  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34524333 ccattttttagaggttcatgttacgtgcgcctacgttagacaaacccgaatatattatttactaacaaccattgtcaatattttagtaactttgaactat 34524234  T
Q  598 aatagatagttaatatatttatacaaaaatatctccctagctagctaacttattagtgataatcaaggaagaaggaggttattgattatttatccaggtt 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34524233 aatagatagttaatatatttatacaaaaatatctccctagctagctaacttattagtgataatcaaggaagaaggaggttattgattatttatccaggtt 34524134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University