View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15040_low_1 (Length: 970)

Name: NF15040_low_1
Description: NF15040
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15040_low_1
NF15040_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-939)||(36635469-36636399)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (141-206)||(10845290-10845355)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 845; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 845; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 939
Target Start/End: Complemental strand, 36636399 - 36635469
Alignment:
Q  1 cctaagctttaatatcaatagaatgtaagaatttcaatatcaagtgggatagtatatacttacttgagaacaaattgtgttccacacttcctctggccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36636399 cctaagctttaatatcaatagaatgtaagaatttcaatatcaagtgggatagtatatacttacttgagaacaaattgtgttccacacttcctctggccat 36636300  T
Q  101 gtactcatatattagcaccctatgttcgttttcgcagcagtatccaattaatttgaccaaatttggatgtgaaagctgccccaaaaatatcacttctgcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36636299 gtactcatatattagcaccctatgttcgttttcgcagcagtatccaattaatttgaccaaatttggatgtgaaagctgccccaaaaatatcacttctgcc 36636200  T
Q  201 tgtaaacaaagcaatcaaaaccacaactaatctaaatgctgttttctt-acaagtttctgtctctaaatttttgtcgttattttaattttcttgataatg 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36636199 tgtaaacaaagcaatcaaaaccacaactaatctaaatgctgttttctttacaagtttctgtctctaaatttttgtcgttattttaattttcttggtaatg 36636100  T
Q  300 atttttctatgtttagagagaatatatagataatataccagccattctctgtggccttgatgactattgtcaccatcatgaaccttaacagctacaggaa 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36636099 atttttctatgtttagagagaatatatagataatataccagccattctctgtggccttgatgactattgtcaccatcatgaaccttaacagctacaggaa 36636000  T
Q  400 gagaaggaagatcatcccttaactcctcagaaataaatcctttataaacacttccaaatccacctccccctaacacacgatccggtctaaaattcccagt 499  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36635999 gagaatgaagatcatcccttaactcctcagaaataaatcctttataaacacttccaaatccacctccccctaacacacgatctggtctaaaattcccagt 36635900  T
Q  500 tattttctttagctcatcataagtgaatgcaatcaatggatttgcagctgagttatcacgtctaagatcttcaacttcttcaggattcgatggtaactta 599  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36635899 tattttctttagttcatcataagtgaatgcaatcaatggatttgcagctgagttatcacgtctaagatcttcaacttcttcaggattcgatggtaactta 36635800  T
Q  600 ctatcatcgtgcctttctttcattgccacctggttttgttcttttcatcaaaccaaaatgagatattaatcagaacaaatcttttatatatatatccaca 699  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||    
T  36635799 ctatcatcgtgcctttctttcattgccacctggttttgttcttttcatcaaaccaaaatgagatattaatcagaacaaatcttttat----atatccaca 36635704  T
Q  700 ttttaattactttcatttattctaaaataacaaaaacaaggaaacactatataatatgtgactttaatttgatcttgatctataggagcattcgagttgg 799  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36635703 ttttaa--actttcatttattctaaaataacaaaaacaaggaaacac--tataatatgtgactttaatttgatcttgatctataggagcattcgagttgg 36635608  T
Q  800 atccctaactaaaatagtgtttgaacaaatatattaatttaccttcccaccaaactag---attactatgataatttctactcggaacttgagcgttaag 896  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36635607 atccctaactaaaatagtgtttgaacaaatat----atttaccttcccaccaaactagaatattactatgataatttctactcggaacttgagcgttaag 36635512  T
Q  897 tgataacacgcaataatcttaattcatatgtcacgttgtaata 939  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36635511 tgataacacacaataatcttaattcatatgtcacgttgtaata 36635469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 141 - 206
Target Start/End: Original strand, 10845290 - 10845355
Alignment:
Q  141 tatccaattaatttgaccaaatttggatgtgaaagctgccccaaaaatatcacttctgcctgtaaa 206  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  10845290 tatccaatcaattttaccaaatttggatgtcttagctgcccaagaaaaatcacttctgcctgtaaa 10845355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University