View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15040_low_10 (Length: 515)

Name: NF15040_low_10
Description: NF15040
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15040_low_10
NF15040_low_10
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (19-349)||(25658899-25659226)
chr3 (19-349)||(25665304-25665631)
chr3 (19-349)||(25671709-25672036)
chr3 (19-349)||(25678114-25678441)
chr3 (19-349)||(25684790-25685121)
chr3 (349-481)||(25659353-25659485)
chr3 (349-481)||(25665758-25665890)
chr3 (349-481)||(25672163-25672295)
chr3 (349-491)||(25678568-25678710)
chr3 (69-219)||(13002589-13002739)
chr3 (69-219)||(31252847-31252997)
[»] scaffold0029 (2 HSPs)
scaffold0029 (71-215)||(43042-43186)
scaffold0029 (71-215)||(18030-18174)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (71-215)||(33130018-33130162)
chr2 (97-215)||(33120275-33120393)
chr2 (69-181)||(19113241-19113353)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Original strand, 25658899 - 25659226
Alignment:
Q  19 aagtggaccataccatgttaatcttgaaatattttgtggaacgggtagctcaacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcgcac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25658899 aagtggaccataccatgttaatcttgaaatattttgtggaacgggtagctcaacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcacac 25658998  T
Q  119 ttaactgaagcatcttataagttaatagcgaagggactagttgaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaatt 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25658999 ttaactgaagcatcatataagttaatagcaaagggactagttgaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaatt 25659098  T
Q  219 ggtgaagaaaaaagttgcacttcataaatcattttaccaaaagtggttggatatagtacaatgggctagtctcctacaacacatggaaatcaatgttcaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |    
T  25659099 ggtgaagaaaaaagttgcacttcatacatcattttaccaaaagtggttggatatagtacaatgggctagt-tcctaca--acatggaaatcaatgttcga 25659195  T
Q  319 atctagaccgagagatgtgcctatatttagc 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25659196 atctagaccgagagatgtgcctatatttagc 25659226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Original strand, 25665304 - 25665631
Alignment:
Q  19 aagtggaccataccatgttaatcttgaaatattttgtggaacgggtagctcaacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcgcac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25665304 aagtggaccataccatgttaatcttgaaatattttgtggaacgggtagctcaacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcacac 25665403  T
Q  119 ttaactgaagcatcttataagttaatagcgaagggactagttgaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaatt 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25665404 ttaactgaagcatcatataagttaatagcaaagggactagttgaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaatt 25665503  T
Q  219 ggtgaagaaaaaagttgcacttcataaatcattttaccaaaagtggttggatatagtacaatgggctagtctcctacaacacatggaaatcaatgttcaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |    
T  25665504 ggtgaagaaaaaagttgcacttcatacatcattttaccaaaagtggttggatatagtacaatgggctagt-tcctaca--acatggaaatcaatgttcga 25665600  T
Q  319 atctagaccgagagatgtgcctatatttagc 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25665601 atctagaccgagagatgtgcctatatttagc 25665631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Original strand, 25671709 - 25672036
Alignment:
Q  19 aagtggaccataccatgttaatcttgaaatattttgtggaacgggtagctcaacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcgcac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25671709 aagtggaccataccatgttaatcttgaaatattttgtggaacgggtagctcaacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcacac 25671808  T
Q  119 ttaactgaagcatcttataagttaatagcgaagggactagttgaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaatt 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25671809 ttaactgaagcatcatataagttaatagcaaagggactagttgaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaatt 25671908  T
Q  219 ggtgaagaaaaaagttgcacttcataaatcattttaccaaaagtggttggatatagtacaatgggctagtctcctacaacacatggaaatcaatgttcaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |    
T  25671909 ggtgaagaaaaaagttgcacttcatacatcattttaccaaaagtggttggatatagtacaatgggctagt-tcctaca--acatggaaatcaatgttcga 25672005  T
Q  319 atctagaccgagagatgtgcctatatttagc 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25672006 atctagaccgagagatgtgcctatatttagc 25672036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Original strand, 25678114 - 25678441
Alignment:
Q  19 aagtggaccataccatgttaatcttgaaatattttgtggaacgggtagctcaacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcgcac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25678114 aagtggaccataccatgttaatcttgaaatattttgtggaacgggtagctcaacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcacac 25678213  T
Q  119 ttaactgaagcatcttataagttaatagcgaagggactagttgaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaatt 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25678214 ttaactgaagcatcatataagttaatagcaaagggactagttgaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaatt 25678313  T
Q  219 ggtgaagaaaaaagttgcacttcataaatcattttaccaaaagtggttggatatagtacaatgggctagtctcctacaacacatggaaatcaatgttcaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| |    
T  25678314 ggtgaagaaaaaagttgcacttcatacatcattttaccaaaagtggttggatatagtacaatgggctagt-tcctaca--acatggaaatcaatgttcga 25678410  T
Q  319 atctagaccgagagatgtgcctatatttagc 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25678411 atctagaccgagagatgtgcctatatttagc 25678441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 19 - 349
Target Start/End: Original strand, 25684790 - 25685121
Alignment:
Q  19 aagtggaccataccatgttaatcttgaaatattttgtggaacgggtagctcaacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcgcac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25684790 aagtggaccataccatgttaatcttgaaatattttgtggaacgggtagctcaacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcacac 25684889  T
Q  119 ttaactgaagcatcttataagttaatagcgaagggactagttgaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaatt 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25684890 ttaactgaagcatcatataagttaatagcaaagggactagttgaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaatt 25684989  T
Q  219 ggtgaagaaaaaagttgcacttcataaatcattttaccaaaagtggttggata---tagtacaatgggctagtctcctacaacacatggaaatcaatgtt 315  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  25684990 ggttaagaaaaaagttgcacttcatacatcattttaccaaaagtggttggatatagtagtacaatgggctagtctcctaca--acatggaaatcaatgtt 25685087  T
Q  316 caaatctagaccgagagatgtgcctatatttagc 349  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25685088 cgaatctagaccgagagatgtgcctatatttagc 25685121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 349 - 481
Target Start/End: Original strand, 25659353 - 25659485
Alignment:
Q  349 ctccaaaaaacaatttatcattgaaaatcgaatgcaatatgtattcttcaatgttctttaaaaaagaatgtattatgtgatattctttattttttgaata 448  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25659353 ctccaaaaaataatttatcattgaaaatcgaatgaaatatgtattcttcaatattctttaaaaaataatgtattatgtgatattctttatttttggaata 25659452  T
Q  449 atatagatttttctccactttatcatagtatat 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25659453 atatagatttttctccactttatcatagtatat 25659485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 349 - 481
Target Start/End: Original strand, 25665758 - 25665890
Alignment:
Q  349 ctccaaaaaacaatttatcattgaaaatcgaatgcaatatgtattcttcaatgttctttaaaaaagaatgtattatgtgatattctttattttttgaata 448  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25665758 ctccaaaaaataatttatcattgaaaatcgaatgaaatatgtattcttcaatattctttaaaaaataatgtattatgtgatattctttatttttggaata 25665857  T
Q  449 atatagatttttctccactttatcatagtatat 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25665858 atatagatttttctccactttatcatagtatat 25665890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 349 - 481
Target Start/End: Original strand, 25672163 - 25672295
Alignment:
Q  349 ctccaaaaaacaatttatcattgaaaatcgaatgcaatatgtattcttcaatgttctttaaaaaagaatgtattatgtgatattctttattttttgaata 448  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25672163 ctccaaaaaataatttatcattgaaaatcgaatgaaatatgtattcttcaatattctttaaaaaataatgtattatgtgatattctttatttttggaata 25672262  T
Q  449 atatagatttttctccactttatcatagtatat 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25672263 atatagatttttctccactttatcatagtatat 25672295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 349 - 491
Target Start/End: Original strand, 25678568 - 25678710
Alignment:
Q  349 ctccaaaaaacaatttatcattgaaaatcgaatgcaatatgtattcttcaatgttctttaaaaaagaatgtattatgtgatattctttattttttgaata 448  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25678568 ctccaaaaaataatttatcattgaaaatcgaatgaaatatgtattcttcaatattctttaaaaagtaatgtattatgtgatattctttatttttggaata 25678667  T
Q  449 atatagatttttctccactttatcatagtatatcattaaaact 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  25678668 atatagatttttctccactttatcataatatatctttgaaact 25678710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 69 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 13002739 - 13002589
Alignment:
Q  69 caacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcgcacttaactgaagcatcttataagttaatagcgaagggactagttgaaggccc 168  Q
    ||||||||||| | || |||||||||   ||||||||||||||  | || || || |||||  ||||||||  |||||| || ||| || | ||||||||    
T  13002739 caacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggccc 13002640  T
Q  169 ttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaattg 219  Q
    ||||||| ||||||| || ||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  13002639 ttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattg 13002589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 69 - 219
Target Start/End: Original strand, 31252847 - 31252997
Alignment:
Q  69 caacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcgcacttaactgaagcatcttataagttaatagcgaagggactagttgaaggccc 168  Q
    ||||||||||| | || |||||||||   ||||||||||||||  | || || || |||||  ||||||||  |||||| || ||| || | ||||||||    
T  31252847 caacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggccc 31252946  T
Q  169 ttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaattg 219  Q
    ||||||| ||||||| || ||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  31252947 ttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattg 31252997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 71 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 43186 - 43042
Alignment:
Q  71 acagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcgcacttaactgaagcatcttataagttaatagcgaagggactagttgaaggccctt 170  Q
    ||||||||| | || |||||||||  |||||||||||| ||  | ||||| ||||||||| |||||||| ||||||| || || |||||||| || || |    
T  43186 acagtttgctctgatccttcaaaacgtataaattgggacggaccacactttactgaagcagcttataagctaatagcaaaagggctagttgagggtccat 43087  T
Q  171 ttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttaga 215  Q
    || |||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  43086 tttcaaatccttctcttaaatcccctcttttcaaaatagcttaga 43042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 71 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 18174 - 18030
Alignment:
Q  71 acagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcgcacttaactgaagcatcttataagttaatagcgaagggactagttgaaggccctt 170  Q
    ||||||||| | || |||||||||  |||||||||||| ||  | ||||| ||||||||| |||||||| ||||||| || || |||||||| || || |    
T  18174 acagtttgctctgatccttcaaaacgtataaattgggacggaccacactttactgaagcagcttataagctaatagcaaaagggctagttgagggtccat 18075  T
Q  171 ttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttaga 215  Q
    || |||||||||| |||||  | ||||||||||| ||||||||||    
T  18074 tttcaaatccttctcttaagtcccctcttttcaaaatagcttaga 18030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 71 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 33130162 - 33130018
Alignment:
Q  71 acagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcgcacttaactgaagcatcttataagttaatagcgaagggactagttgaaggccctt 170  Q
    ||||||||| | || |||||||||  |||||||||||| ||  | ||||| ||||||||| |||||||| ||||||| || || |||||||| || || |    
T  33130162 acagtttgctctgatccttcaaaacgtataaattgggacggacctcactttactgaagcagcttataagctaatagcaaaagggctagttgagggtccat 33130063  T
Q  171 ttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttaga 215  Q
    || |||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  33130062 tttcaaatccttctcttaaatcccctcttttcaaaatagcttaga 33130018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 97 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 33120393 - 33120275
Alignment:
Q  97 tataaattgggatggctcgcacttaactgaagcatcttataagttaatagcgaagggactagttgaaggcccttttgcaaatccttcccttaaaactcct 196  Q
    |||||||||||| ||  | ||||| ||||||||| |||||||| ||||||| || || |||||||| || || ||| |||||||||| |||||| | |||    
T  33120393 tataaattgggacggacctcactttactgaagcagcttataagctaatagcaaaagggctagttgagggtccattttcaaatccttctcttaaatcccct 33120294  T
Q  197 cttttcaatatagcttaga 215  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  33120293 cttttcaaaatagcttaga 33120275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 69 - 181
Target Start/End: Original strand, 19113241 - 19113353
Alignment:
Q  69 caacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcgcacttaactgaagcatcttataagttaatagcgaagggactagttgaaggccc 168  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||| | || |||||| | |||| |  |||||| || |||||||||||||| ||    
T  19113241 caactgtttgctccgacccttctaaatatataaattgggatggaccccaccttacagaagcagcatataggcaaatagcaaaaggactagttgaaggtcc 19113340  T
Q  169 ttttgcaaatcct 181  Q
    |||||||||||||    
T  19113341 ttttgcaaatcct 19113353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University