View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF15040_low_9 (Length: 519)
Name: NF15040_low_9
Description: NF15040
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15040_low_9 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 467; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 17993165 - 17992670
Alignment:
| Q |
18 |
gggcaaaccggatttgaaacaaggtttttcaataaaaacaaaatcaactgaataaagtgggtcaacacacccctcacaacgagcacatgtattctgttga |
117 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
17993165 |
gggcaaaccggatttgaaacaaggttttccaataaaaacaaaatcaactgaataaagtgggtcaacacacccctcacaacgagcacatgtattctgttga |
17993066 |
T |
|
| Q |
118 |
gannnnnnnctttggaaaaccgtgtttcaaagccagttcaaagaaattatacataataaatagaagccaaatatatattatcttccttaagttaaatgtg |
217 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17993065 |
gatttttttctttggaaaaccgtgtttcaaagccagttcaaagaaattatacataataaatagaagccaaatatatattatcttccttaagttaaatgtg |
17992966 |
T |
|
| Q |
218 |
ttatagagaaaagatatatgtttaggtcattgcatgttgaaacaatttgattttcattatattaatttgttattacatatcaagacgtatatgtgatttt |
317 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
17992965 |
ttatagagaaaagatatatgtttaggtcattgcatgttgaaacaatttgattttcattatattaatttgttattacatatcaagacgtatatgtgatttt |
17992866 |
T |
|
| Q |
318 |
tattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaacaagattaac |
417 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17992865 |
tattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaacaagattaac |
17992766 |
T |
|
| Q |
418 |
cacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttctagacttggaatataatgatgatgtc |
513 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
17992765 |
cacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttctagacttggaatataatgatggtgtc |
17992670 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 138; Significance: 7e-72; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 288 - 505
Target Start/End: Original strand, 25074372 - 25074589
Alignment:
| Q |
288 |
tattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
387 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25074372 |
tattatatatcaagacatatatgtgattattattctaatgcatgtatttaaatatttatgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
25074471 |
T |
|
| Q |
388 |
atagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttc |
487 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25074472 |
atagttagagacgtctccaacaagattaaccaaattcctttacatgttactgattaccttgttggtcttcgatctcgaatttcagaagtgaattcacttc |
25074571 |
T |
|
| Q |
488 |
tagacttggaatataatg |
505 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
25074572 |
tagacttgggatataatg |
25074589 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 288 - 496
Target Start/End: Original strand, 26636148 - 26636356
Alignment:
| Q |
288 |
tattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
387 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| || |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26636148 |
tattatatatcaatacatatacgtgattgttattctgatacatgtatttaaatattcatgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
26636247 |
T |
|
| Q |
388 |
atagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttc |
487 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26636248 |
atagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattaccttgttggactcaaatctcgaatatcagaagtgaactcacttc |
26636347 |
T |
|
| Q |
488 |
tagacttgg |
496 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
26636348 |
tagacttgg |
26636356 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 288 - 496
Target Start/End: Original strand, 26742114 - 26742322
Alignment:
| Q |
288 |
tattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
387 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| || |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26742114 |
tattatatatcaatacatatacgtgattgttattctgatacatgtatttaaatattcatgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
26742213 |
T |
|
| Q |
388 |
atagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttc |
487 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26742214 |
atagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattaccttgttggactcaaatctcgaatatcagaagtgaactcacttc |
26742313 |
T |
|
| Q |
488 |
tagacttgg |
496 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
26742314 |
tagacttgg |
26742322 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 294 - 486
Target Start/End: Original strand, 26959634 - 26959826
Alignment:
| Q |
294 |
atatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagtt |
393 |
Q |
| |
|
||||||| || ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26959634 |
atatcaatacatatatgtgattgttattctaatacatgtatttaaatatttatgattggacagaaatgagtatgaacgtgattttattgaaaaaatagtt |
26959733 |
T |
|
| Q |
394 |
acagacacttccaacaagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcactt |
486 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
26959734 |
acagacgtctccaacaagattaaccatgttcctttacatgttgctgattaccttgttggtctcaaatctcgaatatcaaaagtgaattcactt |
26959826 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 288 - 496
Target Start/End: Original strand, 26975453 - 26975661
Alignment:
| Q |
288 |
tattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
387 |
Q |
| |
|
||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26975453 |
tattatatatcagtacatatatgtgattgttattctgatgcatgtatttaaatatttatgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
26975552 |
T |
|
| Q |
388 |
atagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttc |
487 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||| | |
|
|
| T |
26975553 |
atagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctttacatgttgctgattaccttgttggactcaaatctcgaatattaaaagtgaactcactac |
26975652 |
T |
|
| Q |
488 |
tagacttgg |
496 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
26975653 |
tagacttgg |
26975661 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 317 - 486
Target Start/End: Original strand, 26950274 - 26950443
Alignment:
| Q |
317 |
ttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaacaagattaa |
416 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |
|
|
| T |
26950274 |
ttattctgatgcatttatttaaatatttatgattggacagaaatgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaa |
26950373 |
T |
|
| Q |
417 |
ccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcactt |
486 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26950374 |
ccacgttcctctacatgttgctgattaccttgttggactcaaatctcgaatatcagaagtgaattcactt |
26950443 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 317 - 467
Target Start/End: Original strand, 31288836 - 31288986
Alignment:
| Q |
317 |
ttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaacaagattaa |
416 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
31288836 |
ttattctgatgcatttatttaaatatttatgattggacataaatgaatatgaacgagattttattgaaaaaatagttacagatgtctccaacaagattaa |
31288935 |
T |
|
| Q |
417 |
ccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaat |
467 |
Q |
| |
|
||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31288936 |
ccatgttcctttacatgttgctgattaccttgttggtctcaaatctcgaat |
31288986 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 332 - 508
Target Start/End: Original strand, 26849258 - 26849434
Alignment:
| Q |
332 |
tatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattaca |
431 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || || |
|
|
| T |
26849258 |
tattcaaatatttctgaatgaacagaaatgaatatgaacaccattttattgggaaaatagttaaggatgtctccaacaagatcaaccatgttcctttgca |
26849357 |
T |
|
| Q |
432 |
tgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttctagacttggaatataatgatg |
508 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
26849358 |
tgttgctgattaccttgttggacttaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttctagaattggaatctaatgatg |
26849434 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 309 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 27664864 - 27664677
Alignment:
| Q |
309 |
tgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaac |
408 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| || ||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
27664864 |
tgtgattgttattctaatacatctatttaaatatgtatgattggacagaaataaatatgaatacaaatttattgaagaaatagttacagacgtctccaac |
27664765 |
T |
|
| Q |
409 |
aagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttctagacttgg |
496 |
Q |
| |
|
||||| |||| || ||||||||||| || |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27664764 |
aagatcaaccgttgtcatttacatgttgctgagtaccttgttggactcgaatctcgaatatcagaagtgaattcacttctagacttgg |
27664677 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 305 - 394
Target Start/End: Original strand, 24716104 - 24716193
Alignment:
| Q |
305 |
tatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagtta |
394 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24716104 |
tatatgtgattgttattctgatgcacgtattataacatttatgattggacagaaatgaacatgaaggcgatgttattgaaaaaatagtta |
24716193 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 288 - 380
Target Start/End: Original strand, 25074191 - 25074283
Alignment:
| Q |
288 |
tattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttat |
380 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||||||||| |||||| |||| | || |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25074191 |
tattacatatcaatacatatatgtgattgctattctaatgcgtatagttaaatatctatgattggacataaatgaatatgaacgtgattttat |
25074283 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 306 - 370
Target Start/End: Original strand, 25074023 - 25074088
Alignment:
| Q |
306 |
atatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaa-tatttttgattggacagaaatgaatatgaac |
370 |
Q |
| |
|
|||| ||||| |||| || |||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
25074023 |
atatatgattgttatcctaatgcatgtatataaaatatttatgattggacagaaatggatatgaac |
25074088 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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