View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15042_high_1 (Length: 701)

Name: NF15042_high_1
Description: NF15042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15042_high_1
NF15042_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-688)||(12267522-12268209)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 688
Target Start/End: Original strand, 12267522 - 12268209
Alignment:
Q  1 caaaacccaagccaaagaagccaagggagctcaacatctgtctctttaaaaaccttgtcagaaaaatctagaggaataaaaccttctgagnnnnnnngag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||    
T  12267522 caaaacccaagccaaagaagccaagggagctcaacatctgtctctttaaaaacctagtcagaaaaatctagaggaataaaaccttctgagaaaaaaagag 12267621  T
Q  101 catagagaatataggtcaagaataaaagagagtatagaatataggcgaagatttgattaataatcagaaatggtttatcctcatcnnnnnnncttttcta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||    
T  12267622 catagagaatataggtcaagaataaaagagagtatagaatataggccaagatttgattaataatcagaaatggtttatcctcatctctttttcttttcta 12267721  T
Q  201 ttttgtaaaatgtacgcatggaacaaatcaaccaatggagagatgttttataaggatgcttacatgtttcaaaatcctccattgaataagcagcctaggg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12267722 ttttgtaaaatgtacgcatggaacaaatcaaccaatggtgagatgttttataaggatgcttacatgtttcaaaatcctccattgtataagcagcctaggg 12267821  T
Q  301 ctaagaatgtttggaaatcatttgttcctccttccagttcaatgccatcagatcacacaatgaataaatgacaaagctatagatactcatgctatgaatt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12267822 ctaagaatgtttggaaatcatttgttcctccttccagttcaatgccatcagatcacgcaatgaataaatgacaaagctatagatactcatactatgaatt 12267921  T
Q  401 aaaatctaataacttgaacccttcccactatagaaattaaagaggccttcaaagttgtcaatttggatttgattctatccacaactttctcttcaacaag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12267922 aaaatctaataacttgaacccttcccactatagaaattaaagatgccttcaaagttgtcaatttggatttgattctatccacaactttctcttcaacaag 12268021  T
Q  501 aagattattgttgtagacactatcattagtttgactctgaatttgatgaaggttagatttagttacttggaaattgatgttaatgtccccgaacacattc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12268022 aagattattgttgtagacactatcattagtttgactctgaatttgatgaaggttgtattcagttacttggaaattgatgttaatgtccccgaacacattc 12268121  T
Q  601 ttattccaatccttatgtttgactttcaaggatttgatgttttgactaagcacaaacatggggcacctagtgtaaacctcattccaag 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12268122 ttattccaatccttatgtttgactttcaaggatttgatgttttgactaagcacaaacatggggcacctagtgtaaacctcattccaag 12268209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University