View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15042_high_17 (Length: 290)

Name: NF15042_high_17
Description: NF15042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15042_high_17
NF15042_high_17
[»] chr6 (37 HSPs)
chr6 (11-273)||(24941713-24941975)
chr6 (12-273)||(21160849-21161110)
chr6 (11-253)||(24934180-24934422)
chr6 (17-273)||(29950121-29950377)
chr6 (17-273)||(30149046-30149302)
chr6 (17-253)||(24739439-24739675)
chr6 (22-273)||(30154024-30154275)
chr6 (163-273)||(30053092-30053202)
chr6 (179-273)||(29953918-29954012)
chr6 (33-241)||(15727424-15727632)
chr6 (182-273)||(24884824-24884915)
chr6 (12-271)||(30577994-30578253)
chr6 (125-259)||(30134781-30134913)
chr6 (118-273)||(30132332-30132487)
chr6 (29-225)||(29834746-29834942)
chr6 (29-225)||(29866180-29866376)
chr6 (33-241)||(29881970-29882178)
chr6 (33-241)||(29909126-29909334)
chr6 (22-106)||(29954012-29954096)
chr6 (126-273)||(15715210-15715357)
chr6 (29-271)||(29897613-29897850)
chr6 (114-241)||(29902872-29902999)
chr6 (24-243)||(30028664-30028883)
chr6 (141-271)||(28926773-28926903)
chr6 (117-271)||(29905258-29905412)
chr6 (54-271)||(29358205-29358422)
chr6 (29-241)||(24264008-24264220)
chr6 (29-241)||(29886828-29887040)
chr6 (33-241)||(29928808-29929016)
chr6 (19-190)||(16702325-16702496)
chr6 (28-239)||(24272205-24272416)
chr6 (54-241)||(29073319-29073506)
chr6 (54-241)||(29105892-29106079)
chr6 (41-271)||(29894096-29894326)
chr6 (125-241)||(29348854-29348970)
chr6 (29-150)||(25450649-25450770)
chr6 (127-241)||(29889149-29889263)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-273)||(44262817-44263079)
[»] scaffold0110 (1 HSPs)
scaffold0110 (17-273)||(44093-44349)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (54-273)||(24226376-24226595)
chr3 (19-243)||(16350571-16350795)
chr3 (47-225)||(24219507-24219685)
chr3 (19-152)||(11990833-11990966)
[»] scaffold0308 (1 HSPs)
scaffold0308 (19-208)||(8516-8705)
[»] scaffold0086 (1 HSPs)
scaffold0086 (19-243)||(31559-31783)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (15-271)||(19489767-19490023)
chr1 (69-241)||(17250884-17251056)
chr1 (19-229)||(41315790-41316000)
[»] scaffold0014 (4 HSPs)
scaffold0014 (19-154)||(105081-105216)
scaffold0014 (19-202)||(139819-140002)
scaffold0014 (19-243)||(121725-121949)
scaffold0014 (19-152)||(136895-137028)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (126-273)||(13904821-13904968)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (19-203)||(126417-126601)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (114-273)||(15063100-15063259)
chr2 (181-269)||(32760455-32760543)
[»] scaffold0573 (1 HSPs)
scaffold0573 (141-271)||(3780-3910)
[»] scaffold0177 (1 HSPs)
scaffold0177 (19-273)||(26875-27128)
[»] scaffold0654 (1 HSPs)
scaffold0654 (27-220)||(1497-1690)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (47-148)||(20888138-20888237)
chr5 (191-273)||(20888431-20888510)
[»] scaffold0051 (2 HSPs)
scaffold0051 (19-202)||(50799-50982)
scaffold0051 (22-202)||(43582-43762)
[»] scaffold0429 (1 HSPs)
scaffold0429 (22-152)||(5720-5850)
[»] scaffold1840 (1 HSPs)
scaffold1840 (19-203)||(930-1114)
[»] scaffold0572 (1 HSPs)
scaffold0572 (19-203)||(2752-2936)
[»] scaffold0237 (1 HSPs)
scaffold0237 (29-241)||(21874-22086)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (40-203)||(3642579-3642742)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 37)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 11 - 273
Target Start/End: Original strand, 24941713 - 24941975
Alignment:
Q  11 ttatactactctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24941713 ttatactactctaatatatggcttttgtattgtgggtcaatttaaagaagctgttcgtttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgtt 24941812  T
Q  111 caaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaaccta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24941813 caaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaaattaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaaccta 24941912  T
Q  211 atgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  24941913 atgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagaagtgaacagggcca 24941975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 12 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 21161110 - 21160849
Alignment:
Q  12 tatactactctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttc 111  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| ||||| | |||| | ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||     
T  21161110 tataatactttaatatatggcttttgcattgtgggtcaaatgaaacaagcaattgatttgttaaatgaaatgttgttgaaaaacatcagccccaatgttg 21161011  T
Q  112 aaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaa 211  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||    
T  21161010 taacttttaacacattggttgatggtttatgtaaggaaggagagatgaaaaaagctagaaaagtgttagcttttatgataaaacaaggcgtggaacttaa 21160911  T
Q  212 tgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  21160910 tgttgttacttatagttttttgatggatgggtatttcttggtcaaagaagtgaataaggcca 21160849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 11 - 253
Target Start/End: Original strand, 24934180 - 24934422
Alignment:
Q  11 ttatactactctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  ||||| | || ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |  || || |||    
T  24934180 ttatactactctaatatatggctgtttgattgtgggtcgattgaaagaagcagttggtttgttcaatcaaatgttgttgaaaaacattaaaccagacgtt 24934279  T
Q  111 caaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaaccta 210  Q
     | || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  24934280 tatacatttaatatattggttgatggtttatgtaaggaaggagagatgaaaaaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggattcta 24934379  T
Q  211 atgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggt 253  Q
    || |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||    
T  24934380 atattgttacttataattctttaatggatgggtatttcttggt 24934422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 29950377 - 29950121
Alignment:
Q  17 tactctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaact 116  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||| | | |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  29950377 tactctaatatatggtttttccattttgggtcaaatgaaagaagcagttggtttgttaaatcaaatgtcgatgaaaaacatcagtccggatgttcttact 29950278  T
Q  117 tttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttg 216  Q
    || | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||    
T  29950277 ttcactacattggtcgatggtttatgtaagcaaggagaggtgaaaaaagctagacatgtgttggctgttatgataaaacaacgtgtggaacctgatattg 29950178  T
Q  217 ttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    ||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  29950177 ttacttatagttctttaatggatggttatttcttggttaaagaagtcaacaaggcca 29950121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 273
Target Start/End: Original strand, 30149046 - 30149302
Alignment:
Q  17 tactctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaact 116  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||| | | |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  30149046 tactctaatatatggtttttccattttgggtcaaatgaaagaagcagttggtttgttaaatcaaatgtcgatgaaaaacatcagtccggatgttcttact 30149145  T
Q  117 tttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttg 216  Q
    || | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||    
T  30149146 ttcactacattggtcgatggtttatgtaagtaaggagaggtgaaaaaagctagatatgtgttggctgttatgataaaacaacgtgtggaacctgatattg 30149245  T
Q  217 ttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    ||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  30149246 ttacttatagttctttaatggatggttatttcttggttaaagaagtcaacaaggcca 30149302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 24739675 - 24739439
Alignment:
Q  17 tactctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaact 116  Q
    |||| |||| ||||||| ||  ||||| | || ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |  || ||  || | ||     
T  24739675 tactttaatgtatggctgtttgattgtgggtcgattgaaagaagcagttggtttgttcaatcaaatgttgttgaaaaacattaaaccagacatttataca 24739576  T
Q  117 tttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttg 216  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||      
T  24739575 tttaatatattggttgatggtttatgtaaggaaggagagatgaaaaaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaagtgtggatcctgatgtca 24739476  T
Q  217 ttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggt 253  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  24739475 ttacttataattctttgatggatgggtatttcttggt 24739439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 22 - 273
Target Start/End: Original strand, 30154024 - 30154275
Alignment:
Q  22 taatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaa 121  Q
    |||| ||||| ||||| ||||| | ||||||  |||||||||||| |||||| ||| ||||| |  | ||||||| || |||  ||||  | || || ||    
T  30154024 taatctatggattttgcattgtgggtcaattcgaagaagcagttggtttgttcaatgaaatgatactcaaaaacaccaaccccaatgtgtataccttcaa 30154123  T
Q  122 tacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttact 221  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||| || ||| ||  |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||    
T  30154124 tatattggttgatggtttatgtaaggaaggagaggtgaaaagagctaaaagtgttttgactgttatgataaaacaacatgtggaacctgatgttgttact 30154223  T
Q  222 tatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  30154224 tataattctttgatggatgggtatttcttggttaaagaagtgaataaggcca 30154275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 163 - 273
Target Start/End: Original strand, 30053092 - 30053202
Alignment:
Q  163 aagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgt 262  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||    
T  30053092 aagctacaagtgtgttatctgttatgataaaacaaggcgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtatttcttggtaaaagaagt 30053191  T
Q  263 gaacaaggcca 273  Q
     ||||||||||    
T  30053192 caacaaggcca 30053202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 179 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 29954012 - 29953918
Alignment:
Q  179 agctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| || ||||||||||    
T  29954012 agctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtatttcctagttaaagaagtcaacaaggcca 29953918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 33 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 15727632 - 15727424
Alignment:
Q  33 ttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttg 132  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||  |||||||| | ||||||||||||| ||| ||| || | |||||||| | ||||||||    
T  15727632 ttttgcattgttggtcaattgaaagaagcatttggtttgttctatcaaatgctattgaaaaacatcaacccagatatttatacttttaacatattggttg 15727533  T
Q  133 atggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttcttt 232  Q
    ||| | |||||||||||||| |  | ||| |||||| ||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| || | ||| ||    
T  15727532 atgttctatgtaaggaaggaaagatcaaagaagctaaaaatgtgatagctgtgatgatgaaagaaggtgtggaacctgatgttgttacatacaattcatt 15727433  T
Q  233 gatggatgg 241  Q
     ||||||||    
T  15727432 aatggatgg 15727424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 182 - 273
Target Start/End: Original strand, 24884824 - 24884915
Alignment:
Q  182 tgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24884824 tgttatgataagacaagttgtggaacctaatgttgttacttatacttctttaatggatggttatttcttggttaaagaagtgaacaaggcca 24884915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 30578253 - 30577994
Alignment:
Q  12 tatactactctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttc 111  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||  |||| ||  ||  |||||| ||| |||||   |||||||||||   |||  |||||     
T  30578253 tataatactctaatatatggtttttgtattgtgggtcaattggaagatgctattcgtttgtttaatgaaatgagattgaaaaacattgtcccaaatgttt 30578154  T
Q  112 aaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaa 211  Q
      | |||||||| |||| | |||||||||||||||||||| || || |||  || || || ||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  30578153 gtagttttaatatattgatcgatggtttatgtaaggaaggtgatgtgaaaggaggtaaaagtgttttggctgttatgataaaacaaagtgtgaaacctga 30578054  T
Q  212 tgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggc 271  Q
    ||||||||||| || |||||| || ||||||| ||||||||||||| | | |||||||||    
T  30578053 tgttgttacttgtagttctttaatagatgggtatttcttggttaaaaaagcgaacaaggc 30577994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 125 - 259
Target Start/End: Original strand, 30134781 - 30134913
Alignment:
Q  125 attggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttat 224  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||  | | || |||||||||||||| | ||| ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  30134781 attggatgatggtttatgtaaggaaggag--ggtgaaaaagctagaaatgtgatggctattatgttaaaacatggcgtggaacctaatgttgttacttat 30134878  T
Q  225 acttctttgatggatgggtgtttcttggttaaaga 259  Q
    | || ||| |||||| | | |||||||||||||||    
T  30134879 agttttttaatggatagatatttcttggttaaaga 30134913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 118 - 273
Target Start/End: Original strand, 30132332 - 30132487
Alignment:
Q  118 ttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgt 217  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||  | ||| ||| ||| |||| ||| ||||| |||||||||||| | || |||| |||||||||    
T  30132332 ttaatatattggttgatagtttatgtaagaaaggagagatgaaaaaagttagcaatgcgttggctgtaatgataaaacaa-gagttgaacttaatgttgt 30132430  T
Q  218 tactt-atacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    ||||| ||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  30132431 tacttaatagttctttaatggatggttatttcttggttaaagaagtgaacatggcca 30132487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 225
Target Start/End: Original strand, 29834746 - 29834942
Alignment:
Q  29 tggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattg 128  Q
    ||||||||| ||||||| | |||| ||||| ||| ||| |||||| ||| |||||   ||| ||||||||| ||| ||| |  | || ||||||| ||||    
T  29834746 tggcttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaattggtttgttcaataaaatgacattggaaaacatcaaccctgatatgtatacctttaatatattg 29834845  T
Q  129 gttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttata 225  Q
    |||||||  || |||||||||||| || | ||| |||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||  || |||| ||||||||||||||||    
T  29834846 gttgatgcattttgtaaggaaggaaaaatgaaagaagctaaaaatgtgttagctatgatgatgaaacaaggcatgaaacccaatgttgttacttata 29834942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 225
Target Start/End: Original strand, 29866180 - 29866376
Alignment:
Q  29 tggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattg 128  Q
    ||||||||| ||||||| | |||| ||||| ||| ||| |||||| ||| |||||   ||| ||||||||| ||| ||| |  | || ||||||| ||||    
T  29866180 tggcttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaattggtttgttcaataaaatgacattggaaaacatcaaccctgatatgtatacctttaatatattg 29866279  T
Q  129 gttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttata 225  Q
    |||||||  || |||||||||||| || | ||| |||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||  || |||| ||||||||||||||||    
T  29866280 gttgatgcattttgtaaggaaggaaaaatgaaagaagctaaaaatgtgttagctatgatgatgaaacaaggcatgaaacccaatgttgttacttata 29866376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 241
Target Start/End: Original strand, 29881970 - 29882178
Alignment:
Q  33 ttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttg 132  Q
    ||||| ||||||| | |||| ||||| ||| |||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||  ||| ||||  | || |||| || ||||||||    
T  29881970 ttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaattgatttgtttaataaaatgatattggaaaacatcaatccgaatgtgtatacctttagtatattggttg 29882069  T
Q  133 atggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttcttt 232  Q
    |||| || ||||||||||||   || ||| |||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||  |  ||||| ||||||||||||| |  |||||    
T  29882070 atggattttgtaaggaaggaagggtgaaagaagctaaaaatgtgttagctatgatgatgaaacaaggcattaaacctgatgttgttacttacagctcttt 29882169  T
Q  233 gatggatgg 241  Q
     ||||||||    
T  29882170 aatggatgg 29882178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 241
Target Start/End: Original strand, 29909126 - 29909334
Alignment:
Q  33 ttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttg 132  Q
    ||||| ||||||| | |||| ||||| ||| |||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||  ||| ||||  | || |||| || ||||||||    
T  29909126 ttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaattgatttgtttaataaaatgatattggaaaacatcaatccgaatgtgtatacctttagtatattggttg 29909225  T
Q  133 atggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttcttt 232  Q
    |||| || ||||||||||||   || ||| |||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||  |  ||||| ||||||||||||| |  |||||    
T  29909226 atggattttgtaaggaaggaagggtgaaagaagctaaaaatgtgttagctatgatgatgaaacaaggcattaaacctgatgttgttacttacagctcttt 29909325  T
Q  233 gatggatgg 241  Q
     ||||||||    
T  29909326 aatggatgg 29909334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 29954096 - 29954012
Alignment:
Q  22 taatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccgga 106  Q
    |||||||||||||||| ||||| |  |  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29954096 taatatatggcttttgcattgtgggacggttgaaagaagcagttaatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagtccgga 29954012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 126 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 15715357 - 15715210
Alignment:
Q  126 ttggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttata 225  Q
    |||||||||| | | ||||| |||||| | ||||||||||||| |||| || ||||| | ||||| ||||||||||||| |||  |||||||||| ||||    
T  15715357 ttggttgatgctctttgtaaagaaggaaatgttaaacaagctaaaaatatgatagctatgatgatgaaacaaggtgtggtacccgatgttgttacatata 15715258  T
Q  226 cttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    ||||  | |||||||||| || ||| |||||  | |||||||||||||    
T  15715257 cttcactaatggatgggtattgcttagttaatcaagtgaacaaggcca 15715210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 271
Target Start/End: Original strand, 29897613 - 29897850
Alignment:
Q  29 tggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattg 128  Q
    ||||||||| ||||||| | |||| ||||| ||| ||| |||||| ||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||  | || |||| || | ||    
T  29897613 tggcttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaattggtttgttcaataaaatgatattgaaaaacatcatcccggatgtgtatacctttagtata-tg 29897711  T
Q  129 gttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatactt 228  Q
    |||||||| || |||||||||||    || ||| |||||| ||||||||| ||| | ||||| |||||||   |  ||||||||||| |||||||||  |    
T  29897712 gttgatggattttgtaaggaagg----gtgaaagaagctaaaaatgtgtttgctatgatgatgaaacaagacattaaacctaatgtttttacttataact 29897807  T
Q  229 ctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggc 271  Q
    |||| |||||||| | || | | |||||||| ||||| |||||    
T  29897808 ctttaatggatggatattgcctagttaaagaagtgaataaggc 29897850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 241
Target Start/End: Original strand, 29902872 - 29902999
Alignment:
Q  114 acttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatg 213  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||   || ||| |||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||  |  ||||| | |    
T  29902872 acttttactatattggttgatggtttttgtaaggaaggaagggtgaaagaagctaaaaatgtgttagctatgatgatgaaacaaggcatcaaacctgacg 29902971  T
Q  214 ttgttacttatacttctttgatggatgg 241  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||||    
T  29902972 ttgttacttataactctttaatggatgg 29902999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 243
Target Start/End: Original strand, 30028664 - 30028883
Alignment:
Q  24 atatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaata 123  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||| || ||||| || |||   ||||| ||| ||||| |||||||||||||   |||||||||| | ||||||||||    
T  30028664 atatatggtttttgtattgtgggtcagttgaaagatgctgttaggttgtttaatgaaatgatgttgaaaaacattgacccggatgtttatacttttaata 30028763  T
Q  124 cattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttactta 223  Q
     |||| ||||||| || |||||| | |||||  | | | ||||||| ||| |||| | | | |||||||||   || ||  ||| |||||||||||||||    
T  30028764 tattgattgatgggttgtgtaagaatggagagatgagaaaagctaggaatttgttgggtttgatgataaaaagtggagttaaacttaatgttgttactta 30028863  T
Q  224 tacttctttgatggatgggt 243  Q
    || |||||| ||||||||||    
T  30028864 tagttctttaatggatgggt 30028883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 28926903 - 28926773
Alignment:
Q  141 tgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatg 240  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| ||||  ||||| ||| ||||| |  ||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||    
T  28926903 tgtaaggaaggaaaagtaaaagaagctaaaaatgtgtttgctgcgatgatgaaaaaaggtttcaaacctaacgttgttacttatagctctttaatggatg 28926804  T
Q  241 ggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggc 271  Q
    | | || | | |||||||| |||||||||||    
T  28926803 gatattgccttgttaaagaagtgaacaaggc 28926773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 117 - 271
Target Start/End: Original strand, 29905258 - 29905412
Alignment:
Q  117 tttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttg 216  Q
    ||||||| ||| |||||||  || |||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| | ||||||||| ||| ||||| |  |||||||  |||    
T  29905258 tttaatatattcgttgatgcattttgtaaggaaggaaaagtaaaagaagctaaaaatgtgtttgttgttatgatgaaaaaaggtttcaaacctaactttg 29905357  T
Q  217 ttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggc 271  Q
    |||||||||  ||||| |||||||| | || |||  ||||||| ||||| |||||    
T  29905358 ttacttataactctttaatggatggatattgcttacttaaagaagtgaataaggc 29905412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 54 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 29358422 - 29358205
Alignment:
Q  54 aaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggag 153  Q
    ||||| ||||||||| |||| ||| ||||| | ||| ||||||||| |||||||||  | || |||| || ||| |||||||| || ||||||||||||     
T  29358422 aaagatgcagttgatctgtttaataaaatgatattggaaaacatcaacccggatgtgtatacctttactatattagttgatggattttgtaaggaaggaa 29358323  T
Q  154 aagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggt 253  Q
      || ||| |||||| ||||||||||||| | ||||| | ||||||  |  |||||   |||||||||||||  ||||| |||||||| | |||| | ||    
T  29358322 gggtgaaagaagctaaaaatgtgttagctatgatgatgatacaaggcattaaacctggcgttgttacttataactctttaatggatggatatttcctagt 29358223  T
Q  254 taaagatgtgaacaaggc 271  Q
    |||| | ||||| |||||    
T  29358222 taaacaagtgaataaggc 29358205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 24264220 - 24264008
Alignment:
Q  29 tggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattg 128  Q
    ||||||||| ||||||| | |||| ||||| ||| ||| |||||| ||| |||||   | | ||||||||| ||| |||||  | |||||||||| ||||    
T  24264220 tggcttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaattggtttgttcaataaaatgacatcggaaaacatcaaccctgatgtgtatacttttaatatattg 24264121  T
Q  129 gttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatactt 228  Q
    |||||||  || ||||||||||||   || ||| |||||| ||||| ||||||| | ||||| ||||||||  |  ||||| |  ||||||||||||  |    
T  24264120 gttgatgcattttgtaaggaaggaagggtgaaagaagctaaaaatgggttagctatgatgatgaaacaaggcattaaacctgacattgttacttataact 24264021  T
Q  229 ctttgatggatgg 241  Q
    |||| ||||||||    
T  24264020 ctttaatggatgg 24264008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 241
Target Start/End: Original strand, 29886828 - 29887040
Alignment:
Q  29 tggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattg 128  Q
    ||||||||| ||||||| | |||| ||||| |||  |||||| || ||| |||||   | ||||||||||| |||   |||  | |||||||||| ||||    
T  29886828 tggcttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaactgatttattcaataaaatgacatcgaaaaacatcaacccaactgtgtatacttttaatatattg 29886927  T
Q  129 gttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatactt 228  Q
    |||||||  || |||||||||||| | || ||| | |||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||  |  | ||||||| |||||||||||  |    
T  29886928 gttgatgcattttgtaaggaaggaaacgtaaaagaggctaaaaatgtgttagctatgatgatgaaacaaggcatcaatcctaatgctgttacttatagct 29887027  T
Q  229 ctttgatggatgg 241  Q
    |||| ||||||||    
T  29887028 ctttaatggatgg 29887040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 241
Target Start/End: Original strand, 29928808 - 29929016
Alignment:
Q  33 ttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttg 132  Q
    ||||| ||||||| | |||| ||||| ||| ||||||| || ||| ||||| | ||| |||||||||  ||| || |  | || |||| || ||||||||    
T  29928808 ttttgcattgttggtaaattgaaagatgcatttgatttttttaataaaatgatattgtaaaacatcattccgtatttgtatacctttagtatattggttg 29928907  T
Q  133 atggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttcttt 232  Q
    |||| || ||||||||||||   || ||| |||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||  |  ||||| ||||||||||||| |  |||||    
T  29928908 atggattttgtaaggaaggaagggtgaaagaagctaaaaatgtgttagctatgatgatgaaacaaggcattaaacctgatgttgttacttacagctcttt 29929007  T
Q  233 gatggatgg 241  Q
     ||||||||    
T  29929008 aatggatgg 29929016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 16702496 - 16702325
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||| ||| | ||||| ||||||| |||||| ||||||||  ||  ||||||  || ||||| | ||||||||||||| |||  ||||| | |||||    
T  16702496 ctctaatctattgattttgcattgttggtcaattgaaagaagcgtttagtttgttccatgaaatggtattgaaaaacatcaacccaaatgtttatacttt 16702397  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgat 190  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||||||| ||| |  | ||| |||||| ||||||| ||||||| |||||    
T  16702396 taatatattggttgatgctctttgtaaggacggaaagatcaaagaagctaaaaatgtgatagctgtgatgat 16702325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 24272416 - 24272205
Alignment:
Q  28 atggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacatt 127  Q
    |||| ||||| ||||||| | |||| ||||| ||| ||| |||||| ||| |||||   | | ||||||||| ||| |||||  | |||||||||| |||    
T  24272416 atggtttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaattggtttgttcaataaaatgacatcggaaaacatcaaccctgatgtgtatacttttaatatatt 24272317  T
Q  128 ggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatact 227  Q
    ||||||||  || ||||||||||||   || ||| |||||| ||||| ||||||| | ||||| ||||||||  |  ||||| | |||||||||||||      
T  24272316 ggttgatgcattttgtaaggaaggaagggtgaaagaagctaaaaatgggttagctatgatgatgaaacaaggcattaaacctgacgttgttacttataac 24272217  T
Q  228 tctttgatggat 239  Q
    ||||| ||||||    
T  24272216 tctttaatggat 24272205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 54 - 241
Target Start/End: Original strand, 29073319 - 29073506
Alignment:
Q  54 aaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggag 153  Q
    ||||| ||| ||||| |||| ||| ||||| | ||| |||||||||  ||||||||  | |||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||     
T  29073319 aaagatgcaattgatctgtttaataaaatgatattggaaaacatcaaaccggatgtgtatacttttaatatattggttgatggattttgtaaggacggaa 29073418  T
Q  154 aagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgg 241  Q
    |  | ||| ||| || || |||||| ||| | ||||| ||||||||  |  ||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||    
T  29073419 agatgaaagaaggtaaaactgtgtttgctatgatgatgaaacaaggcattaaacctaatgttgttacttattgctctttaatggatgg 29073506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 54 - 241
Target Start/End: Original strand, 29105892 - 29106079
Alignment:
Q  54 aaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggag 153  Q
    ||||| ||| ||||| |||| ||| ||||| | ||| |||||||||  ||||||||  | |||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||     
T  29105892 aaagatgcaattgatctgtttaataaaatgatattggaaaacatcaaaccggatgtgtatacttttaatatattggttgatggattttgtaaggacggaa 29105991  T
Q  154 aagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgg 241  Q
    |  | ||| ||| || || |||||| ||| | ||||| ||||||||  |  ||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||    
T  29105992 agatgaaagaaggtaaaactgtgtttgctatgatgatgaaacaaggcattaaacctaatgttgttacttattgctctttaatggatgg 29106079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Original strand, 29894096 - 29894326
Alignment:
Q  41 tgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttgatggttta 140  Q
    ||||| |||| | ||||| ||| ||||| |||| ||| ||||| | ||| |||||||||  ||||||||  | |||||||||| |||||||||||| ||     
T  29894096 tgttggtcaactgaaagatgcaattgatctgtttaataaaatgatattggaaaacatcaaaccggatgtgtatacttttaatatattggttgatggattt 29894195  T
Q  141 tgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatg 240  Q
    |||||||| ||| |  | ||| ||| || || |||||| ||| | ||||| ||||||||  |  |||||||||||||||| |||   ||||| |||||||    
T  29894196 tgtaaggacggaaagatgaaagaaggtaaaactgtgtttgctatgatgatgaaacaaggcattaaacctaatgttgttacctattgctctttaatggatg 29894295  T
Q  241 ggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggc 271  Q
    | | || | | |||||||| ||||| |||||    
T  29894296 gatattgcctagttaaagaagtgaataaggc 29894326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 125 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 29348970 - 29348854
Alignment:
Q  125 attggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttat 224  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||   || ||| |||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||  |  ||||| ||||||||||||||    
T  29348970 attggttgatggattttgtaaggaaggaagggtgaaagaagctaaaaatgtgttagctatgatgatgaaacaaggcattaaacctgatgttgttacttat 29348871  T
Q  225 acttctttgatggatgg 241  Q
       ||||| ||||||||    
T  29348870 tgctctttaatggatgg 29348854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 29 - 150
Target Start/End: Original strand, 25450649 - 25450770
Alignment:
Q  29 tggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattg 128  Q
    ||||||||| ||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||  |||  | | |||| ||||  | ||||||| || ||||    
T  25450649 tggcttttgcattgttggtaaattgaaagaagcagttgatttgtttaataaaatgatattgggaaaggttaacccgaatgtgtatacttttactatattg 25450748  T
Q  129 gttgatggtttatgtaaggaag 150  Q
    ||||||| ||| ||||||||||    
T  25450749 gttgatgctttttgtaaggaag 25450770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 127 - 241
Target Start/End: Original strand, 29889149 - 29889263
Alignment:
Q  127 tggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatac 226  Q
    |||||||||| || ||||||||||||   || ||| |||||| ||||||||||||| | ||||| |||| ||   |  ||| |||||||||||||||||     
T  29889149 tggttgatggattttgtaaggaaggaagggtgaaagaagctaaaaatgtgttagctatgatgatgaaacgagacatcaaacttaatgttgttacttataa 29889248  T
Q  227 ttctttgatggatgg 241  Q
     ||||| ||||||||    
T  29889249 ctctttaatggatgg 29889263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 11 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 44263079 - 44262817
Alignment:
Q  11 ttatactactctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgtt 110  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44263079 ttatactactctaatacatggcttttgtattgtgggtcaatttaaagaagcagttggtttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcctggatgtt 44262980  T
Q  111 caaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaaccta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  44262979 caaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctg 44262880  T
Q  211 atgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    || || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44262879 atatttttacttatatttctttgatggatgggtatttcttggttaaagaagtgaacaaggcca 44262817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0110 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0110
Description:

Target: scaffold0110; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 44349 - 44093
Alignment:
Q  17 tactctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaact 116  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| | | |||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||| ||| |||  ||||| | ||     
T  44349 tactctaatatatggtttttctattttgggtcaaatgaaagaagcagttggtttgttaaatcgaatgacgttgaaaaacgtcaaccccaatgtttacacc 44250  T
Q  117 tttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttg 216  Q
    |||| ||  ||| |||||| |||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||    
T  44249 tttagtattttgattgatgttttatgtaaggatggagaggtgaaaaaagctagaaatgtgttggctgttatgataaaacaaggcgtggaacccaatattg 44150  T
Q  217 ttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
     |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  44149 ctacttatagttctttaatggatgggtgtttctcggttaaagaagtgaacaaggcca 44093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 54 - 273
Target Start/End: Original strand, 24226376 - 24226595
Alignment:
Q  54 aaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggag 153  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||   |  |||| | ||| |||| || |||  ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  24226376 aaagaagcagttggtttgttaaatcaaatgacatctaaaaccgtcaccccgaatattcgtacttttactacattggtcgatgggttatgtaaggatggag 24226475  T
Q  154 aagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggt 253  Q
    | || ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  24226476 aggtcaaaaaagctagaaatgtgttggctattatgataaaacaacgtgtggaacctaatattgttacttataattctttgatggatgggtatttcttggt 24226575  T
Q  254 taaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    |||||| || ||||||||||    
T  24226576 taaagaagtcaacaaggcca 24226595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 243
Target Start/End: Original strand, 16350571 - 16350795
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| | |||| ||||| ||| ||  |||||| ||| ||||| |  |||||||||||| ||| |||| | | |||||    
T  16350571 ctctaatctatggattttgtattgttggtaaattcaaagatgcatttcgtttgtttaatgaaatggtaatgaaaaacatcaacccagatgcttatacttt 16350670  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgtt 218  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||||||||||| |  | ||| |||||| ||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||    
T  16350671 taatatattggttgatgctctttgtaaggaaggaaagatcaaagaagctaaaaatgtgatagctgtgatgatgaaagaaggtgtggaacctactgttgtt 16350770  T
Q  219 acttatacttctttgatggatgggt 243  Q
    || |||| | | || ||||||||||    
T  16350771 acatataatacattaatggatgggt 16350795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 24219685 - 24219507
Alignment:
Q  47 tcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttgatggtttatgtaag 146  Q
    |||||| ||||| ||| ||| ||||||| || ||||| | ||| ||||||||| |||   |||  | || |||| || |||||||||||  || ||||||    
T  24219685 tcaattgaaagatgcaattggtttgttacataaaatgatattggaaaacatcaacccaactgtgtatacctttagtatattggttgatgcattttgtaag 24219586  T
Q  147 gaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttata 225  Q
    |||||| |||| ||| |||||| ||||||||| | ||| ||||| ||| ||| |||  |||||||  ||||||||||||    
T  24219585 gaaggaaaagtgaaagaagctaaaaatgtgtttgttgtgatgatgaaaaaagatgtaaaacctaacattgttacttata 24219507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 152
Target Start/End: Original strand, 11990833 - 11990966
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |  |||||||| ||| ||||||   | ||||| | ||||||||||||| ||| |||  | | |||||    
T  11990833 ctctaatttatggattttgcattgttggtcaactggaagaagcatttggtttgtttcgtgaaatggtattgaaaaacatcaaccctgattattatacttt 11990932  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaagga 152  Q
    ||||| ||||||||||| | | ||||||||||||    
T  11990933 taatatattggttgatgctctttgtaaggaagga 11990966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0308 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0308
Description:

Target: scaffold0308; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 208
Target Start/End: Original strand, 8516 - 8705
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||  |||||| ||| ||||| | ||||||||||||| |||  ||||| | |||||    
T  8516 ctctaatctatggattttgtattgttggtcaattcaaagatgcatttcgtttgttcaatgaaatggtattgaaaaacatcaacccaaatgtttatacttt 8615  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacc 208  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||||||||||| || | ||| |||||| ||||||||||||| | ||| | |||||||||||| ||||    
T  8616 taatatattggttgatgctctctgtaaggaaggaaaaatgaaagaagctaaaaatgtgttagctatgatggtgaaacaaggtgtgaaacc 8705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0086
Description:

Target: scaffold0086; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 31783 - 31559
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    |||||||  |||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||   | ||||| | ||||||||||||| ||| ||| || | |||||    
T  31783 ctctaatccatggattttgcattgttggtcaattcaaagaagcatttggtttgttccgtgaaatggtattgaaaaacatcaacccagatatttatacttt 31684  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgtt 218  Q
    ||  | ||||||||||| | ||||||||||| || |  | ||| |||||| ||||||| ||||||| ||||| ||| |||| |||||||||| | |||||    
T  31683 tagcatattggttgatgttctatgtaaggaatgaaagatcaaagaagctaaaaatgtgatagctgtgatgatgaaagaaggcgtggaacctactattgtt 31584  T
Q  219 acttatacttctttgatggatgggt 243  Q
    || |||| ||| || ||||| ||||    
T  31583 acatatagttcattaatggacgggt 31559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 271
Target Start/End: Original strand, 19489767 - 19490023
Alignment:
Q  15 actactctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaa 114  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||| || | |||||| |||||||   |||  ||||||||| ||||| | |||||||||||||  ||||||||| | |    
T  19489767 actagtctaatacatgggttttgtatcgtcggtcaattgaaagaagtgtttgtattgttaaatgaaatggtattgaaaaacatcaatccggatgtttata 19489866  T
Q  115 cttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgt 214  Q
    | ||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||| | || ||| |||||| |  | || | || || ||||| ||| ||||||| ||||| ||  |    
T  19489867 catttaatacattggttgatgctttgttcaaggaaggaaaggtcaaagaagctaaatgtttgattgcggtgatgatgaaagaaggtgttgaaccgaacat 19489966  T
Q  215 tgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggc 271  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||||| || | | ||||| || |||||||||||    
T  19489967 tgttacttatagtgttttgatggatgggtattgcctagttaatgaagtgaacaaggc 19490023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 69 - 241
Target Start/End: Original strand, 17250884 - 17251056
Alignment:
Q  69 ttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagcta 168  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| | | |||  |||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | | | |||| |    
T  17250884 ttgttaaatgaaatggtgttgaaaaacgtaaaccctaatgtttgtacgtttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggaaagatgagagaagcga 17250983  T
Q  169 gaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgg 241  Q
     || | || | || || ||||| ||| ||||||||| |||  ||||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  17250984 aaagtttggttgcagtgatgatgaaagaaggtgtgggaccggatgtttttacttataatgctttgatggatgg 17251056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 229
Target Start/End: Original strand, 41315790 - 41316000
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||| ||||| ||| ||| |||||| | ||||||| | ||||||||||| | ||||   ||  | |||||    
T  41315790 ctctaatatatggattttgcattattggtcaattgaaagatgcatttggtttgttcagtcaaatggtattgaaaaacattaacccgagcgtgtatacttt 41315889  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgtt 218  Q
    ||  |  |||||||||||| |||||||||||||| |  | ||| |||||| || |||| ||||| | ||||| ||| | |||||   ||| |||||||||    
T  41315890 taccattttggttgatggtctatgtaaggaaggaaagatgaaagaagctaaaagtgtgatagctatgatgatgaaagatggtgtattaccgaatgttgtt 41315989  T
Q  219 acttatacttc 229  Q
    || || |||||    
T  41315990 acctacacttc 41316000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 4)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 105216 - 105081
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||| |||| |  |||||||| | ||||||||||||| ||| |||||  | |||||    
T  105216 ctctaatttatgggttttgcattgttggtcaattgaaagaagcatttggtttggtccatcaaatggtattgaaaaacatcaacccagatgtgtatacttt 105117  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggaga 154  Q
    ||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  105116 taatatattggttgatgctctttgtaaggaaggaga 105081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 202
Target Start/End: Original strand, 139819 - 140002
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||  ||||||  || ||||| | ||||||||||||| ||  |||||| | |||||    
T  139819 ctctaatctatggattttgtattgttggtcaattcaaagatgcatttcgtttgttccatgaaatggtattgaaaaacatcaaccgagatgtttatacttt 139918  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgt 202  Q
    ||||| ||||||||||| | | ||||| |||||||| || |||  |||||  ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||    
T  139919 taatatattggttgatgctctttgtaaagaaggagatgtgaaagtagctaagaatctgttagccgttatgatgaaagaaggtgt 140002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 121949 - 121725
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||  || ||||| | ||||||||||||| |||  || || | |||||    
T  121949 ctctaatctatggattttgcattgttggtcaattgaaagaagcatttggtttgttccatgaaatgctattgaaaaacatcaacccaaatatttatacttt 121850  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgtt 218  Q
    ||  | |||| |||||| | | || ||||||||| |  | ||| |||||| ||||||| ||||||| ||||| ||| |||| ||||| |||| |||||||    
T  121849 taccatattgattgatgctctttgcaaggaaggaaagatcaaagaagctaaaaatgtgatagctgtgatgatgaaagaaggcgtggagcctactgttgtt 121750  T
Q  219 acttatacttctttgatggatgggt 243  Q
    || |||| | | || ||||||||||    
T  121749 acatataatacattaatggatgggt 121725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 152
Target Start/End: Original strand, 136895 - 137028
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||| || ||| ||||||||| ||| ||||||  |||||||| | ||||||||||||| |||  ||| | | |||||    
T  136895 ctctaatctatggattttgcattgttggtcgattgaaagaagcatttggtttgttccatcaaatggtattgaaaaacatcaacccaaatgattatacttt 136994  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaagga 152  Q
    ||||| ||||||||||| | | || |||||||||    
T  136995 taatatattggttgatgctctttgcaaggaagga 137028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 126 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 13904968 - 13904821
Alignment:
Q  126 ttggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttata 225  Q
    |||||||||| | | ||||| |||||| | ||||||||||||| |||| || ||||| | ||||| ||||||||||||| |||  |||||||||| ||||    
T  13904968 ttggttgatgctctttgtaaagaaggaaatgttaaacaagctaaaaatatgatagctatgatgatgaaacaaggtgtggtacccgatgttgttacatata 13904869  T
Q  226 cttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    ||||  | |||||||||| || ||| |||||  | |||||||||||||    
T  13904868 cttcactaatggatgggtattgcttagttaatcaagtgaacaaggcca 13904821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 126601 - 126417
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||  ||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||| ||| |||||| | |||||    
T  126601 ctctaatttatggattttgtattgttggtcaattcaaagatgcgtttcgtttgttccatgaaatagtattgaaaaacatcaacccagatgtttatacttt 126502  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtg 203  Q
    ||||| | ||||||||| | |||||||||||||| |  | ||| |||||| || |||| ||||||| ||||| ||| || |||||    
T  126501 taatataatggttgatgctctatgtaaggaaggaaagatgaaagaagctaaaagtgtgatagctgtgatgatgaaagaatgtgtg 126417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 15063259 - 15063100
Alignment:
Q  114 acttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatg 213  Q
    ||||||| || |||| |||||||||| |||||||||||| | || | | |||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||   ||  ||| | |||    
T  15063259 acttttagtatattgattgatggtttttgtaaggaaggaaaggtgagagaagctaaaaatgtgttagctgtgatgatgaaaaaaaacgtaaaacttgatg 15063160  T
Q  214 ttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||| | || ||| |||||| | |||||||||||||    
T  15063159 ttgttacttataactctttaatggatggatattgcttagttaaacaagtgaacaaggcca 15063100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 32760543 - 32760455
Alignment:
Q  181 ctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaag 269  Q
    ||||||||||||||||| |||   |||   ||||||| | ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||||    
T  32760543 ctgttatgataaaacaaagtgcaaaacgagatgttgtcatttataattctttgacggatgggtatttcttggttaaggaagtgaacaag 32760455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0573 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0573
Description:

Target: scaffold0573; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 271
Target Start/End: Original strand, 3780 - 3910
Alignment:
Q  141 tgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatg 240  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||| ||||  ||||| ||| ||||| |  ||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||    
T  3780 tgtaaggaaggaaaagtaaaagaagctaaaaatgtgtttgctgcgatgatgaaaaaaggtttcaaacctaacgttgttacttatagctctttaatggatg 3879  T
Q  241 ggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggc 271  Q
    | | || | | |||||||| |||||||||||    
T  3880 gatattgccttgttaaagaagtgaacaaggc 3910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0177 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0177
Description:

Target: scaffold0177; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 273
Target Start/End: Original strand, 26875 - 27128
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||| ||||| ||||| || |||| |||||| ||||||||| ||| ||||||  || ||||| | |||| |||||||| ||| ||||||   |||||    
T  26875 ctctaatctatggattttgcatggttggtcaattcaaagaagcatttggtttgttccatgaaatggtattgacaaacatcaaccctgatgtttgtacttt 26974  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgtt 218  Q
     |||| |||||| |||| | | ||||||||||||      ||| || ||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| || |||||    
T  26975 caatatattggtcgatgctctttgtaaggaaggaagcacgaaagaaactaaaaatgtgttagctgtgatgatgaaagaaggcgtggaacctgat-ttgtt 27073  T
Q  219 acttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    || ||||  ||| | |||||||||| || ||| |||||  | || ||||||||||    
T  27074 acatatagctctctaatggatgggtattgcttagttaatcaagtaaacaaggcca 27128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0654 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0654
Description:

Target: scaffold0654; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 27 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 1690 - 1497
Alignment:
Q  27 tatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacat 126  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||| | ||||||||| ||| ||||||  |  ||||| | ||||||||||||| ||| |||||  | |||||||||| ||    
T  1690 tatggattttgcattgttggtcaactgaaagaagcatttggtttgtttcacgaaatggtattgaaaaacatcaaccctgatgtgtatacttttaatatat 1591  T
Q  127 tggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttac 220  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||| |    ||| |||||| ||||||| ||||| | ||||| ||| ||||||||  |||  ||||||||||    
T  1590 tggtcgatgctttttgtaaggaaggaaacacgaaagaagctaaaaatgtgatagctatgatgatgaaagaaggtgtgataccggatgttgttac 1497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 47 - 148
Target Start/End: Original strand, 20888138 - 20888237
Alignment:
Q  47 tcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttgatggtttatgtaag 146  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||  || ||||||||| ||| |||| |||| ||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  20888138 tcaattgaaagaagcagttggtttgttaaag-aattgttgttgagaaatatcaacccgaatgttcttacttttactacattggttg-tggtttatgtaag 20888235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 191 - 273
Target Start/End: Original strand, 20888431 - 20888510
Alignment:
Q  191 aaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagatgtgaacaaggcca 273  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  20888431 aaaacgagatgtgaaacctaatgttgttacttatagttctttaat---tgggtatttcttggttaaagatgtgaccaaagcca 20888510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0051
Description:

Target: scaffold0051; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 50982 - 50799
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| |||| | ||| ||||| ||  ||||||  || ||||| | |||| |||||||  |||  ||||| | |||||    
T  50982 ctctaatatatggattttgcattgttggtcaactgaaaaaagcattttgtttgttccatgaaatgctattgacaaacatccacccaaatgtttatacttt 50883  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgt 202  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||||||||||| | || |||  |||||  ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||    
T  50882 taatatattggttgatgctctttgtaaggaaggaaatgtgaaaggagctatgaatctgttagccgttatgatgaaagaaggtgt 50799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 22 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 43762 - 43582
Alignment:
Q  22 taatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaa 121  Q
    |||| ||||| |||||  |||||| |||||| | ||||||| ||| ||||||  || ||||| | ||||||||||||| |||  ||||  | ||||||||    
T  43762 taatctatggattttgctttgttggtcaattgatagaagcatttggtttgttccatgaaatggtattgaaaaacatcaacccaaatgtgtatacttttaa 43663  T
Q  122 tacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgt 202  Q
    || ||||||||||| | | |||||||||||| | || |||  |||||  ||| |||||||  | ||||| |||||||||||    
T  43662 tatattggttgatgctctttgtaaggaaggaaatgtgaaaggagctaagaatctgttagccatgatgatgaaacaaggtgt 43582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0429 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0429
Description:

Target: scaffold0429; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 152
Target Start/End: Original strand, 5720 - 5850
Alignment:
Q  22 taatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaa 121  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||| |||||| | ||||||| ||| ||||||  || ||||| | ||||||||||||| |||  ||||  | ||||||||    
T  5720 taatctatggattttgcattgttggtcaattgatagaagcatttggtttgttccatgaaatggtattgaaaaacatcaacccaaatgtgtatacttttaa 5819  T
Q  122 tacattggttgatggtttatgtaaggaagga 152  Q
    || ||||||||||| | | ||||||||||||    
T  5820 tatattggttgatgctctttgtaaggaagga 5850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1840 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold1840
Description:

Target: scaffold1840; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Original strand, 930 - 1114
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||| ||||| | ||| ||||||| |||||| ||||||||| ||| |||| |   | ||||| | ||||||||||||| ||| |||||  | |||||    
T  930 ctctaatctatggatattgcattgttggtcaattcaaagaagcatttggtttgctccgtgaaatggtattgaaaaacatcaacccagatgtgtatacttt 1029  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtg 203  Q
    ||| | ||||||||| | | |||||||||||||| |  | ||| |||||| || || | ||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  1030 taacatattggttgacgctctatgtaaggaaggaaagatcaaagaagctaaaagtgggatagctgtgatgatgaaagaaggtgtg 1114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0572 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0572
Description:

Target: scaffold0572; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Original strand, 2752 - 2936
Alignment:
Q  19 ctctaatatatggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttt 118  Q
    ||||||| ||||| | ||| ||||||| |||||| ||||||||| ||| |||| |   | ||||| | ||||||||||||| ||| |||||  | |||||    
T  2752 ctctaatctatggatattgcattgttggtcaattcaaagaagcatttggtttgctccgtgaaatggtattgaaaaacatcaacccagatgtgtatacttt 2851  T
Q  119 taatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtg 203  Q
    ||| | ||||||||| | | |||||||||||||| |  | ||| |||||| || || | ||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  2852 taacatattggttgacgctctatgtaaggaaggaaagatcaaagaagctaaaagtgggatagctgtgatgatgaaagaaggtgtg 2936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 29 - 241
Target Start/End: Original strand, 21874 - 22086
Alignment:
Q  29 tggcttttgtattgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattg 128  Q
    ||||||||| ||||||| | |||| ||||| ||| ||||||| || ||| |||||   | ||||||||||| ||| |||||  | || |||| || ||||    
T  21874 tggcttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaattgatttattcaataaaatgacatcgaaaaacatcatcccagatgtgtatacctttagtatattg 21973  T
Q  129 gttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatactt 228  Q
    |||||||| || |||||||| ||| |  | ||| | |||| ||||||||||||| | ||||| |||||| |  |  ||||| ||||||||||||| |  |    
T  21974 gttgatggattttgtaaggacggaaacataaaagaggctaaaaatgtgttagctatgatgatgaaacaaagcattaaacctgatgttgttacttacagct 22073  T
Q  229 ctttgatggatgg 241  Q
    |||| ||||||||    
T  22074 ctttaatggatgg 22086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 40 - 203
Target Start/End: Original strand, 3642579 - 3642742
Alignment:
Q  40 ttgttgatcaatttaaagaagcagttgatttgttaaatcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttgatggttt 139  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||  || ||||| | |||||||| |||| ||| |||||| | ||||| | || ||||||||||| | |    
T  3642579 ttgttggtcaattgaaagaagcatttggtttgttccatgaaatggtattgaaaaatatcaacccagatgtttatactttcagtatattggttgatgctct 3642678  T
Q  140 atgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtg 203  Q
     |||||||| ||| |  | | |  |||||  ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  3642679 ttgtaaggatggaaatatcacaagagctaagaatatgttagccgttatgatgaaacaaggtgtg 3642742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University