View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15042_low_16 (Length: 304)

Name: NF15042_low_16
Description: NF15042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15042_low_16
NF15042_low_16
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (44-294)||(36207189-36207439)
chr2 (44-274)||(9708619-9708848)
chr2 (45-274)||(15830590-15830818)
chr2 (43-302)||(38937575-38937832)
chr2 (44-161)||(3106830-3106945)
chr2 (44-123)||(9708089-9708166)
chr2 (44-200)||(7277994-7278139)
chr2 (44-112)||(15830070-15830138)
chr2 (44-110)||(36207861-36207927)
chr2 (44-109)||(4646112-4646177)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (44-294)||(6915069-6915318)
chr5 (44-274)||(17648024-17648253)
chr5 (44-270)||(5574184-5574408)
chr5 (44-161)||(24087261-24087376)
chr5 (213-274)||(20731477-20731538)
chr5 (214-288)||(5577095-5577169)
chr5 (214-288)||(19292950-19293024)
chr5 (44-123)||(5574853-5574930)
chr5 (44-123)||(17647505-17647582)
chr5 (44-143)||(19293021-19293117)
chr5 (44-123)||(26359358-26359435)
chr5 (44-110)||(26359679-26359745)
chr5 (44-143)||(5577166-5577262)
chr5 (44-106)||(37895848-37895910)
chr5 (181-258)||(20731087-20731163)
chr5 (44-92)||(8505845-8505893)
chr5 (44-105)||(6914343-6914403)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (44-294)||(25630394-25630643)
chr8 (49-297)||(12502311-12502558)
chr8 (44-274)||(15565262-15565491)
chr8 (44-274)||(26038-26267)
chr8 (44-274)||(44308326-44308551)
chr8 (62-272)||(20831950-20832159)
chr8 (44-123)||(26713-26790)
chr8 (66-161)||(6869218-6869311)
chr8 (214-288)||(15730801-15730875)
chr8 (44-123)||(20832600-20832677)
chr8 (44-123)||(25094350-25094427)
chr8 (44-119)||(9879060-9879133)
chr8 (44-123)||(15564740-15564817)
chr8 (44-127)||(15730713-15730793)
chr8 (44-110)||(12502989-12503055)
chr8 (44-110)||(25631071-25631137)
chr8 (45-101)||(14024127-14024183)
[»] chr1 (27 HSPs)
chr1 (44-274)||(29487504-29487733)
chr1 (51-274)||(42774944-42775165)
chr1 (44-274)||(25376949-25377178)
chr1 (44-268)||(39365058-39365281)
chr1 (51-274)||(44431411-44431633)
chr1 (44-274)||(1799440-1799669)
chr1 (44-274)||(16835103-16835332)
chr1 (50-274)||(16797896-16798120)
chr1 (44-274)||(46295163-46295392)
chr1 (44-274)||(21247185-21247414)
chr1 (44-158)||(48731384-48731496)
chr1 (214-291)||(18806936-18807013)
chr1 (44-123)||(1798984-1799061)
chr1 (44-123)||(23703636-23703713)
chr1 (50-123)||(44432077-44432148)
chr1 (44-109)||(40315396-40315461)
chr1 (44-123)||(16834583-16834660)
chr1 (44-112)||(46294659-46294727)
chr1 (44-123)||(19076192-19076269)
chr1 (44-123)||(19124082-19124159)
chr1 (44-143)||(45141689-45141785)
chr1 (45-143)||(18806844-18806939)
chr1 (54-123)||(23703251-23703318)
chr1 (51-104)||(11202031-11202084)
chr1 (213-274)||(16797361-16797424)
chr1 (44-123)||(21246670-21246746)
chr1 (44-110)||(27234630-27234696)
[»] chr3 (29 HSPs)
chr3 (44-274)||(35233959-35234188)
chr3 (45-272)||(54492936-54493162)
chr3 (45-274)||(35235062-35235290)
chr3 (51-274)||(54602863-54603085)
chr3 (44-250)||(40066251-40066456)
chr3 (44-272)||(32751426-32751653)
chr3 (44-274)||(20819440-20819669)
chr3 (44-274)||(1092232-1092460)
chr3 (44-274)||(54627763-54627991)
chr3 (45-274)||(24782812-24783049)
chr3 (150-271)||(55482038-55482160)
chr3 (44-123)||(54627244-54627321)
chr3 (213-272)||(55481568-55481627)
chr3 (50-123)||(24782301-24782372)
chr3 (44-110)||(35235743-35235809)
chr3 (214-288)||(40791666-40791740)
chr3 (44-144)||(20410995-20411093)
chr3 (44-123)||(32750904-32750981)
chr3 (44-123)||(40065707-40065784)
chr3 (44-110)||(46650977-46651044)
chr3 (44-123)||(54602346-54602421)
chr3 (44-123)||(20820114-20820191)
chr3 (44-143)||(40791573-40791669)
chr3 (107-158)||(41221892-41221943)
chr3 (47-110)||(55482172-55482235)
chr3 (44-110)||(35234616-35234682)
chr3 (44-123)||(50672416-50672493)
chr3 (44-110)||(31584906-31584971)
chr3 (44-108)||(40009984-40010048)
[»] chr4 (22 HSPs)
chr4 (44-261)||(42259966-42260182)
chr4 (44-274)||(48083162-48083393)
chr4 (44-274)||(6336708-6336937)
chr4 (44-274)||(1613666-1613895)
chr4 (44-272)||(56443346-56443573)
chr4 (50-274)||(55082660-55082883)
chr4 (150-272)||(12800507-12800630)
chr4 (44-123)||(56444017-56444094)
chr4 (214-288)||(17215246-17215320)
chr4 (44-143)||(17215153-17215249)
chr4 (214-288)||(39334126-39334200)
chr4 (44-110)||(42259498-42259564)
chr4 (44-143)||(39334197-39334293)
chr4 (44-110)||(36112047-36112113)
chr4 (44-112)||(1614739-1614807)
chr4 (44-123)||(55083298-55083375)
chr4 (44-110)||(12800433-12800502)
chr4 (44-89)||(4630745-4630790)
chr4 (43-92)||(23590696-23590745)
chr4 (44-108)||(48083825-48083889)
chr4 (44-101)||(6077361-6077418)
chr4 (44-101)||(7389574-7389631)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (44-250)||(26928293-26928498)
chr7 (51-274)||(15752450-15752665)
chr7 (44-274)||(14103556-14103785)
chr7 (44-274)||(14413573-14413802)
chr7 (44-274)||(26831750-26831978)
chr7 (53-267)||(36897621-36897832)
chr7 (129-272)||(42261054-42261197)
chr7 (44-123)||(14103037-14103114)
chr7 (44-123)||(14413054-14413131)
chr7 (214-288)||(34956157-34956231)
chr7 (44-146)||(42260899-42260998)
chr7 (214-288)||(29417845-29417919)
chr7 (44-123)||(26832425-26832502)
chr7 (44-143)||(29417916-29418012)
chr7 (44-123)||(15753120-15753197)
chr7 (44-143)||(17774509-17774605)
chr7 (50-123)||(44950522-44950592)
chr7 (214-256)||(17774602-17774644)
chr7 (51-85)||(43759715-43759749)
[»] scaffold0340 (2 HSPs)
scaffold0340 (44-250)||(1524-1728)
scaffold0340 (44-123)||(2187-2264)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (51-274)||(1563646-1563861)
chr6 (44-161)||(11099745-11099860)
chr6 (50-155)||(28538051-28538154)
chr6 (44-143)||(23075118-23075214)
chr6 (214-288)||(23075047-23075121)
chr6 (44-123)||(28537744-28537821)
chr6 (44-123)||(1563114-1563191)
chr6 (44-123)||(11099150-11099227)
chr6 (208-274)||(11099672-11099738)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (169-288)||(425040-425159)
scaffold0002 (169-288)||(407629-407749)
[»] scaffold0132 (1 HSPs)
scaffold0132 (51-192)||(42198-42338)
[»] scaffold0113 (2 HSPs)
scaffold0113 (214-294)||(13018-13098)
scaffold0113 (52-123)||(12702-12771)
[»] scaffold0219 (1 HSPs)
scaffold0219 (43-100)||(22345-22402)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 44 - 294
Target Start/End: Original strand, 36207189 - 36207439
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  36207189 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattagctaagttttgacggtatatacaaccatatatgttccctgaaacgaacaaac 36207288  T
Q  144 attaaccatgtattagagctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagca 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36207289 attaaccatgtattagagctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaattaatgcatgacatacataatgaagca 36207388  T
Q  244 cataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatgcctttg 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36207389 cataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatgcctttg 36207439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 9708848 - 9708619
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  9708848 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 9708751  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  9708750 attaaccatgtattagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtagaatcacacttgtcagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 9708651  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  9708650 acataaataatacatgattggcataaccaaga 9708619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 45 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 15830818 - 15830590
Alignment:
Q  45 ttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaaca 144  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||  | |||| ||||||||    
T  15830818 ttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgatggtata--caaccatatatgttcctttaaacaatcaaaca 15830721  T
Q  145 ttaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagca 243  Q
    |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  15830720 ttaatcatgtattagagtctaacgatatgaaagtcaacatagtaaagtacaaccacacttgtgagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagca 15830621  T
Q  244 cataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    ||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  15830620 cataaataatacatgattggcataaccaaga 15830590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 43 - 302
Target Start/End: Original strand, 38937575 - 38937832
Alignment:
Q  43 ccttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaa 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||  | |||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  38937575 ccttattcttaaaagtgactgcattatcactga-ttgtaaaacatattagataagttttgacggtata--caaccacatatgttacatgaaacgatcaaa 38937671  T
Q  143 cattaaccatgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaag 241  Q
     ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||  ||||||  |||||     
T  38937672 aattaaccatgtattagagcctgatgatgtgaaagtcagcataataaagtacaactacacctgtcagatgaaaaactaatgcatagcatacacgatgaaa 38937771  T
Q  242 cacataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatgcctttgctactcca 302  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||    
T  38937772 cacataaatgacatataattggcataaccaagatgtcaaaatatatgcctctgttactcca 38937832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 44 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 3106945 - 3106830
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  3106945 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagttaagttttaacg--atatacaaccatatatgttccctgaaacgaccaaac 3106848  T
Q  144 attaaccatgtattagag 161  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3106847 attaaccatgtattagag 3106830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 9708089 - 9708166
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  9708089 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 9708166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 200
Target Start/End: Original strand, 7277994 - 7278139
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| || | || |||||||||  |||||||||||            |||||||||||  | ||||||||||||    
T  7277994 cttattcttaaaagtgactgcattatcactgaactatgaagcatattaactaagttttgac------------catatatgttccataaaacgatcaaac 7278081  T
Q  144 attaaccatgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccaca 200  Q
    |||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  7278082 attaaccgcgtattagagcataatgatatgatagtcagcatagcaaagtacacccaca 7278139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 112
Target Start/End: Original strand, 15830070 - 15830138
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatata 112  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||    
T  15830070 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcataatagctaagttttgacgatatata 15830138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 44 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 36207927 - 36207861
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  36207927 cttatccttaaaaatgaatgcattatcactgaattgtggacaatattagctaagttttgacggtata 36207861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 109
Target Start/End: Original strand, 4646112 - 4646177
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtat 109  Q
    ||||| ||||||||||  || ||||||||  | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4646112 cttatccttaaaagtggctgaattatcaccgacttgtagagcatattagctaagttttgacggtat 4646177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 44 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 6915318 - 6915069
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6915318 cttatccttaaaagtgactgcattatcacttaattgtagagcatattagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 6915221  T
Q  144 attaaccatgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6915220 attaatcatgtattagagcctaatgatatgaaagtcaacataacaaagtacaaccacacctgtcagatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 6915121  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatgcctttg 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  6915120 acataaatgacatatgattgacataaccaagacgtcaaaatatatggctttg 6915069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 17648253 - 17648024
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||  | |||| |||||||    
T  17648253 cttatccttaaaagtgactgcattatcactaaattgtggagcatattagctaagttttgatggtata--caaccatatatgttcctttaaacaatcaaac 17648156  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  17648155 attaaccatgtattagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacacttgtcagatggaaaactaatacatgtcaaacataatgaagc 17648056  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  17648055 acataaataatatatgattgacataaccaaga 17648024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 44 - 270
Target Start/End: Original strand, 5574184 - 5574408
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||||   | ||||| ||||||    
T  5574184 cttatccttaaaagtgactgcattaccactgaattgtggagcat-ttagctaagttttgacggtata--caatcatatatgtttctttaaacgttcaaac 5574280  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  5574281 attaatcatgtattagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacagccacacttgtcagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 5574380  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataacc 270  Q
    |||||||| | | |||||||||||||||    
T  5574381 acataaataatacatgattgacataacc 5574408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 44 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 24087376 - 24087261
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||  | |||| |||||||    
T  24087376 cttatccttaaaattgactgcattatcactgaattgtgaagcatattagctaagttttgacgg--tatacaaccatatatgttcctttaaacaatcaaac 24087279  T
Q  144 attaaccatgtattagag 161  Q
    |||||||| |||||||||    
T  24087278 attaaccaagtattagag 24087261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 213 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 20731538 - 20731477
Alignment:
Q  213 aaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20731538 aaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataactaaga 20731477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 214 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 5577169 - 5577095
Alignment:
Q  214 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatg 288  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  5577169 aaactaatgcatgacatacatgatgaaacacataaatgacatataattggcataaccaagatgtcaaaatatatg 5577095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 214 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 19293024 - 19292950
Alignment:
Q  214 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatg 288  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  19293024 aaactaatgcatgacatacatgatgaaacacataaatgacatataattggcataaccaagatgtcaaaatatatg 19292950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 5574930 - 5574853
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  5574930 cttatccttaaaagtgattgtattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 5574853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 17647505 - 17647582
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  17647505 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 17647582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 19293117 - 19293021
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19293117 cttatccttaaaagtgactgcattgtcactga-ttgtgaagcatattagctaagttttgtcggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 19293021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 26359358 - 26359435
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  26359358 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagtatattaactaagttttgacg--atatacaaccatatat 26359435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 44 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 26359745 - 26359679
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  26359745 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggaacatattagctaagttttgacggtata 26359679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 5577262 - 5577166
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||  ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5577262 cttatccttaaaagtgactgcattgtcactga-ttgtgaagcatattaactaagttttgtcggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 5577166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 37895910 - 37895848
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacgg 106  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  37895910 cttatccttaaaaatgactgcattatcacttaattgtggagcatattaattaagttttgacgg 37895848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 181 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 20731163 - 20731087
Alignment:
Q  181 catagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatg 258  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||  |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  20731163 catagcaaagtacaaccacac-tctcggatggaaaaataatacatgacatgcataatgaagcacataaatgatatatg 20731087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 44 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 8505893 - 8505845
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattag 92  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8505893 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattag 8505845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 44 - 105
Target Start/End: Original strand, 6914343 - 6914403
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacg 105  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  6914343 cttatccttaaaa-tgactgcattatcactcaattgtagagcatattagctaagttttgacg 6914403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 44 - 294
Target Start/End: Original strand, 25630394 - 25630643
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  25630394 cttatccttaaaagtgactgcattatcattgaattgtggagcatattaactaagttttgacggtata--caaccatatatgctccctgaagcgatcaaac 25630491  T
Q  144 attaaccatgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25630492 attaaccatgtattagagcctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtagagccacacctttcagatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 25630591  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatgcctttg 294  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  25630592 acataaatgacatatgattggcataaacaagatgtcaaaatatatggctttg 25630643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 49 - 297
Target Start/End: Original strand, 12502311 - 12502558
Alignment:
Q  49 tcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaa 148  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||  |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12502311 tcttaaaagtgactgcattatcactgaattgtagagcatattagctaagcttctacg--atatacaaccatatatgttccctgaaacgatcaaacattaa 12502408  T
Q  149 ccatgtattagagct-aatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacata 247  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  12502409 ccatatattagagcttaatgatatgaacgtcagcataacaaagtacaaccacacatgtcagatggaaaactaatgcataacatacataataaagcacata 12502508  T
Q  248 aatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatgcctttgcta 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||    
T  12502509 aatgacatatgattgacataaccaagaagtcaaaatatatcgctttgcta 12502558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 15565491 - 15565262
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  15565491 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtagagcatattagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 15565394  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
     ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  15565393 gttaaccatgtattagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacacttgtcagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 15565294  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  15565293 acataaataatacatgattggcataaccaaga 15565262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Original strand, 26038 - 26267
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  26038 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtaca--caaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 26135  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  26136 attaaccatgtattatagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacgcttgtcagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 26235  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  26236 acataaataatacatgattggcataaccaaga 26267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Original strand, 44308326 - 44308551
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  44308326 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacgg--tatacaaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 44308423  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||    || | ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  44308424 attaaccatgtattagagtctaacgatatgaaagtcaacatagtaaagtacaaccac----gttagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 44308519  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  44308520 acataaataatacatgattggcataaccaaga 44308551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 62 - 272
Target Start/End: Original strand, 20831950 - 20832159
Alignment:
Q  62 tgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaaccatgtattagag 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  20831950 tgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttcatttaaacgataaaacattaaaaatgtattagag 20832047  T
Q  162 -ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgat 260  Q
     |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |   |||||    
T  20832048 tctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacacttgtcagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagcacataaataatgcatgat 20832147  T
Q  261 tgacataaccaa 272  Q
    ||||||||||||    
T  20832148 tgacataaccaa 20832159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 26790 - 26713
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  26790 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgatg--atatacaaccatatat 26713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 161
Target Start/End: Original strand, 6869218 - 6869311
Alignment:
Q  66 ttatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaaccatgtattagag 161  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||  ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6869218 ttatcactgaattgtggagcatgttagctaaattttgacggtata--caatcatatatgttccatgaaacgatcaaacattaactatgtattagag 6869311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 214 - 288
Target Start/End: Original strand, 15730801 - 15730875
Alignment:
Q  214 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatg 288  Q
    ||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15730801 aaactaatgcatggcatacatgacgaaacacataaatgacatataattgacataaccaagatgtcaaaatatatg 15730875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 20832677 - 20832600
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  20832677 cttatccttaaaagtgattgtattatcactgaattatggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 20832600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 25094350 - 25094427
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  25094350 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattaactaagttttgacg--atatacaactatatat 25094427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 9879133 - 9879060
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccat 119  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||    
T  9879133 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaaattttgacg--atatacaaccat 9879060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 15564740 - 15564817
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  15564740 cttatccttaaaagtgattatattatcactgaattgtggaacatattagctaagttttgatg--atatacaaccatatat 15564817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 127
Target Start/End: Original strand, 15730713 - 15730793
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttc 127  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  15730713 cttatccttaaaagtgactgcattatcactga-ttgtgaagcatattagctaagttttgacgg--tatacaatcatatatgttc 15730793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 44 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 12503055 - 12502989
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  12503055 cttatccttaaaaatgactgcattatcagtgaattgtggagcatattagctaagttttgtcggtata 12502989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 44 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 25631137 - 25631071
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25631137 cttatccttaaaagttactgcattatcactgaattctagagcatattagctaagttttgacggtata 25631071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 45 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 14024183 - 14024127
Alignment:
Q  45 ttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagtttt 101  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  14024183 ttatccttaaaaatgattacattatcacttaattgtggagaatattagctaagtttt 14024127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 27)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Original strand, 29487504 - 29487733
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  29487504 cttatccttaaaagtgactgcattatcacttaattgtggagcatgttagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttccctcaaacgatcaaac 29487601  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29487602 attaatcatgtattagagtctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacagccacacctgtcagatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 29487701  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  29487702 acataaatgatatatgattcgcataaccaaga 29487733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 51 - 274
Target Start/End: Original strand, 42774944 - 42775165
Alignment:
Q  51 ttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaacc 150  Q
    ||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||    
T  42774944 ttaaaagcgactgaattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcagacatttacc 42775041  T
Q  151 atgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaa 249  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  42775042 atgtattagagcctaatgatatgaa-gtcagcatagcaaagtacagccacacctgtcagatggaaaactaatgcatgacatacataataaagcacagaaa 42775140  T
Q  250 tgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  42775141 tgacatatgattggcataaccaaga 42775165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Original strand, 25376949 - 25377178
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25376949 cttatccttaaaagtgactgcattatcactaaattgtggagcatattagctaagttttgacgctata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 25377046  T
Q  144 attaaccatgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||  || |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25377047 attaaccatgtattagagcctaatgatatgaaagtcaacatagcaaagtacagtcacacctgtcggatagaaaactaatgcatgacatacatagtgaagc 25377146  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| |||||  |||  |||||||||||    
T  25377147 acataaatcacatagaatttgcataaccaaga 25377178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 44 - 268
Target Start/End: Original strand, 39365058 - 39365281
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  39365058 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 39365155  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  39365156 attaaccatgtattagagtccaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacacttgtcagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 39365255  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataa 268  Q
    |||||||| | | |||||||||||||    
T  39365256 acataaataatacatgattgacataa 39365281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 51 - 274
Target Start/End: Original strand, 44431411 - 44431633
Alignment:
Q  51 ttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaacc 150  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  44431411 ttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttcttttaaacgatcaaacattaacc 44431508  T
Q  151 atgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaa 249  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  44431509 atgtattagagtctaatgatatgaaagtcaacatagtaaagtacaaccgcacttgttagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagcacataaa 44431608  T
Q  250 tgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    | | | ||||||| |||||||||||    
T  44431609 taatacatgattggcataaccaaga 44431633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 1799669 - 1799440
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||  | ||||||||||||    
T  1799669 cttatccttaaaagtgagtgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtata--caaccatatttgttcctttaaacgatcaaac 1799572  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  1799571 attaaccatgtactagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacacttgtcagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 1799472  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | ||||||||| ||||| |||||    
T  1799471 acataaataatatatgattggcataatcaaga 1799440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 16835332 - 16835103
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  16835332 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 16835235  T
Q  144 attaaccatgtattagagct-aatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  16835234 attaaccatgtattagagttcaacgatatgaaagtcagcataataaagtacaaccacatttgtcagatggaaaactaatacatgtcttacataatgaagc 16835135  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | | |||||||||||| ||||||    
T  16835134 acataaataatacatgattgacatacccaaga 16835103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 50 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 16798120 - 16797896
Alignment:
Q  50 cttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaac 149  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16798120 cttaaaagtgactgcattatcaccgaattgtggagtatattagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaacattaac 16798023  T
Q  150 catgtattagagc-taatgatatgaaagtc-agcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacata 247  Q
     || ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||    
T  16798022 tatatattagagcctaatgatatgaaagtccaacatagcaaagtaaagtcacacctgtcagatgaaaaactaatatatggcatacataatgaagcacata 16797923  T
Q  248 aatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||| || |||||||||||||||||||    
T  16797922 aatggcacatgattgacataaccaaga 16797896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 46295392 - 46295163
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||    
T  46295392 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtagagcatattagctaagttttgacg--atatacaacgatatatgttcctttaaacgatcaaac 46295295  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    ||||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  46295294 attaaccatgtattatagtctaacggtatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacatttgtcagatgaaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 46295195  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  46295194 acataaataatacatgattggcataaccaaga 46295163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 21247414 - 21247185
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||||| ||  | ||||||||||||    
T  21247414 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgattgtata--caaccatatatgatcctttaaacgatcaaac 21247317  T
Q  144 attaaccatgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||    
T  21247316 attaaccatgtattaaggtataatgatatgaaagtcagcatagtaaagtacagccatacttgtcagatggaaaactaatacatgtgatacataatgaagc 21247217  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  21247216 acataaataatatatgattggcataaccaaga 21247185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 44 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 48731496 - 48731384
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48731496 cttatccttaaaagtgactgcattatcattgaattgtggagcatattagcttagttttgacagcatata--accatatatgttccctgaaacgatcaaac 48731399  T
Q  144 attaaccatgtatta 158  Q
    |||||||||||||||    
T  48731398 attaaccatgtatta 48731384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 214 - 291
Target Start/End: Original strand, 18806936 - 18807013
Alignment:
Q  214 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatgcct 291  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18806936 aaactaatgcatgacatacatgatgaaacacataaatgacatataattggcataaccaagatgtcaaaatatatgcct 18807013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 1798984 - 1799061
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  1798984 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 1799061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 23703713 - 23703636
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  23703713 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacgg--tatacaaccatatat 23703636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 50 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 44432148 - 44432077
Alignment:
Q  50 cttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  44432148 cttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 44432077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 44 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 40315461 - 40315396
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtat 109  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40315461 cttatccttaaaagtgactgcattatcacttaattgtggagcatattagctaagttttgacggtat 40315396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 16834583 - 16834660
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  16834583 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattaactaagttttgacg--atatacaaccatatat 16834660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 112
Target Start/End: Original strand, 46294659 - 46294727
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatata 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  46294659 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacgatatata 46294727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 19076269 - 19076192
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  19076269 cttatccttaaaagtgattgtattatcactgaattgtggaacatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 19076192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 19124159 - 19124082
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  19124159 cttatccttaaaagtgattgtattatcactgaattgtggaacatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 19124082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 143
Target Start/End: Original strand, 45141689 - 45141785
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||||  |||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45141689 cttatccttaaaagtgactgcattgtcactga-ttgtaaagcatattagctaagttttgtcggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 45141785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 45 - 143
Target Start/End: Original strand, 18806844 - 18806939
Alignment:
Q  45 ttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||||||| ||||||||| |||  ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  18806844 ttatccttaaaagtgattgcattgtcac-tgattgtgaagcatattagctaagttttgtcgg--tatacaaccttatatgttccctgaaacaatcaaac 18806939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 123
Target Start/End: Original strand, 23703251 - 23703318
Alignment:
Q  54 aaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  23703251 aaagtgattgtattatcactgaattgtgtagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 23703318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 51 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 11202084 - 11202031
Alignment:
Q  51 ttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgac 104  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11202084 ttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgac 11202031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 213 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 16797424 - 16797361
Alignment:
Q  213 aaaactaatgcatgacatacata--atgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    ||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16797424 aaaactaatgcatggtatacatataatgaagcacataaatgacatatgattgacataatcaaga 16797361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 21246670 - 21246746
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| ||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  21246670 cttatccttaaaaatgattgc-ttatcaatgaattgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 21246746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 44 - 110
Target Start/End: Original strand, 27234630 - 27234696
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  27234630 cttatccttaaaagtgactgccttatcactgaattgtggaacatattaactaagttttgacggtata 27234696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 29)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Original strand, 35233959 - 35234188
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35233959 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggaggatattagctaagtttttacggtata--caaccatatattttctctgaaacgatcaaac 35234056  T
Q  144 attaaccatgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35234057 attaaccatgtattagtgcctaatgatataaaagacagcatagcaaagtacagccacacctgtcagatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 35234156  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  35234157 acatgaatgacatatgattggcataaccaaga 35234188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 45 - 272
Target Start/End: Original strand, 54492936 - 54493162
Alignment:
Q  45 ttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaaca 144  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  54492936 ttatccttaaaagtgactgcattatcattgaattgtggagcatattagttaagttttgacggtata--caaccatatatgttctccgaaacgatcaaaca 54493033  T
Q  145 ttaaccatgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagca 243  Q
    ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  54493034 ttaatgatgtattagagcctaatgatatgaaagtcagcataacaaagtataaccacacctgtcaaatgaaaaactaatgcatggtatacataatgaagca 54493133  T
Q  244 cataaatgacatatgattgacataaccaa 272  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  54493134 cataaatgacatatgattggcatagccaa 54493162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 274
Target Start/End: Original strand, 35235062 - 35235290
Alignment:
Q  45 ttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaaca 144  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||  |||||||||||||  | |||||||||||||    
T  35235062 ttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctatgttttgatggtatata--accatatatgttcctttaaacgatcaaaca 35235159  T
Q  145 ttaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagca 243  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||    
T  35235160 ttaaccatgtattagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacacatgtcagatggaaaactaatacatgtcaaacataatgaagca 35235259  T
Q  244 cataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    ||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  35235260 cataaataatacatgattgacataaccaaga 35235290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 51 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 54603085 - 54602863
Alignment:
Q  51 ttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaacc 150  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||   | |||||||| ||||||||||    
T  54603085 ttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttaacg--atatacaaccatatatgtttctttaaacgatcgaacattaacc 54602988  T
Q  151 atgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaa 249  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  54602987 atgtattagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacacttgtcagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagcacataaa 54602888  T
Q  250 tgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    | | | ||||||| |||||||||||    
T  54602887 taagacatgattggcataaccaaga 54602863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 44 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 40066456 - 40066251
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  40066456 cttatccttaaaagttactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtataga--accatatatgttcttttaaacgatcaaac 40066359  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  40066358 attaaccatgtattagagtctaacgatatgaaagtcaacatagtaaagtacaaccacacttgtcaaatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 40066259  T
Q  243 acataaat 250  Q
    ||||||||    
T  40066258 acataaat 40066251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 44 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 32751653 - 32751426
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  32751653 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctatgttttgacggtata--caaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 32751556  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||   ||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  32751555 attaaccatgtattagagtctaacgatatgaaagtcaatgtagtaaagtacaaccacacttgtcagatgaaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 32751456  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaa 272  Q
    |||||||| | | |||||||||||||||||    
T  32751455 acataaataatacatgattgacataaccaa 32751426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Original strand, 20819440 - 20819669
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||  | |||| |||||||    
T  20819440 cttatgctttaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgatggtata--caaccatatatgttcctttaaacaatcaaac 20819537  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  20819538 attaaccatgtattagagtctaacgattagaaagtcagcatagtaaagtacaaccacacttgtcagatggaaaactaatacatgtcaaacataatgaagc 20819637  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  20819638 acataaataatacatgattggcataaccaaga 20819669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Original strand, 1092232 - 1092460
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||||  | |||||||||||     
T  1092232 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcat-ttagctaagttttgacggtata--caatcatatatgttcctttaaacgatcaaaa 1092328  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  1092329 attaatcatgtattagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacacttgccagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 1092428  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | |  | ||||||||||||||||    
T  1092429 acataaataatacttaattgacataaccaaga 1092460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 54627991 - 54627763
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  54627991 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 54627894  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||  ||||  ||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |    
T  54627893 attaaccatgtattagagtctaacgatatg-aagtctgcatagtaaagtacaaccacatttgtctgatgaaaaactaatacatgtcatacataatgaaac 54627795  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    ||||| || | | ||||||| |||||||||||    
T  54627794 acatatataatacatgattggcataaccaaga 54627763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 45 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 24783049 - 24782812
Alignment:
Q  45 ttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaaca 144  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||  | ||| |||||||||    
T  24783049 ttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacgg--tatacaaccatatatgttcctttaaatgatcaaaca 24782952  T
Q  145 ttaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacac--------ctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacata 235  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||         ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  24782951 ttaaccatgtattagagtctaacgatatgagagtcagcatagtaaagtacaatcacacttgtcagattgtcagatggaaaactaatacatgtcatacata 24782852  T
Q  236 atgaagcacat-aaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    || |||||||| |||| | | |||||||||||||||||||    
T  24782851 ataaagcacataaaataatacatgattgacataaccaaga 24782812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 150 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 55482160 - 55482038
Alignment:
Q  150 catgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataa 248  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55482160 catgtattatagcataatgatatgaaagtcagcatagcaacgtacagccacacttgtcatatgaaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataa 55482061  T
Q  249 atgacatatgattgacataacca 271  Q
    |||||||||||||| ||||||||    
T  55482060 atgacatatgattggcataacca 55482038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 54627244 - 54627321
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  54627244 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 54627321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 213 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 55481627 - 55481568
Alignment:
Q  213 aaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaa 272  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55481627 aaaactaatgcattacatacataatgaagcacataaatgacatatgattggcataaccaa 55481568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 50 - 123
Target Start/End: Original strand, 24782301 - 24782372
Alignment:
Q  50 cttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  24782301 cttaaaagtgattgcattatcactgaattgttgagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 24782372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 44 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 35235809 - 35235743
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  35235809 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacgatata 35235743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 214 - 288
Target Start/End: Original strand, 40791666 - 40791740
Alignment:
Q  214 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatg 288  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  40791666 aaactaatgcatggcatacatgatgaaacacataaatgacatataattggcataaccaagatgtcaaaatatatg 40791740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 20411093 - 20410995
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||   | ||||||||||||    
T  20411093 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtaaagcatattagctaagttttgacgg--tatacaaccatatatgtttctttaaacgatcaaac 20410996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 32750904 - 32750981
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  32750904 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtagagcatattagctaagttttgacgg--tatacaaccatatat 32750981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 40065707 - 40065784
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  40065707 cttatccttaaaagtgattgcattatcattgaattgtggaacatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 40065784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 44 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 46651044 - 46650977
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtga-ttgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46651044 cttatccttaaaagtgacttgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtata 46650977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 54602346 - 54602421
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  54602346 cttatccttaaaagtgattgcattatcactga--tgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 54602421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 20820191 - 20820114
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  20820191 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggaacatattagctaagttttgtcg--atatacaaccatatat 20820114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 143
Target Start/End: Original strand, 40791573 - 40791669
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||  ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40791573 cttatccttaaaagtgactgcattgtcactga-ttgtgaagcatattaactaagttttgtcggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 40791669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 107 - 158
Target Start/End: Original strand, 41221892 - 41221943
Alignment:
Q  107 tatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaaccatgtatta 158  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41221892 tatatacaaccatatatgttccctgaaatgatcaaacattaaccatgtatta 41221943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 47 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 55482235 - 55482172
Alignment:
Q  47 attcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  55482235 attcttaaaagtgactgcattatcaccgaattgtggagcatattagctaagttttgatggtata 55482172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 35234682 - 35234616
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||    
T  35234682 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtgcaacatattagctaagttttgacggtata 35234616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 50672493 - 50672416
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| ||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||  || |||||||||||||    
T  50672493 cttatccttaaaatttactgcattatcactgaattgtggagcatattaactaagttttgacg--atgtacaaccatatat 50672416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 110
Target Start/End: Original strand, 31584906 - 31584971
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||| | |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  31584906 cttatccttaaaagtgactgcattgtcac-tgattgtgaagcatattagctaagttttgtcggtata 31584971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 44 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 40010048 - 40009984
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggta 108  Q
    ||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||  | |||||||| || ||||||||||||    
T  40010048 cttatccttaaaagtggctgcattatcactgaattgtaaaacatattagctatgttttgacggta 40009984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 156; Significance: 7e-83; HSPs: 22)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 44 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 42260182 - 42259966
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42260182 cttatccttaaaagtgattgcattatcacttaattgtgtagcatattggctaagttttgacggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 42260085  T
Q  144 attaaccatgtattagagct-aatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42260084 attaaccatgtatttgaacttaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacagtcacacctgtcagaaggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 42259985  T
Q  243 acataaatgacatatgatt 261  Q
    |||||||||||||||||||    
T  42259984 acataaatgacatatgatt 42259966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Original strand, 48083162 - 48083393
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| |||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48083162 cttatccttaaaagcgactgcaatatcactgaattgtggagcatgttagctaaattttgacggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 48083259  T
Q  144 attaaccatgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatg--acatacataatgaa 240  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  48083260 attaaccatgtattagagcttaatgatatgaaagtcagcatagcaaaatacagtcacacctgtcagatggaaaactaatgcatgacacatacataatgaa 48083359  T
Q  241 gcacataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48083360 gcacataaatgacatatgattgacataaccaaga 48083393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 6336937 - 6336708
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  6336937 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 6336840  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  6336839 attaaccatgtattagagtctaacgatatgaaagtcaccatagtaaagtacaaccacacttgtcagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 6336740  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  6336739 acataaataatacatgattggcataaccaaga 6336708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Original strand, 1613666 - 1613895
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||| |  | |||| |||||||    
T  1613666 cttatccttaaaagtgattgcattatcactaaattgtggagcatattagctaagttttgatggtata--caaccatatatgtccctttaaacaatcaaac 1613763  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  1613764 attaaccatgtattagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacacttgtgagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 1613863  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  1613864 acataaataatacatgattggcataaccaaga 1613895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 44 - 272
Target Start/End: Original strand, 56443346 - 56443573
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  56443346 cttatccttaaaagttactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 56443443  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    ||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  56443444 attaatcatgtcttagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacacttgtcagatggaaaactaacacatgtcatacataatgaagc 56443543  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaa 272  Q
    |||||||| | | ||||||| |||||||||    
T  56443544 acataaataatacatgattggcataaccaa 56443573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 50 - 274
Target Start/End: Original strand, 55082660 - 55082883
Alignment:
Q  50 cttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaac 149  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  55082660 cttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaaattttgacggtata--caacaatatatgttcctttaaacgatcaaacattaac 55082757  T
Q  150 catgtattagagct-aatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataa 248  Q
     ||||||||||| | || ||||||||||||| ||||| |||| ||||||| || ||||| || |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  55082758 tatgtattagagtttaacgatatgaaagtcaacatagtaaaggacaaccatacttgtcagatagaaaactaatacatgtcatacataatgaagcacataa 55082857  T
Q  249 atgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    || | | ||||||| |||||||||||    
T  55082858 ataatacatgattggcataaccaaga 55082883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 150 - 272
Target Start/End: Original strand, 12800507 - 12800630
Alignment:
Q  150 catgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataa 248  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12800507 catgtattggagcctaatgatatgaaagtcaacatagcaaagtacaaccacacctgtcagatggaaaactaatgcatgacatacaaaatgaagcacataa 12800606  T
Q  249 atgacatatgattgacataaccaa 272  Q
    || |||||||||||||||||||||    
T  12800607 ataacatatgattgacataaccaa 12800630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 56444094 - 56444017
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  56444094 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 56444017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 214 - 288
Target Start/End: Original strand, 17215246 - 17215320
Alignment:
Q  214 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatg 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  17215246 aaactaatgcatggcatacataatgaaacacataaatgacatataattggcataaccaagatgtcaaaatatatg 17215320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 143
Target Start/End: Original strand, 17215153 - 17215249
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17215153 cttatccttaaaagtgactgcattatcactga-ttgtgaagcatattagttaagttttgacggtatt--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 17215249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 214 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 39334200 - 39334126
Alignment:
Q  214 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatg 288  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  39334200 aaaccaatgcatgacatacatgatgaaacacataaatgacatataattggcataaccaagatgtcaaaatatatg 39334126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 44 - 110
Target Start/End: Original strand, 42259498 - 42259564
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42259498 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtata 42259564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 39334293 - 39334197
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39334293 cttatccttaaaagtgactgcattgtcactga-ttgtgaagcatattagctaagttttgtcggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 39334197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 36112113 - 36112047
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||    
T  36112113 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggaacatattagctaaattttgacggtata 36112047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 1614807 - 1614739
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatata 112  Q
    ||||| |||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  1614807 cttatccttaaaaaagactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacgatatata 1614739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 55083375 - 55083298
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||  ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  55083375 cttatccttaaaagtgattgcattattactaaattgtagaagatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 55083298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 110
Target Start/End: Original strand, 12800433 - 12800502
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattat---cacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtata 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||   |||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  12800433 cttatccttaaaagtgattgcattattatcactgaattgtagagcatattagctatgttttgacggtata 12800502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 44 - 89
Target Start/End: Original strand, 4630745 - 4630790
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatat 89  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  4630745 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatat 4630790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 43 - 92
Target Start/End: Original strand, 23590696 - 23590745
Alignment:
Q  43 ccttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattag 92  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  23590696 ccttatccttaaaagtgattacattatcactaaattgtggaacatattag 23590745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 48083889 - 48083825
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggta 108  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |  |||||||||| ||||    
T  48083889 cttatttttaaaagtgaatgcattatcactgaattgtgcagcatatgaactaagttttgatggta 48083825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 6077418 - 6077361
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagtttt 101  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||| ||||    
T  6077418 cttatccttaaaagtgaatgcattatcactgaattatggagcataatagctaaatttt 6077361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 101
Target Start/End: Original strand, 7389574 - 7389631
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagtttt 101  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||| ||||    
T  7389574 cttatccttaaaagtgaatgcattatcactgaattatggagcataatagctaaatttt 7389631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 44 - 250
Target Start/End: Original strand, 26928293 - 26928498
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  26928293 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacggtata--caaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 26928390  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  26928391 attaaccatgtattagagtctaacgatatgaaaatcagcatagtaaagtacaaccacacttgtcagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 26928490  T
Q  243 acataaat 250  Q
    ||||||||    
T  26928491 acataaat 26928498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 51 - 274
Target Start/End: Original strand, 15752450 - 15752665
Alignment:
Q  51 ttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaacc 150  Q
    ||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  15752450 ttaaaagtgattgcatta---ctgaattgtggagcatattagataagttttgacggtata--caaccatatatgttccctgaaccgatcaaacattaacc 15752544  T
Q  151 atgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaa 249  Q
    ||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    |||||| || ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  15752545 atccattagagcctaatgatataaaagtcagcatagcaaagaacaacc----ctgtcaaatagaaaagtaatgcatatcatacataatgaagcacataaa 15752640  T
Q  250 tgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  15752641 tgacatatgattggcataaccaaga 15752665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 14103785 - 14103556
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  14103785 cttatccttaaaagtgactgcattatcattgaaatgtggagcatattagctaagttttgatggtata--caaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 14103688  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |    
T  14103687 attaatcatgtattagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaatcatacttgtcagatgaaaaactaatacatgtcatacataatgaaac 14103588  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  14103587 acataaataatacatgattgacataaccaaga 14103556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 14413802 - 14413573
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  14413802 cttatccttaaaagtgactgcattatcattgaaatgtggagcatattagctaagttttgatggtata--caaccatatatgttcctttaaacgatcaaac 14413705  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |    
T  14413704 attaatcatgtattagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaatcatacttgtcagatgaaaaactaatacatgtcatacataatgaaac 14413605  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  14413604 acataaataatacatgattgacataaccaaga 14413573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 44 - 274
Target Start/End: Original strand, 26831750 - 26831978
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  |||  ||||||||||  | ||||||||||||    
T  26831750 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcat-ttagctaagttttgacggtata--caataatatatgttcctttaaacgatcaaac 26831846  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  26831847 attaaccatgtattagagtctaacgatatgaaagtcaacatagtaaagtacagccacacttgtcagatgaaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 26831946  T
Q  243 acataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  26831947 acataaataatacatgattggcataaccaaga 26831978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 53 - 267
Target Start/End: Original strand, 36897621 - 36897832
Alignment:
Q  53 aaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaaccat 152  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||    
T  36897621 aaaagtgactgcattatcactgaattgtagagcatattagctaagttttgacgg--tatacaaccatatatgttcctttaaacgatcaaacattaatcat 36897718  T
Q  153 gtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatg 251  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||     
T  36897719 gtattagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagtacaaccacacttg--agatgaaaaactaatacatgtcatacataatgaagcacataaata 36897816  T
Q  252 acatatgattgacata 267  Q
    | | ||||||| ||||    
T  36897817 atacatgattggcata 36897832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 129 - 272
Target Start/End: Original strand, 42261054 - 42261197
Alignment:
Q  129 ctgaaacgatcaaacattaaccatgtattagagct-aatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatga 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||    
T  42261054 ctgaaacgatcaaacattaaccatgtattagagcttaatcaaatgaaattcagtatagcaa-gtacaaccacacatgtcagatagaaaaataatgcatga 42261152  T
Q  228 catacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaa 272  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  42261153 catacataataaagcacataaatgacatatgtttggtataaccaa 42261197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 14103037 - 14103114
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  14103037 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 14103114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 14413054 - 14413131
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  14413054 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 14413131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 214 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 34956231 - 34956157
Alignment:
Q  214 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatg 288  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  34956231 aaactaatgcatgacatacatgatgaaacacataaatgacatataattggcataaccaagatgtcaaaatatatg 34956157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 146
Target Start/End: Original strand, 42260899 - 42260998
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||| | ||||| | |||||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42260899 cttatccttagaagtgactgcattatcactga-ttgtgaaacatattagctaaattttgacggtata--caaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 42260995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 214 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 29417919 - 29417845
Alignment:
Q  214 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatg 288  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  29417919 aaactaatgcatggcatacatgatgaaacacataaatgacatataattggcataaccaagatgtcaaaatatatg 29417845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 26832502 - 26832425
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||    
T  26832502 cttatccttaaaagtgattgcattatcactgaattgcggagcatattagctatgttttgacg--atatacaaccatatat 26832425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 29418012 - 29417916
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29418012 cttatccttaaaagtgactgcattgtcactga-ttgtgaagcatattagctaagttttgtcggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 29417916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 15753197 - 15753120
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  15753197 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagccaagttttaacgg--tatacaaccatatat 15753120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 143
Target Start/End: Original strand, 17774509 - 17774605
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| | |||| ||||| | ||||| | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17774509 cttatccttaaaagtgactacattgtcactga-ttgtgaatcatattagctaagttttgtcggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 17774605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 44950592 - 44950522
Alignment:
Q  50 cttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  44950592 cttaaaagtgactgcattatcattgaattgtggagcatattagctaag-tttgacgg--tatacaaccatatat 44950522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 214 - 256
Target Start/End: Original strand, 17774602 - 17774644
Alignment:
Q  214 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacata 256  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  17774602 aaactaatgcatgacatacatgatgaaacacataaatgacata 17774644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 85
Target Start/End: Original strand, 43759715 - 43759749
Alignment:
Q  51 ttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagc 85  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43759715 ttaaaagtgattgcattatcactgaattgtggagc 43759749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0340 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 2)
Name: scaffold0340
Description:

Target: scaffold0340; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 44 - 250
Target Start/End: Original strand, 1524 - 1728
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||  | || |||||||||    
T  1524 cttatccttaaaagtgactgcattatcattgaattgtggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatatgttcctttaatcgatcaaac 1621  T
Q  144 attaaccatgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagc 242  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  1622 attaaccatgtattagagtctaacgatatgaa-gtcagcatagtaaagtacaaccacacttgtcagatggaaaactaatacatgtcatacataatgaagc 1720  T
Q  243 acataaat 250  Q
    ||||||||    
T  1721 acataaat 1728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0340; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 2264 - 2187
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  2264 cttatccttaaaaatgattgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgatg--atatacaaccatatat 2187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 51 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 1563861 - 1563646
Alignment:
Q  51 ttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaacc 150  Q
    ||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  1563861 ttaaaagtgattgcatta---ctgaattgtggagcatattagataagttttgacggtata--caaccatatatgttccctgaaccgatcaaacattaacc 1563767  T
Q  151 atgtattagagc-taatgatatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaa 249  Q
    ||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    |||||| || ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  1563766 atccattagagcctaatgatataaaagtcagcatagcaaagaacaacc----ctgtcaaatagaaaagtaatgcatatcatacataatgaagcacataaa 1563671  T
Q  250 tgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  1563670 tgacatatgattggcataaccaaga 1563646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 44 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 11099860 - 11099745
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||  | | ||||||||||    
T  11099860 cttatccttaaaagtgactgcattatcactaaattgtggagcatattagctaagttttgacgg--tatacaaccatatatgctcctttatacgatcaaac 11099763  T
Q  144 attaaccatgtattagag 161  Q
    ||||||||||||||||||    
T  11099762 attaaccatgtattagag 11099745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 50 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 28538154 - 28538051
Alignment:
Q  50 cttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaac 149  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  28538154 cttaaaagtgactgcattatcactaaattgtggagcatattagctaagttttgacgg--tatacaaccatatatgttcctttaaacgatcaaacattaac 28538057  T
Q  150 catgta 155  Q
    ||||||    
T  28538056 catgta 28538051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 23075214 - 23075118
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaac 143  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23075214 cttatccttaaaagtgattgcattgtcactga-ttgtgaagcatattagctaagttttgtcggtata--caaccatatatgttccctgaaacgatcaaac 23075118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 214 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 23075121 - 23075047
Alignment:
Q  214 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatg 288  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  23075121 aaactaatgcatggcatacatgatgaaacacataaatgacatataattggcataaccaagatgtcaaaatatatg 23075047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 28537744 - 28537821
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  28537744 cttatccttaaaagtgattgtattatcactgaattttggagcatattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 28537821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 1563114 - 1563191
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  1563114 cttatccttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagccaagttttaacgg--tatacaaccatatat 1563191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 123
Target Start/End: Original strand, 11099150 - 11099227
Alignment:
Q  44 cttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  11099150 cttatccttaaaagtgattgcattatcggtgaattgtggagcaaattagctaagttttgacg--atatacaaccatatat 11099227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 11099738 - 11099672
Alignment:
Q  208 catggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaaga 274  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  11099738 catggaaaactaatacatgtcatacataatgaagcacataaataatacatgattggcataaccaaga 11099672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 169 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 425159 - 425040
Alignment:
Q  169 tatgaaagtcagcatagcaaagtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataa 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  425159 tatgaaagtcagcatagcaaagtacaacaacacctgtcagattgaaaactaatccatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattggcataa 425060  T
Q  269 ccaagatgtcaacatatatg 288  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  425059 ccaagatgtcaaaatatatg 425040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 169 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 407749 - 407629
Alignment:
Q  169 tatgaaagtcagcatagcaaa-gtacaaccacacctgtcacatggaaaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacata 267  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  407749 tatgaaagttagcatagcaaaagtacaacaacacatgtcagattgaaaactaatgcatgacatacaaaatgaagaacataaatgacatatgattggaata 407650  T
Q  268 accaagatgtcaacatatatg 288  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  407649 accaagatgtcaaaatatatg 407629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0132 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0132
Description:

Target: scaffold0132; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 51 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 42338 - 42198
Alignment:
Q  51 ttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatatgttctctgaaacgatcaaacattaacc 150  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  42338 ttaaaagtgactgcattatcactgaattgtggagcatattagctaagttttgacgg--tatacaaccatatatgttcctttaaacgatcaaacattaacc 42241  T
Q  151 atgtattagag-ctaatgatatgaaagtcagcatagcaaagta 192  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  42240 atgtattagagtctaacgatatgaaagtcagcatagtaaagta 42198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 69; Significance: 6e-31; HSPs: 2)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 214 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 13098 - 13018
Alignment:
Q  214 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattgacataaccaagatgtcaacatatatgcctttg 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  13098 aaactaatgcatgacatacataatgaagcacataaatgacatatgattggcataaccaagatgtcaaaatatatggctttg 13018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 52 - 123
Target Start/End: Original strand, 12702 - 12771
Alignment:
Q  52 taaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttttgacggtatatacaaccatatat 123  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  12702 taaaagtgattgtattatcactgaattgtagagcatattagctaagttttgaggg--tatacaaccatatat 12771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0219 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0219
Description:

Target: scaffold0219; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 100
Target Start/End: Original strand, 22345 - 22402
Alignment:
Q  43 ccttattcttaaaagtgattgcattatcacttaattgtggagcatattaggtaagttt 100  Q
    |||||| ||||||||||| | | |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||    
T  22345 ccttatacttaaaagtgactactttatcactaaattgtggaacatattagctaagttt 22402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University