View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15045_high_1 (Length: 640)

Name: NF15045_high_1
Description: NF15045
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15045_high_1
NF15045_high_1
[»] chr8 (24 HSPs)
chr8 (3-625)||(7458045-7458667)
chr8 (3-625)||(7470447-7471069)
chr8 (334-604)||(6330877-6331147)
chr8 (334-604)||(6320415-6320687)
chr8 (354-604)||(6362210-6362460)
chr8 (336-609)||(6351320-6351593)
chr8 (354-604)||(6273536-6273786)
chr8 (335-600)||(6409220-6409485)
chr8 (328-571)||(6389997-6390240)
chr8 (355-619)||(6423227-6423491)
chr8 (354-619)||(6287772-6288037)
chr8 (380-572)||(6369014-6369206)
chr8 (21-102)||(6351745-6351826)
chr8 (21-117)||(6362663-6362759)
chr8 (395-467)||(6449911-6449983)
chr8 (279-331)||(6351629-6351681)
chr8 (35-105)||(6409677-6409747)
chr8 (36-104)||(6390473-6390541)
chr8 (21-84)||(6369544-6369607)
chr8 (407-468)||(6456377-6456438)
chr8 (42-106)||(6274003-6274067)
chr8 (21-93)||(6423598-6423670)
chr8 (294-331)||(11381940-11381977)
chr8 (235-267)||(7328239-7328271)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (354-467)||(9605992-9606105)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (515-569)||(42692288-42692342)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (294-331)||(52451790-52451827)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (291-331)||(10482036-10482076)
chr3 (294-330)||(39473918-39473954)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 545; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 7458667 - 7458045
Alignment:
Q  3 tgggtagattattctgttgaaatgtcagctgttgtttacaaggattggaatttcactgagcaaggacttcctaatgatctaatcaaaaggtaaccttaca 102  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458667 tggggagattatgctgttgaaatgtctgctgttgtttacaaggattggaatttcaccgagcaaggacttcctaatgatctaatcaaaaggtaaccttaca 7458568  T
Q  103 aaaccatacatcttgggtcggtccannnnnnnaaaaagatattgatctaaaacatannnnnnnaatgttcatgaggtgccatctaagattctcagtggta 202  Q
    ||||| |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458567 aaaccgtacatcttgggtcggtccatttttttaaaaagatattgatctaaaacatatttttttaatgttcatgaggtgccatctaagattctcagtggta 7458468  T
Q  203 ataactacaaatcaatgaagtaacgccctaataacaaactctaactaacttttatatttctattaaacagacttgtatctcctctaaaacagttgtaaaa 302  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458467 ataactacaaatcaacgaagtaacgccctaataacaaactctaactaacttttatatttctattaaacagacttgtatctcctctaaaacagttgtaaaa 7458368  T
Q  303 tgatcattagtatcactttaaataataattttatcttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgactt 402  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458367 tgatcattagtatcactttaagtaataattttatcttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgactt 7458268  T
Q  403 ctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatg 502  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458267 ctgatagaggactatccttatgcttctgatggactagagatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatg 7458168  T
Q  503 cagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgca 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458167 cagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgca 7458068  T
Q  603 aaaccgtacggagttgaaagaag 625  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  7458067 aaaccgtacggagttgaaagaag 7458045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 7471069 - 7470447
Alignment:
Q  3 tgggtagattattctgttgaaatgtcagctgttgtttacaaggattggaatttcactgagcaaggacttcctaatgatctaatcaaaaggtaaccttaca 102  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7471069 tggggagattatgctgtcgaaatgtctgctgttgtttacaaggattggaatttcactgagcaaggacttcctaatgatctaatcaaaaggtaaccttaca 7470970  T
Q  103 aaaccatacatcttgggtcggtccannnnnnnaaaaagatattgatctaaaacatannnnnnnaatgttcatgaggtgccatctaagattctcagtggta 202  Q
    ||||| |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7470969 aaaccgtacatcttgggtcggtccatttttttaaaaagatattgatctaaaacatatttttttaatattcatgaggtgccatctaagattctcagtggta 7470870  T
Q  203 ataactacaaatcaatgaagtaacgccctaataacaaactctaactaacttttatatttctattaaacagacttgtatctcctctaaaacagttgtaaaa 302  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7470869 ataactacaaatcaacgaagtaacgccctaataacaaactttaaccaacttttatatttctattaaacagacttgtatcttctctaaaacagttgtaaaa 7470770  T
Q  303 tgatcattagtatcactttaaataataattttatcttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgactt 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7470769 tgatcattagtatcactttaaataataattttatcttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgactt 7470670  T
Q  403 ctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatg 502  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7470669 ctgatagaggactatccttatgtttctgatggactagagatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatg 7470570  T
Q  503 cagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgca 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7470569 cagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcc 7470470  T
Q  603 aaaccgtacggagttgaaagaag 625  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  7470469 aaaccgtacggagttgaaagaag 7470447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 334 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 6331147 - 6330877
Alignment:
Q  334 tatcttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatg 433  Q
    |||||||||||| |||||  |||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  6331147 tatcttccttgcttgttatctagaggagtggctgttgaggatccaacttccccacatggaattcgccttctgatagaggactacccttatgctgctgatg 6331048  T
Q  434 gactagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagc 533  Q
    ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||| | ||||| | ||||||||||||| |||||    
T  6331047 gactagagatatgggatgctatcaagtcatgggttgaagaatatgtgagtttctactacacgtcagatgctgctgttgcgcaagattctgaactgcaagc 6330948  T
Q  534 attttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaa 604  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6330947 attttggagagaagttgtagaggtgggtcatggtgatttgaagaatgctacatggtggtttaagatgcaaa 6330877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 334 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 6320687 - 6320415
Alignment:
Q  334 tatcttccttgcatgtta-at-tagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctga 431  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||    
T  6320687 tatcttccttgcatgctatatctagaggagtggctgttgaggatccaacttccccacatggaattcgccttctgatagaggactacccttatgctgctga 6320588  T
Q  432 tggactagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaa 531  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||| | ||||||||||||| |||    
T  6320587 tggactagagatatgggatgctatcaagtcatgggttgaagaatatgtgaatttctactacaagtcagatgttgctgttgcgcaagattctgaactgcaa 6320488  T
Q  532 gcattttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaa 604  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6320487 gcattttggagagaagttgtagaggtgggtcatggtgatttgaagaatgctacatggtggtttaagatgcaaa 6320415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 354 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 6362460 - 6362210
Alignment:
Q  354 tagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgct 453  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||  ||||  || ||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6362460 tagaggagtggccgttgaggaccctacttcagcatatggtcttcgacttctaatagaggactacccttatgcttcagatggactagaaatatgggctgct 6362361  T
Q  454 attaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtag 553  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  | |||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6362360 attaaatcatgggttgatgaatatgtcaatttctactacaagtcagatgcatctattgcacaagattctgaactccaagcattctggaaagaacttgtag 6362261  T
Q  554 aggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaa 604  Q
    |||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6362260 aggtcggtcatggtgacttgaagaatgctacatggtggtttaagatgcaaa 6362210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 336 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 6351593 - 6351320
Alignment:
Q  336 tcttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatgga 435  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||| |||||    ||| | || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  6351593 tcttccttgcttgttatttagaggagtagctgttgaggatccagcctctcctaccggtctccgccttctgatagaggattatccttatgcttctgatgga 6351494  T
Q  436 ctagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcat 535  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |   |||   ||||| |||||||||||||||    
T  6351493 ctagaaatatgggctgccattaagtcatgggttggtgaatatgtgaatttctattacaagtctgatgctgccattgcacaagatgctgaactccaagcat 6351394  T
Q  536 tttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgt 609  Q
    | ||||| |||||||||||||| |||||||||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  6351393 tctggaaggaacttgtagaggttggtcatggtgacctgaagaatgccacatggtggtttaagatgcaaacccgt 6351320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 354 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 6273786 - 6273536
Alignment:
Q  354 tagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgct 453  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||||| |||| |||||||||| |    
T  6273786 tagaggagtggctgttaaggatccaagttccccacacggccttcgccttctgatagaggactacccttatgctgctgatggattagagatatgggctgtt 6273687  T
Q  454 attaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtag 553  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6273686 attaagtcatgggttgaagaatatgtgaatttctactacaagtcagatgcaaatattggacaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtag 6273587  T
Q  554 aggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaa 604  Q
    |||| ||||| |||||||| |  ||||| | ||||||| ||||||||||||    
T  6273586 aggttggtcacggtgacttgaaaaatgctaaatggtgggttaagatgcaaa 6273536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 335 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 6409485 - 6409220
Alignment:
Q  335 atcttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatgg 434  Q
    ||||||||||| |||||  |||||||||||| ||| ||||||||   | ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  6409485 atcttccttgcttgttatctagaggagtggctgttaaggatccaaaatttccacatggtgttcgccttttgatagaggattatccttatgctactgatgg 6409386  T
Q  435 actagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagca 534  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||   ||||||| |||||   | ||||| || |||||||||    
T  6409385 attagagatatgggctgctattaagtcatgggttgaagaatatgtaaatttctattacaagctagatgcagctgttgcagatgattccgagctccaagca 6409286  T
Q  535 ttttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatg 600  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  6409285 ttctggaaagaacttgtagaagtgggccatggtgacttgaaggatgcaacatggtggtttaagatg 6409220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 328 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 6390240 - 6389997
Alignment:
Q  328 taattttatcttccttgcatgttaattagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgctt 427  Q
    |||| ||||||||||||| |||||  |||||| ||||| ||| ||||||||   |||||||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||     
T  6390240 taatattatcttccttgcttgttatctagaggtgtggctgttaaggatccaaaatctccacatggtctgcgtcttctgatagaggattatccatatgctg 6390141  T
Q  428 ctgatggactagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaact 527  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||    | |||   |||||    
T  6390140 ttgatggactagagatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgtcaatttctactacaagtcagataaagatgttaaagatgatgaggaact 6390041  T
Q  528 ccaagcattttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgact 571  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6390040 caaagcattttggaaagaacttgtagaagtgggtcatggtgact 6389997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 355 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 6423491 - 6423227
Alignment:
Q  355 agaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgcta 454  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||  |||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  6423491 agaggagtggctgttgaggatccagcttcaccacacggcattcgccttttgattgaggattatccttatgcttcggatggactagagatatgggctgcta 6423392  T
Q  455 ttaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtaga 554  Q
    | ||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||| || ||||| |   |||   ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  6423391 tcaagacatgggttggagaatatgtgagtttctactacaaatcagatgctgccattgcacaagatgctgaactccaagcattctggaaggaacttgtaga 6423292  T
Q  555 ggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttga 619  Q
    |||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  6423291 ggtgggtcatggtgacttaaagagtgccacatggtggtttaagatgcaaactcgtgcggagttga 6423227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 354 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 6288037 - 6287772
Alignment:
Q  354 tagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgct 453  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||| ||  |||| ||||||||| | || || || |||||| |||||||| |||| |||||| | ||     
T  6288037 tagaggagtggctgttgaggatccaacttccccacacggccttcgccttctgataaaagattacccttatgctgctgatggattagagatatggacagca 6287938  T
Q  454 attaagtcatgggttgatgaatatgtgaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtag 553  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| || |||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6287937 attaagtcatgggttgaagaatatgtgtatttctactacaagtcagatgcaaatattgcacaagattctgaactccaagcattctggaaagaacttgtag 6287838  T
Q  554 aggtgggtcatggtgactttaggaatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttga 619  Q
    |||| ||||| |||||||| |   |||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  6287837 aggtaggtcacggtgacttgaaagatgctaaatggtggtttaagatgcaaacccgtaaggagttga 6287772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 380 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 6369206 - 6369014
Alignment:
Q  380 cttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgt 479  Q
    |||| ||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6369206 cttccccacatggtctgcgtcttctgatagaggattatccatatgcttcagatggactagagatatgggctgctattaagtcatgggttgatgaatatgt 6369107  T
Q  480 gaatttctactacaagtctgatgcagatgttgtgaaagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtgactt 572  Q
     |||||||| ||| |||| |||  |||||||    | |||   |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  6369106 caatttctattacgagtcagataaagatgttaaagatgatgaggaactcaaagcattttggaaagaacttgtagaagtaggtcatggtgactt 6369014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 21 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 6351826 - 6351745
Alignment:
Q  21 gaaatgtcagctgttgtttacaaggattggaatttcactgagcaaggacttcctaatgatctaatcaaaaggtaaccttaca 102  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6351826 gaaatgtctgctgttgtttacaaggattggaatttcattgagcaaggactacctaacgatctaatcaaaaggtaaccttaca 6351745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 21 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 6362759 - 6362663
Alignment:
Q  21 gaaatgtcagctgttgtttacaaggattggaatttcactgagcaaggacttcctaatgatctaatcaaaaggtaaccttacaaaaccatacatcttg 117  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  6362759 gaaatgtcttctgtcgtttacaaggattgggttttcactgagcaaggcctacctaatgatctaatcaaaaggtaaccttacaaaacattacatcttg 6362663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 395 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 6449983 - 6449911
Alignment:
Q  395 ttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgctattaagtcatgggt 467  Q
    |||||||| ||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  6449983 ttcgacttgtgatagaggactacccttatgctgttgatggactagaaatatgggatgctattaaggcatgggt 6449911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 279 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 6351681 - 6351629
Alignment:
Q  279 atctcctctaaaacagttgtaaaatgatcattagtatcactttaaataataat 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  6351681 atctcctctaaaacagttgtaaaatgatcattaaaatcactttaattaataat 6351629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 6409747 - 6409677
Alignment:
Q  35 tgtttacaaggattggaatttcactgagcaaggacttcctaatgatctaatcaaaaggtaaccttacaaaa 105  Q
    ||||||||||||||||  |||| | || |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6409747 tgtttacaaggattgggttttcccggatcaagcactacctaatgatctaatcaaaaggtaagcttacaaaa 6409677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 36 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 6390541 - 6390473
Alignment:
Q  36 gtttacaaggattggaatttcactgagcaaggacttcctaatgatctaatcaaaaggtaaccttacaaa 104  Q
    |||||||||||||||  ||||   || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6390541 gtttacaaggattgggttttccaagatcaaggactacctaatgatctaatcaaaaggtgaccttacaaa 6390473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 21 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 6369607 - 6369544
Alignment:
Q  21 gaaatgtcagctgttgtttacaaggattggaatttcactgagcaaggacttcctaatgatctaa 84  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||  ||||||| |||| ||||||||    
T  6369607 gaaatgtcagctgttgtttacaaggattgggttttcgctgaagaaggactacctactgatctaa 6369544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 407 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 6456438 - 6456377
Alignment:
Q  407 tagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgctattaagtcatgggtt 468  Q
    |||| ||||| || ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  6456438 tagaagactacccttatgctgttgatggactagaaatatgggatgctattaaggcatgggtt 6456377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 42 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 6274067 - 6274003
Alignment:
Q  42 aaggattggaatttcactgagcaaggacttcctaatgatctaatcaaaaggtaaccttacaaaac 106  Q
    |||||||||||||| |  ||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  6274067 aaggattggaattttaaagagcaaggtttgcctaatgatctactcaaaaggtaaccttaaaaaac 6274003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 6423670 - 6423598
Alignment:
Q  21 gaaatgtcagctgttgtttacaaggattggaatttcactgagcaaggacttcctaatgatctaatcaaaaggt 93  Q
    |||||||| |||||||  || | |||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||    
T  6423670 gaaatgtctgctgttgcatatagggattgggttttcactgagcaagggctacctaatgatctactcaaaaggt 6423598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 294 - 331
Target Start/End: Original strand, 11381940 - 11381977
Alignment:
Q  294 gttgtaaaatgatcattagtatcactttaaataataat 331  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  11381940 gttgtaaaataatcattagtatcactttaattaataat 11381977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 235 - 267
Target Start/End: Original strand, 7328239 - 7328271
Alignment:
Q  235 aacaaactctaactaacttttatatttctatta 267  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7328239 aacaaactctaactaacttctatatttctatta 7328271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 354 - 467
Target Start/End: Original strand, 9605992 - 9606105
Alignment:
Q  354 tagaggagtggcagttcaggatccagcttctccacatggtgttcgacttctgatagaggactatccatatgcttctgatggactagaaatatgggctgct 453  Q
    ||||||| | || ||| |||||||| | |||||||||||  |||| ||| |||| |||||||| || |||||   ||||||||| || ||||||| ||||    
T  9605992 tagaggattagccgttgaggatccatcgtctccacatggccttcgtcttgtgatcgaggactacccttatgcagttgatggactcgagatatgggatgct 9606091  T
Q  454 attaagtcatgggt 467  Q
    ||||||||||||||    
T  9606092 attaagtcatgggt 9606105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 515 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 42692342 - 42692288
Alignment:
Q  515 aagattctgaactccaagcattttggaaagaacttgtagaggtgggtcatggtga 569  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  42692342 aagattctgaactccaagcttggtggaaagaactcgtagaggttggtcacggtga 42692288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 294 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 52451827 - 52451790
Alignment:
Q  294 gttgtaaaatgatcattagtatcactttaaataataat 331  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  52451827 gttgtaaaatgatcattagtatcattttaattaataat 52451790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 291 - 331
Target Start/End: Original strand, 10482036 - 10482076
Alignment:
Q  291 acagttgtaaaatgatcattagtatcactttaaataataat 331  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||    
T  10482036 acagttgtaaaataatcattagtataactttaattaataat 10482076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 294 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 39473954 - 39473918
Alignment:
Q  294 gttgtaaaatgatcattagtatcactttaaataataa 330  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  39473954 gttgtaaaatgaccattagtatcactttaattaataa 39473918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University