View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1504_1D_low_104 (Length: 203)

Name: NF1504_1D_low_104
Description: NF1504_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1504_1D_low_104
NF1504_1D_low_104
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (21-190)||(45120324-45120493)
chr2 (21-190)||(14917479-14917648)
chr2 (21-190)||(17720623-17720792)
chr2 (21-190)||(30283538-30283707)
chr2 (21-190)||(42780122-42780290)
chr2 (21-190)||(16284375-16284545)
chr2 (49-177)||(716233-716361)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (21-190)||(34108167-34108336)
chr8 (21-190)||(14315008-14315177)
chr8 (21-190)||(14318712-14318881)
chr8 (21-190)||(18608725-18608894)
chr8 (21-190)||(26981973-26982142)
chr8 (21-190)||(26987086-26987255)
chr8 (26-190)||(10341054-10341218)
chr8 (27-190)||(25953256-25953419)
chr8 (29-189)||(43956947-43957107)
chr8 (68-190)||(18494273-18494395)
chr8 (21-155)||(18885002-18885136)
chr8 (113-183)||(1781869-1781939)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (21-190)||(14610302-14610471)
chr7 (21-189)||(12851612-12851780)
chr7 (21-190)||(12856727-12856896)
chr7 (21-190)||(26050959-26051128)
chr7 (21-190)||(26056072-26056241)
chr7 (21-190)||(26060318-26060487)
chr7 (21-190)||(26065431-26065600)
chr7 (26-190)||(4181479-4181642)
chr7 (21-182)||(11056563-11056724)
chr7 (26-192)||(37459936-37460102)
chr7 (21-156)||(35352422-35352557)
chr7 (26-123)||(5436694-5436791)
chr7 (81-187)||(5440388-5440494)
chr7 (81-187)||(5449398-5449504)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (21-190)||(32429380-32429549)
chr4 (21-190)||(35095966-35096135)
chr4 (26-190)||(34279588-34279752)
chr4 (21-190)||(35090853-35091022)
chr4 (21-190)||(18737098-18737269)
chr4 (21-190)||(30019947-30020116)
chr4 (21-178)||(18670780-18670935)
chr4 (30-191)||(54859253-54859414)
chr4 (21-190)||(18716425-18716596)
chr4 (26-189)||(47071351-47071514)
chr4 (26-187)||(3424799-3424961)
chr4 (21-190)||(34128334-34128503)
chr4 (69-190)||(14643827-14643948)
chr4 (21-106)||(3415333-3415418)
chr4 (113-172)||(34602060-34602119)
chr4 (108-177)||(3409707-3409781)
chr4 (141-189)||(25618387-25618435)
chr4 (26-72)||(14646483-14646529)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (21-190)||(5458109-5458278)
chr3 (21-190)||(5481585-5481754)
chr3 (21-190)||(8458249-8458418)
chr3 (21-190)||(8464688-8464857)
chr3 (26-190)||(6858152-6858316)
chr3 (21-190)||(4049745-4049914)
chr3 (21-190)||(6853049-6853218)
chr3 (21-190)||(10673035-10673204)
chr3 (21-190)||(10678150-10678319)
chr3 (21-189)||(1302343-1302511)
chr3 (21-190)||(10591392-10591561)
chr3 (21-190)||(31076499-31076668)
chr3 (21-190)||(33702697-33702866)
chr3 (21-189)||(33703237-33703405)
chr3 (21-190)||(4054879-4055048)
chr3 (21-190)||(31081604-31081773)
chr3 (26-186)||(20891002-20891162)
chr3 (26-190)||(29827372-29827531)
chr3 (28-190)||(49784441-49784603)
chr3 (31-190)||(3187551-3187710)
chr3 (49-189)||(18024246-18024386)
chr3 (79-190)||(10584955-10585066)
chr3 (21-85)||(10586384-10586448)
[»] scaffold0223 (1 HSPs)
scaffold0223 (21-190)||(2116-2285)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (21-190)||(21275711-21275880)
chr6 (26-189)||(24508926-24509089)
chr6 (21-190)||(20752215-20752384)
chr6 (26-189)||(24509646-24509809)
chr6 (21-186)||(21936781-21936946)
chr6 (30-190)||(11183263-11183423)
chr6 (26-189)||(2887433-2887596)
chr6 (26-189)||(2889155-2889318)
chr6 (26-178)||(21937513-21937665)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (21-190)||(2022902-2023071)
chr5 (21-190)||(9877636-9877805)
chr5 (21-190)||(39903783-39903952)
chr5 (21-190)||(39908896-39909065)
chr5 (21-190)||(9872521-9872690)
chr5 (26-186)||(13556406-13556566)
chr5 (21-190)||(35368988-35369157)
chr5 (21-177)||(25184036-25184186)
chr5 (33-189)||(4555603-4555759)
chr5 (21-137)||(43378375-43378491)
chr5 (118-189)||(43540857-43540928)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (21-190)||(3465411-3465580)
chr1 (21-190)||(28574235-28574404)
chr1 (21-190)||(28598247-28598416)
chr1 (26-190)||(3468010-3468174)
chr1 (21-190)||(13654273-13654444)
chr1 (30-190)||(43358700-43358860)
chr1 (26-190)||(10186676-10186844)
chr1 (26-190)||(1187771-1187934)
chr1 (26-178)||(44524131-44524280)
chr1 (30-187)||(19310771-19310928)
chr1 (51-190)||(35626140-35626279)
chr1 (26-159)||(16051149-16051282)
chr1 (81-190)||(17414633-17414742)
chr1 (26-123)||(29681533-29681630)
chr1 (26-123)||(48366215-48366312)
chr1 (94-190)||(21431769-21431865)
chr1 (26-190)||(3696403-3696565)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (21-190)||(144034-144205)
[»] scaffold0005 (2 HSPs)
scaffold0005 (69-190)||(173344-173465)
scaffold0005 (26-72)||(170761-170807)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 138; Significance: 2e-72; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 45120324 - 45120493
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45120324 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 45120423  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45120424 attggagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 45120493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 14917648 - 14917479
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14917648 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 14917549  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14917548 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 14917479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 17720792 - 17720623
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17720792 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 17720693  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17720692 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 17720623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 30283707 - 30283538
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  30283707 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaatagtattttacagatttatggttctagcaattcactcatgc 30283608  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30283607 attagagaattgattgatgatttagagtaagagaaggatggagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 30283538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 42780122 - 42780290
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  42780122 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaaatgtatctcctaacagtattttacaaatttatggttccaacaattcactcatgc 42780221  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| | |||| |||||||||||    
T  42780222 attagagaattgatggatgatttagagtaagagaatggtgaagaattatgtag-taatgtaacaaaattc 42780290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 16284375 - 16284545
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  16284375 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgtacaaccacaccaagcgtatctcctaatggtattttactgatttatggtttcagcaattcactcatgc 16284474  T
Q  121 attggagaattgatggatga-tttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  16284475 attagagagttgatgaatgattttagagtaagagaatgagggagaattatattgttaatgcaacaaaattc 16284545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 49 - 177
Target Start/End: Original strand, 716233 - 716361
Alignment:
Q  49 attgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaattgatggatgatttagagt 148  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  716233 attgtacaaccacaccaaacgtatctcctaactgtattttacagatttagggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagt 716332  T
Q  149 aagagaatgagggagaattatgttgttaa 177  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  716333 aagagaatgaaggagaattatgttgttaa 716361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 6e-70; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 34108167 - 34108336
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34108167 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 34108266  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34108267 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 34108336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 14315177 - 14315008
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14315177 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 14315078  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14315077 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 14315008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 14318881 - 14318712
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14318881 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 14318782  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14318781 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 14318712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 18608894 - 18608725
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||    
T  18608894 tcaggataatatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatcgttccgtcaattaactcatgc 18608795  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18608794 attagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 18608725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 26982142 - 26981973
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26982142 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 26982043  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26982042 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 26981973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 26987255 - 26987086
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26987255 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 26987156  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26987155 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 26987086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 26 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 10341218 - 10341054
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  10341218 atactatgagttccttgacgtgtattgcacaactacaccaagcgtatctcctaacaatattttacagatttatgattccagcaattcactcatgcattag 10341119  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  10341118 agaatttatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattc 10341054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 27 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 25953419 - 25953256
Alignment:
Q  27 tactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgga 126  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||    
T  25953419 tactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacacctagcgtatctcctaacagtattgtacatatttatggttcaagcaattcactcatgcattaga 25953320  T
Q  127 gaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25953319 caattgatggatgatttagagtatgagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 25953256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 29 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 43957107 - 43956947
Alignment:
Q  29 ctatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggaga 128  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||    
T  43957107 ctatgagttctttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtgttttacaaatttatggtttcagcaattcactcatgcattagaga 43957008  T
Q  129 attgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||    
T  43957007 attgatggatgatttagaataagagaatgatgaagaattatgttgttaatgcaacaaaatt 43956947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 68 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 18494395 - 18494273
Alignment:
Q  68 cgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaatt 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||    
T  18494395 cgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaatt 18494296  T
Q  168 atgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  18494295 atgttgttaatgtaacaaaattc 18494273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 21 - 155
Target Start/End: Original strand, 18885002 - 18885136
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| ||||| | |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18885002 tcaggatactttaagttccttgatgtgtattgcacaatcacaccaagcatatctcttaacaggattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 18885101  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaa 155  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18885102 attagagaattgattgatgatttagagtaagagaa 18885136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 113 - 183
Target Start/End: Original strand, 1781869 - 1781939
Alignment:
Q  113 actcatgcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataac 183  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  1781869 actcatgaattagagaattggtggatgattttgagtaagagaatgagggataattatgttgttaatgtaac 1781939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 6e-70; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 14610302 - 14610471
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14610302 tcaggatactatgagtttcttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 14610401  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14610402 attagagaattgatggatgatttagaataagagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 14610471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 21 - 189
Target Start/End: Original strand, 12851612 - 12851780
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12851612 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 12851711  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12851712 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaatt 12851780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 12856727 - 12856896
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12856727 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 12856826  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12856827 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 12856896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 26050959 - 26051128
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26050959 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 26051058  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26051059 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 26051128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 26056072 - 26056241
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26056072 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 26056171  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26056172 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 26056241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 26060318 - 26060487
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26060318 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 26060417  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26060418 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 26060487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 26065431 - 26065600
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26065431 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 26065530  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26065531 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 26065600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 26 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 4181642 - 4181479
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||  ||||||||||| |    
T  4181642 atactatgagttccttgacatgtattgcacaaccacatcaagcgtatctactaacagtattttacgggtttatggttcgagcaatc-actcatgcattag 4181544  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4181543 agaattgatggatgatttagattaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattc 4181479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 21 - 182
Target Start/End: Original strand, 11056563 - 11056724
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  11056563 tcaggatactatgagttccttgacgtgtgttgcacaatcacaccaaacgtatctcctaatagtattttacagatttatggttccaacaattcactcatgc 11056662  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataa 182  Q
    |||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  11056663 attaaagaattgatggatgatttaaagtaagagaatgataaagaattatgttgttaatataa 11056724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 26 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 37460102 - 37459936
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||  || ||||||  |    
T  37460102 atactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacatcaagcgtatctcttaacaatattttacagatatatggtttcagcaattcgctaatgcatcag 37460003  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattcct 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  37460002 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgtgggagaattatgttgttcatgtaacataattcct 37459936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 21 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 35352557 - 35352422
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35352557 tcaggatactatgagttccatgatgtgtattgcacaaccacatcaagagtaactcctaacagtattttatagatttatggttccagcaattcactcatgc 35352458  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaat 156  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  35352457 attagagaattgatggatggtttatagtaagagaat 35352422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 26 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 5436791 - 5436694
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcatt 123  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  5436791 atactatgaggtccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacaatattttacagatttatggttcaagcaattcactaatgcatt 5436694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 81 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 5440494 - 5440388
Alignment:
Q  81 agtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatat 180  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  5440494 agtattttacagatgtatggttccagcaatttactcaagctttagagaattgatcgatgatttagagtaagggaatgagggagaattatgttgttaatgt 5440395  T
Q  181 aacaaaa 187  Q
    || ||||    
T  5440394 aataaaa 5440388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 81 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 5449504 - 5449398
Alignment:
Q  81 agtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatat 180  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  5449504 agtattttacagatgtatggttccagcaatttactcaagctttagagaattgatcgatgatttagagtaagggaatgagggagaattatgttgttaatgt 5449405  T
Q  181 aacaaaa 187  Q
    || ||||    
T  5449404 aataaaa 5449398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 134; Significance: 6e-70; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 32429549 - 32429380
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  32429549 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacacaaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccaacaattcactcatgc 32429450  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  32429449 attaaagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatccaacaaaattc 32429380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 35095966 - 35096135
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35095966 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 35096065  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35096066 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 35096135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 26 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 34279752 - 34279588
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |    
T  34279752 atactatgagtttcttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggtttcaggaattcactcatgcattag 34279653  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34279652 agaattgatggttgatttagagtaagagaacgaggaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 34279588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 35090853 - 35091022
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35090853 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 35090952  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||   |  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  35090953 attagagaattgatggatgatttagaataatagaattttgatgaattatgttgttaatgtaacaaaattc 35091022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 18737098 - 18737269
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccaca--ccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcat 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18737098 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacacaccaagcgaatcttctaaaagtattttacagatttatggttccagcaattcactcat 18737197  T
Q  119 gcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  18737198 gaattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattc 18737269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 30020116 - 30019947
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  30020116 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcataaccacaccaaacgtatctcctaacagtatttcacatatttatggttccaacaattcactcatgc 30020017  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30020016 attagagaattgatggatgatttagagtaagagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 30019947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 21 - 178
Target Start/End: Original strand, 18670780 - 18670935
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  18670780 tcaggatactatgagttccttcatgt--attgcacaaccacaccaagtgtatctcctaacaatattttacagatttatggttccaacaagtcactcatgc 18670877  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaat 178  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18670878 attagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaat 18670935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 30 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 54859414 - 54859253
Alignment:
Q  30 tatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaa 129  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  54859414 tatgagttccttgatgtgtattacacaactacaccaaacgtatctcctaacagtattttacggatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaa 54859315  T
Q  130 ttgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattcc 191  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  54859314 ttgatggatgatttagagcaagagaatgagggagaatcatgttgttaatgtgacaaaattcc 54859253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 18716425 - 18716596
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccaca--ccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcat 118  Q
    |||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  18716425 tcaggatactaagagttctttgacgtgtattgcacaaccacacaccaagcgtatcttctaatagtattttacagatttatggttccagcaattcactctt 18716524  T
Q  119 gcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  18716525 gtattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgggggagaattatgttgttaatgcaacaaaattc 18716596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 26 - 189
Target Start/End: Original strand, 47071351 - 47071514
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||| |    
T  47071351 atactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacaccaatcatatctcatatcagtattttacaaatttatggttcaaacaattcactcattcattag 47071450  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47071451 agaattgatagataatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgtaacaaaatt 47071514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 26 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 3424961 - 3424799
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||| |    
T  3424961 atactatgagttcattgatgtgtattgcacaaccacaccaaccgtatctcctaacagtattttacagatttatgtttccagtaactcactcatgcattag 3424862  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggaga-attatgttgttaatataacaaaa 187  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||    
T  3424861 agaattaatggatgatttagagtaagagaatgagggagatcttatgttgttaaagtaacaaaa 3424799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 34128503 - 34128334
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  34128503 tcaggatactatgagtttcatgaggtgtattgcacaaccacaccaaacatatctcctaaccatattttacagatttatggtttcaacaattcactcatgc 34128404  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  34128403 attagaaaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgatgttaatgcaacaaaattc 34128334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 69 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 14643948 - 14643827
Alignment:
Q  69 gtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaatta 168  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  14643948 gtatcccctaacagtattttagagatttatggttccagcaattcacctatacattagagaattgatggatgatttagagtaagagaattaggaagaatta 14643849  T
Q  169 tgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||||||| || |||||||||||    
T  14643848 tgttgttgatgtaacaaaattc 14643827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 3415418 - 3415333
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccag 106  Q
    |||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3415418 tcaggatactatgagttcattgatgtgtattgcacaaccacaccaaccgtatctcctaatagtattttacagatttatggttccag 3415333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 113 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 34602119 - 34602060
Alignment:
Q  113 actcatgcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgtt 172  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  34602119 actcatgcataagaaaattgatggatgatttagagtaaaagaatgagggagaattgtgtt 34602060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 108 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 3409781 - 3409707
Alignment:
Q  108 aattgactcatgcattggagaatt----gatggatgatttagagtaagagaatgagggaga-attatgttgttaa 177  Q
    |||| ||||||||||| |||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  3409781 aattcactcatgcattagagaattaatatatggatgatttagagtaagagaatgagggagatcttatgttgttaa 3409707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 141 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 25618435 - 25618387
Alignment:
Q  141 tttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  25618435 tttagaataagagaatgagggagaattattttgttaatgcaacaaaatt 25618387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 14646529 - 14646483
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtat 72  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  14646529 atactatgagttccttaatgtgtattgcagaaccacaccaagcgtat 14646483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 134; Significance: 6e-70; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 5458278 - 5458109
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5458278 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 5458179  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5458178 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 5458109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 5481754 - 5481585
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5481754 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 5481655  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5481654 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 5481585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 8458249 - 8458418
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8458249 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 8458348  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8458349 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 8458418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 8464688 - 8464857
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8464688 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 8464787  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8464788 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 8464857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 26 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 6858316 - 6858152
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  6858316 atactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattag 6858217  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6858216 agaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 6858152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 4049745 - 4049914
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4049745 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 4049844  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4049845 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 4049914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 6853218 - 6853049
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  6853218 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcgtgc 6853119  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6853118 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 6853049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 10673204 - 10673035
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10673204 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 10673105  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10673104 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 10673035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 10678319 - 10678150
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10678319 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 10678220  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10678219 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 10678150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 1302511 - 1302343
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1302511 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 1302412  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1302411 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaatt 1302343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 10591561 - 10591392
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10591561 tcaggatactatgagttcattgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 10591462  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  10591461 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaggaattatgttgttaatgtaacaaaattc 10591392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 126; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 31076668 - 31076499
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31076668 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaaacgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 31076569  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31076568 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 31076499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 126; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 33702866 - 33702697
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33702866 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacatatttatggttccagcaattcactcatgc 33702767  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33702766 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 33702697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 189
Target Start/End: Original strand, 33703237 - 33703405
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33703237 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaatagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 33703336  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33703337 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaatt 33703405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 4054879 - 4055048
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4054879 tcaggatactatgagttccttaacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 4054978  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    |||  ||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4054979 attaaagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 4055048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 31081773 - 31081604
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  31081773 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaaacgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccaacaattcactcatgc 31081674  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31081673 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 31081604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 26 - 186
Target Start/End: Original strand, 20891002 - 20891162
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  20891002 atactatgagttccttgatgtgtattacacaatcacacaaagcgtatctcttaacagtattttatagatttatggttccagcaattcactcatgcattag 20891101  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaa 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  20891102 agaattgatggatgatttagagtaagcgaatgagggagaattatgttgtttatgtaacaaa 20891162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 26 - 190
Target Start/End: Original strand, 29827372 - 29827531
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||| ||||||||||| |    
T  29827372 atactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagggtatctcctaacagtattttacagatttat-----cagcaattcactcatgcattag 29827466  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||    
T  29827467 agaattgatgaatgatttagagtaagagaatgagggagaattaggttattaatgcaacaaaattc 29827531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 190
Target Start/End: Original strand, 49784441 - 49784603
Alignment:
Q  28 actatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggag 127  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||    
T  49784441 actatgagttctttgacgtgtattgcacaaccataccaaacatatctcctaacaatattttccagatttatggttccagcaattcactcatgaattagag 49784540  T
Q  128 aattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  49784541 aattgatagatgatttaaagtaaaagaatgagggggaattatgttgttaatgcaacaaaattc 49784603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 3187710 - 3187551
Alignment:
Q  31 atgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaat 130  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||||  |||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||    
T  3187710 atgagtttcttgatgtgtattgcacaattacacaaagtgtatctcttaacaatattttacagatttatggttcgagcaattcactcatgcattaaagaat 3187611  T
Q  131 tgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  3187610 tgatagatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgtcacaaaattc 3187551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 49 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 18024386 - 18024246
Alignment:
Q  49 attgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaattgatggatgatttagagt 148  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||| | ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  18024386 attgcacaatcacaccaagcgtatctgttaacaatattttacagatttattgttctaacaattcattcatgcattagagaattgatgaatgatttagagt 18024287  T
Q  149 aagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18024286 aagagaatgagggagaattatgttgttaatgtaacaaaatt 18024246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 79 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 10585066 - 10584955
Alignment:
Q  79 acagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaat 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |  ||||||||||||||||    
T  10585066 acagtattttacagatttatggttctagctattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaggaattatgttgttaat 10584967  T
Q  179 ataacaaaattc 190  Q
     |||||||||||    
T  10584966 gtaacaaaattc 10584955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 10586448 - 10586384
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtat 85  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10586448 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacgccaagcgtatctcctaacagtat 10586384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 130; Significance: 1e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 2285 - 2116
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2285 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 2186  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  2185 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaataaaattc 2116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 130; Significance: 1e-67; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 21275711 - 21275880
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21275711 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 21275810  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21275811 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 21275880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 26 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 24509089 - 24508926
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |    
T  24509089 atactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacaaatttatgattccaacaattcactcatgcattag 24508990  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  24508989 agaattgatggatgatttagagtaaaagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataatt 24508926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 20752384 - 20752215
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  20752384 tcaggatactacgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccaacaattcactcatgc 20752285  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20752284 atcagagaattgatggatgacttatagtaagagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 20752215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 26 - 189
Target Start/End: Original strand, 24509646 - 24509809
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |    
T  24509646 atactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacaccatgcgtatctcctaacagtattttacaaatttatggttccaacaattcactaatgcattag 24509745  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  24509746 agaattgatggatgatttaaagtaaaagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacataatt 24509809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 21 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 21936946 - 21936781
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21936946 tcagaatactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacatcgagtgtatctcctaataatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 21936847  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaa 186  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  21936846 attagagaattgatagatgatttagagtatgagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacaaa 21936781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 30 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 11183423 - 11183263
Alignment:
Q  30 tatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaa 129  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  11183423 tatgagttccttgatgtgtattacacaaccacaccaaatgtatctcctaacagtattttacaggtttatggtttcagcaatttactcatgcattagagaa 11183324  T
Q  130 ttgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  11183323 ttgattgatgatttagagtaagagaatgagagagaattatgttattattgtaacaaaattc 11183263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 26 - 189
Target Start/End: Original strand, 2887433 - 2887596
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||   |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  2887433 atactatgaattccttcacgtgtattgcacaaccacaccaaatatatctcttaacactattttacagatttatgattccagcaattcactcatgcattag 2887532  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  2887533 agagttgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttggtaatggaacaaaatt 2887596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 26 - 189
Target Start/End: Original strand, 2889155 - 2889318
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||   |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  2889155 atactatgaattccttcacgtgtattgcacaaccacaccaaatatatctcttaacactattttacagatttatgattccagcaattcactcatgcattag 2889254  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  2889255 agagttgatgaatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttggtaatggaacaaaatt 2889318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 26 - 178
Target Start/End: Original strand, 21937513 - 21937665
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  21937513 atactatgagttccttgttgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcgtaacaatattatacaaatttatggttccagcaattcactcatgcatttg 21937612  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaat 178  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  21937613 agaattgatggatgttttagaataagagagtgatggaaaattatgttgttaat 21937665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 130; Significance: 1e-67; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 2022902 - 2023071
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2022902 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccaaaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 2023001  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2023002 attagagaattgatggatgatttagaataagagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 2023071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 9877805 - 9877636
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9877805 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 9877706  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9877705 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 9877636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 39903783 - 39903952
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39903783 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 39903882  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39903883 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 39903952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 39908896 - 39909065
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39908896 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 39908995  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39908996 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 39909065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 9872690 - 9872521
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9872690 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 9872591  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||   | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9872590 attagagaattgatggatgatttagaataatagaattgtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 9872521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 26 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 13556566 - 13556406
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  13556566 atactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaaccgtattttacatatttatggttccagcaattcactcatgcattag 13556467  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaa 186  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||    
T  13556466 agaattgatggatgatttagaataagagaatgatgaagaattatgttgttaatgtaacaaa 13556406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 35369157 - 35368988
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  35369157 tcaggatactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaatagtattttacagatttatggttacaacaattcactcatgc 35369058  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  ||||||||||    
T  35369057 attagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgaggaagaattatgtttttgatgcaacaaaattc 35368988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 21 - 177
Target Start/End: Original strand, 25184036 - 25184186
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||      ||| ||||||| ||| || |    
T  25184036 tcaggatactatgagttccttgacgtttattgcacaaccataccaagcgtatctccaaacaatattttacagat------ttctagcaattcactaatac 25184129  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaa 177  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||    
T  25184130 attagagaattgatggatgatttagagtaagagaatggtgaagaaatatgttgttaa 25184186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 33 - 189
Target Start/End: Original strand, 4555603 - 4555759
Alignment:
Q  33 gagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaattg 132  Q
    |||||| |||| ||| |||||| || |||||||| | ||| || ||||| ||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||| |||||||     
T  4555603 gagttcattgatgtgtattgcaaaatcacaccaaacatatttcttaacattattttacagatttatggtaccaataattcactcatgcattagagaatta 4555702  T
Q  133 atggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4555703 atggatgatttagagtaatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaatt 4555759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 21 - 137
Target Start/End: Original strand, 43378375 - 43378491
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  43378375 tcaggatattattagttccttgacgtgtattgcacaatcacattaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactaatgc 43378474  T
Q  121 attggagaattgatgga 137  Q
    |||  ||||||||||||    
T  43378475 attaaagaattgatgga 43378491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 118 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 43540928 - 43540857
Alignment:
Q  118 tgcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaatt 189  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  43540928 tgcattagagaattgatagatgatttagagtaagagaatgatggagaactatgttgttaatgtaacaaaatt 43540857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 130; Significance: 1e-67; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 3465411 - 3465580
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3465411 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 3465510  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3465511 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 3465580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 28574235 - 28574404
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28574235 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 28574334  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28574335 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 28574404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 28598247 - 28598416
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28598247 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgc 28598346  T
Q  121 attggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28598347 attagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 28598416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 26 - 190
Target Start/End: Original strand, 3468010 - 3468174
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  3468010 atactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattag 3468109  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3468110 agaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 3468174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 13654273 - 13654444
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  13654273 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggtttcagcaattcactcatgc 13654372  T
Q  121 attggagaattgatggatgattt--agagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| ||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  13654373 attagagaattaatggatgatttagagagcaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattc 13654444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 30 - 190
Target Start/End: Original strand, 43358700 - 43358860
Alignment:
Q  30 tatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaa 129  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  43358700 tatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaaacatatctcctaacaattttttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaa 43358799  T
Q  130 ttgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43358800 ttgatggataatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 43358860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 26 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 10186844 - 10186676
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaaca----gtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgca 121  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10186844 atactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaaacgtatctcctaacaatatttattttacagatttatggttccagcaattcactcatgca 10186745  T
Q  122 ttggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10186744 ttagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgatggagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 10186676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 26 - 190
Target Start/End: Original strand, 1187771 - 1187934
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||      
T  1187771 atactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacaatattttacagatttatggttctaccaattcactcatgcattaa 1187870  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  1187871 agaattgatggatgatttagagtaagagaatga-ggagatttatgttgttaatgtaacaaaattc 1187934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 26 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 44524280 - 44524131
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  44524280 atactatgagttccttgatgtgtattgcacaaccaca---agcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattag 44524184  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaat 178  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44524183 agaattgatggatgatttaaagtaagagaatgatggagaattatgttgttaat 44524131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 30 - 187
Target Start/End: Original strand, 19310771 - 19310928
Alignment:
Q  30 tatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaa 129  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||    
T  19310771 tatgagttccttgacgtgtattgcacaaccgcaccaagcatatctcctaatagtgttttacagatttatggttccagcaattcattcatgcattagagaa 19310870  T
Q  130 ttgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaa 187  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  19310871 ttgatggatgatttatagtaagagaatgagggagaattatattgttaatgtaacaaaa 19310928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 51 - 190
Target Start/End: Original strand, 35626140 - 35626279
Alignment:
Q  51 tgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaattgatggatgatttagagtaa 150  Q
    |||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35626140 tgcacaaccacatcgaacgtatctcctaatagtattttatagatttatggttccaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaa 35626239  T
Q  151 gagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35626240 gagaatgagggagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 35626279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 26 - 159
Target Start/End: Original strand, 16051149 - 16051282
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  16051149 atactatgagttccttgatgtgtattgcacagccacaccaagcgtatttcctaacagtattttacagatttatggtttcagcaattcactcatgcattag 16051248  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaatgag 159  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  16051249 agaattgatggatgatttaaagtaagaaaatgag 16051282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 81 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 17414742 - 17414633
Alignment:
Q  81 agtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatat 180  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17414742 agtattttccagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgt 17414643  T
Q  181 aacaaaattc 190  Q
    ||||||||||    
T  17414642 aacaaaattc 17414633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 26 - 123
Target Start/End: Original strand, 29681533 - 29681630
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcatt 123  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  29681533 atactatgaggtccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacaatattttacagatttatggttccagcaattcactaatgcatt 29681630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 26 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 48366312 - 48366215
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcatt 123  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  48366312 atactatgaggtccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctccaaacaatattttacagatttatggttccagcaattcactaatgcatt 48366215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 94 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 21431865 - 21431769
Alignment:
Q  94 tttatggttccagcaattgactcatgcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  21431865 tttatggttccatcaattcactgatgcattagagaattgatggatgatttagattaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattc 21431769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 3696565 - 3696403
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattgg 125  Q
    ||||||||| |||||||| |||  || ||||| |||| |||  ||||||| |||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||| | |||| |    |    
T  3696565 atactatgaattccttgatgtg--tttcacaatcacagcaaaagtatctcttaaccgtattttacaaatt-atggttccatcaattcattcattctgcag 3696469  T
Q  126 agaattgatggatgatttagagtaagagaa-tgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||||| ||   ||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  3696468 agaattgatggatgatttatagaatgagaaatggaagagaattgtgttgttaatgtaacaaaattc 3696403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 125; Significance: 1e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Original strand, 144034 - 144205
Alignment:
Q  21 tcagcatactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgc 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  144034 tcaggatactatgagttccttgacgtgtattgcacaaccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggtttcagcaattcactcatgc 144133  T
Q  121 attggagaattgatggatgattt--agagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||| ||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  144134 attagagaattaatggatgatttagagagcaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattc 144205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 2)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 69 - 190
Target Start/End: Original strand, 173344 - 173465
Alignment:
Q  69 gtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattgactcatgcattggagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaatta 168  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  173344 gtatcccctaacagtattttagagatttatggttccagcaattcacctatacattagagaattgatggatgatttagagtaagagaattaggaagaatta 173443  T
Q  169 tgttgttaatataacaaaattc 190  Q
    ||||||| || |||||||||||    
T  173444 tgttgttgatgtaacaaaattc 173465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 72
Target Start/End: Original strand, 170761 - 170807
Alignment:
Q  26 atactatgagttccttgacgtgcattgcacaaccacaccaagcgtat 72  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  170761 atactatgagttccttaatgtgtattgcagaaccacaccaagcgtat 170807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University