View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1506_low_1 (Length: 939)

Name: NF1506_low_1
Description: NF1506
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1506_low_1
NF1506_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-922)||(3050150-3051056)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 883; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 883; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 922
Target Start/End: Original strand, 3050150 - 3051056
Alignment:
Q  16 catgggagattggcctcttcgtcaaagggttttgatatctactaggccacggttcaggttgcgtttaactgtgattctctacgatatgaagaactaagac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3050150 catgggagattggcctcttcgtcaaagggttttgatatctactaggccgcggttcaggttgcgtttaactgtgattctctacaatatgaagaactaagac 3050249  T
Q  116 atgaccacaaccctgctcataactattacttttggcgcttttgcttttgggtggatggggtaaacaaattaggatctaagggggcaggcgtagtttaact 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3050250 atgaccacaaccctgctcataactattacttttggtgctttttcttttgggtggatggggtaaacaaattaggatctaagggggcaggcgtagtttaact 3050349  T
Q  216 gaatgctgaaaatggggtcattatctcctttggcttccaaagatgttatggaacaatggtcacagttattcagtacacttgatctaggtctcatgtagtc 315  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3050350 gaatgctgaaaatgggttcattatctcctttggcttccaaagatgttatggaacaatggtcacagttattcagtacacttgatctaggtctcatgtagtc 3050449  T
Q  316 aaatgtagcttcaattgtggtcacattgcaatcattgagacatctacaaccttgatgtcccagcctagatcacaaggatagaaggaacacagtctctagg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3050450 aaatgtagcttcaattgtggtcacattgcaatcattgagacatctacaaccttgatgtcccagcctagatcacaaggatagaaggaacacagtctctagg 3050549  T
Q  416 aagatgaaattttacttttgtttttatgcaatgtgtattaagcatcagtgaagttagattttcttgagacaaccttagaagggttataaatgagaaggct 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3050550 aagatgaaattttacttttgtttttatgcaatgtgtattaagcatcagtgaagttagattttcttgagacaaacttagaagggttataaatgagaaggct 3050649  T
Q  516 tgaattacatatgtttcttatagtggatgtggattaatatcatcttttatcacagatcaatgcttcctacaagaattgatgaagagatttataaaccgcc 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3050650 tgaattacatatgtttcttatagtggatgtggattaatatcatcttttatcacagatcaatgcttcctacaagaattgatgaagagatttataaaccgcc 3050749  T
Q  616 tcactaatatagtagtctgaatttttgtccctcattgatggttgcaggtttattaggagcaactgccatgcttttgttatcattccatgaaaaccttcat 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3050750 tcactaatatagtagtctgaatttttgtccctcattgatggttgcaggtttattaggagcaactgccatgcttttgttatcattccatgaaaaccttcat 3050849  T
Q  716 cttgtgttggcaattttggcattaacagcagggagtgctggagtggcgatagcagatgtgaccattgatgcatgtgttgcacagaacagtatctctcatc 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3050850 cttgtgttggcaattttggcattaacagcagggagtgctggagtggcgatagcagatgtgaccattgatgcatgtgttgcacagaacagtatctctcatc 3050949  T
Q  816 cttcccttgcttctgacatgcaaagtttatgtgcctttagttcttctattggcgcactattaggattctctattagtggcatctttgttcaccttatagg 915  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3050950 cttcccttgcttctgacatgcaaagtttatgtgcctttagttcttctattggcgcactattaggattctctattagtggcatctttgttcaccttatagg 3051049  T
Q  916 ccctatg 922  Q
    |||||||    
T  3051050 ccctatg 3051056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University