View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1507-Insertion-17 (Length: 626)

Name: NF1507-Insertion-17
Description: NF1507
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1507-Insertion-17
NF1507-Insertion-17
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (8-624)||(24283998-24284614)
chr7 (19-537)||(24232214-24232725)
chr7 (59-569)||(21199528-21200048)
chr7 (18-315)||(24121935-24122231)
chr7 (164-413)||(21194383-21194632)
chr7 (18-284)||(24151055-24151320)
chr7 (18-222)||(24132459-24132662)
chr7 (36-314)||(3494735-3495012)
chr7 (25-318)||(24161089-24161381)
chr7 (45-251)||(24146097-24146302)
chr7 (59-332)||(24154162-24154434)
chr7 (45-222)||(24138392-24138568)
chr7 (18-118)||(21194274-21194374)
chr7 (473-559)||(21194698-21194784)
chr7 (19-133)||(24238059-24238173)
chr7 (59-133)||(23342854-23342928)
chr7 (59-134)||(23348064-23348139)
chr7 (184-283)||(24238223-24238322)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-335)||(10988798-10989123)
chr2 (59-109)||(28160513-28160563)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (18-265)||(3151053-3151298)
chr1 (18-133)||(15380168-15380283)
chr1 (455-543)||(3151479-3151567)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 538; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 538; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 624
Target Start/End: Original strand, 24283998 - 24284614
Alignment:
Q  8 aaaattacgtttgagagttatggcggataaagaaagtaacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttacc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24283998 aaaattacgtttgagagttatggtggataaagaaagtaacaaagttctatatcctgaagcagtgaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttacc 24284097  T
Q  108 ttgcccttagggactattgcaagactccttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24284098 ttgcccttagggactattgcaagactcgttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagat 24284197  T
Q  208 cttgatcaacaatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatgctgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatag 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  24284198 cttgatcaacaatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatgctgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctccagctgaatatag 24284297  T
Q  308 acgacacagaacctttgcagcacttcgtgtgcgagaactgggattgtgttagaaagcaaagtggagcccgtttgagcatttttaggaatcaaaagtgcag 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24284298 acgacacagaacctttgcagcacttcgtgtgcgagaactgggattgtgttagaaa-caaagtggagcccgtttgagcatttttaggaatcaaaagtgcag 24284396  T
Q  408 ttgtggaaaagtaatgaacctagtaagattcccaccaaaagaatttttgagtttaggaaatggctttgctaaggaaaccgccacatttataatttctgat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24284397 ttgtggaaaagtaatgaacctagtaatgttcccaccaaaagaatttttgagtctaggaaatggctttgctaaggaaaccgccacatttataatttctgat 24284496  T
Q  508 gatcttactgtgatgcctaatgtttttggaacagttatatcactacttc-aaagcttgaaatcacatacattgtggctattgttgaagaatctgtcggaa 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| | ||    
T  24284497 gatcttactgtgatgcctaatgtttttggaacagttataccactacttcaaaagcttgaaatcacaaacattggtgctattgttgaagaatctgttgaaa 24284596  T
Q  607 tcagcaagcaagaggcat 624  Q
    ||||||||||||||||||    
T  24284597 tcagcaagcaagaggcat 24284614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 24232725 - 24232214
Alignment:
Q  19 tgagagttatggcggataaagaaagtaacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagg 118  Q
    ||||| || ||| ||| |||||||  ||||||||| | | |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| || ||||| |||||    
T  24232725 tgagaattttggtggacaaagaaaagaacaaagttgtgtatgctgaggctgggaaggatttcgttgatgctctcttcagcttcttaacattgcctttagg 24232626  T
Q  119 gactattgcaagactccttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaaca 218  Q
    ||||||||||||| |  | ||||  ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||   | |||||||||||||    
T  24232625 gactattgcaagatttgtggctaaggactcaaatattgaagcagtgaaattt-ggcagcattagctcattgtatcaaagtgtgtcaaatcttgatcaaca 24232527  T
Q  219 atatttatgcacaaatacctgcaaggaaatgctgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacacagaa 318  Q
    |||||| | | ||  ||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||| ||| || | | |||| |||||||||||||||||||| |||    
T  24232526 atatttgtcctcacttacttgcaaggaaatgctactgcaaccaagaaactcgatggaagattactgccgacagctgaaactgaatatagacgacactgaa 24232427  T
Q  319 cctttgcagcacttcgtgtgcgagaactgggattgtgttagaaagcaaagtggagcccgtttgagcatttttaggaatcaaaagtgcagttgtggaaaag 418  Q
    |  |||||| |||| |||||||||||||||||||||   ||||||   |||||   || ||||||| |||||||||| ||||| |||  |||||| ||||    
T  24232426 cgcttgcagtactttgtgtgcgagaactgggattgtagaagaaaggttagtggctgccttttgagcttttttaggaaccaaaaatgctattgtgggaaag 24232327  T
Q  419 taatgaacctagtaagattcccaccaaaagaatttttgagtttaggaaatggctttgctaaggaaaccgccacatttataatttctgatgatcttactgt 518  Q
    ||||||||  || |  ||||||    ||||  ||||| | | ||| |||||| ||||  |||||||  || || ||||| |||||||||||||||  |||    
T  24232326 taatgaacagagaagtattccc----aaag--tttttcaatatagaaaatggttttgtgaaggaaaatgctacttttatcatttctgatgatctttgtgt 24232233  T
Q  519 gatgcctaatgtttttgga 537  Q
     ||||||||||||||||||    
T  24232232 tatgcctaatgtttttgga 24232214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 59 - 569
Target Start/End: Original strand, 21199528 - 21200048
Alignment:
Q  59 tgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggactattgcaagactccttgctacagactcaaatattgaa 158  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||  |  |    || || |||||||||    
T  21199528 tgctgaggcaggaaaggattttgttgatgctctcttcggcttcttaacattgcctttaggaactattgcaagactagtgtccgaggagtcgaatattgaa 21199627  T
Q  159 gcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttg----atcaacaatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatgctgct 254  Q
    ||  |  ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||   | ||||||    || |||||||| |||| |    | | |||||||||||||| ||    
T  21199628 gctatgaaattt-ggcagcattagctcactgtatcagagtgtggcaaatcttgcttgatgaacaatatctatggagtcgttcttgcaaggaaatgctact 21199726  T
Q  255 gcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacacagaacctttgcagcacttcgtgtgcgagaactgggattgt 354  Q
      ||||||| |  || ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | | || | | | |||||||||    
T  21199727 cgagccaaggaattccatggaagcttattgtcagaagatgaaactgaatatcgacgacacagaacctatgcagcactacatctgtggggattgggattgt 21199826  T
Q  355 gttagaaagcaaagtggagcccgtttgagcatttttaggaatcaaaagtgcagttgtggaaaagtaatgaacctagtaagattcccacc------aaaag 448  Q
    | ||||||| |||| ||   || ||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||  ||  |||||      |  ||    
T  21199827 ggtagaaaggaaagcgggaaccttttgagcttatttaggaatcaaatgtgcagttgtggaagagtaatgaacaaagtattatctccaccgcagcaaccag 21199926  T
Q  449 aatttttgagtttaggaaatggctttgctaaggaaaccgccacatttataatttctgatgatcttactgtgatgcctaatgtttttggaacagttatatc 548  Q
    ||  |||||| |||||||  || |||| ||||||||| ||  ||||||| ||||| || ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||      
T  21199927 aaagtttgagcttaggaagcggttttgttaaggaaactgctgcatttattatttcagacgatctttatgtgatgcctaatgtttttgggacagttataca 21200026  T
Q  549 actacttca-aagcttgaaatc 569  Q
    ||||||||| ||||| ||||||    
T  21200027 actacttcacaagctggaaatc 21200048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 24122231 - 24121935
Alignment:
Q  18 ttgagagttatggcggataaagaaagtaacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 117  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||  ||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||| || ||||    
T  24122231 ttgagagtcatggtggacaaagaaataaacaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaaccttaccattag 24122132  T
Q  118 ggactattgcaagactccttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaac 217  Q
    | |||||| |||||||  | ||||  || ||| |||||||||||| | |  ||||||||| | ||  |||| ||||||||||||  |||||||||| |||    
T  24122131 gtactatttcaagacttgtggctaaggagtcagatattgaagcag-tgagatttggcagcctgagtacactttatcaaagtgtatcagatcttgatgaac 24122033  T
Q  218 aatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatgctgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacaca 315  Q
    | ||| ||||  | ||||||||||| |||||||| ||  | || |||| ||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  24122032 actatctatggtccaatacctgcaaagaaatgctactcaaccctagaaactcaatggaggcgtattgtcaacagctcaaactgaatattgatgacaca 24121935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 164 - 413
Target Start/End: Original strand, 21194383 - 21194632
Alignment:
Q  164 tcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaacaatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatgctgctgcagccaag 263  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   | |||||||| |||||||| |||| ||   ||| |||||||||||||| ||   ||||||    
T  21194383 tcaaatttggcagcattagctcactatatcaaagtgtggcaaatcttgatgaacaatatctatggactcgtacttgcaaggaaatgctacttaggccaag 21194482  T
Q  264 aagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacacagaacctttgcagcacttcgtgtgcgagaactgggattgtgttagaaag 363  Q
    ||  || ||||||  ||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||  || | |||||| | || | ||||||||||||||||||||||    
T  21194483 aaattccatggaaagttattgtcagaagatgaaactgaatatcgacgacacagaacccatgaaacacttcatctgtgggaactgggattgtgttagaaag 21194582  T
Q  364 caaagtggagcccgtttgagcatttttaggaatcaaaagtgcagttgtgg 413  Q
     | || ||   || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  21194583 gagagagggaaccttttgagcatatttaggaatcaaatgtgcagttgtgg 21194632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 24151320 - 24151055
Alignment:
Q  18 ttgagagttatggcggataaagaaagtaacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 117  Q
    ||||||||| |||  |||||||| |  |||||||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| || || || ||||    
T  24151320 ttgagagttttggtcgataaagagaaaaacaaagttctattggctgaggctgggaaggattttgttgatgcactcttcagcttcttaacatttcctttag 24151221  T
Q  118 ggactattgcaagactccttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaac 217  Q
    | |||||||| |||||| | |||  ||| |||||||| ||||||||  ||||| || ||  | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  24151220 gtactattgctagactcgtggctgaagagtcaaatatcgaagcagtgaaattt-ggtagtttgagttcactatatcaaagtgtgaaagatcttgatccac 24151122  T
Q  218 aatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatgctgctgcagccaagaagctctatggaagcttattg 284  Q
    ||||| ||||  || |||||||||| |||||||| ||  ||||||||| ||| ||| || |||||||    
T  24151121 aatatctatggtcacatacctgcaaagaaatgctacttaagccaagaaactccatgcaaccttattg 24151055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24132662 - 24132459
Alignment:
Q  18 ttgagagttatggcggataaagaaagtaacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 117  Q
    ||||||||| ||| ||| ||| |||  | ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  24132662 ttgagagttttggtggacaaacaaaagagcaaagttgtgtatgctgaagcagggaaggattttgttgatgctcttttcagcttcttaacattgcctttag 24132563  T
Q  118 ggactattgcaagactccttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaac 217  Q
    | ||||||||||||||  | || |  || ||| |||||||||||| | |  |||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  24132562 gtactattgcaagacttgtggcaaaggagtcagatattgaagcag-tgatatttggcagcattaattcactgtatcaaagtgtgacagatcttgatcaac 24132464  T
Q  218 aatat 222  Q
    |||||    
T  24132463 aatat 24132459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 36 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 3495012 - 3494735
Alignment:
Q  36 aaagaaagtaacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggactattgcaagactcc 135  Q
    |||||||| || | |||||| | ||||||||| || |||||||| || ||||| ||||| || ||||| || |||||  |||| |||||||||||| |      
T  3495012 aaagaaagaaatagagttctgtatgctgaagccggtaaggatttcgtcgatgttctctttagtttcttaacattgcctctaggtactattgcaagattag 3494913  T
Q  136 ttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaacaatatttatgcacaaata 235  Q
    || |||  || |||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||| |||||||||||   | |  |||| ||||||||| ||||  || |||    
T  3494912 tttctaaggattcaaatattgaagcag-tgaaatttggtagcattagctcactatatcaaagtgtgtcaaaatttgaccaacaatatctatggtcacata 3494814  T
Q  236 cctgcaaggaaatgctgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacac 314  Q
    | ||||| |||||||| ||  | || |||| ||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  3494813 cttgcaaagaaatgctactcaatcctagaaactcgatggaagattattgccagaagctcaaactgaatatagacgacac 3494735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 24161381 - 24161089
Alignment:
Q  25 ttatggcggataaagaaagtaacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggactat 124  Q
    |||||| ||| |||||||| || |||||||||| |||||| || || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || ||  ||||||||||    
T  24161381 ttatggtggacaaagaaaggaagaaagttctatatgctgaggctggaaaggattttgtcgatgttcttttcagcttcttgacattacctctagggactat 24161282  T
Q  125 tgcaagactccttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaacaatattt 224  Q
    |||  ||||| |  ||| ||| |||||||| ||||||| | |  |||||||||||||| |||||||| | ||||||   |||||| |||  ||| ||| |    
T  24161281 tgcttgactcatatctaaagagtcaaatatggaagcag-tgaggtttggcagcattagttcactgtacctaagtgtgtcagatctcgatgcacagtatct 24161183  T
Q  225 atgcacaaatacctgcaaggaaatgctgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacacagaa 318  Q
     ||  |||||||||||| | ||||||| ||  | || |||| |||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||| ||||| ||||||    
T  24161182 ctggtcaaatacctgcaggaaaatgctactcaatcccagaaactctatggaagcttattgccaaaagatgaaattgaatattgacgaaacagaa 24161089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 45 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 24146302 - 24146097
Alignment:
Q  45 aacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggactattgcaagactccttgctacag 144  Q
    ||||||||||| | ||| || ||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||  | ||||| |||||||| ||||||| |||| | || |  |    
T  24146302 aacaaagttctgtttgcagaggcaggaaaggattttgttgatgttcttttgagcttcttatcattgcctttagggaccattgcaaaactcgtggcaaagg 24146203  T
Q  145 actcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaacaatatttatgcacaaatacctgcaagg 244  Q
    |||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||  ||||||| | ||  || | ||||||||||    
T  24146202 actcaaatattgaatcag-tgaaatttggcagcattagctcattgtatcaaagtgtgtcagatcttgatacacaatatctttggtcacacacctgcaagg 24146104  T
Q  245 aaatgct 251  Q
    |||||||    
T  24146103 aaatgct 24146097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 59 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 24154434 - 24154162
Alignment:
Q  59 tgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggactattgcaagactccttgctacagactcaaatattgaa 158  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||| || || |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||  |  ||| ||| || |||||||||    
T  24154434 tgctgaagcagagaaggatttcgttgatgttctgttaagcttcttaacattgcctttaggtactattgcaagacttgtatctaaagagtcgaatattgaa 24154335  T
Q  159 gcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaacaatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatgctgctgcag 258  Q
    |||||| |||||    |||||||| |||||||||||||||||   ||||||| |  || ||||| |||| |  ||  | ||||| ||||||||  |  ||    
T  24154334 gcagttaaatttaat-agcattagttcactgtatcaaagtgtttcagatcttaaagaagaatatctatggaataaagcttgcaaagaaatgctaatcaag 24154236  T
Q  259 ccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatagacgacacagaacctttgcagcactt 332  Q
    ||| | | ||| |||||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| ||||    
T  24154235 ccagggaactcaatggaagcttattgtcatcaactcaaactgaacatcgacgaaacagaacccttgcagtactt 24154162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24138568 - 24138392
Alignment:
Q  45 aacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggactattgcaagactccttgctacag 144  Q
    ||||||||||| | | |||| ||||  ||||||||||||||||| || || || ||||| || || |||||||| ||||| ||| || || | | || ||    
T  24138568 aacaaagttctgtttactgaggcagataaggattttgttgatgttcttttgagtttcttaacattacccttaggtactatcgcaggaatcgtggataaag 24138469  T
Q  145 actcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaacaatat 222  Q
    | |||||||||||||||| | |  ||||||||||| || ||||| |||||||||||   || ||||||||||||||||    
T  24138468 agtcaaatattgaagcag-tgagatttggcagcataagttcactctatcaaagtgtgtcagttcttgatcaacaatat 24138392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 118
Target Start/End: Original strand, 21194274 - 21194374
Alignment:
Q  18 ttgagagttatggcggataaagaaagtaacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 117  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||| | | |||||| ||||||||||||||| |||| || || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  21194274 ttgagggttatggtggacaaagaaaggaacaaagttttgtatgctgaggcagggaaggattttattgaagttctattcagcttcttaacattgcctttag 21194373  T
Q  118 g 118  Q
    |    
T  21194374 g 21194374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 473 - 559
Target Start/End: Original strand, 21194698 - 21194784
Alignment:
Q  473 ttgctaaggaaaccgccacatttataatttctgatgatcttactgtgatgcctaatgtttttggaacagttatatcactacttcaaa 559  Q
    ||| ||||||||| ||  ||||||| ||||| || ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  21194698 ttgttaaggaaactgctgcatttattatttccgacgatctttgtgtgatgcctaatgattttggaacagttatacaactacttcaaa 21194784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 19 - 133
Target Start/End: Original strand, 24238059 - 24238173
Alignment:
Q  19 tgagagttatggcggataaagaaagtaacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagg 118  Q
    |||||||||||| |||   | |||| ||||||||| | | |||||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||||| || ||||| |||||    
T  24238059 tgagagttatggtggacggaaaaaggaacaaagttgtgtatgctgaggcaggcaaggattttgtcgatgctctcttcagtttcttaacattgcctttagg 24238158  T
Q  119 gactattgcaagact 133  Q
     ||||||||||||||    
T  24238159 aactattgcaagact 24238173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 23342928 - 23342854
Alignment:
Q  59 tgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggactattgcaagact 133  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  23342928 tgctgaagcaggaaaggactttgtggatgttctgtttagcttcttaacattgcctttaggaactattgcaagact 23342854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 23348139 - 23348064
Alignment:
Q  59 tgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttagggactattgcaagactc 134  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||| || || || ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  23348139 tgctgaagcagggaaagactttgtcgatgttctatttagtttcttaacattgccattaggaactattgcaagactc 23348064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 283
Target Start/End: Original strand, 24238223 - 24238322
Alignment:
Q  184 tcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaacaatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatgctgctgcagccaagaagctctatggaagcttatt 283  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||| |||||||| | || ||  || |||||||||||||||| ||  ||||||| | ||| ||||||| |||||    
T  24238223 tcactgcatcaaagtgtagcagatcttgatgaacaatatctctggacgcatgcctgcaaggaaatgctactcaagccaaggaactccatggaagtttatt 24238322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 160; Significance: 6e-85; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 8 - 335
Target Start/End: Original strand, 10988798 - 10989123
Alignment:
Q  8 aaaattacgtttgagagttatggcggataaagaaagtaacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttacc 107  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||     
T  10988798 aaaattacgtt-gagagttaaggtggataaagaaagtaacaaagttctgtatgctgaggcagtgaaggatttcgttgatgttctcttcagcttcttaaca 10988896  T
Q  108 ttgcccttagggactattgcaagactccttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagat 207  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  10988897 ttgcctttagggactattgcgagacttgtggctacagagtcaaatattgaagcagttcaa-tttggtagcattagttcactatatcaaagtgtgaaagat 10988995  T
Q  208 cttgatcaacaatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatgctgctgcagccaagaagctctatggaagcttattgtcaaaagctcaaactgaatatag 307  Q
    |||||||| ||||||||||| |   | ||||||||  ||||||| ||| ||||||||| ||||| |||| ||||||| || |||||||| || |||||||    
T  10988996 cttgatcagcaatatttatggaatcaaacctgcaaaaaaatgctactgaagccaagaaactctacggaaacttattgccagaagctcaatctcaatatag 10989095  T
Q  308 acgacacagaacctttgcagcacttcgt 335  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10989096 acgacacagaaccattgcagcacttcgt 10989123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 59 - 109
Target Start/End: Original strand, 28160513 - 28160563
Alignment:
Q  59 tgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttacctt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||| |||||    
T  28160513 tgctgaagcagggaaggattttgttggtgctcttttcagcttcttaacctt 28160563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 265
Target Start/End: Original strand, 3151053 - 3151298
Alignment:
Q  18 ttgagagttatggcggataaagaaagtaacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 117  Q
    |||||| |||||| ||| |||||||| ||||| ||||||| |||||| || ||||||||||| || ||||| || || || || || || || ||  |||    
T  3151053 ttgagaattatggtggacaaagaaaggaacaa-gttctatatgctgaggctgggaaggatttcgtcgatgttcttttgagttttttaacattacctctag 3151151  T
Q  118 ggactattgcaagactccttgctacagactcaaatattgaagcagttcaattttggcagcattagctcactgtatcaaagtgtaaaagatcttgatcaac 217  Q
    ||||||||||||||||| || ||   || |||||||||||||||||  || || |||||||| |||||| |||||| | |||||   |||||||||||||    
T  3151152 ggactattgcaagactcatttctcaggagtcaaatattgaagcagtgaaactt-ggcagcataagctcattgtatcgaggtgtatcggatcttgatcaac 3151250  T
Q  218 aatatttatgcacaaatacctgcaaggaaatgctgctgcagccaagaa 265  Q
    ||||| ||||  || |  | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3151251 aatatctatggtcacaggcatgcaaagaaatgctgctgcagccaagaa 3151298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 15380168 - 15380283
Alignment:
Q  18 ttgagagttatggcggataaagaaagtaacaaagttctatctgctgaagcagggaaggattttgttgatgtcctcttcagcttctttaccttgcccttag 117  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||   || ||||||||||| |  || || ||||    
T  15380168 ttgagatttatggtggatagagaaaggaacaaagttctatatgtagaggcagggaaggattttgttgatactcttttcagcttcttaatatttcctttag 15380267  T
Q  118 ggactattgcaagact 133  Q
    ||||||||||||||||    
T  15380268 ggactattgcaagact 15380283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 455 - 543
Target Start/End: Original strand, 3151479 - 3151567
Alignment:
Q  455 tgagtttaggaaatggctttgctaaggaaaccgccacatttataatttctgatgatcttactgtgatgcctaatgtttttggaacagtt 543  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||||| || || ||||| ||||| || ||||||  |||||||||||||||||| | |||||||    
T  3151479 tgagtttaggaaatggctttgttgaagaaactgctacttttatcatttccgacgatctttttgtgatgcctaatgttttggcaacagtt 3151567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University