View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1507-Insertion-28 (Length: 412)

Name: NF1507-Insertion-28
Description: NF1507
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1507-Insertion-28
NF1507-Insertion-28
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (7-386)||(25264753-25265131)
chr8 (9-386)||(33294696-33295073)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (7-386)||(53355512-53355889)
chr4 (7-386)||(19995323-19995703)
chr4 (9-386)||(55948203-55948582)
chr4 (9-386)||(44252021-44252398)
chr4 (18-383)||(39653596-39653967)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-386)||(33733784-33734165)
chr3 (9-386)||(53528391-53528769)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (7-386)||(33258274-33258652)
chr1 (7-386)||(33278446-33278824)
chr1 (9-386)||(36146187-36146562)
chr1 (9-386)||(7654530-7654907)
chr1 (9-386)||(28919917-28920294)
chr1 (9-386)||(19056700-19057077)
chr1 (156-385)||(24088702-24088933)
chr1 (9-128)||(24086345-24086465)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (9-386)||(31392899-31393275)
chr7 (7-386)||(45276820-45277198)
chr7 (9-386)||(8230862-8231239)
chr7 (7-386)||(21715903-21716266)
chr7 (9-386)||(32881960-32882336)
chr7 (9-386)||(40028886-40029246)
chr7 (155-243)||(14108686-14108774)
chr7 (155-243)||(14418643-14418731)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (13-386)||(1417826-1418199)
chr5 (9-385)||(30333279-30333652)
chr5 (9-386)||(25915108-25915489)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (9-385)||(1841017-1841392)
chr2 (334-386)||(13948172-13948224)
chr2 (334-386)||(14089379-14089431)
chr2 (251-286)||(13948138-13948173)
chr2 (251-286)||(14089345-14089380)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (13-386)||(19083427-19083779)
[»] scaffold0489 (1 HSPs)
scaffold0489 (13-386)||(6165-6522)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 25265131 - 25264753
Alignment:
Q  7 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25265131 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacaacagagat 25265032  T
Q  107 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25265031 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaa-tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 25264933  T
Q  207 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25264932 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 25264833  T
Q  307 gtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25264832 gtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 25264753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Original strand, 33294696 - 33295073
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33294696 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacaacagagatgc 33294795  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33294796 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaaatcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaatttttttaatattgggaattcga 33294895  T
Q  209 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33294896 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattattaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 33294995  T
Q  309 caatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33294996 taatctgaccattatcaatggggattttgtttgggtttatgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 33295073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 53355889 - 53355512
Alignment:
Q  7 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 106  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53355889 ataaagaacacgatccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 53355790  T
Q  107 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53355789 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaa--tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 53355692  T
Q  207 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53355691 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 53355592  T
Q  307 gtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53355591 gtcaatctgaccattgtcaatggggattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 53355512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 386
Target Start/End: Original strand, 19995323 - 19995703
Alignment:
Q  7 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19995323 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 19995422  T
Q  107 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnn-tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaatt 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19995423 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaaaatcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaatt 19995522  T
Q  206 cgagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgaga 305  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19995523 tgagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgaga 19995622  T
Q  306 tgtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19995623 tgtcaatctgaccattgtcaatggggattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 19995703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Original strand, 55948203 - 55948582
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55948203 aaagaacacgacccaaatgttcaaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacaaagaaagcatttggagtgaccaagaaacaacagagatgc 55948302  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnn--tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55948303 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaacaaaaaatcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 55948402  T
Q  207 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 306  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55948403 gagtattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 55948502  T
Q  307 gtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55948503 gtcaatctgaccattgtcaatggagattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 55948582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 44252398 - 44252021
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  44252398 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgatgaagaaagcatttggagtaaccaagaaacaacagagatgc 44252299  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||         ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44252298 gagatcaatgatgagacaagagttggtaatgaaaaaaaaatcattctttaggttttttaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 44252199  T
Q  209 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 308  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44252198 tcattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaagtttagctgagactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 44252099  T
Q  309 caatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44252098 caatctgaccattgtcaatggggattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 44252021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 18 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 39653967 - 39653596
Alignment:
Q  18 gacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgcgagatcaat 117  Q
    |||||||||| || |||||||||| |||| ||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||| ||||    
T  39653967 gacccaaatgctcaaaacaaaaataatgagatgcgggttcaaagaattgacaaagaaagcatttggaatgaccaaaaaatagcagagacgcgagaacaat 39653868  T
Q  118 gatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnnt-------cattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcgagc 210  Q
    |||| ||||||||| |||||||                 |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  39653867 gatgtgacgagagt-ggtaatgaaaaaaaatagaaaatccattctttaggtttttcaatttggaagttttgtgaattttttcaatattgagaatttgagc 39653769  T
Q  211 attcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgtca 310  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  39653768 attctcaatgaggactttgttgttataatttgattatgatattatcaataagaattttgttgggactatgaacattgtggattttagtgttgaggcgtca 39653669  T
Q  311 atctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgatttt 383  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  39653668 atctgaccattatcaatggggattttgtttgggtttgtgagatgttgtctattgagggcgagatgacgatttt 39653596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 386
Target Start/End: Original strand, 33733784 - 33734165
Alignment:
Q  7 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33733784 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 33733883  T
Q  107 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnn--tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaat 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33733884 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaaaaatcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaat 33733983  T
Q  205 tcgagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgag 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33733984 tcgagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgag 33734083  T
Q  305 atgtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33734084 atgtcaatctgaccattgtcaatggggattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 33734165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 53528769 - 53528391
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  53528769 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacaaagaaagcatttggagtgaccaagaaacaacagagatgc 53528670  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnn-tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53528669 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaaaatcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcg 53528570  T
Q  208 agcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53528569 agcattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaagtttagctgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatg 53528470  T
Q  308 tcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53528469 tcaatctgaccattgtcaattggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 53528391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 33258652 - 33258274
Alignment:
Q  7 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33258652 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattaaagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 33258553  T
Q  107 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33258552 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaa-tcattctttaggtttttcaatttgagagttttgtgaattttttcaatattgggaattc 33258454  T
Q  207 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33258453 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 33258354  T
Q  307 gtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33258353 gtcaatctgaccattgtcaatggggattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 33258274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 33278824 - 33278446
Alignment:
Q  7 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33278824 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattaaagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 33278725  T
Q  107 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33278724 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaa-tcattctttaggtttttcaatttgagagttttgtgaattttttcaatattgggaattc 33278626  T
Q  207 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33278625 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 33278526  T
Q  307 gtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33278525 gtcaatctgaccattgtcaatggggattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 33278446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Original strand, 36146187 - 36146562
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36146187 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacaaagaaagcatttggagtgaccaagaaacaacagagatgc 36146286  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36146287 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaa-tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaatttt-tcaatattgggaattcga 36146384  T
Q  209 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 308  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36146385 gtattcacaatgaggattttgttattataatttgattttgatattatcaataaaagtttagctgagactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 36146484  T
Q  309 caatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36146485 caatctgaccattgtcaatggggattttgtttgggtttgtgaaaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 36146562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Original strand, 7654530 - 7654907
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  7654530 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacaaagaaagcatttgaagtgaccaagaaacaacagagatgc 7654629  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnn-tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7654630 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaaaatcattctttaggtttttcaatttaagaattttgtgaatttt-tcaatattgggaattcg 7654728  T
Q  208 agcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatg 307  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654729 agtattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaagtttagctgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatg 7654828  T
Q  308 tcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7654829 tcaatctgaccattgtcaatggggattttgtttgggtttgtgaaaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 7654907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Original strand, 28919917 - 28920294
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28919917 aaagaacacaacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacgaagaaagtatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 28920016  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnn-tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28920017 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaacatcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattggaaattcg 28920116  T
Q  208 agcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28920117 agcattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaagtttag-tgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatt 28920215  T
Q  308 tcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28920216 tcaatctgatcattgtcaatgggggttttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgatatgatgattttgag 28920294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 19057077 - 19056700
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||    
T  19057077 aaagaacacgacccaaatattcaaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacgaagaaagaattttgagtaaccaagaaacaacagagatgc 19056978  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||    
T  19056977 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaaatcattctttaggtttttcaatttgagaattttttgaattttttcaatattggaaatttga 19056878  T
Q  209 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19056877 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaagtttagctgggactgtgaacattgtagattttagtgttgagatgt 19056778  T
Q  309 caatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19056777 caatctgaccattatcaatgggaattttgtttaggtttgtcagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 19056700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 156 - 385
Target Start/End: Original strand, 24088702 - 24088933
Alignment:
Q  156 ttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcgagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattat 255  Q
    ||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  24088702 ttaggtttttcaattttggaattttcgtaattttttcaaaattgggaattcaagcattcttaatgaggatttttttgttataatttgattatgatattat 24088801  T
Q  256 caataaaagtttagttgggactat--gaacattgtggattttagtgttgagatgtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaa 353  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  24088802 caataagagttttgttaggactatatggacattgtggattttggtgttgagatgtcaatctgtccactgtcaatgagaattttgtttaggtttgtgagaa 24088901  T
Q  354 gttgtctattgagagtgagatgatgattttga 385  Q
    ||||| |||||||  ||| |||||||||||||    
T  24088902 gttgtgtattgaggatgatatgatgattttga 24088933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 9 - 128
Target Start/End: Original strand, 24086345 - 24086465
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagca-tttggagtgaccaagaaacagcagagatg 107  Q
    |||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||      
T  24086345 aaagtacatgacccaaatgctcaaaacaaaaatgatgagttgagagttcaaagaattgacgaagaaagcattttggggtaactaagaaacatcagagaca 24086444  T
Q  108 cgagatcaatgatgagacgag 128  Q
    ||||| |||||||||||||||    
T  24086445 cgagaacaatgatgagacgag 24086465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Original strand, 31392899 - 31393275
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31392899 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgatgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacaacagagatgc 31392998  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31392999 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaa-tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattggaaattcga 31393097  T
Q  209 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31393098 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaagtttagttgagactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 31393197  T
Q  309 caatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31393198 caatctgaccattgtcaatggggattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 31393275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 7 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 45277198 - 45276820
Alignment:
Q  7 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 106  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  45277198 ataaagaacacgatccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagcgttcaaagaattgatgaagaaagcatctggagtgaccaagaaacaacagagat 45277099  T
Q  107 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45277098 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaa-tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 45277000  T
Q  207 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45276999 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaattttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttaagat 45276900  T
Q  307 gtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45276899 gtcaatctgaccattgtcaatggggattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 45276820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Original strand, 8230862 - 8231239
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  8230862 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacattagagatgc 8230961  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8230962 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaaatcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 8231061  T
Q  209 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8231062 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattaacaataaaagtttatttgagactatgaacattgtgaattttagtgttgagatgt 8231161  T
Q  309 caatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8231162 caatctgaccattgtcaatggagattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagaatgagatgatgattttgag 8231239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 7 - 386
Target Start/End: Original strand, 21715903 - 21716266
Alignment:
Q  7 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21715903 ataaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagat 21716002  T
Q  107 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21716003 gcgagatcaatgatgagacgagagttggtaatg-aaaaaaaatcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 21716101  T
Q  207 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||    
T  21716102 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttag---------------ttgtggattttagtgttgagat 21716186  T
Q  307 gtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21716187 gtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 21716266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Original strand, 32881960 - 32882336
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  32881960 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacgaataaagcatttggagtgaccaagaaacagttgagatgc 32882059  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||         ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32882060 gagatcaatgatgagacgagagtttgtaatgaaaaaaaaatcattctttaggtttttcaattttagaattttgtgaattttttcaatattgggagttcga 32882159  T
Q  209 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32882160 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaaaattagttcggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 32882259  T
Q  309 caatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||| ||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32882260 caatttgaccatagtcaatggg-gttttgtttgagtttgtgagaagttgtccattgagagtgagatgatgattttgag 32882336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 40029246 - 40028886
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  40029246 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacaacagagatgt 40029147  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatg--nnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  40029146 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaaaaatcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaa-tttttcaatattggaaattc 40029048  T
Q  207 gagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagat 306  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40029047 gagcattcataatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaa------------------tatgaacattgtggattttagtgttgagat 40028966  T
Q  307 gtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40028965 gtcaatctgaccattgtcaatgaggattttgtttggttttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 40028886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 155 - 243
Target Start/End: Original strand, 14108686 - 14108774
Alignment:
Q  155 tttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcgagcattcacaatgaggattttgttgttataatttga 243  Q
    ||||||||||| |||| | ||||||| | ||||| ||||| |||||||||  | |||||| || || | ||||||||||| ||||||||    
T  14108686 tttaggttttttaattagggaattttataaatttcttcaaaattgggaatctgggcattctcattgggaattttgttgttgtaatttga 14108774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 155 - 243
Target Start/End: Original strand, 14418643 - 14418731
Alignment:
Q  155 tttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcgagcattcacaatgaggattttgttgttataatttga 243  Q
    ||||||||||| |||| | ||||||| | ||||| ||||| |||||||||  | |||||| || || | ||||||||||| ||||||||    
T  14418643 tttaggttttttaattagggaattttataaatttcttcaaaattgggaatctgggcattctcattgggaattttgttgttgtaatttga 14418731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 13 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 1418199 - 1417826
Alignment:
Q  13 aacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgcgaga 112  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1418199 aacacgacccaaatgttcgaaataaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacgaagaaggcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgcgaga 1418100  T
Q  113 tcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcgagcat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1418099 tcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaaatcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcgagcat 1418000  T
Q  213 tcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgtcaat 312  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1417999 tcacagtgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaagtttatttaggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgtcaat 1417900  T
Q  313 ctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1417899 ctgaccattgtcaatggggattttgattgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 1417826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 9 - 385
Target Start/End: Original strand, 30333279 - 30333652
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30333279 aaagaacacaacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacgaagaaagtatttggagtgaccaagaaatagcagagatgc 30333378  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30333379 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaa-tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttt-caatattgggaattcga 30333476  T
Q  209 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30333477 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaagtttagt-gggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 30333575  T
Q  309 caatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttga 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30333576 caatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagggagatgatgattttga 30333652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 9 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 25915489 - 25915108
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25915489 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacgaagaaatcatttggagtgaccaagaaacaacagagatgc 25915390  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnn---tcattctttaggttttt-caatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaat 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25915389 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgagaaaaaaaaaatcattctttaggttttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaat 25915290  T
Q  205 tcgagcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgag 304  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25915289 ttgagcattcacaatgaggattttgttgttatgatttgattttgatattatcaataaaagtttagctgggactatgaacattgtggattttagtgttgag 25915190  T
Q  305 atgtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25915189 atgtcaatctgaccattgtcaatggggattttgtttgggtttgtgggaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 25915108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 9 - 385
Target Start/End: Original strand, 1841017 - 1841392
Alignment:
Q  9 aaagaacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgc 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1841017 aaagaaaacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttagagtgaccaagaaacagcagagatgc 1841116  T
Q  109 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnntcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1841117 gagatcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaa-tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattgtttcaatattgggaattcga 1841215  T
Q  209 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1841216 gcattcacaatgaggattttgttgttataattttattttgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgt 1841315  T
Q  309 caatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttga 385  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1841316 taatctgaccattgtcaatggggattttgtttaggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttga 1841392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 334 - 386
Target Start/End: Original strand, 13948172 - 13948224
Alignment:
Q  334 tttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13948172 tttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 13948224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 334 - 386
Target Start/End: Original strand, 14089379 - 14089431
Alignment:
Q  334 tttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14089379 tttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 14089431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 251 - 286
Target Start/End: Original strand, 13948138 - 13948173
Alignment:
Q  251 attatcaataaaagtttagttgggactatgaacatt 286  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13948138 attatcaataaaaatttagttgggactatgaacatt 13948173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 251 - 286
Target Start/End: Original strand, 14089345 - 14089380
Alignment:
Q  251 attatcaataaaagtttagttgggactatgaacatt 286  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14089345 attatcaataaaaatttagttgggactatgaacatt 14089380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 13 - 386
Target Start/End: Original strand, 19083427 - 19083779
Alignment:
Q  13 aacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgcgaga 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19083427 aacacgacccaaatgttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgcgaga 19083526  T
Q  113 tcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnn-tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcgagca 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19083527 tcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaaaatcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcgagca 19083626  T
Q  212 ttcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaagtttagttgggactatgaacattgtggattttagtgttgagatgtcaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      
T  19083627 ttcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaagtttatttatgactatgaacattgtggattttagtgttgagttgtc-- 19083724  T
Q  312 tctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
                        |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19083725 --------------------attttgattgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 19083779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0489 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: scaffold0489
Description:

Target: scaffold0489; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 13 - 386
Target Start/End: Original strand, 6165 - 6522
Alignment:
Q  13 aacacgacccaaat-gttcgaaacaaaaatgatgatattagagttcaaagaattgacgaagaaagcatttggagtgaccaagaaacagcagagatgcgag 111  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6165 aacacgacccaaatagttcgaaacaaaaatgatgagattagagttcaaagaattgacgaagaaagcattttgagtgaccaagaaacagcagagatgcgag 6264  T
Q  112 atcaatgatgagacgagagttggtaatgnnnnnnnnn---tcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6265 atcaatgatgagacgagagttggtaatgaaaaaaaaaaaatcattctttaggtttttcaatttgagaattttgtgaattttttcaatattgggaattcga 6364  T
Q  209 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgatttcgatattatcaataaaa-gtttagttgg-gactatgaacattgtggattttagtgttgagat 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6365 gcattcacaatgaggattttgttgttataatttgattttgatattatcaataaaaagtttaatttatgactatgaacattgtggattttagtgttgagtt 6464  T
Q  307 gtcaatctgaccattgtcaatgggaattttgtttgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 386  Q
    |||                      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6465 gtc----------------------attttgattgggtttgtgagaagttgtctattgagagtgagatgatgattttgag 6522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University