View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15075_high_8 (Length: 491)

Name: NF15075_high_8
Description: NF15075
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15075_high_8
NF15075_high_8
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (17-483)||(11155617-11156077)
chr6 (17-483)||(11196064-11196530)
chr6 (17-396)||(11160566-11160944)
chr6 (17-396)||(11199147-11199520)
chr6 (17-249)||(11241784-11242016)
chr6 (17-443)||(11132375-11132801)
chr6 (16-180)||(11315093-11315257)
chr6 (18-242)||(11208959-11209198)
chr6 (17-208)||(11275555-11275761)
chr6 (18-242)||(11170137-11170376)
chr6 (162-208)||(11319803-11319849)
chr6 (354-403)||(11169976-11170025)
[»] scaffold1207 (2 HSPs)
scaffold1207 (17-100)||(612-695)
scaffold1207 (111-151)||(546-586)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (31-160)||(17259905-17260034)
chr7 (33-202)||(39985268-39985437)
chr7 (28-208)||(8102283-8102463)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (31-178)||(23596960-23597107)
chr4 (30-185)||(23588107-23588262)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (353-406)||(12527925-12527978)
chr8 (30-82)||(43744558-43744610)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (43-180)||(15594678-15594815)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 17 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 11156077 - 11155617
Alignment:
Q  17 caagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgc 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||||  ||||||    
T  11156077 caagagtagcattcatgatgttgtccttgttggtggctctaccaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaagcttttatgc 11155978  T
Q  117 aaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagatttactattgt 216  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||      |||||||| |||||    
T  11155977 aaaagcatcaatgtcgatgaggcggtggcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtgtagtgagaa------agatttacaattgt 11155884  T
Q  217 cggaggtcattcctttgtcccttggattggagaaacatggggggattatggacataataatcccaaggaatacccacattcctaccgacatggaagatgt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| | |||||| || | |||||| ||||    
T  11155883 cggaggtcattcctttgtcccttggattggagactcatggggggattatgaacacaataatccctaggaataccaaaattcctgccaaaatggaacatgt 11155784  T
Q  317 attcaccacacatgttgacaaccaaatcaatattttaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaacaacttgcttggaaaatttgtt 416  Q
    ||||||||||||| |  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11155783 attcaccacacatttgcacaaccaaatgaatattctaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaataactagggaaaacaacttgcttggaaaatttgtt 11155684  T
Q  417 ttggaaattcctccggctccggcaggtggtcctcagattaaaatcagcttccaaatcgatgatgatg 483  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11155683 ttggaaattcctccggctccggcaggtgttcctcagattaaaatcagcttccaaatcgatgatgatg 11155617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 17 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 11196530 - 11196064
Alignment:
Q  17 caagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgc 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||||  ||||||    
T  11196530 caagagtagcattcatgatgttgtccttgttggcggctctactaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaagcttttatgc 11196431  T
Q  117 aaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagatttactattgt 216  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196430 aaaagcatcaatgtcgatgaggcggtggcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagatttactattgt 11196331  T
Q  217 cggaggtcattcctttgtcccttggattggagaaacatggggggattatggacataataatcccaaggaatacccacattcctaccgacatggaagatgt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| || | |||||| ||||    
T  11196330 cggaggtcattcctttgtcccttggattggagaaacatggggggattatggaaataataatccctaggaataccaaaattcctgccaaaatggaacatgt 11196231  T
Q  317 attcaccacacatgttgacaaccaaatcaatattttaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaacaacttgcttggaaaatttgtt 416  Q
    ||||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||     
T  11196230 attcaccacacatttgcacaaccaaatgaatattctaattgatgtttatgaaggtgagaggaaaataactagggacaacaacttgctaggaagatttgtg 11196131  T
Q  417 ttggaaattcctccggctccggcaggtggtcctcagattaaaatcagcttccaaatcgatgatgatg 483  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||||    
T  11196130 ttggaaattcctcctgctgcggcaggtgttcctcagatcataatccgcttccaaatcgatgacgatg 11196064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 11160944 - 11160566
Alignment:
Q  17 caagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgc 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||||  ||||||    
T  11160944 caagagtagcattcatgatgttgtccttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaagcttttatgc 11160845  T
Q  117 aaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagatttactattgt 216  Q
    |||||||||||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11160844 aaaagcatcaatgtcgatgaggcagtggcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagcgtagtgagaaggttcaagatttactattgt 11160745  T
Q  217 cggaggtcattcctttgtcccttggattggagaaacatggggggattatggacataataatcccaaggaatacccacattcctaccgacatggaagatgt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| | |||||| || | |||||| ||||    
T  11160744 cggaggtcattcctttgtcccttggattggagactc-gggggggattatgaacacaataatccctaggaataccaaaattcctgccaaaatggaacatgt 11160646  T
Q  317 attcaccacacatgttgacaaccaaatcaatattttaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaaca 396  Q
    ||||||||||||| |  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11160645 attcaccacacatttgcacaaccaaatgaatattctaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaataactagggaaaaca 11160566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 11199520 - 11199147
Alignment:
Q  17 caagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgc 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||||  ||||||    
T  11199520 caagagtagcattcatgatgttgtccttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaagcttttatgc 11199421  T
Q  117 aaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagatttactattgt 216  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||      ||||||||| |||||    
T  11199420 aaaagcatcaatgtcgatgaggcggtggcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtgtagtgaga------aagatttacaattgt 11199327  T
Q  217 cggaggtcattcctttgtcccttggattggagaaacatggggggattatggacataataatcccaaggaatacccacattcctaccgacatggaagatgt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| | |||||| || | |||||| ||||    
T  11199326 cggaggtcattcctttgtcccttggattggagactcatggggggattatgaacacaataatccctaggaataccaaaattcctgccaaaatggaacatgt 11199227  T
Q  317 attcaccacacatgttgacaaccaaatcaatattttaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaaca 396  Q
    ||||||||||||| |  ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11199226 attcaccacacatttgcacaaccacatgaatattctaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaataactagggaaaaca 11199147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 249
Target Start/End: Original strand, 11241784 - 11242016
Alignment:
Q  17 caagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgc 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||||  ||||||    
T  11241784 caagagtagcattcatgatgttgtccttgttggtggctctattaggattgtaaaagtgcaacaaatggtgagtgatttcttcggggggaagcttttatgc 11241883  T
Q  117 aaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagatttactattgt 216  Q
    |||||||||||||  |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11241884 aaaagcatcaatgtcgatgaggctgtggcatatggcgctgttgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagatttactattgt 11241983  T
Q  217 cggaggtcattcctttgtcccttggattggaga 249  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11241984 cggaggtcatttctttgtcccttggattggaga 11242016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 11132801 - 11132375
Alignment:
Q  17 caagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgc 116  Q
    ||||||||  |||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| || ||| | ||||||    
T  11132801 caagagtagtattcatgatgttgtccttgttggcgggtctacgaggattgtaaaagtacaacaaatattgagtgatttctttgaaggaaaggagttatgc 11132702  T
Q  117 aaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagatttactattgt 216  Q
    |||||||| ||||||||||| ||  |||||| ||| |||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||| ||||||   | ||| | || |     
T  11132701 aaaagcataaatgcagatgaagctattgcatgtggtgctgctgtccatgcatcaatattgaatggtgattttagtgaaaaggttagcgttttgcgatcga 11132602  T
Q  217 cggaggtcattcctttgtcccttggattggagaaacatggggggattatggacataataatcccaaggaatacccacattcctaccgacatggaagatgt 316  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||   | ||| || || |||||||||   |||||||||  ||||||| | ||    
T  11132601 gggaggtcattcctttatcccttggattggagaaacatgggggaatcatgtcaacaatgattcctaggaataccttaattcctaccagcatggaacaagt 11132502  T
Q  317 attcaccacacatgttgacaaccaaatcaatattttaattcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaacaacttgcttggaaaatttgtt 416  Q
    |||||| |||||| || | ||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||| ||| ||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  11132501 attcacaacacatcttcataaccaaaccaatattttgattcatgtttacgagggtgaaagaaaaataactatggggaacaacttgctaggaaaatttgtt 11132402  T
Q  417 ttggaaattcctccggctccggcaggt 443  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||    
T  11132401 ttggaaattcccccagctccggcaggt 11132375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 180
Target Start/End: Original strand, 11315093 - 11315257
Alignment:
Q  16 tcaagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatg 115  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| | || ||| |||| |||||||| || |||| |||||||    
T  11315093 tcaagagtgacattcatgatgttgtgcttgttggcggctctactaggattgtaaagctgcatcgacgtttaagtggtttctttggtgagaagaaattatg 11315192  T
Q  116 caaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtg 180  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  11315193 caaaagcatcaatgctgataaggcggttgcatatggcgctgctgtccacgctgctatgttgagtg 11315257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 11209198 - 11208959
Alignment:
Q  18 aagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttg---------------atg 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||                ||    
T  11209198 aagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggcgggtctaccaggattgtaaaagtgcaacaacttttgattgatttctttggaattaaaaaaggtagtg 11209099  T
Q  103 ggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttca 202  Q
    ||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||| || |||| ||| ||||    
T  11209098 ggacggagttatgtaaaagcatcaatgcagatgaggcagttgcatatggcgctgctgtccatgcttttatagcaagtggtgagatttgtgaaaagtttca 11208999  T
Q  203 agatttactattgtcggaggtcattcctttgtcccttgga 242  Q
    ||||||   ||||  ||| |||| ||||||||||||||||    
T  11208998 agatttgacattgagggaagtcaatcctttgtcccttgga 11208959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 11275761 - 11275555
Alignment:
Q  17 caagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttga------tg-------- 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||      ||            
T  11275761 caagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggcgggtctaccaggattgtaaaagtgcaagaccttttggttgatttctttgaaattaatgagcatagc 11275662  T
Q  103 -ggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttc 201  Q
     ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||| |||    
T  11275661 aggacgaagttatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctatccatgcttttatattgagtggtgagctttgtgaaaagtttc 11275562  T
Q  202 aagattt 208  Q
    |||||||    
T  11275561 aagattt 11275555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 11170376 - 11170137
Alignment:
Q  18 aagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttg---------------atg 102  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||                ||    
T  11170376 aagagtaaaattcatgatgttgtgcttgttggcggctctaccaggattgtaaaagtgcaacaacgtttgattgatttctttggaattaataagggtagtg 11170277  T
Q  103 ggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttca 202  Q
    ||| | | ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||| | || |||| ||| ||||    
T  11170276 ggacggagttatgtaaaaacatcaatgtagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttttatagcaagtggtgcgatttgtgaaaagtttca 11170177  T
Q  203 agatttactattgtcggaggtcattcctttgtcccttgga 242  Q
    ||||||   ||||  ||| |||| ||||||||||||||||    
T  11170176 agatttgacattgagggatgtcaatcctttgtcccttgga 11170137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 208
Target Start/End: Original strand, 11319803 - 11319849
Alignment:
Q  162 catgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagattt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  11319803 catgcttctatattgagtggtgagttttgtgaaaagtttcaagattt 11319849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 354 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 11170025 - 11169976
Alignment:
Q  354 attcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaacaacttgct 403  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||    
T  11170025 attcatgtttatgagggtgagaggcaaataactaaggacaacaacttgct 11169976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207 (Bit Score: 44; Significance: 8e-16; HSPs: 2)
Name: scaffold1207
Description:

Target: scaffold1207; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 695 - 612
Alignment:
Q  17 caagagtaacattcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||   ||||||  ||||||||||||    
T  695 caagagtaactttcatgatgttgtccttgttggcggctctacaaggattgtaaaagttcaaggccttttggttgatttctttga 612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 111 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 586 - 546
Alignment:
Q  111 ttatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatgg 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  586 ttatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggttgcatatgg 546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 17260034 - 17259905
Alignment:
Q  31 atgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgc 130  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||   |||||||| ||||| |||   ||||||||  | || ||| |||||||||| ||||||||  |    
T  17260034 atgatgttgtccttgttggtggatcttctaggattccgaaagtgcagcaactattgcaggatttcttcaagggtaaggaattatgcaagagcatcaaccc 17259935  T
Q  131 agatgaggcggttgcatatggcgctgctgt 160  Q
     |||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  17259934 tgatgaggctgttgcttatggtgctgctgt 17259905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 39985437 - 39985268
Alignment:
Q  33 gatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcag 132  Q
    |||||||| ||||| || || ||||| || |||  ||| || ||||||||||||   ||||||||| | || ||| |  ||||||| ||||| ||| | |    
T  39985437 gatgttgtccttgtaggaggttctaccagaattccaaaggttcaacaacttttgcaagatttctttaacggaaaggagctatgcaagagcataaatcctg 39985338  T
Q  133 atgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttca 202  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| || ||| |||| ||||||||||||   | ||||||||||||    
T  39985337 atgaggctgttgcatatggtgctgctgttcaggctgctatcttgagtggtgagggcaatgagaaggttca 39985268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 8102463 - 8102283
Alignment:
Q  28 ttcatgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaa 127  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||   ||||| || ||||| |||   || |||||  |||| ||| |  ||||||||||||||||    
T  8102463 ttcatgatgttgttcttgttggtggttcaactaggattcccaaagttcagcaactgttgcaagacttcttcaatggtaaggagctatgcaaaagcatcaa 8102364  T
Q  128 tgcagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgagtttagtgagaaggttcaagattt 208  Q
      | || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||| |||| |||||||||||    | ||||||||||||||||||    
T  8102363 ccccgacgaggctgttgcttatggtgccgctgttcaagctgctatcttgagtggtgaaggaaatgagaaggttcaagattt 8102283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 31 - 178
Target Start/End: Original strand, 23596960 - 23597107
Alignment:
Q  31 atgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgc 130  Q
    |||||||||| |||||||| || || |||||||||   || || ||||||||||||   ||||||||  |||||||| || | || || ||||||||  |    
T  23596960 atgatgttgttcttgttggcggatcgactaggattcccaaggttcaacaacttttgcaagatttcttcaatgggaaggaactttgtaagagcatcaaccc 23597059  T
Q  131 agatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgag 178  Q
     |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| |||||    
T  23597060 tgatgaggctgttgcttatggcgctgcagtccaagctgctattttgag 23597107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 23588107 - 23588262
Alignment:
Q  30 catgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatg 129  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||   || || ||||||||||||   ||||||||  |||| ||| |  | || || ||||||||      
T  23588107 catgatgttgttcttgttggtggatccactaggattcccaaggttcaacaacttttgcaagatttcttcaatggaaaggagctttgtaagagcatcaacc 23588206  T
Q  130 cagatgaggcggttgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtggtgag 185  Q
    | ||||| || ||||||||||| || || ||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  23588207 ccgatgaagctgttgcatatggggcagccgtccaagctgctattttgagtggtgag 23588262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 12527978 - 12527925
Alignment:
Q  353 aattcatgtttatgaaggtgagaggaaaatagctagggaaaacaacttgcttgg 406  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |  |||||||| |||||||||||||||||    
T  12527978 aattcatgtttatgagggcgagagaatgatagctagcgaaaacaacttgcttgg 12527925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 30 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 43744610 - 43744558
Alignment:
Q  30 catgatgttgtgcttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaact 82  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||  |||||| ||||||||    
T  43744610 catgatgttgttcttgttggtggctcctctaggattccaaaagtacaacaact 43744558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 15594815 - 15594678
Alignment:
Q  43 ttgttggtggctctactaggattgtaaaagtgcaacaacttttgagtgatttctttgatgggaagcaattatgcaaaagcatcaatgcagatgaggcggt 142  Q
    |||||||||| ||| ||||||||   |||||||||||||| ||||  ||||| || || || ||| |||| ||||  ||||||||  | |||||||| ||    
T  15594815 ttgttggtgggtcttctaggattcccaaagtgcaacaactattgaaggattttttcgagggaaaggaattgtgcatgagcatcaaccctgatgaggctgt 15594716  T
Q  143 tgcatatggcgctgctgtccatgcttctatattgagtg 180  Q
    ||| ||||| || |||||||| ||| || | |||||||    
T  15594715 tgcttatggtgcagctgtccaggctgctttgttgagtg 15594678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University