View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15075_low_1 (Length: 799)

Name: NF15075_low_1
Description: NF15075
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15075_low_1
NF15075_low_1
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (525-790)||(51052350-51052618)
chr1 (525-790)||(11909107-11909375)
chr1 (525-790)||(35540919-35541187)
chr1 (525-790)||(6050473-6050741)
chr1 (663-759)||(16917842-16917938)
chr1 (677-758)||(47623111-47623192)
chr1 (677-759)||(43388392-43388474)
chr1 (596-759)||(37191243-37191406)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (525-790)||(12825069-12825337)
chr5 (525-790)||(30732316-30732584)
chr5 (525-790)||(27117163-27117431)
chr5 (525-790)||(42513590-42513858)
chr5 (525-706)||(12820035-12820219)
chr5 (586-781)||(23238318-23238513)
chr5 (596-790)||(28535677-28535871)
chr5 (586-774)||(8227960-8228148)
chr5 (600-790)||(35983793-35983983)
chr5 (649-759)||(19255155-19255265)
chr5 (596-777)||(42928075-42928256)
chr5 (525-650)||(3418653-3418781)
chr5 (653-790)||(31641513-31641649)
chr5 (663-759)||(25857457-25857553)
chr5 (673-759)||(27767063-27767149)
chr5 (677-758)||(10776789-10776870)
chr5 (663-759)||(8300215-8300311)
chr5 (677-759)||(33385407-33385489)
chr5 (623-759)||(18359125-18359260)
chr5 (653-769)||(33169659-33169775)
chr5 (649-757)||(27795480-27795588)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (525-790)||(4552039-4552307)
chr2 (649-759)||(41207013-41207123)
chr2 (653-759)||(15917655-15917761)
chr2 (611-757)||(28252679-28252825)
chr2 (673-759)||(12645557-12645643)
chr2 (653-759)||(17764995-17765101)
chr2 (638-757)||(14439738-14439857)
chr2 (656-759)||(40176672-40176775)
chr2 (650-759)||(38604407-38604516)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (525-790)||(2364147-2364415)
chr3 (525-790)||(19920231-19920499)
chr3 (525-790)||(7312647-7312914)
chr3 (525-790)||(10323573-10323841)
chr3 (525-790)||(34332817-34333085)
chr3 (596-790)||(40930530-40930724)
chr3 (673-760)||(7032339-7032426)
chr3 (677-759)||(29523778-29523860)
chr3 (677-759)||(11203844-11203926)
chr3 (677-758)||(33496572-33496653)
chr3 (677-759)||(12342259-12342340)
chr3 (653-759)||(26771022-26771128)
chr3 (663-746)||(7031063-7031146)
chr3 (638-759)||(35214404-35214525)
chr3 (677-759)||(36801108-36801190)
chr3 (660-769)||(963186-963295)
chr3 (653-769)||(2755843-2755959)
chr3 (635-759)||(19890661-19890785)
chr3 (656-746)||(16178952-16179042)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (525-790)||(11207-11475)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (525-790)||(105845-106113)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (525-790)||(7924256-7924524)
chr8 (525-790)||(8299673-8299941)
chr8 (525-790)||(171973-172241)
chr8 (525-790)||(13396258-13396526)
chr8 (586-780)||(32266498-32266692)
chr8 (525-790)||(41665371-41665639)
chr8 (596-790)||(9922545-9922739)
chr8 (663-759)||(20824307-20824403)
chr8 (596-759)||(13200067-13200230)
chr8 (525-620)||(20496954-20497052)
chr8 (677-759)||(17699507-17699589)
chr8 (638-759)||(2170328-2170449)
chr8 (677-759)||(37434157-37434239)
chr8 (659-744)||(34137011-34137096)
chr8 (586-724)||(2529820-2529958)
chr8 (649-757)||(13879522-13879630)
chr8 (677-744)||(43270475-43270542)
chr8 (649-759)||(25090384-25090494)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (525-790)||(4938130-4938398)
chr7 (586-790)||(11277254-11277458)
chr7 (586-790)||(47876917-47877121)
chr7 (586-790)||(29967909-29968113)
chr7 (525-676)||(31177421-31177575)
chr7 (617-790)||(235439-235614)
chr7 (595-790)||(37919487-37919682)
chr7 (586-790)||(17720569-17720773)
chr7 (596-759)||(25619403-25619566)
chr7 (677-759)||(18532653-18532735)
chr7 (637-759)||(37254743-37254865)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (525-790)||(23642593-23642861)
chr4 (525-790)||(13270893-13271161)
chr4 (533-790)||(47418682-47418942)
chr4 (525-780)||(47685907-47686165)
chr4 (586-790)||(15740155-15740359)
chr4 (586-790)||(1828542-1828746)
chr4 (586-780)||(19755198-19755395)
chr4 (586-780)||(19784411-19784608)
chr4 (596-790)||(7403857-7404051)
chr4 (525-641)||(159842-159961)
chr4 (656-759)||(55725719-55725822)
chr4 (677-759)||(12697838-12697920)
chr4 (677-759)||(45472742-45472824)
chr4 (659-757)||(11587233-11587331)
chr4 (678-759)||(8361126-8361207)
chr4 (677-759)||(20002750-20002832)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (525-767)||(12733995-12734240)
chr6 (586-780)||(2553571-2553765)
chr6 (596-790)||(18651236-18651430)
chr6 (595-790)||(24767426-24767621)
chr6 (673-790)||(21168220-21168337)
chr6 (663-759)||(17579114-17579210)
chr6 (663-759)||(17573688-17573784)
chr6 (677-759)||(17606367-17606449)
chr6 (673-759)||(21630140-21630226)
chr6 (620-757)||(14373026-14373163)
chr6 (677-759)||(10577282-10577364)
chr6 (659-744)||(15958861-15958946)
chr6 (610-759)||(20883066-20883215)
chr6 (660-769)||(13937708-13937817)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (586-790)||(3186-3390)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Original strand, 51052350 - 51052618
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51052350 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 51052449  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51052450 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 51052549  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  51052550 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 51052618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 11909375 - 11909107
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11909375 ctaccacgcctaaccaatcctgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 11909276  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11909275 aacacatagccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaatgatagatact 11909176  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  11909175 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 11909107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Original strand, 35540919 - 35541187
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  35540919 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 35541018  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    ||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35541019 aacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatact 35541118  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  35541119 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 35541187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Original strand, 6050473 - 6050741
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  6050473 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 6050572  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    ||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  6050573 aacgcagaaccgctcctccacagatagaatgccacaatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 6050672  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  6050673 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 6050741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 663 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 16917938 - 16917842
Alignment:
Q  663 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  16917938 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 16917842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 677 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 47623192 - 47623111
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 758  Q
    |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  47623192 gtaggtaagcggtccctcaaaagccgccaagcaagaatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaattccatat 47623111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Original strand, 43388392 - 43388474
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  43388392 gtaggtaaacgatccctcaacaatcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 43388474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 596 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 37191406 - 37191243
Alignment:
Q  596 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 695  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |  ||||| || || ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||| ||||    
T  37191406 acatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaatcgatcctccacagatgtaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgatctctca 37191307  T
Q  696 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
      || ||||||||||||||| | ||||| | | ||||| |||||||||| | ||| ||||||||    
T  37191306 acagccgccaagcaaggatataaacttttaaatgaaccagtttatgccagattaactccatatt 37191243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-114; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Original strand, 12825069 - 12825337
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12825069 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 12825168  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12825169 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatacatact 12825268  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  12825269 ttgagaggaacttgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 12825337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 30732584 - 30732316
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732584 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggctataatgcaccaaaagttgtacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 30732485  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30732484 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaagatagatact 30732385  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  30732384 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 30732316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 27117431 - 27117163
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||          |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  27117431 ctaccactcctaaccaatcccacaccatcggccataatgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattcccacagccaga 27117332  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27117331 aacacataaccgctcctccatagatagaatgccacggtttaccaaattaagttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 27117232  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||    
T  27117231 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggatctgctcctgtgatgtc 27117163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Original strand, 42513590 - 42513858
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnncaaa---tgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  42513590 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaaaaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 42513689  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  42513690 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgtcacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 42513789  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  42513790 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 42513858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 525 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 12820219 - 12820035
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12820219 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagagacatcttcgacaatcccacatccaga 12820120  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaa 706  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12820119 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcataagtcgccaa 12820035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 586 - 781
Target Start/End: Original strand, 23238318 - 23238513
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 685  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  23238318 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaagctaaaatgccacggtttgccaaattacttttcgtaggtaac 23238417  T
Q  686 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcc 781  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23238418 cgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcc 23238513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 596 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 28535871 - 28535677
Alignment:
Q  596 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 695  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| | | || |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  28535871 acatcttctacattcccacaaccagaaacacacatctgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctca 28535772  T
Q  696 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| || || |||||||| |||||||||  |||||||    
T  28535771 gaagtcgccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcctgtgatgtc 28535677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 586 - 774
Target Start/End: Original strand, 8227960 - 8228148
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 685  Q
    |||||||  ||||||||| ||  || |||||||||||||||| |||||| |||||| |  || |||| |||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  8227960 caaatgattaacatcttcaacgttctcacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcacggtttgccaaattacttttcgtaggtaac 8228059  T
Q  686 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactgggg 774  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  8228060 cgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaactccatattatggtgtaactgggg 8228148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 600 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 35983983 - 35983793
Alignment:
Q  600 cttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaag 699  Q
    |||| ||| ||||||| ||| ||||||| |||||| |||||| |  || |||| || | ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  35983983 cttctacattcccacaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgattcctcagaag 35983884  T
Q  700 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||| || || |||||||| |||||||||  |||||||    
T  35983883 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtgtaagccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcctgtgatgtc 35983793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 649 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 19255265 - 19255155
Alignment:
Q  649 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 748  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  19255265 aatgccacaatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaaaccgccaagcaaggatagatactttgagagaaatctgtttatgccaaatt 19255166  T
Q  749 aagtccatatt 759  Q
    || ||||||||    
T  19255165 aactccatatt 19255155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 596 - 777
Target Start/End: Original strand, 42928075 - 42928256
Alignment:
Q  596 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 695  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||| ||||||    || ||||||||  |||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  42928075 acatcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcacctccaagggtaaaatgccacagtttgtcaaattattttttgtagttaaccgatccctca 42928174  T
Q  696 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctg 777  Q
    |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||  | ||||||||||||||    
T  42928175 gaagccgccaaacaaggatagagactttgagaggaacctgtttataccaaattaactccatatttggatgtaactggggctg 42928256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 525 - 650
Target Start/End: Original strand, 3418653 - 3418781
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcac---nnnnnnncaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  3418653 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 3418752  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaa 650  Q
    ||| ||||| || ||||||||| ||||||    
T  3418753 aacgcataatcgttcctccacagatagaa 3418781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 653 - 790
Target Start/End: Original strand, 31641513 - 31641649
Alignment:
Q  653 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 752  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |    
T  31641513 ccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagtagtctccatgcaaggatagaaacttt-agaggaacctgtgtatgccaaattaact 31641611  T
Q  753 ccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||| || || ||||| || |||||||||  |||||||    
T  31641612 ccatgttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtc 31641649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 663 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 25857553 - 25857457
Alignment:
Q  663 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  25857553 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 25857457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 673 - 759
Target Start/End: Original strand, 27767063 - 27767149
Alignment:
Q  673 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27767063 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 27767149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 677 - 758
Target Start/End: Original strand, 10776789 - 10776870
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 758  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  10776789 gtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatat 10776870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 663 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 8300311 - 8300215
Alignment:
Q  663 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8300311 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8300215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 33385489 - 33385407
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  33385489 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 33385407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 623 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 18359260 - 18359125
Alignment:
Q  623 acacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactt 722  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||    
T  18359260 acacaaaaccgatcctccacatatataatgc-acgatctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaactt 18359162  T
Q  723 tgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    | | |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  18359161 ttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatatt 18359125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 653 - 769
Target Start/End: Original strand, 33169659 - 33169775
Alignment:
Q  653 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 752  Q
    |||||| ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || |    
T  33169659 ccacgacttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaact 33169758  T
Q  753 ccatattatggtgtaac 769  Q
    ||||||| || ||||||    
T  33169759 ccatattttgatgtaac 33169775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 649 - 757
Target Start/End: Original strand, 27795480 - 27795588
Alignment:
Q  649 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 748  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| ||||| || ||||||||||  |  |||||||||| ||  |  ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  27795480 aatgccacgatttgccaaattggctttagtaggcaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaactttgagaggtacctgtttgtgccagact 27795579  T
Q  749 aagtccata 757  Q
    || ||||||    
T  27795580 aactccata 27795588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Original strand, 4552039 - 4552307
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4552039 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggtcataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacattttcgacaatcccacatccaga 4552138  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4552139 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 4552238  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    || |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4552239 ttaagaggaacctatttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 4552307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 649 - 759
Target Start/End: Original strand, 41207013 - 41207123
Alignment:
Q  649 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 748  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41207013 aatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaagccgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaatt 41207112  T
Q  749 aagtccatatt 759  Q
    || ||||||||    
T  41207113 aactccatatt 41207123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 653 - 759
Target Start/End: Original strand, 15917655 - 15917761
Alignment:
Q  653 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 752  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||| ||| ||| |    
T  15917655 ccacgatttgccaaattaacttttgtaggtaaacgatccctcagcagtccccaagcaaggatacagactttcagaggaacctatttatgcgaaattaact 15917754  T
Q  753 ccatatt 759  Q
    | |||||    
T  15917755 caatatt 15917761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 611 - 757
Target Start/End: Original strand, 28252679 - 28252825
Alignment:
Q  611 ccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaa 710  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||||| ||  | ||||||| | |||||||||||    || |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  28252679 ccacaaccggaaacacataaccgcccctccatatgaataatgccatggtttgccaaatttcccttcgtaggtaagcgatccctcaaaagccgccaagcaa 28252778  T
Q  711 ggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 757  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  28252779 gaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaattccata 28252825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 673 - 759
Target Start/End: Original strand, 12645557 - 12645643
Alignment:
Q  673 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12645557 ttttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagagaaacctgtttatgccaaattaactccatatt 12645643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 653 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 17765101 - 17764995
Alignment:
Q  653 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 752  Q
    ||||| |||||||||||   ||| ||||||||  |||||||||  || ||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |    
T  17765101 ccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaatagccgccaagcaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccatattaact 17765002  T
Q  753 ccatatt 759  Q
    |||||||    
T  17765001 ccatatt 17764995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 638 - 757
Target Start/End: Original strand, 14439738 - 14439857
Alignment:
Q  638 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 737  Q
    |||||| ||||||| ||||| | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  ||||| ||||| | |||||| ||||| | |||||||||||    
T  14439738 tccacagatagaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgtcaagccaagatagaaacttttaaaggaacctgtt 14439837  T
Q  738 tatgccaaactaagtccata 757  Q
    ||||||| | ||| ||||||    
T  14439838 tatgccagattaactccata 14439857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 656 - 759
Target Start/End: Original strand, 40176672 - 40176775
Alignment:
Q  656 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtcca 755  Q
    ||||||| |||||| | ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||  || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  40176672 cgatttgtcaaattgactttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggactgaaacttttagaggtacctgtttgtgccagactaactcca 40176771  T
Q  756 tatt 759  Q
    ||||    
T  40176772 tatt 40176775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 650 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 38604516 - 38604407
Alignment:
Q  650 atgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaacta 749  Q
    |||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||| || |  ||  |||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| | ||    
T  38604516 atgccacgatatgccaaattgactattgtaggtaaacgatctcttaacagcagccatgcaaggattgaaacttttagaggtacttgtttatgccagatta 38604417  T
Q  750 agtccatatt 759  Q
    | ||||||||    
T  38604416 actccatatt 38604407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Original strand, 2364147 - 2364415
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  2364147 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 2364246  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2364247 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatact 2364346  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  2364347 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 2364415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 19920499 - 19920231
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||          |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  19920499 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttacacaagacaaaaacaaatgagaagcatcttcgacattcccacatccaga 19920400  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19920399 aacacataaccgctcctccacagatagaatgcctcgatttaccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 19920300  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  19920299 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatatgatggtgtaactggggcttctcctgtgatgtc 19920231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Original strand, 7312647 - 7312914
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7312647 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggct-taatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 7312745  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  7312746 aacacaaagccgctcctccacagacagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagatact 7312845  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  7312846 ttgagaggtacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 7312914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 10323841 - 10323573
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  10323841 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 10323742  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    ||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10323741 aacgcataaccgctcatccccagatagaatgccacgagttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatact 10323642  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  10323641 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 10323573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 34333085 - 34332817
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||          |||||||  ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  34333085 ctaccactcctagccatgcccgcaccattggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccaga 34332986  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34332985 aacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaatcgatctctcagaagttgccaagcaaggatagatact 34332886  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  34332885 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 34332817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 596 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 40930724 - 40930530
Alignment:
Q  596 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 695  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || || |||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  40930724 acatcttcgacgttcccacaaccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaaggccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatccctca 40930625  T
Q  696 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || || ||||| || ||||||  |||||||    
T  40930624 aaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaactaactccatgttttgatgcaactgaggttgctcctgtgatgtc 40930530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 673 - 760
Target Start/End: Original strand, 7032339 - 7032426
Alignment:
Q  673 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatta 760  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||    
T  7032339 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaattttgagaggaacctgtttgtgccaaaccaactccaaatta 7032426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 29523860 - 29523778
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  29523860 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 29523778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Original strand, 11203844 - 11203926
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  11203844 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagtatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 11203926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 677 - 758
Target Start/End: Original strand, 33496572 - 33496653
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 758  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  33496572 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaatgatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatat 33496653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 12342340 - 12342259
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12342340 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaactttta-aagaacctgtttatgccaaattaactccatatt 12342259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 653 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 26771128 - 26771022
Alignment:
Q  653 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 752  Q
    ||||| |||||||||||   ||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |    
T  26771128 ccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaacgatccctcaaaagccgccaagtaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccacattaact 26771029  T
Q  753 ccatatt 759  Q
    |||||||    
T  26771028 ccatatt 26771022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 663 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 7031146 - 7031063
Alignment:
Q  663 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaa 746  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||    
T  7031146 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagacgccaagcaaggatagaaagttttaaaggaacctgtttatgccaaa 7031063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 638 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 35214525 - 35214404
Alignment:
Q  638 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 737  Q
    |||||||||||||| ||||| | || ||||||   ||| ||||| || ||||||||||  |  |||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  35214525 tccacatatagaatcccacgttctggcaaatttgatttagtaggcaaacgatccctcaacatccgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtt 35214426  T
Q  738 tatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    ||||||| | ||| ||||||||    
T  35214425 tatgccagattaactccatatt 35214404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 36801190 - 36801108
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||| |  ||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||    
T  36801190 gtaggtaaacgatccctcagcagttgccaagcaaggatataaacttttaagggaacctatttatgctaaattaactccatatt 36801108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 660 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 963295 - 963186
Alignment:
Q  660 ttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || ||||||||    
T  963295 ttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatatt 963196  T
Q  760 atggtgtaac 769  Q
     || ||||||    
T  963195 ttgatgtaac 963186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 653 - 769
Target Start/End: Original strand, 2755843 - 2755959
Alignment:
Q  653 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 752  Q
    |||||| ||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || |    
T  2755843 ccacgacttgccaaattttatttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaatatagacactttcaaaggtacctgtttgtgccaaatcaact 2755942  T
Q  753 ccatattatggtgtaac 769  Q
    ||||||| || ||||||    
T  2755943 ccatattttgatgtaac 2755959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 635 - 759
Target Start/End: Original strand, 19890661 - 19890785
Alignment:
Q  635 tcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacct 734  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  ||| | |||||||| || ||||| | ||||||||    
T  19890661 tcctccacaaatgtaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgatccctcaacaaccgcaatgcaaggatggaaacttttaaaggaacct 19890760  T
Q  735 gtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||    
T  19890761 gtttatgccagattaactccatatt 19890785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 656 - 746
Target Start/End: Original strand, 16178952 - 16179042
Alignment:
Q  656 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaa 746  Q
    ||||||||||||||   ||| |||||||  |||||| |||  || ||||| ||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  16178952 cgatttgccaaattctctttagtaggtagacgatccttcatcaggcgccacgcaaaaatagatactttaagaggtacctgtttatgccaaa 16179042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 11475 - 11207
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||          ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  11475 ctaccactcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgaaaaacattttcgacattcccacatccaga 11376  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11375 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacggtttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctgagaagtcgccaagcaaggatagatact 11276  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||  |||||||    
T  11275 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccagattatggtgtagctgggtctgctcctgtgatgtc 11207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 106113 - 105845
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  106113 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 106014  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  106013 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 105914  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  105913 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 105845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Original strand, 7924256 - 7924524
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  7924256 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 7924355  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  7924356 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 7924455  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  7924456 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 7924524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Original strand, 8299673 - 8299941
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8299673 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaggacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 8299772  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8299773 aacacataatcgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatact 8299872  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||  |||||||    
T  8299873 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaaattatggtgtaattggggctactcctgtgatgtc 8299941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Original strand, 171973 - 172241
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||          |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  171973 ctaccactcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcgtcaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattaccacagccaga 172072  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  172073 aacacataaccgctcctccatagatagaatgtcacggtttaccaaattaagttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 172172  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||  |||||||    
T  172173 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccattttatggtgtaactggttctgctcctgtgatgtc 172241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Original strand, 13396258 - 13396526
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||          |||||||  ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  13396258 ctaccactcctagccatgcccgcaccattggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccaga 13396357  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13396358 aacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatact 13396457  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||  |||||||    
T  13396458 ttgagaggaacttgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtc 13396526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 586 - 780
Target Start/End: Original strand, 32266498 - 32266692
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 685  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  32266498 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattacttttcgtaggtaac 32266597  T
Q  686 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 780  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| || |||||    
T  32266598 cgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccaaattatggtgtaactgtggttgctc 32266692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 41665639 - 41665371
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||          |||||||  ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  41665639 ctaccactcctagccatgcccgcaccattggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccaga 41665540  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||| |||||| |||||| |  || |||| || | ||||||||||||  ||||||||||||| |||| || || | ||||||||||||||||||||||    
T  41665539 aacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggtttgccaaattattttttgtaggtaactgatctcttaggaatcgccaagcaaggatagatact 41665440  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||  |||||||    
T  41665439 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtc 41665371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 596 - 790
Target Start/End: Original strand, 9922545 - 9922739
Alignment:
Q  596 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 695  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| | |||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  9922545 acatcttctacattcccacaaccagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggtttgccaaattatcttttgtaggtaaccgatccctca 9922644  T
Q  696 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || || ||||| || |||||||||  |||||||    
T  9922645 gaagtcgtcatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtc 9922739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 663 - 759
Target Start/End: Original strand, 20824307 - 20824403
Alignment:
Q  663 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20824307 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20824403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 596 - 759
Target Start/End: Original strand, 13200067 - 13200230
Alignment:
Q  596 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 695  Q
    |||||||| |||  |||||| |||| |||||| |||||  |||||| |  |||||| |  || | |||||||||   |||||||||||| ||||||||||    
T  13200067 acatcttcaacatgcccacacccagtaacacaaaaccgagcctccataggtagaattctgcgctctgccaaattgtattttgtaggtaaacgatccctca 13200166  T
Q  696 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
      ||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13200167 atagctgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacctgtttatgccaaactaactccatatt 13200230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 525 - 620
Target Start/End: Original strand, 20496954 - 20497052
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcac---nnnnnnncaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccag 620  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20496954 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccag 20497052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Original strand, 17699507 - 17699589
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17699507 gtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17699589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 638 - 759
Target Start/End: Original strand, 2170328 - 2170449
Alignment:
Q  638 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 737  Q
    |||||| ||||||| ||||| | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  2170328 tccacagatagaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacggtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtt 2170427  T
Q  738 tatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    ||||||| | ||| ||||||||    
T  2170428 tatgccagattaactccatatt 2170449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Original strand, 37434157 - 37434239
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  37434157 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagaatagagacttttaaaggaacatgtttatgccaaattaactccatatt 37434239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 659 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 34137096 - 34137011
Alignment:
Q  659 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 744  Q
    |||||||||||   ||| |||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  34137096 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgatccatcataagccgccaagcaagaatagagactttgagaggtacctgtttatgcca 34137011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 724
Target Start/End: Original strand, 2529820 - 2529958
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 685  Q
    ||||||||  |||||||| |||  |||||| || | |||||| |||||  |||||| |  |||||| ||||||| | |||||||   ||||||||||||     
T  2529820 caaatgagtcacatcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaagtagaattccacgatctaccaaattgtattttgtaggtaag 2529919  T
Q  686 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttg 724  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||||    
T  2529920 cgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaactttg 2529958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 649 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 13879630 - 13879522
Alignment:
Q  649 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 748  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||| ||  |  ||||||||||| |||| ||| ||||| |||    
T  13879630 aatgccacgatttgccaaattggctttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaactttgagaggtacctatttgtgccagact 13879531  T
Q  749 aagtccata 757  Q
    || ||||||    
T  13879530 aactccata 13879522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 677 - 744
Target Start/End: Original strand, 43270475 - 43270542
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 744  Q
    ||||| || |||||| |||  |||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  43270475 gtaggcaaacgatccttcaacagtcgccaagtaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgcca 43270542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 649 - 759
Target Start/End: Original strand, 25090384 - 25090494
Alignment:
Q  649 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 748  Q
    |||||| ||||||| ||||||   ||| |||||||  ||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||| | |||    
T  25090384 aatgccgcgatttgtcaaattggctttagtaggtagtcgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttagaggtacctgtttgtgctagact 25090483  T
Q  749 aagtccatatt 759  Q
    || ||||||||    
T  25090484 aactccatatt 25090494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 4938398 - 4938130
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  4938398 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 4938299  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  4938298 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 4938199  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4938198 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 4938130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 586 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 11277458 - 11277254
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 685  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  11277458 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattatttttcgtaggtaac 11277359  T
Q  686 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 785  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||    
T  11277358 cgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcctgtg 11277259  T
Q  786 atgtc 790  Q
    |||||    
T  11277258 atgtc 11277254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 586 - 790
Target Start/End: Original strand, 47876917 - 47877121
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 685  Q
    |||||||  ||||||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  47876917 caaatgattaacatcttcaacgttcccgcatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaac 47877016  T
Q  686 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 785  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||  ||    
T  47877017 tgatctctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccctattttgatgtaactggggctgctcctgtg 47877116  T
Q  786 atgtc 790  Q
    |||||    
T  47877117 atgtc 47877121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 586 - 790
Target Start/End: Original strand, 29967909 - 29968113
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 685  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  29967909 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattacttttcgtaggtaac 29968008  T
Q  686 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 785  Q
    ||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||  ||    
T  29968009 cgatctctcaaaagtcctcaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatactatggtgtaactggggttgctcctgtg 29968108  T
Q  786 atgtc 790  Q
    |||||    
T  29968109 atgtc 29968113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 525 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 31177575 - 31177421
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  31177575 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 31177476  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagtttt 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31177475 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgtcaaattaagtttt 31177421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 617 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 235614 - 235439
Alignment:
Q  617 ccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaat--taagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggat 714  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  235614 ccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaatgattttttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggat 235515  T
Q  715 agatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||  |||||||    
T  235514 agagactttgagatgaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 235439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 595 - 790
Target Start/End: Original strand, 37919487 - 37919682
Alignment:
Q  595 aacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctc 694  Q
    ||||||||| ||  ||||||| | ||||||||| |||||| |||||| |  || ||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||    
T  37919487 aacatcttcaacgttcccacaactagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgcaacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatctctc 37919586  T
Q  695 agaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||| ||||| ||||||||||||  |||||||    
T  37919587 aggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttataccaaattaacttcatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtc 37919682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 586 - 790
Target Start/End: Original strand, 17720569 - 17720773
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 685  Q
    |||||||  |||||||||  || ||||||| | ||||||||| | |||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  17720569 caaatgattaacatcttcttcattcccacaactagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggtttgccaaattatcttttgtaggtaac 17720668  T
Q  686 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 785  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || || ||||| || |||||||||  ||    
T  17720669 cgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcctgtg 17720768  T
Q  786 atgtc 790  Q
    |||||    
T  17720769 atgtc 17720773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 596 - 759
Target Start/End: Original strand, 25619403 - 25619566
Alignment:
Q  596 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 695  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |  ||||| || || ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| || |||||||    
T  25619403 acatcttcaacatgcccacatcctgtgacacaaaatcggtcctccacagatgcaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgttccctca 25619502  T
Q  696 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
      |  ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  25619503 acaaccgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccatattaactccatatt 25619566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Original strand, 18532653 - 18532735
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  18532653 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgcgagattaactccatatt 18532735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 637 - 759
Target Start/End: Original strand, 37254743 - 37254865
Alignment:
Q  637 ctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgt 736  Q
    ||||||| ||| |||||||| || |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||| | || |||||||    
T  37254743 ctccacagatataatgccacaatctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttaaagtaacctgt 37254842  T
Q  737 ttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| | ||| ||||||||    
T  37254843 ttatgccagattaactccatatt 37254865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 23642861 - 23642593
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  23642861 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 23642762  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  23642761 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 23642662  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  23642661 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 23642593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 525 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 13271161 - 13270893
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnncaa---atgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||   || || ||||||||||||||||||||||||||     
T  13271161 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaataaattagtaacatcttcgacaatcccacatccagt 13271062  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  13271061 aactcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 13270962  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  13270961 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 13270893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 533 - 790
Target Start/End: Original strand, 47418682 - 47418942
Alignment:
Q  533 cctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacata 629  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||    
T  47418682 cctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatcctgcaacgcata 47418781  T
Q  630 accgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagagg 729  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47418782 accgctcctccccagatagaatgccacgagttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagg 47418881  T
Q  730 aacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
     |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  47418882 gacctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 47418942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 525 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 47686165 - 47685907
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||          |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47686165 ctaccactcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcactaaaagttgcacaagacaaaaacaaacgagaaacatcttcgacattcccacatccaga 47686066  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47686065 aacacataaccgctcctccacagataaaatgccacggtttgccaaattatgttttgtaggtaaccgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatact 47685966  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 780  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  47685965 ttgagaggaacctgtttatgtcaaattaagtccagattatggtgtaacttgggctgctc 47685907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 586 - 790
Target Start/End: Original strand, 15740155 - 15740359
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 685  Q
    |||||||  ||||||||  ||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || |||||||||  ||| |||||||  |||||||||||||    
T  15740155 caaatgattaacatctttaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggcttgtcaaattattttttgtaggtaac 15740254  T
Q  686 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 785  Q
    ||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15740255 cgatctcgcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctcctatg 15740354  T
Q  786 atgtc 790  Q
    |||||    
T  15740355 atgtc 15740359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 586 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 1828746 - 1828542
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 685  Q
    |||||||  ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  1828746 caaatgatcaacatcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattagtttttgtaggtaac 1828647  T
Q  686 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 785  Q
    | ||| | ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||    
T  1828646 ctatctcgcaatagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcctgtg 1828547  T
Q  786 atgtc 790  Q
    |||||    
T  1828546 atgtc 1828542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 586 - 780
Target Start/End: Original strand, 19755198 - 19755395
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacat---atagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggt 682  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |    ||| |||| |||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  19755198 caaatgattaacatcttcaacgctcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtcacggtttgccaaattattttttgtaggt 19755297  T
Q  683 aaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 780  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| || || |||||||||||    
T  19755298 aaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctc 19755395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 586 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 19784608 - 19784411
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacat---atagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggt 682  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |    ||| |||| |||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  19784608 caaatgattaacatcttcaacgctcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtcacggtttgccaaattattttttgtaggt 19784509  T
Q  683 aaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 780  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| || || |||||||||||    
T  19784508 aaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctc 19784411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 596 - 790
Target Start/End: Original strand, 7403857 - 7404051
Alignment:
Q  596 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 695  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  7403857 acatcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcgcctccaaacgtaaaatgccacggtttgccaaattcttttttgtaggtaaccgatccctca 7403956  T
Q  696 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||| ||| | |||||| || ||||||||||||||||||  |||||||    
T  7403957 gaagtcgccaagcaaggatagagactttgaaatgaacttgtttatgccaaattaacttcatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 7404051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 525 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 159961 - 159842
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcac---nnnnnnncaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  159961 ctaccacttctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 159862  T
Q  622 aacacataaccgctcctcca 641  Q
    ||| ||||| || |||||||    
T  159861 aacgcataatcgttcctcca 159842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 656 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 55725822 - 55725719
Alignment:
Q  656 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtcca 755  Q
    |||| |||||||||   |||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  55725822 cgatctgccaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacttgtttatgccaaattaactcca 55725723  T
Q  756 tatt 759  Q
    ||||    
T  55725722 tatt 55725719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Original strand, 12697838 - 12697920
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  12697838 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaatttcatatt 12697920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 45472824 - 45472742
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  45472824 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 45472742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 659 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 11587331 - 11587233
Alignment:
Q  659 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 757  Q
    |||||||||||   ||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||| ||||||    
T  11587331 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgattcctcagaagccgccaagcaagaatagatactttgataggtatctatttatgccaaattaactccata 11587233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 678 - 759
Target Start/End: Original strand, 8361126 - 8361207
Alignment:
Q  678 taggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8361126 taggtaaacgattcctcagcagtcgccaaacaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8361207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Original strand, 20002750 - 20002832
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||  || |||||||||| |||||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20002750 gtaggtaaacgatccctcaacagccgccaagcaatgatagaaacttttaaaagaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20002832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 159; Significance: 3e-84; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 525 - 767
Target Start/End: Original strand, 12733995 - 12734240
Alignment:
Q  525 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 621  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||          |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  12733995 ctaccactcctaaccaatcctgcaccatcggccataatgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattcccacatctaga 12734094  T
Q  622 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 721  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12734095 aacacataaccgctcctccagagatagaatgccacgggttaccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 12734194  T
Q  722 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgta 767  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  12734195 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaaatccatattatgatgta 12734240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 586 - 780
Target Start/End: Original strand, 2553571 - 2553765
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 685  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||| || |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  2553571 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaactgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaac 2553670  T
Q  686 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 780  Q
    |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2553671 cgatctttcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctc 2553765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 596 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 18651430 - 18651236
Alignment:
Q  596 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 695  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||| | |||| |  || ||| ||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  18651430 acatcttcaacggtcccgcatccagagacacacaaccgcgcatccaaaggtaaaatcccacggttttccaaattattttttgtaggtaaccgatccctca 18651331  T
Q  696 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || | ||||||||||||||||  |||||||    
T  18651330 gaagtcgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatctaactggggctgctcctgtgatgtc 18651236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 595 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 24767621 - 24767426
Alignment:
Q  595 aacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctc 694  Q
    ||||||||| ||  |||| || ||| ||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||     
T  24767621 aacatcttcaacgttcccgcaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatcccta 24767522  T
Q  695 agaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||| || ||||||| ||||||||||  |||||||    
T  24767521 agaagtcgtcaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactagggctgctcctgtgatgtc 24767426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 673 - 790
Target Start/End: Original strand, 21168220 - 21168337
Alignment:
Q  673 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactgg 772  Q
    |||||||||||| |||||   || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  21168220 ttttgtaggtaatcgatcttgcaaaagtctccaagctaggatagatactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactgg 21168319  T
Q  773 ggctgctccgatgatgtc 790  Q
    |||||||||  |||||||    
T  21168320 ggctgctcctgtgatgtc 21168337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 663 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 17579210 - 17579114
Alignment:
Q  663 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17579210 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17579114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 663 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 17573784 - 17573688
Alignment:
Q  663 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17573784 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaatcttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17573688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 17606449 - 17606367
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17606449 gtaggtaaatgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17606367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 673 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 21630226 - 21630140
Alignment:
Q  673 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  21630226 ttttgtaggtaaacgatccctcaatagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctggttatgccaaattaactccatatt 21630140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 620 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 14373163 - 14373026
Alignment:
Q  620 gaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagata 719  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | | ||||||||| |||||||||||   ||| |||||||| |  | ||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  14373163 gaaacacacaaccgcccctccatagaaataatgccacggtttgccaaatttcctttcgtaggtaagccgttcctcaaaagctgccaagcaagaatagata 14373064  T
Q  720 ctttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 757  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  14373063 cttttagaggtacctgtttatgccaaattaaatccata 14373026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 677 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 10577364 - 10577282
Alignment:
Q  677 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  10577364 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactctatatt 10577282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 659 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 15958946 - 15958861
Alignment:
Q  659 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 744  Q
    |||||||||||   ||| ||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  15958946 tttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaaaagccgccaagcaagaatagagactttaagaggaacctgtttatgcca 15958861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 610 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 20883215 - 20883066
Alignment:
Q  610 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagca 709  Q
    ||||||||| |  ||||| |||||  |||||||| ||| ||||||||||| | |||| ||   ||| |||||||| | ||||||||  || |||||||||    
T  20883215 cccacatcccgtgacacaaaaccgagcctccacagatataatgccacgatctaccaagttcgatttagtaggtaaacaatccctcaacagccgccaagca 20883116  T
Q  710 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||| | ||| ||||||||    
T  20883115 aggatagaaacttttaaaggaacctatttatgccagattaactccatatt 20883066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 660 - 769
Target Start/End: Original strand, 13937708 - 13937817
Alignment:
Q  660 ttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 759  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || ||||||||    
T  13937708 ttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatatt 13937807  T
Q  760 atggtgtaac 769  Q
     || ||||||    
T  13937808 ttgatgtaac 13937817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 93; Significance: 7e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 586 - 790
Target Start/End: Original strand, 3186 - 3390
Alignment:
Q  586 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 685  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | |||||||||||   ||| |||||||||    
T  3186 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattgcttttcgtaggtaac 3285  T
Q  686 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctccgatg 785  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||    
T  3286 cgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttaagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactagggttgctcctgtg 3385  T
Q  786 atgtc 790  Q
    |||||    
T  3386 atgtc 3390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University