View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15075_low_14 (Length: 423)

Name: NF15075_low_14
Description: NF15075
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15075_low_14
NF15075_low_14
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-406)||(14121068-14121473)
chr8 (1-400)||(14113647-14114046)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 14121473 - 14121068
Alignment:
Q  1 agcttgattagggtgctgatagcgacccataagggagacagcgacccaaataccaccaggagcaaagatctcataacgatacaattgaatctgacctcct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14121473 agcttgattagggtgctgatagcgacccataagggagacagcgacccaaataccaccaggagcaaagatctcataacgatacaattgaatctgacttcct 14121374  T
Q  101 atcgggaggacatcagttgaaggatttgggcgccatgcattattaacagtggtgctaataaagacatgagctacaggcctgttggggtcaagaggcgccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14121373 atcgggaggacatcagttgaaggatttgggcgccatgcattattaacagtggtgctaataaagacatgagctacaggcctgttggggtcaagaggcgccc 14121274  T
Q  201 cagcattatggacaaagtcgtcaagattatagtaagtgttgttgggagtgtttccttgagctggtgcttggaacccgtttgctaagatctcctggtaagg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14121273 cagcattatggacaaagtcgtcaagattatagtaagtgttgttgggagtgtttccttgagctggtgcttggaacccgtttgctaagatctcctggtaagg 14121174  T
Q  301 cctcgtggtccatcgatacactggacgccggatatcaaattcaaagtcgtccactctgcccgcaacctcatgccccaagatcggtcggttaacgcggtca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14121173 cctcgtggtccatcgatacactggacgccggatatcaaattcaaagtcgtccactctgcccgcaacctcatgccccaagatcggtcggttaacgcggtca 14121074  T
Q  401 agattg 406  Q
    ||||||    
T  14121073 agattg 14121068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 14114046 - 14113647
Alignment:
Q  1 agcttgattagggtgctgatagcgacccataagggagacagcgacccaaataccaccaggagcaaagatctcataacgatacaattgaatctgacctcct 100  Q
    |||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14114046 agctagattagggttctggtagcgacccttaagggtgacagcggaccaaataccaccaggagcaaagatctcataacgatacaattgaatctgacttcct 14113947  T
Q  101 atcgggaggacatcagttgaaggatttgggcgccatgcattattaacagtggtgctaataaagacatgagctacaggcctgttggggtcaagaggcgccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||  ||||||||||||| |||| |||    
T  14113946 atcgggaggacatcagttgaaggatttggacgccatgcattattaatagtggtgctaataaaggcacgaggtacagctctgttggggtcaacaggcaccc 14113847  T
Q  201 cagcattatggacaaagtcgtcaagattatagtaagtgttgttgggagtgtttccttgagctggtgcttggaacccgtttgctaagatctcctggtaagg 300  Q
    || || ||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  14113846 caacactatggacaaagccgtcaagatcatggtaaatgttgttgtcagcgtttccttgatctggtgcttggaacccgtttgtgaagatctcctggtaagg 14113747  T
Q  301 cctcgtggtccatcgatacactggacgccggatatcaaattcaaagtcgtccactctgcccgcaacctcatgccccaagatcggtcggttaacgcggtca 400  Q
    | || || |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||    
T  14113746 cttcctgctccatcgatacattggacggcggatatcaaactcaaagtcgtccactctgtccacaacctcatgccctaagatctgtctgttaacgcggtca 14113647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University