View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF15077_low_1 (Length: 578)
Name: NF15077_low_1
Description: NF15077
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15077_low_1 |
 | |
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| [»] scaffold0502 (2 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0729 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0040 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold1074 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold1467 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Original strand, 25467746 - 25468097
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
| |
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| T |
25467746 |
gagaaaagaatataattaatatcctcagtataagtctctacaataattttatatatagagttatgaaacaaataaatatatttgtttatgagatacagtt |
25467845 |
T |
|
| Q |
113 |
aattgacatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttcttacccaca |
212 |
Q |
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| T |
25467846 |
aattgacatgtagaattttcctcactttttaaagaattatatgttct-ccacttagtggagaatgatagttaaactaataaggtatttttcttacccaca |
25467944 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatgatgattatgttaagtaatgtcatatcgataggttatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataat |
312 |
Q |
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| T |
25467945 |
aaaggatgattatgttaagtaatgtcataccgatagggtatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataat |
25468044 |
T |
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| Q |
313 |
gatagttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaactatt |
365 |
Q |
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| T |
25468045 |
gatagttgaattaaaaagtttgagagatattttaaataaaatattcaactatt |
25468097 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Original strand, 9281630 - 9281981
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
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| T |
9281630 |
gagaaaagaatataattaatatcttcaatataagtctctacaataattttatatctagagttatgaaacaaataaatatatttgtttatgagatatagtt |
9281729 |
T |
|
| Q |
113 |
aattgacatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttcttacccaca |
212 |
Q |
| |
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| T |
9281730 |
aattgacatgtggaattttcctcgcttgttgaagaattatatgtt-ttccgcttagtggagaatgatagttaaactaataaggtatttttcttacccaca |
9281828 |
T |
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| Q |
213 |
aaatgatgattatgttaagtaatgtcatatcgataggttatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataat |
312 |
Q |
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| T |
9281829 |
aaaggatgattatgttaagtaatgtcatacctatagagtatgtccatcacgttacacaatacatagcaaagattctcccacttgataaagaatagataat |
9281928 |
T |
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| Q |
313 |
gatagttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaactatt |
365 |
Q |
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| T |
9281929 |
gatagttgaattaaaaagtttaaaagatattttaaataaaatattcaactatt |
9281981 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 21 - 365
Target Start/End: Original strand, 18338819 - 18339163
Alignment:
| Q |
21 |
aatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttat-atccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgaga-tatagtaaattga |
118 |
Q |
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| T |
18338819 |
aatataattaatatcctcaatataagtctctacaataatttttttatctaaagttataaaacaaataaatatatttgtttatgagaatatagttaattga |
18338918 |
T |
|
| Q |
119 |
catgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttcttacccacaaaatga |
218 |
Q |
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| T |
18338919 |
catgtagaattttcctcgcttgttgaagaattatatgttct-ccactttgtga-gaatgatagttaaactaataaggtatttttattacccataaaagaa |
18339016 |
T |
|
| Q |
219 |
tgattatgttaagtaatgtcatatcgataggttatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataatgatagt |
318 |
Q |
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|
| T |
18339017 |
tgattatgttgagtaatgtcacaccgataaggtatgtccatcacgttacacaatacatagtaaggattctcccacttgatagagaatagataatgatagt |
18339116 |
T |
|
| Q |
319 |
tgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaactatt |
365 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
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|
| T |
18339117 |
tgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattaaactatt |
18339163 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Original strand, 17529408 - 17529757
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
17529408 |
gagaaaagactataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatttagagttatgaaacaaataa-tatatttgtttataagatatagtt |
17529506 |
T |
|
| Q |
113 |
aattgacatgtagaattt-tcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttcttacccac |
211 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||| | |||| ||||| |||||| ||| || || ||||| |||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| | |
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|
| T |
17529507 |
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17529606 |
T |
|
| Q |
212 |
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311 |
Q |
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|
| T |
17529607 |
gaaatgatgattatgttaagtaatgtcataccgatagggtatgtccatcacgttacacaatacatagcgaggattctcccacttgatagagaataaatta |
17529706 |
T |
|
| Q |
312 |
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365 |
Q |
| |
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| T |
17529707 |
tgatagctgaa-tcaaaagtatg-aagatattttaaat-aaatattcaactatt |
17529757 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 666251 - 665900
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
| |
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|
| T |
666251 |
gagaaaagactataattaatatcctcaatataagtctctgcaataattttaaatttagagttatgaaacaaagaa-tatatttgtttataagataattta |
666153 |
T |
|
| Q |
113 |
aattgacatgtagaattt----tc-ctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttcttac |
207 |
Q |
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| T |
666152 |
--ttgacatgtagaatttgtcatcgctcgcttgttaaagaataatattttct-ccacttggtggataatggtagttaaactaataatgtatttttcttac |
666056 |
T |
|
| Q |
208 |
ccacaaaatgatgattatgttaagtaatgtcatatcgataggttatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatag |
307 |
Q |
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|
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| T |
666055 |
ctatgaaatgatgattatgttaagtagtgtcataccgatagggtatgtccatcacattacacaatacatagcaaggattcccccacttgatagagaataa |
665956 |
T |
|
| Q |
308 |
ataatgatagttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaactatt |
365 |
Q |
| |
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| T |
665955 |
ataatgatagttgaatt-aaaagtatgaaagatattttaaat-aaatattcaactatt |
665900 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 13 - 229
Target Start/End: Original strand, 20184342 - 20184556
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagag-ttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagt |
111 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| | |
|
|
| T |
20184342 |
gagaaaagactataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatctggagtttatgaaacaaat-aatatatttgtttataagatatact |
20184440 |
T |
|
| Q |
112 |
aaattgacatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttcttacccac |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | || ||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20184441 |
taattgacatgtagaattttcctcgcttattgaagaattatatgatc-tccactt-gatgagaataatagttaaactaataaggtatttttcttacccat |
20184538 |
T |
|
| Q |
212 |
aaaatgatgattatgtta |
229 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
20184539 |
aaaaggatgattatgtta |
20184556 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 263 - 365
Target Start/End: Original strand, 20184553 - 20184654
Alignment:
| Q |
263 |
gttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataatgatagttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaact |
362 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20184553 |
gttacataatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataatgatagttg-attaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaact |
20184651 |
T |
|
| Q |
363 |
att |
365 |
Q |
| |
|
||| |
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| T |
20184652 |
att |
20184654 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 13 - 363
Target Start/End: Original strand, 42569817 - 42570165
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42569817 |
gagaaaagaatataactaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatctagagttatgaaacaaataaatatatttgtttatgagatatagtt |
42569916 |
T |
|
| Q |
113 |
aattgacatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttcttacccaca |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42569917 |
aattgacatgtagaattttcctcgcttgttgaagaattatatgttc-tccacttagtggagaataatagttaaactaataaggtatttttcttacccaca |
42570015 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatgatgattatgttaagtaatgtcatatcgataggttatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataat |
312 |
Q |
| |
|
||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
42570016 |
aaaggatga-tatgttaagtaatgtcatacccatacggtatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagacaat |
42570114 |
T |
|
| Q |
313 |
gatagttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaacta |
363 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42570115 |
gatagttaaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaacta |
42570165 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 13 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 6783932 - 6783582
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6783932 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatctagagttatgaaacaaataaatatatttgtttatgagatatagtt |
6783833 |
T |
|
| Q |
113 |
aattgacatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttcttacccaca |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
6783832 |
aattgacatgtagaattttccttacttgttgaagaatgatattttct-ccacttggtggagaatgatagttaaaccattaaggtatttttcttacccata |
6783734 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatgatgattatgttaagtaatgtcatatcgataggttatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataat |
312 |
Q |
| |
|
||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
6783733 |
aaaggatgatcatgttaagtaatgtcataccgatagggtatgtccatcacgttacacaatacatagcaatgattctcccacttgatagagaataaataat |
6783634 |
T |
|
| Q |
313 |
gatagttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaactat |
364 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6783633 |
gatagttgaattacaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaactat |
6783582 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 88 - 365
Target Start/End: Original strand, 7872092 - 7872368
Alignment:
| Q |
88 |
atatatttgtttatgagatatagtaaattgacatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaac |
187 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
7872092 |
atatatttgtttatgagatatagttaattgacatgtagaattttcctcgcctgttgaaaaattatattttct-ccacttggtggtgaatgatagttaaac |
7872190 |
T |
|
| Q |
188 |
taataaggtatttttcttacccacaaaatgatgattatgttaagtaatgtcatatcgataggttatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattc |
287 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
7872191 |
taataaggtattcttcttatccactaaagaatgattatgttaaataatgtcataccgatagggtatgtccatcacgttacacaatacatagtaaagattc |
7872290 |
T |
|
| Q |
288 |
tcccacttgatagagaatagataatgatagttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaactatt |
365 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7872291 |
tcccacttgatagagaataaataatgatagttgaattacaaagtttgaaagatatttttaataaaatattcaactatt |
7872368 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 33364746 - 33364415
Alignment:
| Q |
18 |
aagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagtaaattg |
117 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |
|
|
| T |
33364746 |
aagactataattaatatcttcaatataagtctctacaataattttatatctagagttatgaaacaaataa-tatatttgtttataagatatagttaattg |
33364648 |
T |
|
| Q |
118 |
acatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttcttacccacaaaatg |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||||| |||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
33364647 |
acatgtagaatttttctcgcttgttgaagaaatatatgttct-ccacttgatga-gaataatagttaaactaataaggtatttttcttacccataaaagg |
33364550 |
T |
|
| Q |
218 |
atgattatgttaagtaatgtcatatcgataggttatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataatgatag |
317 |
Q |
| |
|
|| |||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33364549 |
ataattatgttgagtaatgtg------------tatatccatcacgttacataatacatagcaaggattctcccactcgatagagaatagataatgatag |
33364462 |
T |
|
| Q |
318 |
ttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaactatt |
365 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33364461 |
ttgaattaaaaagtttgaaagata-tttaaataaaatattcaactatt |
33364415 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0502 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 2)
Name: scaffold0502
Description:
Target: scaffold0502; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 2199 - 1850
Alignment:
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13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
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| T |
2199 |
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T |
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212 |
Q |
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| T |
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T |
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312 |
Q |
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T |
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365 |
Q |
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| T |
1901 |
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1850 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0502; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 6913 - 6564
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
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| T |
6913 |
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T |
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| Q |
113 |
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212 |
Q |
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| T |
6814 |
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T |
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| Q |
213 |
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312 |
Q |
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| T |
6715 |
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T |
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| Q |
313 |
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365 |
Q |
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| T |
6615 |
gatagttgaatt-aaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaactatt |
6564 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 13 - 361
Target Start/End: Original strand, 23850910 - 23851257
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
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| T |
23850910 |
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23851009 |
T |
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| Q |
113 |
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212 |
Q |
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| T |
23851010 |
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23851108 |
T |
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213 |
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312 |
Q |
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23851208 |
T |
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Q |
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| T |
23851209 |
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23851257 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 19550742 - 19550400
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
113 |
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212 |
Q |
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T |
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213 |
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312 |
Q |
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19550453 |
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365 |
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19550452 |
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19550400 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 13 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 9970744 - 9970431
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
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| T |
9970744 |
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9970645 |
T |
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| Q |
113 |
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212 |
Q |
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| T |
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9970546 |
T |
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| Q |
213 |
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312 |
Q |
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| T |
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9970446 |
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327 |
Q |
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| T |
9970445 |
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9970431 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0729 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: scaffold0729
Description:
Target: scaffold0729; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 13 - 364
Target Start/End: Original strand, 218 - 568
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
| |
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| T |
218 |
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317 |
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212 |
Q |
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| T |
318 |
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416 |
T |
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213 |
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312 |
Q |
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| T |
417 |
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516 |
T |
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364 |
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| T |
517 |
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568 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0040 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: scaffold0040
Description:
Target: scaffold0040; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 64247 - 63900
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
| |
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| T |
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212 |
Q |
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64147 |
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64053 |
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312 |
Q |
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63953 |
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63900 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 39578522 - 39578173
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
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| T |
39578522 |
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39578423 |
T |
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113 |
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212 |
Q |
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| T |
39578422 |
aatcgacatgtagaattttcctcgcttgttgaagaattatatgttctt-cacttggtgaagaatgatagttaaactaataaggtatttttcttacccaca |
39578324 |
T |
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| Q |
213 |
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312 |
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| T |
39578323 |
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39578225 |
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365 |
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39578173 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 15 - 365
Target Start/End: Original strand, 24518931 - 24519278
Alignment:
| Q |
15 |
gaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagtaaa |
114 |
Q |
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| T |
24518931 |
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24519029 |
T |
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| Q |
115 |
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214 |
Q |
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| T |
24519030 |
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24519127 |
T |
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215 |
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314 |
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| T |
24519128 |
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24519227 |
T |
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315 |
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365 |
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| T |
24519228 |
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24519278 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Original strand, 9760497 - 9760838
Alignment:
| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
| |
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| T |
9760497 |
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T |
|
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113 |
aattgacatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttcttacccaca |
212 |
Q |
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| T |
9760588 |
aattgacatgtaaaattttcctcgcttgttgaagaattatatgttct-ccatttgatga-gaataatagttaaactaataaggtatttttcttacccata |
9760685 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatgatgattatgttaagtaatgtcatatcgataggttatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataat |
312 |
Q |
| |
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| T |
9760686 |
aaaggatgattatgttgagtaatgtcataccgatagggtatatccatcacgttacataatacatagcaaggattcttccacttgatagagaatagaatat |
9760785 |
T |
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313 |
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365 |
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| T |
9760786 |
gatagttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaactatt |
9760838 |
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|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 47856078 - 47855738
Alignment:
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18 |
aagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagtaaattg |
117 |
Q |
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47856078 |
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47855982 |
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|
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118 |
acatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttcttacccacaaaatg |
217 |
Q |
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47855981 |
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317 |
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47855784 |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
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Q |
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| T |
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T |
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312 |
Q |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Original strand, 30024631 - 30024975
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Q |
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T |
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| Q |
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212 |
Q |
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| T |
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T |
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312 |
Q |
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T |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Original strand, 30023385 - 30023729
Alignment:
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112 |
Q |
| |
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| T |
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T |
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| Q |
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212 |
Q |
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T |
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213 |
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312 |
Q |
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T |
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313 |
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Q |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
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Target Start/End: Original strand, 29963093 - 29963435
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Q |
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T |
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217 |
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| T |
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T |
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| Q |
218 |
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314 |
Q |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Original strand, 30012298 - 30012640
Alignment:
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Q |
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T |
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| Q |
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217 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
218 |
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314 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
315 |
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Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
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Target Start/End: Original strand, 30028380 - 30028724
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Q |
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T |
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| Q |
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212 |
Q |
| |
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T |
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213 |
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312 |
Q |
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| T |
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T |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
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Target Start/End: Original strand, 11174355 - 11174662
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Q |
| |
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T |
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211 |
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| T |
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T |
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212 |
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311 |
Q |
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| T |
11174553 |
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11174652 |
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321 |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
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Target Start/End: Original strand, 39035091 - 39035295
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Q |
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T |
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360 |
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| T |
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365 |
Q |
| |
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||||| |
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|
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39035291 |
ctatt |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
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Q |
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T |
|
| Q |
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287 |
Q |
| |
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T |
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| Q |
288 |
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365 |
Q |
| |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 241
Target Start/End: Original strand, 30025897 - 30026117
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Q |
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T |
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aattgacatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttcttacccaca |
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Q |
| |
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T |
|
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213 |
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241 |
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| |
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||| ||||||||||||||||||||||||| |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 14 - 206
Target Start/End: Original strand, 39034904 - 39035094
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Q |
| |
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T |
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attgacatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaactaataaggtatttttctta |
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Q |
| |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 153
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13 |
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112 |
Q |
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27754398 |
T |
|
| Q |
113 |
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153 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
27754399 |
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27754440 |
T |
|
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 251 - 365
Target Start/End: Original strand, 30027357 - 30027471
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tatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataatgatagttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaata |
350 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
30027357 |
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30027456 |
T |
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| Q |
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365 |
Q |
| |
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|
|
| T |
30027457 |
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30027471 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 264 - 365
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264 |
ttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataatg--atagttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaac |
361 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
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30027690 |
T |
|
| Q |
362 |
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365 |
Q |
| |
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|||| |
|
|
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30027691 |
tatt |
30027694 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
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Target Start/End: Complemental strand, 46847741 - 46847609
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16 |
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112 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||| |||||| ||||| | |
|
|
| T |
46847741 |
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46847642 |
T |
|
| Q |
113 |
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145 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
46847641 |
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46847609 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 264 - 365
Target Start/End: Original strand, 30028860 - 30028963
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264 |
ttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataatg--atagttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaac |
361 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
30028860 |
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30028959 |
T |
|
| Q |
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365 |
Q |
| |
|
|||| |
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|
| T |
30028960 |
tatt |
30028963 |
T |
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Target: chr3; HSP #16
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Query Start/End: Original strand, 264 - 365
Target Start/End: Original strand, 30023839 - 30023943
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360 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
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T |
|
| Q |
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365 |
Q |
| |
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||||| |
|
|
| T |
30023939 |
ctatt |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 264 - 365
Target Start/End: Original strand, 30025107 - 30025211
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| Q |
264 |
ttacacaataca-tagcaaggattctcccacttgatagagaatagataatgata--gttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaa |
360 |
Q |
| |
|
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|
| T |
30025107 |
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30025206 |
T |
|
| Q |
361 |
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365 |
Q |
| |
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||||| |
|
|
| T |
30025207 |
ctatt |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 201 - 275
Target Start/End: Original strand, 27754466 - 27754539
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201 |
ttcttacccacaaaatgatgattatgttaagtaatgtcatatcgataggttatgtccatcacgttacacaataca |
275 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27754466 |
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27754539 |
T |
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Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 13 - 93
Target Start/End: Original strand, 32282884 - 32282964
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| Q |
13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatat |
93 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||| |
|
|
| T |
32282884 |
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32282964 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 365
Target Start/End: Original strand, 27754542 - 27754577
Alignment:
| Q |
330 |
gtttgaaagatattttaaataaaatattcaactatt |
365 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27754542 |
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27754577 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 10489721 - 10489367
Alignment:
| Q |
13 |
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112 |
Q |
| |
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|
| T |
10489721 |
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10489623 |
T |
|
| Q |
113 |
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208 |
Q |
| |
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|
|
| T |
10489622 |
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10489524 |
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|
| Q |
209 |
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308 |
Q |
| |
|
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|
| T |
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10489424 |
T |
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| Q |
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365 |
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|
| T |
10489423 |
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10489367 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 38147794 - 38147456
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13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| | ||||||| |
|
|
| T |
38147794 |
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38147696 |
T |
|
| Q |
113 |
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212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| || | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
38147695 |
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38147598 |
T |
|
| Q |
213 |
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312 |
Q |
| |
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|
| T |
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38147509 |
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365 |
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| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38147508 |
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38147456 |
T |
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Back To:
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Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 13 - 365
Target Start/End: Original strand, 31727382 - 31727731
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13 |
gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
| |
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| T |
31727382 |
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31727480 |
T |
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| Q |
113 |
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211 |
Q |
| |
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|
|
| T |
31727481 |
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31727579 |
T |
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| Q |
212 |
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311 |
Q |
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| T |
31727580 |
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31727679 |
T |
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| Q |
312 |
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365 |
Q |
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|
|
| T |
31727680 |
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31727731 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 181 - 365
Target Start/End: Original strand, 10816284 - 10816468
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Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
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gttaaactaataaggtatctttcttacccacaaaatgatgattatgttaagtaatgtcatatcgatagggtatgtccatcacgttacacaacacatagca |
10816383 |
T |
|
| Q |
281 |
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365 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10816384 |
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T |
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gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
| |
|
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|
| T |
38980874 |
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38980973 |
T |
|
| Q |
113 |
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153 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
38980974 |
aattaaacatgtagaattttcctcgcttgttgaagaattata |
38981015 |
T |
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Target: chr8; HSP #5
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| Q |
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gagaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatccagagttatgaaataaataaatatatttgtttatgagatatagta |
112 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39011971 |
gagaaaataatataattaatatcctaaatataagtctctacaatatttttatatctagaagtatgaaacgaataaatatatttgtttatgagatatagtt |
39012070 |
T |
|
| Q |
113 |
aatt-gacatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattata |
153 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
39012071 |
aattaaacatgtagaattttcctcgcttgttgaagaattata |
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T |
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316 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||| | |
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38981056 |
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T |
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317 |
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365 |
Q |
| |
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|
|
| T |
38981154 |
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38981202 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 217 - 365
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217 |
gatgattatgttaagtaatgtcatatcgataggttatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggattctcccacttgatagagaatagataatgata |
316 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||| | |
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| T |
39012153 |
gatgattatgttaagtaatgtcattccgatatggtatgtccaccacattacacaatacataacaagaattc--ccacttgatagagaatgaataatgaga |
39012250 |
T |
|
| Q |
317 |
gttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaactatt |
365 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39012251 |
gttgaattaaaaggtttgaaagatcttttaaataaaatattcaactatt |
39012299 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 13 - 142
Target Start/End: Original strand, 10816158 - 10816286
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112 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| | |
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|
| T |
10816158 |
gagaaaagactataattaatatcctcaatagaagtatctacaataattttaaatttagagttatgaaacaaat-aatatatttgtttatatgatatattt |
10816256 |
T |
|
| Q |
113 |
aattgacatgtagaattttcctcgtttgtt |
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Q |
| |
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|
| T |
10816257 |
aattgacatgtagaattttcctcgcttgtt |
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T |
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Target: scaffold1074 (Bit Score: 175; Significance: 6e-94; HSPs: 1)
Name: scaffold1074
Description:
Target: scaffold1074; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 87 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 3058 - 2782
Alignment:
| Q |
87 |
aatatatttgtttatgagatatagtaaattgacatgtagaattttcctcgtttgttgaagaattatacgttcttccacttagtggtgaaagatagttaaa |
186 |
Q |
| |
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| T |
3058 |
aatatatttgtttataagatatagttaattgacatgtagaattttcctcgcttgttgaagaattatatgttct-ccacttgatga-gaataatagttaaa |
2961 |
T |
|
| Q |
187 |
ctaataaggtatttttcttacccacaaaatgatgattatgttaagtaatgtcatatcgataggttatgtccatcacgttacacaatacatagcaaggatt |
286 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |
|
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| T |
2960 |
ctaataaggtatttttcttacccataaaaggatgattatgtttagtaatgtcataccgatagggtatatccatcacgttacataatacatagcaatgatt |
2861 |
T |
|
| Q |
287 |
ctcccacttgatagagaatagataatgatagttgaattaaaaagtttgaaagatattttaaataaaatattcaactatt |
365 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
2860 |
ctcccacttgatagagaatagaatatgatagatgaattaaaaagtttgaaagatattttgaataaaatattcaattatt |
2782 |
T |
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Target: scaffold1467 (Bit Score: 46; Significance: 6e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold1467
Description:
Target: scaffold1467; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 14 - 67
Target Start/End: Original strand, 1713 - 1766
Alignment:
| Q |
14 |
agaaaagaatataattaatatcctcaatataagtctctacaataattttatatc |
67 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
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| T |
1713 |
agaaaagactataattaatatcctcaatataagtccctacaataattttatatc |
1766 |
T |
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