View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15084_low_15 (Length: 501)

Name: NF15084_low_15
Description: NF15084
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15084_low_15
NF15084_low_15
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (9-483)||(9218307-9218781)
chr1 (13-483)||(9199791-9200261)
chr1 (9-483)||(9170224-9170698)
chr1 (9-483)||(9118580-9119054)
chr1 (9-479)||(9161402-9161872)
chr1 (9-483)||(9155486-9155960)
chr1 (25-483)||(9229192-9229650)
chr1 (26-482)||(1843000-1843456)
chr1 (25-482)||(1868608-1869065)
chr1 (29-482)||(1857014-1857467)
chr1 (18-356)||(1815703-1816041)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (229-266)||(41703820-41703857)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (229-290)||(40573369-40573430)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 459; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 9218781 - 9218307
Alignment:
Q  9 agcagagacagctggtgctttgtcatatctacattcagctgcatcaattccaattattcatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218781 agcagagacagctggtgctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 9218682  T
Q  109 tacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218681 tacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcgacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 9218582  T
Q  209 cagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218581 cagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtgtatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttt 9218482  T
Q  309 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgat 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218481 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgat 9218382  T
Q  409 gaaaacaagaaagagattaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacct 483  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218381 gaaaacaagaaagagattaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacct 9218307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 9200261 - 9199791
Alignment:
Q  13 gagacagctggtgctttgtcatatctacattcagctgcatcaattccaattattcatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattaca 112  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9200261 gagacagctggagctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccacagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattaca 9200162  T
Q  113 ctgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccaga 212  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  9200161 ccgcaaaagtttctgactttggagcttccagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttagatcccga 9200062  T
Q  213 gtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttttaac 312  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9200061 gtatatgcaaacacatcaactaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtggttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctctttcttttaac 9199962  T
Q  313 aggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgatgaaa 412  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  9199961 aggcaagaagaaaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttggatgatgaaa 9199862  T
Q  413 acaagaaagagattaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacct 483  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9199861 acaagaaagagattaaggaggttgctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacct 9199791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 9170698 - 9170224
Alignment:
Q  9 agcagagacagctggtgctttgtcatatctacattcagctgcatcaattccaattattcatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 108  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170698 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 9170599  T
Q  109 tacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 208  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  9170598 tacactgccaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttagatc 9170499  T
Q  209 cagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttt 308  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9170498 ccgagtatatgcaaacacataaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctctttcttt 9170399  T
Q  309 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgat 408  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || | || |||    
T  9170398 taataggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaattttttgaagctattcaagttggatttgtgaacgat 9170299  T
Q  409 gaaaacaagaaagagattaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacct 483  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9170298 gataacaagaaagagattaaggaggttgctattcttgcttcaaggtgtttaagacttagaggggatgaaagacct 9170224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 483
Target Start/End: Original strand, 9118580 - 9119054
Alignment:
Q  9 agcagagacagctggtgctttgtcatatctacattcagctgcatcaattccaattattcatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 108  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118580 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 9118679  T
Q  109 tacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 208  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  9118680 tacactgcaaaagtttccgatttcggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtacaaggaacacttggatacttagacc 9118779  T
Q  209 cagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttt 308  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  9118780 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctcttgattt 9118879  T
Q  309 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgat 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  9118880 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgat 9118979  T
Q  409 gaaaacaagaaagagattaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacct 483  Q
    || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| |||| || |||||||||    
T  9118980 gataacaaggaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacct 9119054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 9 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 9161872 - 9161402
Alignment:
Q  9 agcagagacagctggtgctttgtcatatctacattcagctgcatcaattccaattattcatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 108  Q
    |||||||||||| || ||||| || ||| |||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9161872 agcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttagatgacaat 9161773  T
Q  109 tacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 208  Q
    |||| |||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9161772 tacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggttacttagatc 9161673  T
Q  209 cagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttt 308  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || | |||||||||||||||    
T  9161672 cggagtatatgcaaacacatcaactaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttt 9161573  T
Q  309 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgat 408  Q
    ||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9161572 taataggccagaagagaatatcagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatagaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgat 9161473  T
Q  409 gaaaacaagaaagagattaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaag 479  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  9161472 gaaaacaaggaggagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaag 9161402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 9 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 9155960 - 9155486
Alignment:
Q  9 agcagagacagctggtgctttgtcatatctacattcagctgcatcaattccaattattcatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 108  Q
    |||||||||||| || ||||| || |||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  9155960 agcagagacagccggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaataccgattatccatagagatgtcaaaagtaccaacattctcttggatgacaat 9155861  T
Q  109 tacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 208  Q
    ||||| || ||||||||||| || |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  9155860 tacacagcgaaagtttccgattttggagcttcgaggttagttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggttcaaggaactcttggatacctagatc 9155761  T
Q  209 cagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttt 308  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |  |||||||| |||||    
T  9155760 cagagtatatgcaaactcatcaattaaccgagaaaagtgatgtctatagctttggagtagtgcttgcggagcttctgacaggagataaacctctatcttt 9155661  T
Q  309 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgat 408  Q
    ||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| || || ||||||    
T  9155660 taataggccagaagagagtattagtcttgcaatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatagaatttttgaagctattcaagttggtatcttaaatgat 9155561  T
Q  409 gaaaacaagaaagagattaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacct 483  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||| ||||||| || ||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  9155560 gaaaacaaggaggagattaaagaggttgctattctggcagcacggtgtttacgacttcgaggtgaggaaagacct 9155486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 25 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 9229650 - 9229192
Alignment:
Q  25 gctttgtcatatctacattcagctgcatcaattccaattattcatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagttt 124  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||  | |||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9229650 gctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtgt 9229551  T
Q  125 ccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccagagtatatgcaaac 224  Q
    | || || || |||||||||||||||||||||||||| ||   |||||| ||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  9229550 ctgattttggtgcttcaagattggttccacttgatcatactatgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgcaaac 9229451  T
Q  225 acatcaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttttaacaggccagaagag 324  Q
    ||| ||| |||| || |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||| || |  |||||| |||||||||| || ||||||||     
T  9229450 acaccaactaacagagaaaagtgatgtttatagcttcggggtagtactggcagagctcctaacgggggagaaacctatttcttttaatagaccagaagaa 9229351  T
Q  325 accattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgatgaaaacaagaaagaga 424  Q
    | ||  || ||||| || ||||| || |||||||||| | |  || |  | | ||| | | |||||||||| ||||| |||||||| |||||| | ||||    
T  9229350 aacagaagccttgcaattcacttcttatcttgtttaagagagaatcatgtgtctgaagttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggaga 9229251  T
Q  425 ttaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacct 483  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| ||| || |||||||||    
T  9229250 ttaaggaagttgctattcttgctgcaaggtgcttgagacttaaaggcgaggaaagacct 9229192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 26 - 482
Target Start/End: Original strand, 1843000 - 1843456
Alignment:
Q  26 ctttgtcatatctacattcagctgcatcaattccaattattcatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttc 125  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||   ||||||||||| |||   |   |||| || ||||| ||    
T  1843000 ctttgtcatatctacattcatatgcctcaataccaataatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacacagccaaagtatc 1843099  T
Q  126 cgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccagagtatatgcaaaca 225  Q
     || || ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1843100 agattttggagcttcaagattggttccaattgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaaca 1843199  T
Q  226 catcaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttttaacaggccagaagaga 325  Q
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||||| || |  |||||| ||| ||||   ||||| |||||||    
T  1843200 agtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtagagttgctaacgggggagaaacctttttgttttggtaggccggaagaga 1843299  T
Q  326 ccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgatgaaaacaagaaagagat 425  Q
      |  |||||||| ||| | ||  | ||||| || ||| |||||||  | ||||| | |||||||| |||  | |  ||||| ||||||||  |||||||    
T  1843300 gaagaagtcttgcaatgaatttactatcttgattgaaaaaagataatgtgtttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagagat 1843399  T
Q  426 taaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacc 482  Q
     ||||||||  || ||||||| || | |||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  1843400 caaggaggtggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagacc 1843456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 25 - 482
Target Start/End: Original strand, 1868608 - 1869065
Alignment:
Q  25 gctttgtcatatctacattcagctgcatcaattccaattattcatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagttt 124  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| ||||| || || || ||||||||||| ||||||   ||||||||||| |||   |   |||| || ||||| |    
T  1868608 gctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacaccgccaaagtat 1868707  T
Q  125 ccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccagagtatatgcaaac 224  Q
    | || || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1868708 cggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaac 1868807  T
Q  225 acatcaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttttaacaggccagaagag 324  Q
    |  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | || || || |  |||||| ||| ||||   ||||| |||||     
T  1868808 aagtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtagagttgctgacgggggagaaacctttttgttttggtaggccggaagaa 1868907  T
Q  325 accattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgatgaaaacaagaaagaga 424  Q
    |  |  |||||||| ||||| ||  | ||||| || ||| |||||||  | ||||| | |||||||| |||  | |  ||||| ||||||||  ||||||    
T  1868908 agaagaagtcttgcaatgcatttactatcttgattgaaaaaagataatgtatttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagaga 1869007  T
Q  425 ttaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacc 482  Q
    | ||||||||  || ||||||| || | |||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  1869008 tcaaggaggtggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagacc 1869065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 29 - 482
Target Start/End: Original strand, 1857014 - 1857467
Alignment:
Q  29 tgtcatatctacattcagctgcatcaattccaattattcatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccga 128  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||  || || || ||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  |   |||| || ||||| || ||    
T  1857014 tgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcgga 1857113  T
Q  129 cttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccagagtatatgcaaacacat 228  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  |    
T  1857114 ttttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagt 1857213  T
Q  229 caattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttttaacaggccagaagagacca 328  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| | || || || |  |||||| ||| ||||   ||||| ||||| |  |    
T  1857214 caattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtggagttgctgacgggggagaaacctttttgttttggtaggccggaagaaagaa 1857313  T
Q  329 ttagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgatgaaaacaagaaagagattaa 428  Q
      |||||||||||||| ||| | ||||| || ||| | |||||  | ||||| | |||||||| |||  | |  ||||| ||||||||  ||||||| ||    
T  1857314 gaagtcttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagagatcaa 1857413  T
Q  429 ggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacc 482  Q
    ||||||  || ||||||| || | |||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  1857414 ggaggtggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagacc 1857467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 1816041 - 1815703
Alignment:
Q  18 agctggtgctttgtcatatctacattcagctgcatcaattccaattattcatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgca 117  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  |   |||| ||     
T  1816041 agctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgct 1815942  T
Q  118 aaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccagagtata 217  Q
    ||||| || || || ||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||  |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  1815941 aaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtata 1815842  T
Q  218 tgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttttaacaggcc 317  Q
    ||||||||   |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| || |  |||||| ||| ||||   |||||    
T  1815841 tgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatagctttggagtagttcttgtggagctgctaacgggggagaaacctttttgttttggtaggcc 1815742  T
Q  318 agaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttg 356  Q
     |||||||  |  |||||||||| ||||||||| |||||    
T  1815741 ggaagagagaagaagtcttgctacgcactttttatcttg 1815703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 41703857 - 41703820
Alignment:
Q  229 caattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagt 266  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  41703857 caattaaccgataaaagtgatgtttatagctatggagt 41703820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 290
Target Start/End: Original strand, 40573369 - 40573430
Alignment:
Q  229 caattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacagg 290  Q
    |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || |||||    
T  40573369 caattaacagagaagagtgatgtttatagatttggagtagtcctagcagagctactgacagg 40573430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University