View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15084_low_4 (Length: 698)
Name: NF15084_low_4
Description: NF15084
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15084_low_4 |
 | |
|
| [»] scaffold0003 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 196 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 5538152 - 5537670
Alignment:
| Q |
196 |
tcttaacaaaattatcatcaccaagtaagaatcctactagtattcttattgtcatttttattattaaagaatcaaaatcatcaatcataattttgtagaa |
295 |
Q |
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| T |
5538152 |
tcttgacaaaattatcatcaccaagtaagaatcctactagtattcttattgtcatttttattattaaagaatcaaaatcatcaatcatatttttgtagaa |
5538053 |
T |
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| Q |
296 |
aacgtagcatgtagagtccttaaactttttctctcttacaaacctatgttataattattattatgaccttaaagtagtaattttgaaacgtaaattgaaa |
395 |
Q |
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| T |
5538052 |
aacataacatgtagagtccttaaactttttctctcttacaaacctatgttataattattattatgaccttaaagtagtaattttgaaacgtaaattgaaa |
5537953 |
T |
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| Q |
396 |
acaaaaagatgggattaagaaatcgatgttgctttgttaaattttacaccaattttcatttagatctaaaagttatatttgaatcattatctcagtattt |
495 |
Q |
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| T |
5537952 |
c--aaaagatgggattaagaaatcgatgttgctttgttaaattttacaccaattttcatttagatctaaaagttatatttgaatcattatctcagtattt |
5537855 |
T |
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| Q |
496 |
tgatgaaattctattttaacgggccatatttgtatgagtttaatcatgagcaaaattagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtttat |
595 |
Q |
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| T |
5537854 |
tgatgaaattctattttaacgggccatatttgtatgagtttaatcatgagcaaaactagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtttat |
5537755 |
T |
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| Q |
596 |
ttgaatgattagtcgatcaaaaatttatatggttaaagcaaatataattgaacttttcttaattaacaagacctgatatgacaatag |
682 |
Q |
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| T |
5537754 |
tagaatgattagtcgatcaaaa--ttttatggttaaagcaaatataattgaacttttcttaattaacaagacctgatatgacaatag |
5537670 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 196 - 682
Target Start/End: Original strand, 3508794 - 3509278
Alignment:
| Q |
196 |
tcttaacaaaattatcatcaccaagtaagaatcctactagtattcttattgtcatttttattattaaagaatcaaaatcatcaatcataattttgtagaa |
295 |
Q |
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| T |
3508794 |
tcttaacaaaattatcatcaccaagtaagaatcctactagtattcttattgtcatttttattattaaagaatcaaaatcatcaatcatatttttgtagaa |
3508893 |
T |
|
| Q |
296 |
aacgtagcatgtagagtccttaaactttttctctcttacaaacctatgttataattattattatgaccttaaagtagtaattttgaaacgtaaattgaaa |
395 |
Q |
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| T |
3508894 |
aacataacatgtagagtccttaaactttttctctcttacaaacctatgttataattattattatgaccttaaagtagtaattttgaaacgtaaattgaaa |
3508993 |
T |
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| Q |
396 |
acaaaaagatgggattaagaaatcgatgttgctttgttaaattttacaccaattttcatttagatctaaaagttatatttgaatcattatctcagtattt |
495 |
Q |
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| T |
3508994 |
c--aaaagatgggattaagaaatcgatgttgctttgttaaattttacaccaattttcatttagatctaaaagttatatttgaatcattatctcagtattt |
3509091 |
T |
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| Q |
496 |
tgatgaaattctattttaacgggccatatttgtatgagtttaatcatgagcaaaattagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtttat |
595 |
Q |
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| T |
3509092 |
tgatgaaattctattttaacgggccatatttgtatgagtttaatcatgagcaaaatcagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtttat |
3509191 |
T |
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| Q |
596 |
ttgaatgattagtcgatcaaaaatttatatggttaaagcaaatataattgaacttttct--taattaacaagacctgatatgacaatag |
682 |
Q |
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| T |
3509192 |
tagaatgattagtcgatcaaaa--ttttatggttaaagcaaatataattgaacttttcttataattaacaagacctgatatgacaatag |
3509278 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 502 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 34128456 - 34128335
Alignment:
| Q |
502 |
aattctattttaacgggccatatttgtatgagtttaatcatgagcaaaattagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtttatttgaat |
601 |
Q |
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| T |
34128456 |
aattctatttaaacgggccatatttttatgagtgcaaccatgaataaaattagtccattgttctagttatccttggtgagttaaaatgg-ttattggaat |
34128358 |
T |
|
| Q |
602 |
gattagtcgatcaaaaatttata |
624 |
Q |
| |
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| T |
34128357 |
gactaatcgatcaaaattttata |
34128335 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 502 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 34137077 - 34136991
Alignment:
| Q |
502 |
aattctattttaacgggccatatttgtatgagtttaatcatgagcaaaattagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaat |
588 |
Q |
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| T |
34137077 |
aattctatttaaacgggccatatttttatgagtgcaaccatgaataaaattagtccattgttctagttatccttggtgagttaaaat |
34136991 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0003 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:
Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 196 - 682
Target Start/End: Original strand, 9325 - 9809
Alignment:
| Q |
196 |
tcttaacaaaattatcatcaccaagtaagaatcctactagtattcttattgtcatttttattattaaagaatcaaaatcatcaatcataattttgtagaa |
295 |
Q |
| |
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|
| T |
9325 |
tcttaacaaaattatcattaccaagtaagaatcctactagtattcttattgtcatttttattattaaagaatcaaaatcatcaatcatatttttgtagaa |
9424 |
T |
|
| Q |
296 |
aacgtagcatgtagagtccttaaactttttctctcttacaaacctatgttataattattattatgaccttaaagtagtaattttgaaacgtaaattgaaa |
395 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
9425 |
aatgtagcatgtagagtccttaaactttttctctcttacaaacctatgttataattattattatgaccttaaagtagtaattttaaaacgtaaattgaaa |
9524 |
T |
|
| Q |
396 |
acaaaaagatgggattaagaaatcgatgttgctttgttaaattttacaccaattttcatttagatctaaaagttatatttgaatcattatctcagtattt |
495 |
Q |
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| T |
9525 |
c--aaaagatgggattaagaaatcgatgttgctttgttaaattttacaccaattttcatttagatctaaaagttatatttgaatcattatctcagtattt |
9622 |
T |
|
| Q |
496 |
tgatgaaattctattttaacgggccatatttgtatgagtttaatcatgagcaaaattagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtttat |
595 |
Q |
| |
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|
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| T |
9623 |
tgatgaaattctattttaacgggccatatttgtatgagtttaatcatgagcaaaatcagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtttat |
9722 |
T |
|
| Q |
596 |
ttgaatgattagtcgatcaaaaatttatatggttaaagcaaatataattgaacttttct--taattaacaagacctgatatgacaatag |
682 |
Q |
| |
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| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9723 |
tagaatgattagtcgatcaaaa--ttttatggttaaagcaaatataattgaacttttcttataattaacaagacctgatatgacaatag |
9809 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 196 - 682
Target Start/End: Original strand, 16420613 - 16421097
Alignment:
| Q |
196 |
tcttaacaaaattatcatcaccaagtaagaatcctactagtattcttattgtcatttttattattaaagaatcaaaatcatcaatcataattttgtagaa |
295 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
16420613 |
tcttaacaaaattatcattaccaagtaagaatcctactagtattcttattgtcatttttattattaaagaatcaaaatcatcaatcatatttttgtagaa |
16420712 |
T |
|
| Q |
296 |
aacgtagcatgtagagtccttaaactttttctctcttacaaacctatgttataattattattatgaccttaaagtagtaattttgaaacgtaaattgaaa |
395 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
16420713 |
aatgtagcatgtagagtccttaaactttttctctcttacaaacctatgttataattattattatgaccttaaagtagtaattttaaaacgtaaattgaaa |
16420812 |
T |
|
| Q |
396 |
acaaaaagatgggattaagaaatcgatgttgctttgttaaattttacaccaattttcatttagatctaaaagttatatttgaatcattatctcagtattt |
495 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
16420813 |
c--aaaagatgggattaagaaatcgatgttgctttgttaaattttacaccaattttcatttagatctaaaagttatatttgaatcattatctcagtattt |
16420910 |
T |
|
| Q |
496 |
tgatgaaattctattttaacgggccatatttgtatgagtttaatcatgagcaaaattagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtttat |
595 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
16420911 |
tgatgaaattctattttaacgggccatatttgtatgagtttaatcatgagcaaaatcagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtttat |
16421010 |
T |
|
| Q |
596 |
ttgaatgattagtcgatcaaaaatttatatggttaaagcaaatataattgaacttttct--taattaacaagacctgatatgacaatag |
682 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16421011 |
tagaatgattagtcgatcaaaa--ttttatggttaaagcaaatataattgaacttttcttataattaacaagacctgatatgacaatag |
16421097 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 196 - 644
Target Start/End: Original strand, 28383212 - 28383652
Alignment:
| Q |
196 |
tcttaacaaaattatcatcaccaagtaagaatcctactagtattcttattgtcatttttattattaaagaatcaaaatcatcaatcataattttgtagaa |
295 |
Q |
| |
|
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | || || |||||||||| |
|
|
| T |
28383212 |
tcttaacatagttatcatcaccaagtaagaatcctactaatatttttattgtcctttttattattggagaatcaaaatcacccctcttatttttgtagaa |
28383311 |
T |
|
| Q |
296 |
aacgtagcatgtagagtccttaaactttttctctcttacaaacc--tatgttataattattattatgaccttaaagtagtaattttgaaacgta-aattg |
392 |
Q |
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| T |
28383312 |
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28383408 |
T |
|
| Q |
393 |
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492 |
Q |
| |
|
|| | |||||||||| |||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| | | |||||| ||||| |||| ||||| | | |||| |
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|
| T |
28383409 |
aa--cgaaaagatggggttaaacaatcagtgttgctttgttgaattttattccaattttcatt-acaactaaaa-ttatacttga-tcattctttaagta |
28383503 |
T |
|
| Q |
493 |
ttttgatgaaattctattttaacgggccatatttgtatgagtttaatcatgagcaaaattagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtt |
592 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| |
|
|
| T |
28383504 |
ttttgaagaaattctatttcaactggccatatttttatgagtttaaccatgagcaaaatcagcccc-tgttctagtaatcctggatgagttaaaatggtt |
28383602 |
T |
|
| Q |
593 |
tatttgaatgattagtcgatcaaaaatttatatggttaaagcaaatataatt |
644 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
28383603 |
tattggaatgattagtcgatcaaca--ttgtatggctaaagcaaatataatt |
28383652 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 236 - 644
Target Start/End: Original strand, 28387875 - 28388275
Alignment:
| Q |
236 |
tattcttattgtcatttttattattaaagaatcaaaatcatcaatcataattttgtagaaaacgtagcatgtagagtccttaaactttttctctcttaca |
335 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | | || || |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||| | |
|
|
| T |
28387875 |
tatttttattgtcctttttattattggagaatcaaaattacccctcttatttttctagaaaacgtagcatgtagagtc-ttaaactctttcacttttata |
28387973 |
T |
|
| Q |
336 |
aacc--tatgttataattattattatgaccttaaagtagtaattttgaaacgta-aattgaaaacaaaaagatgggattaagaaatcgatgttgctttgt |
432 |
Q |
| |
|
|| | |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||||| |||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
28387974 |
aatccttatgttct---tattattatgatcttaaagtagtaattttgaaaatttgaattgaa--cgaaaagatggggttaaacaatcagtgttgctttgt |
28388068 |
T |
|
| Q |
433 |
taaattttacaccaattttcatttagatctaaaagttatatttgaatcattatctcagtattttgatgaaattctattttaacgggccatatttgtatga |
532 |
Q |
| |
|
| ||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||| |||| ||||| | | |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |
|
|
| T |
28388069 |
tgaattttattccaattttcatttacaactaaaa-ttatacttga-tcattctttaagtattttgaagaaattctatttcaactggccatatttttatga |
28388166 |
T |
|
| Q |
533 |
gtttaatcatgagcaaaattagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtttatttgaatgattagtcgatcaaaaatttatatggttaaa |
632 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
28388167 |
gtttaaccatgagcaaaattag-cccttgttctagtaatcctggatgagttaaagtagtttattggaatgattagtcgatcaaca--ttttatggctaaa |
28388263 |
T |
|
| Q |
633 |
gcaaatataatt |
644 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
28388264 |
gcaaatataatt |
28388275 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 502 - 612
Target Start/End: Original strand, 2187308 - 2187417
Alignment:
| Q |
502 |
aattctattttaacgggccatatttgtatgagtttaatcatgagcaaaattagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtttatttgaat |
601 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || | ||| |||||||| || || ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||| |
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|
| T |
2187308 |
aattctattttaacgggacatatttttatgagtgcaaccttgaataaaattagtccattattctagttatctttggtgagttaaaatgg-ttattggaat |
2187406 |
T |
|
| Q |
602 |
gattagtcgat |
612 |
Q |
| |
|
||||| ||||| |
|
|
| T |
2187407 |
gattaatcgat |
2187417 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 196 - 244
Target Start/End: Original strand, 28387573 - 28387621
Alignment:
| Q |
196 |
tcttaacaaaattatcatcaccaagtaagaatcctactagtattcttat |
244 |
Q |
| |
|
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||| || |||| |||| |
|
|
| T |
28387573 |
tcttaacatagttatcatcaccaagtaagaatcctattaatatttttat |
28387621 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 547 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 11992693 - 11992624
Alignment:
| Q |
547 |
aaaattagccccttgttctagtaatcttgaatgagttaaaatggtttatttgaatgattag-tcgatcaa |
615 |
Q |
| |
|
|||||||| || |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
11992693 |
aaaattagtccagtgttctagcaatcttgagtgagttagaatggtttattggaatgattagatcgatcaa |
11992624 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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