View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15086_high_1 (Length: 831)

Name: NF15086_high_1
Description: NF15086
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15086_high_1
NF15086_high_1
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (19-825)||(7481632-7482438)
chr4 (36-825)||(7128717-7129506)
chr4 (36-809)||(7527767-7528540)
chr4 (46-809)||(7494050-7494813)
chr4 (46-809)||(7519717-7520480)
chr4 (20-825)||(7721975-7722780)
chr4 (255-818)||(7713922-7714486)
chr4 (424-772)||(7506351-7506699)
chr4 (341-392)||(18035190-18035241)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (290-791)||(16750270-16750769)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (283-363)||(10126928-10127008)
chr3 (283-363)||(10363787-10363867)
chr3 (283-363)||(10663526-10663606)
chr3 (341-392)||(4497228-4497279)
chr3 (341-392)||(4528479-4528530)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 7482438 - 7481632
Alignment:
Q  19 accctctaaattgaggctagaagatgtaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgctccacctttcagc 118  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7482438 accctttaaattgaagatagaagatgtaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgcggtgataattattttacttccttttgctccgcctttcagc 7482339  T
Q  119 agtctcatcaattcaagccaaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggatt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||||| ||  |||    
T  7482338 agtctcatcaattcaagccaaagatcacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttcttccttcaactttttcacggagctccaatt 7482239  T
Q  219 gcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactc 318  Q
    ||| ||  || |||||| ||||||||||||||| | |||||||||  |||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||     
T  7482238 gcactttatccatctcatcattagttttagattctatgatctttgatgcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccactttttcaactg 7482139  T
Q  319 aaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctct 418  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7482138 aaaatgttgttgcacttctttgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataattgaaacattctct 7482039  T
Q  419 ttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctc 518  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7482038 ttcacattgttgccggtgttaaacaacaactctatcaactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctc 7481939  T
Q  519 tttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaatttt 618  Q
     |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| |  | |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7481938 gttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtacgatttgtaaaattaaaaattctctgaccaacattaagagcctcaattctcttactaagttccttaatttt 7481839  T
Q  619 ctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcagg 718  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| | || |||| ||||||||||||| |    
T  7481838 ctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatgatgagaagaagatgtaaaactttttagccttcttgttactggtcatgacttgtcgcctcaag 7481739  T
Q  719 tcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgct 818  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  7481738 tcttcagtgttaaagtcatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagcttttccagccagagttgaacttgatggttgttggttccctgct 7481639  T
Q  819 cctcctc 825  Q
     ||||||    
T  7481638 gctcctc 7481632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 538; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 825
Target Start/End: Original strand, 7128717 - 7129506
Alignment:
Q  36 tagaagatgtaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgctccacctttcagcagtctcatcaattcaag 135  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||| || | ||||||||| |||    
T  7128717 tagaagatgaaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttctgcgccgtctttcaacaatgtcatcaattgaag 7128816  T
Q  136 ccaaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctca 235  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||  ||||||||||  || ||||||    
T  7128817 ccaaagatcacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttcggccatcaactttttcgcggagtttcgattgcattttatccatctca 7128916  T
Q  236 ccattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcactt 335  Q
     ||||| ||||||||| | |||| |||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128917 acattatttttagattctatgatttttgcagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcactt 7129016  T
Q  336 ttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagt 435  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7129017 ctttgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataattgaaacattctctttcacattgttgccggt 7129116  T
Q  436 gttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgt 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  7129117 gttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgt 7129216  T
Q  536 tgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaag 635  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||   |||||||| |  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  7129217 tgctcaggtgcgcgatttgtaaaattaaagactctcttatcaaaattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaag 7129316  T
Q  636 aaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagta 735  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||     
T  7129317 aaaagagaagctggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagccttcttgtgattggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttaaagtc 7129416  T
Q  736 atcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgctcctcctc 825  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  7129417 atcaagcaagtcatcggcatcatcaagagcatccttgagcttttccaaccagagttgaacttgatggttgttggctccctgctgctcctc 7129506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 7528540 - 7527767
Alignment:
Q  36 tagaagatgtaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgctccacctttcagcagtctcatcaattcaag 135  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||| |||||||||||||    
T  7528540 tagaagatgaaccacttgccttggcaaccatctcacttcttgcggtgataattattttacttccttctgcgccgtctttcagcagtatcatcaattcaag 7528441  T
Q  136 ccaaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctca 235  Q
    |||||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||  |||||| ||| || ||||||    
T  7528440 ccaaagattacggttctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgcctttaactttattgcggagttccaattgcacttcttccatctca 7528341  T
Q  236 ccattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcactt 335  Q
     |  |||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  7528340 gctgtagtgttagattttatgatctttgcagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttaaactcaaaatgttcttgcactt 7528241  T
Q  336 ttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagt 435  Q
    |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7528240 tcttgtcattgtatacaaattgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgctagt 7528141  T
Q  436 gttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgt 535  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  7528140 gttaaacaacaactctatcaactctttcttttcctcatctcttccaataacatcttctgcactaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgt 7528041  T
Q  536 tgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaag 635  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||   |||||||| | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  7528040 tgctcaggtgcgcgatttgtaaaattaaagactctcttatcaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaag 7527941  T
Q  636 aaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagta 735  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7527940 aaaagagaagctggttggatgatgagaagaagatgcggacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcgcctcagttcttccgtgttgaagta 7527841  T
Q  736 atcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttgg 809  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7527840 atcgagaaagtcatcggcatcatcaaaagcatctttgagattttccagccatagttgaacttgatggttgttgg 7527767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 7494813 - 7494050
Alignment:
Q  46 accacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgctccacctttcagcagtctcatcaattcaagccaaagatca 145  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  7494813 accacttgccttggcaaccatctcacttcttgcggtgataattattttacttccttctgcgccatctttcagcagtgtcatcaattcaagccaaagatta 7494714  T
Q  146 tgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttt 245  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||  |||||| ||| ||||||||| |  |||| |    
T  7494713 cgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgcctttaactttatcgcggagttccaattgcacttcttctatctcagctgtagtgt 7494614  T
Q  246 tagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcatt 345  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||    
T  7494613 tagattttatgatctttgcagcaataacttttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttaaactcaaaatgttgtttcactttcttgtcatt 7494514  T
Q  346 gtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaac 445  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7494513 gtatacaaattgagcaagcgcagtcttccccagtcctccgattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccggtgttaaacaac 7494414  T
Q  446 aactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggag 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |    
T  7494413 aactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtg 7494314  T
Q  546 tgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaag 645  Q
      |||||||||||||||||   |||||||  | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  7494313 cacgatttgtaaaattaaagactctcttagcaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaag 7494214  T
Q  646 ttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaag 745  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| | || ||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  7494213 ctggttggatgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacctgtcgcctcaagtcttccgtgttaaagtcatcgagcaag 7494114  T
Q  746 tcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttgg 809  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  7494113 tcatcggcatcatcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggttgttgg 7494050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 7520480 - 7519717
Alignment:
Q  46 accacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgctccacctttcagcagtctcatcaattcaagccaaagatca 145  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  7520480 accacttgccttggcaaccatctcacttcttgcggtgataattattttacttccttctgcgccatctttcagcagtgtcatcaattcaagccaaagatta 7520381  T
Q  146 tgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttt 245  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||||||||  |||| | ||  || |||||| |||||||||    
T  7520380 cgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttcttccttcaactttttcacggagttccaattgaactttatccatctcaacattagttt 7520281  T
Q  246 tagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcatt 345  Q
     ||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  7520280 gagattctgtgatctttgcagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttaaactcaaaatgttcttgcactttcttgtcatt 7520181  T
Q  346 gtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaac 445  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  7520180 gtatacaaattgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctgtcacattgttgctagtgttaaacaac 7520081  T
Q  446 aactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggag 545  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7520080 aactctatcaactctttcttctcctcctctcttccaataacttcttctgcacgaataaaggagtgagtttctcgttgtttcaaaactcgttgctcaggag 7519981  T
Q  546 tgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaag 645  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||  | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||    
T  7519980 tgcgatttgtaaagttaaaacttcttttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattatctgaaccattttgtaagaaaagagaag 7519881  T
Q  646 ttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaag 745  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |  | |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  7519880 ctggttggatgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttacaggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcaagcaag 7519781  T
Q  746 tcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttgg 809  Q
    | |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  7519780 ttatcggcatcatcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggttgttgg 7519717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 825
Target Start/End: Original strand, 7721975 - 7722780
Alignment:
Q  20 ccctctaaattgaggctagaagatgtaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgtggtgataattattttacttccttttgctccacctttcagca 119  Q
    |||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |  ||  |||||||||    
T  7721975 ccctttaaattgaagatagaagatggaccacttgccttggcaaccttctcacttcttgcggtgataattattttacttccttccgtgccgtctttcagca 7722074  T
Q  120 gtctcatcaattcaagccaaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattg 219  Q
    || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||||||   |||||    
T  7722075 gtgtcatcaattgaagccaaagatcacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttatcccttcaactttttcacggagtatagattg 7722174  T
Q  220 catttcctctatctcaccattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactca 319  Q
    || ||  || |||||| || |||||||||||| | ||||||||| ||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7722175 cactttatcgatctcaacactagttttagattctatgatctttgaagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttcaactca 7722274  T
Q  320 aaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctt 419  Q
    |||||||||||||||| | ||||   |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7722275 aaatgttgttgcacttctttgtcgccgtatacaagttgagcaagcgcagtctttccgagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctt 7722374  T
Q  420 tcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctct 519  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||    
T  7722375 tcaaattgttgccggtgttaaacaacaactctatcagctctttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctct 7722474  T
Q  520 ttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttc 619  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7722475 ttgtctcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttatcaatattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttc 7722574  T
Q  620 tgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggt 719  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||| ||    
T  7722575 tgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcaaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagt 7722674  T
Q  720 cttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgctc 819  Q
    |||| ||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||     
T  7722675 cttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgttggttccctgctg 7722774  T
Q  820 ctcctc 825  Q
    ||||||    
T  7722775 ctcctc 7722780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 255 - 818
Target Start/End: Original strand, 7713922 - 7714486
Alignment:
Q  255 tgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaag 354  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||   |||| |||    
T  7713922 tgatctttgcagcaatatcttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgtttcacttctttgtcaccatataaaag 7714021  T
Q  355 ttgagcaagtgca-gtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctat 453  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  7714022 ttgagcaagtgcacgtctttccaagtcctccgattccaattatagaaataactgaaacattctccttcacatcgttgccggtgttaaacaacaactctat 7714121  T
Q  454 caactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgattt 553  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714122 caactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgattt 7714221  T
Q  554 gtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttgg 653  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7714222 gtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttgaaagaaaagagaagttggttgg 7714321  T
Q  654 atgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggc 753  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  7714322 atgatgagaagaagatgcaaacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcacctcaggtcttccgtgttgaagtaattgagaaagtcatcggc 7714421  T
Q  754 atcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgct 818  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7714422 atcataaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctccctgct 7714486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 424 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 7506699 - 7506351
Alignment:
Q  424 attgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgt 523  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  7506699 attgttgccggtgttaaacaacaactctatcaactctttcttctcctcatctcttccaataacttattcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgt 7506600  T
Q  524 ttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaa 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  7506599 ttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaa 7506500  T
Q  624 ccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttc 723  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||    
T  7506499 ccattttgtaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttc 7506400  T
Q  724 cgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttg 772  Q
     |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7506399 ggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagcatcatcaagagcatctttg 7506351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 341 - 392
Target Start/End: Original strand, 18035190 - 18035241
Alignment:
Q  341 tcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaa 392  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  18035190 tcattgtagacaagttgagcaagtgcagtcttacctaatcctccaatgccaa 18035241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 3e-69; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 290 - 791
Target Start/End: Original strand, 16750270 - 16750769
Alignment:
Q  290 tcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattc 389  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  |  | |||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  16750270 tcagcaacacacacccactttttcaattcaaaatgttgttgaacggtcttatcat-gtacacaagttgagcaa-tgcggtctttccaagtcctccaattc 16750367  T
Q  390 caattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttc 489  Q
    |||| || |||||||||||||||||  |||| |||| | || ||||||| ||||| |||| |||||| |  ||||| || || |||||||| || ||||     
T  16750368 caatgatggaaataactgaaacatttcctttgacatcgatgtcagtgttcaacaataactttatcaaatccttcttttcgtcgtctcttcctatgacttt 16750467  T
Q  490 ttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcc 589  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||| |||| ||  ||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||| || || ||| | | |||||  ||    
T  16750468 ttcctcacgaatgaaggaatgagttactctctgcctcataactcgtttctcaggagtgtgattagtaaaattgaaaattttcctatcaacgttaagaccc 16750567  T
Q  590 tcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttct 689  Q
    ||||||| ||| || |||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16750568 tcaattcgcttcctaagtttcttaattttctgagccatgttaaacgaaaagagaagctggttggaagaggataagaagatgcgaacctttttagccttct 16750667  T
Q  690 tgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatag 789  Q
    |||  ||  |||  ||||| |||  || |||||| ||    |  | ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||    
T  16750668 tgtcttttgtcagtacttgacgctacaagtcttcagtaaaaacatcatcaagcaagtcatcagcatcatcaagagtatctttgagcttctccacccatag 16750767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 283 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 10127008 - 10126928
Alignment:
Q  283 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 363  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10127008 aaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10126928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 283 - 363
Target Start/End: Original strand, 10363787 - 10363867
Alignment:
Q  283 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 363  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10363787 aaaatcctcagagacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10363867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 283 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 10663606 - 10663526
Alignment:
Q  283 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 363  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10663606 aaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10663526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 341 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 4497279 - 4497228
Alignment:
Q  341 tcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaa 392  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  4497279 tcattgtagacaagttgagcaagtgcagtcttacctaatcctccaatgccaa 4497228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 341 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 4528530 - 4528479
Alignment:
Q  341 tcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaa 392  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  4528530 tcattgtagacaagttgagcaagtgcagtcttacctaatcctccaatcccaa 4528479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University