View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1509-Insertion-1 (Length: 777)

Name: NF1509-Insertion-1
Description: NF1509
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1509-Insertion-1
NF1509-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-777)||(52763418-52764184)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 592; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 52764184 - 52763418
Alignment:
Q  8 atacggatgatggattgttgtgcacttggtgggtcagtttctgaagaatccaaacagaaccaacaagtcaaattcagccaaacgttcttgtgcatgtaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52764184 atacggatgatggattgttgtgcacttggtgggtcagtttctgaagaatccaaacagaaccaacaagtcaaattcagccaaacgttcttgtgcatgtaga 52764085  T
Q  108 ctgacacagaaatgcagtaaattaaattgcggggaagtgatattagaaacttcaaacagcaatttaattgaggctggaaataggatgaaccgagttaggt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52764084 ctgacacagaaatgcagtaaattaaattgcggggaagtgatattagaaacttcaaacagcaatttaattgaggctggaaataggatgaaccgagttaggt 52763985  T
Q  208 tttgcaagttggtttgctgatattgccacaaccactagaatcacataaaattttctgttgattgtccaaattgaacaaagtgatcagaaacactaaatag 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||    
T  52763984 tttgcaagttggtttgctgatattgccacaaccactagaatcacataaaattttatgttgattgtccaaattgaacaaagtggtctgaaacacaaaatag 52763885  T
Q  308 attatgtgatgata-taccaagccaatgaaaatatgatttgccaatattgccacaaccactaacacaaagttttgaattctggtaaatgatgcctcgtat 406  Q
    |    || |  |   || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52763884 a----gtcaaaacggtaacaa-ctaatgaaaatatgatttgccaatattgccacaaccactaacacaaagttttgaattctggtaaatgatgcctcgtat 52763790  T
Q  407 gaaaagattatccttggttaggaatccgattgtgaagaatacacgaaataaaaacacaaacattcaaaggaactttctcatgtcaaattaaatacgctaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52763789 gaaaagattatccttggttaggaatccgattgtgaagaatacacgaaataaaaacacaaacattcaaaggaactttctcatgtcaaattaaatacgctaa 52763690  T
Q  507 taacgaaggagattg-gaccccttattaatgaaaaattgacaggcactttgaattgtataacttgctataggatctagttgtcatcgtcaatggtcttca 605  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52763689 taaggaaggagattgtgaccccttattaatgaaaaattgacaggcactttgaattgtataacttgctataggatctagttgtcatcgtcaatggtcttca 52763590  T
Q  606 atatcaacatgcaaagtaacagcctccaccgccacttttatgccttcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaagaaaacatctccgccgccaaa 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                         |||| |||||||||||||||| |||    
T  52763589 atatcaacatgcaaagtaacagcctccaccgccacttttatgccttcataaccccacccccacccccacccaccctaaataaaacatctccgccgctaaa 52763490  T
Q  706 atccaacgattttcagccaactcaaacaactgcttaaacctatctctaagaggaatactaactaataaagga 777  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  52763489 atccaacgattttcagccaattcaaacaactgcttaaacctatctctaagaggaatactacctaataaagga 52763418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University