View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1509_low_5 (Length: 513)

Name: NF1509_low_5
Description: NF1509
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1509_low_5
NF1509_low_5
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-503)||(14283211-14283713)
chr2 (1-503)||(14304969-14305471)
chr2 (1-503)||(14321360-14321862)
chr2 (4-63)||(14270875-14270934)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-500)||(25886045-25886532)
chr8 (30-501)||(44349888-44350359)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 14283713 - 14283211
Alignment:
Q  1 ctgctcttgattccttgtttttgctctttctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||| ||||| ||||||    
T  14283713 ctgctcttgattccttgtttttgctctccctcttagctttttcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagttccaactctacctccttaatcac 14283614  T
Q  101 aaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataacttacactgtt 200  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14283613 aaaaccacttctgcaaaagaacgattctgactatagaatcaccttttggttcaaactagcctttttgttaactacccttttggctataagttacactgtt 14283514  T
Q  201 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283513 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatag 14283414  T
Q  301 tgattctaatggtacatgagataaagttgaaagcttccacacaccctttaccacttagaatttattgggcagcaaacattgtgattgcttctttgttcac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14283413 tgattctaatggtacatgagataaagttgaaagcttccacacaccctttaccacttagaatttattgggcagcaaactttgtgattgcttctttgttcac 14283314  T
Q  401 tgcttcagctattgttcgaatgataaccgttggtgaaacaaagttggagcttaatttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatct 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14283313 tgcttcagctattgttcgaatgataaccgttggtgaaacaaagttggagcttaatttgagaatagatgacatattctctttggttaatcttccattatct 14283214  T
Q  501 gtg 503  Q
    |||    
T  14283213 gtg 14283211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 14305471 - 14304969
Alignment:
Q  1 ctgctcttgattccttgtttttgctctttctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305471 ctgctcttgattccttgtttttgctctccctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcac 14305372  T
Q  101 aaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataacttacactgtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14305371 aaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgtt 14305272  T
Q  201 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14305271 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagttatag 14305172  T
Q  301 tgattctaatggtacatgagataaagttgaaagcttccacacaccctttaccacttagaatttattgggcagcaaacattgtgattgcttctttgttcac 400  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||  |    
T  14305171 tgattctaatgttacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgc 14305072  T
Q  401 tgcttcagctattgttcgaatgataaccgttggtgaaacaaagttggagcttaatttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatct 500  Q
    || ||| |||||||||||| ||||||| ||  |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305071 tgtttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaagaaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatct 14304972  T
Q  501 gtg 503  Q
    |||    
T  14304971 gtg 14304969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 14321862 - 14321360
Alignment:
Q  1 ctgctcttgattccttgtttttgctctttctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14321862 ctgctcttgattccttgtttttgctctttctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcac 14321763  T
Q  101 aaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataacttacactgtt 200  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14321762 aaaaccacttctgcaggacaaagattctgactatagaatcaccttttggttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgtt 14321663  T
Q  201 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14321662 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataaactttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtgatag 14321563  T
Q  301 tgattctaatggtacatgagataaagttgaaagcttccacacaccctttaccacttagaatttattgggcagcaaacattgtgattgcttctttgttcac 400  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||  ||||||| |||| |||||  |||||||  |    
T  14321562 tgatactaatggtacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtaattgcaactttgtttgc 14321463  T
Q  401 tgcttcagctattgttcgaatgataaccgttggtgaaacaaagttggagcttaatttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatct 500  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14321462 tgcttcagctattgttcgattgataactgtcggtgaagaaaagttggagcttagtttgaaaatagatgatatattctcattggttaatcttccattatct 14321363  T
Q  501 gtg 503  Q
    |||    
T  14321362 gtg 14321360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 4 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 14270934 - 14270875
Alignment:
Q  4 ctcttgattccttgtttttgctctttctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaa 63  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14270934 ctcttgattccttgtttttgctctccctcttagcttttgcagctcacaaactctattcaa 14270875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 25886532 - 25886045
Alignment:
Q  1 ctgctcttgattccttgtttttgctctttctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||            |||||||||| ||||||||||||    
T  25886532 ctgctcttgattccttgtttttgctctccctcttagcttctgcagttcacaaactctattcaaga------------gcaaacactacctcctcaatcac 25886445  T
Q  101 aaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataacttacactgtt 200  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||  ||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25886444 aaagccacttctgaaagagaaagattctgactatagagtcactctttggttcaagctaaccttgttggtaactacccttttggctataacttacactgtt 25886345  T
Q  201 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||| || || |    
T  25886344 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcaccttttcggttgtttcaagcagtagtcaacattgtgattg 25886245  T
Q  301 tgattctaatggtacatgagataaagttgaaagcttccacacaccctttaccacttagaatttattgggcagcaaacattgtgattgcttctttgttcac 400  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  |    
T  25886244 tgattctaatgttacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgcttctttgtttgc 25886145  T
Q  401 tgcttcagctattgttcgaatgataaccgttggtgaaacaaagttggagcttaatttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatct 500  Q
    |  ||||||| || | |||||  |||  |   ||||    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25886144 tatttcagctgttttccgaattgtaaatgccagtgaggagaagttggaacttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatct 25886045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 30 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 44350359 - 44349888
Alignment:
Q  30 ctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctg 129  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||   | |||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||     
T  44350359 ctcttagcttttgcagctcacaaactctattcaagaatcaactcaaattccaacaataactcttcaatcacaaaaccacttctgaaagagaaagactcta 44350260  T
Q  130 actataaaatcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataacttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaa 229  Q
    |||||| | ||||  ||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44350259 actatagagtcactctttggttcaaactacccttgttggtaactaccattttggctataacttaaactgttctaggaatattggcttttactcaaaccaa 44350160  T
Q  230 taacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatggtacatgagataaagttg 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||  ||||||     
T  44350159 taacctttcttcatggaaacaaatagaagcaccttttcggttgtttcaagctgtagtcaacatagtaatagtgattctaatgttacacgaggaaaagttc 44350060  T
Q  330 aaagcttccacacaccctttaccacttagaatttattgggcagcaaacattgtgattgcttctttgttcactgcttcagctattgttcgaatgataaccg 429  Q
    ||| |||||| |||||||||| | || ||||| ||||||  || |||| |||||||||||||||||||  ||  ||||||| || | |||||  |||       
T  44350059 aaatcttccaaacaccctttatccctaagaatctattggatagtaaactttgtgattgcttctttgtttgctatttcagctgttttccgaattgtaaata 44349960  T
Q  430 ttggtgaaacaaagttggagcttaatttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatctg 501  Q
       ||||   |||  |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44349959 ccagtgaggaaaaaatggaacttagtttgagaatagatgatatattctcattggttaatcttccattatctg 44349888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3210 times since January 2019
Visitors: 1268