View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15105_low_4 (Length: 541)

Name: NF15105_low_4
Description: NF15105
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15105_low_4
NF15105_low_4
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (18-528)||(30719612-30720137)
chr4 (18-528)||(30881222-30881747)
chr4 (18-528)||(30892305-30892830)
chr4 (18-434)||(44731048-44731464)
chr4 (18-437)||(16867435-16867854)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-437)||(8898943-8899362)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-437)||(31727101-31727520)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 528
Target Start/End: Original strand, 30719612 - 30720137
Alignment:
Q  18 caactcagttccacatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaattggttgatttgccaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30719612 caactcagttccacatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaattggttgatttgccaca 30719711  T
Q  118 gctttctgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  30719712 gctttctgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatagtaactgcatggatggatgctttgtttgcactgcaagttccgtcaa 30719811  T
Q  218 caccttgataaggatattgagcttcagtgttgagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctac 317  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30719812 caccttgataggggtattgagcttcagtgttgagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctac 30719911  T
Q  318 accttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgccgcaacagcagaaaat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30719912 accttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatggattccttcggttgccgcaacagcagaaaat 30720011  T
Q  418 gcccaacaacatcctacaaa-------------------cagagttcaatgacaattcaatatttgatcacatgcatagtatgtaattgaatgcattaca 498  Q
    ||||||||||||||||||||                    |||||| |||||||||||||||||||||||    |||||| |||||||||||||||||||    
T  30720012 gcccaacaacatcctacaaaaaggtaaattaaaattaactagagtttaatgacaattcaatatttgatca----catagtttgtaattgaatgcattaca 30720107  T
Q  499 tgttagatagacacttaccacattgacctt 528  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  30720108 taatagatagacacttaccacattgacctt 30720137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 30881747 - 30881222
Alignment:
Q  18 caactcagttccacatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaattggttgatttgccaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881747 caactcagttccacatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaattggttgatttgccaca 30881648  T
Q  118 gctttctgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  30881647 gctttctgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatagtaactgcatggatggatgctttgtttgcactgcaagttccgtcaa 30881548  T
Q  218 caccttgataaggatattgagcttcagtgttgagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctac 317  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881547 caccttgataggggtattgagcttcagtgttgagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctac 30881448  T
Q  318 accttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgccgcaacagcagaaaat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30881447 accttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatggattccttcggttgccgcaacagcagaaaat 30881348  T
Q  418 gcccaacaacatcctacaaa-------------------cagagttcaatgacaattcaatatttgatcacatgcatagtatgtaattgaatgcattaca 498  Q
    ||||||||||||||||||||                    ||| || |||||||||||||||||||||||    |||||| |||||||||||||||||||    
T  30881347 gcccaacaacatcctacaaaaaggtaaattaaaattaactagaatttaatgacaattcaatatttgatca----catagtttgtaattgaatgcattaca 30881252  T
Q  499 tgttagatagacacttaccacattgacctt 528  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  30881251 taatagatagacacttaccacattgacctt 30881222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 18 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 30892830 - 30892305
Alignment:
Q  18 caactcagttccacatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaattggttgatttgccaca 117  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || || || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||     
T  30892830 caactgagtaccacatgaaccagtgaagacaccacttttgtaaaattggaaatcggagccactcgcatcaatggctacggaaattggttgattagccact 30892731  T
Q  118 gctttctgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaa 217  Q
    ||||| |||||||| | ||||||||| || |||||||||||||| || | ||| ||| | ||| || | || | || |||||||||||||||||| ||||    
T  30892730 gctttttgcagtgcattctcattgtttgccgggacatcttcatatccagcaatagtagcagcaggggttgaagtttcatttgcactgcaagttccgtcaa 30892631  T
Q  218 caccttgataaggatattgagcttcagtgttgagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctac 317  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30892630 caccttgataggggtattgagcttcagtgtggagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctac 30892531  T
Q  318 accttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgccgcaacagcagaaaat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30892530 accttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatggattccttcggttgccgcaacagcagaaaat 30892431  T
Q  418 gcccaacaacatcctacaaa-------------------cagagttcaatgacaattcaatatttgatcacatgcatagtatgtaattgaatgcattaca 498  Q
    ||||||||||||||||||||                    |||||| |||||||||||||||||||||||    |||||| |||||||||||||||||||    
T  30892430 gcccaacaacatcctacaaaaaggtaaattaaaattaactagagtttaatgacaattcaatatttgatca----catagtttgtaattgaatgcattaca 30892335  T
Q  499 tgttagatagacacttaccacattgacctt 528  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  30892334 taatagatagacacttaccacattgacctt 30892305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 18 - 434
Target Start/End: Original strand, 44731048 - 44731464
Alignment:
Q  18 caactcagttccacatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaattggttgatttgccaca 117  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||    
T  44731048 caactcggttccacatgaaccactaaagacaccgcttttgtaaaattgaaagtcagatccactagcatcaatggcaacagaaataggttgatttgcgaca 44731147  T
Q  118 gctttctgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaa 217  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||| |||| ||||| ||||    
T  44731148 gctttttgcaatgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtagctgcatgaatggacgctttgtttgcattgcatgttccgtcaa 44731247  T
Q  218 caccttgataaggatattgagcttcagtgttgagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctac 317  Q
    ||||||||||||| |||   ||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  44731248 caccttgataagggtatgcggcttcagtactaagtccgtgattttgaatgatgaatttgaaagcatcgtccataagaccaccctcacaaccttggtccac 44731347  T
Q  318 accttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgccgcaacagcagaaaat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  44731348 accttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaactttccagtactcaacttagtaattccttcggttgctgcaacagctgaaaat 44731447  T
Q  418 gcccaacaacatcctac 434  Q
    |||||||||||||||||    
T  44731448 gcccaacaacatcctac 44731464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 18 - 437
Target Start/End: Original strand, 16867435 - 16867854
Alignment:
Q  18 caactcagttccacatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaattggttgatttgccaca 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||     
T  16867435 caactcagttccgcatgaaccagtaaagacgccacttttgtagaattgaaagtcggaaccactagcatcaatggctacggaaatcggttgattagccact 16867534  T
Q  118 gctttctgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaa 217  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||  |||| || || ||||    
T  16867535 gctttttgtagtgcctgctcattgttggtcgggacatcttcatacccagtaatggtaactgcattgatggatcctttgtttgcgttgcatgtcccgtcaa 16867634  T
Q  218 caccttgataaggatattgagcttcagtgttgagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctac 317  Q
    ||||||||||||| || |  ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16867635 caccttgataagggtagttggcttcggtatttagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcgtccataagaccaccctcacaaccttggtccac 16867734  T
Q  318 accttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgccgcaacagcagaaaat 417  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  16867735 acctttcgtgtcacagtcaacgagttcttgttctgataaagagatcaactttccagtactcaacttatgaattccttcggttgctgcaacagcagaaaac 16867834  T
Q  418 gcccaacaacatcctacaaa 437  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  16867835 gcccaacaacatcctacaaa 16867854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 18 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 8899362 - 8898943
Alignment:
Q  18 caactcagttccacatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaattggttgatttgccaca 117  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||     
T  8899362 caactcagttccgcatgaaccggtaaatacaccacttttgtaaaattgaaagtcagagccactagcatcaattgctacagaaattggttgatttgccact 8899263  T
Q  118 gctttctgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaa 217  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||| || |||||||||||||||||| | || ||||||||||    
T  8899262 gctttttgcagtgcttgctcattgttggcaggaacatcttcatacccggtaatagtagttgcttgaatggatgctttatttgcattacatgttccatcaa 8899163  T
Q  218 caccttgataaggatattgagcttcagtgttgagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctac 317  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8899162 caccctgataggggtattgagcttcagtgttgagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctac 8899063  T
Q  318 accttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgccgcaacagcagaaaat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  8899062 accttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttctgataaagagaccaactttccagtactcaacttatgaattccttcggttgctgcaacagcagaaaac 8898963  T
Q  418 gcccaacaacatcctacaaa 437  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  8898962 gcccaacaacatcctacaaa 8898943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 31727520 - 31727101
Alignment:
Q  18 caactcagttccacatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaattggttgatttgccaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| || || ||||  |||||||| || ||     
T  31727520 caactcagttccacatgaaccagtaaatacaccacttttgtaaaattggaagtcagagccactagcatcaatggccaccgaaaccggttgattagctacg 31727421  T
Q  118 gctttctgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtaactgcatggatggatgctttatttgcactgcaagttccatcaa 217  Q
    ||||| |||| |||||||||||  ||  | |||||||  || ||||||| ||||||  | |||  | ||  | ||| | ||  | |||| ||||||||||    
T  31727420 gctttttgcaatgcctgctcatcatttacggggacattctcgtacccggaaatggttgcagcagagctgcctacttcagttttattgcatgttccatcaa 31727321  T
Q  218 caccttgataaggatattgagcttcagtgttgagtccatgattttgaatgatgaatttgaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtctac 317  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31727320 caccttgataagggtattcagcttcagtgctaagtccattattttggatgatgaattcaaaagcatcatccataagaccaccctcacaaccttggtcttc 31727221  T
Q  318 accttttgtgtcacaatcaacaagttcttgttccgataaagagaccaacttcccagtactcaacttatgaattccttcggttgccgcaacagcagaaaat 417  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||     
T  31727220 accatttgtgtcacaatcaacaagttcttgttctgataaagagaccaaatttcctgtggtcaacttatgaattccttcggttgatgcaaccgcagaaaac 31727121  T
Q  418 gcccaacaacatcctacaaa 437  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  31727120 gcccaacaacatcctacaaa 31727101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University