View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1510_low_11 (Length: 418)

Name: NF1510_low_11
Description: NF1510
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1510_low_11
NF1510_low_11
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (21-403)||(21667025-21667407)
chr7 (55-403)||(21658169-21658517)
chr7 (39-378)||(21698175-21698511)
chr7 (21-403)||(21765636-21766015)
chr7 (21-403)||(21773593-21773971)
chr7 (19-403)||(21630486-21630861)
chr7 (27-403)||(21706010-21706385)
chr7 (233-403)||(15715340-15715509)
chr7 (248-403)||(21787121-21787276)
chr7 (253-403)||(21789879-21790029)
chr7 (298-403)||(21793517-21793622)
chr7 (86-394)||(21803314-21803613)
chr7 (248-396)||(21994960-21995108)
chr7 (221-394)||(21746367-21746533)
chr7 (21-152)||(15715511-15715643)
chr7 (237-347)||(21648296-21648405)
chr7 (241-347)||(21728184-21728289)
chr7 (228-347)||(21653623-21653742)
chr7 (237-347)||(21683411-21683520)
chr7 (86-155)||(21746594-21746663)
chr7 (21-110)||(21793775-21793869)
chr7 (86-155)||(21787432-21787498)
chr7 (237-345)||(21717486-21717593)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (21-394)||(26989-27361)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 21667407 - 21667025
Alignment:
Q  21 ctaaataaaatcaacacaatcgcatcaatatagtacacatagatcatcaatgagaatattaatttattcatgtttcaattcaaacacacaatacaggaaa 120  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21667407 ctaaataaaatcaacataatcgcaccaatatagtacacatagatcatcaatgagaatattaatttattcatgtttcaattcaaacacacaatacaggaaa 21667308  T
Q  121 aaaggcactctttatttttgaaatactcatagtcatgatgatgtacaagcaaacttaacccaaaatttattcattaagaaaaactcaacctattaaaaat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21667307 aaaggcactctttatttttgaaatactcatagtcatgatgatgtacaagcaaacttaacccaaaatttattcattaagaaaaactcaaccgattaaaaat 21667208  T
Q  221 ccatagagaagtgatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaag 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21667207 ccatagagaagtgatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccgggtgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaag 21667108  T
Q  321 taagaacaagggcgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccctgtgctatc 403  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21667107 taagaacaatggcgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccctgtgctatc 21667025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 55 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 21658517 - 21658169
Alignment:
Q  55 acacatagatcatcaatgagaatattaatttattcatgtttcaattcaaacacacaatacaggaaaaaaggcactctttatttttgaaatac----tcat 150  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||   |||| |||| ||||||||||||||||||    ||||    
T  21658517 acacgtagatcatcaatgagaatattaatttattcatgttacaattcaaacacacaacacaaagaaaatggcaatctttatttttgaaatacgtactcat 21658418  T
Q  151 agtcatgatgatgtacaagcaaacttaacccaaaatttattcattaagaaaaactcaacctattaaaaatccatagagaagtgatgagtgccataacgaa 250  Q
    ||||| || |   || | | |||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  21658417 agtcaagacg---tagacgaaaacataacctaaaatttattcaataa-aaaaactcaacctattaaaaatccacagagaagtgatgtgttccataacgaa 21658322  T
Q  251 aacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaagggcgataaacgcagcaagga 350  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||    
T  21658321 aacaacattgtcataacgaatcacatttatttgctagccggttgaattgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaagggcgataaccgcagcagtga 21658222  T
Q  351 atgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccctgtgctatc 403  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  21658221 atgcaataatggcccaaggactgctgaagtaagtatgaaaaccctgcgctatc 21658169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 39 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 21698511 - 21698175
Alignment:
Q  39 atcgcatcaatatagta-cacatagatcatcaatgagaatattaatttattcatgtttcaattcaaacacacaatacaggaaaaaaggcactctttattt 137  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  21698511 atcgcaacaatatagtaacacatagatcatcaatgagaatattaatttattcatgtttcaattcaa-cacacaacacag--aaaaaggcactctttattt 21698415  T
Q  138 ttgaaatactcatagtcatgatgatgtacaagcaaacttaacccaaaatttattcattaagaaaaactcaacctattaaaaatccatagagaagtgatga 237  Q
    ||||  ||||||||||||||| || |||||  ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||    ||||||    
T  21698414 ttgag-tactcatagtcatgacgacgtacacacaaacttaacctaaaatttattcattaa-aaaaactcaacctattaaaattccagagaagtatgatga 21698317  T
Q  238 gtgccataacg-aaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaagggcgat 336  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||  ||  | |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21698316 gtgccataacggaaaacaacattgtcatagggaatctcctttatttgcaagccgggtgaatcgtaaacaatgtctgaatgagagtaagaacaagggcgat 21698217  T
Q  337 aaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaa 378  Q
    | ||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  21698216 agacgcagcactgaatgcaataatggtccaaggactgctgaa 21698175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 21 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 21766015 - 21765636
Alignment:
Q  21 ctaaataaaatcaacacaatcgcatcaatatagta-cacatagatcatcaatgagaatattaatttattcatgtttcaattcaaacacacaatacaggaa 119  Q
    |||||||| || |||| ||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||   |    
T  21766015 ctaaataagataaacataatcgcaccaatagagtaacacgtagatcatcaatgagaatattaatttattcttgttttaattcaaacacacaacacaaaga 21765916  T
Q  120 aaaaggcactctttatttttgaaatac----tcatagtcatgatgatgtacaagcaaacttaacccaaaatttattcattaagaaaaactcaacctatta 215  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||    ||||||||| || |  |   | | |||||||||| |||||||||| |||||   ||| |||||||||||    
T  21765915 gaaaggcactctttatctttgaaatacatactcatagtcaagacgtcg---atgaaaacttaacctaaaatttatttattaa---aaattcaacctatta 21765822  T
Q  216 aaaatccatagagaagtgatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaat 315  Q
    | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  21765821 agaatcca--gagaagtgatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgaaccaccattatttgctagccgggtgaaccgtaaaccatgtctgaat 21765724  T
Q  316 gaaagtaagaacaagggcgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccctgtgctatc 403  Q
    |||||||||| |||||||  |||| ||||||||||| ||| ||| || ||||||| || ||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  21765723 gaaagtaagagcaagggcagtaaatgcagcaaggaaggcaataacggtccaaggattgttgaagtaagtgcgaaaacccagcgctatc 21765636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 21 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 21773971 - 21773593
Alignment:
Q  21 ctaaataaaatcaacacaatcgcatcaatatagta-cacatagatcatcaatgagaatattaatttattcatgtttcaattcaaacacacaatacaggaa 119  Q
    |||||||||||| ||| |||| || |||||||| | ||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |   |    
T  21773971 ctaaataaaatccacataatctcaacaatatagaaacacatagatcatctattagagtattaatttattcatgtttcaattcaaacacctagcagaaata 21773872  T
Q  120 aaaaggcactctttatttttgaaatactcatagtcatgatgatgtacaagcaaacttaacccaaaatttattcattaagaaaaactcaacctattaaaaa 219  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | || |   |||| | ||| || ||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  21773871 taaaagcactctttatttttgaaatactca-agttaagacg---tacacgaaaatttcacagaaaatttattcattaa-aaaaactcaacgtattaaaaa 21773777  T
Q  220 tccatagagaagtgatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaa 319  Q
    |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||  | ||| | || ||||||||||||||||||||||    
T  21773776 tccacagacaagtgatgagtgtcataacgaaaacaacattatcacaacgaaccacctttatttgcttggcgggttaaccgtaaaccatgtctgaatgaaa 21773677  T
Q  320 gtaagaacaagggcgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccctgtgctatc 403  Q
    ||||||||||| ||||| |  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  21773676 gtaagaacaagcgcgatgagagcagcaatgaatgcaataatggcccaaggactgctgaagtaagtgcgaaaaccctgcgctatc 21773593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 21630861 - 21630486
Alignment:
Q  19 aactaaataaaatcaacacaatcgcatcaatatagta-cacatagatcatcaatgagaatattaatttattcatgtttcaattcaaacacacaatacagg 117  Q
    ||||||| |||||||||| |||| || |||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |      
T  21630861 aactaaacaaaatcaacataatctcaacaatatagaaacacgtagatcatcagtgagaatattaatttattcaagtttcaattcaaacacacagtagaaa 21630762  T
Q  118 aaaaaaggcactctttatttttgaaatactcatagtcatgatgatgtacaagcaaacttaacccaaaatttattcattaagaaaaactcaacctattaaa 217  Q
     | ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |  | |   |||| |||||||||||| ||||    |||||||| ||||| |||||      |     
T  21630761 tataaaggcactctttctttttgaaatactcatagctaaaacg---tacacgcaaacttaacctaaaaaaatttcattaa-aaaaattcaac------ac 21630672  T
Q  218 aatccatagagaagtgatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatga 317  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||| || || ||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  21630671 aatccacagagaagtgttgagtgccataatgaaaacaacattgtcataacgaatcacttttatttgctagtcgggtgaattgtaaaccatgtctgaatga 21630572  T
Q  318 aagtaagaacaagggcgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccctgtgctatc 403  Q
    |||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21630571 aagtaagaacaaggacgacaaccgcagcaatgaatgcaataatggcccaaggactgttgaagtaagtgtgaaaaccctgcgctatc 21630486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 27 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 21706385 - 21706010
Alignment:
Q  27 aaaatcaacacaatcgcatcaatatagtacaca-tagatcatcaatgagaatattaatttattcatgttt-caattcaaacacacaatacaggaaaaaag 124  Q
    |||||||| | ||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||  |||   ||||||    
T  21706385 aaaatcaaaataatcgcaccaatagagta-acagtagatcatcaatgagaatattaatttattcatgttttcaattgaaacgctcagcacaaagaaaaag 21706287  T
Q  125 gcactctttatttttgaaatactcatagtcatgatgatgtacaagcaaacttaacccaaaatttattcattaagaaaaactcaacctattaaaaatccat 224  Q
     |||| ||||||| | |  ||||||||||||||  || |||||  ||||||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||     
T  21706286 tcactatttatttattag-tactcatagtcatggcgacgtacacacaaacttaacctaaaatttattcatata-aaaaactcaacctattaaaaatccac 21706189  T
Q  225 agagaagtgatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaag 324  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |  |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  21706188 agagaagtgatgaatgccataacgaaaacaacattgtcataacgaagcacctttatttgttagccgggtgaactgtaaaccatgtctgaatgaaagtaag 21706089  T
Q  325 aacaagggcgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccctgtgctatc 403  Q
    | |||||||  |||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||| || | ||||||||  |||||||| | ||||||    
T  21706088 agcaagggcagtaaaagcagcaaggaaggcaataacggcccaaggattgtttaagtaagtacgaaaacccagcgctatc 21706010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 233 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 15715509 - 15715340
Alignment:
Q  233 gatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaaggg 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||| | ||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15715509 gatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgaaccacctttttt-gctaggcgggttaacagtaaatcatgtctgaatgaaagtaagagcaaggg 15715411  T
Q  333 cgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccctgtgctatc 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15715410 cgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggattgctgaagtaagtgtgaaaaccctgcgctatc 15715340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 248 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 21787276 - 21787121
Alignment:
Q  248 gaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaagggcgataaacgcagcaa 347  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| | || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  21787276 gaaagcaacattgccataacgaaccacctttatttgctagccgggttaaccgtaaaccatgtttgaatgaaagtaagaacaagggcagtaaacgcagcaa 21787177  T
Q  348 ggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccctgtgctatc 403  Q
     ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21787176 tgaatgcaataatggcccaaggattgctgaagtaagtgtgaaaaccctctgctatc 21787121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 253 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 21790029 - 21789879
Alignment:
Q  253 caacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaagggcgataaacgcagcaaggaat 352  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||| | || || ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21790029 caacattgccataacaaaccacctttactagcaagccgggtcaaccgcaaaccatgtttgaatgaaagttagagcaagggcgataaacgcagcaaggaat 21789930  T
Q  353 gcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccctgtgctatc 403  Q
    ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  21789929 gcaataatggcccaaggattactgaagtaagtgtgaaaacccagcgctatc 21789879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 298 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 21793622 - 21793517
Alignment:
Q  298 cgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaagggcgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccctgt 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||     
T  21793622 cgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagagcaagggcgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggattgctgaagtgagtgtgaaaacgctgc 21793523  T
Q  398 gctatc 403  Q
    ||||||    
T  21793522 gctatc 21793517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 86 - 394
Target Start/End: Original strand, 21803314 - 21803613
Alignment:
Q  86 attcatgtttcaattcaaacacacaatacaggaaaaaaggcactctttatttttgaaatactcatagtcatgat----gatgtacaagcaaacttaaccc 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||     || | |||  ||||||||||||    
T  21803314 attcatgtttcaattcaaacacacattacaaagaaaaaggctcactttatttttgaaatactcatagtcaagactcaagaaggacactcaaacttaaccc 21803413  T
Q  182 aaaatttattcattaagaaaaactcaacctattaaaaatccatagagaagtgatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttatt 281  Q
    |||| |||   | ||| | ||| |||||      | |||| ||||||||| || ||||||||||| | |||||   |||||||||  ||||||||||||     
T  21803414 aaaaatta---actaaaagaaa-tcaac------acaatctatagagaagagaagagtgccataaaggaaaca---ttgtcataataagccacctttatg 21803500  T
Q  282 agcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaagggcgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagta 381  Q
     || || ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||    
T  21803501 tgctagtcgggtgaattgtaaacaatgtctgaatgaaagtaagagcgagggcaataaatgcagcaaggaatgcaataatggtccaaggattgttgaagta 21803600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 248 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 21995108 - 21994960
Alignment:
Q  248 gaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaagggcgataaacgcagcaa 347  Q
    |||| |||||||| |||||| | |||||||||||  | |||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  21995108 gaaagcaacattgccataacaaaccacctttatttactagccggttgaactgtaaaccatgtctgaattaaagtaagagcaagggcgataaatgcagcaa 21995009  T
Q  348 ggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccctg 396  Q
     ||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||  ||||||||    
T  21995008 cgaatgcaatgaaggcccaaggattgctgaagtaagtgttcaaaccctg 21994960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 221 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 21746533 - 21746367
Alignment:
Q  221 ccatagagaagtgatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaag 320  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| || |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  21746533 ccatggagaagtgaagagtgccataacgaaaacaacattctcataactaaccacctttatt-gctagccgggtgaattgcaaaccatgtctgaatgaaag 21746435  T
Q  321 taagaacaagggcgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccc 394  Q
          ||||||| ||||| |||| || ||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||  |||||||    
T  21746434 ------caagggcaataaatgcaggaacgaatgcaataacggcccaaggattgttgaagtaagtgcaaaaaccc 21746367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 21 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 15715643 - 15715511
Alignment:
Q  21 ctaaataaaatcaacacaatcgcatcaatatagta-cacatagatcatcaatgagaatattaatttattcatgtttcaattcaaacacacaatacaggaa 119  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||| |||||||  | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||   |    
T  15715643 ctaaacaaaatcaacataattgcaccaatatacaaacacgtagatcatcaacgagaatattaatttattcatgttttaattcaaacacacaacacaaaga 15715544  T
Q  120 aaaaggcactctttatttttgaaatactcatag 152  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15715543 aaaagacactctttattttttaaatagtcatag 15715511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 237 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 21648405 - 21648296
Alignment:
Q  237 agtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaagggcgat 336  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||| ||||| || |||||| ||||| | ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21648405 agtgccataacgaaaacaactttgtcataactaacaaccgttatt-gctagccgggtgaattgcaaacactgtctgaatgaaagtaagagcaagggcgat 21648307  T
Q  337 aaacgcagcaa 347  Q
    ||| |||||||    
T  21648306 aaatgcagcaa 21648296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 241 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 21728289 - 21728184
Alignment:
Q  241 ccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaagggcgataaac 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| || | ||||||| | ||| ||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||     
T  21728289 ccataacgaaaacaacattgtcataactaaccatctttttt-gaaagccgggtaaattgtaaacactgtccgaatgaaagtaagagcaagggcgataaat 21728191  T
Q  341 gcagcaa 347  Q
    |||||||    
T  21728190 gcagcaa 21728184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 228 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 21653742 - 21653623
Alignment:
Q  228 gaagtgatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaac 327  Q
    ||||||| |||| || || | ||||||| ||| ||||||||   |||||||||| |  || ||| | || |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21653742 gaagtgaagagtaccgtagcaaaaacaatattatcataacggagcacctttatttgttaggcgggtaaaccgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagagc 21653643  T
Q  328 aagggcgataaacgcagcaa 347  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  21653642 aagggcgataaccgcagcaa 21653623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 21683520 - 21683411
Alignment:
Q  237 agtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaagggcgat 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| || | | ||||| | ||  ||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  21683520 agtgccataacgaaaacaacattgtcataactaaccatcttt-tttgaatgccgggtaaactgtaaacactgtctgaatgaaagtaagagcaatggcgat 21683422  T
Q  337 aaacgcagcaa 347  Q
    ||| |||||||    
T  21683421 aaatgcagcaa 21683411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 21746663 - 21746594
Alignment:
Q  86 attcatgtttcaattcaaacacacaatacaggaaaaaaggcactctttatttttgaaatactcatagtca 155  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  |||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21746663 attcatgtttcaattcaaacactcatcacaaagaaaaagacactctttatttttgaaatactcatagtca 21746594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 21793869 - 21793775
Alignment:
Q  21 ctaaataaaatcaacacaatcgcatcaatatagta-cacatagatcatcaatgagaatat----taatttattcatgtttcaattcaaacacaca 110  Q
    ||||| |||||||||| |||| || |||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21793869 ctaaacaaaatcaacataatctcaacaatatagaaacacgtagatcatctatgagaatatccattaatttattcatgtttcaattcaaacacaca 21793775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 86 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 21787498 - 21787432
Alignment:
Q  86 attcatgtttcaattcaaacacacaatacaggaaaaaaggcactctttatttttgaaatactcatagtca 155  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||   |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  21787498 attcatgtttcaattcaaacaaacaacacag---aaaaggcactctttatttctgagatactcatagtca 21787432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 21717593 - 21717486
Alignment:
Q  237 agtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaatgaaagtaagaacaagggcgat 336  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||| |||| || | ||||||| | ||  ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  21717593 agtgccataataaaaacaacattgtcataactaaccatctttttt-gaaagccgggtaaactgtaaacactgtctgaatgaaagtaagagcaagggctat 21717495  T
Q  337 aaacgcagc 345  Q
    ||| |||||    
T  21717494 aaatgcagc 21717486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 27361 - 26989
Alignment:
Q  21 ctaaataaaatcaacacaatcgcatcaatatagta-cacatagatcatcaatgagaatattaatttattcatgtttcaattcaaacacacaata-cagga 118  Q
    ||||| |||||||||| |||| || |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | || ||    
T  27361 ctaaacaaaatcaacataatcacaccaatatagtaacatgtagatcatcaatgagaatattaatttattcatgtttcaattgaaacacacagaatcaaga 27262  T
Q  119 aaaaaggcactctttatttttgaaatactcatagtcatgat---gatgtacaagcaaacttaacccaaaatttattcattaagaaaaactcaacctatta 215  Q
    |||| | |||||||||| ||||||||||  ||| |||| ||   || ||  | | |||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  27261 aaaa-gacactctttatctttgaaatac--atactcataatcaagacgtcgatgaaaacttaacctaatatttattcattaa-aaaaattcaacctatta 27166  T
Q  216 aaaatccatagagaagtgatgagtgccataacgaaaacaacattgtcataacgagccacctttattagcaagccggatgaatcgtaaaccatgtctgaat 315  Q
    | |||| |  ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  27165 agaatcga--gagaagtgatgaaagccataacaaaaacaacattgtcataacgaacaacctttatttgctagccgggtgaaccgtaaaccatgtctgaat 27068  T
Q  316 gaaagtaagaacaagggcgataaacgcagcaaggaatgcagtaatggcccaaggactgctgaagtaagtgtgaaaaccc 394  Q
    |||||||||| |||||||  |||| ||| ||||||||||| ||| || ||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  27067 gaaagtaagagcaagggcagtaaatgcaacaaggaatgcaataacggtccaaggattgttgaagtaagtgcgaaaaccc 26989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University