View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1510_low_20 (Length: 357)

Name: NF1510_low_20
Description: NF1510
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1510_low_20
NF1510_low_20
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (8-357)||(13094556-13094905)
chr1 (8-320)||(13130022-13130334)
chr1 (8-357)||(13161678-13162027)
chr1 (106-357)||(13007357-13007608)
chr1 (20-320)||(13101194-13101494)
chr1 (63-357)||(13069917-13070211)
chr1 (120-357)||(13204616-13204853)
chr1 (109-357)||(19278952-19279203)
chr1 (20-320)||(19727347-19727647)
chr1 (106-357)||(13271743-13271997)
chr1 (61-288)||(30367847-30368074)
chr1 (106-221)||(13244302-13244417)
chr1 (250-357)||(12963803-12963910)
chr1 (19-201)||(13214132-13214314)
chr1 (101-332)||(13080641-13080875)
chr1 (106-333)||(13086288-13086518)
chr1 (106-205)||(12963692-12963791)
chr1 (61-314)||(13064952-13065205)
chr1 (251-309)||(13244450-13244508)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (106-203)||(31396459-31396557)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (271-320)||(36668319-36668368)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 8 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 13094905 - 13094556
Alignment:
Q  8 ttttaggcatggtaaaagccctaaagaaagaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagcatcttagagacactgcacttactatgatatttgccgg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13094905 ttttaggcatggtaaaagccctaaagaatgaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcatttactatgatatttgccgg 13094806  T
Q  108 aaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattgg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13094805 aaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcagagataattgg 13094706  T
Q  208 ttaacacaagaggataatcggattactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctc 307  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13094705 ttaacacgagaggattatcggattactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctc 13094606  T
Q  308 ctataccatttgaacacaagtgtgcatttaattccgatacactacctagt 357  Q
    || |||| ||||| || |  |||||| | || || |||| ||||||||||    
T  13094605 ctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatctgatatactacctagt 13094556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 8 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 13130334 - 13130022
Alignment:
Q  8 ttttaggcatggtaaaagccctaaagaaagaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagcatcttagagacactgcacttactatgatatttgccgg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||    
T  13130334 ttttaggcatggtaaaagccctaaagaatgaaggatatggaaagggtgaaatcagtgagaagtatcttagagatactgcatttactatgttttttgccgg 13130235  T
Q  108 aaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattgg 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13130234 aaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattgg 13130135  T
Q  208 ttaacacaagaggataatcggattactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctc 307  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13130134 ttaacacaagagggtaatcggattactttgaggcatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctc 13130035  T
Q  308 ctataccatttga 320  Q
    ||||||| |||||    
T  13130034 ctataccttttga 13130022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 8 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 13162027 - 13161678
Alignment:
Q  8 ttttaggcatggtaaaagccctaaagaaagaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagcatcttagagacactgcacttactatgatatttgccgg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||    
T  13162027 ttttaggcatggtaaaagccctaaagaaagaaggatatggaaagggggaaatcagtgagaagtatcttagagatactgcactcactatggtgtttgccgg 13161928  T
Q  108 aaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattgg 207  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13161927 aaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattgg 13161828  T
Q  208 ttaacacaagaggataatcggattactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctc 307  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13161827 ctaacacaagaggataatcggattattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatccac 13161728  T
Q  308 ctataccatttgaacacaagtgtgcatttaattccgatacactacctagt 357  Q
    ||||||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||||||||||    
T  13161727 ctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagt 13161678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 106 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 13007608 - 13007357
Alignment:
Q  106 ggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 205  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  13007608 ggaaatggcacaattagttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagaaatcaaagataact 13007509  T
Q  206 ggttaacacaagaggataatcggattactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcc 305  Q
    ||   ||||||||||| |||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||    
T  13007508 ggcccacacaagaggagaatcagactcctttgagagatgtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctctatgtgaagccatgaggctttatcc 13007409  T
Q  306 tcctataccatttgaacacaagtgtgcatttaattccgatacactacctagt 357  Q
    |||| |||| ||||| || |  |||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  13007408 tcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaattccgatatactacctagt 13007357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 20 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 13101494 - 13101194
Alignment:
Q  20 taaaagccctaaagaaagaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagcatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggtacaat 119  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||  ||||||||| |||||   ||||||| |||||||||||| || | | ||| |  | || || ||||||||  || |    
T  13101494 taaaagcactaacgaaggaaggatctggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgtaatcactctctttttagcaggaaatggcccagt 13101395  T
Q  120 tagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggttaacacaagag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| ||    |||||||||    
T  13101394 tagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagag 13101295  T
Q  220 gataatcggattactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccatttg 319  Q
    || |||| |||| ||| ||| |||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||    
T  13101294 gagaatcagattccttcgagagatgagtatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttg 13101195  T
Q  320 a 320  Q
    |    
T  13101194 a 13101194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 63 - 357
Target Start/End: Original strand, 13069917 - 13070211
Alignment:
Q  63 tgagaagcatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttat 162  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||  || |  | || || |||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  13069917 tgagaagtatcttagagacaatgcactctctctctttttagcaggaaatggcacagttacttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcat 13070016  T
Q  163 cctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggttaacacaagaggataatcggattactttgagggatgtggatcttgataagctag 262  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||| || |||||||| |||   ||||||||||| |||| || | ||| ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  13070017 cctattgtggaagccaaaattattcaagaaataaaagataactggcccacacaagaggagaatcagactccttggagagatgtggatcttgataatctag 13070116  T
Q  263 tatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcatttaattccgatacactacctagt 357  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||||||||||    
T  13070117 tgtaccttcatggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatactacctagt 13070211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 120 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 13204853 - 13204616
Alignment:
Q  120 tagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggttaacacaagag 219  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| ||    |||||||||    
T  13204853 tagttcaggtctaagttggtttttttggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagag 13204754  T
Q  220 gataatcggattactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccatttg 319  Q
    || |||| |||| ||| ||| |||| | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||| ||||    
T  13204753 gagaatcagattccttcgagagatgagtatcttgataagctagtgtaccttcatggagctatatgtgaagccttgagactttatcctcctgtaccttttg 13204654  T
Q  320 aacacaagtgtgcatttaattccgatacactacctagt 357  Q
    | || |  |||||| | || ||||||| ||||||||||    
T  13204653 agcatatatgtgcaatcaaatccgatatactacctagt 13204616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 109 - 357
Target Start/End: Original strand, 19278952 - 19279203
Alignment:
Q  109 aatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggt 208  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||| |||||| || |||||  | |||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| | ||| || |    
T  19278952 aatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtt 19279051  T
Q  209 taacacaagaggataatcggattac---tttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcc 305  Q
    ||||| |||||||||||  ||| ||   ||| || |     || |||||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19279052 taacaaaagaggataatttgatcacaaattttagtgtgaaagagcttgataagctagtttatcttcatggagctatatgtgaagccttaaggctttatcc 19279151  T
Q  306 tcctataccatttgaacacaagtgtgcatttaattccgatacactacctagt 357  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  19279152 acctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatatactacctagt 19279203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 19727647 - 19727347
Alignment:
Q  20 taaaagccctaaagaaagaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagcatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggtacaat 119  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||  ||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||| |  ||| ||| |  | || || ||||||||  || |    
T  19727647 taaaagcactaatgaaggaaggatctggaaagggggaaatgaatgagaagtatcttagagacaatttactcactctctttttagcaggaaatggcccagt 19727548  T
Q  120 tagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggttaacacaagag 219  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||| ||||  ||||| |||||||| ||||||||||| |||   |||||||||    
T  19727547 tagtacaggtctcagttggtttttttggcttgtttcgactcatcctattgtcgaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactggcccacacaagag 19727448  T
Q  220 gataatcggattactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccatttg 319  Q
    || || | || | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||| || |||| || |||||||||||| |||| ||||    
T  19727447 gagaaccagactcctttgagagatgtggatcttgataagctagtgtacctccacggagatctatgttaagccttgagactttatcctcctgtaccttttg 19727348  T
Q  320 a 320  Q
    |    
T  19727347 a 19727347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 106 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 13271997 - 13271743
Alignment:
Q  106 ggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 205  Q
    |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| || |||||| |||||||| |||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||| |||    
T  13271997 ggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctaatgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagatcatt 13271898  T
Q  206 ggttaacacaagaggataatcggat---tactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggcttta 302  Q
    |  ||||||||||||| |||  |||   || ||| |  | ||   |  ||||||||||  | ||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  13271897 gtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagctgatttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgagacttta 13271798  T
Q  303 tcctcctataccatttgaacacaagtgtgcatttaattccgatacactacctagt 357  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  13271797 tcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagt 13271743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 61 - 288
Target Start/End: Original strand, 30367847 - 30368074
Alignment:
Q  61 agtgagaagcatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaactt 160  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||  || |  | || || || ||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  30367847 agtgagaagtatcttagagacaatgcactctctcttttgttagcaggtaatggcacacttagttcaagtctcagttggtttttctggcttgtttcaactc 30367946  T
Q  161 atcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggttaacacaagaggataatcggattactttgagggatgtggatcttgataagct 260  Q
    |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||  || || || | || ||| |||| ||||  | ||  |     |||||||||||    
T  30367947 atcctattgtggaagccaaaattattcaagagatcaaagataattgtgtatcaaaacatgagaattggataacttcaatggtggaaagccttgataagct 30368046  T
Q  261 agtatacctccatggagctatatgtgaa 288  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30368047 agtctacctccatggagctatatgtgaa 30368074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 106 - 221
Target Start/End: Original strand, 13244302 - 13244417
Alignment:
Q  106 ggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 205  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| || |||||| |||||||| ||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13244302 ggaaatggaacaattagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattggggaagcgaaaattattcaagagatcaaagataatt 13244401  T
Q  206 ggttaacacaagagga 221  Q
    |  |||||||||||||    
T  13244402 gtctaacacaagagga 13244417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 250 - 357
Target Start/End: Original strand, 12963803 - 12963910
Alignment:
Q  250 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcatttaattccgatacac 349  Q
    ||||||||||| || || || ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |     
T  12963803 cttgataagcttgtttatcttcatggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcaattaaatcagatatat 12963902  T
Q  350 tacctagt 357  Q
    ||||||||    
T  12963903 tacctagt 12963910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 13214314 - 13214132
Alignment:
Q  19 gtaaaagccctaaagaaagaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagcatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggtacaa 118  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||  ||||||||| |||||   ||||||| |||||||||||| |||  | ||| |  | || || ||||||||  ||     
T  13214314 gtaaaagcactaatgaaggaaggatttggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcgatcactctctttttagcaggaaatggcccag 13214215  T
Q  119 ttagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagat 201  Q
    || |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||  ||||| |||||||| || ||||||    
T  13214214 ttcgttcaggtctcatttggtttttctggcttgtttcaactcatcttattgtggaagctaaaattattcaagaaataaaagat 13214132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 101 - 332
Target Start/End: Original strand, 13080641 - 13080875
Alignment:
Q  101 ttgccggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaaga 200  Q
    |||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||  |||||||  ||||||  || || |  ||||| |||||||||||||||||    
T  13080641 ttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggtttttttggctggtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaaga 13080740  T
Q  201 taattggttaacacaagaggataatcggattact--ttgagggatgtggat---cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaa 295  Q
    |||||| |||| ||| || || |||   ||  ||  || |||  ||||||    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  13080741 taattgtttaaaacacgatgagaattttatcgctaatttagg--tgtggaagagcttgataagctagtttaccttcatggagccatatgtgaagccttaa 13080838  T
Q  296 ggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgc 332  Q
    |||| |||||| || || ||||| | |||||||||||    
T  13080839 ggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgc 13080875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 106 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 13086518 - 13086288
Alignment:
Q  106 ggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 205  Q
    |||| ||| ||| ||||||||| ||| |||||||| |  |||||| |||||||| ||   || |||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  13086518 ggaagtggaacagttagttcaggtctaagttggttctcttggcttgtttcaactcatttcatagtggaagctaaaataattcaagagataaaagataatt 13086419  T
Q  206 ggttaacacaagaggataatcggattact---ttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggcttta 302  Q
    |  || |||| |||||||||  | | |||   || || | ||   | ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||    
T  13086418 gtctatcacatgaggataatttggtcactaatttaagagttgaaaagcttaataaactagtgtaccttcatggagctatatgtgaagcattgaggcttta 13086319  T
Q  303 tcctcctataccatttgaacacaagtgtgca 333  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  13086318 tcctcctgtaccatttcagcacaagtgtgca 13086288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 106 - 205
Target Start/End: Original strand, 12963692 - 12963791
Alignment:
Q  106 ggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 205  Q
    |||| ||| ||| ||||||||| ||| |||||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  12963692 ggaagtggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaaactaaaattattcaagagattaaagataatt 12963791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 61 - 314
Target Start/End: Original strand, 13064952 - 13065205
Alignment:
Q  61 agtgagaagcatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaactt 160  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| | | | |  | || || ||||| || ||| ||||||||| |||||||||||| || |||||| |||||  |     
T  13064952 agtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaacggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtc 13065051  T
Q  161 atcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggttaacacaagaggataatcggattactttgagggatgtggatcttgataagct 260  Q
    ||||| |||||||||  || || ||||||||||| |||||||||||  || |  | || || ||   ||||||||  |  |  |   | |||||||| ||    
T  13065052 atcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgattacttcaattgtggaaaagcttgataaact 13065151  T
Q  261 agtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctatacc 314  Q
    | | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  13065152 aatttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacc 13065205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 251 - 309
Target Start/End: Original strand, 13244450 - 13244508
Alignment:
Q  251 ttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcct 309  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  13244450 ttgataagcttgtttaccttcatggagccatatgtgaaaccttgaggctatatcctcct 13244508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 203
Target Start/End: Original strand, 31396459 - 31396557
Alignment:
Q  106 ggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggctt-ctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataa 203  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||||  ||||| |||||||||||  |||||||    
T  31396459 ggaaatggcacaattagttcaagtctcggttggtttttctggcttgttttcaactcatcctaatgtggaagccaaaattattcaagagattcaagataa 31396557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 271 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 36668368 - 36668319
Alignment:
Q  271 catggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccatttga 320  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  36668368 catggagctttatgtgaagccttaaggctttatccaccaataccttttga 36668319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University