View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15112_high_7 (Length: 436)

Name: NF15112_high_7
Description: NF15112
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15112_high_7
NF15112_high_7
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (1-420)||(14589152-14589570)
chr6 (1-420)||(14622810-14623228)
chr6 (46-417)||(12846710-12847080)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (37-417)||(29954732-29955111)
chr4 (35-412)||(51369340-51369716)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (38-415)||(20492869-20493245)
chr2 (101-417)||(1355196-1355511)
chr2 (101-417)||(1362082-1362397)
chr2 (324-416)||(1357984-1358076)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (55-417)||(11532045-11532406)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 14589570 - 14589152
Alignment:
Q  1 aagttttgcttataataatgactgaatgtagtatatgaaatatgcttaattgtcggaatgaactctaaacttttgaagagtggcaatgaaatttttaatg 100  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14589570 aagttttgtttataataatgaccgaagggagtatatgaaatatgcttaattgtcggaatgaactctaaacttttgaagagtggcaatgaagtttttaatg 14589471  T
Q  101 tattcattgtgaagatcttttgaactcacaacctttcccatttctttggcatttttccctgtaaatacttccttcctcatccactattaccaacctcaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14589470 tattcattgtgaagatcttttgaactcacaacctttcccatttctttggcattgttcc-tgtaaatacttccttcctcatccactattaccaacctcaat 14589372  T
Q  201 gttttagcaacacagtccctattaatggccccatctagctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacatt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14589371 gttttagcaacacagtccctattaatggccccatctggctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacatt 14589272  T
Q  301 ggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcccaagatgaagcatttcaatgactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatcc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14589271 ggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcccaagataaagcatttcaaagactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatcc 14589172  T
Q  401 atgagttaagatcttaaact 420  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  14589171 atgagttaagatcttaaact 14589152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 14623228 - 14622810
Alignment:
Q  1 aagttttgcttataataatgactgaatgtagtatatgaaatatgcttaattgtcggaatgaactctaaacttttgaagagtggcaatgaaatttttaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14623228 aagttttgcttataataatgaccgaatgaagtatatgaaatatgtttaattgtcggaatgaactctaaacttttgaagagtggcaatgaaatttttaatg 14623129  T
Q  101 tattcattgtgaagatcttttgaactcacaacctttcccatttctttggcatttttccctgtaaatacttccttcctcatccactattaccaacctcaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14623128 tattcattgtgaagatcttttgaactcacaacctttcccatgtctttggcattgttcc-tgtaaatacttccttcctcatccactattaccaacctcaat 14623030  T
Q  201 gttttagcaacacagtccctattaatggccccatctagctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacatt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14623029 gttttagcaacacagtccctattaatggccccatctggctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacatt 14622930  T
Q  301 ggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcccaagatgaagcatttcaatgactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatcc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  14622929 ggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcccaagatgaagcatttcaatgactgaactgggaccacaatgagtcatacaaccactaattgattc 14622830  T
Q  401 atgagttaagatcttaaact 420  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  14622829 atgagttaagatcttaaact 14622810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 46 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 12847080 - 12846710
Alignment:
Q  46 ttaattgtcggaatgaactctaaacttttgaagagtggcaatgaaatttttaatgtattcattgtgaagatcttttgaactcacaacctttcccatttct 145  Q
    |||||| || |||||||| ||| ||||||||||||  |||||||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||| | || ||| ||||| |||    
T  12847080 ttaattctcagaatgaaccctatacttttgaagagcagcaatgaaatcttcaatgtattttttgtgaagttcttttgaactgaaaatcttgcccatctct 12846981  T
Q  146 ttggcatttttccctgtaaatacttccttcctcatccactattaccaacctcaatgttttagcaacacagtccctattaatggccccatctagctcactc 245  Q
    || ||||| |||| |||||||| |||||||  |||||| |||| | ||||||||||||   || ||| |||||||| ||| || ||||||   ||||||     
T  12846980 tttgcattgttcc-tgtaaataattccttcggcatccattattgctaacctcaatgttagggctacaaagtccctagtaaaggacccatcctcctcactt 12846882  T
Q  246 cttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacattggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcccaagatgaa 345  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| |    
T  12846881 cttggaacctcaatggccactttcttttcagctagttctcttgaaaacaaacattgatctagcaaataaggcaatgtaacaagaacatgtccaaaatgga 12846782  T
Q  346 gcatttcaatgactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatccatgagttaagatcttaa 417  Q
    || | ||||||||||||| || |||||||||| ||||||| || ||||||| |||||| | |||||||||||    
T  12846781 gcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatacaccccccaattgctccatgggataagatcttaa 12846710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 37 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 29955111 - 29954732
Alignment:
Q  37 gaaatatgcttaattgtcggaatgaactctaaacttttgaagagtggcaatgaaatttttaatgtattcattgtgaagatcttttgaactcacaaccttt 136  Q
    |||||||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  29955111 gaaatatgcttaattgacataacgaactctatacttttgaagagcagcaatgacatctttaatgtattcattgtgaagatcttttgaactgaaaaccttt 29955012  T
Q  137 cccatttctttggcatttttccctgtaaatacttccttcctcatccactattaccaacctcaatgttttagcaacacagtccctattaatggccccatct 236  Q
     |||| ||||||||||| ||||   || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || |   |||||||| ||| || |||||||    
T  29955011 tccatatctttggcattattccga-tacatacttccttcctcatccactattgccaacctcaatgtttgggctatcgagtccctagtaaaggacccatct 29954913  T
Q  237 agctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacattggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcc 336  Q
     |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29954912 tgctcactccttggtacctcaattgccaccttcttttcttctagtgctcttgaaaacaaacattggtcaggtaaataaggcaatgtcacaaggacatgcc 29954813  T
Q  337 caagatgaagcatttcaatgactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatccatgagttaagatcttaa 417  Q
    ||| ||||||| | ||||||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29954812 caaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatacatccaccaattgatccatgagctaagatcttaa 29954732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 35 - 412
Target Start/End: Original strand, 51369340 - 51369716
Alignment:
Q  35 atgaaatatgcttaattgtcggaatgaactctaaacttttgaagagtggcaatgaaatttttaatgtattcattgtgaagatcttttgaactcacaacct 134  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||  || || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||  |    
T  51369340 atgaaatatgcttaactgtcggaatgaactctatgcttttgaagagcagcgattaaatctttaatgtattgattgtgaagatcttttgaactgaaaattt 51369439  T
Q  135 ttcccatttctttggcatttttccctgtaaatacttccttcctcatccactattaccaacctcaatgttttagcaacacagtccctattaatggccccat 234  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| || |  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||| || |||||    
T  51369440 ttcccatatctttagcatttttcc-tgcacgtgctaccttcctcatccactattaccaacctcaatgttttggctacagagtccctagtaaaggacccat 51369538  T
Q  235 ctagctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacattggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatg 334  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  51369539 cttgctcactccttggtacttcaacagccactttcttttcttctagtaatcttgcatacaaacactggtcaagtatataaggcaatgtgacaagaacatg 51369638  T
Q  335 cccaagatgaagcatttcaatgactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatccatgagttaagat 412  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||| ||| ||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||    
T  51369639 cccaagatgaagcatctcaacgactgaacttccaccacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagat 51369716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 38 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 20493245 - 20492869
Alignment:
Q  38 aaatatgcttaattgtcggaatgaactctaaacttttgaagagtggcaatgaaatttttaatgtattcattgtgaagatcttttgaactcacaacctttc 137  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||   ||||| ||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||||    
T  20493245 aaatatgcttaattgttggaatgaactctatgtttttggagagcatcaatgaaacctttaatgtattcattgtgaagatcttttgaaccgaaaatctttc 20493146  T
Q  138 ccatttctttggcatttttccctgtaaatacttccttcctcatccactattaccaacctcaatgttttagcaacacagtccctattaatggccccatcta 237  Q
    |||| |||||||||||||| | | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || | | |||||||| ||| || |||||||     
T  20493145 ccatatctttggcattttttc-tatagatacttccttcctcatccactattgccaacctcaatgttttggctatagagtccctagtaaaggacccatctt 20493047  T
Q  238 gctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacattggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgccc 337  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20493046 gctcattccttggtacctcaatagccaatttcctttcttctagttctcttgaaaacaaacattgatcaattaaataaggcaatgtcacaagtacatgccc 20492947  T
Q  338 aagatgaagcatttcaatgactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatccatgagttaagatctt 415  Q
    || ||||||| | ||||||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20492946 aaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatacatccaccaattgatccatgagctaagatctt 20492869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 101 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 1355511 - 1355196
Alignment:
Q  101 tattcattgtgaagatcttttgaactcacaacctttcccatttctttggcatttttccctgtaaatacttccttcctcatccactattaccaacctcaat 200  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| | |||||| ||||  ||||| ||||| |||| || || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  1355511 tattgattgtgaatatcttttgaactgaaaaccttccccaactctttagcattgttcc-tgaaactacttccttcctcatccacaattgccaacctcaat 1355413  T
Q  201 gttttagcaacacagtccctattaatggccccatctagctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacatt 300  Q
    |  | ||| ||| |||||||| |||  | |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  | | | | |||| ||||||||| |    
T  1355412 gagtgagccacagagtccctagtaaaagacccatcttcctcactccttggtacttcaacagccacttccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacact 1355313  T
Q  301 ggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcccaagatgaagcatttcaatgactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatcc 400  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||| || ||||  | |||||||||| ||||||| |||||||||| |||    
T  1355312 ggtcaagcaaataaggcagtgtcacaagaacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacaatgactcatacatccaccaattgctcc 1355213  T
Q  401 atgagttaagatcttaa 417  Q
    ||||| |||||||||||    
T  1355212 atgagctaagatcttaa 1355196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 101 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 1362397 - 1362082
Alignment:
Q  101 tattcattgtgaagatcttttgaactcacaacctttcccatttctttggcatttttccctgtaaatacttccttcctcatccactattaccaacctcaat 200  Q
    |||| ||| |||| |||||||||||| | ||| || ||||  ||||| ||||| |||| || || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  1362397 tattgattatgaatatcttttgaactgaaaactttccccaactctttagcattgttcc-tgaaactacttccttcctcatccacaattgccaacctcaat 1362299  T
Q  201 gttttagcaacacagtccctattaatggccccatctagctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacatt 300  Q
    |  | ||| ||| |||||||| |||  | |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  | | | | |||| |||||||||||    
T  1362298 gagtgagccacagagtccctagtaaaagacccatcttcctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacatt 1362199  T
Q  301 ggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcccaagatgaagcatttcaatgactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatcc 400  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || | ||||| | | ||||| || ||||  | |||||| ||| ||||||| |||||||||| |||    
T  1362198 ggtcaagcaaataaggcagtgtcacaagaacatggccgaaatgaaccttctcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctcc 1362099  T
Q  401 atgagttaagatcttaa 417  Q
    ||||| |||||| ||||    
T  1362098 atgagctaagattttaa 1362082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 324 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 1358076 - 1357984
Alignment:
Q  324 acaagaacatgcccaagatgaagcatttcaatgactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatccatgagttaagatctta 416  Q
    ||||||||||| |||| || |||  |||| || | ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||    
T  1358076 acaagaacatgtccaaaataaagattttctatcattgaacctgaaccacaatgagtcaaacaaccaccaactgaaccatgacctaagatctta 1357984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 55 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 11532406 - 11532045
Alignment:
Q  55 ggaatgaactctaaacttttgaagagtggcaatgaaatttttaatgtattcattgtgaagatcttttgaactcacaacctttcccatttctttggcattt 154  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||   |||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||     
T  11532406 ggaatgaactctatacttttgaagagcaacaataaaatcttcaatgtattgattgtgaagatcttttgaactgaaaacctttcccatatctttggcattg 11532307  T
Q  155 ttccctgtaaatacttccttcctcatccactattaccaacctcaatgttttagcaacacagtccctattaatggccccatctagctcactccttggtacc 254  Q
    || | ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||  |||||||| ||| || ||| |||  ||||||||||||||||    
T  11532306 tttc-tgtacgtacttccttcctcatccattattaccaacctcaatgttttggctactgagtccctagtaaaggacccgtctttctcactccttggtacc 11532208  T
Q  255 tcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacattggtcaagtaaataaggcaatgtcacaagaacatgcccaagatgaagcatttcaa 354  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||    
T  11532207 tcaatagccactttcttttcttctagtactcttgagaacaaacattggtcaattaaataaggcaatgtcacaagagcatgcccaaaatgaagcttctcaa 11532108  T
Q  355 tgactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatccatgagttaagatcttaa 417  Q
    ||||||||| || |||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  11532107 tgactgaacctgaaccacagtgactcatacatccaccgattgatccatgtgctaagatcttaa 11532045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University