View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15113_low_1 (Length: 821)

Name: NF15113_low_1
Description: NF15113
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15113_low_1
NF15113_low_1
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (15-546)||(30049252-30049806)
chr8 (15-546)||(7162205-7162758)
chr8 (287-546)||(30045121-30045403)
chr8 (582-619)||(30045440-30045477)
chr8 (582-619)||(30049843-30049880)
chr8 (582-615)||(7162795-7162828)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (15-546)||(3945506-3946060)
chr4 (285-546)||(3941377-3941661)
chr4 (625-736)||(15063725-15063836)
chr4 (582-619)||(3946092-3946129)
chr4 (582-618)||(3941693-3941729)
chr4 (582-619)||(22804932-22804969)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (15-546)||(22365134-22365684)
chr3 (287-546)||(22361019-22361297)
chr3 (390-496)||(23397192-23397298)
chr3 (582-619)||(36028806-36028843)
chr3 (582-618)||(22361333-22361369)
chr3 (582-616)||(22365720-22365754)
chr3 (513-546)||(36028879-36028912)
chr3 (80-144)||(22135200-22135264)
chr3 (306-371)||(23397337-23397404)
chr3 (582-621)||(28784835-28784874)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (15-546)||(39949376-39949924)
chr7 (618-803)||(31585096-31585281)
chr7 (286-546)||(39953768-39954045)
chr7 (619-803)||(31607946-31608130)
chr7 (619-804)||(31575685-31575870)
chr7 (619-803)||(31617959-31618143)
chr7 (625-803)||(31614230-31614408)
chr7 (619-762)||(31604396-31604539)
chr7 (622-803)||(31594746-31594927)
chr7 (623-736)||(31439376-31439489)
chr7 (619-758)||(33305501-33305640)
chr7 (619-722)||(31573189-31573292)
chr7 (623-757)||(31532131-31532265)
chr7 (619-736)||(31540778-31540895)
chr7 (582-618)||(39949304-39949340)
chr7 (582-618)||(39953696-39953732)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (15-546)||(196224-196763)
chr5 (285-546)||(200603-200872)
chr5 (582-618)||(196152-196188)
chr5 (582-618)||(200538-200574)
chr5 (582-619)||(32800639-32800676)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (287-546)||(1330569-1330847)
chr2 (582-619)||(1330883-1330920)
[»] scaffold1453 (2 HSPs)
scaffold1453 (439-546)||(1-108)
scaffold1453 (582-618)||(144-180)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (619-803)||(52174666-52174850)
[»] scaffold0394 (1 HSPs)
scaffold0394 (625-736)||(1698-1809)
[»] scaffold0254 (1 HSPs)
scaffold0254 (667-736)||(1752-1821)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 546
Target Start/End: Original strand, 30049252 - 30049806
Alignment:
Q  15 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049252 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 30049351  T
Q  115 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049352 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 30049451  T
Q  215 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049452 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 30049551  T
Q  315 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgca 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||    
T  30049552 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 30049651  T
Q  396 caagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 491  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049652 caagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 30049751  T
Q  492 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049752 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 30049806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 546
Target Start/End: Original strand, 7162205 - 7162758
Alignment:
Q  15 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 114  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7162205 tgaatcatatacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaactgccaaaaatccaattcaacatggaagagcaaagcatat 7162304  T
Q  115 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  7162305 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacagaatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaaaaaag 7162404  T
Q  215 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 314  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162405 gcacttgctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 7162504  T
Q  315 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaagattat-ctgcac----------------- 396  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||                     
T  7162505 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaatcattttaacttattttgttagtaaaactatgctgcacaagtaataaggttatct 7162604  T
Q  397 ----aagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatg 492  Q
        |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162605 gcacaagttaagcaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatg 7162704  T
Q  493 gtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162705 gtttgtattaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 7162758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 287 - 546
Target Start/End: Original strand, 30045121 - 30045403
Alignment:
Q  287 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa-- 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  30045121 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 30045220  T
Q  385 -----------------gattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatat----gacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc 463  Q
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045221 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc 30045320  T
Q  464 tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045321 tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 30045403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 582 - 619
Target Start/End: Original strand, 30045440 - 30045477
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045440 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 30045477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 582 - 619
Target Start/End: Original strand, 30049843 - 30049880
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049843 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 30049880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 582 - 615
Target Start/End: Original strand, 7162795 - 7162828
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagcta 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162795 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagcta 7162828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 546
Target Start/End: Original strand, 3945506 - 3946060
Alignment:
Q  15 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945506 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 3945605  T
Q  115 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945606 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 3945705  T
Q  215 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945706 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 3945805  T
Q  315 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgca 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||    
T  3945806 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 3945905  T
Q  396 caagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 491  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945906 caagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 3946005  T
Q  492 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3946006 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 3946060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 285 - 546
Target Start/End: Original strand, 3941377 - 3941661
Alignment:
Q  285 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941377 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 3941476  T
Q  385 -------------------gattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatat----gacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttg 461  Q
                       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941477 aactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttg 3941576  T
Q  462 gctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941577 gctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 3941661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 625 - 736
Target Start/End: Original strand, 15063725 - 15063836
Alignment:
Q  625 tggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaaagcccg 724  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||   ||| | | |||||||||||||||      
T  15063725 tggtgtattcaaacgaatccatcagacagaccatcaatgagtaaagtaatagaaatgctgcaagggccacttcattcaatacaatatcctccaaagccta 15063824  T
Q  725 tcttattttctc 736  Q
    ||||||||||||    
T  15063825 tcttattttctc 15063836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 582 - 619
Target Start/End: Original strand, 3946092 - 3946129
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3946092 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 3946129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 582 - 618
Target Start/End: Original strand, 3941693 - 3941729
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941693 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 3941729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 582 - 619
Target Start/End: Original strand, 22804932 - 22804969
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 619  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  22804932 gagcttattgcttctgctgcctttgcaaaagctaacaa 22804969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 546
Target Start/End: Original strand, 22365134 - 22365684
Alignment:
Q  15 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365134 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 22365233  T
Q  115 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365234 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacagaatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 22365333  T
Q  215 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365334 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagataagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 22365433  T
Q  315 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgca 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||| |||||||||    
T  22365434 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcataagtaaggttatctgca 22365533  T
Q  396 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22365534 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcaactaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatgata 22365633  T
Q  496 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365634 tgtatcaaatttgcagtatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 22365684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 287 - 546
Target Start/End: Original strand, 22361019 - 22361297
Alignment:
Q  287 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa-- 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  22361019 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaag 22361118  T
Q  385 -----------------gattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctata 467  Q
                     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22361119 ctatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctata 22361218  T
Q  468 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361219 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 22361297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 390 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 23397298 - 23397192
Alignment:
Q  390 tctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatgg 489  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| | ||| ||| | |  ||||||||| |||||||| || ||| |||||||||| |||||||||    
T  23397298 tctgtacaagttaaataggtttatgtcgtatgacatcaacaaagtataagttatgtcattactaagtatttgactctaaatatgtaagaaagatgtatgg 23397199  T
Q  490 atggtat 496  Q
    |||||||    
T  23397198 atggtat 23397192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 582 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 36028843 - 36028806
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36028843 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 36028806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 582 - 618
Target Start/End: Original strand, 22361333 - 22361369
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361333 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 22361369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 582 - 616
Target Start/End: Original strand, 22365720 - 22365754
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaa 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365720 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaa 22365754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 513 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 36028912 - 36028879
Alignment:
Q  513 atagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36028912 atagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 36028879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 80 - 144
Target Start/End: Original strand, 22135200 - 22135264
Alignment:
Q  80 aaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaatttcatgctataagagaagc 144  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  22135200 aaaaatccagttcagcatggtagaactaagcacatcaatgtaaaattccatgccataagagaagc 22135264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 306 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 23397404 - 23397337
Alignment:
Q  306 aaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgctta--tgtgtgtaattattttaactt 371  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||    
T  23397404 aaaacttttctgaatatttcgttgttaatgttactttattgcctatgtgtgtgtaatgattttaactt 23397337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 582 - 621
Target Start/End: Original strand, 28784835 - 28784874
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaagt 621  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  28784835 gagcttattgcttctgctgcctttgcaaaagctaacaagt 28784874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 39949924 - 39949376
Alignment:
Q  15 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949924 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 39949825  T
Q  115 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 214  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949824 caatgtaaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 39949725  T
Q  215 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949724 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 39949625  T
Q  315 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaagattat-ctgca----------------ca 397  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||                ||    
T  39949624 ctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgca 39949525  T
Q  398 agttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatg 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  39949524 agttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacataggctgagttattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatgatata 39949425  T
Q  498 tatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949424 taaaaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 39949376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 618 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 31585281 - 31585096
Alignment:
Q  618 aagtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctcca 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31585281 aagtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaataaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctcca 31585182  T
Q  718 aagcccgtcttattttctcttgaaaggccaccagtacaaatgtcacatatatcttcaaccgactgggatgagacaaattcaattac 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31585181 aagcccgtcttattttctcttgaaaggccaccagtacaaatgtcacatatatcttcaaccgactgggatgagacaaattcaattac 31585096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 286 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 39954045 - 39953768
Alignment:
Q  286 gtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaag 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39954045 gtgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaa 39953946  T
Q  386 attat-ctgcacaagt----------------taagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataa 468  Q
    | ||| ||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||    
T  39953945 actatgctgcacaagtaaggttatctgcaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacatagactgagttattactaagtatttggctataa 39953846  T
Q  469 gtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953845 gtatgtaagaaggatgtatggatgatatataaaaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 39953768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 619 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 31608130 - 31607946
Alignment:
Q  619 agtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaa 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  31608130 agtctatggtgcattcaaacgaatccatcagatagaccaccaatgaataaagtaatagaaatgttgcaaggaccgctgtcatcagtgtcatatcctccaa 31608031  T
Q  719 agcccgtcttattttctcttgaaaggccaccagtacaaatgtcacatatatcttcaaccgactgggatgagacaaattcaattac 803  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||| | || |   |||||||||||||| ||||    
T  31608030 agccggtcttattttctccggaaaggccaccactacaattgtcatatatgtcttcatctgatttatatgagacaaattcagttac 31607946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 619 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 31575870 - 31575685
Alignment:
Q  619 agtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaa 718  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||    
T  31575870 agtctatggtgtattcaaaccaaaccattagacaggccaccgatgaataaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcctcggtgtcatatcctccaa 31575771  T
Q  719 agcccgtcttattttctcttgaaaggccaccagtacaaatgtcacatatatcttcaaccgactgggatgagacaaattcaattact 804  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||| | |||||||||||| |||| | | ||||||||||||| ||||||    
T  31575770 agcctgtcttattttctcctgaaaggacaccgctacaaatgccgcatatatcttcatccgattcgtatgagacaaattctattact 31575685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 619 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 31618143 - 31617959
Alignment:
Q  619 agtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaa 718  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  31618143 agtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcggtatcatatcctccaa 31618044  T
Q  719 agcccgtcttattttctcttgaaaggccaccagtacaaatgtcacatatatcttcaaccgactgggatgagacaaattcaattac 803  Q
    |||| ||||||| ||| |  |||||||||  | ||||| ||||| |||| |||||| |||| | | | |||||||||||| ||||    
T  31618043 agcctgtcttatattcacccgaaaggccagaactacaagtgtcagatatgtcttcatccgatttgtacgagacaaattcagttac 31617959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 625 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 31614408 - 31614230
Alignment:
Q  625 tggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaaagcccg 724  Q
    |||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||     
T  31614408 tggtgcattcaaactaaaccattagacagaccaccgatgaataaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcggtgtcatatcctccaaatccct 31614309  T
Q  725 tcttattttctcttgaaaggccaccagtacaaatgtcacatatatcttcaaccgactgggatgagacaaattcaattac 803  Q
    |||||  ||| |   ||||||||||| ||||| ||| | |||| |||||| |||| | | | |||||||||||||||||    
T  31614308 tcttacattcaccataaaggccaccactacaagtgttagatatttcttcatccgatttgtacgagacaaattcaattac 31614230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 619 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 31604539 - 31604396
Alignment:
Q  619 agtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaa 718  Q
    ||||| ||| |||||||||| || | ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||    
T  31604539 agtctgtggcgcattcaaactaaactatcagatagaccaccgatgaataaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcaacaatatcatatcctccaa 31604440  T
Q  719 agcccgtcttattttctcttgaaaggccaccagtacaaatgtca 762  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||||||| | ||||| |||||    
T  31604439 agcccgtcttatattcacctgaaaggccacaattacaagtgtca 31604396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 622 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 31594927 - 31594746
Alignment:
Q  622 ctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaaagc 721  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||| |||||||| |||||| | |||||||| |||||||| ||  ||| ||||||||| |    
T  31594927 ctatggtgcattcaaacaaatccattagatagaccaccaatgaataaagtaattgaaatgctacaaggaccgctttcatcggtcacatttcctccaaaac 31594828  T
Q  722 ccgtcttattttctcttgaaaggccaccagtacaaatgtcacatatatcttcaaccgactgggatgagacaaattcaattac 803  Q
    | ||||||||||||| | ||||||||||| ||||| | ||| |||| |||||| | || ||| | |||||||||||||||||    
T  31594827 ctgtcttattttctcctaaaaggccaccactacaactctcaaatatgtcttcatcagattggcaagagacaaattcaattac 31594746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 623 - 736
Target Start/End: Original strand, 31439376 - 31439489
Alignment:
Q  623 tatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaaagcc 722  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||||| | ||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||   ||| | || ||||||||||||||    
T  31439376 tatggtgcattcaaacaaatccatcagagagaccatcaatgagtaaagtaatagaaatgctacaaggaccacttcattcaataccgtatcctccaaagcc 31439475  T
Q  723 cgtcttattttctc 736  Q
    ||||||||||||||    
T  31439476 cgtcttattttctc 31439489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 619 - 758
Target Start/End: Original strand, 33305501 - 33305640
Alignment:
Q  619 agtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaa 718  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||  ||||| ||||||||| | ||||||||||||   |||||||||||||| ||||    
T  33305501 agtctttggtgcattcaaacgaatccatcagatagaccatcaatgagtaaagtgatagaaatgcttcaaggaccacttgggtcagtgccatatcccccaa 33305600  T
Q  719 agcccgtcttattttctcttgaaaggccaccagtacaaat 758  Q
    | ||  ||||||  |||| |||||||||| || |||||||    
T  33305601 aacctttcttatactctcctgaaaggccatcattacaaat 33305640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 619 - 722
Target Start/End: Original strand, 31573189 - 31573292
Alignment:
Q  619 agtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaa 718  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||| ||||||  |||||| |||||||| | ||||||||||||   ||||||||||| |||||||    
T  31573189 agtctatggtgcattcaaacgaacccattagatagaccatcgatgagtaaagtattagaaatgctacaaggaccacttgattcagtgccataccctccaa 31573288  T
Q  719 agcc 722  Q
    ||||    
T  31573289 agcc 31573292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 623 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 31532265 - 31532131
Alignment:
Q  623 tatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaaagcc 722  Q
    |||||||||||||||| || ||||| || |||||| | ||||  ||||||| ||||||| | ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  31532265 tatggtgcattcaaacaaacccatccgatagaccatcaatgagtaaagtaacagaaatgctacaaggaccacttcagtcagtgccatatcctccaaagcc 31532166  T
Q  723 cgtcttattttctcttgaaaggccaccagtacaaa 757  Q
      |||||| ||||| | |||  ||| |||||||||    
T  31532165 tttcttatattctcctaaaattccatcagtacaaa 31532131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 619 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 31540895 - 31540778
Alignment:
Q  619 agtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaa 718  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||| | ||||  |||||| |||||||| | ||||||||||||   || ||||||||||||||||    
T  31540895 agtctatggtgcattcaaacaaatccagccgatagaccatcaatgagtaaagtattagaaatgctacaaggaccacttcagtcggtgccatatcctccaa 31540796  T
Q  719 agcccgtcttattttctc 736  Q
    ||||  |||||| |||||    
T  31540795 agcctttcttatattctc 31540778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 582 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 39949340 - 39949304
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949340 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 39949304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 582 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 39953732 - 39953696
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953732 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 39953696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 196763 - 196224
Alignment:
Q  15 tgaatcatgtacaagaggaatcaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196763 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 196664  T
Q  115 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196663 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 196564  T
Q  215 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196563 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 196464  T
Q  315 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgca 395  Q
    |||||           |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||                   |||||| |||||||||    
T  196463 ctgaa-----------ttatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgca 196375  T
Q  396 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 495  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196374 cgagttaagtaggtttacgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 196275  T
Q  496 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  196274 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtctctttctcttcca 196224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 285 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 200872 - 200603
Alignment:
Q  285 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  200872 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaat-----------tatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaa 200784  T
Q  385 ga-------------------ttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggcta 465  Q
     |                   ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  200783 aactatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttacctcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggcta 200684  T
Q  466 taagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200683 taagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 200603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 582 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 196188 - 196152
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196188 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 196152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 582 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 200574 - 200538
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 618  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  200574 gagcttattgcttctgctaccattacaaaagctaaca 200538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 582 - 619
Target Start/End: Original strand, 32800639 - 32800676
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 619  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  32800639 gagcttattgcttctgctgcctttgcaaaagctaacaa 32800676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 173; Significance: 1e-92; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 287 - 546
Target Start/End: Original strand, 1330569 - 1330847
Alignment:
Q  287 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaga 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  1330569 tgttgactaattgacctataaaacttgtctgaatactttattgtttatgttactctattgcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaa 1330668  T
Q  387 -------------------ttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctata 467  Q
                       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| | |||||||| |||||    
T  1330669 ctatactgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagtataggttgagtcattagtaagtatttgactata 1330768  T
Q  468 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 546  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1330769 agtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 1330847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 582 - 619
Target Start/End: Original strand, 1330883 - 1330920
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 619  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1330883 gagcttattgtttctgctgccattacaaaagctaacaa 1330920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1453 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 2)
Name: scaffold1453
Description:

Target: scaffold1453; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 439 - 546
Target Start/End: Original strand, 1 - 108
Alignment:
Q  439 gctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtcccttt 538  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 gctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtcccttt 100  T
Q  539 ctcttcca 546  Q
    ||||||||    
T  101 ctcttcca 108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1453; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 582 - 618
Target Start/End: Original strand, 144 - 180
Alignment:
Q  582 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  144 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 619 - 803
Target Start/End: Original strand, 52174666 - 52174850
Alignment:
Q  619 agtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaa 718  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52174666 agtctatggtgcattcaaacgaaaccatcggatagaccacagatgaataaagtaatagaaatgttggaagggccactttcatcagtgccatatcctccaa 52174765  T
Q  719 agcccgtcttattttctcttgaaaggccaccagtacaaatgtcacatatatcttcaaccgactgggatgagacaaattcaattac 803  Q
    |||||||||||| || || ||||| ||||||| || |||||||| | || |||||| || | | ||||||||| ||||| |||||    
T  52174766 agcccgtcttatgttatcctgaaacgccaccactagaaatgtcagacatgtcttcatccaatttggatgagacgaattccattac 52174850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 625 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 1809 - 1698
Alignment:
Q  625 tggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaagaaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaaagcccg 724  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || || ||| | ||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||   ||| | | |||||||||||||||      
T  1809 tggtgtattcaaacgaatccatcagatagtccatcaatgagtaaagtaatagaaatgctgcaagggccacttcattcaatacaatatcctccaaagccta 1710  T
Q  725 tcttattttctc 736  Q
    ||||||||||||    
T  1709 tcttattttctc 1698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 667 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 1821 - 1752
Alignment:
Q  667 aaagtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatcagtgccatatcctccaaagcccgtcttattttctc 736  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||   ||| | | |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  1821 aaagtaatagaaatgctgcaagggccacttcattcaatacaatatcctccaaagcctatcttattttctc 1752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University