View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15115_low_3 (Length: 428)

Name: NF15115_low_3
Description: NF15115
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15115_low_3
NF15115_low_3
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (8-428)||(35343217-35343637)
chr2 (8-426)||(35347895-35348328)
chr2 (10-428)||(35355648-35356081)
chr2 (284-428)||(35368411-35368557)
chr2 (257-428)||(35374536-35374709)
chr2 (321-428)||(35364638-35364745)
chr2 (282-428)||(35335792-35335938)
chr2 (322-428)||(35346345-35346453)
chr2 (321-428)||(35371815-35371922)
chr2 (8-189)||(35346039-35346220)
chr2 (340-424)||(35351430-35351514)
chr2 (155-226)||(35351228-35351299)
chr2 (25-170)||(35371569-35371708)
chr2 (155-310)||(35340806-35340976)
chr2 (10-170)||(35374338-35374492)
chr2 (55-130)||(35368220-35368295)
chr2 (57-118)||(35364347-35364408)
chr2 (206-263)||(35364516-35364575)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 35343637 - 35343217
Alignment:
Q  8 catcatcgtcatcatcaccttctttgcatgagtctcgatctccattgtgataattttcttcaattaaagatacacatgtataactaatccaatcaccgtt 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35343637 catcatcgtcatcatcgccttctttgcatgagtctcgatctccattgtgataattttcttcaatgcaagatacacatgtataactaatccaatcaccgtt 35343538  T
Q  108 accttcaccatatccatgctgctcgcactttggaataatggccaaataaatggatgccattttggtttttacgctgtctatgtgaaaagtgtatgttaaa 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35343537 accttcaccatatccatgctgctcgcactttggaataatggccaaagaaatggatgccattttggtttttacgctggctatgtgaaaagtgtatgttaaa 35343438  T
Q  208 aagaagaaaatggaattagttatatgatatgctaagatagttgtgtgagttgagttaggattagagagttttatgttatatataactagaagagaacttg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35343437 aagaagaaaatggaattagttatatgatatgctaagatagttgtgtgagttgagttaggattagagagttttgtgttatatataactagaagagaacttg 35343338  T
Q  308 ttgagtaattccaccacaattaaaccacacaagaagtgtgtatgtttacttaaggtgtgagcattgctacgtgcctgcatgtgtaatggcatattgggca 407  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35343337 ttgagttattccaccacaattaaaccacacaagaagtgtgtatgtttacttaaggtgtgagctttgctacgtgcctgcatgtgtaatggcatattgggca 35343238  T
Q  408 gccacattggcaattgtcttt 428  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  35343237 gccacattggcaattgtcttt 35343217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 8 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 35348328 - 35347895
Alignment:
Q  8 catcatcgtcatcatcaccttctttgcatgagtctcgatctccattgtgataattttcttcaattaaagatacacatgtataactaatccaatcaccgtt 107  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||  ||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  35348328 catcatcgtcatcatcaccttccttgcatgagtctcgatctccattgcgattatcttctttaatgcaagatacacttgtataaccaaaccaatcaccgtt 35348229  T
Q  108 accttcaccatatccatgctgctcgcactttggaataatggccaaataaatggatgccattttggtttttacgctgtctatg-tgaaaagtgtatgttaa 206  Q
    ||||||||  |||||||| |||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||| |||||||||     
T  35348228 accttcactgtatccatgatgcttgcactttggagtaatagccaaagaaatggatgccatttttgtttttacgctggctatgttaaaaaatgtatgttat 35348129  T
Q  207 aaagaagaaaatggaattagttatatgatatgctaagatagttgtgtgag-----------ttgagttaggattagagagttt-tatgttatatataact 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||           ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||     
T  35348128 aaagaagaaaatggaattagttatatgatatgctaaggtagttgtgtgagttgagctgtgtttgagttaggattggagagtttgtgtgttatatataaca 35348029  T
Q  295 agaagagaacttgttgagtaattccaccacaattaaaccacacaagaagtgtgtatgtttacttaaggtgtgagcattgctacgtgcctgcatgtgta-- 392  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| | |||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||      
T  35348028 agaagagaagttgttgagtagttctaacacaagcaaaccacacaagaagtgtgtaagtttgcttaaggtatgagcatggctacgtgcctgcatgtgtaat 35347929  T
Q  393 atggcatattgggcagccacattggcaattgtct 426  Q
    ||||  | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  35347928 atggggtcttgtgcagccacattggcaattgtct 35347895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 428
Target Start/End: Original strand, 35355648 - 35356081
Alignment:
Q  10 tcatcgtcatcatcaccttctttgcatgagtctcgatctccattgtgataattttcttcaattaaagatacacatgtataactaatccaatcaccgttac 109  Q
    |||||||||||||| |||||  || | |||||||||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||    
T  35355648 tcatcgtcatcatcgccttccatgtaagagtctcgatctccattgcgataatcttcttcaatgcaagatacatatgtataaccaaaccaatcaccattac 35355747  T
Q  110 cttcaccatatccatgctgctcgcactttggaataatggccaaataaatggatgccattttggtttttacgctgtctatgtgaaaagtgtatgtt-aaaa 208  Q
    ||||| |||||||||||| || |||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||  |||    
T  35355748 cttcatcatatccatgctccttgcactttggagtaatggccatagaaattgatgccattttggttttgacgcttgctatgtaaaaagtgtatgttggaaa 35355847  T
Q  209 agaagaaaatggaattagttatatgatat--gctaagatagttgtgtgag-----------ttgagttaggattagagagttt-tatgttatatataact 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||           ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||     
T  35355848 agaagaaaatggaattagttatatgatatacactaaggtagttgtgtgagttgagttgtgtttgagttaggattggagagtttgtgtgttatatataaca 35355947  T
Q  295 agaagagaacttgtt-gagtaattccaccacaattaaaccacacaagaagtgtgtatgtttacttaaggtgtgagcattgctacgtgcctgcatgtgtaa 393  Q
    | |||||   ||||| ||||  ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||    
T  35355948 aaaagag-tgttgttggagttgttctaacacaagtaaaccacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatacctcagtgcctgcatgtgtaa 35356046  T
Q  394 tggcatattgggcagccacattggcaattgtcttt 428  Q
    | | || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35356047 tagaatcttgtgcagccacattggcaattgtcttt 35356081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 284 - 428
Target Start/End: Original strand, 35368411 - 35368557
Alignment:
Q  284 tatatataactagaagagaacttgttg-agtaattccaccacaattaaaccacacaagaagtgtgtatgtttacttaa-ggtgtgagcattgctacgtgc 381  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||  ||| | |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||    
T  35368411 tatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaaggaatgagcatggctacgtgc 35368510  T
Q  382 ctgcatgtgtaatggcatattgggcagccacattggcaattgtcttt 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35368511 ctgcatgtgtaatggcatattgggcagccacattggcaattgtcttt 35368557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 257 - 428
Target Start/End: Original strand, 35374536 - 35374709
Alignment:
Q  257 ttgagttaggattagagagttt-tatgttatatataactagaagagaacttgttg-agtaattccaccacaattaaaccacacaagaagtgtgtatgttt 354  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| | |||||   |||||| |||  ||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  35374536 ttgagttaggattggagagtttgtgtgttatatataacaaaaagagttgttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaagaagtgtgtatgttt 35374635  T
Q  355 acttaaggtgtgagcattgctacgtgcctgcatgtgtaatggcatattgggcagccacattggcaattgtcttt 428  Q
     ||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35374636 gcttaaggtgtgagcatacctcagtgcctgcatgtgtaatagaatcttgtgcagccacattggcaattgtcttt 35374709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 321 - 428
Target Start/End: Original strand, 35364638 - 35364745
Alignment:
Q  321 ccacaattaaaccacacaagaagtgtgtatgtttacttaaggtgtgagcattgctacgtgcctgcatgtgtaatggcatattgggcagccacattggcaa 420  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||     
T  35364638 ccacaagtaaaccacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatggctccttgcttgcatgtgtaatgggatcttgtgcagccacattggcat 35364737  T
Q  421 ttgtcttt 428  Q
    ||||||||    
T  35364738 ttgtcttt 35364745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 282 - 428
Target Start/End: Original strand, 35335792 - 35335938
Alignment:
Q  282 gttatatataactagaagagaacttgttgagtaattccaccacaattaaaccacacaagaagtgtgtatgtttacttaaggtgtgagcattgctacgtgc 381  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||||||   ||| | |||||  ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||  ||||    
T  35335792 gttatatataactagaagaaaagctgttgagctgttctagcacaagcaaaccacgcaggaagtgtgtgtgtttgcttaaggtgtgagcatggctcggtgc 35335891  T
Q  382 ctgcatgtgtaatggcatattgggcagccacattggcaattgtcttt 428  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||    
T  35335892 ctgcatgtgtaatggcatcttgtgtagccacattggcaattgtcttt 35335938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 322 - 428
Target Start/End: Original strand, 35346345 - 35346453
Alignment:
Q  322 cacaattaaaccacacaagaagtgtgtatgt--ttacttaaggtgtgagcattgctacgtgcctgcatgtgtaatggcatattgggcagccacattggca 419  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||||| |||   |||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||    
T  35346345 cacaagtaaaccacacaagaagtgtgtgtgtgtttgcttaaggtgtgagcatggctcgatgcctgcatgtgcaatgggatcttgtgcagccacattggca 35346444  T
Q  420 attgtcttt 428  Q
    |||||||||    
T  35346445 attgtcttt 35346453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 321 - 428
Target Start/End: Original strand, 35371815 - 35371922
Alignment:
Q  321 ccacaattaaaccacacaagaagtgtgtatgtttacttaaggtgtgagcattgctacgtgcctgcatgtgtaatggcatattgggcagccacattggcaa 420  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||| | |||||||||||| || ||| |||||  ||||||||     
T  35371815 ccacaagtaaaccacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatggctccttgcttccatgtgtaatgggatcttgtgcagcatcattggcat 35371914  T
Q  421 ttgtcttt 428  Q
    || |||||    
T  35371915 ttctcttt 35371922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 189
Target Start/End: Original strand, 35346039 - 35346220
Alignment:
Q  8 catcatcgtcatcatcaccttctttgcatgagtctcgatctccattgtgataattttcttcaattaaagatacacatgtataactaatccaatcaccgtt 107  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| | || ||| |||| |||||| |||||| |||| ||||  |||||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  35346039 catcatcgtcatcatcgccttccttgtaagaatcttgatccccattgcgataatcttctacaatacaagatacagatgtataaccaaaccaatcaccgtt 35346138  T
Q  108 accttcaccatatccatgctgctcgcactttggaataatggccaaataaatggatgccattttggtttttacgctgtctatg 189  Q
     ||||||||| || ||| ||||| ||||  ||||  |||| ||    |||||||||||||||| ||||| | |||| |||||    
T  35346139 gccttcaccacatgcattctgcttgcacaatggagcaatgaccgtgaaaatggatgccattttagttttgaagctggctatg 35346220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 340 - 424
Target Start/End: Original strand, 35351430 - 35351514
Alignment:
Q  340 gaagtgtgtatgtttacttaaggtgtgagcattgctacgtgcctgcatgtgtaatggcatattgggcagccacattggcaattgt 424  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||    
T  35351430 gaagtgtgtatctttgctaaaggtgtgagcatggctacgtgctagcatgtgtaatggaatcttgtgcagccacattggcaattgt 35351514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 155 - 226
Target Start/End: Original strand, 35351228 - 35351299
Alignment:
Q  155 aaatggatgccattttggtttttacgctgtctatgtgaaaagtgtatgttaaaaagaagaaaatggaattag 226  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| | | || |||||||||||||||||||||    
T  35351228 aaatggatgccattttggttttgacgctgattatgtgaaaagtttgtatttaaaagaagaaaatggaattag 35351299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 170
Target Start/End: Original strand, 35371569 - 35371708
Alignment:
Q  25 ccttctttgcatgagtctcgatctccattgtgataattttcttcaattaaagatacacatgtataactaatccaatcaccgttaccttcaccatatccat 124  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||  ||||||||| |||||||  || ||||      ||||||||||||||| |||    
T  35371569 ccttccttgcatgagtctcgatctccattgcggtaatcttcttcaatgcaagatacacttgtataatcaaaccaa------ttaccttcaccatatacat 35371662  T
Q  125 gctgctcgcactttggaataatggccaaataaatggatgccatttt 170  Q
    | |||| ||||||| ||  |||| |||   ||||||||||||||||    
T  35371663 gttgcttgcactttagagcaatgaccatcaaaatggatgccatttt 35371708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 155 - 310
Target Start/End: Original strand, 35340806 - 35340976
Alignment:
Q  155 aaatggatgccattttggtttttacgctgtctatgtgaaaagtgtatgttaaaaagaagaaaatggaattagtta------tatgatatgctaagata-- 246  Q
    ||||||||| |||||||||| | | | || |||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||| |||      |||||||||||| | ||      
T  35340806 aaatggatgtcattttggttgtgaggttggctatgttaaaagtgtgtgattaaaagaagaaaatggaattaattagcaatatatgatatgctagggtaca 35340905  T
Q  247 ------gttgtgtgagttgagttaggattagagagttt-tatgttatatataactagaagagaacttgttg 310  Q
          ||||||||||||||||||| ||| |||||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||    
T  35340906 caagaagttgtgtgagttgagttagtattggagagtttgtgtgatatatataacaagaagagaacttgttg 35340976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 10 - 170
Target Start/End: Original strand, 35374338 - 35374492
Alignment:
Q  10 tcatcgtcatcatcaccttctttgcatgagtctcgatctccattgtgataattttcttcaattaaagatacacatgtataactaatccaatcaccgttac 109  Q
    |||||||||||||||||||| | | | || ||||| ||||| || ||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||  || ||||      ||||    
T  35374338 tcatcgtcatcatcaccttcctggtaagaatctcggtctccgttatgataatcttcttcaatgcaagatacacttgtataatcaaaccaa------ttac 35374431  T
Q  110 cttcaccatatccatgctgctcgcactttggaataatggccaaataaatggatgccatttt 170  Q
    ||||||||||| |||| |||| ||| ||| ||  |||| |||   ||||||||||||||||    
T  35374432 cttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgaccatggaaatggatgccatttt 35374492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 130
Target Start/End: Original strand, 35368220 - 35368295
Alignment:
Q  55 tgataattttcttcaattaaagatacacatgtataactaatccaatcaccgttaccttcaccatatccatgctgct 130  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||| ||||| ||| || ||||||| | | ||||||||||||| |||||||||    
T  35368220 tgataatcttcttcaatacaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacttcaccttcaccatatgcatgctgct 35368295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 57 - 118
Target Start/End: Original strand, 35364347 - 35364408
Alignment:
Q  57 ataattttcttcaattaaagatacacatgtataactaatccaatcaccgttaccttcaccat 118  Q
    ||||| |||||||||  |||||||||| |||||||  | ||||||||||| |||||||||||    
T  35364347 ataatcttcttcaatgcaagatacacacgtataaccgaaccaatcaccgtcaccttcaccat 35364408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 206 - 263
Target Start/End: Original strand, 35364516 - 35364575
Alignment:
Q  206 aaaagaagaaaatggaa--ttagttatatgatatgctaagatagttgtgtgagttgagtt 263  Q
    |||||| ||||||||||  || ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  35364516 aaaagatgaaaatggaaattttgttatatgagatgctaaggtagttatgtgagttgagtt 35364575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University