View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1511_low_69 (Length: 371)

Name: NF1511_low_69
Description: NF1511
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1511_low_69
NF1511_low_69
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (7-357)||(11542873-11543224)
chr1 (7-351)||(35900435-35900780)
chr1 (60-351)||(17810145-17810437)
chr1 (19-355)||(44613993-44614330)
chr1 (7-345)||(44146311-44146650)
chr1 (26-288)||(44794071-44794334)
chr1 (7-91)||(44784119-44784203)
[»] scaffold0017 (2 HSPs)
scaffold0017 (7-346)||(181961-182301)
scaffold0017 (7-351)||(170869-171214)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (7-351)||(27578-27923)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-337)||(29505952-29506286)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (7-351)||(29227302-29227647)
chr2 (7-351)||(29340601-29340946)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (34-357)||(26729608-26729932)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 357
Target Start/End: Original strand, 11542873 - 11543224
Alignment:
Q  7 aatattgaattgtcatcttctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagattat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11542873 aatattgaattgtcatcttctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacattttatatcaagtggttctccacaaagattat 11542972  T
Q  107 aatttcctttaaaacttgaagcgctaaatgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacg 206  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11542973 aatttccttcaaaacttgaagcgctaaatgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacg 11543072  T
Q  207 atcaatatgagctagactggaaggaattctgcctgaaa-acggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattatt 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11543073 atcaatatgagctagactggaaggaattctgcctgaaagacggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattatt 11543172  T
Q  306 ttcccactgagattgtttcttgacaaatttaatgaaatcaagccaattaaat 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11543173 ttcccactgagattgtttcttgacaaatttaatgaaatcaatccaattaaat 11543224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 7 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 35900780 - 35900435
Alignment:
Q  7 aatattgaattgtcatcttctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagattat 106  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||| ||||  ||||| || ||||  |||||||||||||||||||| || ||||||     
T  35900780 aatattaaattgtcatctcctgcatcagttgtttgcacttgatatttcggtggctcttcgcctggacactttatatcaagtggttctccgcagagattag 35900681  T
Q  107 aatttcctttaaaacttgaagcgctaaatgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacg 206  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||| |||  |||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35900680 aattttcttcaaaacatgaagcgttaaatgtctgcagttgcgttccaattggaattttcacatagagcttgttgtttgacaagtccaaccaagtgagacg 35900581  T
Q  207 atcaatatgagctagactggaaggaattctgcctgaaa-acggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattatt 305  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||    
T  35900580 atcaatgtgggctagactggaaggaattcttcctgaaagatgatttcttgagagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgttcggaatgatt 35900481  T
Q  306 ttcccactgagattgtttcttgacaaatttaatgaaatcaagccaa 351  Q
    | ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||    
T  35900480 tccccactgagattgttcctcgacaaatttaaggaaatcaaaccaa 35900435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 60 - 351
Target Start/End: Original strand, 17810145 - 17810437
Alignment:
Q  60 atcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagattataatttcctttaaaacttgaagcgctaaatgtctgaagctgccttccaattgga 159  Q
    |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17810145 atcttctccaggacatattttatcaagtggttctccacaaagattaaaattttcttcgaaactggaagcattaaatgtctgaagctgcgttccaattgga 17810244  T
Q  160 acttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacgatcaatatgagctagactggaaggaattctgcctga-aaacggtttcttgaca 258  Q
    | ||||||||| || |||||||||||||| ||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||    
T  17810245 atttttccatagagctgattgtttgacaaatccaacatagagagacgatcaatgtgagctagactggaaggaattctgcctgacagatgatttcttgaca 17810344  T
Q  259 gatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattattttcccactgagattgtttcttgacaaatttaatgaaatcaagccaa 351  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  17810345 gatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgacttccccactgagattgttccttgacaaatttaaggaaatcaatccaa 17810437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 44614330 - 44613993
Alignment:
Q  19 tcatcttctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagattataatttcctttaa 118  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||| | |||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||| ||    
T  44614330 tcatctcctgcatcagttgttggcacttgatgttttgatggatcttcttctggacattttctatcaaggggttctccacagagatttgaatttccttcaa 44614231  T
Q  119 aacttgaagcgctaaatgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacgatcaatatgagc 218  Q
    ||||||||||  ||||  |||| |||||| ||||||||||||  |||||| | || |||||||||||||| ||||||   |  |||||||||||  ||||    
T  44614230 aacttgaagcattaaagctctgcagctgcgttccaattggaatgtttccacagagctgattgtttgacaaatccaacatggcaagacgatcaatgcgagc 44614131  T
Q  219 tagactggaaggaattctgcctgaaa-acggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattattttcccactgaga 317  Q
    || ||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  44614130 tatactggaaggaattctacctgaaagacaatttcttgacagatcaagaaattcaagtaacttgaagtttcctatgtttgaaatgatttccccactgaga 44614031  T
Q  318 ttgtttcttgacaaatttaatgaaatcaagccaattaa 355  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  44614030 ttgttccttgacaaatttaaggaaatcaatccaattaa 44613993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 7 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 44146650 - 44146311
Alignment:
Q  7 aatattgaattgtcatcttctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagattat 106  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||     
T  44146650 aatattgaattgtcatctcctgcatcagtagtcggcacttgatgttttgatggctcttctcctggacatttattatcaagtggttctccacagagattag 44146551  T
Q  107 aatttcctttaaaacttgaagcgctaaatgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacg 206  Q
    ||||||||| ||||  ||||| | ||||  |||| | |||  | |||||||||| ||| ||||| ||  |||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  44146550 aatttccttcaaaatatgaagtgttaaagctctgcaactgtgtcccaattggaattttcccatagagccgattatttgacaagtccaacatagtgagacg 44146451  T
Q  207 atcaatatgagctagactggaaggaattctgcctgaaa-acggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattatt 305  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||| ||| |||    
T  44146450 atcaatatgagctaggctggaaggaattttgcctgaaagacgatttcttgaaagatcaagaaattctaatgagttaaagtttcctatgtttgaaatgatt 44146351  T
Q  306 ttcccactgagattgtttcttgacaaatttaatgaaatca 345  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  44146350 tccccactgagattgttccttgacaaatttaaggaaatca 44146311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 26 - 288
Target Start/End: Original strand, 44794071 - 44794334
Alignment:
Q  26 ctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagattataatttcctttaaaacttga 125  Q
    ||||||||||||| |||| |||  |||||  ||  |||||| | || | |||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  44794071 ctgcatcagttgttggcagttgtggtttttctggctcttcttctgggcattttctatcaaggggttctccacagagattagaatttccttcaaaacttga 44794170  T
Q  126 agcgctaaatgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacgatcaatatgagctagactg 225  Q
    |||| | |||||||| |||||| |||||||||||| || |||||| || | ||||||||| || |  |||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44794171 agcgttgaatgtctgcagctgcgttccaattggaatttctccatagagctcattgtttgaaaaatttaacatagtaagacgatcaatatgagctagactg 44794270  T
Q  226 gaaggaattctgcctga-aaacggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttc 288  Q
    ||||||||| ||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||| | ||| || |||||||    
T  44794271 gaaggaattttgcctgacaaatgatttcttgaaagatcaagaaattctaatgagttaaagtttc 44794334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 91
Target Start/End: Original strand, 44784119 - 44784203
Alignment:
Q  7 aatattgaattgtcatcttctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacgttttatatcaagtggtt 91  Q
    |||| ||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||| |||||||| ||||||||    
T  44784119 aatactgaattgtcatctccagcatcaattgttggcacttgatgttttggtggctcttcacctggacattttatatgaagtggtt 44784203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 2)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 182301 - 181961
Alignment:
Q  7 aatattgaattgtcatcttctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagattat 106  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||| |  ||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||     
T  182301 aatactgaattttcatctcctgcatccgttgttggcacttgatgttttggtgtctcttcgcatggacactttatatcaagtggttatccacatagattag 182202  T
Q  107 aatttcctttaaaacttgaagcgctaaatgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacg 206  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  182201 aattttcttcaaaacttgaagcgttaaatgtctgcagctgcgttccaattggaattttcccattgagatgattgtatgacaagtccaaccaagtgagacg 182102  T
Q  207 atcaatatgagctagactggaaggaattctgcctga-aaacggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattatt 305  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | |   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  182101 gtcaatgtgagctagactggaaggaattcttcctgacagattatttcttgacagatcaagaaattcgagtgacttgaagtttcctatgtttgaaatgatt 182002  T
Q  306 ttcccactgagattgtttcttgacaaatttaatgaaatcaa 346  Q
    | ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  182001 tccccacggagattgttccttgacaaatttaatgaaatcaa 181961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 7 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 171214 - 170869
Alignment:
Q  7 aatattgaattgtcatcttctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagattat 106  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||| ||  |||||||| || | |||| ||||||| ||||||||||| |||||      
T  171214 aatattgaattttcatctcctgcatcagttgttggcacttgtggttttgctggttcttctcctgggcattttctatcaaggggttctccacagagatttg 171115  T
Q  107 aatttcctttaaaacttgaagcgctaaatgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacg 206  Q
    |||| |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  171114 aattcccttcaaaacttgaagcgttaaatgtctgcagctgcgttccaactggaactttcccatagagctgattgtttgacaaatccaacatagtgagacg 171015  T
Q  207 atcaatatgagctagactggaaggaattctgcctga-aaacggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattatt 305  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||  |||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||    
T  171014 atcaatgcgagctagactggaaggaatttcgcctgacaaatgatttcttgacagatctagaaattcaagtgatttgaagtttcctatgtttaaaatgatt 170915  T
Q  306 ttcccactgagattgtttcttgacaaatttaatgaaatcaagccaa 351  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  170914 tccccactgagattgttccttgacaaatttaatgaaatcaaaccaa 170869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 7 - 351
Target Start/End: Original strand, 27578 - 27923
Alignment:
Q  7 aatattgaattgtcatcttctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagattat 106  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||| ||  |||||||| || | |||| ||||||| ||||||||||| |||||      
T  27578 aatattgaattttcatctcctgcatcagttgttggcacttgtggttttgctggttcttctcctgggcattttctatcaaggggttctccacagagatttg 27677  T
Q  107 aatttcctttaaaacttgaagcgctaaatgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacg 206  Q
    |||| |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  27678 aattcccttcaaaacttgaagcgttaaatgtctgcagctgcgttccaactggaactttcccatagagctgattgtttgacaaatccaacatagtgagacg 27777  T
Q  207 atcaatatgagctagactggaaggaattctgcctga-aaacggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattatt 305  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||  |||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||    
T  27778 atcaatgcgagctagactggaaggaatttcgcctgacaaatgatttcttgacagatctagaaattcaagtgatttgaagtttcctatgtttaaaatgatt 27877  T
Q  306 ttcccactgagattgtttcttgacaaatttaatgaaatcaagccaa 351  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27878 tccccactgagattgttccttgacaaatttaatgaaatcaaaccaa 27923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 169; Significance: 1e-90; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 7 - 337
Target Start/End: Original strand, 29505952 - 29506286
Alignment:
Q  7 aatattgaattgtcatcttctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtg---aatcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagat 103  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| |     |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  29505952 aatattgaactgtaatctcctgcatcagttattggcacttgatgttttggcggctcttcttctcctggacattttatatcaagtggctctccacagagat 29506051  T
Q  104 tataatttcctttaaaacttgaagcgctaaatgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgag 203  Q
    ||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||    
T  29506052 taggatttccttcaaaacttgaagcgctaaaagtctgcagctgcgttccaattggaatttttccataaagctgattgtttgacaaatccaacgtagtgag 29506151  T
Q  204 acgatcaatatgagctagactggaaggaattctgcctga-aaacggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaatt 302  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||    
T  29506152 gcgatcaatatgagctagactggaaggaattgtgcctgatagatgatttcttgatagatcaagaaattcaagtgacttgaattttcctatgtctgaaatt 29506251  T
Q  303 attttcccactgagattgtttcttgacaaatttaa 337  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  29506252 atttccccactaagattgttccttgacaaatttaa 29506286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 146; Significance: 8e-77; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 7 - 351
Target Start/End: Original strand, 29227302 - 29227647
Alignment:
Q  7 aatattgaattgtcatcttctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagattat 106  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||  |||||| |   |||||||| |||| |||| ||||||| || ||||||||||| ||      
T  29227302 aatattgaattgtcatctcctacatcagttgttggcacttgtggttttgattgctcttctcctggacattttctatcaaggggatctccacaaaggttgg 29227401  T
Q  107 aatttcctttaaaacttgaagcgctaaatgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacg 206  Q
    ||||||| | ||||||||||||  |||| ||||| | |||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||  ||  |||||    
T  29227402 aatttccatcaaaacttgaagcattaaaggtctgcaactgtgttccaattggaatttttccatagagttgattgtgtgacaaatccaacatagcaagacg 29227501  T
Q  207 atcaatatgagctagactggaaggaattctgcctgaaa-acggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattatt 305  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||    
T  29227502 atcaatgtgagctagactggaaggaattctacctgaaagacgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatt 29227601  T
Q  306 ttcccactgagattgtttcttgacaaatttaatgaaatcaagccaa 351  Q
    | | | ||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||    
T  29227602 tccacgctgagattgttccttgacaaatttaaggcaatcaatccaa 29227647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 7 - 351
Target Start/End: Original strand, 29340601 - 29340946
Alignment:
Q  7 aatattgaattgtcatcttctgcatcagttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagattat 106  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||  |||||| |   |||||||| |||| |||| ||||||| || ||||||||||| ||      
T  29340601 aatattgaattgtcatctcctacatcagttgttggcacttgtggttttgattgctcttctcctggacattttctatcaaggggatctccacaaaggttgg 29340700  T
Q  107 aatttcctttaaaacttgaagcgctaaatgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacg 206  Q
    ||||||| | ||||||||||||  |||| ||||| | |||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||  ||  |||||    
T  29340701 aatttccatcaaaacttgaagcattaaaggtctgcaactgtgttccaattggaatttttccatagagttgattgtgtgacaaatccaacatagcaagacg 29340800  T
Q  207 atcaatatgagctagactggaaggaattctgcctgaaa-acggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattatt 305  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||    
T  29340801 atcaatgtgagctagactggaaggaattctacctgaaagacgatttcttgacagatcaagaaattcgagtgatttgaagtttcctatgtttgaaatgatt 29340900  T
Q  306 ttcccactgagattgtttcttgacaaatttaatgaaatcaagccaa 351  Q
    | | | ||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||    
T  29340901 tccacgctgagattgttccttgacaaatttaaggcaatcaatccaa 29340946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 34 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 26729932 - 26729608
Alignment:
Q  34 gttgtcggcacttgatgttttggtgaatcttctccaggacgttttatatcaagtggttctccacaaagattataatttcctttaaaacttgaagcgctaa 133  Q
    ||||| |||||||||||||  | ||  |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||   ||||||||  ||||| ||  ||  |||    
T  26729932 gttgttggcacttgatgttcggttggctcttctcctggacattttataccaagtggttctccacagagatcggaatttcctccaaaacatgcggcattaa 26729833  T
Q  134 atgtctgaagctgccttccaattggaacttttccatatagttgattgtttgacaagtccaaccaagtgagacgatcaatatgagctagactggaaggaat 233  Q
    |  |||| | |||  ||||| ||||||  || ||||| ||  ||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26729832 aactctgcaactgtattccagttggaatcttcccatagagcagattgtttgacaaatccaacatagtgaggcgatcaatatgagctagactggaaggaat 26729733  T
Q  234 tctgcctga-aaacggtttcttgacagatcaagaaattcaagtgacttgaagtttcctatgtttgcaattattttcccactgagattgtttcttgacaaa 332  Q
    ||| ||||| ||| | || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||||    
T  26729732 tcttcctgacaaatgattacttgatagatcaagaaattcaagtgatttgaagtttcctatgtttgaaattatttccccactaagattgttccttgacaaa 26729633  T
Q  333 tttaatgaaatcaagccaattaaat 357  Q
    ||||| |||||||| |||| |||||    
T  26729632 tttaaggaaatcaatccaactaaat 26729608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University