View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1511_low_7 (Length: 704)

Name: NF1511_low_7
Description: NF1511
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1511_low_7
NF1511_low_7
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (18-696)||(2447433-2448111)
chr6 (59-431)||(2678170-2678542)
chr6 (59-432)||(2618842-2619215)
chr6 (59-429)||(2585154-2585524)
chr6 (59-428)||(2431668-2432035)
chr6 (18-400)||(2573651-2574033)
chr6 (59-413)||(2601171-2601525)
chr6 (59-417)||(2645952-2646310)
chr6 (631-696)||(2431357-2431422)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (59-236)||(33801729-33801906)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (75-236)||(53664743-53664904)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (164-236)||(17874408-17874480)
chr7 (316-365)||(17874560-17874609)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 2448111 - 2447433
Alignment:
Q  18 accataatatgacataaaacaccattgaacatacacaatagcattgcttcctatagctaagcctttaaccaagccttgtttcaatcccaacttcactgat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2448111 accataatatgacataaaacaccattgaatatacacaatagcattgcttcctatagctaagcctttaaccaagccttgtttcaatcccaacttcactgat 2448012  T
Q  118 ccttgaagtgaatcagagaaagcagatatagtcttattttcccctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatatcgcttgttctgctattgtaccag 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2448011 ccttgaagtgaatcagagaaagcagatatagtcttattttcccctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatatcgcttgttctgctattgtaccag 2447912  T
Q  218 cttgattgtactcttctctgatatttctagccaacctaatcataatcctcttatatatgaagccaggagtcacaattagaaccacaaaagggaacccaac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2447911 cttgattgtactcttctctgatatttctagccaacctaatcataatcctcttatatatgaagccaggagtcacaattagaaccacaaaagggaacccaac 2447812  T
Q  318 aatggccaatctccataacaatacaaatgccactatgtagttcccaatgaacttagatacatgcttcaaaaaatttggaacctgtatagttttcaagtta 417  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2447811 aatggccaatctccataacaatgcaaatgccactatgtagttcccaatgaacttagatacatgcttcaaaaaatttggaacctgtatagttttcaagtta 2447712  T
Q  418 gaataaattaacaaacaattaatgtcacacatacaatgaaacgccgacgcaatacttgacactgacacatgtagtaatttgagaaatagaagtgattgta 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2447711 gaataaattaacaaacaattaatgtcacacatacaatgaaacgccgacgcaatacttgacactgacacatgtagtaatttgagaaatagaagtgattgta 2447612  T
Q  518 tgtatgtaaccacaattgtcagtatcgtgttggtgtatgaccgatcatgtcagacactgacacatgtcttcgatctgtagtgtcggtgctacatagcata 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2447611 tgtatgtaaccacaattgtcagtatcgtgttggtgtatgaccgatcatgtcaaacactgacatatgtcttcgatctgtagtgtcggtgctacatagcata 2447512  T
Q  618 aagtagaatgatattttttaataacttttcactaaggacatcttgaattattaggctgtcactagagacattgatgatg 696  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2447511 aagtagaatgatattttttaagaccttttcactaaggacatcttgaattattaggctgtcactagagacattggtgatg 2447433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 59 - 431
Target Start/End: Original strand, 2678170 - 2678542
Alignment:
Q  59 cattgcttcctatagctaagcctttaaccaagccttgtttcaatcccaacttcactgatccttgaagtgaatcagagaaagcagatatagtcttattttc 158  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | || ||||||||||| ||| || ||  ||||    
T  2678170 cattgcttcctatggccaagcctttagctaagccttgtttcaatcccaacttcactgatccttccaaagcattagagaaagcagctatggttttgctttc 2678269  T
Q  159 ccctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatatcgcttgttctgctattgtaccagcttgattgtactcttctctgatatttctagccaacctaatc 258  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |  |||    
T  2678270 tcctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatattgcttgttctgctattgtaccggcttgattgtactcttctctcatttttctagccaatcccatc 2678369  T
Q  259 ataatcctcttatatatgaagccaggagtcacaattagaaccacaaaagggaacccaacaatggccaatctccataacaatacaaatgccactatgtagt 358  Q
    | | | |||  ||| ||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  2678370 aaagttctcccatacatgaaaccaggaatcacaagtagtaccacaaaagggaacccaacaattgctaatctccataacaatgcaaatgccactatgtagc 2678469  T
Q  359 tcccaatgaacttagatacatgcttcaaaaaatttggaacctgtatagttttcaagttagaataaattaacaa 431  Q
    | ||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  2678470 ttccaatgaacatagatgcattcatcaaaaaatttggaacctatataatttttaagttagaataaattaacaa 2678542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 59 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 2619215 - 2618842
Alignment:
Q  59 cattgcttcctatagctaagcctttaaccaagccttgtttcaatcccaacttcactgatccttgaagtgaatcagagaaagcagatatagtcttattttc 158  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |  | || ||||||||||| ||| || ||  ||||    
T  2619215 cattgcttcctatgcctaagcctttagctaagccttgtttcaatcccaatttcactgatccttccaaagcattagagaaagcagctatggttttgctttc 2619116  T
Q  159 ccctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatatcgcttgttctgctattgtaccagcttgattgtactcttctctgatatttctagccaacctaatc 258  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |  |||    
T  2619115 tcctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatattgcttgttctgctattgtacctgctttattgtactcttctctcatttttctagccaatcccatc 2619016  T
Q  259 ataatcctcttatatatgaagccaggagtcacaattagaaccacaaaagggaacccaacaatggccaatctccataacaatacaaatgccactatgtagt 358  Q
    ||| | ||   ||| ||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||      
T  2619015 atagttcttccatacatgaaaccaggaatcacaagtagtaccacaaaagggaacccaacaattgccaatctccataacaatgcaaatgccactatgtatc 2618916  T
Q  359 tcccaatgaacttagatacatgcttcaaaaaatttggaacctgtatagttttcaagttagaataaattaacaaa 432  Q
      |||| |||  |||||  || | ||| |||||| ||||||| | |||||||||||| | || |||||||||||    
T  2618915 ctccaaagaaaatagatgtattcatcacaaaattcggaacctatgtagttttcaagtaacaagaaattaacaaa 2618842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 59 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 2585524 - 2585154
Alignment:
Q  59 cattgcttcctatagctaagcctttaaccaagccttgtttcaatcccaacttcactgatccttgaagtgaatcagagaaagcagatatagtcttattttc 158  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||  |  |  ||||||||||||  ||| || ||  ||||    
T  2585524 cattgcttcctatggccaagcccttagctaaaccttgtttcaatcccaacttcactgatccttccaaagcttcagagaaagcatctatggttttgctttc 2585425  T
Q  159 ccctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatatcgcttgttctgctattgtaccagcttgattgtactcttctctgatatttctagccaacctaatc 258  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||  |||    
T  2585424 tcctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatattgcttgttctgctattgtaccagctttattgtactcttctctaatttttctagccaaccccatc 2585325  T
Q  259 ataatcctcttatatatgaagccaggagtcacaattagaaccacaaaagggaacccaacaatggccaatctccataacaatacaaatgccactatgtagt 358  Q
      ||  |||  ||| ||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||||||||||||      
T  2585324 gaaactctcccatacatgaaaccaggaatcacaagtagtaccacaaaagggaacccaacaattgctaatctccataacaaagcaaatgccactatgtatc 2585225  T
Q  359 tcccaatgaacttagatacatgcttcaaaaaatttggaacctgtatagttttcaagttagaataaattaac 429  Q
      |||||||| ||||||  || | |||||||||  ||||||| | |||||||||||| | || ||||||||    
T  2585224 ctccaatgaaattagatgtattcatcaaaaaatccggaacctatgtagttttcaagtaacaagaaattaac 2585154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 59 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 2432035 - 2431668
Alignment:
Q  59 cattgcttcctatagctaagcctttaaccaagccttgtttcaatcccaacttcactgatccttgaagtgaatcagagaaagcagatatagtcttattttc 158  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || || |||||||| ||||  |  | || ||||||||| | || ||| ||  ||||    
T  2432035 cattgcttcctatggctaagcctttagccaaaccttgtttcaaacctaatttcactgacccttccaaagcattagagaaagctgctagagttttgctttc 2431936  T
Q  159 ccctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatatcgcttgttctgctattgtaccagcttgattgtactcttctctgatatttctagccaacctaatc 258  Q
    |||| |||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||    
T  2431935 ccctacaaaagaataaacagttcttatagaagatattgcttgttccgctattgtaccagcttgattgtactcttctctaatctttctagccaacctcatc 2431836  T
Q  259 ataatcctcttatatatgaagccaggagtcacaattagaaccacaaaagggaacccaacaatggccaatctccataacaatacaaatgccactatgtagt 358  Q
      |||||||||||| ||| | |||||  ||||||  ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| |     
T  2431835 gaaatcctcttatacatgtaaccagggatcacaagaagaaccataaaagggaatccaacaatagccaatctccataataatgcaaatgctactatgttgc 2431736  T
Q  359 tcccaatgaacttagatacatgcttcaaaaaatttggaacctgtatagttttcaagttagaataaattaa 428  Q
    |   || |||| ||||| ||| |  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||    
T  2431735 ttgaaaggaacctagatgcattcaccaaaaaatttggaacc--tatagttttcaagttagaagaaattaa 2431668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 400
Target Start/End: Original strand, 2573651 - 2574033
Alignment:
Q  18 accataatatgacataaaacaccattgaacatacacaatagcattgcttcctatagctaagcctttaaccaagccttgtttcaatcccaacttcactgat 117  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||  | || | |||| | |||||||||||||  ||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2573651 accataatatgacatcaaagaccatacagcaaaaacaagaccattgcttcctatgcctatgcctttcgccaagccttgtttcaatcccaatttcactgat 2573750  T
Q  118 ccttgaagtgaatcagagaaagcagatatagtcttattttcccctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatatcgcttgttctgctattgtaccag 217  Q
    ||||  |  | || ||||||||||| ||| || ||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| |    
T  2573751 ccttccaaagcattagagaaagcagctatggttttgctttctcctgcaaaggaataaacagttctgattgaagatattgcttgttgtgctattgtaccgg 2573850  T
Q  218 cttgattgtactcttctctgatatttctagccaacctaatcataatcctcttatatatgaagccaggagtcacaattagaaccacaaaagggaacccaac 317  Q
    ||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |  |||  ||| ||   ||| ||||| |||||| |||| | ||| |||| |||||||||||||||    
T  2573851 ctttattgtactcttctctaatttttctagccaatcccatcgaaattcttccatacatgaaaccaggaatcactagtagtaccaaaaaagggaacccaac 2573950  T
Q  318 aatggccaatctccataacaatacaaatgccactatgtagttcccaatgaacttagatacatgcttcaaaaaatttggaacct 400  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||| | |||| |||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  2573951 aattgccaatctccataacaatgcaaatgctgctatgtagcttccaaggaacatagatgcattcatcaaaaaatttggaacct 2574033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 59 - 413
Target Start/End: Original strand, 2601171 - 2601525
Alignment:
Q  59 cattgcttcctatagctaagcctttaaccaagccttgtttcaatcccaacttcactgatccttgaagtgaatcagagaaagcagatatagtcttattttc 158  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| || |||||  |  | |||||||||||||| ||| || || |||||    
T  2601171 cattgcttcctatgcctaagcctttagctaagccttgtttcaatcccaacttcagtggtccttccaaagcatcagagaaagcagctatggttttgttttc 2601270  T
Q  159 ccctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatatcgcttgttctgctattgtaccagcttgattgtactcttctctgatatttctagccaacctaatc 258  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || || ||||||||||| |  |||    
T  2601271 tcctgtaaaggaataaacagttctaattgaagatattgcttgttctgctattgtacctgctttattgtactcttccctaatttttctagccaatcccatc 2601370  T
Q  259 ataatcctcttatatatgaagccaggagtcacaattagaaccacaaaagggaacccaacaatggccaatctccataacaatacaaatgccactatgtagt 358  Q
      | ||||   ||| ||||| |||||| |||| | ||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||  ||||||||     
T  2601371 gaagtccttccatacatgaaaccaggaatcactagtaataccaaaaaagggaacccaacaattgccaatctccataacgatgcaaatgctgctatgtagc 2601470  T
Q  359 tcccaatgaacttagatacatgcttcaaaaaatttggaacctgtatagttttcaa 413  Q
    | |||| |||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  2601471 ttccaaggaacatagacacattcatcaaaaaatttggaacctatataattttcaa 2601525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 59 - 417
Target Start/End: Original strand, 2645952 - 2646310
Alignment:
Q  59 cattgcttcctatagctaagcctttaaccaagccttgtttcaatcccaacttcactgatccttgaagtgaatcagagaaagcagatatagtcttattttc 158  Q
    ||||||||||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | ||  |||||||||| ||| || || |||||    
T  2645952 cattgcttcctatggcaaaacctttagctaagccttgtttcaatcccaacttcactgatccttccaaagcatttgagaaagcagctatggttttgttttc 2646051  T
Q  159 ccctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatatcgcttgttctgctattgtaccagcttgattgtactcttctctgatatttctagccaacctaatc 258  Q
     |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || || ||||||||||| |  |||    
T  2646052 tcctgtaaaggaataaacagttctgattgaagatattgcttgttctgctattgtaccagctcgattatactcttcactaatttttctagccaatcccatc 2646151  T
Q  259 ataatcctcttatatatgaagccaggagtcacaattagaaccacaaaagggaacccaacaatggccaatctccataacaatacaaatgccactatgtagt 358  Q
        ||||   ||| ||||| |||||| |||||| |||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||  |||||| ||||| |||     
T  2646152 gatgtccttcgatacatgaaaccaggaatcacaagtagaacaataaaagggaaccctacaattgccaatctccataataatgtaaatgctactatatagc 2646251  T
Q  359 tcccaatgaacttagatacatgcttcaaaaaatttggaacctgtatagttttcaagtta 417  Q
    | ||||||||| ||||| ||| | |||| |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  2646252 ttccaatgaacatagatgcattcatcaacaaatttggaacctacatagttttcaagtta 2646310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 631 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 2431422 - 2431357
Alignment:
Q  631 ttttttaataacttttcactaaggacatcttgaattattaggctgtcactagagacattgatgatg 696  Q
    |||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || |||||    
T  2431422 ttttttcataccttgtcactaagaacatcttgaattactaggctgtcactagatacactggtgatg 2431357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 78; Significance: 6e-36; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 59 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 33801906 - 33801729
Alignment:
Q  59 cattgcttcctatagctaagcctttaaccaagccttgtttcaatcccaacttcactgatccttgaagtgaatcagagaaagcagatatagtcttattttc 158  Q
    |||||||||||||   |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||  |  | || ||||||||||| ||| || ||  ||||    
T  33801906 cattgcttcctatgcttaagcctttagctaagccttgtttcaatcccaatttcacttatccttccaaagcattagagaaagcagctatggttttgctttc 33801807  T
Q  159 ccctgcaaaggaataaacagttctaattgaagatatcgcttgttctgctattgtaccagcttgattgtactcttctct 236  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||    
T  33801806 tcctgcaaaggaataaacagttctaattgaagaaattgcttgttctgctattttaccggctttattttactcttctct 33801729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 78; Significance: 6e-36; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 75 - 236
Target Start/End: Original strand, 53664743 - 53664904
Alignment:
Q  75 taagcctttaaccaagccttgtttcaatcccaacttcactgatccttgaagtgaatcagagaaagcagatatagtcttattttcccctgcaaaggaataa 174  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||  |  | || ||||||||||| ||| || ||  |||| |||||||||||||||    
T  53664743 taagcctttagctaagccttgtttcaatcccaatttcactcatccttccaaagcattagagaaagcagctatggttttgctttctcctgcaaaggaataa 53664842  T
Q  175 acagttctaattgaagatatcgcttgttctgctattgtaccagcttgattgtactcttctct 236  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||    
T  53664843 acagttctaattgaagaaattgcttgttctgctattataccggctttattgtactcttctct 53664904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 164 - 236
Target Start/End: Original strand, 17874408 - 17874480
Alignment:
Q  164 caaaggaataaacagttctaattgaagatatcgcttgttctgctattgtaccagcttgattgtactcttctct 236  Q
    |||| ||||| ||||||||||| | |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17874408 caaatgaatagacagttctaatggtagatattgtttgttctgcaattgtaccagcttgattatactcttctct 17874480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 316 - 365
Target Start/End: Original strand, 17874560 - 17874609
Alignment:
Q  316 acaatggccaatctccataacaatacaaatgccactatgtagttcccaat 365  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||    
T  17874560 acaatggccattctccataacattgtaaatgccactatgtagctcccaat 17874609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University