View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15131_low_6 (Length: 500)

Name: NF15131_low_6
Description: NF15131
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15131_low_6
NF15131_low_6
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-492)||(4144425-4144916)
chr8 (108-492)||(4152532-4152919)
chr8 (108-492)||(4162885-4163272)
chr8 (122-492)||(4123199-4123569)
chr8 (108-492)||(4133727-4134114)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Original strand, 4144425 - 4144916
Alignment:
Q  1 ttacgccctttttcctttttagtaaccgcaactgtaaggacccaaattcagattattagagtttaaaaacttaaattattttgatattcaataatataaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4144425 ttacgccctttttcctttttagtaaccgcaactgtaaggacccaaattcagattattagagtctaaaaacttaaattattttgatattcaataatttaaa 4144524  T
Q  101 gaaaatttaccaagttctgctggcacacgaatgaagagatcaactccgccgttaggaaatttctgcaaatcaattaactccttactccaatacatacaac 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4144525 gaaaatttaccaagttctgccggcacacgaatgaagagatcaactccgccggtaggaaatttctgcaaatcaattaactcgctactccaatacatacaac 4144624  T
Q  201 ctatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcagg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4144625 ctatagaaggatcatatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcagg 4144724  T
Q  301 aggtttcatattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccttctgttctcaca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4144725 aggtttcatattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccttctgttctcaca 4144824  T
Q  401 caaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaaattggtacactagaattatc 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4144825 caaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaaattggtacactagaattatc 4144916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 108 - 492
Target Start/End: Original strand, 4152532 - 4152919
Alignment:
Q  108 taccaagttctgctggcacacgaatgaagagatcaactccgccgttaggaaatttctgcaaatcaattaactccttactccaatacatacaacctataga 207  Q
    |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||  ||||||    
T  4152532 tacctagttctgccggcacacgaacgaagagatcaactccgccattaggaaatttctgcaaatcaattaactctccagtccaatacatacaaaatataga 4152631  T
Q  208 aggatcatatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgattaccagc---tgatctctcattaaaatcaggaggt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||     || |||| |||||||||||||||||    
T  4152632 aggatcatatgcatatgccaaacaagaacaatttgccaaacaatctgctccacacttatcttgatcagcattatttgttctcacattaaaatcaggaggt 4152731  T
Q  305 ttcatattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccttctgttctcacacaac 404  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||    
T  4152732 ttcatattatgatacaccttaaatccatcttgtttaactatacttgatccattcttcaccatctcacactttaagttcattccttctttcctcacacaac 4152831  T
Q  405 cattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaaattggtacactagaattatc 492  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  4152832 cattagtccaattgcctaaactccattccacagaattctttggctcaaacccatcaaaacaactacaaattggcacagtagaattatc 4152919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 108 - 492
Target Start/End: Original strand, 4162885 - 4163272
Alignment:
Q  108 taccaagttctgctggcacacgaatgaagagatcaactccgccgttaggaaatttctgcaaatcaattaactccttactccaatacatacaacctataga 207  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |    
T  4162885 tacctagttctgctggaacacgaatgaagagatcaactccgctagtaggaaatttctgcaaatcaattaactcactactccaatacatacaacgtataaa 4162984  T
Q  208 aggatcatatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcaggaggtttc 307  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || || || |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4162985 aggatcatatgcataagccaaacaagaacaatttgccaaacaatctgttctacacttatctcgactaacatctgatctctcagcaaaatcaggaggtttc 4163084  T
Q  308 atattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccat 407  Q
     ||||  ||||||||||||||  ||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  4163085 gtattgggatgcaccaaaaatttatcttgtttaactacgcttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcattccttctttcctcacacaaccat 4163184  T
Q  408 tagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaaa---ttggtacactagaattatc 492  Q
    |||||||||| | | |||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||   |||||||||||||| ||||    
T  4163185 tagtccaattccttgaactccactccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggtacactagaaatatc 4163272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 122 - 492
Target Start/End: Original strand, 4123199 - 4123569
Alignment:
Q  122 ggcacacgaatgaagagatcaactccgccgttaggaaatttctgcaaatcaattaactccttactccaatacatacaacctatagaaggatcatatgcat 221  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  4123199 ggcactcgaatgaagagatcaactccaccataaggaaatttctgcaaatcaattaactctccagtccaatacatacaaaatatagaaggatcatatgcat 4123298  T
Q  222 atgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcaggaggtttcatattatgatgcac 321  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||  || | ||  | ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||| |||    
T  4123299 atgccaaacaagaacaatttgccaaacaatcttctccacacttatctatatcaacatttaatctctcagcaaaatcaggaactttcatattatgatacac 4123398  T
Q  322 caaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcct 421  Q
    |  |||| ||||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  4123399 cttaaatccatcttgcttaactacagttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccctctttcctcacacaaccattagtccaatttcct 4123498  T
Q  422 aaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaaattggtacactagaattatc 492  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  4123499 aaactccattccacagaattctttgcctcaaacccatcaaaacaactacaaattggcacaacagaattatc 4123569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 108 - 492
Target Start/End: Original strand, 4133727 - 4134114
Alignment:
Q  108 taccaagttctgctggcacacgaatgaagagatcaactccgccgttaggaaatttctgcaaatcaattaactccttactccaatacatacaacctataga 207  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || | |||||| || |||||| ||||||| ||   |||||||||||  ||||||||| |    
T  4133727 taccaagttctgccgggacacggatgaagagatcaactcctccatgaggaaagttttgcaaaccaattaagtctccactccaatacacgcaacctatata 4133826  T
Q  208 aggatcatatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcaggaggtttc 307  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  4133827 acgatcatatgcatatgccaaacaagaacaatttaccaaacaatctgttctacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcaggaactttc 4133926  T
Q  308 atattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccat 407  Q
    |||||  ||| |||||||||  |||||||||| | |  |||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  4133927 atattccgattcaccaaaaaaccatcttgtttaaattcatttgatccggtcttcaacatctcacacttcaagttcattcctgctgtcctcacacaaccat 4134026  T
Q  408 tagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaaa---ttggtacactagaattatc 492  Q
    |||||||||| | | ||||||| |||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  4134027 tagtccaattccttgaactccattccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggtacactagaattatc 4134114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University