View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15133_low_1 (Length: 979)

Name: NF15133_low_1
Description: NF15133
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15133_low_1
NF15133_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (10-755)||(52034802-52035568)
chr1 (764-963)||(52035654-52035849)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 632; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 755
Target Start/End: Original strand, 52034802 - 52035568
Alignment:
Q  10 gagaagatggattttttcctagctaaggattatagtttttgaaagttataattatgcagaaattgatcacacggatgacatcctcccaattcatccatgt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  52034802 gagaagatggattttttcctagctaaggattatagtttttgaaagttataattatgcagaaattgatcacacggatgacatcctcccaattcatccattt 52034901  T
Q  110 cctcaatgttttgaaggtagtctgagaaaactgcatcaacttcccctggtgtgaaaggcaatgtcttgagcgataaaagtcctacaatattagtttgaat 209  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52034902 cctcaatgttttgaaggaagtctgagaaaactgcatcaacttcccctggcgtgaaaggcaatgtcttgagcgataaaagtcctacaatattagtttgaat 52035001  T
Q  210 ttgtcaactccgtcatgctc------------gccttgcccatccgatcatttcgcatcaaatgcactggatgccattataaagatatcaatcgatttgt 297  Q
    ||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52035002 ttgtcaactccgtcatgctcctgcgtgaccccgccttgcccatccgatcatttcgcatcaaatgcactggatgccatt-taaagatatcaatcgatttgt 52035100  T
Q  298 tcctgttgctgttcaacgaggacttgtgagtttcgtcttagatttgtccactacttacactcattttgaaatcacattaggtcatacatttgaaagtgtt 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  52035101 tcctgttgctgttcaacgaggacttgtgagtttcatcttagatttgtccactacttacactcattttaaaatcacattaggtcctacacttgaaagtgtt 52035200  T
Q  398 ttcaattgtagaaaccttgtggttattaataagcttctcgaagggagtcccgttgtagaggatttgcaaatcactgatttactactcgga---------- 487  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
T  52035201 ttcagttgtagaaaccttgtggttattaataagcttctcgaagggtgtcccgttgtagaggatttgcaaatcactgatttactactcggaaagtaacgga 52035300  T
Q  488 gagtttaaaatgttatccaatttcgtcaaagaaaatgttctgaatttgcagagaggaaggggattgttggacagagaccgagtaacaatgctattttgtt 587  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52035301 gagtttaaaatcttatccaatttcgtcaaagataatgttttgaatttgcagagaggaaggggattgttggacagagaccgagtaacaatgctattttgtt 52035400  T
Q  588 aaagttacaataagttgaaattgatttctaatgtttgtctagatgtccaaccaacaatgtcaagcttttcttaacataactcacctcgagcttcggctta 687  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52035401 aaagttacaataagttgaaattgatttctaatgtttgtctagatgtccaaccaacaatgtcaagcttttcttaacataactcacctcgagcttcggctta 52035500  T
Q  688 tctttgtacccccttgaactgcttgatcaaagtgctccaatattgtcagaatcttacccttcatgagg 755  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52035501 tctttgtacccacttgaactgcttgatcaaagtgctccaatattgtcagaatcttacccttcatgagg 52035568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 764 - 963
Target Start/End: Original strand, 52035654 - 52035849
Alignment:
Q  764 gttagtttgatggacatggaattggtgacaaaatgtgcatgaaaccacggaatctatttgctccggattgcctttcctataaactaaaaacatgctctct 863  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52035654 gttagtttgatggacatggaattggtgacaaaatgtgcatgaaaccacggaatctatttgctccggattgcctttcctataaactaaaaacatgctctct 52035753  T
Q  864 tatataggctttaaaggatcgactcttgggattctatttatagcatatattttggctaatgcgaaattactgaactctctgacgattaatgtctcaaaag 963  Q
      |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||||||||    
T  52035754 --tataggttttaaaggatcgactgttaggattctatttatagcgtatattttggctaatgcgaaattactgaa--cactgacgattaaagcctcaaaag 52035849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University