View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15135_low_2 (Length: 761)

Name: NF15135_low_2
Description: NF15135
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15135_low_2
NF15135_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-756)||(51048541-51049284)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 716; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 716; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 51049284 - 51048541
Alignment:
Q  13 aaaacacctaaaaataatggtgatagtggtgctgaaactaaggggattcttctcaacaactgcactgccaattgctcaatcccagtggctacctatgcaa 112  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51049284 aaaacacctaaaaacaatggtgatagtggtgctgaaactaaggggattcttctcaacaactgcactgccaattgctcaatcccagtggctacctatgcaa 51049185  T
Q  113 gaactaatggacatgatactaatgatctttcattgaggttgcctgccgattgaacaaccggaagtggtaatctgatgtatcgtgaaagacttcctttttc 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51049184 gaactaatggacatgatactactgatctttcattgaggttgcctgccgattgaacaaccggaagtggtaatctgatgtatcgtgaaagacttcctttttc 51049085  T
Q  213 ttttaacaggactgaatttgaattgtgaaggacttcctagtgaccttacgtgtatattggagttaagaaaaggttaccagttttgttgtgcagcccgtaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51049084 ttttaacaggactgaatttgaattgtgaaggacttcctagtgaccttacgtgtatattggagttaagaaaaggttaccagttttgttgtgcagcccgtaa 51048985  T
Q  313 gtgatgctgctcatgtgcatatagttagattggtcccaatctctttcaaatattttgtctggaataactatcaacttgactcaactgcatgtaactggaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51048984 gtgatgctgctcatgtgcatatagttagattggtcccaatctctttcaaatattttgtctggaataactatcaacttgactcaaccgcatgtaactggaa 51048885  T
Q  413 cctctttagtgacgttgatagccaagtcttggcatggacacagataacttttgtgtttactttcaacttttcaaggatattgataacactatgtaatgtc 512  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51048884 cctctttagtgacgttgataaccaagtcttggcatggacacagataacttttgtgtttactttcaacttttcaaggatattgataacactatgtaatgtc 51048785  T
Q  513 cacggaaaaaaccatttttgatctcagaaacttatctccgaaatatagccgctataaggcacaagtactcattcatatcatttcatgtcggaattcaaca 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51048784 cacggaaaaaaccatttttgatctcagaaacttatctccgaaatatagccgctataaggcacaagtactcattcatatcatttcatgtcggaattcaaca 51048685  T
Q  613 tcagggtgacagatctcactaattaaactcacttgtgtattttcaagttgagggaatctatacgagttaaaacattaaatggtgattggtggggtctcac 712  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  51048684 tcagggtgacagatctcactaataaaactcacttgtgtattttcaagttgagggaatctatacgagttaaaatattaaatggtgattggtggggtctcac 51048585  T
Q  713 aagttttcactatatcttggcaccacttgcttaatattcttcga 756  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51048584 aagttttcactatatcttggcaccacttgcttaatatttttcga 51048541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University