View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15151_low_1 (Length: 737)
Name: NF15151_low_1
Description: NF15151
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15151_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 658; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 658; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 724
Target Start/End: Complemental strand, 37809107 - 37808393
Alignment:
| Q |
10 |
catcatcaactttatattattctttcaatgcgggaggaatacattttataatgctcggttcctacatatcatacgacaaatcaggttaactcttggttca |
109 |
Q |
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| T |
37809107 |
catcttcaactttatattattctttcaatgcgggaggaatacattttataatgctcggttcctacatatcatacgacaaatcaggttaactcttggttca |
37809008 |
T |
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| Q |
110 |
tccttttcttctgctttcttatacacgatcgatagtccttattgattcacttttagtatcatcccnnnnnnnattgcaggggaccagtacaaatggttgg |
209 |
Q |
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| T |
37809007 |
tccttttcttctgctttcttatacataatcgatagtccttattgattcacttttagtatcatccctttttttattgcaggggaccagtacaaatggttgg |
37808908 |
T |
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| Q |
210 |
agaaggatttggcttctcctgatagggaagcaactccatggtgggtagctacatggcatgcaccgtggtacagcacttacaagtcacattatagagaagc |
309 |
Q |
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| T |
37808907 |
agaaggatttggcttctcttgatagggaagtaactccatggttggtagctacatggcatgcaccttggtacagcacttacaagtcacattatagagaagc |
37808808 |
T |
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| Q |
310 |
ggagtgtatgagggtcaatatggacgatttattatataaatatggtgttgacattgtctttaacggacatgtaagcatctcgttgttttcattatttata |
409 |
Q |
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| T |
37808807 |
ggagtgtatgagggtcaatatggaagatttattatataaatatggtgttgacattgtctttaacggacatgtaagcatctcgttgttttcattatttata |
37808708 |
T |
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| Q |
410 |
attcgttattattctcaagatacaaaattctcatgagaacattgaacaggttcatgcctatgagagatcgaaccgtgtatataactacacattggatccg |
509 |
Q |
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| T |
37808707 |
atttgttattattctcaagatacaaaattctcatgagaacattgaacaggttcatgcctatgagagatcgaaccgtgtatataactacacattggatccg |
37808608 |
T |
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| Q |
510 |
tgcggtcctgtttatatcacagttggtgacggtggtaatcgggaaaagatggcaattactcatgcagatgaaccaggaaactgtcctgaaccattaacta |
609 |
Q |
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| T |
37808607 |
tgcggtcctgtttatatcacagttggtgacggtggtaatcgggaaaagatggcaattactcatgcagatgaaccaggaaactgtcctgaaccattaacta |
37808508 |
T |
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| Q |
610 |
caccagataaatttatgagaggtttctgcgccttcaattttacttccggtccagcagcaggtaaattctgttgggaccaacagcctgattatagtgcttt |
709 |
Q |
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| T |
37808507 |
caccagataaatttatgagaggtttctgcgccttcaattttacttccggtccagcagcaggtaaattctgttgggaccaacagcctgattatagtgcttt |
37808408 |
T |
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| Q |
710 |
tcgcgaaagcagctt |
724 |
Q |
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| T |
37808407 |
tcgcgaaagcagctt |
37808393 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 37816521 - 37815817
Alignment:
| Q |
10 |
catcatcaactttatattattctttcaatgcgggaggaatacattttataatgctcggttcctacatatcatacgacaaatcaggttaactcttggttca |
109 |
Q |
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| T |
37816521 |
catcatccactttctattattctttcaatgcaggaggaatacattttataatgctcggtgcctacatatcatacgacaaatcaggttaactcttggttca |
37816422 |
T |
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| Q |
110 |
tccttttcttctgctttcttatacacgatcgatagtccttattgattcacttttagtatcatcccnnnnnnnattgcaggggaccagtacaaatggttgg |
209 |
Q |
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| T |
37816421 |
tcattttcttctggtttcttgtacacaattgatagtcctta-------------agtgtcatcc-ttcttttattgcaggggaccagtacaaatggttgg |
37816336 |
T |
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| Q |
210 |
agaaggatttggcttctcctgatagggaagcaactccatggtgggtagctacatggcatgcaccgtggtacagcacttacaagtcacattatagagaagc |
309 |
Q |
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| T |
37816335 |
agaaagatttggcttctcttgacagggaagtaactccatggttggtagctacatggcatgcaccttggtacagcacctacatagcacattatagagaggt |
37816236 |
T |
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| Q |
310 |
ggagtgtatgagggtcaatatggacgatttattatataaatatggtgttgacattgtctttaacggacatgtaagcatctcgttgttttcattatttata |
409 |
Q |
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| T |
37816235 |
ggagtgtatgagggtggagatggaagatttactatataaatatggcgttgacattgtcttcaatggacatgtaagcaccttgtagttat-atctggtgta |
37816137 |
T |
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| Q |
410 |
attc---gttattattctcaagatacaaaattctcatgagaacattgaacaggttcatgcctatgagagatcgaaccgtgtatataactacacattggat |
506 |
Q |
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| T |
37816136 |
gttgattgttatcattctcaagatccaaaattctcatgagaacattgaacaggttcatgcctatgagagatcaaaccgtgtatataactacacattggat |
37816037 |
T |
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| Q |
507 |
ccgtgcggtcctgtttatatcacagttggtgacggtggtaatcgggaaaagatggcaattactcatgcagatgaaccaggaaactgtcctgaaccattaa |
606 |
Q |
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| T |
37816036 |
ccctgcggtcctgtttatatcaccgttggtgacggtggcaaccgagaaaagatggcaattgctcatgccgatgaaccaggaaactgtccagaaccatcaa |
37815937 |
T |
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| Q |
607 |
ctacaccagataaatttatgagaggtttctgcgccttcaattttacttccggtccagcagcaggtaaattctgttgggaccaacagcctgattatagtgc |
706 |
Q |
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| T |
37815936 |
ctacaccagataaatttatgggtggcttttgcgcctttaattttacatccggtccagcagcaggtaaattctgttgggaccaacagcctgattacagcgc |
37815837 |
T |
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| Q |
707 |
ttttcgcgaaagcagctttg |
726 |
Q |
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| T |
37815836 |
tttccgtgaaagcagctttg |
37815817 |
T |
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