View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15152_low_1 (Length: 512)

Name: NF15152_low_1
Description: NF15152
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15152_low_1
NF15152_low_1
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (13-496)||(41485663-41486146)
chr2 (13-496)||(40752787-40753275)
chr2 (294-496)||(41471819-41472020)
chr2 (294-496)||(41478820-41479021)
chr2 (53-161)||(41471607-41471715)
chr2 (53-161)||(41478495-41478603)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (381-493)||(16407382-16407494)
chr4 (384-494)||(52482147-52482256)
chr4 (51-180)||(52481721-52481850)
chr4 (59-136)||(16407688-16407765)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 496
Target Start/End: Original strand, 41485663 - 41486146
Alignment:
Q  13 atgagaaagcagtaactaagagagaattttcagagaaggtgcaaatgaaagcaatcgagtggtgctcaaagtgggatggctgtgttaaggatcctagctg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41485663 atgagaaagcagtaactaagagagaattttcagagaaggtgcaaatgaaagcaatcgagtggtgctcaaagtgggatgactgtgttaaggatcctagctg 41485762  T
Q  113 gcatccgttcaaagttgtaactgacagagaagggaactccaaggtacaacgacttcacaaattatgtttgtttgttaaaattaatattttttctcaactg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485763 gcatccgttcaaagttgtaactgacagagaagggaactccaaggtacaacgacttcacaaattatgtttgtttgttaaaattaatattttttctcaactg 41485862  T
Q  213 ttctgttaagacacacctttggatatatttattccctaaaacatataatgcaccatttcttaataattagtaagcatggtaattggtactgtgtagtgat 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41485863 ttctgttaagacacacctttggatatatttattccctaaaacatataatgcaccatttcttaataattagtaagcatggtaattggtattgtgtagtgat 41485962  T
Q  313 ctatttactggaaattttgctggtgttagcacttacttggcatgtctgtttccctgctatgagctttatggaccatgatctaatatatgtaagatatatc 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41485963 ctatttactggaaattttgctggtgttagcacttacttggcatgtctgtttccctgctatgagctttatggaccatgatctaatatatgtaagatatatc 41486062  T
Q  413 acacaggaaattttagatggagaagataaaaagctgaaaagtttgaaggatgagtttggggatgaggtgcaagatgcagtagct 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41486063 acacaggaaattttagatggagaagataaaaagctgaaaagtttgaaggatgagtttggggatgaggtgcatgatgcagtagct 41486146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 13 - 496
Target Start/End: Original strand, 40752787 - 40753275
Alignment:
Q  13 atgagaaagcagtaactaagagagaattttcagagaaggtgcaaatgaaagcaatcgagtggtgctcaaagtgggatggctgtgttaaggatcctagctg 112  Q
    ||||||||||||  ||||||||| || ||||||||   | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  40752787 atgagaaagcagctactaagagaaaactttcagaggcagggaaaatgaaagcaatcgagtggtgctcaaagtgggatgactgtgttaaagatccaagctg 40752886  T
Q  113 gcatccgttcaaagttgtaactgacagagaagggaactccaaggtacaacgacttcacaaattatgtttgtttgttaaaattaatattttttctcaactg 212  Q
    ||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |    
T  40752887 gcatccgttcaaagttgtaaccgataaagaagggaactccaaggtacaatgacttcacggattatgtttgttcgttaaagttaatattttttctcaacag 40752986  T
Q  213 ttctgttaagacacacctttggatatatttattccctaaa--------acatataatgcaccatttcttaataattagtaagcatggtaattggtactgt 304  Q
    |||| |||||| || |  |||||||||||||| |||||||        |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  40752987 ttctattaagaaactctgttggatatatttatcccctaaatggctaaaacatataatgcagcatttcataataattagaaagcatggtaattggtattgt 40753086  T
Q  305 gtagtgatctatttactggaaattttgctggtgttagcacttacttggcatgtctgtttccctgctatgagctttatggaccatgatctaatatatgtaa 404  Q
    |||| || ||||||||||||| |||  ||| || ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||  ||  ||||||||||||||||||| |    
T  40753087 gtagggacctatttactggaacttt--ctgttgctagcacttatttggcatatttgtttccctgctatgaactgcataaaccatgatctaatatatgtta 40753184  T
Q  405 gatatatcacacaggaaattttagatggagaagataaaaagctgaaaagtttgaaggatgagtttggggatgaggtgcaagatgcagtagct 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  40753185 gatatatcacacaggaaattttagatggagaagatgaaaagctgaaaagtttgaaggatgag-ttggggataaggtgcatgatgcagtagct 40753275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 294 - 496
Target Start/End: Original strand, 41471819 - 41472020
Alignment:
Q  294 attggtactgtgtagtgatctatttactggaaattttgctggtgttagcacttacttggcatgtctgtttccctgctatgagctttatggaccatgatct 393  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| |  |||| || |||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||| |||||||||    
T  41471819 attggtattgtgttgtgatctatttgcctgaaactt-gctgctgttagcacttatttggcatgtttgtttccctgatatgaactgcatgggccatgatct 41471917  T
Q  394 aatatatgtaagatatatcacacaggaaattttagatggagaagataaaaagctgaaaagtttgaaggatgagtttggggatgaggtgcaagatgcagta 493  Q
    ||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  41471918 aatatatgttacatataccacgcaggaaattttagacggagaagatgaaaagctaaaaagtttgaaggatgagttcggggatgaggtgcatgatgcagta 41472017  T
Q  494 gct 496  Q
    |||    
T  41472018 gct 41472020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 294 - 496
Target Start/End: Original strand, 41478820 - 41479021
Alignment:
Q  294 attggtactgtgtagtgatctatttactggaaattttgctggtgttagcacttacttggcatgtctgtttccctgctatgagctttatggaccatgatct 393  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| |  |||| || |||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||    
T  41478820 attggtattgtgttgtgatctatttgcctgaaactt-gctgctgttagcacttatttggcatgtttgtttccctgatatgaactgcatggaccatgatct 41478918  T
Q  394 aatatatgtaagatatatcacacaggaaattttagatggagaagataaaaagctgaaaagtttgaaggatgagtttggggatgaggtgcaagatgcagta 493  Q
    ||||||||| | ||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  41478919 aatatatgttacatataccacgcaggaaatttcagacggagaagatgaaaagctaaaaagtttgaaggatgagttcggggatgaggtgcatgatgcagta 41479018  T
Q  494 gct 496  Q
    |||    
T  41479019 gct 41479021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 53 - 161
Target Start/End: Original strand, 41471607 - 41471715
Alignment:
Q  53 gcaaatgaaagcaatcgagtggtgctcaaagtgggatggctgtgttaaggatcctagctggcatccgttcaaagttgtaactgacagagaagggaactcc 152  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |||    
T  41471607 gcaattgaaagcaatcgagtggtgctctacgtgggatgactgtcttaaagatcccagctggcatccgttcaaagttgtgactgataaagacgggaaatcc 41471706  T
Q  153 aaggtacaa 161  Q
    |||||||||    
T  41471707 aaggtacaa 41471715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 53 - 161
Target Start/End: Original strand, 41478495 - 41478603
Alignment:
Q  53 gcaaatgaaagcaatcgagtggtgctcaaagtgggatggctgtgttaaggatcctagctggcatccgttcaaagttgtaactgacagagaagggaactcc 152  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |||    
T  41478495 gcaattgaaagcaatcgagtggtgctctacgtgggatgactgtcttaaagatcccagctggcatccgttcaaagttgtgactgataaagacgggaaatcc 41478594  T
Q  153 aaggtacaa 161  Q
    |||||||||    
T  41478595 aaggtacaa 41478603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 81; Significance: 7e-38; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 381 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 16407494 - 16407382
Alignment:
Q  381 tggaccatgatctaatatatgtaagatatatcacacaggaaattttagatggagaagataaaaagctgaaaagtttgaaggatgagtttggggatgaggt 480  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  16407494 tggacgatgatctaatatatgttagatatatcacgcaggaaattttagacggagaagatgaaaagctgaaaagtttgaaggatgaggttggggatgaggc 16407395  T
Q  481 gcaagatgcagta 493  Q
    ||| |||||||||    
T  16407394 gcatgatgcagta 16407382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 384 - 494
Target Start/End: Original strand, 52482147 - 52482256
Alignment:
Q  384 accatgatctaatatatgtaagatatatcacacaggaaattttagatggagaagataaaaagctgaaaagtttgaaggatgagtttggggatgaggtgca 483  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| || |||||| |||||||    
T  52482147 accatgatctaatatatgtta-atatatggcacaggaaattttagacggagaagatgaaaaactgaaaagtttaaaggatgaattcggggataaggtgca 52482245  T
Q  484 agatgcagtag 494  Q
     ||||||||||    
T  52482246 tgatgcagtag 52482256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 51 - 180
Target Start/End: Original strand, 52481721 - 52481850
Alignment:
Q  51 gtgcaaatgaaagcaatcgagtggtgctcaaagtgggatggctgtgttaaggatcctagctggcatccgttcaaagttgtaactgacagagaagggaact 150  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||| || |||||||| |||||| |||||  ||| | ||||||||| |    
T  52481721 gtgcaattgaaagcagtcgagtggtgctcaaagtgggatgaatgtcttaaagatccaagttggcatcccttcaaaattgtagttgataaagaagggaaat 52481820  T
Q  151 ccaaggtacaacgacttcacaaattatgtt 180  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  52481821 ccaaggtacaatgacttccaaaattatgtt 52481850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 16407765 - 16407688
Alignment:
Q  59 gaaagcaatcgagtggtgctcaaagtgggatggctgtgttaaggatcctagctggcatccgttcaaagttgtaactga 136  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||  | | |||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16407765 gaaagcaaatgagtggtgctcaaagtgggatgaatatcttagcgatccaagctggcatccgttcaaatttgtaactga 16407688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University