View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15163_low_92 (Length: 281)

Name: NF15163_low_92
Description: NF15163
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15163_low_92
NF15163_low_92
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (18-281)||(41337682-41337945)
chr5 (18-260)||(41316922-41317164)
chr5 (22-281)||(41324965-41325224)
chr5 (22-251)||(41305243-41305472)
chr5 (24-260)||(41328963-41329199)
chr5 (26-281)||(31187743-31187998)
chr5 (26-277)||(31225784-31226035)
chr5 (26-275)||(31177680-31177929)
chr5 (24-226)||(41332930-41333132)
chr5 (24-260)||(41311127-41311363)
chr5 (22-215)||(41367120-41367313)
chr5 (31-275)||(41287073-41287317)
chr5 (37-99)||(41369921-41369983)
chr5 (88-176)||(7141639-7141727)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (26-281)||(17248560-17248815)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (26-71)||(22855276-22855321)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (40-80)||(7415299-7415339)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 18 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 41337945 - 41337682
Alignment:
18 gggcaaggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaac 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
41337945 gggcaaggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtattaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaac 41337846  T
118 ctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
41337845 ctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacc 41337746  T
218 cattgatttcacatctccctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcct 281  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
41337745 cattgatttcacatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcct 41337682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 41317164 - 41316922
Alignment:
18 gggcaaggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
41317164 gggcaaggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaac 41317065  T
118 ctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |    
41317064 ctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttggctggaatctcataac 41316965  T
218 cattgatttcacatctccctctactttctcttggaaccaacaa 260  Q
    |||||||||  |||||| | ||||||||||||||||| |||||    
41316964 cattgatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaa 41316922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 22 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 41325224 - 41324965
Alignment:
22 aaggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctct 121  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
41325224 aaggcaaatgcaattccgggacacatccttcttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctct 41325125  T
122 caggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccatt 221  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||    |||||||||||||||||||| |||||||||||    
41325124 caggtttaaaactttcagcatcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctgggatttcatacccatt 41325025  T
222 gatttcacatctccctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcct 281  Q
    |||||  |||||| | ||||||||||||||||  ||||| ||||| || |||||||||||    
41325024 gatttggcatctctccctactttctcttggaagtaacaacggtacggttggatgtagcct 41324965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 22 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 41305472 - 41305243
Alignment:
22 aaggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctct 121  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
41305472 aaggcaaatgcaatgcccggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctct 41305373  T
122 caggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccatt 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||| ||||||||||| || |||||| ||||    
41305372 cgggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaatcgcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcatt 41305273  T
222 gatttcacatctccctctactttctcttgg 251  Q
    |||||  || ||| | ||||||||||||||    
41305272 gatttggcaactctccctactttctcttgg 41305243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 24 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 41329199 - 41328963
Alignment:
24 ggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctca 123  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
41329199 ggcaaatgaaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctca 41329100  T
124 ggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattga 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||| ||    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
41329099 ggtttaaaactctcagcttcaacccaataccttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattga 41329000  T
224 tttcacatctccctctactttctcttggaaccaacaa 260  Q
    |||  |||||| | ||||||||||||||||| |||||    
41328999 tttggcatctctccctactttctcttggaactaacaa 41328963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 26 - 281
Target Start/End: Original strand, 31187743 - 31187998
Alignment:
26 caaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcagg 125  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| || |||||  ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||    
31187743 caaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcagg 31187842  T
126 tttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatt 225  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
31187843 tttaaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatt 31187942  T
226 tcacatctccctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcct 281  Q
    |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
31187943 tggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggcacagaaggatgtagcct 31187998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 26 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 31226035 - 31225784
Alignment:
26 caaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcagg 125  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| || |||||  ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||    
31226035 caaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcagg 31225936  T
126 tttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatt 225  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
31225935 tttaaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatt 31225836  T
226 tcacatctccctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgta 277  Q
    |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||    
31225835 tggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgta 31225784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 26 - 275
Target Start/End: Original strand, 31177680 - 31177929
Alignment:
26 caaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcagg 125  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| || |||||  | ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
31177680 caaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtactcaaagtttgtacctttgaaatcaattgtgctattaacaaacctctcggg 31177779  T
126 tttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatt 225  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
31177780 tttaaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatt 31177879  T
226 tcacatctccctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatg 275  Q
    |  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
31177880 tggcatctctctctactttctcttggaatcaacaaaggtaaagaaggatg 31177929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 24 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 41333132 - 41332930
Alignment:
24 ggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctca 123  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
41333132 ggcaaatgcaattccgggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctca 41333033  T
124 ggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattga 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||| ||    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
41333032 ggtttaaaactctcagcttcaacccaataccttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattaa 41332933  T
224 ttt 226  Q
    |||    
41332932 ttt 41332930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 24 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 41311363 - 41311127
Alignment:
24 ggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctca 123  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
41311363 ggcaaatgcaattccgggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctca 41311264  T
124 ggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattga 223  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| || | | | | || |||||||||  ||||||||||| || ||| |    
41311263 ggtttaaatctctcagcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcaataataacgactcttgtcttaattgggatctcatgcctattaa 41311164  T
224 tttcacatctccctctactttctcttggaaccaacaa 260  Q
    |||  |||||| | ||||||||||||||||| |||||    
41311163 tttggcatctctccctactttctcttggaactaacaa 41311127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 41367313 - 41367120
Alignment:
22 aaggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctct 121  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||    
41367313 aaggcaaatgcaatacccagacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattcggctattaagaaatctct 41367214  T
122 caggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcata 215  Q
    |||| ||||||||||  || |||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||| |||   |||||||||||||||||||| |||||    
41367213 caggcttaaaactcttggcatcaacccaatacctcggatctcttccaatagcccaagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcata 41367120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 31 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 41287317 - 41287073
Alignment:
31 gcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaa 130  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |    
41287317 gcaatgcctgggcacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttga 41287218  T
131 aactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcaca 230  Q
    || |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||  ||    
41287217 aattctcagcttcgacccaatatcttggatctcttccaattgcccaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggca 41287118  T
231 tctccctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatg 275  Q
    |  |    ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||    
41287117 tggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatg 41287073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 41369983 - 41369921
Alignment:
37 cctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatca 99  Q
    |||||||||||||| || || ||| ||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||    
41369983 cctggacacatcctcctccctgcatcaaatggtatgtattcaaagtctatacctttgaaatca 41369921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 7141727 - 7141639
Alignment:
88 cctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgccca 176  Q
    ||||||||||||||  | |||| | |||||||||| ||  |||| |||||||| |||  |||||| || ||||||||||| ||||||||    
7141727 cctttgaaatcaatcaaactatcatcaaacctctctggaataaacctctcagcatcattccaatatttaggatctcttcctattgccca 7141639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 8e-64; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 26 - 281
Target Start/End: Original strand, 17248560 - 17248815
Alignment:
26 caaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcagg 125  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||| || |   |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
17248560 caaatgcaatgcccggacaaatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaaattcatgcctttgaaatcaattgggctattaaaaaacctttcagg 17248659  T
126 tttaaaactctcagcttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatt 225  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||    
17248660 tttgaaactctcagcttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattaacagcaacccttgtcttagctggaatatcatacccgttgatt 17248759  T
226 tcacatctccctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcct 281  Q
      |||| |  | ||||||| ||| |||| |||||| |||||| ||||||| |||||    
17248760 cgacatttttccctactttgtctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcct 17248815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 71
Target Start/End: Original strand, 22855276 - 22855321
Alignment:
26 caaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtat 71  Q
    ||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
22855276 caaatgcgatgcccggacacatccttctcccagcaccaaatggtat 22855321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 80
Target Start/End: Original strand, 7415299 - 7415339
Alignment:
40 ggacacatccttcttccagcaccaaatggtatcaattcaaa 80  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
7415299 ggacacatccttctaccagcaccaaatggtaacaactcaaa 7415339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University