View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15165_high_4 (Length: 363)
Name: NF15165_high_4
Description: NF15165
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15165_high_4 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 11 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 30304997 - 30304646
Alignment:
| Q |
11 |
cagagacaagttttcattctttatatagtcaatttaatattagtctctactt---------------atagtactataatggacaactttgaagatgtaa |
95 |
Q |
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| T |
30304997 |
cagagacaagttttcattctttatatagtcaatttaatattagtctctactttctaacacggtgcttatagtactataatggacaactttgaagatgtaa |
30304898 |
T |
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| Q |
96 |
cagagccagtaagtccaagtggacaattcttcaatacaccacccttatgttcatatgttttcggatttttagaattagaaattccaatggacgactctca |
195 |
Q |
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| T |
30304897 |
cagagccagtaagtccaagtggacaattcttcaatacaccacccttatgttcatatgttttcggatttttagaattagaaattccaatggacgactctca |
30304798 |
T |
|
| Q |
196 |
aacaatgtatttgttccaaaatttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatggtactttatacgtgatgtttattttttcttacaagtttcata |
295 |
Q |
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| T |
30304797 |
aacaatgtatttgttccaaaatttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatggtactttatacgtgttgtttattttttcttacaagtttcata |
30304698 |
T |
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| Q |
296 |
taataaatactaacatgtacttgtacttatatattcatatatatgctacatg |
347 |
Q |
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| T |
30304697 |
taataaatactaacatgtacttgtacttatatattcatatatatgctacatg |
30304646 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 73 - 347
Target Start/End: Original strand, 30280337 - 30280610
Alignment:
| Q |
73 |
aatggacaactttgaagatgtaacagagccagtaagtccaagtggacaattcttcaatacaccacccttatgttcatatgttttcggatttttagaatta |
172 |
Q |
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| T |
30280337 |
aatggacaactttgaagatctaactgagccagtaagtccaagtggacaattcttcaatacaccacccttatgttcatatgttt-cggatttttagaatta |
30280435 |
T |
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| Q |
173 |
gaaattccaatggacgactctcaaacaatgtatttgttccaaaatttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatggtactttatacgtgatgtt |
272 |
Q |
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| T |
30280436 |
gaaattccaatggacgactctcaaacaatgtatttgttccaaaatttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatggtactttatacgtgttgtt |
30280535 |
T |
|
| Q |
273 |
tattttttcttacaagtttcatataataaatactaacatgtacttgtacttatatattcatatatatgctacatg |
347 |
Q |
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| T |
30280536 |
tattttttcttacaagtttcatataataaatactaacatgtacttgtacttatatattcatatatatgctacatg |
30280610 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 70 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 30271885 - 30271633
Alignment:
| Q |
70 |
tataatggacaactttgaagatgtaacagagccagtaagtccaagtggacaattcttcaatacaccacccttatgttcatatgttttcggatttttagaa |
169 |
Q |
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| T |
30271885 |
tataatggacaactttgaatatgtaaccgagccagtaagtccaagtggacaatacttcaacacaccacccctatgttcatatgttttcggatttttggaa |
30271786 |
T |
|
| Q |
170 |
ttagaaattccaatggacgactctcaaacaatgtatttgttccaaaat---ttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatggtactttatacgt |
266 |
Q |
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| T |
30271785 |
tcacaaattccaattgatgattctcaaactatgtatttgttccaacatgtcttcttacctatcaatccacgtttctcctccataatggtactttataagt |
30271686 |
T |
|
| Q |
267 |
g--atgtttattttttcttacaagtttcatataataaatactaacatgtactt |
317 |
Q |
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|
| T |
30271685 |
gttgtgtttattttgccttaaaagttgcatacaataaatacgaacatgtactt |
30271633 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 73 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 30264957 - 30264770
Alignment:
| Q |
73 |
aatggacaactttgaagatgtaacagagccagtaagtccaagtggacaattcttcaatacaccacccttatgttcatatgttttcggatttttagaatta |
172 |
Q |
| |
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| T |
30264957 |
aatggacaactttgaagatctaactgagccagtaagtccaagtggacaatatttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaatta |
30264858 |
T |
|
| Q |
173 |
gaaattccaatggacgactctcaaacaatgtatttgttccaaaat---ttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatggtac |
257 |
Q |
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| T |
30264857 |
gaaattccaattgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtac |
30264770 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 73 - 257
Target Start/End: Original strand, 30287231 - 30287418
Alignment:
| Q |
73 |
aatggacaactttgaagatgtaacagagccagtaagtccaagtggacaattcttcaatacaccacccttatgttcatatgttttcggatttttagaatta |
172 |
Q |
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| T |
30287231 |
aatggacaactttgaagatctaactgagccagtaagtccaagtggacaatatttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaatta |
30287330 |
T |
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| Q |
173 |
gaaattccaatggacgactctcaaacaatgtatttgttccaaaat---ttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatggtac |
257 |
Q |
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||||||||||| || ||||||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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| T |
30287331 |
gaaattccaattgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtac |
30287418 |
T |
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