View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15169_low_6 (Length: 373)

Name: NF15169_low_6
Description: NF15169
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15169_low_6
NF15169_low_6
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (16-357)||(6336631-6336974)
chr4 (16-321)||(56443346-56443652)
chr4 (18-319)||(55082656-55082958)
chr4 (48-357)||(1613629-1613940)
chr4 (16-321)||(48083162-48083468)
chr4 (117-321)||(42259977-42260182)
chr4 (50-217)||(12800507-12800675)
chr4 (244-357)||(1614730-1614844)
chr4 (244-357)||(42259462-42259575)
chr4 (244-321)||(56444017-56444094)
chr4 (246-357)||(36112038-36112151)
chr4 (242-357)||(17215118-17215231)
chr4 (242-321)||(39334215-39334293)
chr4 (244-357)||(55083298-55083412)
chr4 (16-55)||(1614324-1614363)
chr4 (252-321)||(12800433-12800505)
chr4 (276-321)||(4630745-4630790)
chr4 (264-321)||(6077361-6077418)
chr4 (264-321)||(7389574-7389631)
chr4 (16-53)||(42259931-42259968)
[»] scaffold0340 (2 HSPs)
scaffold0340 (16-357)||(1487-1829)
scaffold0340 (244-321)||(2187-2264)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (16-321)||(15565185-15565491)
chr8 (16-357)||(44308289-44308628)
chr8 (18-300)||(20831953-20832234)
chr8 (18-357)||(26001-26353)
chr8 (16-357)||(25630359-25630690)
chr8 (16-315)||(12502312-12502602)
chr8 (244-321)||(20832600-20832677)
chr8 (244-321)||(26713-26790)
chr8 (248-321)||(9879060-9879133)
chr8 (244-321)||(12502978-12503055)
chr8 (244-321)||(15564740-15564817)
chr8 (244-321)||(25094350-25094427)
chr8 (244-357)||(25631060-25631172)
chr8 (206-299)||(6869218-6869311)
chr8 (242-321)||(15730713-15730791)
chr8 (264-320)||(14024127-14024183)
[»] chr1 (25 HSPs)
chr1 (18-321)||(39365058-39365362)
chr1 (16-357)||(46295086-46295429)
chr1 (16-321)||(16835026-16835332)
chr1 (16-321)||(44431404-44431710)
chr1 (18-357)||(1799355-1799706)
chr1 (16-357)||(21247108-21247451)
chr1 (52-306)||(42774952-42775206)
chr1 (70-321)||(29487504-29487756)
chr1 (20-321)||(25376949-25377250)
chr1 (88-318)||(16797891-16798123)
chr1 (244-357)||(23703636-23703749)
chr1 (244-321)||(1798984-1799061)
chr1 (244-321)||(19076192-19076269)
chr1 (244-321)||(19124082-19124159)
chr1 (244-357)||(16834548-16834660)
chr1 (244-355)||(23703208-23703318)
chr1 (244-357)||(44432077-44432191)
chr1 (209-321)||(48731384-48731496)
chr1 (244-357)||(46294622-46294736)
chr1 (244-321)||(21246670-21246746)
chr1 (260-357)||(40315400-40315499)
chr1 (248-321)||(27234630-27234703)
chr1 (242-357)||(45141652-45141767)
chr1 (261-314)||(11202031-11202084)
chr1 (227-358)||(18806804-18806936)
[»] chr3 (27 HSPs)
chr3 (16-357)||(35235024-35235367)
chr3 (16-321)||(54627686-54627991)
chr3 (16-357)||(54602786-54603129)
chr3 (16-357)||(20819403-20819745)
chr3 (16-357)||(40066150-40066493)
chr3 (16-357)||(24782735-24783085)
chr3 (16-321)||(32751347-32751653)
chr3 (16-357)||(1092195-1092537)
chr3 (16-321)||(35233959-35234265)
chr3 (50-357)||(54492900-54493208)
chr3 (244-321)||(54627244-54627321)
chr3 (244-357)||(50672416-50672528)
chr3 (227-357)||(20410999-20411130)
chr3 (244-358)||(20820114-20820229)
chr3 (244-321)||(32750904-32750981)
chr3 (246-357)||(35235734-35235846)
chr3 (244-357)||(40065670-40065784)
chr3 (244-321)||(54602346-54602421)
chr3 (244-317)||(24782299-24782372)
chr3 (244-321)||(35234605-35234682)
chr3 (252-321)||(46650974-46651044)
chr3 (244-357)||(55482161-55482274)
chr3 (242-357)||(40791535-40791651)
chr3 (96-217)||(55482038-55482160)
chr3 (248-321)||(31584906-31584978)
chr3 (83-168)||(55481556-55481641)
chr3 (260-321)||(40009987-40010048)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (16-357)||(15830513-15830854)
chr2 (16-357)||(9708532-9708884)
chr2 (16-321)||(36207189-36207486)
chr2 (206-321)||(3106830-3106945)
chr2 (244-357)||(9708052-9708166)
chr2 (244-321)||(15830070-15830147)
chr2 (117-321)||(38937576-38937780)
chr2 (244-321)||(36207850-36207927)
chr2 (260-357)||(4646076-4646173)
chr2 (255-321)||(7277994-7278060)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (16-321)||(17647948-17648253)
chr5 (16-357)||(5574147-5574489)
chr5 (16-357)||(6915022-6915354)
chr5 (206-321)||(24087261-24087376)
chr5 (244-357)||(17647468-17647582)
chr5 (244-321)||(5574853-5574930)
chr5 (244-321)||(26359358-26359435)
chr5 (252-357)||(26359676-26359782)
chr5 (242-357)||(5577184-5577298)
chr5 (242-321)||(19293039-19293117)
chr5 (244-321)||(6914343-6914418)
chr5 (260-321)||(37895849-37895910)
chr5 (85-160)||(20731469-20731544)
chr5 (271-321)||(8505843-8505893)
chr5 (117-186)||(20731095-20731163)
chr5 (276-321)||(36089681-36089726)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (16-321)||(14103479-14103785)
chr7 (16-321)||(14413496-14413802)
chr7 (16-321)||(26831750-26832055)
chr7 (16-321)||(36897611-36897916)
chr7 (105-357)||(26928255-26928510)
chr7 (16-294)||(15752467-15752742)
chr7 (244-321)||(14103037-14103114)
chr7 (244-321)||(14413054-14413131)
chr7 (50-179)||(42261113-42261242)
chr7 (244-321)||(15753120-15753197)
chr7 (244-321)||(26832425-26832502)
chr7 (242-357)||(29417934-29418050)
chr7 (244-317)||(44950522-44950594)
chr7 (242-357)||(17774473-17774587)
chr7 (242-321)||(42260899-42260977)
chr7 (244-280)||(36898283-36898319)
chr7 (244-280)||(36898352-36898388)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (16-158)||(11099595-11099737)
chr6 (16-294)||(1563569-1563844)
chr6 (200-357)||(11099739-11099897)
chr6 (212-319)||(28538051-28538158)
chr6 (244-357)||(28537707-28537821)
chr6 (244-321)||(1563114-1563191)
chr6 (242-357)||(23075136-23075250)
chr6 (244-321)||(11099150-11099227)
[»] scaffold0132 (1 HSPs)
scaffold0132 (175-357)||(42198-42382)
[»] scaffold0113 (2 HSPs)
scaffold0113 (16-89)||(12971-13044)
scaffold0113 (244-321)||(12694-12771)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (93-193)||(425054-425154)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Original strand, 6336631 - 6336974
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  6336631 aatataaaggaagtggaaatttttagtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtat 6336730  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  6336731 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatggtgactttcatatcgttagactctaatac 6336830  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  6336831 atggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 6336930  T
Q  315 ggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||         ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6336931 ggataagaaaaaaatatataaattttcaagttcagggggcattt 6336974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 56443652 - 56443346
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||||    
T  56443652 aatataaaggaagtggaaatttttgatgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatctttgtaatttttggttatgccaatcatgtat 56443553  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||    
T  56443552 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtgttagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaagac 56443453  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||    
T  56443452 atgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtaacttttaa 56443353  T
Q  315 ggataag 321  Q
    |||||||    
T  56443352 ggataag 56443346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 55082958 - 55082656
Alignment:
Q  18 tataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtatta 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  55082958 tataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtatta 55082859  T
Q  118 tttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatacat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| | || |||||||||||| ||||||||||||    
T  55082858 tttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttctatctgacaagtatggttgtcctttactatgttgactttcatatcgttaaactctaatacat 55082759  T
Q  217 ggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaagg 316  Q
     |||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  55082758 agttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatattgttgtataccgtcaaaatttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaagg 55082659  T
Q  317 ata 319  Q
    |||    
T  55082658 ata 55082656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 48 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1613940 - 1613629
Alignment:
Q  48 taaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatat 147  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1613940 taaaattaacaataacaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtat 1613841  T
Q  148 tagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacata 246  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1613840 tagttttccatctcacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgattgtttaaagggacata 1613741  T
Q  247 tatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaagtt 345  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||| |||||||||||||         ||||||||||||||||    
T  1613740 tatggttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacaatttagtgataatgcaatcacttttaaggataagaaaaaaatatataaattttcaagtt 1613641  T
Q  346 cagggggcattt 357  Q
    |||| |||||||    
T  1613640 caggaggcattt 1613629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 48083468 - 48083162
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |    
T  48083468 aatataagagaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaa--gcaaagccatatattttgacatcttggtaattcttggttatgtcaatcatatgt 48083371  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatga--catatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttactt-catatcgttagactctaat 212  Q
     |||||||||||||||||||||||   |||  ||||||||||||||||||| |||||  |||| ||| ||||||| |||| |||||| |||  |||||||    
T  48083370 catttatgtgcttcattatgtatgtgtcatgcattagttttccatctgacaggtgtgactgtattttgctatgctgactttcatatcattaagctctaat 48083271  T
Q  213 acatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcattttt 312  Q
    ||||||||||||| |||| |||| | || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| | |||||  ||||    
T  48083270 acatggttaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgtcaaaatttagctaacatgctccacaattcagtgatattgcagtcgctttt 48083171  T
Q  313 aaggataag 321  Q
    |||||||||    
T  48083170 aaggataag 48083162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 117 - 321
Target Start/End: Original strand, 42259977 - 42260182
Alignment:
Q  117 atttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttactt-catatcgttagactctaataca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||| |||||  |||||||| ||||||| |||| |||||| |||   || ||||||    
T  42259977 atttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccttctgacaggtgtgactgtactttgctatgctgactttcatatcattaagttcaaataca 42260076  T
Q  216 tggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaag 315  Q
    |||||||||| |||| |||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| || ||||||||| || ||| |||||||    
T  42260077 tggttaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagccaatatgctacacaattaagtgataatgcaatcacttttaag 42260176  T
Q  316 gataag 321  Q
    ||||||    
T  42260177 gataag 42260182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 50 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 12800675 - 12800507
Alignment:
Q  50 aaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatatta 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||| |||  ||||    
T  12800675 aaattagcaatagcaaagccatatattttgacatctttgtagtttttggttatgtcaatcatatgttatttatgtgcttcattttgtatgtcatgcatta 12800576  T
Q  150 gttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatacatg 217  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | || |||||||| |||| ||| ||||||||    
T  12800575 gttttccatctgacaggtgtggttgtactttgctatgttgactttcatatcattaggctccaatacatg 12800507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Original strand, 1614730 - 1614844
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaa 342  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||         |||||||||||||    
T  1614730 atatatggttatatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcttttttaaggataagaaaaaaatatataaattttcaa 1614829  T
Q  343 gttcagggggcattt 357  Q
    |||||||||||||||    
T  1614830 gttcagggggcattt 1614844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 42259575 - 42259462
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttcaag 343  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||        ||||||||||||||    
T  42259575 atatatgattgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataagaaataaaatataaattttcaag 42259476  T
Q  344 ttcagggggcattt 357  Q
    |||| |||||||||    
T  42259475 ttcatggggcattt 42259462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Original strand, 56444017 - 56444094
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  56444017 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataag 56444094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 246 - 357
Target Start/End: Original strand, 36112038 - 36112151
Alignment:
Q  246 atatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag--nnnnnnnntataaattttcaag 343  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||          ||||||||||||||    
T  36112038 atatggttgtataccgtcaaaatttagctaatatgttccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataagaaaaacaaaatataaattttcaag 36112137  T
Q  344 ttcagggggcattt 357  Q
    ||||||||||||||    
T  36112138 ttcagggggcattt 36112151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 242 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 17215231 - 17215118
Alignment:
Q  242 acatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttca 341  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||        ||||||||||||    
T  17215231 acatatatggttgaataccgtcaaaacttaactaatatgcttcaca-atcagtgataatgcagtcacttttaaggataag-aaaaaaatataaattttca 17215134  T
Q  342 agttcagggggcattt 357  Q
    ||||||||||||||||    
T  17215133 agttcagggggcattt 17215118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 242 - 321
Target Start/End: Original strand, 39334215 - 39334293
Alignment:
Q  242 acatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  39334215 acatatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcaca-atcagtgacaatgcagtcacttttaaggataag 39334293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Original strand, 55083298 - 55083412
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaa 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| || ||| ||||| || ||| |||||||||||||         |||||||||||||    
T  55083298 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatcttctacaatttagtaataatgcaatcacttttaaggataagaaaacaaaatataaattttcaa 55083397  T
Q  343 gttcagggggcattt 357  Q
    ||| |||||||||||    
T  55083398 gtttagggggcattt 55083412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 1614363 - 1614324
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaatta 55  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1614363 aatataaagaaagtggaaatttttggtgtggttaaaatta 1614324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 252 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 12800505 - 12800433
Alignment:
Q  252 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataata---cagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||   || ||| |||||||||||||    
T  12800505 ttgtataccgtcaaaacatagctaatatgctctacaattcagtgataataatgcaatcacttttaaggataag 12800433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 276 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 4630790 - 4630745
Alignment:
Q  276 atatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  4630790 atatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataag 4630745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 321
Target Start/End: Original strand, 6077361 - 6077418
Alignment:
Q  264 aaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  6077361 aaaatttagctattatgctccataattcagtgataatgcattcacttttaaggataag 6077418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 7389631 - 7389574
Alignment:
Q  264 aaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  7389631 aaaatttagctattatgctccataattcagtgataatgcattcacttttaaggataag 7389574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 53
Target Start/End: Original strand, 42259931 - 42259968
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaat 53  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  42259931 aatataaaggaaatggaaattttttgtgtggttaaaat 42259968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0340 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 2)
Name: scaffold0340
Description:

Target: scaffold0340; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1829 - 1487
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||   ||||||||||    
T  1829 aatataaaggaagtgaaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttgataattcttagttatgcgaatcatgtat 1730  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttacttcatatcgttagactctaataca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1729 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgacttcatatcgttagactctaataca 1630  T
Q  216 tggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaag 315  Q
    |||||||||| |||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||    
T  1629 tggttaatgtttgatcgattaaaggaacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcaatgataatgcagtcacttttaag 1530  T
Q  316 gataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    ||||||         ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1529 gataagaaaaaaatatataaattttcaagttcagggggcattt 1487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0340; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Original strand, 2187 - 2264
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  2187 atatatggttgtatatcatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcatttttaaggataag 2264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Original strand, 15565185 - 15565491
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  15565185 aatataaaggacgtgtaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtat 15565284  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  15565285 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatac 15565384  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    |||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  15565385 atggttaacgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 15565484  T
Q  315 ggataag 321  Q
    |||||||    
T  15565485 ggataag 15565491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 44308628 - 44308289
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  44308628 aatataaatgaaatggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtat 44308529  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    ||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  44308528 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctaac----gtggttgtactttactatgttgactttcatatcgttagactctaatac 44308433  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||    
T  44308432 atggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaa 44308333  T
Q  315 ggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||         |||||||||||||||||| |||||||||    
T  44308332 ggataagaaaaaaatatataaattttcaagttcaaggggcattt 44308289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 20832234 - 20831953
Alignment:
Q  18 tataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtatta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  20832234 tataaaggaagtggaaatttttggtg--gttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaatttttggttatgtcaatcatgcatta 20832137  T
Q  118 tttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatacat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  20832136 tttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacat 20832037  T
Q  217 ggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataat 300  Q
      ||||||| | || ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20832036 ttttaatgttttatcgtttaaatgaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataat 20831953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 18 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 26353 - 26001
Alignment:
Q  18 tataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaatta-gcaatagcaaagccatatactttgacatc----------ttggtaattcttggttatctca 106  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||  ||    
T  26353 tataaaggaagtgaagatttttggtgtggttaaaattaagcaatagcaaagccatatactttgacatcctttgacatcttggtaattcttggttatgcca 26254  T
Q  107 atcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttaga 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  26253 atcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagcgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttaga 26154  T
Q  206 ctctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagt 305  Q
    || ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  26153 ctataatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtgtaccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagt 26054  T
Q  306 catttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    || |||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26053 cacttttaaggataagaaaaaaatatataaattttcaagttcagggggcattt 26001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 25630690 - 25630359
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| | || |          ||||||| | |    
T  25630690 aatataaaggaagtggaaatttatggtgtggttaaaattagcaataacaaagccatatattttgacatcttgtttatgc----------caatcatatgt 25630601  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttactt-catatcgttagactctaatac 214  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| | |||||| | |||||| ||||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  25630600 catttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatctgaaaggtgtggctctactttgctatgctgactttcatatcattaggctctaatac 25630501  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| | || | ||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||    
T  25630500 atggttaatgtttgatcgcttcagggagcatatatggttgtataccgtcaaaacttagttaatatgctccacaattcaatgataatgcagtcacttttaa 25630401  T
Q  315 ggataagnnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||        |||||||||||||||||||||| |||||    
T  25630400 ggataag-aaaaaaatataaattttcaagttcaggggacattt 25630359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 12502602 - 12502312
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||          ||||||||||| |||||||| | |    
T  12502602 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaatgagcaatagcaaagcgatatattttgac----------ttcttggttatgtcaatcatatgt 12502513  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
     |||||||||||| ||||||||||  ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||| || |||||||| |||  ||||||||     
T  12502512 catttatgtgctttattatgtatgttatgcattagttttccatctgacatgtgtggttgtactttgttatgctgacgttcatatcattaagctctaatat 12502413  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| |||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  12502412 atggttaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtatatcgtagaagcttagctaatatgctctacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 12502313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Original strand, 20832600 - 20832677
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  20832600 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccataattcagtgataatacaatcacttttaaggataag 20832677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Original strand, 26713 - 26790
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  26713 atatatggttgtatatcatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataag 26790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 248 - 321
Target Start/End: Original strand, 9879060 - 9879133
Alignment:
Q  248 atggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  9879060 atggttgtatatcgtcaaaatttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataag 9879133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Original strand, 12502978 - 12503055
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12502978 atatattgttgtataccgacaaaacttagctaatatgctccacaattcactgataatgcagtcatttttaaggataag 12503055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 15564817 - 15564740
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  15564817 atatatggttgtatatcatcaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgataatataatcacttttaaggataag 15564740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 25094427 - 25094350
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  25094427 atatatagttgtatatcgtcaaaacttagttaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataag 25094350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Original strand, 25631060 - 25631172
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttcaag 343  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| |||| | |||||||||||||        ||||||||||||||    
T  25631060 atatatgcttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctagaattcagtgataatgcagtaacttttaaggataag-aaaaaaatataaattttcaag 25631158  T
Q  344 ttcagggggcattt 357  Q
    ||||||||||||||    
T  25631159 ttcagggggcattt 25631172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 206 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 6869311 - 6869218
Alignment:
Q  206 ctctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataa 299  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| |||| | || ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  6869311 ctctaatacatagttaatgtttgatcgtttcatggaacatatatgattgtataccgtcaaaatttagctaacatgctccacaattcagtgataa 6869218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 242 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 15730791 - 15730713
Alignment:
Q  242 acatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  15730791 acatatatgattgtataccgtcaaaacttagctaatatgcttcaca-atcagtgataatgcagtcacttttaaggataag 15730713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 264 - 320
Target Start/End: Original strand, 14024127 - 14024183
Alignment:
Q  264 aaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataa 320  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || |||||||||  | ||||||||||||||||    
T  14024127 aaaacttagctaatattctccacaattaagtgataatgtaatcatttttaaggataa 14024183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 25)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 39365362 - 39365058
Alignment:
Q  18 tataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtatta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  39365362 tataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagtaatagcaaagccatatactatgacatcttggtaattcttaattatgtcaatcatgtatta 39365263  T
Q  118 tttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatacat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  39365262 tttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttggactctaatacat 39365163  T
Q  217 ggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaagg 316  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  39365162 ggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaagg 39365063  T
Q  317 ataag 321  Q
    |||||    
T  39365062 ataag 39365058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Original strand, 46295086 - 46295429
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||    
T  46295086 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttgataattcttggttatgccaatcatgtat 46295185  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||    
T  46295186 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagtttttcatctgacaaatgtggttgtactttactatgctgactttcataccgttagactataatac 46295285  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  46295286 atggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatcgttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 46295385  T
Q  315 ggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||         ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  46295386 ggataagaaaaaaatatataaattttcaagtccagggggcattt 46295429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Original strand, 16835026 - 16835332
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  16835026 aatataaaggaagtagaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttgggtatgtcaatcatgtat 16835125  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||||||    
T  16835126 tatttatgtgcttcattatgtaagacatgtattagttttccatctgacaaatgtggttgtactttattatgctgactttcatatcgttgaactctaatac 16835225  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  16835226 atggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 16835325  T
Q  315 ggataag 321  Q
    |||||||    
T  16835326 ggataag 16835332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 44431710 - 44431404
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  44431710 aatataaaggaagtgaaattttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtat 44431611  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||    
T  44431610 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctaacaagtgcggttgtactttactatgttgactttcatatcattagactctaatac 44431511  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  44431510 atggttaatgtttgatcgtttaaaagaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 44431411  T
Q  315 ggataag 321  Q
     ||||||    
T  44431410 agataag 44431404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 357
Target Start/End: Original strand, 1799355 - 1799706
Alignment:
Q  18 tataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatacttt----------gacatcttggtaattcttggttatctcaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||          ||||||||||||||||||| ||||  |||    
T  1799355 tataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaataggaaagccatatactttgacatcctttgacatcttggtaattcttgattatgccaa 1799454  T
Q  108 tcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagac 206  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  1799455 tcatatattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagac 1799554  T
Q  207 tctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtc 306  Q
    |||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||    
T  1799555 tctagtacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacaaatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcactc 1799654  T
Q  307 atttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    | |||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1799655 acttttaaggataagaaaaaaatatataaattttcaagttcagggggcattt 1799706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Original strand, 21247108 - 21247451
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||    
T  21247108 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatattttgacatcttggttattcttggttatgccaatcatatat 21247207  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || |||||||| ||| ||  ||||||    
T  21247208 tatttatgtgcttcattatgtatcacatgtattagttttccatctgacaagtatggctgtactttactatgctgactttcatatcattataccttaatac 21247307  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  21247308 atggttaatgtttgatcgtttaaaggatcatatatggttgtatacaatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 21247407  T
Q  315 ggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||         |||||||||||||||||| |||||||||    
T  21247408 ggataagaaaaaaatatataaattttcaagttcatggggcattt 21247451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 52 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 42775206 - 42774952
Alignment:
Q  52 attagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagt 151  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | | |||| ||||||| |||||||||| |||  ||||||    
T  42775206 attaccaatagcaaagccatatattttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatatgtcatttctgtgctttattatgtatgtcatgcattagt 42775107  T
Q  152 tttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttacttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatgg 251  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||| |||| | || ||||||||||    
T  42775106 tttccatctgacaggtgtggctgtactttgctatgctgacttcatatcattaggctctaatacatggtaaatgtctgatcgtttcagggaacatatatgg 42775007  T
Q  252 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtc 306  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  42775006 ttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataattcagtc 42774952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 70 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 29487756 - 29487504
Alignment:
Q  70 atatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgt 169  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  29487756 atatgctttgacatcttggtaattcttggttatgcgaatcatatatcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatctgacaggtgt 29487657  T
Q  170 ggttgtactttactatgcttactt-catatcgttagactctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaac 268  Q
    || |||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| | || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  29487656 ggctgtactttgctatgctgactttcatatcattagactctaatacatgattaatgtttgatcgtttgagggaacatatatggttgtataccgtcaaaac 29487557  T
Q  269 ttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  29487556 ttagctaacatgctccacaattaagtgataatgcagtcacttttaaggataag 29487504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 25377250 - 25376949
Alignment:
Q  20 taaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtattatt 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||   |||  | | | |||    
T  25377250 taaaggaagtggaaattattggtgtggttaaaattaacaatagaaaatc-atatattttgacatcttagtaattcttggttatgcaaattctatgtgatt 25377152  T
Q  120 tatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttactt-catatcgttagactctaatacatgg 218  Q
    ||||||||||| |||||||| |||  |||||||||| ||| |||| |||||  |||||||| ||||| | |||| |||||| |||| |||||||||||||    
T  25377151 tatgtgcttcactatgtatgtcatgcattagttttctatccgacaggtgtgactgtactttgctatgttgactttcatatcattaggctctaatacatgg 25377052  T
Q  219 ttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggat 318  Q
    ||||||| |||| |||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  25377051 ttaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtatagcgtcaaaacttagctaatatgctccacaatttagtgataatgcagtcacttttaaggat 25376952  T
Q  319 aag 321  Q
    |||    
T  25376951 aag 25376949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 88 - 318
Target Start/End: Original strand, 16797891 - 16798123
Alignment:
Q  88 gtaattcttggttatctcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgc 187  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||  | |||||| |||||     
T  16797891 gtaattcttggttatgtcaatcatgtgccatttatgtgcttcattatgtatgccatatattagtttttcatctgacaggtgtgactttactttgctatgt 16797990  T
Q  188 t-tac-ttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctcca 285  Q
    |  || |||||||| |||| |||||||| || |||||||| |||| |||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  16797991 tggactttcatatcattaggctctaatatatagttaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatactcca 16798090  T
Q  286 cagttcagtgataatacagtcatttttaaggat 318  Q
    || ||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  16798091 caattcggtgataatgcagtcacttttaaggat 16798123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Original strand, 23703636 - 23703749
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttcaag 343  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||        ||||||||||||||    
T  23703636 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataagaaaaaatatataaattttcaag 23703735  T
Q  344 ttcagggggcattt 357  Q
    |||||| |||||||    
T  23703736 ttcaggaggcattt 23703749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 1799061 - 1798984
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  1799061 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataag 1798984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Original strand, 19076192 - 19076269
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  19076192 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgataatacaatcacttttaaggataag 19076269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Original strand, 19124082 - 19124159
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  19124082 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgataatacaatcacttttaaggataag 19124159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 16834660 - 16834548
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttcaag 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||        ||||||||||||||    
T  16834660 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagttaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataag-aacataatataaattttcaag 16834562  T
Q  344 ttcagggggcattt 357  Q
    || |||||||||||    
T  16834561 tttagggggcattt 16834548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 244 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 23703318 - 23703208
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttcaag 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||        ||||||||||||||    
T  23703318 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctacacaattcagtgataatacaatca-ctttaaggataagaaaaaaaatataaattttcaag 23703220  T
Q  344 ttcagggggcat 355  Q
    || |||||||||    
T  23703219 tttagggggcat 23703208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Original strand, 44432077 - 44432191
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaa 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||| |||         |||||||||||||    
T  44432077 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggagaagaaaacaaaatataaattttcaa 44432176  T
Q  343 gttcagggggcattt 357  Q
    ||| |||||||||||    
T  44432177 gtttagggggcattt 44432191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 209 - 321
Target Start/End: Original strand, 48731384 - 48731496
Alignment:
Q  209 taatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcat 308  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| | || |||||||||||| |||   ||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||     
T  48731384 taatacatggttaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttatatgctgtcaaaactaagctaatatgctccacaattcaatgataatgcagtcac 48731483  T
Q  309 ttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||||    
T  48731484 ttttaaggataag 48731496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 46294736 - 46294622
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaa 342  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||         |||||||||||||    
T  46294736 atatatgattatatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataagaaaacaaaatataaattttcaa 46294637  T
Q  343 gttcagggggcattt 357  Q
    ||| |||||||||||    
T  46294636 gtttagggggcattt 46294622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 21246746 - 21246670
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  || |||||||||||||||||    
T  21246746 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcattgataa-gcaatcatttttaaggataag 21246670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 260 - 357
Target Start/End: Original strand, 40315400 - 40315499
Alignment:
Q  260 cgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag--nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40315400 cgtcaaaacttagctaatatgctccacaattaagtgataatgcagtcacttttaaggataagaaaaaaaaaatataaattttcaagttcagggggcattt 40315499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 248 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 27234703 - 27234630
Alignment:
Q  248 atggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  27234703 atggttgtataccgtcaaaacttagttaatatgttccacaattcagtgataaggcagtcacttttaaggataag 27234630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 242 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 45141767 - 45141652
Alignment:
Q  242 acatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaatttt-c 340  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||        |||||||||| |    
T  45141767 acatatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgctttaca-atcagtgacaatgcagtcacttttaaggataagaaaaaaaatataaattttcc 45141669  T
Q  341 aagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||||||||||||    
T  45141668 aagttcagggggcattt 45141652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 261 - 314
Target Start/End: Original strand, 11202031 - 11202084
Alignment:
Q  261 gtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  11202031 gtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 11202084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 227 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 18806936 - 18806804
Alignment:
Q  227 tgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggat--aagnnn 324  Q
    ||||||||| | || ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||| || ||| ||||||||||  ||        
T  18806936 tgattgtttcagggaacatataaggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcaca-atcagtgacaatgcaatcacttttaaggataaaaaaat 18806838  T
Q  325 nnnnntataaattttcaagttcagggggcatttg 358  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18806837 atatatataaattttcaagttcagggggcatttg 18806804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 27)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 35235367 - 35235024
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35235367 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatataatttgacatcttggtaattcttggttatgtcaatcatgtat 35235268  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  35235267 tatttatgtgcttcattatgtttgacatgtattagttttccatctgacatgtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatac 35235168  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  35235167 atggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttatataccatcaaaacatagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 35235068  T
Q  315 ggataa-gnnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    ||||||          ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35235067 ggataataaaaaaatatataaattttcaagttcagggggcattt 35235024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Original strand, 54627686 - 54627991
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  54627686 aatataaaggaagtggaaattttttgtgtggttaaaattagcaatagcaaagcaatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtat 54627785  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttacttcatatcgttagactctaataca 215  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  54627786 tatatatgtgtttcattatgtatgacatgtattagtttttcatcagacaaatgtggttgtactttactatgcagacttcatatcgttagactctaataca 54627885  T
Q  216 tggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaag 315  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||    
T  54627886 tggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaag 54627985  T
Q  316 gataag 321  Q
    ||||||    
T  54627986 gataag 54627991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Original strand, 54602786 - 54603129
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |    
T  54602786 aatataaaggaaatgaaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagtcatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtct 54602885  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  54602886 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatac 54602985  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  54602986 atggttaatgttcgatcgtttaaagaaacatatatggttgtatatcgttaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 54603085  T
Q  315 ggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
     ||||||         |||||||||||||||||| |||||||||    
T  54603086 agataagaaaaaaatatataaattttcaagttcatggggcattt 54603129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 20819745 - 20819403
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  20819745 aatataaaggaagtg-aaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaggccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtat 20819647  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||    
T  20819646 tatttatgtgcttcattatgtttgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttctaatcgttagactctaatac 20819547  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||    
T  20819546 atggttaatgtttgattgtttaaaggaacatatatggttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcactttaaa 20819447  T
Q  315 ggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    | |||||         |||||||||| |||||||||||||||||    
T  20819446 gcataagaaaaaaatatataaatttttaagttcagggggcattt 20819403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Original strand, 40066150 - 40066493
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  40066150 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatatcaaagtcatatactttgacatcttggtaattcttggttacaccaatcatgtat 40066249  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  40066250 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatttgacaagtgtggttgtactttactatgttgactttcatatcgttagactctaatac 40066349  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||    
T  40066350 atggttaatgtttgatcgtttaaaagaacatatatggttctataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtaacttttaa 40066449  T
Q  315 ggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||         |||||||||||||||| |||||||||||    
T  40066450 ggataagaaaaaaatatataaattttcaagtttagggggcattt 40066493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Original strand, 24782735 - 24783085
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24782735 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgtcaatcatgtat 24782834  T
Q  116 ta-tttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttcc--------atctgacaagtgtggttgtactttactatgcttact-tcatatcgttaga 205  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  24782835 tattttatgtgctttattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaatctgacaagtgtgattgtactttactatgctgactctcatatcgttaga 24782934  T
Q  206 ctctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagt 305  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  24782935 ctctaatacatggttaatgtttgatcatttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagt 24783034  T
Q  306 catttttaaggataagnnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    || ||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24783035 cacttttaaggataa-aaaaaatatataaattttcaagttcagggggcattt 24783085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Original strand, 32751347 - 32751653
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  32751347 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaaaccatatattttgacatgttgataattgttggttatgtcaatcatgtat 32751446  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   | || |||||||||||||||||||||||    
T  32751447 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagtttttcatctgacaagtgtggttgtactttactacattgactttcatatcgttagactctaatac 32751546  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  32751547 atggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacatagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 32751646  T
Q  315 ggataag 321  Q
    |||||||    
T  32751647 ggataag 32751653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1092537 - 1092195
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||    
T  1092537 aatataaaggaagtgaaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatattgtgacatcttggtaattcttggttatgtcaattaagtat 1092438  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  1092437 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctggcaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatac 1092338  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||| ||||| | |||| ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  1092337 atgattaatttttgatcgtttaaaggaacatatatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 1092239  T
Q  315 ggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||         |||||||||||||||||||||| |||||    
T  1092238 ggataagaaaaatatatataaattttcaagttcaggggacattt 1092195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 35234265 - 35233959
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |    
T  35234265 aatataaagggagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatattttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatatgt 35234166  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgct-tacttcatatcgttagactctaatac 214  Q
     ||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| |  || ||||| |||| | |||||||    
T  35234165 cattcatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatctgacaggtgtggctgtactttgctatgctgtcttttatatcattaggcactaatac 35234066  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| |||| |  | | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  35234065 atggttaatgtttgatcgtttcagagaaaatatatggttgtataccgtaaaaacttagctaatatcctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 35233966  T
Q  315 ggataag 321  Q
    |||||||    
T  35233965 ggataag 35233959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 50 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 54493208 - 54492900
Alignment:
Q  50 aaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattctt-ggttatctcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatatt 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || || |||  ||||||| | | ||||||||||||||||||||||  |||  |||    
T  54493208 aaattagcaatagcaaagccatatattttgacatcttgataattttttggctatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtataccatgcatt 54493109  T
Q  149 agttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttactt-catatcgttagactctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatat 247  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||| ||||||  |||||| |||| |||||| |||| |||||||||||  ||||||| |||| ||||    | ||||||    
T  54493108 agtttttcatttgacaggtgtggttatactttgttatgctgactttcatatcattaggctctaatacatcattaatgtttgatcgtttcggagaacatat 54493009  T
Q  248 atggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttcaagttca 347  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||         ||||||||||||||||||    
T  54493008 atggttgtataccgtcaaaacttaactaatatgctccacaattcaatgataatgcagtcacttttaaggataa-caaaaaaatataaattttcaagttca 54492910  T
Q  348 gggggcattt 357  Q
    || |||||||    
T  54492909 ggcggcattt 54492900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 54627321 - 54627244
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  54627321 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataag 54627244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Original strand, 50672416 - 50672528
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttcaag 343  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||        ||||||||||||||    
T  50672416 atatatggttgtacatcgtcaaaacttagttaatatgctccacaattcagtgataatgcagtaaattttaaggataag-taaaaaatataaattttcaag 50672514  T
Q  344 ttcagggggcattt 357  Q
    ||||||||||||||    
T  50672515 ttcagggggcattt 50672528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 227 - 357
Target Start/End: Original strand, 20410999 - 20411130
Alignment:
Q  227 tgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnn 325  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||         
T  20410999 tgatcgtttaaagaaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctttacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataagaaaaa 20411098  T
Q  326 nnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
        ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20411099 aatatataaattttcaaattcagggggcattt 20411130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 244 - 358
Target Start/End: Original strand, 20820114 - 20820229
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaa 342  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||         |||||||||||||    
T  20820114 atatatggttgtatatcgacaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataagaaaaaaatatataaattttcaa 20820213  T
Q  343 gttcagggggcatttg 358  Q
    |||||||||| |||||    
T  20820214 gttcagggggtatttg 20820229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 32750981 - 32750904
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  32750981 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataag 32750904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 246 - 357
Target Start/End: Original strand, 35235734 - 35235846
Alignment:
Q  246 atatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaagt 344  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||         |||||||||||||||    
T  35235734 atatgattgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataagaaaacaaaatataaattttcaagt 35235833  T
Q  345 tcagggggcattt 357  Q
    | |||||||||||    
T  35235834 ttagggggcattt 35235846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 40065784 - 40065670
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaa 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| || ||| |||||||||||||         |||||||||||||    
T  40065784 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgttccacaattcaatgataatgcaatcacttttaaggataagaaaacaaaatataaattttcaa 40065685  T
Q  343 gttcagggggcattt 357  Q
    ||| |||||||||||    
T  40065684 gtttagggggcattt 40065670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 54602421 - 54602346
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  54602421 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccaca--tcagtgataatgcaatcacttttaaggataag 54602346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 24782372 - 24782299
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaagga 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||| |||||||||    
T  24782372 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctcaacaattcagtgataatgcaatcacttttaagga 24782299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Original strand, 35234605 - 35234682
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  35234605 atatatgattgtataccgtcaaaacttagctaatatgttgcacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataag 35234682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 252 - 321
Target Start/End: Original strand, 46650974 - 46651044
Alignment:
Q  252 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatac-agtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  46650974 ttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaagtcacttttaaggataag 46651044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Original strand, 55482161 - 55482274
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttcaag 343  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| ||||||| || ||        ||||||||||||||    
T  55482161 atatatagttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacaattcggtgataatgcagtcacttttaagaattagaaaaaaaatataaattttcaag 55482260  T
Q  344 ttcagggggcattt 357  Q
    ||||| || |||||    
T  55482261 ttcagtggacattt 55482274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 40791651 - 40791535
Alignment:
Q  242 acatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag--nnnnnnnntataaatttt 339  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||          ||||||||||    
T  40791651 acatatatggttgtataccgacaaaacttagttaatatgcttcaca-atcagtgacaatgcagtcacttttaaggataagaaaaaaaatatataaatttt 40791553  T
Q  340 caagttcagggggcattt 357  Q
    ||||||||||||||||||    
T  40791552 caagttcagggggcattt 40791535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 217
Target Start/End: Original strand, 55482038 - 55482160
Alignment:
Q  96 tggttatctcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttc 194  Q
    |||||||  ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||| |||||||||||| ||||| || ||||||| || |||    
T  55482038 tggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagtttttcatatgacaagtgtggctgtacgttgctatgctgactttc 55482137  T
Q  195 atatcgttagactctaatacatg 217  Q
    ||||| |||  || |||||||||    
T  55482138 atatcattatgctataatacatg 55482160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 248 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 31584978 - 31584906
Alignment:
Q  248 atggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  31584978 atggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcaca-atcagtgacaatgcagtcacttttaaggataag 31584906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 83 - 168
Target Start/End: Original strand, 55481556 - 55481641
Alignment:
Q  83 tcttggtaattcttggttatctcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtg 168  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||||||| | | |||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||  |||| |||||||    
T  55481556 tcttggtaattattggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtaatgcattagtttttaatctaacaagtg 55481641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 321
Target Start/End: Original strand, 40009987 - 40010048
Alignment:
Q  260 cgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||| ||||||||||| |  ||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||    
T  40009987 cgtcaaaacatagctaatatgttttacaattcagtgataatgcagccacttttaaggataag 40010048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Original strand, 15830513 - 15830854
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  15830513 aatataaaggaagtgaaattttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtat 15830612  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  15830613 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctcacaagtgtggttgtactttactatgttgactttcatatcgttagactctaatac 15830712  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  15830713 atgattaatgtttgattgtttaaaggaacatatatggttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 15830812  T
Q  315 ggataagnnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    ||||||         |||||||||||||||| |||||||||||    
T  15830813 ggataa-aaaaaaaatataaattttcaagtttagggggcattt 15830854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Original strand, 9708532 - 9708884
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatc----------ttggtaattcttggttatctc 105  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||  |    
T  9708532 aatataaaggaagtgaaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcctttgacatcttggtaattcttggttatgcc 9708631  T
Q  106 aatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttactt-catatcgttag 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  9708632 aatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtgattctactttactatgctgactttcatatcgttag 9708731  T
Q  205 actctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacag 304  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  9708732 actctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcag 9708831  T
Q  305 tcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    ||| |||||||||||||        |||||||||| |||||||||||||||||    
T  9708832 tcacttttaaggataagaaaaaaaatataaattttaaagttcagggggcattt 9708884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 36207486 - 36207189
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||          ||| |||||||| | |    
T  36207486 aatataaaggaagttgaaatttttggtgtggttaaaattagcaataacaaaggcatatatgttgacatcttggt----------tatgtcaatcatatgt 36207397  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||||| |||| |||||||||    
T  36207396 catttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattaattttccatgtgacaggtgtggttgtactttgctatgctgactttcatatcattag-ctctaatac 36207298  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatat--cgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcattttt 312  Q
    ||||||||||| || | |||| | || ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||| ||||    
T  36207297 atggttaatgtttgttcgtttcagggaacatatatggttgtatataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattaagtgataatgcaatcactttt 36207198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 206 - 321
Target Start/End: Original strand, 3106830 - 3106945
Alignment:
Q  206 ctctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagt 305  Q
    |||||||||||||||||||| || | |||| | || ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  3106830 ctctaatacatggttaatgtttggtcgtttcagggaacatatatggttgtatatcgttaaaacttaactaatatgctccacaattcagtgataatgcagt 3106929  T
Q  306 catttttaaggataag 321  Q
    || |||||||||||||    
T  3106930 cacttttaaggataag 3106945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 9708166 - 9708052
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaa 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||         |||||||||||||    
T  9708166 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataagaaaacaaaatataaattttcaa 9708067  T
Q  343 gttcagggggcattt 357  Q
    ||| |||||||||||    
T  9708066 gtttagggggcattt 9708052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 15830147 - 15830070
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  15830147 atatatggttatatatcgtcaaaacttagctattatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataag 15830070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 117 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 38937780 - 38937576
Alignment:
Q  117 atttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttactt-catatcgttagactctaataca 215  Q
    ||||||||| |||||  ||||||  ||  ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |||| || ||| | || ||||||||||    
T  38937780 atttatgtgtttcatcgtgtatgctatgcattagtttttcatctgacaggtgtagttgtactttattatgctgactttcacatcatcaggctctaataca 38937681  T
Q  216 tggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaag 315  Q
    |||||||| | |||| |||| | |  |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |  |||  ||||||||||| |||||| |||||||    
T  38937680 tggttaatttttgatcgtttcatgtaacatatgtggttgtataccgtcaaaacttatctaatatgttttaca-atcagtgataatgcagtcacttttaag 38937582  T
Q  316 gataag 321  Q
     |||||    
T  38937581 aataag 38937576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Original strand, 36207850 - 36207927
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  36207850 atatatgattgtataccgtcaaaacttagctaatattgtccacaattcagtgataatgcattcatttttaaggataag 36207927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 260 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 4646173 - 4646076
Alignment:
Q  260 cgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  || |||||||| ||| || |||||||||||||        |||||||||||||||| |||||||||||    
T  4646173 cgtcaaaacttagctaatatgctctacaagtcggtgataattcagccacttttaaggataagaaaaaatatataaattttcaagtttagggggcattt 4646076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 255 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 7278060 - 7277994
Alignment:
Q  255 tatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  7278060 tatatggtcaaaacttagttaatatgcttcatagttcagtgataatgcagtcacttttaagaataag 7277994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Original strand, 17647948 - 17648253
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||    
T  17647948 aatataaaggaagtg-aaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaggccatatactctgacatcttgttaattcttggttatgtcaatcatatat 17648046  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  17648047 tatttatgtgcttcattatgtttgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatac 17648146  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||| ||||||    
T  17648147 atggttaatgtttgattgtttaaaggaacatatatggttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacaatttagtgataatgcagtcacttttaa 17648246  T
Q  315 ggataag 321  Q
    |||||||    
T  17648247 ggataag 17648253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 5574489 - 5574147
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||    
T  5574489 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactgtgacatcttggtaattatcggttatgtcaatcatgtat 5574390  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  5574389 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggctgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatac 5574290  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||| ||||||| |||  ||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||    
T  5574289 atgattaatgtttgaacgtttaaagaaacatatatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtggtaatgcagtcacttttaa 5574191  T
Q  315 ggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||         |||||||||||||||||| |||||||||    
T  5574190 ggataagaaaaaaatatataaattttcaagttcaaggggcattt 5574147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Original strand, 6915022 - 6915354
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||          ||| |||||||| | |    
T  6915022 aatataaaggaagtgggaatttttggtgtggttaaaattagcaataacaaagccatatattttgacgtcttggt----------tatgtcaatcatatgt 6915111  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttactt-catatcgttagactctaatac 214  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| | |||| |||||| |||| |||||||||    
T  6915112 catttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagttttccatctgacaggtgtggttgtactttgttatgttgactttcatatcattaggctctaatac 6915211  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||| ||||||| |||| |||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| |||||| ||||||    
T  6915212 atgattaatgtttgatcgtttcagggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctacaattaagtgataatgcagtcacttttaa 6915311  T
Q  315 ggataagnnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||        ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6915312 ggataagaaaaaaaatattaattttcaagttcagggggcattt 6915354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 206 - 321
Target Start/End: Original strand, 24087261 - 24087376
Alignment:
Q  206 ctctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagt 305  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  24087261 ctctaatacttggttaatgtttgattgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgcttcacaattcagtgataatgcagt 24087360  T
Q  306 catttttaaggataag 321  Q
    || |||||||||||||    
T  24087361 caattttaaggataag 24087376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 17647582 - 17647468
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaa 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||         |||||||||||||    
T  17647582 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataagaaaaaaatatataaattttcaa 17647483  T
Q  343 gttcagggggcattt 357  Q
    |||||||||||||||    
T  17647482 gttcagggggcattt 17647468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Original strand, 5574853 - 5574930
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  5574853 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatacaatcacttttaaggataag 5574930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 26359435 - 26359358
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  26359435 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagttaatatactccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataag 26359358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 252 - 357
Target Start/End: Original strand, 26359676 - 26359782
Alignment:
Q  252 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcaggg 350  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||         |||||||||||||||||| ||    
T  26359676 ttgtataccgtcaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataagaaaaaaatatataaattttcaagttcatgg 26359775  T
Q  351 ggcattt 357  Q
    |||||||    
T  26359776 ggcattt 26359782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 242 - 357
Target Start/End: Original strand, 5577184 - 5577298
Alignment:
Q  242 acatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttca 341  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||        ||||||||||||    
T  5577184 acatatatggttgtataccgacaaaacttagttaatatgcttcaca-atcagtgacaatgcagtcacttttaaggataagaaaaaaaatataaattttca 5577282  T
Q  342 agttcagggggcattt 357  Q
     |||||||||||||||    
T  5577283 tgttcagggggcattt 5577298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 242 - 321
Target Start/End: Original strand, 19293039 - 19293117
Alignment:
Q  242 acatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  19293039 acatatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcaca-atcagtgacaatgcagtcacttttaaggataag 19293117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 6914418 - 6914343
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  6914418 atatatagttgta-atcgtcaaaacttagctaatatgctctacaattgagtgataatgcagtca-ttttaaggataag 6914343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 260 - 321
Target Start/End: Original strand, 37895849 - 37895910
Alignment:
Q  260 cgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37895849 cgtcaaaacttaattaatatgctccacaattaagtgataatgcagtcatttttaaggataag 37895910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 160
Target Start/End: Original strand, 20731469 - 20731544
Alignment:
Q  85 ttggtaattcttggttatctcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatct 160  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||    
T  20731469 ttggtaattcttagttatgtcaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatgcattagtttttcatct 20731544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 271 - 321
Target Start/End: Original strand, 8505843 - 8505893
Alignment:
Q  271 agctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  8505843 agctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataag 8505893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 117 - 186
Target Start/End: Original strand, 20731095 - 20731163
Alignment:
Q  117 atttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatg 186  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||    
T  20731095 atttatgtgcttcattatgcatgtcatgtattatttttccatccga-gagtgtggttgtactttgctatg 20731163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 276 - 321
Target Start/End: Original strand, 36089681 - 36089726
Alignment:
Q  276 atatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||||    
T  36089681 atatgctccacaattcaatgataatacagtccattttaaggataag 36089726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Original strand, 14103479 - 14103785
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14103479 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatattttgatatcttggtaattcttggttatgtcaatcatgtat 14103578  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  14103579 tatttatgtgtttcattatgtatgacatgtattagtttttcatctgacaagtatgattgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatac 14103678  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||    
T  14103679 atgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacatttcaatgataatgcagtcacttttaa 14103778  T
Q  315 ggataag 321  Q
    |||||||    
T  14103779 ggataag 14103785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Original strand, 14413496 - 14413802
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14413496 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatattttgatatcttggtaattcttggttatgtcaatcatgtat 14413595  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  14413596 tatttatgtgtttcattatgtatgacatgtattagtttttcatctgacaagtatgattgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatac 14413695  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||    
T  14413696 atgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacatttcaatgataatgcagtcacttttaa 14413795  T
Q  315 ggataag 321  Q
    |||||||    
T  14413796 ggataag 14413802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 26832055 - 26831750
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  26832055 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactgtgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtat 26831956  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  26831955 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagtttttcatctgacaagtgtggctgtactttactatgttgactttcatatcgttagactctaatac 26831856  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaa 314  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  26831855 atggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatattattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaa 26831757  T
Q  315 ggataag 321  Q
    |||||||    
T  26831756 ggataag 26831750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 36897916 - 36897611
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||||    
T  36897916 aatataaaggaagtgaaaatttttggtgtggttaaaatttgcaatagcaaagtcatatactttgacatcttggtaattcttgactatgccaatcatgtat 36897817  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  36897816 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagtttttcatct--caagtgtggttgtactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatac 36897719  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtca-ttttta 313  Q
    ||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  36897718 atgattaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgataatgcagtcacttttta 36897619  T
Q  314 aggataag 321  Q
    ||||||||    
T  36897618 aggataag 36897611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 105 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 26928510 - 26928255
Alignment:
Q  105 caatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttactt-catatcgtta 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||    
T  26928510 caatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgctgattttcatatcgtta 26928411  T
Q  204 gactctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataataca 303  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  26928410 gactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgca 26928311  T
Q  304 gtcatttttaaggataag--nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
     ||| |||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26928310 atcacttttaaggataagaaaaaatatatataaattttcaagttcagggggcattt 26928255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 16 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 15752742 - 15752467
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||  ||||||| | |    
T  15752742 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaagattagcaataacaaagccatatatttcgacatctcggtaattcttggttatgccaatcatatgt 15752643  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| || |||||     |||||| |||| ||||||| || || ||||| |||| |||||||      
T  15752642 catttatgtgcttcattatgtatgatatgcattacttttctatttgaca----gggttgttctttgctatgctgacttttatatcattaggctctaatgg 15752547  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagt 294  Q
    ||||||||||| |||| | || | || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  15752546 atggttaatgtttgatcggttcagggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttatctaatatgctccacaattcagt 15752467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 14103114 - 14103037
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  14103114 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataag 14103037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 14413131 - 14413054
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  14413131 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataag 14413054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 50 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 42261242 - 42261113
Alignment:
Q  50 aaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatatta 149  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||  ||| ||| | | |||||||||||| |||||||||| |||  ||||    
T  42261242 aaattagcaatagcaaaaccatatattttgacatcttgataatttttggttataccaaacatatgtcatttatgtgctttattatgtatgtcatgcatta 42261143  T
Q  150 gttttccatctgacaagtgtggttgtactt 179  Q
     ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  42261142 tttttctatctgacatgtgtggttgtactt 42261113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Original strand, 15753120 - 15753197
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  15753120 atatatggttgtataccgttaaaacttggctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataag 15753197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Original strand, 26832425 - 26832502
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  26832425 atatatggttgtatatcgtcaaaacatagctaatatgctccgcaattcagtgataatgcaatcacttttaaggataag 26832502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 242 - 357
Target Start/End: Original strand, 29417934 - 29418050
Alignment:
Q  242 acatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag--nnnnnnnntataaatttt 339  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||          ||||||||||    
T  29417934 acatatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcaca-atcagtgacaatgcagtcacttttaaggataagaaaaaaaaaatataaatttt 29418032  T
Q  340 caagttcagggggcattt 357  Q
    ||||||||||||||||||    
T  29418033 caagttcagggggcattt 29418050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 244 - 317
Target Start/End: Original strand, 44950522 - 44950594
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaagga 317  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||||    
T  44950522 atatatggttgtataccgtcaaa-cttagctaatatgctccacaattcaatgataatgcagtcacttttaagga 44950594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 242 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 17774587 - 17774473
Alignment:
Q  242 acatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttca 341  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||  ||||||| |||  ||||| |||||||||||||        ||||||||||||    
T  17774587 acatatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgattcaca-atcagtgacaatgtagtcacttttaaggataagaaaaaatatataaattttca 17774489  T
Q  342 agttcagggggcattt 357  Q
    | ||||||||||||||    
T  17774488 atttcagggggcattt 17774473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 42260977 - 42260899
Alignment:
Q  242 acatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||  ||||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  42260977 acatatatggttgtataccgtcaaaatttagctaatatgtttcaca-atcagtgataatgcagtcacttctaaggataag 42260899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 244 - 280
Target Start/End: Original strand, 36898283 - 36898319
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatg 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36898283 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatg 36898319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 244 - 280
Target Start/End: Original strand, 36898352 - 36898388
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatg 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36898352 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatg 36898388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 158
Target Start/End: Original strand, 11099595 - 11099737
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  11099595 aatataaaggaagtggaaattttttgtgtggttaaaattagcaatagcgaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatgccaatcatgtat 11099694  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccat 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11099695 tatttatgtgcttcattatgtatgacatgtattagttttccat 11099737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 16 - 294
Target Start/End: Original strand, 1563569 - 1563844
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggtaattcttggttatctcaatcatgtat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||  ||||||| | |    
T  1563569 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaagattagcaataacaaagccatatatttcgacatctcggtaattcttggttatgccaatcatatgt 1563668  T
Q  116 tatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttac-ttcatatcgttagactctaatac 214  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| || |||||     |||||| |||| ||||||| || || ||||| |||| |||||||      
T  1563669 catttatgtgcttcattatgtatgatatgcattacttttctatttgaca----gggttgttctttgctatgctgacttttatatcattaggctctaatgg 1563764  T
Q  215 atggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagt 294  Q
    ||||||||||| |||| | || | || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  1563765 atggttaatgtttgatcggttcagggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttatctaatatgctccacaattcagt 1563844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 200 - 357
Target Start/End: Original strand, 11099739 - 11099897
Alignment:
Q  200 gttagactctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataa 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  11099739 gttagactctaatacatggttaatgtttgatcgtataaaggagcatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaatttagtgataa 11099838  T
Q  300 tacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    | |||||| |||||||||||||         |||||||||||||||||||||| |||||    
T  11099839 tgcagtcacttttaaggataagaaaaaaatatataaattttcaagttcaggggacattt 11099897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 212 - 319
Target Start/End: Original strand, 28538051 - 28538158
Alignment:
Q  212 tacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttt 311  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||| |||    
T  28538051 tacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaatttagtgataatgcagtcacttt 28538150  T
Q  312 taaggata 319  Q
    ||||||||    
T  28538151 taaggata 28538158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 244 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 28537821 - 28537707
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaa 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||         |||||||||||||    
T  28537821 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccaaaattcagtgataatacaatcacttttaaggataagaaaacaaaatataaattttcaa 28537722  T
Q  343 gttcagggggcattt 357  Q
    ||| |||||||||||    
T  28537721 gtttagggggcattt 28537707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 1563191 - 1563114
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  1563191 atatatggttgtataccgttaaaacttggctaatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaggataag 1563114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 242 - 357
Target Start/End: Original strand, 23075136 - 23075250
Alignment:
Q  242 acatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataagnnnnnnnntataaattttca 341  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||| || ||| |||||||||||||        ||||||||||||    
T  23075136 acatatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcaca-atcagtgacaatgcaatcacttttaaggataagaataaaaatataaattttca 23075234  T
Q  342 agttcagggggcattt 357  Q
    ||||||||||||||||    
T  23075235 agttcagggggcattt 23075250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 11099227 - 11099150
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||| || ||| |||||||||||||    
T  11099227 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatttgctccacaattcaccgataatgcaatcacttttaaggataag 11099150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0132 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0132
Description:

Target: scaffold0132; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 175 - 357
Target Start/End: Original strand, 42198 - 42382
Alignment:
Q  175 tactttactatgcttactt-catatcgttagactctaatacatggttaatgtatgattgtttaaagggacatatatggttgtatatcgtcaaaacttagc 273  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42198 tactttactatgctgactttcatatcgttagactctaatacatggttaatgtttgatcgtttaaaggaacatatatggttgtataccgtcaaaacttagc 42297  T
Q  274 taatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag-nnnnnnnntataaattttcaagttcagggggcattt 357  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||         |||||||||||||||||| |||||||||    
T  42298 taatatgctccacaattcagtgataatgcagtcacttttaaagataagaaaaaaatatataaattttcaagttcacggggcattt 42382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 89
Target Start/End: Original strand, 12971 - 13044
Alignment:
Q  16 aatataaaggaagtggaaatttttggtgtggttaaaattagcaatagcaaagccatatactttgacatcttggt 89  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  12971 aatataaaggaagtggaaattttttgtgtggttaaaattagcaataacaaagccatatattttgacatcttggt 13044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 244 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 12771 - 12694
Alignment:
Q  244 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacagttcagtgataatacagtcatttttaaggataag 321  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||    
T  12771 atatatggttgtataccctcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgataatacaatcacttttagggataag 12694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 93 - 193
Target Start/End: Original strand, 425054 - 425154
Alignment:
Q  93 tcttggttatctcaatcatgtattatttatgtgcttcattatgtatgacatatattagttttccatctgacaagtgtggttgtactttactatgcttact 192  Q
    ||||||||||  ||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||    
T  425054 tcttggttatgccaatcatatgtcatttatgtgcttcattatgtatgtcatggattagttttcaatctgacaggtgttgttgtactttgctatgctgact 425153  T
Q  193 t 193  Q
    |    
T  425154 t 425154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University