View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1516_high_40 (Length: 248)

Name: NF1516_high_40
Description: NF1516
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1516_high_40
NF1516_high_40
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (1-231)||(55302286-55302516)
chr3 (9-227)||(30235745-30235964)
chr3 (9-216)||(43404062-43404269)
chr3 (1-231)||(54593321-54593552)
chr3 (9-227)||(28074238-28074455)
chr3 (1-216)||(49199792-49200007)
chr3 (9-216)||(43402119-43402326)
chr3 (9-227)||(47303872-47304091)
chr3 (9-231)||(40912954-40913178)
chr3 (1-216)||(4569583-4569798)
chr3 (9-227)||(34490833-34491052)
chr3 (9-209)||(6095928-6096128)
chr3 (9-216)||(36018482-36018690)
chr3 (9-196)||(46860122-46860310)
chr3 (9-196)||(41819851-41820037)
chr3 (1-211)||(5434198-5434410)
chr3 (48-209)||(26323881-26324042)
chr3 (66-227)||(34795490-34795652)
chr3 (80-216)||(35139106-35139250)
chr3 (18-216)||(39127191-39127389)
chr3 (141-216)||(31340502-31340577)
chr3 (53-107)||(31340449-31340503)
chr3 (11-152)||(1683184-1683325)
chr3 (61-190)||(36796064-36796198)
chr3 (67-138)||(50432937-50433006)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (1-232)||(40146877-40147108)
chr5 (1-227)||(213089-213316)
chr5 (9-227)||(28277934-28278155)
chr5 (9-216)||(38746637-38746844)
chr5 (9-231)||(5057666-5057886)
chr5 (1-213)||(27015168-27015379)
chr5 (2-227)||(27637938-27638161)
chr5 (10-227)||(16642208-16642424)
chr5 (18-227)||(316380-316596)
chr5 (59-227)||(35615792-35615961)
chr5 (9-227)||(30792861-30793078)
chr5 (9-227)||(30802562-30802780)
chr5 (46-214)||(14689774-14689942)
chr5 (43-211)||(10055070-10055238)
chr5 (66-193)||(4160289-4160416)
chr5 (43-139)||(33906392-33906487)
chr5 (127-227)||(33906578-33906678)
[»] scaffold0466 (1 HSPs)
scaffold0466 (1-216)||(6960-7175)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (1-227)||(6431592-6431818)
chr7 (35-231)||(32358191-32358387)
chr7 (1-227)||(34311037-34311264)
chr7 (9-227)||(4512719-4512936)
chr7 (1-199)||(2389931-2390129)
chr7 (2-227)||(3258616-3258842)
chr7 (1-196)||(29608393-29608583)
chr7 (1-216)||(2361292-2361507)
chr7 (9-216)||(6360241-6360448)
chr7 (9-227)||(22269595-22269812)
chr7 (1-214)||(48599655-48599858)
chr7 (9-227)||(4509035-4509244)
chr7 (9-227)||(4510877-4511086)
chr7 (9-211)||(22328727-22328931)
chr7 (108-216)||(30814397-30814505)
chr7 (66-192)||(5116290-5116417)
chr7 (45-139)||(22552804-22552896)
chr7 (1-65)||(8359639-8359703)
chr7 (82-152)||(37545308-37545379)
chr7 (66-145)||(43363798-43363877)
[»] chr4 (36 HSPs)
chr4 (1-227)||(8665027-8665254)
chr4 (9-231)||(26363882-26364104)
chr4 (2-227)||(27417273-27417498)
chr4 (1-216)||(40630616-40630831)
chr4 (9-216)||(55085694-55085902)
chr4 (9-216)||(2209340-2209547)
chr4 (9-216)||(6655588-6655795)
chr4 (1-231)||(46569867-46570097)
chr4 (1-216)||(50674167-50674382)
chr4 (1-216)||(54882652-54882867)
chr4 (1-227)||(50263019-50263245)
chr4 (1-196)||(46703153-46703347)
chr4 (63-227)||(8653220-8653385)
chr4 (57-227)||(10071505-10071676)
chr4 (9-199)||(35662091-35662281)
chr4 (1-196)||(12073045-12073239)
chr4 (9-196)||(379030-379218)
chr4 (1-227)||(41964037-41964262)
chr4 (9-209)||(33989501-33989701)
chr4 (66-227)||(22883138-22883300)
chr4 (66-227)||(22934802-22934964)
chr4 (1-120)||(8647866-8647985)
chr4 (54-156)||(10071963-10072065)
chr4 (66-216)||(35370722-35370874)
chr4 (9-191)||(38811408-38811590)
chr4 (47-227)||(3785711-3785891)
chr4 (66-216)||(35369824-35369971)
chr4 (48-211)||(26699814-26699979)
chr4 (9-165)||(33089582-33089738)
chr4 (68-216)||(25723604-25723752)
chr4 (64-190)||(47514885-47515012)
chr4 (93-195)||(32091222-32091326)
chr4 (82-190)||(22629290-22629399)
chr4 (9-103)||(34112357-34112451)
chr4 (64-118)||(6719316-6719370)
chr4 (198-231)||(41639182-41639215)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (1-227)||(1632053-1632279)
chr2 (9-231)||(45726547-45726768)
chr2 (1-231)||(35447205-35447435)
chr2 (15-227)||(17450212-17450423)
chr2 (9-227)||(7450921-7451139)
chr2 (1-227)||(42288431-42288655)
chr2 (9-196)||(33647820-33648009)
chr2 (53-216)||(42261983-42262146)
chr2 (9-166)||(24397738-24397897)
chr2 (82-216)||(30218435-30218570)
chr2 (41-190)||(40935541-40935690)
chr2 (43-104)||(24197643-24197703)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (1-216)||(42435312-42435527)
chr8 (1-231)||(11383603-11383833)
chr8 (13-231)||(22976151-22976368)
chr8 (9-227)||(44353416-44353631)
chr8 (64-216)||(4283178-4283330)
chr8 (1-216)||(40221376-40221592)
chr8 (9-196)||(2999849-3000037)
chr8 (1-151)||(40328476-40328626)
chr8 (79-209)||(20686456-20686586)
chr8 (70-227)||(40585345-40585503)
chr8 (45-109)||(10101525-10101588)
chr8 (64-138)||(10020150-10020224)
chr8 (46-162)||(40535538-40535652)
chr8 (3-180)||(3846141-3846318)
chr8 (3-186)||(3817655-3817840)
chr8 (43-104)||(28461305-28461365)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (9-231)||(21593283-21593505)
chr6 (1-231)||(17762604-17762836)
chr6 (9-216)||(3809037-3809245)
chr6 (1-196)||(5043280-5043474)
chr6 (16-227)||(2973275-2973487)
chr6 (35-212)||(22425180-22425358)
chr6 (35-233)||(26830479-26830677)
chr6 (9-180)||(26800438-26800609)
chr6 (10-150)||(603410-603550)
chr6 (68-216)||(25072817-25072965)
chr6 (1-139)||(17757791-17757931)
chr6 (176-217)||(26661580-26661621)
chr6 (176-217)||(26767551-26767592)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (9-216)||(11190-11397)
[»] chr1 (27 HSPs)
chr1 (9-216)||(29135880-29136086)
chr1 (9-227)||(11348319-11348537)
chr1 (13-227)||(34603197-34603411)
chr1 (1-227)||(47255660-47255881)
chr1 (1-195)||(7482551-7482746)
chr1 (1-216)||(13547410-13547625)
chr1 (1-216)||(13549321-13549536)
chr1 (1-216)||(37879232-37879447)
chr1 (1-227)||(19754112-19754338)
chr1 (13-227)||(34602672-34602886)
chr1 (9-223)||(42298304-42298518)
chr1 (9-216)||(37033402-37033605)
chr1 (1-196)||(37167949-37168144)
chr1 (1-216)||(193244-193458)
chr1 (9-195)||(28242041-28242227)
chr1 (9-227)||(19752307-19752524)
chr1 (1-195)||(47114825-47115018)
chr1 (68-211)||(6808083-6808228)
chr1 (80-227)||(31928208-31928348)
chr1 (78-216)||(41135452-41135591)
chr1 (66-227)||(9109787-9109949)
chr1 (46-153)||(16216860-16216966)
chr1 (74-138)||(22079045-22079109)
chr1 (43-145)||(28318122-28318225)
chr1 (19-145)||(6068321-6068447)
chr1 (64-109)||(3331283-3331328)
chr1 (1-73)||(31926027-31926099)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (1-214)||(80604-80817)
[»] scaffold0176 (1 HSPs)
scaffold0176 (9-227)||(18330-18547)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (53-216)||(490818-490981)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (67-227)||(1792-1953)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 55302286 - 55302516
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  55302286 caaaagaatctccactcatgtgttttccaacctcatgaatttttcccaaaaggcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggttctccaagattc 55302385  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  55302386 acatcttgaagctttgaacctcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgaaattcaccaagctta 55302485  T
Q  201 cccaacaaatgggtcatggagtgcttacata 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55302486 cccaacaaatgggtcatggagtgcttacata 55302516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 30235964 - 30235745
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30235964 tctccactcttgtgttttccaaccccatgaatattccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 30235865  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaac-a 207  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |    
T  30235864 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttggtttcattgagattcaccaagcttacccaacaa 30235765  T
Q  208 aatgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  30235764 aatgggtcatggagtgctta 30235745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Original strand, 43404062 - 43404269
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43404062 tctccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 43404161  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  43404162 aaactttgaacctcacccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttggtttccatgagattcaccaagctcacccaacaa 43404261  T
Q  209 atgggtca 216  Q
    ||||||||    
T  43404262 atgggtca 43404269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 54593552 - 54593321
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54593552 caaaagactctccactcatgtgttttccatccccatgaatcttccccaaaaggtaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 54593453  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta-aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttt 199  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  54593452 acatcttgaagctttgaacctcacccaaggaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctt 54593353  T
Q  200 acccaacaaatgggtcatggagtgcttacata 231  Q
      | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  54593352 ttcgaacaaatgggtcatggagtgcttacata 54593321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28074455 - 28074238
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28074455 tctccactcatgtgtttcccatccccatgaatcttccccaaaacgcaccaactattt-cccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 28074357  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    || ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  28074356 aaactttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaa 28074257  T
Q  209 atgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  28074256 atgggtcatgaagtgctta 28074238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Original strand, 49199792 - 49200007
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49199792 caaaagactctccactcatatgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaatagccccctcttttggttctccaagattc 49199891  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  49199892 acatcttgaaactttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 49199991  T
Q  201 cccaacaaatgggtca 216  Q
    ||||||||||||||||    
T  49199992 cccaacaaatgggtca 49200007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Original strand, 43402119 - 43402326
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43402119 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttctcaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 43402218  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||    
T  43402219 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccataagattcaccaagctcacccaacaa 43402318  T
Q  209 atgggtca 216  Q
    ||| ||||    
T  43402319 atgagtca 43402326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 47304091 - 47303872
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47304091 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 47303992  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaac-a 207  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| |    
T  47303991 aagctttgaacctcacccaaagaccttcaacatttagtatctaaaaccataaaagttctctcctttgatttccatgagattcaccaagcttacccaacaa 47303892  T
Q  208 aatgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  47303891 aatgggtcgtggagtgctta 47303872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 40913178 - 40912954
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatg-caccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40913178 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatttt 40913079  T
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaag-tttacccaac 206  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  40913078 gaagctttgaacctcacccaaagaccctaaacctttagtatctaaaaccctaaaagtcccctcctttggtttccatgagattcaccaagctttacccaac 40912979  T
Q  207 aaatgggtcatggagtgcttacata 231  Q
    ||||||||||  || ||||||||||    
T  40912978 aaatgggtcaaagaatgcttacata 40912954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 4569798 - 4569583
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||| | ||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  4569798 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaataggcacacccccttttcccaagagccccctcttttgattctccaagattt 4569699  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  4569698 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 4569599  T
Q  201 cccaacaaatgggtca 216  Q
    | ||||||||||||||    
T  4569598 ctcaacaaatgggtca 4569583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 34491052 - 34490833
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    |||||||||||||||||| || |   |||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34491052 tctccactcatgtgtttttcaactccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 34490953  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaa-ca 207  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| || | |||  |    
T  34490952 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagctttcacaataa 34490853  T
Q  208 aatgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  34490852 aatgggtgatggagtgctta 34490833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 209
Target Start/End: Original strand, 6095928 - 6096128
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6095928 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcaaaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 6096027  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| || |||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  6096028 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctctgatttccatgagattcaccaagctttcccaacaa 6096127  T
Q  209 a 209  Q
    |    
T  6096128 a 6096128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 36018690 - 36018482
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    |||||| |||||||||| ||||||  ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36018690 tctccattcatgtgtttcccatccccatggatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaaaagctccctcttttggttctccaagattcacatcttg 36018591  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta-aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaaca 207  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  36018590 aagctttgaacctcatccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctgaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttatccaaca 36018491  T
Q  208 aatgggtca 216  Q
    |||||||||    
T  36018490 aatgggtca 36018482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 46860310 - 46860122
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  46860310 tctccactcatgtgtttcccatccctatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatg 46860211  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta-aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaag 196  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  46860210 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttctctcatttggtttccatgagattcaccaag 46860122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 9 - 196
Target Start/End: Original strand, 41819851 - 41820037
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41819851 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccc-aaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttg 41819949  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaag 196  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41819950 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaacctaaaagttatctcctttggtttccatgagattcaccaag 41820037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 5434198 - 5434410
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagatt 99  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| | | ||  |||||| | |||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  5434198 caaaagactctccactcatgtgtttcctaaccccatgaatctctccctaaaaaacactaacccttttcccaagagccccctcttttggttctataagatt 5434297  T
Q  100 cacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtt 198  Q
     ||||||||||||||| |||| |   |||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |    
T  5434298 tacatcttgaagctttaaacctccctcaaagacccttaacttttggtatctaaatatcctaaaagttccctcctttgatttccatgagattcaccaagct 5434397  T
Q  199 tacccaacaaatg 211  Q
    ||| |||||||||    
T  5434398 tactcaacaaatg 5434410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 48 - 209
Target Start/End: Original strand, 26323881 - 26324042
Alignment:
Q  48 aaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagta 147  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||  || |||| |||||||||| |||||||    
T  26323881 aaaatgcaccaacccttt-cccaatagccctctcttttgattcttcaagatttacatcttgaagctttgaacttcacccaatgaccctcaacctttagta 26323979  T
Q  148 tctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaa 209  Q
    |||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||    
T  26323980 tctaaatatcttaaaagtttcctcctttggtttccatgagattcaccaaacttactcaacaaa 26324042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 66 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 34795652 - 34795490
Alignment:
Q  66 tcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagt 164  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||     
T  34795652 tccctagaaccccctcttctggttctccaagattcagatcttgaagctttgaacatcacccaacgaccatcaacctttagtatctaaataccctaaaaga 34795553  T
Q  165 ttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    |  ||||||||||||  ||  ||||||||||  |||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  34795552 tctctcctttggttttcataggattcaccaaacttacccaacaaataagtcatagagtgctta 34795490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 80 - 216
Target Start/End: Original strand, 35139106 - 35139250
Alignment:
Q  80 tcttttggttctccaagattcacatcttg-------aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcc 171  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||        ||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||  |||||    
T  35139106 tcttttggttctccaagattcacatcttacatcttaaagttttgaacctcatctaaagaccctcaacgtttagtatctaaatacccaaaaagtaccctcc 35139205  T
Q  172 tttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtca 216  Q
    ||||||||| |||| |||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  35139206 tttggtttccatgaaattcaccaagcttacttaacaaatgggtca 35139250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 39127389 - 39127191
Alignment:
Q  18 atgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttg 116  Q
    |||||||| ||| ||| |||||| | |||| |||| |||||||| || |||| ||||| ||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  39127389 atgtgtttcccaacctcatgaatctctcccaaaaaggcaccaactctcttcc-aagagtcccctattttagttctctaagattcatatcttgaagctttg 39127291  T
Q  117 aaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtc 215  Q
    |||| || |||||| |||  ||| |||||||| |||| ||||||||||||  |||| ||| |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  39127290 aacctca-ccaaaggccccaaacctttagtatgtaaataccctaaaagttctctccgttgatttccatgagattcactaagcttactcaacaaatgagtc 39127192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 141 - 216
Target Start/End: Original strand, 31340502 - 31340577
Alignment:
Q  141 tttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31340502 tttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttggtttccataagattcaccaagcttacccaacaaatgggtca 31340577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 53 - 107
Target Start/End: Original strand, 31340449 - 31340503
Alignment:
Q  53 gcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31340449 gcaccaaccattttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 31340503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 1683325 - 1683184
Alignment:
Q  11 tccactcatgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttga 109  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||||| | | ||||||||||||||||||||| || || | ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1683325 tccactcatgtgttttccaaccccatgaatctcttcccaaaatgcaccaacccttt-ccgaaaaaccttctcttttggttctccaagattcacat-ttga 1683228  T
Q  110 agc-tttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaa 152  Q
    | | |||||| | || ||||||||||||||| |||||| |||||    
T  1683227 aacatttgaatctcacccaaagaccctcaacctttagtttctaa 1683184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 61 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 36796198 - 36796064
Alignment:
Q  61 ccttttcccaagagccccctcttttggttctccaaga----ttcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaa-aac 155  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||| ||| |    || |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||| |||||   |    
T  36796198 cctttttcaaagagtcccctcttttggttcttcaaaagaggtttacatcttgaagctttgaacctcatctaaagaccttcaacctttagtttctaagttc 36796099  T
Q  156 cctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattc 190  Q
    ||||||||||  |||||||| |||| |||||||||    
T  36796098 cctaaaagttatctcctttgatttccatgagattc 36796064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 138
Target Start/End: Original strand, 50432937 - 50433006
Alignment:
Q  67 cccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaa 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||  ||||||| | ||  |||||||||||||    
T  50432937 cccaatagccccctcttttggt--tccaagattcacctcttgaccctttgaatctcactcaaagaccctcaa 50433006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 40147108 - 40146877
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40147108 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccattttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 40147009  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  40147008 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcatcctttggtttccatgagattcaccaagctta 40146909  T
Q  201 cccaacaaatgggtcatggagtgcttacatat 232  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40146908 accaacaaatgggtcatggagtgcttacatat 40146877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 213316 - 213089
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctcc-aagatt 99  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  213316 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctcccaagatt 213217  T
Q  100 cacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttt 199  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||    
T  213216 cacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcatcaagctt 213117  T
Q  200 acccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  213116 acccaaaaaatgggtcatggagtactta 213089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28278155 - 28277934
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccc-tcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28278155 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagcccccctcttttggttctccaagattcacatctt 28278056  T
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta--cccaa 205  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||    |||    
T  28278055 gaagctttgaacctcatccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttagtttccttgagattcaccaagcttattttcaa 28277956  T
Q  206 caaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  28277955 caaatgggtcatgaagtgctta 28277934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 38746844 - 38746637
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    |||||||||| |||||| ||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38746844 tctccactcacgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcttaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 38746745  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    || ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  38746744 aaactttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaa 38746645  T
Q  209 atgggtca 216  Q
    ||| ||||    
T  38746644 atgagtca 38746637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5057886 - 5057666
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5057886 tctccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacctttttcccaaaagcccc-tcttttggttctcaaagattcacatcttg 5057788  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    ||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||  |    |||||    
T  5057787 aagctttgatcctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcacccag-ctctttaacaa 5057689  T
Q  209 atgggtcatggagtgcttacata 231  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  5057688 atgggtcatggagtgcttacata 5057666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27015379 - 27015168
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27015379 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgattcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttcttcaagattc 27015280  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| |||||  ||    
T  27015279 acatcttgaagctttgatcctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttgatttccattagattcgccaagcata 27015180  T
Q  201 cccaacaaatggg 213  Q
    ||| |||||||||    
T  27015179 ccc-acaaatggg 27015168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 227
Target Start/End: Original strand, 27637938 - 27638161
Alignment:
Q  2 aaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattca 101  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| | | ||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27637938 aaaagactcttcactcatgtgtttcctaaccccatgaatcttccc-aaaatgcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggttctccaagattca 27638036  T
Q  102 catcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttac 201  Q
    ||||||||| ||||||||| || |||||||  |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  |      
T  27638037 catcttgaa-ctttgaacctcacccaaagattctcaacctttagtatctaaaaccttaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagccttt 27638135  T
Q  202 ccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
      |||||||||||||| |||||||||    
T  27638136 ttaacaaatgggtcatagagtgctta 27638161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 10 - 227
Target Start/End: Original strand, 16642208 - 16642424
Alignment:
Q  10 ctccactcatgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    |||||||||||||||| | | ||  |||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  16642208 ctccactcatgtgtttcctaaccccatgaatctgtccccaaaaggcaccaacccttt-cccaagagccc--tcttttggttcttcaagattcacttcttg 16642304  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaaca 207  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  16642305 aagctttgaacctcacccaaagaccatcaacctttagtatctaaataccctaaaagtgctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaaca 16642404  T
Q  208 aatgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  16642405 aatgggtcatggagtgctta 16642424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 316596 - 316380
Alignment:
Q  18 atgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttg 116  Q
    |||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  316596 atgtgtttcccaaccttatgaatctctccccaaaaggcaccaaccctct-cccaagagcccccccttttggttctccaagattcacatcttgaagctttg 316498  T
Q  117 aaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaa-aaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattc------accaagtttacccaacaaa 209  Q
    |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||  ||  ||||||||  ||||||| ||||| |||||||||      |||||| |||| |||||||    
T  316497 aacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaagtacaataaaagttctctcctttagtttccatgagattcaccattaccaagcttactcaacaaa 316398  T
Q  210 tgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  316397 tgggtcaaggagtgctta 316380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 59 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 35615961 - 35615792
Alignment:
Q  59 acccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accc 157  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||| || |    
T  35615961 acccctttcccaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaagaccctcaacctttagtatctaaatactc 35615862  T
Q  158 taaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||   ||| ||||||||||    
T  35615861 taaaagttttttcatttggtttcaaggagattcaccaagcttacgcaacaaattaatcaaggagtgctta 35615792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 30793078 - 30792861
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||  |||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| | | |||||||||||||||||  |||||||    
T  30793078 tctctactcatgtgtttcccaaccccatgaatatctccccaaaaggcaccaacc-ttttcccaa-agccacatattttggttctccaagata-acatctt 30792982  T
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaac 206  Q
    ||||||||||||  || | ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||    
T  30792981 gaagctttgaacatcacctaaagaccctcaacctttagtatctaattaccctaaaagtttactcatttggtttccatgagattcaccaagcttacttaac 30792882  T
Q  207 aaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||||||||| | ||||||||    
T  30792881 aaatgggtcaagaagtgctta 30792861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 30802780 - 30802562
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    ||||||||||||||||||| | ||  |||||| | ||||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||| |    
T  30802780 tctccactcatgtgttttctaaccccatgaatctctccccaaaaggcacaaacccttt-cccaagagcctcctcttttggttctctaagata-acatcat 30802683  T
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaac 206  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||||||| |  | |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||    
T  30802682 gaagctttgaacctcacctaaagaccctcaacctagaatatctaaataccctaaaagttccctcatttggtttccatgagattcaccaagcgtactcaac 30802583  T
Q  207 aaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||| | ||| ||||| ||||    
T  30802582 aaatcgatcaaggagtactta 30802562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 46 - 214
Target Start/End: Original strand, 14689774 - 14689942
Alignment:
Q  46 ccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttag 145  Q
    |||||| ||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||  |||||||||| ||| || |     
T  14689774 ccaaaaggcaccaacccttt-cacaagaaccccttcttttggttctccaaaattcacatcttgaaactttgaacatcactcaaagacccttaaccttcac 14689872  T
Q  146 tatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggt 214  Q
    ||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||||    
T  14689873 tatctaaatgccctaaaagttttctcctttagtttccatgagattcaccaagcctactcaacaaatgggt 14689942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 43 - 211
Target Start/End: Original strand, 10055070 - 10055238
Alignment:
Q  43 tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttt 142  Q
    |||||| || ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||| ||||  ||    
T  10055070 tccccataaggcaccaaaccttt-cccaagagccctctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaatctcacccaaaaaccttcaatctt 10055168  T
Q  143 tagtatctaa-aaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatg 211  Q
    ||||||| ||  || ||||| ||| | || |||| |||| ||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  10055169 tagtatccaagtactctaaatgttccatcatttgatttctatgagattcaccaaacttactcaacaaatg 10055238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 4160416 - 4160289
Alignment:
Q  66 tcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagt 164  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| || ||||||||  || ||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||    
T  4160416 tcccaagagccccctcttttagttctccaggattcacttctttaaactttgaacatcacccaaa-accctcaaactttagtatctaaataccctaaatgt 4160318  T
Q  165 ttcctcctttggtttcaatgagattcacc 193  Q
    |  ||| ||||||||| ||||||||||||    
T  4160317 tctctcatttggtttccatgagattcacc 4160289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 43 - 139
Target Start/End: Original strand, 33906392 - 33906487
Alignment:
Q  43 tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaac 139  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||| ||  ||||||||||||||    
T  33906392 tccccaaaaggcaccaaccctct-cccaagagcccccttttttggttctacaagattcacattttgaggcttcgaacctcactcaaagaccctcaac 33906487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 227
Target Start/End: Original strand, 33906578 - 33906678
Alignment:
Q  127 aaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcatggagtgct 225  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||| ||   |||||||||||| | ||||||||    
T  33906578 aaagaacctcaacctttaatatctaaataccctaaaagttctcttctttggtttca-tgagattcaccaagcttgttcaacaaatgggttaaggagtgct 33906676  T
Q  226 ta 227  Q
    ||    
T  33906677 ta 33906678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0466 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0466
Description:

Target: scaffold0466; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 7175 - 6960
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7175 caaaagactctccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattc 7076  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  7075 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 6976  T
Q  201 cccaacaaatgggtca 216  Q
    ||||||||||||||||    
T  6975 cccaacaaatgggtca 6960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 159; Significance: 9e-85; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 6431818 - 6431592
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6431818 caaaagactctacactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagattc 6431719  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  6431718 acatcttgaagttttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttctatgagattcaccaagctta 6431619  T
Q  201 cccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  6431618 cccaataaatgggtcatggagcgctta 6431592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 35 - 231
Target Start/End: Original strand, 32358191 - 32358387
Alignment:
Q  35 atgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccc 134  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  32358191 atgaattttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccc 32358290  T
Q  135 tcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcatggagtgcttacata 231  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32358291 tcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctttttcaacaaatgggtcatggagtgcttacata 32358387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 34311037 - 34311264
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34311037 caaaagactctccactcatgtgttttccatccccatgaaccttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 34311136  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta-aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttt 199  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  34311137 acatcttgaagctttgaacctcacccaaggaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccttcctttggtttccatgagattcaccaagctt 34311236  T
Q  200 acccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  34311237 acccaaaaaattggtcatggagtactta 34311264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 4512719 - 4512936
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| | | ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4512719 tctccactcatgtgtttccaaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttt-cccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttg 4512817  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||    
T  4512818 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagaatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccattaa 4512917  T
Q  209 atgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4512918 atgggtcatggagtgctta 4512936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 2390129 - 2389931
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||| ||  |||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2390129 caaaagactatccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaagccaccaacccttttcgcaatagccccctcttttggttttccaagattc 2390030  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttt 199  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2390029 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttccatgagattcaccaagttt 2389931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 2 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 3258842 - 3258616
Alignment:
Q  2 aaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattca 101  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  3258842 aaaagactctccactcatatgtttcccatccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccatctttttgttctccaagattca 3258743  T
Q  102 catcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta-aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||     
T  3258742 catcatgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctctggtttccatgagattcaccaagtttt 3258643  T
Q  201 cccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
      || |||||||||||| |||||||||    
T  3258642 ttcaccaaatgggtcatagagtgctta 3258616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 29608583 - 29608393
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  ||||||     |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29608583 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaat-----ccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattc 29608489  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaag 196  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29608488 acatcttgaagttttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaag 29608393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Original strand, 2361292 - 2361507
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  ||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  2361292 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcatccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttgattcttcaagattc 2361391  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||  ||||| | || ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||     
T  2361392 acatcttgaaggattgaatctcacccaaagaccctcaatctttagtatctaaaatcctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcactaagcttg 2361491  T
Q  201 cccaacaaatgggtca 216  Q
    ||||||||||||||||    
T  2361492 cccaacaaatgggtca 2361507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Original strand, 6360241 - 6360448
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    |||||||||||||||||| || |   |||||| |||  ||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6360241 tctccactcatgtgtttttcaactccatgaatcttcttcaaaaggcaccattccttttctcaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 6360340  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    || |||| |||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  6360341 aaacttttaacctcacccaaagaccctcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaa 6360440  T
Q  209 atgggtca 216  Q
    ||||||||    
T  6360441 atgggtca 6360448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 22269812 - 22269595
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| || |||  |||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22269812 tctccactcatgtgtttcccctccccatgaatcttccccaaaaggcaccaactcttt-cccaagagcccc-tcttttggttctccaagattcacatcttg 22269715  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta-aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaaca 207  Q
     ||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  22269714 tagctttgaacctcacccaaagaccctcaaactttagtatctacataccctaaatgttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaaca 22269615  T
Q  208 aatgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  22269614 aatgggtcatgaagtgctta 22269595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 48599655 - 48599858
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| |||| |||||||| ||||||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||              
T  48599655 caaaagactctctactcatgttttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttc---------- 48599744  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  48599745 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 48599844  T
Q  201 cccaacaaatgggt 214  Q
    ||||||||||||||    
T  48599845 cccaacaaatgggt 48599858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 4509035 - 4509244
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||        ||||||||    
T  4509035 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttt-cccaagagctccctcttttggttctc--------acatcttg 4509125  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  4509126 aagctttgaacctcacccaaaaaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttggtttccatgagattaaccaagcttacccaacaa 4509225  T
Q  209 atgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  4509226 atgggtcatagagtgctta 4509244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 4510877 - 4511086
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||        ||||||||    
T  4510877 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttt-cccaagagctccctcttttggttctc--------acatcttg 4510967  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  4510968 aagctttgaacctcacccaaaaaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttggtttccatgagattaaccaagcttacccaacaa 4511067  T
Q  209 atgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  4511068 atgggtcatagagtgctta 4511086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 211
Target Start/End: Original strand, 22328727 - 22328931
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    |||| |||||||| ||| ||| || ||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22328727 tctctactcatgtttttcccaaccctatgaatctctccccaaaaggcaccaactcttttcctaagagccccctcttttggttctccaagatttacatctt 22328826  T
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaac 206  Q
    |||||||| |||| |  ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||  |||    
T  22328827 gaagcttttaacctccaccaaagatcctcaacctttagtatctaaataccctaaaagttttctcctttggtttccatgagattcactaagcttacttaac 22328926  T
Q  207 aaatg 211  Q
    |||||    
T  22328927 aaatg 22328931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 108 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 30814505 - 30814397
Alignment:
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaaca 207  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  30814505 gaagctttgaacctcacccaaagaccctcaaccttaagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaaca 30814406  T
Q  208 aatgggtca 216  Q
    |||||||||    
T  30814405 aatgggtca 30814397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 66 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 5116417 - 5116290
Alignment:
Q  66 tcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagt 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  || | ||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||    
T  5116417 tcccaagagccccctcttttggttctcaaagattcacatcttgaagttttgaacatcacctaaagaccctcaacctttagtatttaaataccctaaaagt 5116318  T
Q  165 ttcctcctttggtttcaatgagattcac 192  Q
      ||||||||||| || |||||||||||    
T  5116317 cccctcctttggtatccatgagattcac 5116290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 45 - 139
Target Start/End: Original strand, 22552804 - 22552896
Alignment:
Q  45 cccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaac 139  Q
    ||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||| || | || |||||||||||||||    
T  22552804 cccaaaaggcaccaaccgttt--ccaagagccccctcttttggttctctaagattcacattttgaccctttaaatctcacccaaagaccctcaac 22552896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 65
Target Start/End: Original strand, 8359639 - 8359703
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttt 65  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  8359639 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttt 8359703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 152
Target Start/End: Original strand, 37545308 - 37545379
Alignment:
Q  82 ttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaaga-ccctcaacttttagtatctaa 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |  ||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  37545308 ttttggttctccaagattcacatcttaaacctttgaatcttatccaaagatctctcaacttttagtctctaa 37545379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 66 - 145
Target Start/End: Original strand, 43363798 - 43363877
Alignment:
Q  66 tcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttag 145  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||  ||||||  ||| |||||||  ||||||| ||||    
T  43363798 tcccaagagctccctcttttagttctccaagatacacatcttcaacatttgaattgcacccaaagaaactcaactcttag 43363877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 36)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 8665254 - 8665027
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8665254 caaaagactctccactcctgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 8665155  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  8665154 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 8665055  T
Q  201 cccaac-aaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||    
T  8665054 cctaacaaaatgggtcatggagtgctta 8665027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 26364104 - 26363882
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||| |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26364104 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggccccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 26364005  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    |||||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  26364004 aagctttgaacctcacccaaaggccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcccttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaa 26363905  T
Q  209 atgggtcatggagtgcttacata 231  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  26363904 atgggtcatggagtgcttacata 26363882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 2 - 227
Target Start/End: Original strand, 27417273 - 27417498
Alignment:
Q  2 aaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattca 101  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27417273 aaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaagacaccaacccctttcccaagagccccttcttttggttctccaagattca 27417372  T
Q  102 catcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttac 201  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  27417373 catcttaaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggttttcatgagattcaccaagcttac 27417472  T
Q  202 ccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  27417473 ccaacaaatgggtcatggagtgctta 27417498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 40630831 - 40630616
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40630831 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaaaagctccctcttttggttctccaagattc 40630732  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  40630731 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcatcctttggtttccatgagattcaccaagctta 40630632  T
Q  201 cccaacaaatgggtca 216  Q
    ||||||||||||||||    
T  40630631 cccaacaaatgggtca 40630616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Original strand, 55085694 - 55085902
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  55085694 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagatttacatcttg 55085793  T
Q  109 aa-gctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaaca 207  Q
    || ||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  55085794 aaagcttttaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttcattgagattcaccaagcttacccaaca 55085893  T
Q  208 aatgggtca 216  Q
    |||||||||    
T  55085894 aatgggtca 55085902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 2209547 - 2209340
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2209547 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagtcccctcgtttggttctccaagattcacatcttg 2209448  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  2209447 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttgctttccatgagattcaccaagcttacccaacaa 2209348  T
Q  209 atgggtca 216  Q
    ||||||||    
T  2209347 atgggtca 2209340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 6655795 - 6655588
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6655795 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctta 6655696  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    ||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  6655695 aagttttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagatttaccaagcttacccaacaa 6655596  T
Q  209 atgggtca 216  Q
    ||||||||    
T  6655595 atgggtca 6655588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 46569867 - 46570097
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||| ||| ||  |||||| || ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46569867 caaaagactttccactcatttgtttcccaaccccatgaatctttcccaaaaggcaccaatccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattc 46569966  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||     
T  46569967 acatcttgaagctttgaacctcacctaaagaccttcaacatttagtatctaaaaccctaaaatttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttg 46570066  T
Q  201 cccaacaaatgggtcatggagtgcttacata 231  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46570067 cccaacaaatgggtcatggtgtgcttacata 46570097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Original strand, 50674167 - 50674382
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| || |||| || |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50674167 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctttcccataaggcaccaacccttttcattagagccccctcttttggttctccaagattc 50674266  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  50674267 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagacccttaacatttagtatttaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 50674366  T
Q  201 cccaacaaatgggtca 216  Q
    ||||||||||||||||    
T  50674367 cccaacaaatgggtca 50674382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 54882867 - 54882652
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||  |||||| ||| |||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54882867 caaaagactctacactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcataagagccccctcttttggttctccaagattc 54882768  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  54882767 acattttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcactaagctta 54882668  T
Q  201 cccaacaaatgggtca 216  Q
    ||||||||||| ||||    
T  54882667 cccaacaaatgagtca 54882652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 50263019 - 50263245
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50263019 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttttccaagagccccctcttttggttctccaagattc 50263118  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||  ||     
T  50263119 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagactctcaacctttagtgtctaaaaccctaaaagttccctcctttggttttcatgagattcaccaaacttt 50263218  T
Q  201 cccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
      ||||||||||||||  |||||||||    
T  50263219 ttcaacaaatgggtcaaagagtgctta 50263245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 46703347 - 46703153
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| |||||| |||||| ||| ||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  46703347 caaaagactctccattcatgt-tttcccatccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttgattctcgaagattc 46703249  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaag 196  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46703248 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaag 46703153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 63 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 8653385 - 8653220
Alignment:
Q  63 ttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaa 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8653385 ttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaa 8653286  T
Q  163 gtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaac-aaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||  ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  8653285 gttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacctaacaaaatgggtcatggagtgctta 8653220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 57 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 10071676 - 10071505
Alignment:
Q  57 caacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaacc 156  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10071676 caacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttaaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaacc 10071577  T
Q  157 ctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaac-aaatgggtcatggagtgctta 227  Q
     |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10071576 ttaaaagttccctcctttgatttccatgagattcaccaagattacccaacaaaatgggtcatggagtgctta 10071505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 9 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 35662281 - 35662091
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    |||||| |||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  35662281 tctccattcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcctaagagccccctcttttggttctccaagattcacatattg 35662182  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttt 199  Q
    |||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||| || ||||||||||||||||||    
T  35662181 aagctttgaacctcacccaaagactctcaacctttagtatctaaaatcctaaaagttctctcatttggtgtccatgagattcaccaagttt 35662091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 12073239 - 12073045
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaaccctttt-cccaagagccccctcttttggttctccaagatt 99  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||  |||||| ||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12073239 caaaagactcttcactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccc-aaaaggcaccaaccctttttcccaagagcccc-tcttttggttctccaagatt 12073142  T
Q  100 cacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaag 196  Q
     |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  12073141 tacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttggtttccatgagattcaccaag 12073045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 9 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 379218 - 379030
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  379218 tctccactcatgtgtttcccattctcatgaatcttccccaaaaggcaccgacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcatg 379119  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta-aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaag 196  Q
    |||||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  379118 aagctttgaacctcacccaaagtccctcaacctttagtatctacaaatcctaaaagttctctcctttggtttccacgagattcaccaag 379030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 41964262 - 41964037
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| ||| ||  |||||| || |||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41964262 caaaagactctctactcatgtgtttcccaaccccatgaatctttcccaaaag--actaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 41964165  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta-aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttt 199  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||  ||    
T  41964164 acatcatgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctttgatttccatgagattcaccaaactt 41964065  T
Q  200 acccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
     | || |||||||||||| |||||||||    
T  41964064 tctcaccaaatgggtcatagagtgctta 41964037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 33989701 - 33989501
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| |||  |  |||||| |  ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  33989701 tctccactcatgtgtttcccaatcccatgaatctctcccaaaaggcaccaacc-ttctcccaagagccccctattttggttcttcaagattcacatcttg 33989603  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaaca 207  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||  || |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  33989602 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaaactttagtatctaaataccctaaaagttatctgctttggtttccatgagattcaccaagcttgcccaaca 33989503  T
Q  208 aa 209  Q
    ||    
T  33989502 aa 33989501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 66 - 227
Target Start/End: Original strand, 22883138 - 22883300
Alignment:
Q  66 tcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagt 164  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |  |||||| ||||||||||||| ||||||||| |    
T  22883138 tcccaagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaatagtctcaacctttagtatctaaataccctaaaatt 22883237  T
Q  165 ttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    | |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  22883238 tccctcatttggtttccatgagattcaccaagcttactcaacaaatgggttaaggagtgctta 22883300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 66 - 227
Target Start/End: Original strand, 22934802 - 22934964
Alignment:
Q  66 tcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagt 164  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |  |||||| ||||||||||||| ||||||||| |    
T  22934802 tcccaagagccccctctttttgttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcactcaaatagtctcaacctttagtatctaaataccctaaaatt 22934901  T
Q  165 ttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    | |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  22934902 tccctcatttggtttccatgagattcaccaagcttactcaacaaatgggttaaggagtgctta 22934964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 8647985 - 8647866
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8647985 caaaagactctccactcctgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 8647886  T
Q  101 acatcttgaagctttgaacc 120  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  8647885 acatcttgaagctttgaacc 8647866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 54 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 10072065 - 10071963
Alignment:
Q  54 caccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa 153  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10072065 caccaacccttttcacaagagccccctcttttagttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa 10071966  T
Q  154 acc 156  Q
    |||    
T  10071965 acc 10071963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 66 - 216
Target Start/End: Original strand, 35370722 - 35370874
Alignment:
Q  66 tcccaagagccccctctttt-ggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaag 163  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  35370722 tcccaagaaccccctcttttaggttctccaagattcacatcttaaagctttgaacctctcccaaagaccctcaacctttagtatctaaataccttaaaag 35370821  T
Q  164 tttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtca 216  Q
    || ||||||||| |||| |||||||||| |||| |||| ||| | ||||||||    
T  35370822 ttccctcctttgatttccatgagattcatcaagcttactcaatagatgggtca 35370874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 9 - 191
Target Start/End: Original strand, 38811408 - 38811590
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    |||||||| |||||||| | | ||| |||||| | ||| |||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38811408 tctccacttatgtgtttcctaacctcatgaatctctccgcaaaagacaccaacccttt-cccaagagcccc-tctttgggttctccaagattcacatctt 38811505  T
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaa-aaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattca 191  Q
     |||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  38811506 aaagctttgaacctcacccaaataccctcaacctttagtatctaagtaccctaaaagttccctcctttagtttccatgagattca 38811590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 47 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 3785891 - 3785711
Alignment:
Q  47 caaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagt 146  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |  | |||||| |||||| ||||||    
T  3785891 caaaaggcaccaacccttttcc-aagagccccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttgaatctcgcctaaagactctcaacctttagt 3785793  T
Q  147 atcta-aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||| |   | |||||||||| | ||||||| |||| ||||||| ||||||  |||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  3785792 atccatgtatcctaaaagttccatcctttgatttccatgagatccaccaaacttactcaacaaatgggtcaagtagtgctta 3785711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 66 - 216
Target Start/End: Original strand, 35369824 - 35369971
Alignment:
Q  66 tcccaagagccccctctttt-ggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagt 164  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||    |||||||    
T  35369824 tcccaagaaccccctcttttaggttctccaagattcacatcttaaatctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaa----taaaagt 35369919  T
Q  165 ttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtca 216  Q
    | ||||||||  |||| |||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||    
T  35369920 tccctcctttaatttccatgagattcatcaagcttactcaacagatgggtca 35369971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 48 - 211
Target Start/End: Original strand, 26699814 - 26699979
Alignment:
Q  48 aaaatgcaccaacccttttcccaagagccccct-cttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagt 146  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| | ||||| ||||||    
T  26699814 aaaaggcaccaaccctttttccaagatcccccttcatttggctctctaagattcacatcttgaagttttgaacctcaaccaaagatcttcaacctttagt 26699913  T
Q  147 atctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatg 211  Q
    |||||||  ||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||| || | |||||||||    
T  26699914 atctaaatgccctacaagttccctcatttggtttccatgagattcacaaagcttgctcaacaaatg 26699979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 9 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 33089738 - 33089582
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    |||||||||||||||||| |  ||  |||||| | || ||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33089738 tctccactcatgtgtttttcgaccccatgaatctctctccaaaagacaccaaccctct-cccaagagccccctcttttgattctccaagattcacatctt 33089640  T
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtt 165  Q
     || ||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||    
T  33089639 caaactttgaacctcacccaaagaccctcaatctttagtatctaaatacctaaaagtt 33089582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 68 - 216
Target Start/End: Original strand, 25723604 - 25723752
Alignment:
Q  68 ccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacc-gcatccaaagaccctcaacttttagtatctaa-aaccctaaaagtt 165  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||  |||||| ||||||||  ||  ||||||| ||||    
T  25723604 ccaagagctccctcttttggttctccaagattcacattttgaagctttgaacctccctccaaaga--ctcaacatttagtattgaagtaccctaagagtt 25723701  T
Q  166 tcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtca 216  Q
      ||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||  ||||||| |||||    
T  25723702 cactcatttggtttccatgaaattcaccaagcttacttaacaaataggtca 25723752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 64 - 190
Target Start/End: Original strand, 47514885 - 47515012
Alignment:
Q  64 tttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaa-aaccctaaaa 162  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  || || |||||| ||||| |||||| | |||  |||||||||    
T  47514885 tttcccaagagtccactcttttggttcaccaagattcatatcttgaagctttgaacttcacccgaagaccttcaacctttagtgtttaagtaccctaaaa 47514984  T
Q  163 gtttcctcctttggtttcaatgagattc 190  Q
    |||  ||| ||||||||| |||||||||    
T  47514985 gttcactcatttggtttccatgagattc 47515012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 93 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 32091326 - 32091222
Alignment:
Q  93 caagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa--accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattc 190  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||| |||  ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||| ||||    
T  32091326 caagattcacatcttgaagttttgaacctcactcaaagaccctcaacatttagtatccaaaataccttaaaaattccctcttttagtttccatgaaattc 32091227  T
Q  191 accaa 195  Q
    |||||    
T  32091226 accaa 32091222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 190
Target Start/End: Original strand, 22629290 - 22629399
Alignment:
Q  82 ttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttc 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||| || | || ||| |||| || ||| |||||| ||||||   ||||||||||  ||| |||||||||    
T  22629290 ttttggttctccaagattcacatcttgaacttttaaatctcacccagagacactgaacctttagtttctaaatttcctaaaagttcactcatttggtttc 22629389  T
Q  181 aatgagattc 190  Q
     |||||||||    
T  22629390 tatgagattc 22629399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 9 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 34112451 - 34112357
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcaca 103  Q
    ||||||||||||||||||||| ||   ||||  | ||||||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||| |||| |||||||||||||    
T  34112451 tctccactcatgtgttttccaaccccgtgaacctctccccaaaaggcaccaaccctttt-ctaagagcctcgtctttaggttatccaagattcaca 34112357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 6719370 - 6719316
Alignment:
Q  64 tttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaa 118  Q
    ||||||||||  || ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  6719370 tttcccaagaatccactcttttagttttccaagattcacatcttgaacctttgaa 6719316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 198 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 41639215 - 41639182
Alignment:
Q  198 ttacccaacaaatgggtcatggagtgcttacata 231  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41639215 ttacccaacaaatgggtcatgaagtgcttacata 41639182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 1632053 - 1632279
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1632053 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaagacaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttccccaagattc 1632152  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  1632153 acatcttgaagctttgaacctcactcaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 1632252  T
Q  201 cccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||    
T  1632253 cacaacaaataggtcatggagtgctta 1632279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 45726768 - 45726547
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| | | ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45726768 tctccactcatgtgtttccaaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttt-cccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttg 45726670  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    |||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  45726669 aagctttgaacctcacccaaagactctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcatttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaa 45726570  T
Q  209 atgggtcatggagtgcttacata 231  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  45726569 atgggtcatggagtgcttacata 45726547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 35447205 - 35447435
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctc-caagatt 99  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  35447205 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctttcccaaaaggcaccaacccttttcacaagagcccc-tcttttggttctctcaagact 35447303  T
Q  100 cacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttt 199  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  35447304 cacatcttgaagctttgaacctcacacaaatactctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagctt 35447403  T
Q  200 acccaacaaatgggtcatggagtgcttacata 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35447404 acccaacaaatgggtcatggagtgcttacata 35447435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 17450423 - 17450212
Alignment:
Q  15 ctcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctt 114  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||| || | ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17450423 ctcatgtgtttcccatccccatgaatctttcacaaagggcaccaacccttt-cccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctt 17450325  T
Q  115 tgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggt 214  Q
    |||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  17450324 tgaacctcactcaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattctctaagtttgcccaacaaatgggt 17450225  T
Q  215 catggagtgctta 227  Q
    |||| ||||||||    
T  17450224 catgaagtgctta 17450212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 7451139 - 7450921
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  || ||| ||| ||||||  || ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7451139 tctccactcatgtgttttccaaccccataaatcttctccaaaagtcatcaaccctttaccaaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcctg 7451040  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaac-a 207  Q
    |||||||||||| || |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |    
T  7451039 aagctttgaacctcacccaaagacgc-caacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctccttttgtttccatgagattcaccaagcttacccaacaa 7450941  T
Q  208 aatgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  7450940 aatgggtcatggagtgctta 7450921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 42288431 - 42288655
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42288431 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccc-aaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttcttcaagattc 42288529  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||| || ||     
T  42288530 acatcttgaagttttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctcatttggtttccatgagattcacctagctt- 42288628  T
Q  201 cccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
       |||||||||||||| |||||||||    
T  42288629 tttaacaaatgggtcatagagtgctta 42288655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 33648009 - 33647820
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    |||| |||||| ||||||||| |||  ||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33648009 tctctactcatatgttttccaacctcgtgaatctctcctcaaaaggcaccaacccttttcccaagagcctcctcttttgattctccaagattcacatctt 33647910  T
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaag 196  Q
    ||| ||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  33647909 gaaactttgaacctcacccaaagaccttcaacctttagtatctaaatactctaaaagttctctcctttggtttccatgaaattcaccaag 33647820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 53 - 216
Target Start/End: Original strand, 42261983 - 42262146
Alignment:
Q  53 gcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta- 151  Q
    ||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||     
T  42261983 gcaccaaccctct-ccaaagagcccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctac 42262081  T
Q  152 aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtca 216  Q
    | |||||||||| | ||||||||||||   ||||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  42262082 ataccctaaaagctccctcctttggttctcatgagattcaccaagcttgctcaacaaatgggtca 42262146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 9 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 24397897 - 24397738
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||| | | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24397897 tctccactcatgtgtttaccagcccgatgagtctctccctaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatttt 24397798  T
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagttt 166  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  24397797 gaagctttgaacctcacacaaagaccgtcaacctttagtatctaaataccctaaaagttt 24397738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 82 - 216
Target Start/End: Original strand, 30218435 - 30218570
Alignment:
Q  82 ttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttc 180  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| | |||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||  |||    
T  30218435 ttttggttgtccaagattcacattttgatgttttgaacctcacccaaagaccctcaacatatagtatctaaataccctaaaagttccctcctttgagttc 30218534  T
Q  181 aatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtca 216  Q
     || | |||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  30218535 cataatattcaccaagattacccaacgaataggtca 30218570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 190
Target Start/End: Original strand, 40935541 - 40935690
Alignment:
Q  41 tttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaact 140  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| | ||  ||||||| | |  |||||| ||||||||     
T  40935541 tttccccaataggcaccaacccttt-cccaagagcctcatcttttggttctcctagattcacatttggacactttgaatctctcccaaaggccctcaacc 40935639  T
Q  141 tttagtatctaa-aaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattc 190  Q
    |||||| |||||   ||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||    
T  40935640 tttagtttctaagttccctaaacggtctctcctttggtttccatgagattc 40935690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 24197703 - 24197643
Alignment:
Q  43 tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacat 104  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24197703 tccccaaaaggcaccaaccctct-cccaagagtcccctcttttggttccccaagattcacat 24197643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Original strand, 42435312 - 42435527
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||| ||| ||  |||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42435312 caaaagactctccattcatatgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaagtcaccaacctttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 42435411  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  42435412 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 42435511  T
Q  201 cccaacaaatgggtca 216  Q
    || |||||||||||||    
T  42435512 ccgaacaaatgggtca 42435527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 11383833 - 11383603
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| | |||||| |||| ||| ||| ||  |||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11383833 caaaagactttccacttatgtatttcccaaccccatgaatcttcctcaaaaggcaccaacccttttcacaatagccccctcttttggttctccaagattc 11383734  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||     
T  11383733 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttg 11383634  T
Q  201 cccaacaaatgggtcatggagtgcttacata 231  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  11383633 cctaacaaatgggacatggagtgcttacata 11383603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 22976368 - 22976151
Alignment:
Q  13 cactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagc 112  Q
    ||||||||||||||| | ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22976368 cactcatgtgttttcaacccc-atgaatcttccccaaaaggcaccaaccctttttccaagagcctcctcttttggttctccaagattcacatcttgaagc 22976270  T
Q  113 tttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgg 212  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  22976269 tttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttcactcctttggtttcgaagagattcactaagcttacccaacaaatgg 22976170  T
Q  213 gtcatggagtgcttacata 231  Q
    || ||||||||||||||||    
T  22976169 gttatggagtgcttacata 22976151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 44353631 - 44353416
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||||| ||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||    
T  44353631 tctccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctcttcacaagagccccctcttttagttctccaagattc---tcttg 44353535  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    ||| ||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  44353534 aagttttaaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaa 44353435  T
Q  209 atgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||| |||||||| ||||||    
T  44353434 atgagtcatggattgctta 44353416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 64 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 4283330 - 4283178
Alignment:
Q  64 tttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaag 163  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4283330 tttcccaaaagccccctcttttggttctccaagatccacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaag 4283231  T
Q  164 tttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtca 216  Q
    ||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  4283230 ttctctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacacaacaaatgggtca 4283178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 40221592 - 40221376
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  40221592 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcactaacccctttcccaagagccccctattttggttctcgaagattc 40221493  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtt-tcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttt 199  Q
    ||||||||||| | | |||| |||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||||| ||    
T  40221492 acatcttgaagttctaaacctcatccaaagaccttccacctttagtatcaaaaaccctaaaagttcccctcctatggtttccatgagattcaccaagctt 40221393  T
Q  200 acccaacaaatgggtca 216  Q
    || ||||||||||||||    
T  40221392 actcaacaaatgggtca 40221376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 196
Target Start/End: Original strand, 2999849 - 3000037
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaat-tttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    |||| ||||||||||||  |||||  |||||| |||||||||||  |||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2999849 tctctactcatgtgtttctcatccccatgaatctttccccaaaagacaccaaccatat-cccaagaaccccctcttttggttctccaagattcacatctt 2999947  T
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaag 196  Q
    ||||||||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2999948 gaagctttgaacatcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaattccctaaaagttctctcctttggtttctatgagattcaccaag 3000037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 40328626 - 40328476
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||  |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40328626 caaaagactctacactcatgtgtttcccatccccatgaatcttccctaaaaggcaccaacccttttcccaagaaccccctcttttggttctccaagattc 40328527  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta 151  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||||    
T  40328526 acatcatgaagctttgaacctcacccaaagaccctaaatctttagtatcta 40328476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 79 - 209
Target Start/End: Original strand, 20686456 - 20686586
Alignment:
Q  79 ctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggt 177  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||    
T  20686456 ctcttttggttatccaagattcacatcttgaagctttgaacttca-ccaaagatcctcaacatttagtatctaagtaccctgaaagttccctcctttggt 20686554  T
Q  178 ttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaa 209  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  20686555 ttcaatgagattcaccgagcttacccaacaaa 20686586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 70 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 40585503 - 40585345
Alignment:
Q  70 aagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcc 168  Q
    |||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||| ||||||||||||| || |||||||||       
T  40585503 aagagcccactcttttgattctcaaatattcacatcttgaagctttgaacctcaaccaaagactcttaacctttagtatctaaatactctaaaagttatt 40585404  T
Q  169 tcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||||||||||  |||||||| | |||| | || ||||||||||||||  |||||||||    
T  40585403 tcctttggttttcatgagattaatcaagctcacgcaacaaatgggtcaatgagtgctta 40585345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 109
Target Start/End: Original strand, 10101525 - 10101588
Alignment:
Q  45 cccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttga 109  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  10101525 cccaaaatgcagcaacccttt-cccaagagcctcctcttttggttctccaaggttcacattttga 10101588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 64 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 10020224 - 10020150
Alignment:
Q  64 tttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaa 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||   |||||| | || | ||||||||||||    
T  10020224 tttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatattgatcatttgaatctcacctaaagaccctcaa 10020150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 40535652 - 40535538
Alignment:
Q  46 ccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttag 145  Q
    |||||| ||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||  ||||| |||| |||||| ||||||||  || ||||||||| ||||  |||||    
T  40535652 ccaaaaggcatcaacccttt-ctcaagaaccccctcttttggttctaaaagatccacaacttgaaactttgaac--cacccaaagaccatcaatctttag 40535556  T
Q  146 tatctaaa-accctaaaa 162  Q
    |||||||| |||||||||    
T  40535555 tatctaaataccctaaaa 40535538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 180
Target Start/End: Original strand, 3846141 - 3846318
Alignment:
Q  3 aaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattca 101  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||| ||  |||||| | |||||||||  ||||||| ||||||| |||||| |  |||||||||||| |||||||||    
T  3846141 aaagaatcttctctcatgtgtttcccaaccccatgaatctctccccaaaagacaccaactcttttcc-aagagctct-tcttttggttcttcaagattca 3846238  T
Q  102 catcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaa-aaccctaaaagtttcctcctttggtttc 180  Q
    |||  |||| ||||||| | ||  |||  ||||||||| |||||| || ||  ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  3846239 cattatgaacctttgaatctcactcaagaaccctcaacctttagtttcaaagtaccctgaaagttttctcctttggtttc 3846318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 186
Target Start/End: Original strand, 3817655 - 3817840
Alignment:
Q  3 aaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaat-tttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccc--tcttttggttctccaagatt 99  Q
    ||||||||| | || |||| ||||||| ||  |||||| |||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    |||||||||||| ||||| |    
T  3817655 aaagaatcttctcttatgtattttccaaccccatgaatctttctccaaaaggcaccaacccttttcc-aagagccctaattcttttggttcttcaagaat 3817753  T
Q  100 cacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttggtttcaatgag 186  Q
    | |||||| || |||||||     ||  || ||||||||| |||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  3817754 cccatcttcaacctttgaatttactcagaa-accctcaacctttagtttctaagtaccctaaaagttttctcctttggtttccatgag 3817840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 43 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 28461365 - 28461305
Alignment:
Q  43 tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacat 104  Q
    ||||||||| | ||||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  28461365 tccccaaaaggaaccaaccattt-cctaagagcttcctcttttggttctccaagattcacat 28461305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 21593505 - 21593283
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21593505 tctccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctta 21593406  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    || ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  21593405 aatctttgaacctcacccaaagaccctcaacatttagtatctaaaaccctaaaagttctaacctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaa 21593306  T
Q  209 atgggtcatggagtgcttacata 231  Q
    |||||| ||||||||||||||||    
T  21593305 atgggttatggagtgcttacata 21593283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 17762836 - 17762604
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaatttt--ccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagat 98  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17762836 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctaacccccaaaaggcaccaaaccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagat 17762737  T
Q  99 tcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtt 198  Q
    |||||||||||||| ||||||  || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||| |    
T  17762736 tcacatcttgaagccttgaacttcacccaaagatcctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttctctccttttgtttccatgagattcaccaagct 17762637  T
Q  199 tacccaacaaatgggtcatggagtgcttacata 231  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17762636 tacccaacaaatgggccatggagtgcttacata 17762604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Original strand, 3809037 - 3809245
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagcccc-ctcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809037 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggaaccaacccttttcacaagagcccccctcttttggttctccaagattcacatctt 3809136  T
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaaca 207  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || | |||||    
T  3809137 gaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttgctcaaca 3809236  T
Q  208 aatgggtca 216  Q
    |||||||||    
T  3809237 aatgggtca 3809245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 5043474 - 5043280
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5043474 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccc-aaaaggcaccaacccttttcccaagagccctctcttttggttctccaagattc 5043376  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaag 196  Q
     ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  5043375 tcatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaatctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttgatttccatgagattcaccaag 5043280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 227
Target Start/End: Original strand, 2973275 - 2973487
Alignment:
Q  16 tcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagcttt 115  Q
    |||||||||| ||| ||  |||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2973275 tcatgtgtttcccaaccccatgaatcttcccaaaaaagcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagcttt 2973374  T
Q  116 gaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta-aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggt 214  Q
    ||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |  |  |||||||||||    
T  2973375 gaacctcacccaaagaccttcaacctttagtatctacaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaaggtctcttaacaaatgggt 2973474  T
Q  215 catggagtgctta 227  Q
    |||  ||||||||    
T  2973475 cataaagtgctta 2973487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 35 - 212
Target Start/End: Original strand, 22425180 - 22425358
Alignment:
Q  35 atgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagag--ccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagac 132  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||    
T  22425180 atgaatcttccccaaaatgcaccaacccttatcccaagaggcccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctctgaaccacacccaaagac 22425279  T
Q  133 cctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgg 212  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  22425280 cctcaacctttagtatctaaaaccct-aaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttatccaacaaatgg 22425358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 35 - 233
Target Start/End: Original strand, 26830479 - 26830677
Alignment:
Q  35 atgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccc 134  Q
    |||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |  |||||||||    
T  26830479 atgaatcttctccaaaaggcaccaacctttttcccaagagactcctcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttaaaccttactcaaagaccc 26830578  T
Q  135 tcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcatggagtgcttacatatt 233  Q
    ||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  26830579 tcagcctttattatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaatggatcatggagtgcttatatatt 26830677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 9 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 26800609 - 26800438
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  26800609 tctccactcatgtgtttcccatccc-atgaatcttccccaaaaggcaccaacctttttcccaagagccccctcttttggttatccatgatccacatcttg 26800511  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta-aaaccctaaaagtttcctcctttggtttc 180  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  26800510 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttttctcctttggtttc 26800438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 10 - 150
Target Start/End: Original strand, 603410 - 603550
Alignment:
Q  10 ctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttga 109  Q
    |||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  603410 ctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctttcctcaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttga 603509  T
Q  110 agctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatct 150  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||    
T  603510 agctttgaacctcatccaaagaccctcaacctttactatct 603550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 68 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 25072965 - 25072817
Alignment:
Q  68 ccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagttt 166  Q
    |||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||     
T  25072965 ccaagagccccc-ctttgggttctcaaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaataccctaaaagttc 25072867  T
Q  167 cctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtca 216  Q
     || ||||| |||| |||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||    
T  25072866 acttctttgatttccatgagattcatcaagcttactcaacaaatgagtca 25072817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 17757931 - 17757791
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaatttt--ccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagat 98  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  17757931 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatctaacccccaaaatgcaccaacccttttcacaagagccccctattttggttctccaacat 17757832  T
Q  99 tcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaac 139  Q
    ||||||||| |||||||||| | || ||||||||| |||||    
T  17757831 tcacatcttcaagctttgaatctcacccaaagaccatcaac 17757791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 176 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 26661621 - 26661580
Alignment:
Q  176 gtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcat 217  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  26661621 gtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaattggtcat 26661580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 176 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 26767592 - 26767551
Alignment:
Q  176 gtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcat 217  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  26767592 gtttccatgagattcaccaagcttacccaacaaattggtcat 26767551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 11397 - 11190
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11397 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaaccctttccccaagagccccatcttttggttctccaagattcacatcttg 11298  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  11297 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagatttaccaagcttacccaacaa 11198  T
Q  209 atgggtca 216  Q
    ||||||||    
T  11197 atgggtca 11190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 27)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 29136086 - 29135880
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29136086 tctccactcatgt-ttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagtcccctcttttggttctccaagattcacatcttg 29135988  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  29135987 aagctttgaacctcactcaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttactcaacaa 29135888  T
Q  209 atgggtca 216  Q
    ||||||||    
T  29135887 atgggtca 29135880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 11348537 - 11348319
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||||| ||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11348537 tctccactcatgtgttttccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccagaccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 11348438  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    || ||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  11348437 aaactttgaacctcacccaaagaccctcaacccttagtatctaaaaccctaaaagttccatcctttggtttccatgagattcactaagcttacccaacaa 11348338  T
Q  209 atgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||||||||||||| ||||    
T  11348337 atgggtcatggagtactta 11348319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 34603411 - 34603197
Alignment:
Q  13 cactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagc 112  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34603411 cactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagc 34603312  T
Q  113 tttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgg 212  Q
    |||||||  || ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  34603311 tttgaacatcacccaaagaccttcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttttccaacaaatgg 34603212  T
Q  213 gtcatggagtgctta 227  Q
    ||||| |||||||||    
T  34603211 gtcatagagtgctta 34603197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 47255660 - 47255881
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47255660 caaaagactctccaatcatgtgtttcccaaccc-atgaatcttccccaaaaggcacca----ttttcccaagagccccatcttttggttctccaagattc 47255754  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  47255755 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 47255854  T
Q  201 cccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  47255855 cccaacaaatgggtcatgaagtgctta 47255881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Original strand, 7482551 - 7482746
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagcccc-ctcttttggttctccaagatt 99  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7482551 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagcccccctcttttggttctccaagatt 7482650  T
Q  100 cacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaa 195  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7482651 cacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaaccgttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttccatgagattcaccaa 7482746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Original strand, 13547410 - 13547625
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  13547410 caaaagactctccactcatgtgttttccaaccccatgaattttcctcaaaaggcaccgacccttttcacaagagctccctcttttggttatccaagattc 13547509  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  13547510 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 13547609  T
Q  201 cccaacaaatgggtca 216  Q
    || |||||||||||||    
T  13547610 ccaaacaaatgggtca 13547625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Original strand, 13549321 - 13549536
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  13549321 caaaagactctccactcatgtgttttccaaccccatgaattttcctcaaaaggcaccgacccttttcacaagagctccctcttttggttatccaagattc 13549420  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  13549421 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaactctaaaagttctctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 13549520  T
Q  201 cccaacaaatgggtca 216  Q
    || |||||||||||||    
T  13549521 ccaaacaaatgggtca 13549536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Original strand, 37879232 - 37879447
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37879232 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaattttccccaaaaggcaccaacctttttcacaagagccccctctttttgttctccaagattc 37879331  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  37879332 acatcttgaagctttgaacctcacccaaagatcctcaacatttagtatctaaaaccctaacagttccttcctttgatttccatgagattcaccaagctta 37879431  T
Q  201 cccaacaaatgggtca 216  Q
    ||||||||||||||||    
T  37879432 cccaacaaatgggtca 37879447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 19754338 - 19754112
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  19754338 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctctcttggttttccaagattc 19754239  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    | ||| ||  |||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  19754238 aaatcatggtgctttgaacctcacccaaagacccttaacctttagtatctagaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 19754139  T
Q  201 cccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  19754138 cccaacaaatgggtcatggagtgctta 19754112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 227
Target Start/End: Original strand, 34602672 - 34602886
Alignment:
Q  13 cactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagc 112  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34602672 cactcatgtgttttccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttaccaagagctccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagc 34602771  T
Q  113 tttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgg 212  Q
    |||||||  || ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  34602772 tttgaacatcacccaaagaccttcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagcttttccaacaaatgg 34602871  T
Q  213 gtcatggagtgctta 227  Q
    ||||| |||||||||    
T  34602872 gtcatagagtgctta 34602886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 9 - 223
Target Start/End: Original strand, 42298304 - 42298518
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42298304 tctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttctccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 42298403  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  42298404 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaaaccctaaaagtttcatcctttggttgttatgggattcaccaagcttacccaacaa 42298503  T
Q  209 atgggtcatggagtg 223  Q
    |||| ||| ||||||    
T  42298504 atggatcagggagtg 42298518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 9 - 216
Target Start/End: Original strand, 37033402 - 37033605
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37033402 tctccactcatgtgtttcccaacctcatgaatcttcctcaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 37033501  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| |||||    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||    
T  37033502 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttag----taaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcacccagcttactcaacaa 37033597  T
Q  209 atgggtca 216  Q
    | ||||||    
T  37033598 aagggtca 37033605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 37168144 - 37167949
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37168144 caaaagactctccactcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 37168045  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaag 196  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  37168044 acatcttgaagctttgaacctcacccaaaaaccctcaacctttagtatctaaaactgtaaaagttccctcctttgatttccatgagattccccaag 37167949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 193458 - 193244
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||| ||| ||||||||| ||| ||  |||||| ||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  193458 caaaagactcttcacacatgtgtttcccaaccccatgaatcttccc-aaaaggcaccaaccttttccccaagagccccctcttttggttctccaagattc 193360  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    ||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  193359 acatcatgaagctttgaacctcaccgaaagaccctcaacctttaatatctaaaaccctaaaagttatctcctttggtttccatgagattcaccaagctta 193260  T
Q  201 cccaacaaatgggtca 216  Q
    ||||||||||||||||    
T  193259 cccaacaaatgggtca 193244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 9 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 28242227 - 28242041
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28242227 tctccactcatgtgtttcccaaccttatgaatcttccc-aaaaggcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacattttg 28242129  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta-aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaa 195  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  28242128 aagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctacataccctaaaagttccctcctttggttttcatgagattcaccaa 28242041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 19752524 - 19752307
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttg 108  Q
    ||||||||||||||||| ||| |   |||||| |||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||    
T  19752524 tctccactcatgtgtttcccaactcaatgaatcttccccaaaaggcaccaacc-ttttcataagagccccatcttttggttctccaagattcacattatg 19752426  T
Q  109 aagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaa 208  Q
    | |||| ||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  19752425 acgcttagaacctcacccaaagaccttcaacctttagtatctaaaaccctaaaaattccctcatttggttttcatgagattcaccaagcttacccaacaa 19752326  T
Q  209 atgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||||||||||||||||||    
T  19752325 atgggtcatggagtgctta 19752307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 47115018 - 47114825
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| ||| ||  |||||| ||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47115018 caaaagactctccattcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccc-aaaaggtaccaaccctgttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 47114920  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaa 195  Q
    ||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47114919 acagcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaatctttaatatctaaagccttaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaa 47114825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 68 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 6808228 - 6808083
Alignment:
Q  68 ccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccc-tcaacttttagtatctaaaacc-ctaaaagtt 165  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||| ||||| ||||||||||||||   |||||||||    
T  6808228 ccaagagcccaatcttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacctaaagacccctcaacctttagtatctaaaaaatctaaaagtt 6808129  T
Q  166 tcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatg 211  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  6808128 tcctcctttggtttccatgagattcaccaagcttactcaacaaatg 6808083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 80 - 227
Target Start/End: Original strand, 31928208 - 31928348
Alignment:
Q  80 tcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggttt 179  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||        ||||||||| |||||||||||||    
T  31928208 tcttttggttttctaagattcacatcttgaagctttgaacctcatccaaagactctcaacctttagtat--------ctaaaagttccctcctttggttt 31928299  T
Q  180 caatgagattcaccaagtttacccaa-caaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    | |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31928300 ccatgaaattcaccaagcttacccaatcaaatgggtcatggagtgctta 31928348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 78 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 41135591 - 41135452
Alignment:
Q  78 cctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtttcctcctttgg 176  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||| || ||||||||||    
T  41135591 cctcttttggttctccaagatccacatcttgaaggtttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctaaatacattaaaatttccctcctttgg 41135492  T
Q  177 tttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtca 216  Q
    |||| |||||||| |||||| |||  ||||||||||||||    
T  41135491 tttccatgagattaaccaagcttattcaacaaatgggtca 41135452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 66 - 227
Target Start/End: Original strand, 9109787 - 9109949
Alignment:
Q  66 tcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta-aaaccctaaaagt 164  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||| |||||||| || | |||| ||||||    
T  9109787 tcccatgagtccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagttttgaacctcacccaaataccctcaacctttagtatttatataccccaaaagt 9109886  T
Q  165 ttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
    ||| || |||| |||| |||| ||||||||||||  | ||| |||||||||| ||| ||||||    
T  9109887 ttcatcatttgatttccatgacattcaccaagttgtctcaataaatgggtcaaggattgctta 9109949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 46 - 153
Target Start/End: Original strand, 16216860 - 16216966
Alignment:
Q  46 ccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttag 145  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||   || ||||||||||| ||| |||||    
T  16216860 ccaaaatgcaccaacccttttcg-aagagccccctcttttggttcttcaagatatacatcttgaacctttgaatatcacccaaagacccttaacctttag 16216958  T
Q  146 tatctaaa 153  Q
    | ||||||    
T  16216959 tttctaaa 16216966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 22079109 - 22079045
Alignment:
Q  74 gccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaa 138  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  22079109 gccccctcttttggttctttaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaa 22079045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 43 - 145
Target Start/End: Original strand, 28318122 - 28318225
Alignment:
Q  43 tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagcccc-ctcttttggttctccaagattcacatcttga-agctttgaaccgcatccaaagaccctcaact 140  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||   ||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  28318122 tccccaaaatgcactaaccc-tttcccaagaacccctctcttttggttatccaaaattcacatcttgacccctttgaaactcatccaaagatcctcaact 28318220  T
Q  141 tttag 145  Q
    |||||    
T  28318221 tttag 28318225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 6068447 - 6068321
Alignment:
Q  19 tgtgttttccatccttatgaattt-tccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttga 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||| | | |||||||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||| |   |||||    
T  6068447 tgtgtttcccaaccttatgaatctcttcccaaaagacaccaacc-ttttcctaagagccccctcttttggttcccttagattcacgtcttcatcatttga 6068349  T
Q  118 accgcatccaaagaccctcaacttttag 145  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  6068348 atctcatccaaagaccctcaacttttag 6068321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 64 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 3331328 - 3331283
Alignment:
Q  64 tttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttga 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3331328 tttcccaagagccccctcttttggttctctaagattcacatcttga 3331283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 73
Target Start/End: Original strand, 31926027 - 31926099
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaaga 73  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| |||  |  |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  31926027 caaaagattctccactcacgtgtttcccaaacccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcacaaga 31926099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 80604 - 80817
Alignment:
Q  1 caaaagaatctccactcatgtgttttccatccttatgaattttccccaaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattc 100  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  80604 caaaagactctccgctcatgtgtttcccaaccccatgaatcttccccaaaaggcaccaacccttttcataagagccccctcttttggttctccaagattc 80703  T
Q  101 acatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagttta 200  Q
    | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||     
T  80704 aaatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctctagtatctaaaaccctaaaagttccctcctttggtttccatgagattcaccaagattt 80803  T
Q  201 cccaacaaatgggt 214  Q
     |||||||||||||    
T  80804 tccaacaaatgggt 80817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:

Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 18330 - 18547
Alignment:
Q  9 tctccactcatgtgttttccatccttatgaattttcccc-aaaatgcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatctt 107  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18330 tctccactcatgtgttttcaa-cctcatgaatcttcccccaaaaggcaccaacccttttcacaagagccccctctttttgttctccaagattcacatctt 18428  T
Q  108 gaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaaca 207  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  18429 gaagctttgaacctcacccaaagacccgcaacctttagtatctaaaa-cctataagttttctcctttggtttccatgagattcacccagcttacccaaca 18527  T
Q  208 aatgggtcatggagtgctta 227  Q
    |||| |||||||| ||||||    
T  18528 aatgtgtcatggactgctta 18547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 53 - 216
Target Start/End: Original strand, 490818 - 490981
Alignment:
Q  53 gcaccaacccttttcccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatcta- 151  Q
    ||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||     
T  490818 gcaccaaccctct-ccaaagagcccccttttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaacctcacccaaagaccctcaacctttagtatctac 490916  T
Q  152 aaaccctaaaagtttcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtca 216  Q
    | |||||||||| | ||||||||||||   ||||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  490917 ataccctaaaagctccctcctttggttctcatgagattcaccaagcttgctcaacaaatgggtca 490981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 82; Significance: 8e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 67 - 227
Target Start/End: Original strand, 1792 - 1953
Alignment:
Q  67 cccaagagccccctcttttggttctccaagattcacatcttgaagctttgaaccgcatccaaagaccctcaacttttagtatctaaa-accctaaaagtt 165  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  1792 cccaagagtcccctcttttggttcttcaagattcacatcttgaagctttggagctcacccaaagaccttcaacctttagtatctaaataccctaaaagtt 1891  T
Q  166 tcctcctttggtttcaatgagattcaccaagtttacccaacaaatgggtcatggagtgctta 227  Q
      ||| ||||||||| || | |||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||    
T  1892 ctctcatttggtttccataaaattcaccaagtttacttaacaaataggtcaaggagtgctta 1953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University