View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1516_low_5 (Length: 568)

Name: NF1516_low_5
Description: NF1516
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1516_low_5
NF1516_low_5
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (19-557)||(23251635-23252173)
chr6 (19-557)||(23247223-23247761)
chr6 (34-557)||(23266169-23266689)
chr6 (34-557)||(23257608-23258134)
chr6 (52-397)||(23283444-23283789)
chr6 (48-505)||(23289631-23290106)
chr6 (36-365)||(23586945-23587274)
chr6 (40-263)||(23583164-23583386)
chr6 (40-380)||(23391243-23391583)
chr6 (19-503)||(23633835-23634325)
chr6 (36-265)||(23506899-23507128)
chr6 (449-552)||(23391074-23391174)
chr6 (410-500)||(23283296-23283389)
chr6 (77-212)||(23594164-23594299)
chr6 (434-501)||(23593015-23593082)
chr6 (449-515)||(23582882-23582948)
chr6 (449-515)||(23586765-23586831)
chr6 (433-503)||(23506493-23506563)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (160-215)||(3996385-3996440)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 23252173 - 23251635
Alignment:
Q  19 cggttagcatcaagcaacccgaagaagcgagcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaata 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23252173 cggttagcatcaagcaacccgaagaagagagcggggaggaagatatttaaggaaactcgtcaccctgtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaata 23252074  T
Q  119 aatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23252073 aatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgc 23251974  T
Q  219 gatagcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23251973 gatagcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggca 23251874  T
Q  319 gctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactttaatgaccggtgacattgacaccgttgtagctgttgtcgcaacacaggagctgaatatgt 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23251873 gctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactttaatgaccagtgacattgacaccgttgtagctgttgtcgcaacacaggagctgaatatgt 23251774  T
Q  419 ttcgtgttgaagtcgaagaagaggaaatgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctttgggtatcatgatca 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23251773 ttcgtgttgaagtcgaagaagaggaagtgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctttgggtatcatgatca 23251674  T
Q  519 gtatgaagatattcatatacaagactttcaagatgatga 557  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23251673 gtatgaagatattcatatacaagactttcaagatgatga 23251635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 23247761 - 23247223
Alignment:
Q  19 cggttagcatcaagcaacccgaagaagcgagcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaata 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23247761 cggttagcatcaagtaacccgaagaagcgagcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaata 23247662  T
Q  119 aatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  23247661 aatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaaagaataggatttggctgggaacttttccaacaccggagatggctgcccgagcccacgatgttgctgc 23247562  T
Q  219 gatagcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggca 318  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23247561 aatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaatttctcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcaataaaagatattcaaaaggca 23247462  T
Q  319 gctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactttaatgaccggtgacattgacaccgttgtagctgttgtcgcaacacaggagctgaatatgt 418  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     | ||||||||  | |||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  23247461 gctacaaaagcggccgaagcttttagaccagacaatactttaatgactaacaatattgacactatcgtagatgtcgtcgccacaaaggagctgaatatgt 23247362  T
Q  419 ttcgtgttgaagtcgaagaa---gaggaaatgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctttgggtatcatga 515  Q
    || |||| ||||| || |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||| ||||||||     
T  23247361 tttgtgtggaagttgatgaacaggaggaaatgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcgttgatgtcacctacacatagctttgagtatcatg- 23247263  T
Q  516 tcagtatgaagatattcatatacaagactttcaagatgatga 557  Q
      ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  23247262 --agtatgacgatattcatgtacaagattttcaagatgatga 23247223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 23266689 - 23266169
Alignment:
Q  34 aacccgaagaagcgagcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaa 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23266689 aacccgaagaagagagcagggaggaagatattcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaa 23266590  T
Q  134 tgagggagccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgcgatagcattgagggg 233  Q
    ||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  23266589 tgagggaacccaacacgaagactagaatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgctgcgatggcattgagggg 23266490  T
Q  234 ccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgcc 333  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23266489 tcgctacgcctgtctcaattttgcagattcggtgtggcggcttcctattccagcaacttcctcaataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgcc 23266390  T
Q  334 gaagcttttagaccagacaatactttaatgaccggtgacattgacaccgttgtagctgttgtcgcaacacaggagctgaatatgtttcgtgttgaagtcg 433  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||| |||   |    
T  23266389 gaagcttttagaccagacaatactataatgattaccaacattgagactgttgtagctgttgtcgccacaaaggagttgaatatgttttgtgtggaa---g 23266293  T
Q  434 aagaagaggaaatgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctttgggtatcatgatcagtatgaagatattca 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  23266292 aagaagaggaaatgttgaatatgccggagttttggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctttgagtatcatgatcaatatgaagattttca 23266193  T
Q  534 tatacaagactttcaagatgatga 557  Q
    | | ||||||||||||||||||||    
T  23266192 ttttcaagactttcaagatgatga 23266169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 23258134 - 23257608
Alignment:
Q  34 aacccgaagaagcgagcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaa 133  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  23258134 aacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaa 23258035  T
Q  134 tgagggagccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgcgatagcattgagggg 233  Q
    ||||||| || ||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  23258034 tgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctggggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgcaatggcattgagggg 23257935  T
Q  234 ccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgcc 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||| |||    
T  23257934 ccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcggctgctgaagctgcc 23257835  T
Q  334 gaagcttttagaccagacaatactttaatgaccggtgacattgacaccgttgtagctgttgtcgcaacacaggagctgaatatgtttcgtgttgaagtcg 433  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||    ||| ||||||||||| ||| |||| || || ||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||    
T  23257834 gaagcttttagaccagacaagactttaatgattaatgatattgacaccgtagtacctgtcgtggccacaaaggagttgaatatgttttgtgtggaagtcg 23257735  T
Q  434 aagaag---aggaaatgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctttgggtatcatgatcagtatgaagatat 530  Q
    ||||||   |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23257734 aagaagagcaggaaatgttgaatatgccagaattgttgaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctttgagtatcatgatcagtatgaagatat 23257635  T
Q  531 tcatatacaagactttcaagatgatga 557  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||    
T  23257634 tcatgtacaagactttcaagatgatga 23257608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 52 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 23283789 - 23283444
Alignment:
Q  52 gggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaa 151  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||    
T  23283789 gggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaa 23283690  T
Q  152 agaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgcgatagcattgaggggccgctatgcctgtctcaa 251  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23283689 agactaggatttggctagggacttttccaacggctgagatggctgcacgagcacacgacgttgcagccatggcattaaggggccgctatgcctgtctcaa 23283590  T
Q  252 ttttgcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagaccagac 351  Q
     |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||  |  | |    |||||| ||||||| ||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||    
T  23283589 ctttgcagactcggtgtggaggcttcctattcctgcctccgctgaagcaaaagacattcaaagggcagctgcagaagccgccgaggctttcagaccagac 23283490  T
Q  352 aatactttaatgaccggtgacattgacaccgttgtagctgttgtcg 397  Q
    || |||||||||||    ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  23283489 aagactttaatgactaacgacattgacaccgttgtggctgtcgtcg 23283444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 48 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 23290106 - 23289631
Alignment:
Q  48 agcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgagggagccgaac 147  Q
    ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||     
T  23290106 agcagggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaaccaaat 23290007  T
Q  148 acaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgcgatagcattgaggggccgctatgcctgtc 247  Q
    |  |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||    
T  23290006 aagaagactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtc 23289907  T
Q  248 tcaattttgcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagcttttagacc 347  Q
    |||| ||||||||||||| ||||   ||||||||||| ||  |  | |    |||||| ||||||| |||||||  | ||||||| || ||||| |||||    
T  23289906 tcaactttgcagactcggcgtggaagcttcctattcctgcctccgctgaagcaaaagacattcaaagggcagctggagaagccgctgaggctttcagacc 23289807  T
Q  348 agacaatactttaatgaccggtgacattgacaccgttgtagctgttgtc---------gcaacacagga------gctgaatatgtttcgtgttgaagtc 432  Q
    |||||| |||||||||||   || ||||||||| ||||| |||||||||         | |  | ||||      | ||||||||||| |||| ||||||    
T  23289806 agacaagactttaatgactactggcattgacacggttgtggctgttgtcgttgcggtggaagaagaggaagaagtgttgaatatgttttgtgtggaagtc 23289707  T
Q  433 g---aagaagaggaaatgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctttg 505  Q
    |   ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23289706 gaaaaagaagaggaagtgttgaatatgcaagagttgtggaaaaatatggcactaatgtcccctacacatagttttg 23289631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 36 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 23587274 - 23586945
Alignment:
Q  36 cccgaagaagcgagcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatg 135  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23587274 cccgaagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggaaactcgccacccagtctatagaggagtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatg 23587175  T
Q  136 agggagccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgcgatagcattgaggggcc 235  Q
    |||||||| ||||  |||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  23587174 agggagcctaacaagaagactaagatttggctagggacttttccaactgccgagatggcagcccgtgcccacgatgttgctgcaatggcattgaggggcc 23587075  T
Q  236 gctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccga 335  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||| | |||||| || || |  || |||||| |      ||| ||||| |||||||| |||||| | ||||||||    
T  23587074 gctacgcttgtctcaactttgcagactcagcgtggcggctccccaaacctgcaactactcaagcaaaggatatacaaaaggctgctacagaggccgccga 23586975  T
Q  336 agcttttagaccagacaatactttaatgac 365  Q
     ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  23586974 ggctttcagaccagacaagactttattgac 23586945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 23583386 - 23583164
Alignment:
Q  40 aagaagcgagcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgaggg 139  Q
    |||||||| |||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  23583386 aagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggagactcgccacccggtctataggggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagga 23583287  T
Q  140 agccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgcgatagcattgaggggccgcta 239  Q
    |||| ||||  |||| || |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||| || || ||||||| |||||||||    
T  23583286 agcctaacaagaagactaagatttggctagggacttttccaactgcggagatggcaacccgtgcccacgatgttgctgcaatggcattga-gggccgcta 23583188  T
Q  240 tgcctgtctcaattttgcagactc 263  Q
     ||||||||||| |||||||||||    
T  23583187 cgcctgtctcaactttgcagactc 23583164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 23391583 - 23391243
Alignment:
Q  40 aagaagcgagcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgaggg 139  Q
    |||||||| |||||||||||||  || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  23391583 aagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggagactcgccacccggtatataggggtgtgaggaaaagaaacttagataaatgggtgtgtgaaatgaggg 23391484  T
Q  140 agccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgcgatagcattgaggggccgcta 239  Q
    | || || |  |||| ||  ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  23391483 aaccaaataagaagactaaaatttggctaggcacttttccaactgcggagatggcagcccgagcacatgatgttgccgcaatggcattgaggggccgcta 23391384  T
Q  240 tgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggcagctacaaaagccgccgaagct 339  Q
     ||||||||||| ||||||||||| | |||||| || ||||| || || ||  |   |  ||||||||| |||||||| ||| || | ||||| || |||    
T  23391383 cgcctgtctcaactttgcagactccgcgtggcggctccctatacctgccaccactcaggcaaaagatatacaaaaggcggctgcacaggccgctgaggct 23391284  T
Q  340 tttagaccagacaatactttaatgaccggtgacattgacac 380  Q
    || ||||||||||| |||| ||| ||   ||||||||||||    
T  23391283 ttcagaccagacaagacttcaattactaatgacattgacac 23391243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 23634325 - 23633835
Alignment:
Q  19 cggttagcatcaagcaacccgaagaagcgagcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaata 118  Q
    |||||||| ||||  | |||||||||||| |||||||||||||  || ||||| || ||||||||||| || || |||||||||| |||||||||| |||    
T  23634325 cggttagcttcaactaccccgaagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggagacacgccacccggtgtacaggggtgtgaggaggaggaacttagata 23634226  T
Q  119 aatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgc 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||| || |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| || ||    
T  23634225 aatgggtgtgtgaaatgagggagcctaacaagaagactaagatttggctagggacttttccaacggccgagatggcagcacgagcacatgatgtcgcggc 23634126  T
Q  219 gatagcattgaggggccgctatgcctgtctcaattttgcagactcggtgtggcgccttcctattccagcaacttccgcgataaaagatattcaaaaggca 318  Q
      | ||||| || || ||| | |||||||| |||||||| ||||| |  | ||| ||||||||||| || ||| | | || || |||||| |||||| |     
T  23634125 attggcattaagaggtcgcaacgcctgtcttaattttgctgactctgcctcgcggcttcctattcctgccactacagagacaagagatatacaaaagacg 23634026  T
Q  319 gctacaaaagccgccgaagcttttagaccagacaatactttaatgaccggtgacattgacaccgttgtagctgttgtcgcaacacaggagctgaatatgt 418  Q
    ||| || |||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||| | ||||| |||||  | ||||||||  | |||  || |||||| |  |||||    
T  23634025 gctgcagaagctgccgaggctttcagaccagacaagactttaacgactgatgacaatgacaatgctgtagctgcagccgccgcagaggagcagcttatgt 23633926  T
Q  419 ttcgt------gttgaagtcgaagaagaggaaatgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctt 503  Q
    || ||      |  ||||  ||||||||||||  |||||| || || ||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23633925 ttagtatggaagaggaagaagaagaagaggaagagttgaacattcctgagtcattgaggaatatggctctaatgtcccctacacatagctt 23633835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 36 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 23507128 - 23506899
Alignment:
Q  36 cccgaagaagcgagcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatg 135  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||| || |||||||||| ||||||||     
T  23507128 cccgaagaagcgtggagggaggaagaaattcaaggaaactcgccacccggtgtataggggtgtgaggagtaggaacctagataaatgggtgtgtgaaata 23507029  T
Q  136 agggagccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgcgatagcattgaggggcc 235  Q
    ||  |||| |||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||  | || ||||  ||      
T  23507028 agacagcctaacaaaaagaccaagatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagctcgggcccatgatgttgcggcactggcgttgaaaggtg 23506929  T
Q  236 gctatgcctgtctcaattttgcagactcgg 265  Q
    || | ||||||||||| |||||||||||||    
T  23506928 gcgacgcctgtctcaactttgcagactcgg 23506899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 449 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 23391174 - 23391074
Alignment:
Q  449 tgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctttgggtatcatgatcagtatgaagatattcatatacaagactttca 548  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||   | |||||| |||||||| | |||||||||||    
T  23391174 tgaacatgccagagttgttgaggaatatggcactaatgtctcctacacatagctctgggtataatg---aatatgaaaatattcatgttcaagactttca 23391078  T
Q  549 agat 552  Q
    ||||    
T  23391077 agat 23391074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 410 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 23283389 - 23283296
Alignment:
Q  410 tgaatatgtttcgtgttgaagtcgaa---gaagaggaaatgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatag 500  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23283389 tgaatatgttttgtgtggaagtcgaaaaagaagaggaagtgttgaatatgtcagagatgtggaggaatatggcgttaatgtcccctacacatag 23283296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 77 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 23594299 - 23594164
Alignment:
Q  77 gccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttt 176  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||  ||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | || || ||| ||||||||||||||    
T  23594299 gccacccgatctataggggtgtgaggagtaggaatttaggtaaatgggtgtgtgaaatgagggagcctaacaagatgactaagatatggctaggaacttt 23594200  T
Q  177 tccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgt 212  Q
    |||||  || ||||||| ||| |||||||| |||||    
T  23594199 tccaatggctgagatggaagcacgagcccatgatgt 23594164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 434 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 23593082 - 23593015
Alignment:
Q  434 aagaagaggaaatgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagc 501  Q
    |||| |||||| ||||||| || ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23593082 aagaggaggaagtgttgaacattccagagtcgttgaggaatatggctctaatgtcccctacacatagc 23593015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 449 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 23582948 - 23582882
Alignment:
Q  449 tgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctttgggtatcatga 515  Q
    |||| |||| |||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  23582948 tgaacatgcaagagatgtggagtaatatggcgctaatgtctcctacacatagcttggggtattatga 23582882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 449 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 23586831 - 23586765
Alignment:
Q  449 tgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctttgggtatcatga 515  Q
    |||| |||| |||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  23586831 tgaacatgcaagagatgtggagtaatatggcgctaatgtctcctacacatagcttggggtattatga 23586765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 433 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 23506563 - 23506493
Alignment:
Q  433 gaagaagaggaaatgttgaatatgccagagttgtggaggaatatggcactaatgtcccctacacatagctt 503  Q
    ||||||||||||  |||||| || || ||||  | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  23506563 gaagaagaggaagagttgaacattcctgagtcattgaggaatatggttctaatgtcccctacacatagctt 23506493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 3996440 - 3996385
Alignment:
Q  160 atttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgc 215  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  3996440 atttggctaggcacttatccaacacccgagatggcagctcgagcccatgacgttgc 3996385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University