View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15184_high_4 (Length: 328)

Name: NF15184_high_4
Description: NF15184
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15184_high_4
NF15184_high_4
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (17-328)||(90777-91088)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (54-328)||(105720-105994)
chr4 (18-327)||(166221-166530)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-328)||(13054161-13054471)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (59-328)||(12135900-12136169)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (61-324)||(5719564-5719827)
chr8 (61-324)||(5687448-5687711)
chr8 (61-324)||(5666378-5666641)
chr8 (54-245)||(5652910-5653101)


Alignment Details
Target: scaffold0013 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 17 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 91088 - 90777
Alignment:
Q  17 ctactaaatcccacagaacttttcgaggacacggtaattgaacatgaatatgttgagtgcactggaacaacgattgaagctttagttttgttcaagaagc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  91088 ctactaaatcccacagaacttttcgaggacatggtaattgaacatgaatatgttgagtgcactggaacaacgattgaagctttagttttgttcaagaagc 90989  T
Q  117 tatatccagggcataggaagaacgagatagataacttgattgccaatgcagttcgattccttgaagatacacaaaaaactgatggttcatggtatggaag 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  90988 tatatccagggcataggaagaacgagatagataacttgattgccaatgcagttcgattccttgaagatacacaaaaaactgatggttcatggtatggaag 90889  T
Q  217 ttggggaatttgtttcacttatggttcttggttagctcttggtggtttagcagctgctggcaagaattatactaattgcgatgctatttgtaaagctgtt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  90888 ttggggaatttgtttcacttatggttcttggttcgctcttggtggtttagcagctgctggcaagaattatactaattgtgatgctattcgtaaagctgtt 90789  T
Q  317 aaatttcttctc 328  Q
    ||||||||||||    
T  90788 aaatttcttctc 90777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 163; Significance: 5e-87; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 54 - 328
Target Start/End: Original strand, 105720 - 105994
Alignment:
Q  54 ttgaacatgaatatgttgagtgcactggaacaacgattgaagctttagttttgttcaagaagctatatccagggcataggaagaacgagatagataactt 153  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||    
T  105720 ttgagcatgaatatgttgagtgcactggatcagcaattcaagctttagttttgttcaagaagctatatccagggcataggaagaaagagatagagaattt 105819  T
Q  154 gattgccaatgcagttcgattccttgaagatacacaaaaaactgatggttcatggtatggaagttggggaatttgtttcacttatggttcttggttagct 253  Q
     ||  || | |||||||||||| ||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||    
T  105820 catctccgaggcagttcgattcattgaagatatacaaacagccgatggttcatggtatggaaactggggagtttgcttcacttatggttcttggtttgct 105919  T
Q  254 cttggtggtttagcagctgctggcaagaattatactaattgcgatgctatttgtaaagctgttaaatttcttctc 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  105920 cttggtggtttagcagctgctggcaagacttataccaattgcgctgctattcgcaaagctgttaaatttcttctc 105994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 327
Target Start/End: Original strand, 166221 - 166530
Alignment:
Q  18 tactaaatcccacagaacttttcgaggacacggtaattgaacatgaatatgttgagtgcactggaacaacgattgaagctttagttttgttcaagaagct 117  Q
    |||| |||||||||||| |||| | |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |  ||||| |||||||| ||||||| ||||| ||    
T  166221 tactcaatcccacagaattttttgtggacattgtagttgaacatgaatatgttgagtgcactgcatcggcgattcaagctttaattttgtttaagaaact 166320  T
Q  118 atatccagggcataggaagaacgagatagataacttgattgccaatgcagttcgattccttgaagatacacaaaaaactgatggttcatggtatggaagt 217  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||  || | |||||||||||| ||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||||      
T  166321 atatccagggcataggaagaaagagatagagaatttcatctccgaggcagttcgattcattgaagatatacaaacagccgatggttcatggtatggaaac 166420  T
Q  218 tggggaatttgtttcacttatggttcttggttagctcttggtggtttagcagctgctggcaagaattatactaattgcgatgctatttgtaaagctgtta 317  Q
    |||||| |||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| | | | ||| | || |||||||    
T  166421 tggggagtttgctttacttatggttgttggtttgctcttggtggtttagcagctgctggaaagacttataccaattgtgctacgattcgcaaggctgtta 166520  T
Q  318 aatttcttct 327  Q
    ||||||||||    
T  166521 aatttcttct 166530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 328
Target Start/End: Original strand, 13054161 - 13054471
Alignment:
Q  18 tactaaatcccacagaacttttcgaggacacggtaattgaacatgaatatgttgagtgcactggaacaacgattgaagctttagttttgttcaagaagct 117  Q
    |||| |||||||| ||| ||||||  ||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |  | ||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  13054161 tactgaatcccactgaatttttcgcagacattgtaattgaatatgagtatgttgagtgcactggaccggcaattcaagctttagttatgttcaataagct 13054260  T
Q  118 atatccagggcataggaagaacgagatagataacttgattgccaatgcagttcgattccttgaagatacacaaaaaactgatggttcatggtatggaagt 217  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| || || |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  13054261 atatccagagcataggaagaacgagatagagaatttcattgacaatgcagttagattcattgaagatacacaaaaagatgatggttcatggtatggaagt 13054360  T
Q  218 tggggaatttgtttcacttatggttcttggttagctcttggtggtttagcagctgctggcaagaattatactaattgcgatgctatttgtaaagctgtta 317  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| |||  || |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||  ||||  | ||  ||| |||||||||||     
T  13054361 tggggaatttgcttcatttatggtacttattttgctcttggaggtttagcagctgctggaaagacttatagcaattctgttgtgattcgtaaagctgttc 13054460  T
Q  318 aatttcttctc 328  Q
    |||||||||||    
T  13054461 aatttcttctc 13054471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 59 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 12136169 - 12135900
Alignment:
Q  59 catgaatatgttgagtgcactggaacaacgattgaagctttagttttgttcaagaagctatatccagggcataggaagaacgagatagataacttgattg 158  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |  | ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||  | || ||||    
T  12136169 catgaatatgttgattgcactggatcggcaattcaagctttagttttgttcaagaaattatatccagagcataggaagaaagagatagacgattttattg 12136070  T
Q  159 ccaatgcagttcgattccttgaagatacacaaaaaactgatggttcatggtatggaagttggggaatttgtttcacttatggttcttggttagctcttgg 258  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||| ||||||||||||||| || |||||    
T  12136069 ccaatgcagttcaatacctagaagataaacaaacatctgatggttcatggtatggagcttggggtatttgcttcatttatggttcttggttggcacttgg 12135970  T
Q  259 tggtttagcagctgctggcaagaattatactaattgcgatgctatttgtaaagctgttaaatttcttctc 328  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| | ||||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  12135969 tggtttagcagctgctggaaagacttataccaattgtgctgctattcgcaaagcagttaaatttcttctc 12135900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 84; Significance: 7e-40; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 61 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 5719827 - 5719564
Alignment:
Q  61 tgaatatgttgagtgcactggaacaacgattgaagctttagttttgttcaagaagctatatccagggcataggaagaacgagatagataacttgattgcc 160  Q
    |||||||||||| ||||||  | || | ||| ||||| | |||||||| || ||  ||||||| | |||||| ||| | ||  |||| || || |||||     
T  5719827 tgaatatgttgaatgcacttcatcatcaattcaagctatggttttgtttaaaaaaatatatcccgagcatagaaaggaagaagtagagaatttcattgca 5719728  T
Q  161 aatgcagttcgattccttgaagatacacaaaaaactgatggttcatggtatggaagttggggaatttgtttcacttatggttcttggttagctcttggtg 260  Q
    || ||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5719727 aaagcagttcaattccttgaagataaacaaacaagtgatggttcatggtatggaaattggggaatttgcttcacttatggttcttggtttgctcttggtg 5719628  T
Q  261 gtttagcagctgctggcaagaattatactaattgcgatgctatttgtaaagctgttaaatttct 324  Q
    || ||||||  || ||||||| ||||   ||||| | ||| ||| | |||||||||||||||||    
T  5719627 gtctagcagtcgcgggcaagacttatgagaattgtgttgcaattcgcaaagctgttaaatttct 5719564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 61 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 5687711 - 5687448
Alignment:
Q  61 tgaatatgttgagtgcactggaacaacgattgaagctttagttttgttcaagaagctatatccagggcataggaagaacgagatagataacttgattgcc 160  Q
    |||||||||||| ||||||  | || ||||| ||||| | |||||||| || ||  ||||||| | |||||| ||| | ||  |||| || || |||||     
T  5687711 tgaatatgttgaatgcacttcatcatcgattcaagctatggttttgtttaaaaaattatatcccgagcatagaaaggaagaagtagagaatttcattgca 5687612  T
Q  161 aatgcagttcgattccttgaagatacacaaaaaactgatggttcatggtatggaagttggggaatttgtttcacttatggttcttggttagctcttggtg 260  Q
    || ||||||  |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  5687611 aaagcagttaaattccttgaagataaacaaacaagtgatggttcatggtatggaaattggggaatttgcttcacttatggttcttggtttgctcttggcg 5687512  T
Q  261 gtttagcagctgctggcaagaattatactaattgcgatgctatttgtaaagctgttaaatttct 324  Q
    || || |||| || ||||||| ||||   ||||| | ||| ||| | |||||||||||||||||    
T  5687511 gtctaacagccgccggcaagacttatgagaattgtgctgcaattcgcaaagctgttaaatttct 5687448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 61 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 5666641 - 5666378
Alignment:
Q  61 tgaatatgttgagtgcactggaacaacgattgaagctttagttttgttcaagaagctatatccagggcataggaagaacgagatagataacttgattgcc 160  Q
    |||||||||||| ||||||  | || | ||| ||||| | |||||||| || ||  ||||||| | |||||| ||| | ||  |||| || || |||||     
T  5666641 tgaatatgttgaatgcacttcatcatcaattcaagctatggttttgtttaaaaaaatatatcccgagcatagaaaggaagaagtagagaatttcattgca 5666542  T
Q  161 aatgcagttcgattccttgaagatacacaaaaaactgatggttcatggtatggaagttggggaatttgtttcacttatggttcttggttagctcttggtg 260  Q
    || ||||||  |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  5666541 aaagcagttaaattccttgaagataaacaaacaagtgatggttcatggtatggaaattggggaatttgcttcacttatggttcttggtttgctcttggcg 5666442  T
Q  261 gtttagcagctgctggcaagaattatactaattgcgatgctatttgtaaagctgttaaatttct 324  Q
    || || |||| || || |||| ||||   ||||| | ||| ||| | |||||||||||||||||    
T  5666441 gtctaacagccgccggtaagacttatgagaattgtgctgcaattcgcaaagctgttaaatttct 5666378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 54 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 5653101 - 5652910
Alignment:
Q  54 ttgaacatgaatatgttgagtgcactggaacaacgattgaagctttagttttgttcaagaagctatatccagggcataggaagaacgagatagataactt 153  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| || | ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||   | | ||  || ||||||||||| ||    
T  5653101 ttgagcatgaatatgttgaatgcactggatcagcaattcaagccttagttttgtttaagaagctatatccagaatacaagacaaaagagatagataattt 5653002  T
Q  154 gattgccaatgcagttcgattccttgaagatacacaaaaaactgatggttcatggtatggaagttggggaatttgtttcacttatggttctt 245  Q
     ||||| ||||| ||||||||| |||||  | |||||| ||  ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  5653001 cattgcaaatgcggttcgattcattgaatcttcacaaacaatcgatggttcatggtatgggaattggggaatttgcttcatttatggttctt 5652910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University