View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1519_low_5 (Length: 698)

Name: NF1519_low_5
Description: NF1519
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1519_low_5
NF1519_low_5
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-690)||(39150490-39151151)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 554; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 690
Target Start/End: Original strand, 39150490 - 39151151
Alignment:
Q  18 aagtgaatatgtagtagaataattttctctatctctttttcatctattaatattatttttcgattggttcttctaacaatggtatgttgatgtggattta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39150490 aagtgaatatgtagtagaataattttctctatctctttttcatctattaatattatttttcgattggttcttctaacaatggtatgttgatgtggattta 39150589  T
Q  118 ttcacagaatttagcaatatatatattgaacacaaagaccttcgaagaagcttccagaattttcaccgaggtagttatatatttactatgttttcacctc 217  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39150590 ttcacagaatttagcaatatacatattgaacacaaagaccttcgaagaagcttccagaattttcaccgaggtagttatatatttactatgttttcacctc 39150689  T
Q  218 ctgttcgaaatttggagattaatcttgttgggataggtctaaaacaaaaagaaataccacaagnnnnnnnnnaaggcaatagcaaaatatatttatgtat 317  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39150690 ttgttcgaaatttggagattaatcttgttgggataggtctaaaacaaaaagaaataccacaagtttttttttaaggcaatagcaaaatatatttatgtat 39150789  T
Q  318 ataagcctgtaataatgtgattgtgagtacgaaaatttaattaactgtgacacccataataatatttgatcaaatggtagggattgcagccagtggtgag 417  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39150790 atatgcctgtaataatgtgattgtgtgtacgaaaatttaattaactgtgacaccaataataatatttgatcaaatggtagggattgcagccagtggtgag 39150889  T
Q  418 tgctgcttctagcatgggatccggtaacatggatttgggtgaagaattggagctaatcccccaagaagcatcactagaagcattcagggacatagcatct 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||    
T  39150890 tgctgcttctagcatgggatccggtaacatggatttgggtgaagaattggagctaatccccca------------agaagcattcagggacatagcatct 39150977  T
Q  518 gcacctttctagctatactcaaattgaatatacatgctcactcaacaagtgttcatgatcttttgaacttagttgtagcttgtac----atatatatata 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||    
T  39150978 gcacctttctagctatactcaaattgaatatacatgctcactcaacaagtgttcatgatcttttgaacttagttgtagcttgtacatatatatatatata 39151077  T
Q  614 gtatgccatatgataccatacgggatgaaattttgggtttccaacaattattttttatcattatctcttttcatctc 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||    
T  39151078 gtatgccatatgataccatacgggatgaaattttgggtttccaacaattattatttatc---atctcttttcatctc 39151151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University