View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15204_high_3 (Length: 625)

Name: NF15204_high_3
Description: NF15204
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15204_high_3
NF15204_high_3
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (1-597)||(28320624-28321220)
chr7 (37-611)||(28288041-28288612)
chr7 (5-611)||(28310057-28310660)
chr7 (1-602)||(28296565-28297163)
chr7 (1-611)||(28331106-28331713)
chr7 (1-318)||(28304452-28304765)
chr7 (502-591)||(28336388-28336477)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 597
Target Start/End: Original strand, 28320624 - 28321220
Alignment:
Q  1 aataattccatcaaaaatatcacgcaacttcttcatatgattggtcatccttgcatacaaaccttgtggatctaagggacgaagaattggaaagaaatct 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28320624 aataattccatcaaaaatctcacacaacttcttcatatgattggtcatccttgcatacaaaccttgtggatctaagggacgaagaattggaaagaaatct 28320723  T
Q  101 gaaatattaggcttaccagcttcttccatgataccccaaataatggtcttaaattcttgagacttctcatcaggtactgtggaatgtgccaaatccatag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28320724 gaaatattaggcttaccagcttcttccatgataccccaaataatggtcttaaattcttgagacttctcatcaggtactgtggaatgtgccaaatccatag 28320823  T
Q  201 agaacaaagtgtttgaaactgaattaaggacagttgtaaaaacagcctcaccaatatcaaaagcttcacctttgttgcatttttcctttacataatccaa 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| | |||||| || |||||||| ||    
T  28320824 agaacaaagtgtttgaaattgaattaaggacatttgtaaaaacagcttcaccaatatcaaaaacctcacctttgttacttttttcattcacataatctaa 28320923  T
Q  301 taatacttgtaacttttgttggcgaatgttttttgttgagtcaagcatttttgtagaaaatacttttgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaa 400  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28320924 taattcttgcaacttttgttggcgaaggtttcttgttgagtcaagcatttttgtagaaaatacttttgtagcacaacttttccttagtttcttccacaaa 28321023  T
Q  401 gctaatgttggaagccacccaagtgagaatttgttatgatcaagtgcatgtactgcatgtgggacagttctatttgagaagatttgagaattttcatgta 500  Q
      ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||   | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  28321024 tttaatgttggaacccacccaactgagaatttgtcatgatcaactgcagagattgcatgtgggacagttctatttgaaaagatttgagaattgtcatgta 28321123  T
Q  501 aaacttgtttggctagttgtggtgatgaaattactatggttgttattgttcctagttttagtgtcataattggtccatagatgtttgagagatttgt 597  Q
    ||||||||||||||| |||||| || || || ||||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  28321124 aaacttgtttggctacttgtggggaagagatcactatggttgttatgcttcctagttttaatgtcatgattggtccatagatttttgagagttttgt 28321220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 28288612 - 28288041
Alignment:
Q  37 atgattggtcatccttgcatacaaaccttgtggatctaagggacgaagaattggaaagaaatctgaaatattaggcttaccagcttcttccatgataccc 136  Q
    |||| ||| |||| |||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| | | ||||    ||||   | |||     
T  28288612 atgaatggccatctttgcatacaatcgttgtgggtctaaaggacgaagaattggaaagaaatcagcaatattagacgtcccagaaagttccgataaacct 28288513  T
Q  137 caaataatggtcttaaattcttgagacttctcatcaggtactgtggaatgtgccaaatccatagagaacaaagtgtttgaaactgaattaaggacagttg 236  Q
    |  | |||| ||| |||  ||||||| || |||||||||   || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28288512 ctcaaaatgttctcaaacacttgagatttttcatcaggt---gttgaatgagccaaatccatagagaagaaagtgtttgaaactgaattaaggacagttg 28288416  T
Q  237 taaaaacagcctcaccaatatcaaaagcttcacctttgttgcatttttcctttacataatccaataatacttgtaacttttgttggcgaatgttttttgt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28288415 taaaaacagcctcaccaatatcaaaagcttcacctttgttgcatttttcctttacataatccaataatacttgtaacttttgttggcgaatgttttttgt 28288316  T
Q  337 tgagtcaagcatttttgtagaaaatacttttgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctaatgttggaagccacccaagtgagaatttgtta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28288315 tgagtcaagcatttttgtagaaaatacttttgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctaatgttggaagccacccaagtgagaatttgtta 28288216  T
Q  437 tgatcaagtgcatgtactgcatgtgggacagttctatttgagaagatttgagaattttcatgtaaaacttgtttggctagttgtggtgatgaaattacta 536  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28288215 tgatcaagtgcatgtattgcatgtgggacagttctatttgagaagatttgagaattttcatgtaaaacttgtttggctaattgtggtgatgaaattacta 28288116  T
Q  537 tggttgttattgttcctagttttagtgtcataattggtccatagatgtttgagagatttgtgagtgtcctgtgtg 611  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28288115 tggttgttaatgttcctagttttagtgtcataattggtccatagatgtttgagagatttgtgagtgtcctgtgtg 28288041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 611
Target Start/End: Original strand, 28310057 - 28310660
Alignment:
Q  5 attccatcaaaaatatcacgcaacttcttcatatgattggtcatccttgcatacaaaccttgtggatctaagggacgaagaattggaaagaaatctgaaa 104  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |  |  | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28310057 attccatcaaaaatctcacacaactttttcatatgattggtaatccttgcgtgtattctttgtggatcaaaaggacgaagaattggaaagaaatctgaaa 28310156  T
Q  105 tattaggcttaccagcttcttccatgataccccaaataatggtcttaaattcttgagacttctcatcaggtactgtggaatgtgccaaatccatagagaa 204  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||   || ||||| ||||||||||||||  |    
T  28310157 cattaggcttaccagcttcttccatgataccccacataacgttcttaaattcttgagacttttcatcaggt---gttgaatgagccaaatccatagaaca 28310253  T
Q  205 caaagtgtttgaaactgaattaaggacagttgtaaaaacagcctcaccaatatcaaaagcttcacctttgttgcatttttcctttacataatccaataat 304  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||| || | |||||| || |||||||| ||||||    
T  28310254 caaagtgtttgaaattgaattaaggatagttgtaaaaacagccgcaccaatatcaaaaatctcacctttcttacttttttcattcacataatctaataat 28310353  T
Q  305 acttgtaacttttgttggcgaatgttttttgttgagtcaagcatttttgtagaaaatacttttgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagcta 404  Q
     |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  28310354 tcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagtacttttgtagaaaatacttttgtagcacaaaatttccttagtttcttccatgaagcta 28310453  T
Q  405 atgttggaagccacccaagtgagaatttgttatgatcaagtgcatgtactgcatgtgggacagttctatttgagaagatttgagaattttcatgtaaaac 504  Q
    |||||||||||  ||||| ||| ||||||| |||||||||||||   | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28310454 atgttggaagcatcccaattgataatttgtcatgatcaagtgcacaaagtgcatgtgggacagttctattagagaagatttgagaattttcatgtaaaac 28310553  T
Q  505 ttgtttggctagttgtggtgatgaaattactatggttgttattgttcctagttttagtgtcataattggtccatagatgtttgagagatttgtgagtgtc 604  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28310554 ttgtttggctagttgaggtgatgagattactatggttgttaatgttcctagttttagtgtcataattggtccatagatgtttgagagatttgtgagtgtc 28310653  T
Q  605 ctgtgtg 611  Q
    |||||||    
T  28310654 ctgtgtg 28310660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 602
Target Start/End: Original strand, 28296565 - 28297163
Alignment:
Q  1 aataattccatcaaaaatatcacgcaacttcttcatatgattggtcatccttgcatacaaaccttgtggatctaagggacgaagaattggaaagaaatct 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||| || |||  |||||||||| |||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  28296565 aataattccattaaaaatatcacacaacttttttatacaattggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaaaggacgaagaattggaaagaaatct 28296664  T
Q  101 gaaatattaggcttaccagcttcttccatgataccccaaataatggtcttaaattcttgagacttctcatcaggtactgtggaatgtgccaaatccatag 200  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||||||||| ||| ||| ||||||||||| | |||||||    ||||||  |||||||| ||||    
T  28296665 gaaatattaggcctaccagctgcttccatgtaactccaaataatgttctcaaactcttgagactttttatcaggtt---tggaatcagccaaatcaatag 28296761  T
Q  201 agaacaaagtgtttgaaactgaattaaggacagttgtaaaaacagcctcaccaatatcaaaagcttcacctttgttgcatttttcctttacataatccaa 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  28296762 agaacaaagtgtttgaaattgaattaagaacagtgttaaaaacagcctcaccaatatcaaaaacctcacctttgttgcttttttcattcacataatccaa 28296861  T
Q  301 taatacttgtaacttttgttggcgaatgttttttgttgagtcaagcatttttgtagaaaatacttttgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaa 400  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  28296862 taattcttgcaacttttgttggcgaaggttttttgttgagtcaagcatttttttagaaaatacatttgtggcacaacttttccttagtttcttccataaa 28296961  T
Q  401 gctaatgttggaagccacccaagtgagaatttgttatgatcaagtgcatgtactgcatgtgggacagttctatttgagaagatttgagaattttcatgta 500  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||   | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  28296962 gctaatgttggaagccacccaattgagaatttgtcatgatcaactgcactaagtgcatgtggaacagttctattagagaagatttgggaattttcatgta 28297061  T
Q  501 aaacttgtttggctagttgtggtgatgaaattactatggttgttattgttcctagttttagtgtcataattggtccatagatgtttgagagatttgtgag 600  Q
    |  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||| ||||||||    
T  28297062 aggcttgtttggctacttgtggagatgaaattactatggttgttattgttcctagttttagtgtcatgattggtccatagttttgtgagagttttgtgag 28297161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 611
Target Start/End: Original strand, 28331106 - 28331713
Alignment:
Q  1 aataattccatcaaaaatatcacgcaacttcttcatatgattggtcatccttgcatacaaaccttgtggatctaagggacgaagaattggaaagaaatct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | | |||||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28331106 aataattccatcaaaaatatcacataacttcttcatgtaactggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagggacgaagaattggaaagaaatct 28331205  T
Q  101 gaaatattaggcttaccagcttcttccatgataccccaaataatggtcttaaattcttgagacttctcatcaggtactgtggaatgtgccaaatccatag 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||  ||||||| ||||||||||| ||||| |||   |||||||| |||||||| ||||    
T  28331206 gaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaataattttcttaaactcttgagacttttcatcgggt---gtggaatgagccaaatcaatag 28331302  T
Q  201 agaacaaagtgtttgaaactgaattaaggacagttgtaaaaacagcctcaccaatatcaaaagcttcacctttgttgcatttttcctttacataatccaa 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |||||| || |||||||| ||    
T  28331303 agaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtgttaaaaacagcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaa 28331402  T
Q  301 taatacttgtaacttttgttggcgaatgttttttgttgagtcaagcatttttgtagaaaatacttttgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaa 400  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331403 taattcttgcaacttttgttgacgaaggatttttgttgagtcaagcatttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaa 28331502  T
Q  401 gctaatgttggaagccacccaagtgagaatttgttatgatcaagtgcatgtactgcatgtgggacagttctatttgagaagatttgagaattttcatgta 500  Q
    ||||||||||||||    || | ||||||||||| |||||||||||||   | |||||  | |||   |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  28331503 gctaatgttggaagtgttcctattgagaatttgtgatgatcaagtgcacaaattgcatccgagactactctattagagaatatttgggaattttcttgta 28331602  T
Q  501 aaacttgtttggctagttgtggtgatgaaattactatggttgttattgttcctagttttagtgtcataattggtccatagatgtttgagagatttgtgag 600  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  28331603 acacttgtttggctagttgtggtgatgagattactatggttgttaatgttcctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagagttttgtgag 28331702  T
Q  601 tgtcctgtgtg 611  Q
    || | ||||||    
T  28331703 tgccttgtgtg 28331713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 318
Target Start/End: Original strand, 28304452 - 28304765
Alignment:
Q  1 aataattccatcaaaaatatcacgcaacttcttcatatgattggtcatccttgcatacaaaccttgtggatctaagggacgaagaattggaaagaaatct 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| | | |||||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28304452 aataattccataaaaaatatcacataacttcttcatgtaactggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagggacgaagaattggaaagaaatct 28304551  T
Q  101 gaaatattaggcttaccagcttcttccatgataccccaaataatggtcttaaattcttgagacttctcatcaggtactgtggaatgtgccaaatccatag 200  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | ||| |||| |||||  |||||| |   |||  |||| |||||||| ||||    
T  28304552 gaaacattaggcttaccagctttttccatgataccccaaataatgttttcaaactctttagact--tcatcatg---tgttaaatgagccaaatcaatag 28304646  T
Q  201 agaacaaagtgtttgaaactgaattaaggacagttgtaaaaacagcctcaccaatatcaaaagcttcacctttgttgcatttttcctttacataatccaa 300  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| || |||||||||||    
T  28304647 agaacaaagtgtttgaaattgaattaaagaaagttgtaaaaacagcatcaccaatatcaaaaacttcacctttgtagcctttttctttcacataatccaa 28304746  T
Q  301 -taatacttgtaacttttg 318  Q
     |||| ||| |||||||||    
T  28304747 ttaattcttttaacttttg 28304765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 502 - 591
Target Start/End: Original strand, 28336388 - 28336477
Alignment:
Q  502 aacttgtttggctagttgtggtgatgaaattactatggttgttattgttcctagttttagtgtcataattggtccatagatgtttgagag 591  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||  | || |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||    
T  28336388 aacttgtttggttagttgtggggatgagattactatggatgttatgttgccaagttttagtgtcatgattggtccgtagattttagagag 28336477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University