View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15204_low_13 (Length: 456)

Name: NF15204_low_13
Description: NF15204
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15204_low_13
NF15204_low_13
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (18-192)||(39832100-39832274)
chr7 (18-192)||(32021009-32021182)
chr7 (18-192)||(39830972-39831146)
chr7 (18-188)||(2396137-2396307)
chr7 (18-167)||(11511066-11511215)
chr7 (18-174)||(2397099-2397255)
chr7 (18-178)||(27168523-27168683)
chr7 (18-160)||(11511948-11512090)
chr7 (18-154)||(32019367-32019503)
chr7 (18-178)||(36670946-36671106)
chr7 (19-178)||(36670212-36670371)
chr7 (18-178)||(27169337-27169495)
chr7 (18-128)||(32020154-32020264)
chr7 (18-84)||(19386776-19386842)
chr7 (113-178)||(32020073-32020138)
chr7 (81-169)||(20343231-20343319)
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (18-192)||(3206492-3206666)
chr8 (18-188)||(18195257-18195427)
chr8 (18-192)||(3207164-3207338)
chr8 (18-167)||(41826667-41826816)
chr8 (18-167)||(14395156-14395305)
chr8 (18-163)||(14396551-14396696)
chr8 (18-178)||(14655845-14656005)
chr8 (17-192)||(35352275-35352451)
chr8 (18-178)||(18607590-18607750)
chr8 (18-184)||(10296807-10296973)
chr8 (18-178)||(23898932-23899092)
chr8 (20-192)||(35351594-35351773)
chr8 (30-178)||(39137944-39138092)
chr8 (38-184)||(37732004-37732150)
chr8 (22-177)||(9011976-9012131)
chr8 (18-178)||(10296047-10296207)
chr8 (19-127)||(5562807-5562915)
chr8 (17-154)||(18606880-18607007)
chr8 (30-135)||(39137358-39137463)
chr8 (79-187)||(39482215-39482329)
chr8 (58-157)||(39482333-39482439)
chr8 (122-176)||(5566293-5566347)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (18-193)||(19080789-19080965)
chr5 (18-192)||(19080201-19080375)
chr5 (18-192)||(25838466-25838640)
chr5 (18-178)||(20339663-20339823)
chr5 (18-192)||(25839512-25839688)
chr5 (18-160)||(3389279-3389421)
chr5 (357-446)||(19080538-19080627)
chr5 (18-154)||(3636818-3636954)
chr5 (62-167)||(3390993-3391098)
chr5 (30-168)||(25109801-25109939)
chr5 (30-168)||(25168893-25169031)
chr5 (108-178)||(3636546-3636616)
chr5 (80-177)||(8469332-8469430)
chr5 (148-192)||(3389444-3389488)
chr5 (80-120)||(7209587-7209627)
[»] chr6 (23 HSPs)
chr6 (18-192)||(3646533-3646707)
chr6 (18-190)||(16008253-16008425)
chr6 (18-192)||(13701728-13701901)
chr6 (18-182)||(7823894-7824058)
chr6 (18-188)||(3645561-3645731)
chr6 (18-192)||(25133305-25133480)
chr6 (18-188)||(28564464-28564634)
chr6 (18-192)||(6023331-6023505)
chr6 (18-192)||(6022300-6022476)
chr6 (52-192)||(16009380-16009520)
chr6 (19-177)||(7190855-7191013)
chr6 (18-120)||(25136511-25136613)
chr6 (17-177)||(13220683-13220843)
chr6 (34-178)||(33707471-33707615)
chr6 (18-120)||(13703226-13703328)
chr6 (18-143)||(7191551-7191676)
chr6 (122-192)||(25134419-25134489)
chr6 (17-135)||(33706836-33706954)
chr6 (18-64)||(16011961-16012007)
chr6 (96-143)||(13220094-13220141)
chr6 (18-114)||(32531681-32531777)
chr6 (127-166)||(13703156-13703195)
chr6 (18-55)||(13220064-13220101)
[»] chr2 (33 HSPs)
chr2 (18-174)||(2283961-2284117)
chr2 (18-174)||(36912592-36912748)
chr2 (18-193)||(6583075-6583250)
chr2 (22-192)||(9261095-9261264)
chr2 (18-192)||(20634056-20634230)
chr2 (50-193)||(20651339-20651482)
chr2 (18-192)||(9260000-9260174)
chr2 (22-193)||(32705542-32705713)
chr2 (18-178)||(2284927-2285087)
chr2 (18-192)||(44531204-44531380)
chr2 (19-174)||(20650908-20651063)
chr2 (18-192)||(36150131-36150306)
chr2 (18-192)||(20633009-20633183)
chr2 (18-178)||(36911612-36911772)
chr2 (18-192)||(23288768-23288942)
chr2 (18-192)||(6582505-6582673)
chr2 (18-178)||(3573512-3573679)
chr2 (18-178)||(3574305-3574465)
chr2 (30-158)||(13105623-13105751)
chr2 (88-192)||(44531894-44532000)
chr2 (351-446)||(20651088-20651183)
chr2 (30-167)||(7697505-7697644)
chr2 (357-438)||(6582836-6582917)
chr2 (357-446)||(44531536-44531625)
chr2 (109-192)||(44531780-44531865)
chr2 (357-438)||(36149886-36149967)
chr2 (58-158)||(13105107-13105206)
chr2 (31-140)||(13105379-13105489)
chr2 (80-177)||(34239438-34239536)
chr2 (18-53)||(44532004-44532039)
chr2 (30-115)||(16177673-16177759)
chr2 (121-175)||(16178106-16178160)
chr2 (80-177)||(41527118-41527216)
[»] chr3 (33 HSPs)
chr3 (18-192)||(43493490-43493664)
chr3 (20-193)||(17195741-17195915)
chr3 (18-192)||(43492219-43492392)
chr3 (18-192)||(16913776-16913950)
chr3 (18-193)||(54515521-54515697)
chr3 (18-178)||(17339850-17340010)
chr3 (18-192)||(24199263-24199440)
chr3 (18-167)||(19191348-19191497)
chr3 (18-178)||(14404547-14404707)
chr3 (18-160)||(19192199-19192341)
chr3 (18-192)||(17343621-17343788)
chr3 (18-178)||(44265950-44266110)
chr3 (18-178)||(5742297-5742458)
chr3 (18-178)||(5779256-5779417)
chr3 (18-178)||(49680272-49680432)
chr3 (18-154)||(49679561-49679697)
chr3 (38-178)||(5738883-5739022)
chr3 (38-178)||(5775995-5776134)
chr3 (23-163)||(14403618-14403758)
chr3 (82-192)||(24199953-24200063)
chr3 (22-178)||(44266837-44266993)
chr3 (30-167)||(44908721-44908858)
chr3 (357-446)||(17195496-17195584)
chr3 (357-443)||(54515277-54515363)
chr3 (66-192)||(16913142-16913263)
chr3 (21-168)||(44909238-44909381)
chr3 (18-126)||(54515081-54515189)
chr3 (357-446)||(52320027-52320117)
chr3 (46-146)||(4524726-4524826)
chr3 (127-193)||(17195275-17195342)
chr3 (25-85)||(4524824-4524884)
chr3 (80-177)||(32982364-32982462)
chr3 (22-55)||(16913082-16913115)
[»] chr1 (36 HSPs)
chr1 (18-192)||(22373296-22373470)
chr1 (18-174)||(35575869-35576025)
chr1 (18-193)||(8850478-8850653)
chr1 (18-192)||(8851567-8851741)
chr1 (18-188)||(35574896-35575066)
chr1 (18-192)||(10846597-10846772)
chr1 (18-178)||(2483185-2483345)
chr1 (18-167)||(5496330-5496479)
chr1 (61-193)||(10845523-10845655)
chr1 (50-192)||(22374419-22374561)
chr1 (18-178)||(16518510-16518670)
chr1 (24-175)||(10844601-10844752)
chr1 (18-160)||(20567952-20568094)
chr1 (18-158)||(5495419-5495559)
chr1 (18-133)||(2481807-2481922)
chr1 (18-154)||(16519270-16519406)
chr1 (27-154)||(10845355-10845482)
chr1 (30-168)||(50277902-50278040)
chr1 (30-168)||(50289570-50289708)
chr1 (86-192)||(50006650-50006756)
chr1 (357-446)||(2482945-2483034)
chr1 (18-158)||(42023230-42023360)
chr1 (18-167)||(42024038-42024188)
chr1 (18-143)||(48481544-48481669)
chr1 (126-193)||(2482717-2482784)
chr1 (49-178)||(50266232-50266361)
chr1 (95-154)||(8549727-8549786)
chr1 (30-127)||(50266807-50266904)
chr1 (18-55)||(22374851-22374888)
chr1 (145-192)||(20567890-20567936)
chr1 (18-55)||(50006610-50006647)
chr1 (148-192)||(5491958-5492002)
chr1 (148-192)||(5495580-5495624)
chr1 (18-54)||(8473219-8473255)
chr1 (114-156)||(5491890-5491932)
chr1 (30-80)||(39773372-39773422)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (18-192)||(1949941-1950116)
chr4 (18-192)||(26043744-26043917)
chr4 (18-174)||(56162264-56162420)
chr4 (18-192)||(26044907-26045082)
chr4 (18-188)||(56164026-56164195)
chr4 (18-167)||(5045770-5045919)
chr4 (18-192)||(6946405-6946569)
chr4 (18-188)||(55903157-55903327)
chr4 (18-167)||(31690162-31690311)
chr4 (18-165)||(1953396-1953543)
chr4 (18-178)||(13265532-13265699)
chr4 (18-191)||(8683591-8683765)
chr4 (22-160)||(5044859-5044997)
chr4 (18-154)||(6944757-6944893)
chr4 (18-178)||(22339912-22340072)
chr4 (18-178)||(22341454-22341614)
chr4 (18-193)||(38941866-38942041)
chr4 (18-178)||(38941115-38941275)
chr4 (38-178)||(6945497-6945637)
chr4 (30-178)||(8113335-8113483)
chr4 (18-167)||(37002963-37003116)
chr4 (30-135)||(8112757-8112862)
chr4 (148-192)||(5045017-5045061)
chr4 (80-178)||(14014872-14014970)
[»] scaffold0039 (2 HSPs)
scaffold0039 (18-193)||(62608-62783)
scaffold0039 (18-178)||(63555-63715)
[»] scaffold0008 (3 HSPs)
scaffold0008 (18-176)||(256862-257018)
scaffold0008 (74-192)||(257463-257580)
scaffold0008 (18-55)||(257586-257623)
[»] scaffold0169 (3 HSPs)
scaffold0169 (18-160)||(498-640)
scaffold0169 (62-167)||(1405-1510)
scaffold0169 (145-192)||(660-707)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 39832274 - 39832100
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39832274 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgataggctttaattccattttctattgt 39832175  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  39832174 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttcttcttccatt 39832100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 32021182 - 32021009
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32021182 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaattccattttctattgt 32021083  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  32021082 agttaacacttatcactacaaaataacaaaataataaatgtcttttaattgcatga-ttttgttcttcttccatt 32021009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 39830972 - 39831146
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  39830972 taagtgtaatatcttactccaaattttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 39831071  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  39831072 agttaacacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttcttcttccatt 39831146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 188
Target Start/End: Original strand, 2396137 - 2396307
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  2396137 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacttttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 2396236  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttc 188  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  2396237 agttaacacttatcactacaaaataacaaaacaataaatatcttttaattacatgattttttttcttcttc 2396307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 167
Target Start/End: Original strand, 11511066 - 11511215
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  11511066 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattccaattttggttaatgacttagattaattggtatggtaggctttaattccattttctattgt 11511165  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaatt 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  11511166 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgacatttaatt 11511215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 2397255 - 2397099
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2397255 taagtgtaatatnttactccaaatcttgacctttaattntaatattggttaatggcttagattaattgatatgataggctttaatttcattttntattgt 2397156  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgat 174  Q
    ||||||| ||| || || |||||||||||||| |||||| | |||||||||| ||||    
T  2397155 agtcaacncttntccccccaaaataacaaaacnataaatttnttttaattgcatgat 2397099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 27168523 - 27168683
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||    
T  27168523 taagtgtaataacttactcctaatcttgacctttaattgcaatattgattaaagacttagattaatttatatggtagattttaatttcattttctattgt 27168622  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||    
T  27168623 aatcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgttattcaattgattgattttt 27168683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 11512090 - 11511948
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||    
T  11512090 taagtgtaatattttactccaaatcttgatctttaatttcaattttgattaatggcttagattaattgatacggtaggctttaattccattttctattgt 11511991  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtct 160  Q
    ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11511990 agttaacatttatccccacaaaataacaaaacaataaatgtct 11511948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 154
Target Start/End: Original strand, 32019367 - 32019503
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  32019367 taagtgtaataacttactccaaatcttgacttttaattgcaattttgattaatgacttagaataattgatatggtaggctttaattccattttctattgt 32019466  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataa 154  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  32019467 agtcaacaattatcaccataaaataagaaaacaataa 32019503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 36671106 - 36670946
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||| ||| |||||  ||  |||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  36671106 taagtgtaataacttactccaaatcttgacatttaattgcaattttgattaatagctaggattaattgatatggtatgctttaattccattttctattgt 36671007  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || || ||||| |||||||||    
T  36671006 agtcaacacttatcaccgcaaaataacaaaacaatagatatcattcaattgattgattttt 36670946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 178
Target Start/End: Original strand, 36670212 - 36670371
Alignment:
Q  19 aagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgta 118  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||   ||| ||| || |||  ||| | ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  36670212 aagtgtaataacttactctaaatcttgacatttaatagcaattttgattgatggtttaaagtaattgatatggtagactttaattttattttctattgta 36670311  T
Q  119 gtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  36670312 gtgaacacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcatttaattgattgattttt 36670371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 27169495 - 27169337
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||  |||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||    
T  27169495 taagtataataaattactccaaatcttgaccattaattacaattttgattaatggtttagattaattgctatggtagactttaattccattttctattgt 27169396  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||  |||||||||    
T  27169395 agtctacacttatcactacaaaataacaaaaca--aaatgtcatttaattcattgattttt 27169337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 32020264 - 32020154
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||| || |||||||||||||||||||||| |||  |||||||  ||||||||||||    
T  32020264 taagtgtaataacttactccaaatcctgacctttaattgcaattttgattgatgacttagattaattgatatggtagcttttaattctattttctattgt 32020165  T
Q  118 agtcaacactt 128  Q
    |||||||||||    
T  32020164 agtcaacactt 32020154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 19386842 - 19386776
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaatt 84  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19386842 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaatt 19386776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 113 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 32020138 - 32020073
Alignment:
Q  113 attgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  32020138 attgtagtcaacacttatcaccacaaaataagaaaacaataattgtcatttaattgattgattttt 32020073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 81 - 169
Target Start/End: Original strand, 20343231 - 20343319
Alignment:
Q  81 aattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgc 169  Q
    |||||||||| |||||||||||||  || ||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  20343231 aattgatatggtaggctttaattttcttctctgttggagtcaacattcatcaccacaaaataacaaaacaattaatgacttttacttgc 20343319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 3206492 - 3206666
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3206492 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgataggctttaattccattttctattgt 3206591  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  3206592 agtcaacacttaccaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttcttcttccatt 3206666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 188
Target Start/End: Original strand, 18195257 - 18195427
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18195257 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatggcttaaattaattgatatgatagactttaatttcattttctattgt 18195356  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttc 188  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  18195357 agttaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatatcttttaattgcatgattttttttcttcttc 18195427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 3207338 - 3207164
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3207338 taagtgtaatatcttactccaaattttgacctttaattttaatattggttaatggcttggattaattgatatgatagactttaatttcattttctattgt 3207239  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  3207238 agttaacacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttctttttccatt 3207164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 167
Target Start/End: Original strand, 41826667 - 41826816
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||    
T  41826667 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaatttcaattttggttaatgacttagattaattgatatggtaggttttaattccattttctattgt 41826766  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaatt 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41826767 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgacttttaatt 41826816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 167
Target Start/End: Original strand, 14395156 - 14395305
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |    
T  14395156 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattccaattttggttaatgacttagattaattgatatggtaggctttaattccattttctattct 14395255  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaatt 167  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  14395256 aatcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaacaaatgacatttaatt 14395305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 14396696 - 14396551
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  14396696 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaatttcaattttgattaatggcttagattaattgatatggtaggctttaattccattttctattgt 14396597  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtctttt 163  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14396596 agttaacatttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtctttt 14396551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 14655845 - 14656005
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||    
T  14655845 taagtgtaataacttattccaaattttgacctttaattttaatattgattaatgacttagattaattgatatgttagactttaatttcattttctactgt 14655944  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  14655945 agtcgacacttaacaccacaaaataacaaaacaatatatgtattttaattgattgattttt 14656005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 17 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 35352451 - 35352275
Alignment:
Q  17 ataagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattg 116  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| ||| |||| |||  ||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||    
T  35352451 ataagtgtaatatcttatttcaaatcctgatctttgattccaattttggttaatggtttagattaattgatatggtaggctttaattttattttctactg 35352352  T
Q  117 tagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga-tttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  35352351 tagtcaacactcatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgattgatttttttttcttcttccatt 35352275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 18607750 - 18607590
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| || |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||    
T  18607750 taagtgtaataacttactccaaatcttgacctttaattgcaattttgattgatgacttaaattaattgatatggtagactttaattctattttctattgt 18607651  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  18607650 agtcaacacttatcaccacaaaataagaaaacaataattgtcatttaattgattgattttt 18607590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 10296973 - 10296807
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||  ||  |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||    
T  10296973 taagtgtaataacttactccaaatcttgacctttaattacaattttgattaatagctaggattaattgatatggtaggctttaattccattttctactgt 10296874  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttctt 184  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||    
T  10296873 agtcaacacttattaccgcaaaataacaaaacaataaatgtcattcaattgattgattttttttctt 10296807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 23898932 - 23899092
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||  ||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  23898932 taagtgcaataacttactctaaattatgacctttaattccaatattgattaatggcttagattaattgatatggtaggctttaatttcattctctattgt 23899031  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23899032 agtcaacaattataatcacaaaatcacaaaacaataaatgtcttttaattgattgattttt 23899092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 192
Target Start/End: Original strand, 35351594 - 35351773
Alignment:
Q  20 agtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtag 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||     
T  35351594 agtgcaatatcttactccaaatcttgacttttaattccaattttggttaatgacttagatgaattgatatggtaggctttaatttcattttttattgtaa 35351693  T
Q  120 tcaacacttatcaccacaaaat-----aacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatt--tttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||| || ||||||||     ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||    
T  35351694 tcaacacttaacaacacaaaataacaaaacaaaacaataaatatcttttaattgattgatttcttttttcttcttccatt 35351773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 30 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 39138092 - 39137944
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacactta 129  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |    
T  39138092 cttactccaaatcatgacctttaatttaaatattgattaatgacttaaattaattgatatggtagactttaattttattttatattggagtcaacactca 39137993  T
Q  130 tcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  39137992 tcaccacaaaataataaaacaattaatgtcttttaattgattgattttt 39137944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 38 - 184
Target Start/End: Original strand, 37732004 - 37732150
Alignment:
Q  38 aaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccaca 137  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||  |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  37732004 aaatcttgacctttaattacaattttgattaatggtttagattaattgctatggtaggctttaattccattttctattatagtcaacacttatcactaca 37732103  T
Q  138 aaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttctt 184  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||    
T  37732104 aaataacaaaacaataaatgtcatttaattcattgattttttttctt 37732150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 22 - 177
Target Start/End: Original strand, 9011976 - 9012131
Alignment:
Q  22 tgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtc 121  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||  ||| ||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  9011976 tgtaataacttacttcaaatcttaacctttaattccaattttgattaatggcttatattaattgatatggtaggctttaattcaattttctattgtagtc 9012075  T
Q  122 aacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttt 177  Q
    || | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  9012076 aatatttatcatcacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaatcgattgatttt 9012131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 10296047 - 10296207
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||  ||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||| |||  |||||||| ||||||||||||    
T  10296047 taagtgtaataatttacttcaaattttgacctttaattgcaattttgattaatggtttagaataattgatatggtagagtttaattttattttctattgt 10296146  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  10296147 aatcagcacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcatttaattgattgattttt 10296207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 127
Target Start/End: Original strand, 5562807 - 5562915
Alignment:
Q  19 aagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgta 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||  ||    
T  5562807 aagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattacaagtttggttaatggcttagattaattgatatggtagactttaattccattttctatccta 5562906  T
Q  119 gtcaacact 127  Q
     ||||||||    
T  5562907 atcaacact 5562915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 154
Target Start/End: Original strand, 18606880 - 18607007
Alignment:
Q  17 ataagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattg 116  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||          ||||| ||||||||||||    
T  18606880 ataaatgtaataacttactccaaatctcgacctttaattacaattttgattaatggcttagattaattgata----------taattccattttctattg 18606969  T
Q  117 tagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataa 154  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  18606970 tagtcaacaattatcaccataaaataagaaaacaataa 18607007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 30 - 135
Target Start/End: Original strand, 39137358 - 39137463
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacactta 129  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||  |||||||||| |    
T  39137358 cttactccaaatcatgacttttaattctaatattgattaatggcttagattaattgatatggtaggatttaatttcattctttattagagtcaacactca 39137457  T
Q  130 tcacca 135  Q
    ||||||    
T  39137458 tcacca 39137463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 79 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 39482329 - 39482215
Alignment:
Q  79 ttaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaaca-------cttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgctt 171  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||    
T  39482329 ttaattgatatggtagactttaatttcattatctattatagtcaacaatcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaaggt-ttttaattgatt 39482231  T
Q  172 gatttttgttcttctt 187  Q
    ||||||| || |||||    
T  39482230 gattttttttgttctt 39482215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 58 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 39482439 - 39482333
Alignment:
Q  58 aatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtc-------aacacttatcaccacaaaataacaaaaca 150  Q
    ||||||| |||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39482439 aatattgattaacggcttagattaattgatatggtagactttaattttattctctattgtagtcaacagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaata 39482340  T
Q  151 ataaatg 157  Q
    |||||||    
T  39482339 ataaatg 39482333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 122 - 176
Target Start/End: Original strand, 5566293 - 5566347
Alignment:
Q  122 aacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattt 176  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  5566293 aacacttatcatcagaaaataacaaaacaataaatatcttttaattgattgattt 5566347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 19080965 - 19080789
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  19080965 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatgacttagattaattgatatgatagactttaattcaattttctattgt 19080866  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgat-ttttgttcttcttccatta 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  19080865 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttttttcttcttccatta 19080789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 19080201 - 19080375
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19080201 taagtgtaatatcttactctaaatcttgacctttaattccaatattggttaatgacttagattaattgatatgatagactttaatttcattttctattgt 19080300  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  19080301 agtcaacacttatcatcacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcataattttttttcttcttccatt 19080375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 25838466 - 25838640
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  25838466 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggtttagattaattgatatgataggctttaattcaattttctattgt 25838565  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  25838566 agttaacacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttcttcttccatt 25838640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 20339823 - 20339663
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20339823 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattccaattttggttaatggcttagattaattgatatggtaggctttaatttcattttctattgt 20339724  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20339723 agtcaacacttatcaccagaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgattgattttt 20339663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 25839688 - 25839512
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25839688 taagtgtaatatcttactctaaatcttgacctttaattctaatattagttaatggcttagattaattgatatgatatgctttaatttcattttctattgt 25839589  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaat-aacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga-tttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  25839588 agttaacacttatcactacaaaataaaaaaaacaataaatgtcttttaattgcatgatttttttttcttcttccatt 25839512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 160
Target Start/End: Original strand, 3389279 - 3389421
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  3389279 taagtgtgatatcttactccaaatcttgacctttaatttcaattttgattaatggcttatattaattgatatggtaggctttaattccattttctattgt 3389378  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtct 160  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3389379 agttaacatttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtct 3389421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 357 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 19080627 - 19080538
Alignment:
Q  357 ttaaaaaggcctaaaacaaaagataatagaacagaagttgaacacgttctgttttgttctatgcaccaaactagcaagtatagtgttctt 446  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19080627 ttaaaaaggcctgaaacaaaagataatagaatagaagttgaacacgttctgttttgttctatgcaccaaactagcaagtatagtgttctt 19080538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 3636954 - 3636818
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  3636954 taagggtaataacttactccaaatcttgatctttaattgcaattttgattaatggcttagattaattgatatggtaggctttaattccattttctattgt 3636855  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataa 154  Q
    | |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  3636854 actcaacaattatcaccataaaataagaaaacaataa 3636818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 62 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 3391098 - 3390993
Alignment:
Q  62 ttggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtctt 161  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  3391098 ttggttaatggcttaggttaattgatatggtaggctttaattccattttttattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgacat 3390999  T
Q  162 ttaatt 167  Q
    ||||||    
T  3390998 ttaatt 3390993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 30 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 25109939 - 25109801
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacactta 129  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| || ||||||| |||||||||| |    
T  25109939 cttactccaaatcatgacctttaatttcaatattgattaatgacttagattaattgatacgctagactttaatttcgttctctattgaagtcaacactca 25109840  T
Q  130 tcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattg 168  Q
    |||||| |||| ||||||| | | |||||||||||||||    
T  25109839 tcaccaaaaaacaacaaaatatttaatgtcttttaattg 25109801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 30 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 25169031 - 25168893
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacactta 129  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| || ||||||| |||||||||| |    
T  25169031 cttactccaaatcatgacctttaatttcaatattgattaatgacttagattaattgatacgctagactttaatttcgttctctattgaagtcaacactca 25168932  T
Q  130 tcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattg 168  Q
    |||||| |||| ||||||| | | |||||||||||||||    
T  25168931 tcaccaaaaaacaacaaaatatttaatgtcttttaattg 25168893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 108 - 178
Target Start/End: Original strand, 3636546 - 3636616
Alignment:
Q  108 tttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  3636546 tttctattgtagtcaacacttattaccacaaaataagaaaacaataattgtcatttaattgattgattttt 3636616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 80 - 177
Target Start/End: Original strand, 8469332 - 8469430
Alignment:
Q  80 taattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaa-cacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttt 177  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||  |||| || |||| |||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||    
T  8469332 taattgatatggtagactttaattttcttttctatgctagttaaacactcatcatcacaaaataacaaaacaattaataacttttaattgattgatttt 8469430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 148 - 192
Target Start/End: Original strand, 3389444 - 3389488
Alignment:
Q  148 acaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  3389444 acaataaatgtcttttaattgattgattttttttcttcttccatt 3389488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 80 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 7209627 - 7209587
Alignment:
Q  80 taattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagt 120  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||    
T  7209627 taattgatatgatagactttaattttattctctattgtagt 7209587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 23)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 3646707 - 3646533
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  3646707 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttttactgt 3646608  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  3646607 agtcaacacttattaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgatattttttcttcttccatt 3646533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 190
Target Start/End: Original strand, 16008253 - 16008425
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  16008253 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 16008352  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttcca 190  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  16008353 agttaacacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttcttcttcca 16008425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 13701728 - 13701901
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13701728 taagtgtaatatcttactccaaattttgacctttaattttaatattggttaatgacttagattaattgatatgatatgctttaatttcattttctattgt 13701827  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  13701828 agttaacacttatcactacaaaataaaaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttt-ttcttcttccatt 13701901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 182
Target Start/End: Original strand, 7823894 - 7824058
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7823894 taagtgtaatatcttattccaaattttgaactttaattctaatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaattccattttctattgt 7823993  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttc 182  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7823994 agtcaacacttatcaccgcaaaataagaaaataataaatgtcttttaattgcttgatttttgttc 7824058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 188
Target Start/End: Original strand, 3645561 - 3645731
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  3645561 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 3645660  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttc 188  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  3645661 agttaacacttatcactacaaaataacaaaataataaatgtcttttaattacatgattttttttcttcttc 3645731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 25133305 - 25133480
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  25133305 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacatttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatatgctttaatttcattttcttttgt 25133404  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga-tttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  25133405 agttaacacttatcactacaaaataaaaaaacaataaatgtcttttaattgcatgatttttttttcttcttccatt 25133480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 188
Target Start/End: Original strand, 28564464 - 28564634
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  28564464 taagagtaatatcttactccaaatcttgacttttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 28564563  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttc 188  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  28564564 agttaacacttatcactacaaaataataaaacaataaatgtcttttaattacatgattttttttcttcttc 28564634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 6023505 - 6023331
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  6023505 taagtgtaatatcttactccaaatcttaacctttgattccaattatggttaatgatttaaattaattgatatgataggctttaatttcattttctactat 6023406  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  6023405 agtcaacacttacaaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgattgattttttttcttcttccatt 6023331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 6022300 - 6022476
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  6022300 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttgattccaattttggttaatagcttagattaattaatatggtaggctttaatttcattttctactgt 6022399  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga--tttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||||    
T  6022400 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttataattgattgattttttttttcttcttccatt 6022476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 52 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 16009520 - 16009380
Alignment:
Q  52 aattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaa 151  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16009520 aattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgataggttttaattccattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaa 16009421  T
Q  152 taaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  16009420 taaatgtgttttaattgcatgattttttttcttcttccatt 16009380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 177
Target Start/End: Original strand, 7190855 - 7191013
Alignment:
Q  19 aagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgta 118  Q
    |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||  ||| ||| |||||| |||| ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||    
T  7190855 aagtgtaatagcttacttcaaatcttaacctttaatttcaattttgattaatggcttaaattaaatgatatggtatgctttaattccattttctattgta 7190954  T
Q  119 gtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttt 177  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7190955 gtcaacacttatcatcacaaaataagaaaacaataaatgtcttttaattgattgatttt 7191013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 25136613 - 25136511
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25136613 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggtttagattaattgatatgataggctttaattccattttctattgt 25136514  T
Q  118 agt 120  Q
    |||    
T  25136513 agt 25136511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 13220843 - 13220683
Alignment:
Q  17 ataagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattg 116  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||  ||| ||  ||||||  ||||||||| ||||||| || |||||||||  |||||||||||    
T  13220843 ataaatgtaataacttactccaaatcttaacttttaatttcaattttaattaatggtttagattaaatgatatggtatgctttaattcaattttctattg 13220744  T
Q  117 tagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttt 177  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13220743 tagtcaacacttatcatcacaaaataagaaaacaataaatgtcttttaattgattgatttt 13220683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 34 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 33707615 - 33707471
Alignment:
Q  34 ctccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcac 133  Q
    |||||||||  |||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||| | ||||| |||||||||| |||||    
T  33707615 ctccaaatcaagacctttaatttcaatattgattaatggcttagattaattaatatggtagactttaattttattctatattggagtcaacactcatcac 33707516  T
Q  134 cacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  33707515 cacaaaataataaaacaattaatgtcttttaattgattgattttt 33707471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 13703328 - 13703226
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  13703328 taagtgtaacatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggtttaggttaattgatatgataggctttaattcaattttctattgt 13703229  T
Q  118 agt 120  Q
    |||    
T  13703228 agt 13703226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 7191676 - 7191551
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||||  ||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||| |||| |    
T  7191676 taagtttaataacttacttcaaatcttgacatttaattccaattttaattaatgacttagattaattgatatggtagactttaattcaattttgtattat 7191577  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataa 143  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||    
T  7191576 agtcaacacttattaccacaaaataa 7191551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 122 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 25134489 - 25134419
Alignment:
Q  122 aacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  25134489 aacacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgaatttttttcttcttccatt 25134419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 135
Target Start/End: Original strand, 33706836 - 33706954
Alignment:
Q  17 ataagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattg 116  Q
    ||||||||  || ||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||  |||||||||||| ||||||     
T  33706836 ataagtgttttaacttactctaaatcatgacctttaattccaatattggttaatggcttagattaattgatatagtagattttaatttcattctctatta 33706935  T
Q  117 tagtcaacacttatcacca 135  Q
     ||||||| || |||||||    
T  33706936 gagtcaaccctcatcacca 33706954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 16012007 - 16011961
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattg 64  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16012007 taagtgtaatattttactccaaatcttgacctttaattctaatattg 16011961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 96 - 143
Target Start/End: Original strand, 13220094 - 13220141
Alignment:
Q  96 ctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataa 143  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  13220094 ctttaattccattttctattatagtcaacacttattaccacaaaataa 13220141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 32531777 - 32531681
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctat 114  Q
    |||||||| || |||||| |||||| ||| | |||||| |||||| | ||||||  ||||||||||  ||||| || |||||||||||||| |||||    
T  32531777 taagtgtattaacttacttcaaatcatgatcattaattttaatatagattaatggtttagattaataaatatggtatgctttaatttcattctctat 32531681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 166
Target Start/End: Original strand, 13703156 - 13703195
Alignment:
Q  127 ttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaat 166  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13703156 ttatcactacgaaataacaaaacaataaatgtcttttaat 13703195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 55
Target Start/End: Original strand, 13220064 - 13220101
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaatt 55  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  13220064 taagtgtaataacttactccaaattttgacctttaatt 13220101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 33)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 174
Target Start/End: Original strand, 2283961 - 2284117
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2283961 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 2284060  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgat 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2284061 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgat 2284117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 36912748 - 36912592
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36912748 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 36912649  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgat 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36912648 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgat 36912592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 6583250 - 6583075
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  6583250 taagtataatatcttactcaaaatcttgacctttaattctaatatcggttaatggcttagattaattgatatgataagctttaattccattttctattgt 6583151  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatta 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6583150 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaataataaatgtcttttaattgcttgattttttttcttcttccatta 6583075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 22 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 9261264 - 9261095
Alignment:
Q  22 tgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtc 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||    
T  9261264 tgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatgacttagattaattgatatgatagactttaattccattttatattatagtc 9261165  T
Q  122 aacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  9261164 aacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttt-ttcatcttccatt 9261095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 20634230 - 20634056
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  20634230 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttgattccaattttggttaatggcttagattaattgatatggtaggctttaatttcattttctactgt 20634131  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||    
T  20634130 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgattaatttttcttcttcttccatt 20634056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 50 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 20651482 - 20651339
Alignment:
Q  50 ttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaac 149  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20651482 ttaattctaatattggttaatgacttaaattaattgatatgataggctttaattccattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaac 20651383  T
Q  150 aataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatta 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20651382 aataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatta 20651339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 9260000 - 9260174
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  9260000 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 9260099  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  9260100 agttaacatttatcactacaaaataacaaaacaataattatcttttaattgcatgattttttttcttcttccatt 9260174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 22 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 32705713 - 32705542
Alignment:
Q  22 tgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtc 121  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||    
T  32705713 tgtaatatcttactccaaattttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattaatatgttaagctttaattccattttctattgtagtc 32705614  T
Q  122 aacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatta 193  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  32705613 aacacttattaccacaaaataacaaaacaatagatgtcttttaattgcatgattttttttcttcttccatta 32705542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 2285087 - 2284927
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  2285087 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 2284988  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2284987 agttaacatttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattacatgattttt 2284927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 44531204 - 44531380
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44531204 taagtgtaatatcttactttaaatcttgacctttaattcaaatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaattccattttctattgt 44531303  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga--tttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||| | |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||    
T  44531304 agtcaataattatcactgcaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttttcttcttccatt 44531380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 174
Target Start/End: Original strand, 20650908 - 20651063
Alignment:
Q  19 aagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgta 118  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  20650908 aagtgtaatatcttactctaaatcttgacctttaattccaatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaattaaattttctattgta 20651007  T
Q  119 gtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgat 174  Q
    | |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20651008 gccaacacctatcaccacaaaataataaaacaataaatgtcttttaattgcatgat 20651063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 36150306 - 36150131
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  36150306 taagtgtaatatcttactctaaatcttgacctttaattccaatattggttaatggcttagattaattgatatgataggctttaattctattttctattgt 36150207  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga-tttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  36150206 agtcaataattatcactacaaaataacaaaacaataagtgtcttttaattgcatgatttttttttcttcttccatt 36150131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 20633009 - 20633183
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||  ||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  20633009 taagtgtaatatcttacttcaaattttgacctttgattccaatcttggttaatggtttaaattaattgatatgataggctttaatttcattttccactgt 20633108  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  20633109 ggtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgattgattttttttcttcttccatt 20633183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 36911612 - 36911772
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  36911612 taagtgtaatatcttattctaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 36911711  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  36911712 agttaacatttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattacatgattttt 36911772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 23288942 - 23288768
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  23288942 taagtgtaataacttactccaaatcttgacctttaattgcaattttgattaataactaggattaattgatatggtaggctttaattccattttctattgt 23288843  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  23288842 agtcaacacttatcaccgcaaaataacaaaataataaatgtcattcaattgattgattttttttcttctcccatt 23288768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 6582505 - 6582673
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6582505 taagtgtagtatcttactctaaatcttgacctttaatttcaatattggttaatggcttagattaattgatatgataggctttaattccattttctattgt 6582604  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga--tttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||| | |||||||         ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||    
T  6582605 agtcaataattatcac--------tacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttttcttcttccatt 6582673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 3573512 - 3573679
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaa-------ttataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcatttt 110  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||       ||  ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  3573512 taagtgtaataatttactccaaatcttgacctttaaactttaattgcaattttgattaatgactgagattaattgatattgtaggctttaatttcatttt 3573611  T
Q  111 ctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||    
T  3573612 ctattgtagtcaaaacttatcaccataaaataacaaaacaataaatgtcattcaattgattgaatttt 3573679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 3574465 - 3574305
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |||  ||| ||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||  |||||||||| |    
T  3574465 taagtataataacttactccaaatattgacctttgattgcaattttgattaatgacttagattaattgatgtggtagactttaattcaattttctattat 3574366  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||    
T  3574365 agtcaacacctatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcatttctttgattgattttt 3574305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 30 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 13105751 - 13105623
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacactta 129  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13105751 cttactccaaatcatgacatttaatttcaatattgattaatgacttagattaattgatatgatatgctttagtttcattctctattgtagtcaacactta 13105652  T
Q  130 tcaccacaaaataacaaaacaataaatgt 158  Q
    |||  || |||||| ||||||||||||||    
T  13105651 tcataacgaaataataaaacaataaatgt 13105623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 88 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 44532000 - 44531894
Alignment:
Q  88 atgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgat--ttttgttcttc 185  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  44532000 atgataggctttaattccattttctattgtagtcaacatttatcaccacaaaataacaaaataataaatgtcttttaattgcttgattttttttttcttc 44531901  T
Q  186 ttccatt 192  Q
    |||||||    
T  44531900 ttccatt 44531894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 351 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 20651183 - 20651088
Alignment:
Q  351 cttaaattaaaaaggcctaaaacaaaagataatagaacagaagttgaacacgttctgttttgttctatgcaccaaactagcaagtatagtgttctt 446  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  20651183 cttaaattaaaaaggtctgaaacaaaagataatagaacagaagttgaacacgttatgttttgttctatgcaccaaactagcaaggatagttttctt 20651088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 167
Target Start/End: Original strand, 7697505 - 7697644
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacactta 129  Q
    |||||||||||||||||  |||||||  ||||||  ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  7697505 cttactccaaatcttgatttttaattccaatattaattaatgacttagattaattaatatggtatgctttaatttcatttttcattgtagtcagcactta 7697604  T
Q  130 --tcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaatt 167  Q
       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7697605 acacaccacaaaataacaaaataataaatgtcttttaatt 7697644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 357 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 6582917 - 6582836
Alignment:
Q  357 ttaaaaaggcctaaaacaaaagataatagaacagaagttgaacacgttctgttttgttctatgcaccaaactagcaagtata 438  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6582917 ttaaaaaggcttgaaacaaaagataatataacagaagttgaacacgttctgttttgttctatgcaccatactagcaagtata 6582836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 357 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 44531625 - 44531536
Alignment:
Q  357 ttaaaaaggcctaaaacaaaagataatagaacagaagttgaacacgttctgttttgttctatgcaccaaactagcaagtatagtgttctt 446  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44531625 ttaaaaaagcttgaaacaaaagataatataacagaagttgaacacgttctgttttgttatatgcaccaaactagcaagtataatgttctt 44531536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 109 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 44531865 - 44531780
Alignment:
Q  109 ttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgat--ttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  44531865 ttctattgtagtcaacatttatcaccacaaaataacaaaataataaatgtcttttaattgcttgattttttttttcttcttccatt 44531780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 357 - 438
Target Start/End: Original strand, 36149886 - 36149967
Alignment:
Q  357 ttaaaaaggcctaaaacaaaagataatagaacagaagttgaacacgttctgttttgttctatgcaccaaactagcaagtata 438  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36149886 ttaaaaaggcttgaaacaaaagataatataacagaagttgaacacgttctgtattgttctatgcaccaagctagcaagtata 36149967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 58 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 13105206 - 13105107
Alignment:
Q  58 aatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatg 157  Q
    ||||||| ||||||  ||| |||||||||| || ||  |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13105206 aatattgattaatggtttatattaattgat-tggtatactttaatttccttctctattgtagtcaacaattatcaccacaaaataacaaaacaataaatg 13105108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 31 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 13105489 - 13105379
Alignment:
Q  31 ttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggcttta-atttcattttctattgtagtcaacactta 129  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  ||||  ||| ||| | |||||||||||||| |||    
T  13105489 ttactccaaatcatgacctttaatttcaatattgattaatgacttagattaattgatatggtagtatttattttttattctatattgtagtcaacattta 13105390  T
Q  130 tcaccacaaaa 140  Q
    | |||||||||    
T  13105389 ttaccacaaaa 13105379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 80 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 34239536 - 34239438
Alignment:
Q  80 taattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaa-cacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttt 177  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||  |||||||| ||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||    
T  34239536 taattgatatggtagactttaattttcttttctatggtagttaaacactcatcatcacaaaataacaaaacaattaataacttttaattgattgatttt 34239438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 44532039 - 44532004
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaa 53  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44532039 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaa 44532004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 115
Target Start/End: Original strand, 16177673 - 16177759
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacc-tttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctatt 115  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||| |||||| |||| |||| |||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||    
T  16177673 cttactccaaatcatgaccttttaattccaatattgattaatggcttatattatttgatatggtagcctttaatttaattctctatt 16177759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 175
Target Start/End: Original strand, 16178106 - 16178160
Alignment:
Q  121 caacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatt 175  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  16178106 caacccttgtcatcacaaaataacaaaacaattaatgtcttttaattgattgatt 16178160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 80 - 177
Target Start/End: Original strand, 41527118 - 41527216
Alignment:
Q  80 taattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaa-cacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttt 177  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||  |||| || |||| |||| ||||||||||||||||||| |    |||||||||| ||||||||    
T  41527118 taattgatatggtagactttaattttcttttctatgctagttaaacactcatcatcacaaaataacaaaacaattatcaacttttaattgattgatttt 41527216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 143; Significance: 6e-75; HSPs: 33)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 43493664 - 43493490
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  43493664 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 43493565  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  43493564 agttaacacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttcttcttccatt 43493490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 17195915 - 17195741
Alignment:
Q  20 agtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtag 119  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17195915 agtgtaatatcttcctctaaatcttgacctttaattataatattggttaatgatttagattaattgatatgataggctttaattccattttctattgtag 17195816  T
Q  120 tcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga-tttttgttcttcttccatta 193  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  17195815 tcaacatttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgtttgatttttttttcttcttccatta 17195741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 43492219 - 43492392
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  43492219 taagtgtaatatcttactctaaatcttgacctttaattctaatatttgttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 43492318  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  43492319 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttt-ttcttcttccatt 43492392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 16913950 - 16913776
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |    
T  16913950 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattccaattttggttaatgacttagattaattgatatggtaggctttaattctattttctattat 16913851  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  16913850 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaattaatgtcttttaattgtttgattttttttcttcttccatt 16913776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 54515697 - 54515521
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54515697 taagtgtaatatcttactccaaatcttaacctttaattctaatattggttaattgcttagattaaatgatttgataggctttaattccattttctattgt 54515598  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga-tttttgttcttcttccatta 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  54515597 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgtttgatttttttttcttcttccatta 54515521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 17339850 - 17340010
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  17339850 taagtgtaatatcttacaccaaatcttgacctttaattttaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 17339949  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17339950 agttaacacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttt 17340010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 24199263 - 24199440
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||    
T  24199263 taagtgtaatatcttactctaaatcttgacctttaattccaattttggttaatgacttagattaattgatatgttagactttaattccattttctattgt 24199362  T
Q  118 ag---tcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  24199363 agtcatcaacacttatcatcacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgattgattttttttcttcttccatt 24199440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 167
Target Start/End: Original strand, 19191348 - 19191497
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||    
T  19191348 taagtgtaatatcttactacaaatcttgacctttaattaaaattttggttaatgacttagattaattgatatggtagactttaattccattttctattgt 19191447  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaatt 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19191448 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgacttttaatt 19191497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 14404707 - 14404547
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  14404707 taagtgtaataacttactccaaatcttgacctttaattctaattttgattaatgacttaaattaattgatataataagctttaatttcattttatattgt 14404608  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  14404607 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtctcttaattgattgattttt 14404547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 19192341 - 19192199
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  19192341 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattacaattttggttaatggattagattaattgatatggtaggctttaatttcattttctatcgt 19192242  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtct 160  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19192241 agttaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtct 19192199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17343788 - 17343621
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  17343788 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattttaatattagttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 17343689  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga-tttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  17343688 agtcaacacttatcaccac--------aaaacaataaatgtcttttaattgcatgatttttttttcttcttccatt 17343621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 44265950 - 44266110
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||  | ||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||    
T  44265950 taagtgtaataacttactctaaatcttgacatttaattctaatgttgattaatggatcagattaattgatatggtagattttaatttcattctctattgt 44266049  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44266050 agtcaacacttatcaccataaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgattgattttt 44266110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 5742458 - 5742297
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttcta-ttg 116  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||     
T  5742458 taagtgcaataacttactccaaatcttgacctttaatttgaatattgattaatggcttagattaattgatatggtaggctttaatttcattctctatttt 5742359  T
Q  117 tagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||    
T  5742358 tagtcaacacttataatcacaaaataacaaaacaataaatgtattttaaatgattgattttt 5742297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 5779417 - 5779256
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttcta-ttg 116  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||     
T  5779417 taagtgcaataacttactccaaatcttgacctttaatttgaatattgattaatggcttagattaattgatatggtaggctttaatttcattctctatttt 5779318  T
Q  117 tagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||    
T  5779317 tagtcaacacttataatcacaaaataacaaaacaataaatgtattttaaatgattgattttt 5779256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 49680432 - 49680272
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||  ||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  49680432 taagtgtaataacttattccaaatcttaacttttaattgcaattttgattgatgacttagattaattgatatggtaggctttaattatattttctattgt 49680333  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  49680332 agtcaacacttatcaccacaaaataaaaaaacaataattgtcatttaattgattgattttt 49680272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 154
Target Start/End: Original strand, 49679561 - 49679697
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49679561 taagtgtaataacttactccaaatcttgatctttaattgcaattttgattaatggcttagattaattgatatggtaggctttaatttcattttctattgt 49679660  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataa 154  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  49679661 agtcaacaattatcaccataaaataagaaaacaataa 49679697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 38 - 178
Target Start/End: Original strand, 5738883 - 5739022
Alignment:
Q  38 aaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccaca 137  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  5738883 aaatcttgacttttaattccaatatta-ttaatgacttagattaactgatatggtagactttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcactata 5738981  T
Q  138 aaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  5738982 aaataacaaaacattaaatgtcttttaattgattgattttt 5739022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 38 - 178
Target Start/End: Original strand, 5775995 - 5776134
Alignment:
Q  38 aaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccaca 137  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  5775995 aaatcttgacttttaattccaatatta-ttaatgacttagattaactgatatggtagactttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcactata 5776093  T
Q  138 aaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  5776094 aaataacaaaacattaaatgtcttttaattgattgattttt 5776134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 23 - 163
Target Start/End: Original strand, 14403618 - 14403758
Alignment:
Q  23 gtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtca 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||  ||||| |||||||||||    
T  14403618 gtaataacttactccaaatcttgacatttaatttcaattttgattaatgacttagattaattgatataatagattttaattctattttatattgtagtca 14403717  T
Q  123 acacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtctttt 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14403718 acacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatatctttt 14403758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 82 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 24200063 - 24199953
Alignment:
Q  82 attgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgtt 181  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  24200063 attgatatggtaggctttaattctattttctattatagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaattaatgtcttttaattgtttgatttttttt 24199964  T
Q  182 cttcttccatt 192  Q
    |||||||||||    
T  24199963 cttcttccatt 24199953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 22 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 44266993 - 44266837
Alignment:
Q  22 tgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtc 121  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||  |||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||| |     
T  44266993 tgtaataacttactccaaatcttgatctttaattttaattttgattaatagcttagattaattaacatagtaggctttaatttcattttctattgtaata 44266894  T
Q  122 aacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  44266893 aacatttatcaccataaaataacaaagcaataaatatcttttaattcattgattttt 44266837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 30 - 167
Target Start/End: Original strand, 44908721 - 44908858
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacactta 129  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||||||| | |||||| | |    
T  44908721 cttactccaaatcatgacctttaatttcaatattgattaatgacttagattaattgataggatagattttaatttcattctctattggaatcaacattca 44908820  T
Q  130 tcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaatt 167  Q
    | || ||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  44908821 tgactacaaaataacaaagcaattaatgtcttttaatt 44908858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 357 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 17195584 - 17195496
Alignment:
Q  357 ttaaaaaggcctaaaacaaaagataatagaacagaagttgaacacgttctgttttgttctatgcaccaaactagcaagtatagtgttctt 446  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17195584 ttaaaaatgcctgaaacaaaagataatagatc-gaagttgaacacgttctgttttgttctatgcaccaaactagcaagtatagtgttctt 17195496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 357 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 54515363 - 54515277
Alignment:
Q  357 ttaaaaaggcctaaaacaaaagataatagaacagaagttgaacacgttctgttttgttctatgcaccaaactagcaagtatagtgtt 443  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54515363 ttaaaaagacctgaaacaaaagataatagaacaaaaattgaacacgttctgttttgttctatacaccaaactagcaagtatagtgtt 54515277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 66 - 192
Target Start/End: Original strand, 16913142 - 16913263
Alignment:
Q  66 ttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtag---tcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttt 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||        || ||||||||||||||||||||    
T  16913142 ttaatgacttagattaattgatatgttagactttaattccattttctattgtagtcatcaacacttatc--------atcacaaaacaataaatgtcttt 16913233  T
Q  163 taattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  16913234 taattgattgattttttttcttcttccatt 16913263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 44909381 - 44909238
Alignment:
Q  21 gtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagt 120  Q
    |||| ||| ||||||||||||  ||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||    
T  44909381 gtgttataacttactccaaattatgaccttcaattttaatattgattaatgatttagattaattgatatgatagtctttaatttcattctctattgaagt 44909282  T
Q  121 caacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattg 168  Q
    | | ||| || ||||||    |||||| |||| |||||||||||||||    
T  44909281 cgatactcattaccaca----aacaaagcaattaatgtcttttaattg 44909238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 126
Target Start/End: Original strand, 54515081 - 54515189
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| |  ||    
T  54515081 taagtgtaatatcttactttaaatcttgacctttaattccaatattggttaatggcttggattaattgatatgatatgttttaattccattttccaccgt 54515180  T
Q  118 agtcaacac 126  Q
    |||||||||    
T  54515181 agtcaacac 54515189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 357 - 446
Target Start/End: Original strand, 52320027 - 52320117
Alignment:
Q  357 ttaaaaaggcctaaaacaaaagataatagaacagaagttgaacacgttctgttttgttctatgcaccaaactagcaagtat-agtgttctt 446  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  52320027 ttaaaaaggcatgaaaaaaaagataatagaacagaagttgaacacgttctgttttgctgtatgcaccaaactagcaagcatcagtgttctt 52320117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 46 - 146
Target Start/End: Original strand, 4524726 - 4524826
Alignment:
Q  46 acctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataaca 145  Q
    ||||||||||  ||| || | ||||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4524726 acctttaattccaattttagataatggcttagattaattgatattgtagactttaattctattttctattgtagttaacacttatcaccacaaaataaca 4524825  T
Q  146 a 146  Q
    |    
T  4524826 a 4524826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 127 - 193
Target Start/End: Original strand, 17195275 - 17195342
Alignment:
Q  127 ttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga-tttttgttcttcttccatta 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  17195275 ttatcaccacaaaataacaaaacaataaatattttttaattgcttgatttttttttcttcttccatta 17195342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 4524884 - 4524824
Alignment:
Q  25 aatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattg 85  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  4524884 aatatcttactcaaaatcttgacctttaattccaattttggttgatgacttagattaattg 4524824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 80 - 177
Target Start/End: Original strand, 32982364 - 32982462
Alignment:
Q  80 taattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaa-cacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttt 177  Q
    |||||||||||| || |||||||||  ||||||||  |||| || |||| |||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||    
T  32982364 taattgatatgacagactttaattttcttttctatgctagttaaacactcatcatcacaaaataacaaaacaattaataacttttaattgattgatttt 32982462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 55
Target Start/End: Original strand, 16913082 - 16913115
Alignment:
Q  22 tgtaatatcttactccaaatcttgacctttaatt 55  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16913082 tgtaatatcttactctaaatcttgacctttaatt 16913115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 143; Significance: 6e-75; HSPs: 36)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 22373296 - 22373470
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  22373296 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatgacttagattaattgatatgataagctttaattccattttctattgt 22373395  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  22373396 agttaacatttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttcttcttccatt 22373470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 35576025 - 35575869
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35576025 taagtgtaatatcttactccaaatcttgatctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 35575926  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgat 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35575925 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgat 35575869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 193
Target Start/End: Original strand, 8850478 - 8850653
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  8850478 taagtgtaatatcttactctaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattcgattttctattgt 8850577  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatta 193  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  8850578 agtcaacacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtgttttaattgcatgattttttttcttcttccatta 8850653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 8851741 - 8851567
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8851741 taagtataatatcttacttcaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatatgctttaatttcattttctattgt 8851642  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  8851641 agttaacacttatcactacaaaataaaaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttcttcttccatt 8851567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 188
Target Start/End: Original strand, 35574896 - 35575066
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  35574896 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 35574995  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttc 188  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  35574996 agttaacacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattacatgattttttttcttcttc 35575066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 10846772 - 10846597
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  10846772 taagtgtaatatcttacttcaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggtttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 10846673  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaa-acaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  10846672 agttaacacttatcactacaaaataacaaacacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttcttcttccatt 10846597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 2483345 - 2483185
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  2483345 taagtgtaatattttactctaaatcttgacctttaattccaatattgattaatggcttagattaattgatatgatagactttaattcaattttctattgt 2483246  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2483245 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttt 2483185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 5496479 - 5496330
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||    
T  5496479 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaatttcaattttggttaatgacttagattaattgatatggtaggttttaattccattttctattgt 5496380  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaatt 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  5496379 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgacatttaatt 5496330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 61 - 193
Target Start/End: Original strand, 10845523 - 10845655
Alignment:
Q  61 attggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtct 160  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10845523 attggttaatggcttagattaattgatatgataggctttaattccattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtct 10845622  T
Q  161 tttaattgcttgatttttgttcttcttccatta 193  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  10845623 tttaattgcatgattttttttcttcttccatta 10845655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 50 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 22374561 - 22374419
Alignment:
Q  50 ttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaac 149  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22374561 ttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattatattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaagc 22374462  T
Q  150 aataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||    
T  22374461 aataaatgtcttttaattgcatgatttttttgcttcttccatt 22374419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 16518510 - 16518670
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  16518510 taagtgtaataacttactccaaatcttgacatttaattacaattttgattgatgacttagattaattgatatggtaggctttaattctattttctattgt 16518609  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || ||||| |||||||||    
T  16518610 agtcaacacttatcaccacaaaataagaaaacaataattgtcattaaattgattgattttt 16518670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 24 - 175
Target Start/End: Original strand, 10844601 - 10844752
Alignment:
Q  24 taatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaa 123  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  10844601 taataacttactccaaatcttgacctttaattgcaattttgattgatgacttagattaattgatatgataggctttaattatattttctattgtagtcaa 10844700  T
Q  124 cacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatt 175  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||    
T  10844701 cacttatcaccacaaaataagaaaacaataattgtcatttaattgattgatt 10844752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 20568094 - 20567952
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||    
T  20568094 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacatttaattcgaattttggttaatggcttagattaattgatatggtatgctttaatttcattttctatcgt 20567995  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtct 160  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20567994 agttaacacttatcaccacaaaataacgaaacaataaatgtct 20567952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 158
Target Start/End: Original strand, 5495419 - 5495559
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  5495419 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaatttcaattttgattaatgggttatattaattgatatggtaggctttaattccattttctattgt 5495518  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgt 158  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5495519 agttaacatttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgt 5495559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 2481807 - 2481922
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||    
T  2481807 taagtgtaatatcttacttcaaatcttgacatttaattttaatattggttaatggcttagattaattgatataatagactttaattccattttctattgt 2481906  T
Q  118 agtcaacacttatcac 133  Q
    ||||||||||||||||    
T  2481907 agtcaacacttatcac 2481922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 16519406 - 16519270
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  16519406 taagtgtaataacttactccaaatcttaacctttaattgcaattttaattaatggcttagattaattgatatggtaggctttaattccattttctattgt 16519307  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataa 154  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  16519306 agtcaacaattatcaccataaaataagaaaacaataa 16519270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 27 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 10845482 - 10845355
Alignment:
Q  27 tatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacac 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||| |||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  10845482 tatcttactccaaatcttgacctttaattgcaattttgattaatggcttagattaattgatatggttggctttaattccattttctattgtagtcaacaa 10845383  T
Q  127 ttatcaccacaaaataacaaaacaataa 154  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10845382 ttatcaccataaaataagaaaacaataa 10845355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 30 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 50278040 - 50277902
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacactta 129  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| | ||||| |||||||||| |    
T  50278040 cttactccaaatcatgacctttaatttcaatattgattaatgacttagattaattgatatggtagactttaattttattatatattggagtcaacactca 50277941  T
Q  130 tcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattg 168  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  50277940 tcaccccaaaataataaaacaattaatgtcttttaattg 50277902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 30 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 50289708 - 50289570
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacactta 129  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| | ||||| |||||||||| |    
T  50289708 cttactccaaatcatgacctttaatttcaatattgattaatgacttagattaattgatatggtagactttaattttattatatattggagtcaacactca 50289609  T
Q  130 tcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattg 168  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  50289608 tcaccccaaaataataaaacaattaatgtcttttaattg 50289570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 86 - 192
Target Start/End: Original strand, 50006650 - 50006756
Alignment:
Q  86 atatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttc 185  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  50006650 atatgatagggtttaatgtcattttctattgtagttaatacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttttttcttc 50006749  T
Q  186 ttccatt 192  Q
    |||||||    
T  50006750 ttccatt 50006756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 357 - 446
Target Start/End: Original strand, 2482945 - 2483034
Alignment:
Q  357 ttaaaaaggcctaaaacaaaagataatagaacagaagttgaacacgttctgttttgttctatgcaccaaactagcaagtatagtgttctt 446  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2482945 ttaaaaaggcctgaaacaaaagataatagaacagaagttgaacacgttttgttttcttctatgcaccaaactagcaagtatagtgttctt 2483034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 158
Target Start/End: Original strand, 42023230 - 42023360
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  42023230 taagtgtaataacttactccaaatcttgacctttaattgtaatattgattaatggcttagattaatttatatggtaggttttaatttcattttctattgt 42023329  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgt 158  Q
    |          ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42023330 a----------atcaccacaaaataacaaaacaataaatgt 42023360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 42024188 - 42024038
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||  |||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||    
T  42024188 taagtataataacgtactctaaatcttgacctttaattacaattttgattaatggtttagattaattgctatggtagactttaattccattttctattgt 42024089  T
Q  118 agtcaacacttatcac-cacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaatt 167  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  42024088 agtcaacacttatcactaacaaaataacaaaataataaatatcatttaatt 42024038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 48481669 - 48481544
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |    
T  48481669 taagtgtaataacttacttcaaatcttgatatttaatttcaattttgattaatgacttagattaattgatatggtaggctttaattccattttctattat 48481570  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataa 143  Q
    |||||||||| || ||||||||||||    
T  48481569 agtcaacactcattaccacaaaataa 48481544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 126 - 193
Target Start/End: Original strand, 2482717 - 2482784
Alignment:
Q  126 cttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatta 193  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2482717 cttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttttttcttcttccatta 2482784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 49 - 178
Target Start/End: Original strand, 50266232 - 50266361
Alignment:
Q  49 tttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaa 148  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |     || | |||| || ||||||| ||||    
T  50266232 tttaatttcaatattgattaatgacttagattaattgatatgatagactttaattttattttatattggatgacgcaatcatcatcataaaataataaaa 50266331  T
Q  149 caataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  50266332 caattaatatcttttaattgattgattttt 50266361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 95 - 154
Target Start/End: Original strand, 8549727 - 8549786
Alignment:
Q  95 gctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataa 154  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8549727 gctttaattccattttgtattgtagtcaacacttatcactacaaaataacaaaacaataa 8549786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 50266904 - 50266807
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacact 127  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||||  ||||||| |||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||  ||||||||||    
T  50266904 cttactctaaatcatgacatttaattccaatattgattaatatcttagattaattgatatggtaggttttaatttctttatctattagagtcaacact 50266807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 22374888 - 22374851
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaatt 55  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22374888 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaatt 22374851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 145 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 20567936 - 20567890
Alignment:
Q  145 aaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  20567936 aaaacaataaatgtcttttaattgattgattttt-ttcttcttccatt 20567890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 55
Target Start/End: Original strand, 50006610 - 50006647
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaatt 55  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  50006610 taagtgtaatatcttactctaaatcttgacctttaatt 50006647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #32
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 148 - 192
Target Start/End: Original strand, 5491958 - 5492002
Alignment:
Q  148 acaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  5491958 acaataaatatcttttaattgattgattttttttcttcttccatt 5492002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #33
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 148 - 192
Target Start/End: Original strand, 5495580 - 5495624
Alignment:
Q  148 acaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  5495580 acaataaatgccttttaattgattgattttttttcttcttccatt 5495624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #34
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 54
Target Start/End: Original strand, 8473219 - 8473255
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaat 54  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8473219 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacatttaat 8473255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #35
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 114 - 156
Target Start/End: Original strand, 5491890 - 5491932
Alignment:
Q  114 ttgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaat 156  Q
    ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5491890 ttgtagttaacatttatcatcacaaaataacaaaacaataaat 5491932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 39773422 - 39773372
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagatt 80  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||| |||||||    
T  39773422 cttactccaaatcttgacctttaactctaatattaattaatgatttagatt 39773372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 140; Significance: 4e-73; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 1949941 - 1950116
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||     
T  1949941 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgc 1950040  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga-tttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  1950041 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgatttttttttcttcttccatt 1950116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Original strand, 26043744 - 26043917
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26043744 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatgacttaaattaattgatatgataggctttaattccattttctattgt 26043843  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  26043844 agtgaacacttatgactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttt-tttttcttccatt 26043917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 174
Target Start/End: Original strand, 56162264 - 56162420
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  56162264 taagtgtaatatcttactcaaaatcttgatctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgataggctttaatttaattttctattgt 56162363  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgat 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  56162364 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgat 56162420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 26045082 - 26044907
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26045082 taagtgtaatatcttactacaaatcttgacctttaattctaatattgattaatggcttagattaattgatatgataggctttaattccattttctattgt 26044983  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattt-ttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||    
T  26044982 agtcaacacttatcacctcaaaataacaaaccaataaatgtcttttaattgcatgatttctttttcttcttccatt 26044907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 56164195 - 56164026
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  56164195 taagtgtaatatcttactccaaattttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttctattgt 56164096  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttc 188  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  56164095 agttaacacttatcactacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattacatgattttt-ttcttcttc 56164026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 5045919 - 5045770
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |    
T  5045919 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattccaattttggttaatgacttagattaattgatatggtaggctttaattccattttctattat 5045820  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaatt 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  5045819 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgacatttaatt 5045770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 6946569 - 6946405
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6946569 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgataggctttaattccattttctattgt 6946470  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||    
T  6946469 agtcaacacttatcaccacaaaat--------aataaatgtcttttaattgtatgatttt--ttcttcttccatt 6946405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 55903327 - 55903157
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  55903327 taagtataatatcttactctaaatcttaacctttaattttaattttggttaatggcttagattaattgatatgataggtcttaattccattttctattgt 55903228  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttc 188  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  55903227 agtcaacacttatcatcacaaaataacaaaacaataaatatcttttaattgattgatttttttttttcttc 55903157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 31690311 - 31690162
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  31690311 taagtgtaatattttactccaaatcttgacctttaatttcaattttggttgatgacttagattaattgatatggtaggctttaattccattttctattgt 31690212  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaatt 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  31690211 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgacatttaatt 31690162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 1953543 - 1953396
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  1953543 taagtgtaatatcttactccaaatcttaacctttaattctaatattggttaatggcttagattaattgatatgatagactttaattccattttttattgt 1953444  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaa 165  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1953443 agttaacacttatcactacaaaataactaaacaataaatgtcttttaa 1953396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 13265532 - 13265699
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  13265532 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattttaatattggttaatggcttggattaattgatatgatagaatttaatttaattttctattgt 13265631  T
Q  118 agtcaacacttatcac-------cacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||| ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13265632 agttaacacttatcactacaaagtacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgattttt 13265699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 191
Target Start/End: Original strand, 8683591 - 8683765
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||  |||||| ||||||| || | |||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||    
T  8683591 taagtataatatcttactctagatcttgacatttaattccaatattagttaatggctaaaattaattgatatgatagattttaattccattttttattgt 8683690  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga-tttttgttcttcttccat 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  8683691 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcatgatttttttttcttcttccat 8683765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 160
Target Start/End: Original strand, 5044859 - 5044997
Alignment:
Q  22 tgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtc 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||     
T  5044859 tgtaatatcttactccaaatcttgatctttaatttcaattttgattaatggcttagattaattgatatggtaggctttaattccattttctattgtagtt 5044958  T
Q  122 aacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtct 160  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5044959 aacatttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtct 5044997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 154
Target Start/End: Original strand, 6944757 - 6944893
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  6944757 taagtgtaataacttactccaaatcttgacctttaattgcaattttgattaatggcttagattaattgatatggtaggctttaattccattttctattgt 6944856  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataa 154  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  6944857 agtcaacaattatcaccataaaataagaaaacaataa 6944893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 22339912 - 22340072
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||| | | ||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||    
T  22339912 taagtgtaataactcactccaaatcttgatctttaattacaatttggattaatgatttagattaattgttatggtagactttaattccattttctattgt 22340011  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  22340012 agtcaacacttatcactacaagataacaaaacaataaatgtcatttaattcattgattttt 22340072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 22341614 - 22341454
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||  |||||||| ||||||||||||    
T  22341614 taagtgtaataacttactccaaattttgacctttaattgcaatattgattaatgacttagattaatttatatggtagattttaattttattttctattgt 22341515  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||    
T  22341514 aatcaacacttatcatcacaaaataacaaaacaataaatattattcaattgattgattttt 22341454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 38942041 - 38941866
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||   ||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38942041 taagtgtaataacttactccaaatcttgacctttaattgcaattttgattaaaagctaggattaactgatatggtaggctttaatttcattttctattgt 38941942  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatta 193  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||| ||||||    
T  38941941 agtcaacactaatcactgcaaaataacaaaataataaatgtcattcaattgattgattttttttcttctcccatta 38941866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Original strand, 38941115 - 38941275
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||  ||| ||| ||||||  ||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  38941115 taagtgtaataacttactcaaaatattgacttttaattgcaattttgattaatggtttaaaataattgatatggtaggctttaattttattttctattgt 38941214  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  38941215 agtcaacacttatcactacaaaataacataacaataaatgtcatttaattgattgattttt 38941275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 38 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 6945637 - 6945497
Alignment:
Q  38 aaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccaca 137  Q
    |||||||||| |||||||  ||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6945637 aaatcttgacatttaattgcaattttgattgatgacttagattaattgatatggtagactttaattctattttctattgtagtcaacacttatcaccaca 6945538  T
Q  138 aaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  6945537 aaataagaaaacaataattgtcatttaattgattgattttt 6945497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 30 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 8113483 - 8113335
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacactta 129  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| | ||||| |||||||||| |    
T  8113483 cttactccaaatcatgaccttgaatttcaatattgattaatggcttagattaattgatatggtagactttaattttattctatattggagtcaacactca 8113384  T
Q  130 tcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  8113383 tcaccacaaaataataaaacaatgaatgtcttttaattgattgattttt 8113335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 167
Target Start/End: Original strand, 37002963 - 37003116
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagatta----attgatatgataggctttaatttcattttcta 113  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||    ||||||||| |||| |||||||  ||||||||    
T  37002963 taagtataatatcttactctaaatcttgacctttaattccaattttggttaatgacttagattaattaattgatatggtaggttttaattctattttcta 37003062  T
Q  114 ttgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaatt 167  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  37003063 ttgtaattaacacttatcaccacaaaataataaaacaataaatgacttctaatt 37003116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 135
Target Start/End: Original strand, 8112757 - 8112862
Alignment:
Q  30 cttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacactta 129  Q
    |||||| |||||  |||| |||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||| || | |||| |||||||||||| ||||||  |||||||||| |    
T  8112757 cttacttcaaattatgacatttaattccaatattgattaatggcttagattaattggtacggtaggttttaatttcattctctattagagtcaacactca 8112856  T
Q  130 tcacca 135  Q
    ||||||    
T  8112857 tcacca 8112862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 148 - 192
Target Start/End: Original strand, 5045017 - 5045061
Alignment:
Q  148 acaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  5045017 acaataaatgtcttttaattgattgattttttttcttcttccatt 5045061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 80 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 14014970 - 14014872
Alignment:
Q  80 taattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    ||||||||||| ||| ||||| |||| || ||||||| ||||||| |  ||||| |||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||  |||||||||    
T  14014970 taattgatatggtagtctttagtttccttctctattggagtcaacccgcatcactacaaaacaacaaaataattaatatcttttaattaattgattttt 14014872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0039 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0039
Description:

Target: scaffold0039; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 193
Target Start/End: Original strand, 62608 - 62783
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  62608 taagtgtaataacttactccaaatcttgacttttaattccaattttgattaatgacttagattaattgatatagtaggctttaattccattttctattgt 62707  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatta 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||    
T  62708 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaagcaataaatgtcttttaattgattgattttttttcttctcccatta 62783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0039; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 63715 - 63555
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||| |||| ||  ||| ||| ||||||  | ||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||    
T  63715 taagtgcaataacttactccaaatcttgacatttagttccaatgttgattaatggatcagattaattgatatggtaggttttaattttattctctattgt 63616  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattttt 178  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  63615 aatcaacacttatcaccacaaaataacaaaagaataaatgtcttttaattgattgattttt 63555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 3)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 176
Target Start/End: Original strand, 256862 - 257018
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||| |||||  | |||||||||||| |||||||||| ||    
T  256862 taagtgtaatatcttactctaaatcttaacctttaattacaagtttggttaatggcttagattagttgat--ggtaggctttaattccattttctatcgt 256959  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttgattt 176  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  256960 agtcaacacttatcatcacaaaataacaaaacaatgaatatcttttaattgattgattt 257018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 74 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 257580 - 257463
Alignment:
Q  74 ttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtcttttaattgcttga 173  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  257580 ttagattaattgatatggtaggctttaattccattttttattataatcaacacttatcaccatgaaataacaaaataataaatgtcttttaattgattga 257481  T
Q  174 tttttgttcttcttccatt 192  Q
     |||| || ||||||||||    
T  257480 atttt-tttttcttccatt 257463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 257623 - 257586
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaatt 55  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  257623 taagtgtaatatgttactccaaatcttgacatttaatt 257586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0169 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 3)
Name: scaffold0169
Description:

Target: scaffold0169; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 160
Target Start/End: Original strand, 498 - 640
Alignment:
Q  18 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaattataatattggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| || ||||||  |||||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||    
T  498 taagtgtaatatcttactccaaatcttgacctttaaatccaattttagttaatagcttagattaattgatatggtatactttaattccattttctattgt 597  T
Q  118 agtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtct 160  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  598 agtgaacacttatcaccacaaaataacaaaacagtaaatgtct 640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0169; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 62 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 1510 - 1405
Alignment:
Q  62 ttggttaatgacttagattaattgatatgataggctttaatttcattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgtctt 161  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1510 ttggttaatgacttagattaattgatatggtagactttaattccattttctattgtagtcaacacttatcaccacaaaataacaaaacaataaatgactt 1411  T
Q  162 ttaatt 167  Q
    ||||||    
T  1410 ttaatt 1405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0169; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 145 - 192
Target Start/End: Original strand, 660 - 707
Alignment:
Q  145 aaaacaataaatgtcttttaattgcttgatttttgttcttcttccatt 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  660 aaaacaataaatatcttttaattgattgattttttttcttcttccatt 707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University