View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15205_high_1 (Length: 728)

Name: NF15205_high_1
Description: NF15205
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15205_high_1
NF15205_high_1
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (2-716)||(27069330-27070044)
chr3 (15-706)||(27062276-27062961)
chr3 (246-716)||(27085630-27086100)
chr3 (50-571)||(27056268-27056790)
chr3 (469-716)||(27041375-27041622)
chr3 (12-704)||(27098065-27098754)
chr3 (480-704)||(27105529-27105753)
chr3 (270-515)||(27045589-27045834)
chr3 (2-219)||(27040979-27041196)
chr3 (246-403)||(27041193-27041350)
chr3 (2-219)||(27085416-27085633)
chr3 (2-154)||(27045318-27045470)
chr3 (2-76)||(27079619-27079693)
chr3 (102-186)||(27105154-27105241)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (10-207)||(19414074-19414271)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 503; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 716
Target Start/End: Original strand, 27069330 - 27070044
Alignment:
Q  2 gagtaatgtgaaaatcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttattaggagacgagaaaatgcatgaatcaacagtagcaagcatc 101  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||    
T  27069330 gagtgatgtgaaaatcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttattaggagacgagaaaatgcacgcatcaacggtagcaagcatc 27069429  T
Q  102 ttgcatggtgctggtactaaattcacaacttcatagcctccaaaatctatattttcatgaaaacccaaatgtttccactctgtcaattctgttactgcac 201  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  27069430 ttgcacggtgctggtactaaattcacaacttcatagcctccaaaatctatattttcatgaaaacccaaatgcttccactctgtcaaaactgttactgcac 27069529  T
Q  202 cactagcttctaattccatgctgaaatcgtcctcttgatttgtctccacagagtttattgaattagtaacataatcagtggagaaagcaatatttttggt 301  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||    
T  27069530 cacttgcttccaattccatgctgaaatcctcctcttgatttgtctccacagagttgattgaattagtaacataatcagtggtgaaagaaatatttttagt 27069629  T
Q  302 ctctttaatcagcataaaaatttcatagagtggcatttcgttgagctcactcacatttaaaacaacttttgcatcactagtagaattaccatactagcct 401  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| || || || |||    
T  27069630 ctctttaatcagcttaacaatttcatagagtggcatttcatcgagctcactcacttttaaaacaacttttgcatccatggtagaattcccgtaataccct 27069729  T
Q  402 tgaggtaaagtatcataatccatcaagttacgtctcataccaactaacatatttagcattgtattgtcattgctgcttagttttaaggctcttgctcttg 501  Q
    |  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  27069730 ttcggtaaagtatcaaaatccatcaagttacgtctcataccaactaacatattcagcattgttttatcattgctgctaagctttaaggctcttgctcttg 27069829  T
Q  502 acctccacacataacctgcaagtgcttcaaaagttgtgaaccttattatttcacttttattcatcaaactcaacttaagtcttgttatcatttcaccctc 601  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  27069830 acctccacacataacctgcaagaacttcaaaagttgtaaaccctattttttcacttttattcatcaaactcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctc 27069929  T
Q  602 tactttgaaacaatattgcttgatatttttagtattattttgattcacaaagggtgaaaatgcaacagattctttgtccatgggacattgtggaaatggt 701  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||    
T  27069930 tactttaaaagaatattgcttaataattgtagtattagtttgattcacaaagggtgaaaatgcaacagattttctgtccatgggacattgtggaaaaggt 27070029  T
Q  702 tgtgttgctattgat 716  Q
    ||| | |||||||||    
T  27070030 tgtatagctattgat 27070044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 706
Target Start/End: Original strand, 27062276 - 27062961
Alignment:
Q  15 atcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttattaggagacgagaaaatgcatgaatcaacagtagcaagcatcttgcatggtgctg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||| |    
T  27062276 atcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttattagctgatgagaaaatgcatgcatcgacggtggcaagcatcttgcatggtgcag 27062375  T
Q  115 gtactaaattcacaacttcatagcctccaaaatctatattttcatgaaaacccaaatgtttccactctgtcaattctgttactgcaccactagcttctaa 214  Q
    |||  |||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |   | |||||||||||||||||||| ||    
T  27062376 gtagaaaattcactaattcataacctccaaaatctaaattttcctgaaaacccaaatgtttccactctgttagaaccgttactgcaccactagcttccaa 27062475  T
Q  215 ttccatgctgaaatcgtcctcttgatttgtctccacagagtttattgaattagtaacataatcagtggagaaagcaatatttttggtctctttaatcagc 314  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  | ||||||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27062476 ttccatgcttaaaccatcctcttgatttgtctccaaagagtttattgagtttcttacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagc 27062575  T
Q  315 ataaaaatttcatagagtggcatttcgttgagctcactcacatttaaaacaacttttgcatcactagtagaattaccatactagccttgaggtaaagtat 414  Q
     |||  |||| ||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| || |||| ||||||||| |    
T  27062576 ttaacgattttatagagtggcatttcatcgagttcactcacttttaaaacaacttttgcatctatggtagaattgccataataccctttaggtaaagttt 27062675  T
Q  415 cataatccatcaagttacgtctcataccaactaacatatttagcattgtattgtcattgctgcttagttttaaggctcttgctcttgacctccacacata 514  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27062676 cataatccatcaagtttcgtctgataccaactaacacatttagcattgttttgtcattgctgctaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacata 27062775  T
Q  515 acctgcaagtgcttcaaaagttgtgaaccttattatttcacttttattcatcaaactcaacttaagtcttgttatcatttcaccctctactttgaaacaa 614  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||      | |||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  27062776 acctgcaagcacttcaaaagttgtgaaccttat------attttcgttcatcaaactcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctctactttaaaacaa 27062869  T
Q  615 tattgcttgatatttttagtattattttgattcacaaagggtgaaaatgcaacagattctttgtccatgggacattgtggaaatggttgtgt 706  Q
    |||||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27062870 tattgcttaataattttagtattaggttgattcacaaagggtgaaaatgcaacagattctctgtccatggggcattgtggaaatggttgtgt 27062961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 246 - 716
Target Start/End: Original strand, 27085630 - 27086100
Alignment:
Q  246 tccacagagtttattgaattagtaacataatcagtggagaaagcaatatttttggtctctttaatcagcataaaaatttcatagagtggcatttcgttga 345  Q
    |||| |||||||||||| || |||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||    
T  27085630 tccaaagagtttattgagtttgtaacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaatggtttcatagagtggcatttcgttga 27085729  T
Q  346 gctcactcacatttaaaacaacttttgcatcactagtagaattaccatactagccttgaggtaaagtatcataatccatcaagttacgtctcataccaac 445  Q
    || ||||||| ||||||||||| ||| ||||  || ||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||    
T  27085730 gcacactcacttttaaaacaacatttacatctataatagaattcccataataccctttaggtaaagtatcataatcctttaagttgcgtctactaccaac 27085829  T
Q  446 taacatatttagcattgtattgtcattgctgcttagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagtgcttcaaaagttgtgaacctt 545  Q
    |   ||  |||||  |||     |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  27085830 tgcaatggttagcgctgttaaaccattgcttttaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaacctt 27085929  T
Q  546 attatttcacttttattcatcaaactcaacttaagtcttgttatcatttcaccctctactttgaaacaatattgcttgatatttttagtattattttgat 645  Q
    ||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  |  |||||||||||||||    
T  27085930 atattttcattttcattcatcaaactcaacttaagtcttcttatcatttcaccctctactttaaaacaatattgtttaattatcgtagtattattttgat 27086029  T
Q  646 tcacaaagggtgaaaatgcaacagattctttgtccatgggacattgtggaaatggttgtgttgctattgat 716  Q
    | ||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||    
T  27086030 ttacaaagggtgaaagtgaaacagattctcggtccatgggacattgtggaaaagtttgtatagctattgat 27086100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 50 - 571
Target Start/End: Original strand, 27056268 - 27056790
Alignment:
Q  50 atcaagtttattaggagacgagaaaatgcatgaatcaacagtagcaagcatcttgcatggtgct--ggtactaaattcacaacttcatagcctccaaaat 147  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| || | ||| |  || ||||||||| |||||||| |   ||||  |||||||| | |||||||||| ||||||    
T  27056268 atcaagtttattaggagatgagaaaatacacgtatcgagggtggcaagcatcatgcatggtacacaggtaaaaaattcactaattcatagccttcaaaat 27056367  T
Q  148 ctatattttcatgaaaacccaaatgtttccactctgtcaattctgttactgcaccactagcttctaattccatgctgaaatcgtcctcttgatttgtctc 247  Q
     || |||||| |||||| ||||||||||| | ||  |  |  | ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||    
T  27056368 ttaaattttcctgaaaatccaaatgtttcaattcactagaacc-gttactgcaccactatcttccaattccatgctcaaaccatcctcttgattcgtctc 27056466  T
Q  248 cacagagtttattgaattagtaacataatcagtggagaaagcaatatttttggtctctttaatcagcataaaaatttcatagagtggcatttcgttgagc 347  Q
    || |||||||||||| || || ||||||||||    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27056467 caaagagtttattgagtttgtgacataatcagcaatgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaacaatttcatagagtggcatttcgttgagc 27056566  T
Q  348 tcactcacatttaaaacaacttttgcatcactagtagaattaccatactagccttgaggtaaagtatcataatccatcaagttacgtctcataccaacta 447  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| ||||  |||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||     
T  27056567 tcactcacttttaaaacaacatttacatctatagtagaatttccatattaccctttaggtaaagtatcataatcctccaagttgcgtctaataccaactg 27056666  T
Q  448 acatatttagcattgtattgtcattgctgcttagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagtgcttcaaaagttgtgaacctta- 546  Q
      ||  | |||| ||| |   |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||     
T  27056667 caatggtcagcactgtttcaccattgctgttaagttttaaggctcttgctcttgacctctacacataacctgcaagtac-tcaaaagttgtgaaccttat 27056765  T
Q  547 ttatttcacttttattcatcaaact 571  Q
    || ||||| ||||||||||||||||    
T  27056766 ttttttcatttttattcatcaaact 27056790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 469 - 716
Target Start/End: Original strand, 27041375 - 27041622
Alignment:
Q  469 cattgctgcttagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagtgcttcaaaagttgtgaaccttattatttcacttttattcatcaa 568  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  27041375 cattgctgttaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaacctcattttttcatttttattcatcaa 27041474  T
Q  569 actcaacttaagtcttgttatcatttcaccctctactttgaaacaatattgcttgatatttttagtattattttgattcacaaagggtgaaaatgcaaca 668  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  |  |||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  27041475 actcaatttaagtcctgttatcatttcaccctctactttaaaacaatattgtttaattatcgtagtattattttgatttacaaagggtgaaagtgaaaca 27041574  T
Q  669 gattctttgtccatgggacattgtggaaatggttgtgttgctattgat 716  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||    
T  27041575 gattctcggtccatgggacattgtggaaaaggttttatagctattgat 27041622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 12 - 704
Target Start/End: Original strand, 27098065 - 27098754
Alignment:
Q  12 aaaatcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttattaggagacgagaaaatgcatgaatcaacagtagcaagcatcttgcatggtg 111  Q
    |||||| |||| ||||| | |||||||||||||| ||  |||| |||||||||||| |  |||||||     ||||  |  |||| ||| ||||||||||    
T  27098065 aaaatcttaacccctcctttcattgatggatcatcattgtcaaatttattaggagatgtaaaaatgctaatttcaattgacgcaaacatgttgcatggtg 27098164  T
Q  112 ctggtactaaattcacaacttcatagcctccaaaatctatattttcat---gaaaacccaaatgtttccactctgtcaattctgttactgcaccactagc 208  Q
    ||||||||||||||||  |||| |  || |||||||||| |||| |||   ||||||| |||||||||||||||||||   | |||||||||||| ||      
T  27098165 ctggtactaaattcactgcttcgttcccaccaaaatctacatttccatcaagaaaacctaaatgtttccactctgtcagaaccgttactgcaccagta-- 27098262  T
Q  209 ttctaattccatgctgaaatcgtcctcttgatttgtctccacagagtttattgaattagtaacataatcagtggagaaagcaatatttttggtctcttta 308  Q
      || |  |||| ||  | || || |  | ||| |||||||  | ||| ||||||||  | ||| ||||||||| | ||||||| ||||| |||||| |     
T  27098263 --ctta--ccatccttgattcctcgttataattagtctccaacgtgttgattgaatttttgacaaaatcagtggtggaagcaatgtttttagtctctctg 27098358  T
Q  309 atcagcataaaaatttcatagagtggcatttcgttgagctcactcacatttaaaacaacttttgcatcactagtagaattaccatactagccttgaggta 408  Q
    || ||| ||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||| || ||||| |||   |||||||||  |   ||||| ||||| || || | |||||    
T  27098359 atgagcttaataatttcatagagtggcctttcatcgagctcactaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggta 27098458  T
Q  409 aagtatcataatccatcaagttacgtctcataccaactaacatatttagcattgtattgtcattgctgcttagttttaaggctcttgctcttgacctcca 508  Q
    ||| |||| ||||| ||||||| ||||| |||||  |||  ||  | || | ||| |   |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27098459 aaggatcaaaatccttcaagttgcgtctaatacctgctacaatggtcagtactgtttcaccattgctgttaagttttaaggctcttgctcttgatctcca 27098558  T
Q  509 cacataacctgcaagtgcttcaaaagttgtgaaccttattatttcacttttattcatcaaactcaacttaagtcttgttatcatttcaccctctactttg 608  Q
     ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  ||     
T  27098559 aacataacctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttatatttccactttccttcatcaagctcaacttaagccttgttatcatttcaccatcaatatta 27098658  T
Q  609 aaacaatattgcttgatatttttagtattattttgattcacaaagggtgaaaatgcaacagattctttgtccatgggacattgtggaaatggttgt 704  Q
    |||||||||||||| |||  | |||| || | |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||| || | || |||||||||||||    
T  27098659 aaacaatattgcttcataactgtagtgttgtgttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgt 27098754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 480 - 704
Target Start/End: Original strand, 27105529 - 27105753
Alignment:
Q  480 agttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagtgcttcaaaagttgtgaaccttattatttcacttttattcatcaaactcaacttaa 579  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||   | ||||||  |||||||||||||||||||    
T  27105529 agttttaaggctcttgctcttgatctccacacataacctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaaactcaacttaa 27105628  T
Q  580 gtcttgttatcatttcaccctctactttgaaacaatattgcttgatatttttagtattattttgattcacaaagggtgaaaatgcaacagattctttgtc 679  Q
    |  |||||| |||||||||||| || || |||||||||| ||| |||  | |||| || | |||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||     
T  27105629 gctttgttaacatttcaccctccacattaaaacaatatttcttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgtt 27105728  T
Q  680 catgggacattgtggaaatggttgt 704  Q
    ||| || | || |||||||||||||    
T  27105729 catagggctttctggaaatggttgt 27105753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 270 - 515
Target Start/End: Original strand, 27045589 - 27045834
Alignment:
Q  270 acataatcagtggagaaagcaatatttttggtctctttaatcagcataaaaatttcatagagtggcatttcgttgagctcactcacatttaaaacaactt 369  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||    
T  27045589 acataatcagtggaggaagcaatctttttagcctctttgatcaacttaacaatttcatagagtggcatttcattgagctcactaacttttaacacaactt 27045688  T
Q  370 ttgcatcactagtagaattaccatactagccttgaggtaaagtatcataatccatcaagttacgtctcataccaactaacatatttagcattgtattgtc 469  Q
    || ||||   ||||| ||||||||| || |||  ||| |||| ||||||| |  ||| | | ||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||  |    
T  27045689 ttccatccacagtagtattaccataataccctataggcaaaggatcataacctttcatgctgcgtctaataccaactaacatattcaacattgtttttcc 27045788  T
Q  470 attgctgcttagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataa 515  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045789 attgttgctaagttgtaaggctcttgctcttgacctccacacataa 27045834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 2 - 219
Target Start/End: Original strand, 27040979 - 27041196
Alignment:
Q  2 gagtaatgtgaaaatcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttattaggagacgagaaaatgcatgaatcaacagtagcaagcatc 101  Q
    |||| |||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||| |  ||  ||||||||    
T  27040979 gagtgatgtaaatatcctaactcctccttccattgatagatcatgatcatcaagtttattaggagatgagaaaatacacgtatcgagggtgccaagcatc 27041078  T
Q  102 ttgcatggtgctggtactaaattcacaacttcatagcctccaaaatctatattttcatgaaaacccaaatgtttccactctgtcaattctgttactgcac 201  Q
    ||||||||||| | ||  |||||||| | |||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||| ||||  | |     ||||||||||    
T  27041079 ttgcatggtgcagttaaaaaattcactaattcatagccttcaaaatttaaattttcctgaaaacccaaatgtttcaactcacttagagacgttactgcac 27041178  T
Q  202 cactagcttctaattcca 219  Q
    |||||||||| |||||||    
T  27041179 cactagcttccaattcca 27041196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 246 - 403
Target Start/End: Original strand, 27041193 - 27041350
Alignment:
Q  246 tccacagagtttattgaattagtaacataatcagtggagaaagcaatatttttggtctctttaatcagcataaaaatttcatagagtggcatttcgttga 345  Q
    |||| |||||||||||| || |||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||    
T  27041193 tccaaagagtttattgagtttgtaacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaatggtttcatagagtggcatttcgttga 27041292  T
Q  346 gctcactcacatttaaaacaacttttgcatcactagtagaattaccatactagccttg 403  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| ||||  |||||||||| ||||| || |||||    
T  27041293 gctcactcacttttaaaacaacatttacatctatagtagaatttccataatacccttg 27041350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 219
Target Start/End: Original strand, 27085416 - 27085633
Alignment:
Q  2 gagtaatgtgaaaatcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttattaggagacgagaaaatgcatgaatcaacagtagcaagcatc 101  Q
    |||| |||| || |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||| |  ||  ||||||||    
T  27085416 gagtgatgtaaatatcctaactcctccttccattgacagatcatgatcatcaagtttattaggagatgagaaaatacacgtatcgagggtgccaagcatc 27085515  T
Q  102 ttgcatggtgctggtactaaattcacaacttcatagcctccaaaatctatattttcatgaaaacccaaatgtttccactctgtcaattctgttactgcac 201  Q
    ||||||||||| | ||  |||||||| | |||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||| ||||  | |     ||||||||||    
T  27085516 ttgcatggtgcagttaaaaaattcactaattcatagccttcaaaatttaaattttcctgaaaacccaaatgtttcaactcacttagagacgttactgcac 27085615  T
Q  202 cactagcttctaattcca 219  Q
    |||||||||| |||||||    
T  27085616 cactagcttccaattcca 27085633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 2 - 154
Target Start/End: Original strand, 27045318 - 27045470
Alignment:
Q  2 gagtaatgtgaaaatcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttattaggagacgagaaaatgcatgaatcaacagtagcaagcatc 101  Q
    |||| |||| |||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||  |||||| | |||||||||    || | ||  |||| |||     
T  27045318 gagtgatgtaaaaatcttaactcctcctttcattgatggatcatcatcatcaagtttaccaggagatgcgaaaatgcacccttccaaagacgcaaacatg 27045417  T
Q  102 ttgcatggtgctggtactaaattcacaacttcatagcctccaaaatctatatt 154  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||   |||||| |||||||||||||||||    
T  27045418 ttgcatggtgctggtacaaaattcactgattcataccctccaaaatctatatt 27045470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 2 - 76
Target Start/End: Original strand, 27079619 - 27079693
Alignment:
Q  2 gagtaatgtgaaaatcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttattaggagacgagaaaat 76  Q
    |||| |||| || |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27079619 gagtgatgtaaatatcctaactcctccttccattgacagatcatgatcatcaagtttattaggagatgagaaaat 27079693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 186
Target Start/End: Original strand, 27105154 - 27105241
Alignment:
Q  102 ttgcatggtgctggtactaaattcacaacttcatagcctccaaaatctatattttcat---gaaaacccaaatgtttccactctgtca 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  || |||||||||| |||| |||   ||||||| |||||||||||||||||||    
T  27105154 ttgcatggtgctggtactaaattcactgcttcatgcccaccaaaatctacatttccatcaagaaaacctaaatgtttccactctgtca 27105241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 207
Target Start/End: Original strand, 19414074 - 19414271
Alignment:
Q  10 tgaaaatcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttattaggagacgagaaaatgcatgaatcaaca-gtagcaagcatcttgcatg 108  Q
    ||||||||||  ||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||   ||||||  ||| ||||||| | | ||| || | || ||| |||||||    
T  19414074 tgaaaatccttgctcctcctttcatcgatggatcttgatcatcaagtttacatggagacatgaagatgcatgtaccgacaagttgaaa-catgttgcatg 19414172  T
Q  109 gtgctggtactaaattcacaacttcatagcctccaaaatctatattttcatgaaaacccaaatgtttccactctgtcaattctgttactgcaccactag 207  Q
    |||||  ||| ||||| ||  ||||| | ||||||||||| ||  || | ||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  19414173 gtgctattacaaaattaactgcttcaaatcctccaaaatcaatgcttccctgaaagcccaaatgcttccactctgtcaaaactgttactgcaccactag 19414271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University