View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15205_high_8 (Length: 598)

Name: NF15205_high_8
Description: NF15205
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15205_high_8
NF15205_high_8
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (18-583)||(45270945-45271510)
chr7 (59-581)||(45282760-45283282)
chr7 (57-560)||(45274517-45275020)
chr7 (73-583)||(45294162-45294672)
chr7 (73-583)||(45303122-45303632)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (133-204)||(38588231-38588302)
chr1 (139-184)||(38583244-38583289)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 506; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 583
Target Start/End: Original strand, 45270945 - 45271510
Alignment:
Q  18 aaagggggcactgttctgtatattggtaccggcgttttggttcttactaccagtgacaatggtttttgcagggccatcaccatacataagaatgttaaca 117  Q
    ||||| |||| |||||||| | |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45270945 aaaggtggcagtgttctgtgtgttggtaccggccatttggttctttctaccagtgacaatggtctttgcagggccatcaccatacataagaatgttaaca 45271044  T
Q  118 gcatccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggccttaacgtagataacatatctgcctttgtttcccttagggtaagaggcaagagcagcct 217  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45271045 gcctccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggccttaacgtagataacatatctgtctttgtttcccttagggtaagaggcaagagcagcct 45271144  T
Q  218 ggatggttttaaattggccgctaccatccttggcaacaacaacattaggcctaatattttctctccatccttttcgttgcattttagccaaaagcttgcg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45271145 ggatggttttaaattggccgctaccatcattggcaacaacagcattaggcctaatatttgctctccatccttttcgttgcattttagccaaaagcttgcg 45271244  T
Q  318 accagaagaagagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaaggaggtttgatatcaaagttcaagttg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45271245 accagaagaagagatccatgaagggtatccttgatcgtcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaaggaggtttgatatcaaagttcaagttg 45271344  T
Q  418 aattgctggaggatgtcagacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacggcggtgaccttttgtacgctgtacaaactctgaacatggaattgctccttga 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45271345 aattgctggaggatgtcagacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacggctgtgaccttttgtacgctgtacaaactctgaacatggaattgctccttga 45271444  T
Q  518 tcttcttctcaccatcatttgcatcgtcaaatccttccatacaaccttgtttgtaagagataactg 583  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45271445 tcttcttctcaccatcatttgcatcgtcaaatccttccatacaaccttgtttgtaagagataactg 45271510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 59 - 581
Target Start/End: Original strand, 45282760 - 45283282
Alignment:
Q  59 tcttactaccagtgacaatggtttttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggc 158  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45282760 tctttctaccagtgacaatggtccttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggc 45282859  T
Q  159 cttaacgtagataacatatctgcctttgtttcccttagggtaagaggcaagagcagcctggatggttttaaattggccgctaccatccttggcaacaaca 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45282860 cttaacgtagataacatatctgcctttgtttcccttagggtaagaggcaagagcagcctggatggttttaaattggccgctaccatccttggcaacaaca 45282959  T
Q  259 acattaggcctaatattttctctccatccttttcgttgcattttagccaaaagcttgcgaccagaagaagagatccatgaagggtatccttgatcatcaa 358  Q
     |||||||| |||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45282960 gcattaggcataatatttgctctccaattttttcgttgcattttagccaaaagcttgcgatcagaagaagagatccatgaagggtatccttgatcgtcaa 45283059  T
Q  359 cagtcacctcagaattaagaagacgacgggaaggaggtttgatatcaaagttcaagttgaattgctggaggatgtcagacaaaccagtcacaatgtcaag 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45283060 cagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgacatcaaacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaag 45283159  T
Q  459 ggcaacggcggtgaccttttgtacgctgtacaaactctgaacatggaattgctccttgatcttcttctcaccatcatttgcatcgtcaaatccttccata 558  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45283160 ggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacatggaattgctccttgatcttcttctcaccatcatttgcatcgtcaaatccttccata 45283259  T
Q  559 caaccttgtttgtaagagataac 581  Q
    ||| ||||| |||||||||||||    
T  45283260 caagcttgtctgtaagagataac 45283282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 57 - 560
Target Start/End: Original strand, 45274517 - 45275020
Alignment:
Q  57 gttcttactaccagtgacaatggtttttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccg 156  Q
    |||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  45274517 gttctttctaccggtgacaatggtccttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttgggtacagtgatgtattcgtcatagacacca 45274616  T
Q  157 gccttaacgtagataacatatctgcctttgtttcccttagggtaagaggcaagagcagcctggatggttttaaattggccgctaccatccttggcaacaa 256  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45274617 gccttaacgtagataaaatacctgcctttgtttcccttaggataagaggcaagagcagcctggatggttttaaattggccgctaccatcattggcaacaa 45274716  T
Q  257 caacattaggcctaatattttctctccatccttttcgttgcattttagccaaaagcttgcgaccagaagaagagatccatgaagggtatccttgatcatc 356  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  45274717 cagcattaggcctaatatttgctctccaattttttcgttgcattttagccaaaagcttgcgatcagaagcagagatccatgaagggtatccttgatcgtc 45274816  T
Q  357 aacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaaggaggtttgatatcaaagttcaagttgaattgctggaggatgtcagacaaaccagtcacaatgtca 456  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45274817 aacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaaagaggtttgatatcaaacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtca 45274916  T
Q  457 agggcaacggcggtgaccttttgtacgctgtacaaactctgaacatggaattgctccttgatcttcttctcaccatcatttgcatcgtcaaatccttcca 556  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45274917 agggcaaccgcggtgatcttttgtacgctgtccaaactctgaacatggaattgctctttgattttcttctcaccatcatttgcatcgtcaaatccttcca 45275016  T
Q  557 taca 560  Q
    ||||    
T  45275017 taca 45275020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 73 - 583
Target Start/End: Original strand, 45294162 - 45294672
Alignment:
Q  73 acaatggtttttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggccttaacgtagataa 172  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||     
T  45294162 acaatggtctttccggggccatcaccatacataagaatgttaacagcgtctttgggaatagtgatgtattcatcatagacgccagccttaacgtagatag 45294261  T
Q  173 catatctgcctttgtttcccttagggtaagaggcaagagcagcctggatggttttaaattggccgctaccatccttggcaacaacaacattaggcctaat 272  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||     
T  45294262 tatatctgcctttgttccccttagggtaagcggcaatagcagcctggatggttttaaattgaccgctaccatccttggcaacaacagcattagccccaac 45294361  T
Q  273 attttctctccatccttttcgttgcattttagccaaaagcttgcgaccagaagaagagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaa 372  Q
    |||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45294362 atttgctctccatccgtttcctttcattttagccaaaagcttgcgatcagaagcagagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaa 45294461  T
Q  373 ttaagaagacgacgggaaggaggtttgatatcaaagttcaagttgaattgctggaggatgtcagacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacggcggtga 472  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  45294462 ttaagaagacgacgggaagcaggtttgatatcaaacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaa 45294561  T
Q  473 ccttttgtacgctgtacaaactctgaacatggaattgctccttgatcttcttctcaccatcatttgcatcgtcaaatccttccatacaaccttgtttgta 572  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  45294562 ccttttgtacgctgtccaaactctgaacgtctaattgctccttgatcttcttctcaccgtcattttcatcgtcaaatccttccatacaagcttgtctgta 45294661  T
Q  573 agagataactg 583  Q
    |||||||||||    
T  45294662 agagataactg 45294672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 73 - 583
Target Start/End: Original strand, 45303122 - 45303632
Alignment:
Q  73 acaatggtttttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggccttaacgtagataa 172  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||     
T  45303122 acaatggtctttccggggccatcaccatacataagaatgttaacagcgtctttgggaatagtgatgtattcatcatagacgccagccttaacgtagatag 45303221  T
Q  173 catatctgcctttgtttcccttagggtaagaggcaagagcagcctggatggttttaaattggccgctaccatccttggcaacaacaacattaggcctaat 272  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||     
T  45303222 tatatctgcctttgttccccttagggtaagcggcaatagcagcctggatggttttaaattgaccgctaccatccttggcaacaacagcattagccccaac 45303321  T
Q  273 attttctctccatccttttcgttgcattttagccaaaagcttgcgaccagaagaagagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaa 372  Q
    |||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45303322 atttgctctccatccgtttcctttcattttagccaaaagcttgcgatcagaagcagagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaa 45303421  T
Q  373 ttaagaagacgacgggaaggaggtttgatatcaaagttcaagttgaattgctggaggatgtcagacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacggcggtga 472  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  45303422 ttaagaagacgacgggaagcaggtttgatatcaaacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaa 45303521  T
Q  473 ccttttgtacgctgtacaaactctgaacatggaattgctccttgatcttcttctcaccatcatttgcatcgtcaaatccttccatacaaccttgtttgta 572  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  45303522 ccttttgtacgctgtccaaactctgaacgtctaattgctccttgatcttcttctcaccgtcattttcatcgtcaaatccttccatacaagcttgtctgta 45303621  T
Q  573 agagataactg 583  Q
    |||||||||||    
T  45303622 agagataactg 45303632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 204
Target Start/End: Original strand, 38588231 - 38588302
Alignment:
Q  133 gtgatgtattcgtcatagacaccggccttaacgtagataacatatctgcctttgtttcccttagggtaagag 204  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||  ||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  38588231 gtgatgtactcgtcatagaccccagccttgacatagataatgtatctgcctttgaatcccttaggataagag 38588302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 184
Target Start/End: Original strand, 38583244 - 38583289
Alignment:
Q  139 tattcgtcatagacaccggccttaacgtagataacatatctgcctt 184  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  38583244 tattcgtcatagacaccagccttgacgtagatgacatatctacctt 38583289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University