View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1520_low_2 (Length: 481)

Name: NF1520_low_2
Description: NF1520
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1520_low_2
NF1520_low_2
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (13-466)||(50281293-50281727)
chr1 (13-466)||(50288937-50289371)
chr1 (13-466)||(50277269-50277703)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-288)||(14461316-14461591)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 466
Target Start/End: Original strand, 50281293 - 50281727
Alignment:
Q  13 aaaatgcaaccacataaataaatgtatcagcagcagaaatgtaacataatttaaatttgaattagatagcacaaagtcacaataaaagtggtagnnnnnn 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  
T  50281293 aaaatgcaaccacataaataaatgtatcagcagcagaaatgtaacataatttaaatttgaattagatagcacaaagtcacaataaa-------------- 50281378  T
Q  113 ntcaacaaccttgtgctcatcagattgacccttagtcttgcattgatcgttggattcaacaactacaagagcctcatttccaacaccattgcaccaagac 212  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50281379 -----caaccttgtgctcatcagattgacccttagtcttgcattgatccttggattcaacaactacaagagcctcatttccaacaccattgcaccaagac 50281473  T
Q  213 acggttgataaacactgaaaaataaggacattcctactcttcatacatcaaatatacacacatagatattgaaagagtgtgaaaagatcaaaagatggtt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50281474 acggttgataaacactgaaaaataaggacattcccactcttcatacatcaaatatatacacatagatattgaaagagtgtgaaaagatcaaaagatggtt 50281573  T
Q  313 gaaatgtacttgattatttttatcatcagtgtcaaaatcttctgtcttttgactgttatctgccatgcctgaagaagaagctgaaccaatgttctataca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50281574 gaaatgtacttgattatttttatcatcagtgtcaaaatcttctgtcttttgactgttatctgccatgcctgaagaagaagctgaaccaatgttctataca 50281673  T
Q  413 atacacaacattgaatcagataaggctgttagttttacacaaaactgagagaga 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50281674 atacacaacattgaatcagataaggctgttagttttacacaaaactgagagaga 50281727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 466
Target Start/End: Original strand, 50288937 - 50289371
Alignment:
Q  13 aaaatgcaaccacataaataaatgtatcagcagcagaaatgtaacataatttaaatttgaattagatagcacaaagtcacaataaaagtggtagnnnnnn 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  
T  50288937 aaaatgcaaccacataaataaatgtatcagcagcagaaatgtaacataatttaaatttgaattagatagcacaaagtcacaataaa-------------- 50289022  T
Q  113 ntcaacaaccttgtgctcatcagattgacccttagtcttgcattgatcgttggattcaacaactacaagagcctcatttccaacaccattgcaccaagac 212  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50289023 -----caaccttgtgctcatcagattgacccttagtcttgcattgatccttggattcaacaactacaagagcctcatttccaacaccattgcaccaagac 50289117  T
Q  213 acggttgataaacactgaaaaataaggacattcctactcttcatacatcaaatatacacacatagatattgaaagagtgtgaaaagatcaaaagatggtt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50289118 acggttgataaacactgaaaaataaggacattcccactcttcatacatcaaatatatacacatagatattgaaagagtgtgaaaagatcaaaagatggtt 50289217  T
Q  313 gaaatgtacttgattatttttatcatcagtgtcaaaatcttctgtcttttgactgttatctgccatgcctgaagaagaagctgaaccaatgttctataca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50289218 gaaatgtacttgattatttttatcatcagtgtcaaaatcttctgtcttttgactgttatctgccatgcctgaagaagaagctgaaccaatgttctataca 50289317  T
Q  413 atacacaacattgaatcagataaggctgttagttttacacaaaactgagagaga 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50289318 atacacaacattgaatcagataaggctgttagttttacacaaaactgagagaga 50289371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 466
Target Start/End: Original strand, 50277269 - 50277703
Alignment:
Q  13 aaaatgcaaccacataaataaatgtatcagcagcagaaatgtaacataatttaaatttgaattagatagcacaaagtcacaataaaagtggtagnnnnnn 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  
T  50277269 aaaatgcaaccacataaataaatgtatcagcagcagaaatgtaacataatttaaatttgaattagatagcacaaagtcacaataaa-------------- 50277354  T
Q  113 ntcaacaaccttgtgctcatcagattgacccttagtcttgcattgatcgttggattcaacaactacaagagcctcatttccaacaccattgcaccaagac 212  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50277355 -----caaccttgtgctcatcagattgacccttagtcttgcattgatccttggattcaacaactacaagagcctcatttccaacaccattgcaccaagac 50277449  T
Q  213 acggttgataaacactgaaaaataaggacattcctactcttcatacatcaaatatacacacatagatattgaaagagtgtgaaaagatcaaaagatggtt 312  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50277450 acggttgataaacacagaaaaataaggacattcccactcttcatacatcaaatatatacacatagatattgaaagagtgtgaaaagatcaaaagatggtt 50277549  T
Q  313 gaaatgtacttgattatttttatcatcagtgtcaaaatcttctgtcttttgactgttatctgccatgcctgaagaagaagctgaaccaatgttctataca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50277550 gaaatgtacttgattatttttatcatcagtgtcaaaatcttctgtcttttgactgttatctgccatgcctgaagaagaagctgaaccaatgttctataca 50277649  T
Q  413 atacacaacattgaatcagataaggctgttagttttacacaaaactgagagaga 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50277650 atacacaacattgaatcagataaggctgttagttttacacaaaactgagagaga 50277703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 14461591 - 14461316
Alignment:
Q  13 aaaatgcaaccacataaataaatgtatcagcagcagaaatgtaacataatttaaatttgaattagatagcacaaagtcacaataaaagtggtagnnnnnn 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  14461591 aaaatgcaaccacataaataaatgtatcagcagcagaaatgtaacataatttaaatttgaattagatagcacaaagtcacaataaaagtggtagaaaaaa 14461492  T
Q  113 ntcaacaaccttgtgctcatcagattgacccttagtcttgcattgatcgttggattcaacaactacaagagcctcatttccaacaccattgcaccaagac 212  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14461491 atcaacaaccttgtgctcatcagattgacccttagtcttgcattgatccttggattcaacaactacaagagcctcatttccaacaccattgcaccaagac 14461392  T
Q  213 acggttgataaacactgaaaaataaggacattcctactcttcatacatcaaatatacacacatagatattgaaaga 288  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14461391 acggttgataaacaccgaaaaataaggacattcccactcttcatacatcaaatatatacacatagatattgaaaga 14461316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University